Réckbléck review geziilte déif sequencing benotzt verréid mutational Differenzen tëscht gastroesophageal menaarbecht an gastric carcinomas

Réckbléck review geziilte déif sequencing benotzt verréid mutational Differenzen tëscht gastroesophageal menaarbecht an gastric carcinomas VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Adenocarcinomas souwuel d'gastroesophageal menaarbecht an Mo. molecularly komplex sinn, mä ënnerscheede sech mat Respekt ze epidemiology, etiology a Survival. Et gi puer Daten direkt d'Ofstänn vun eenheetlechen Nukleotid kennen Kriibs-Zesummenhang Genen tëscht den zwee Siten ze vergläichen. Sequencing vun geziilte Gentherapie Brieder kann zu uncovering Multiple Frankräich geometrescher Figur mat engem eenheetlechen Test. VerfÜgung Method VerfÜgung DNA aus 92 gastroesophageal menaarbecht an 75 gastric adenocarcinoma resection uplanzen nëtzlech sinn ass aus formalin-fix paraffin-Ënnerbewosstsinn Otemschwieregkeeten ofgebaut. Cibléiert déif sequencing vun 46 Kriibs-Zesummenhang Genen war duerch Salmiakgeescht Hinnen alleguer standing gefollegt vun semiconductor-baséiert sequencing. Gastroesophageal menaarbecht an gastric carcinomas sech mat Respekt ze mutational Profiler Géigesaz, immunohistochemistry an situ VerfÜgung hybridization, wéi och entspriechend clinicopathologic Daten. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Gastroesophageal menaarbecht carcinomas mat jonken Alter verbonne waren, méi heefeg intestinal-Typ Histologie, méi heefeg p53 overexpression, a schlecht Krankheet-gratis Iwwerliewe op multivariable Analyse. Ënnert all Fäll, goufen 145 Projet'en am 31. Genen fonnt. TP53 VerfÜgung kennen sech déi gemeinsam Anomalie festgestallt, an huet méi heefeg an gastroesophageal menaarbecht carcinomas (42% vs. 27%, p = 0.036). Projet'en am Wnt Passerelle Komponente APC VerfÜgung an CTNNB1 VerfÜgung ënnert gastric carcinomas méi heefeg goufen (16% vs. 3%, p = 0.006), an gastric carcinomas sech méi wahrscheinlech ≥3 Chauffer kennen fonnt ze hunn (11% vs. 2%, p = 0.044). Zwanzeg Prozent vu Fäll haten potenziell actionable kennen identifizéiert. R132H an R132C missense Projet'en am IDH1 VerfÜgung Gentherapie huet observéiert, a si den éischte Rapport Projet'en vun hirer Zort zu gastric carcinoma. Konklusiounen VerfÜgung Panel sequencing vun Iddi wirklech Material VerfÜgung kann op e puer Chauffer Genen mutational Informatiounen nozeginn, puer vun deenen och geziilt Therapien disponibel sinn. Ënnerscheedlecher Tariffer vun Projet'en an clinicopathologic Differenzen Ënnerstëtzung en Ënnerscheed tëscht adenocarcinomas datt an der gastroesophageal menaarbecht an deene opwerft, datt proppert am Mo. opwerft. VerfÜgung Schlësselwieder VerfÜgung Gastric Kriibs Gastroesophageal menaarbecht Kriibs Gastric Kriibs genomics Gastric Kriibs sequencing Background VerfÜgung Gastric Kriibs Konte fir iwwer 10.000 Doudesfäll all Joer an d'Vereenegt Staaten [1], an ass an der zweeter stäerkste gemeinsam Ursaach vum Kriibs veruerteelt weltwäit [2]. Obwuel hunn carcinomas vun der gastroesophageal Potaschbierg (GEJ) mat gastric carcinomas zu Kriibs registries a Krankheete Prozesser fir cibléiert Therapien [3] gruppéiert ginn, lesions op dës zwee Siten hu verschidde Krankheete Fonctiounen. Adenocarcinomas vun de Mo si vun Helicobacter pylori VerfÜgung Wonn [4] a sinn ofgeholl an Heefegkeet weltwäit [1] adäquate allem ëmmer. Am Géigesaz, sinn GEJ Cancers meeschte verbonne mat Krankheet gastroesophageal reflux [2-5] an Obesitéit [6], an der Heefegkeet vu GEJ carcinomas huet stabil an de leschte 20 Joer bliwwen [7]. Ausserdeem huet d'Iwwregens hätt vun GEJ carcinomas gouf feststellen wéi gastric carcinomas schlecht gin, an do ass Onsécherheet wéi bis ob GEJ carcinomas soll als gastric oder esophageal erhéijen Dobäi ginn [8]. Datt den Ënnerscheed tëscht carcinomas vun der GEJ, esophagus, an Mo kann der Kollektioun vun sënnvoll epidemiologic Donnéeën revaloriséiert an zu fräi Gestioun Präzisioun Resultat [9]. VerfÜgung puer Studien hunn Differenzen an der molekulare Charakteristiken vun GEJ carcinomas versus déi bemierken dass féiere soss anzwousch an der Moo. TP53 VerfÜgung Projet'en si méi heefeg an der GEJ wéi an der distal Mo, iwwerdeems Verloscht vun heterozygosity vun der nët TP53 VerfÜgung ass och méi heefeg an GEJ erhéijen [10,11]. Differenze zu Promoteur methylation Tariffer vun APC VerfÜgung an CDKN2A VerfÜgung hunn och beschriwwe ginn [12]. Ausserdeem, Differenzen an APC VerfÜgung stattfannen Tariffer an FAQ Ausdrock, wéi och Ënnerscheeder an global Gentherapie Ausdrock Profiler tëscht den zwee Siten hunn och bewisen gouf [13-16]. VerfÜgung Testen vun amplifications vun der ERBB2 VerfÜgung ( och als HER2 VerfÜgung) Gentherapie zu gastric an gastroesophageal menaarbecht Cancers bekannt ass elo Iddi Praxis zu villen Institutiounen [17]. Zerfall Moment informéiert Behandlung Testen fir Chauffer kennen, besonnesch Single Nukleotid wier, an oncogenes an entholl suppressor Genen vun adenocarcinomas vun anere Siten wéi de haett an Colon [18-20]. Als weider molekulare Ziler ganze Krankheet Siten entdeckt ginn, ginn funktionéierend assays néideg Cancers 'waat fir cibléiert Behandlung ze bestëmmen. VerfÜgung Next-Generatioun sequencing vläicht an nächster Zukunft gebraucht ginn, fir Multiple Genen vun enger eenzeger Prouf interrogate, an dës Donnéeën kéint benotzt clinicians vun Automobilist Projet'en ze informéieren a cibléiert Behandlung Guide. Cibléiert Rot sequencing ass eng Form vum nächste-Generatioun sequencing wou eenzel Nukleotid Varianten an enger limitéierter Zuel vu virdrun alles Frankräich loci nogewise ginn, déi duerch Luucht ginn oft prognostically an therapeutically kritesch. Panel sequencing erméiglecht multiplexing vun Echantillonen, an déif Deckung (> 500x) maaachen der Analyse vun suboptimal Skelett Material aus Archivmaterial Otemschwieregkeeten an Echantillon mat niddereg entholl cellularity. Déi Reglementer Set vu Genen erméiglecht och fir schnell specimen Veraarbechtung an bioinformatic Analyse. Soumat kënnen actionable Resultater bannent Deeg kritt ginn, anstatt de Wochen, am Verglach zu ganzt Nepgen a exome Approche. Allerdéngs, Donnéeën ass déi u Buergermeeschter Auswiel vun Genen ageschränkt ginn, an d'Onméiglechkeet Kopie Rei Ännerungen, Verloscht vun heterozygosity, an strukturell rearrangements wéi Gentherapie fusions z'entdecken. Sou, verlaangt d'effikass Notzung vun NGS virsiichteg Beurteelung vun Technologien, assay Aschränkungen, Skelett decken, an d'Fuerschung an de Medeziner Froen ënner Rücksicht. D'Objektiver vun dëser Etude VerfÜgung waren der Déngscht vun Rot sequencing op formalin-fix paraffin- bis ewell Ënnerbewosstsinn (FFPE) Otemschwieregkeeten, a klinesch forcéiert GEJ an gastric carcinomas duerch Rot sequencing vun der Häremoud vun 46 Kriibs Genen ze vergläichen. Mir machen och d'Ofstänn vun Projet'en mat Rot sequencing vun Häremoud géint ganzt-exome sequencing, mat publically sinn Donnéeën aus de Cancer Genom Atlas. VerfÜgung Method VerfÜgung Case Auswiel an retrieval vun clinicopathologic Donnéeën VerfÜgung Finanzpolitiker Ethik Kloeren ze vergläichen averstaane war vun der University of British Columbia /British Columbia Cancer Agence Fuerschung Ethik Verwaltungsrot (# H07-2807) kritt, a Fuerschung war am Aklang mat der Helsinki Deklaratioun gehaal. Fäll vun gastric carcinoma sech aus Departementer Archiver vun der British Columbia Cancer intégration (BCCA), engem provinciales emfuelener Zentrum Sensor. Inclusioun Critèren sech emfuelener zu der Agence tëscht 2004 an 2010, sinn FFPE Otemschwieregkeeten aus chirurgesch resection vun der Primärschoul entholl, komplett clinicopathologic Donnéeën dorënner Medeziner Resultater op Suivi, an d'Feele vun metastatic Krankheet op Presentatioun. Fro uplanzen vun der Primärschoul an metastatic lesions sech wéinst dem Fehlen vun komplett pathologic Daten ausgeschloss. GEJ Plaz war den lesions mat engem Biewen bannent 5 cm vun der proximal Enn vun der gastric rugal klappt [21] definéiert. Keen Ënnerscheed tëschent erhéijen mat Bezuch zu der Lag vun hirem Biewen bannent de 5 cm vun der GEJ gemaach (i.e. Siewert Typ war net opgeholl) [22]. etabléiert Carcinomas sech exklusiv am esophagus ausgeschloss, den pro der jéngster DÉI Critèren [21]. All gastric erhéijen zu der GEJ wellkomm distal sech fir dës Etude binned zesummen. Clinicopathologic Donnéeën war vun engem Member vun der Medeziner Equipe retrospectively duerch review vun Patienten Tabelle gesammelt, souwéi duerch review vun wirklech Rapporten. VerfÜgung Ray microarray Bau, immunohistochemistry an situ VerfÜgung hybridization VerfÜgung Konstruktioun Ray microarray war mat zwee 0,6 mm Placken aus zwou getrennte Deeler vun entholl duerchgefouert. Immunohistochemical staining fir p53 (1: 100; Klon DO-7, Ventana Medical Systemer, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Fläch-Aldrich, St. Louis, MO), an déi net fonnt Reparatur (MMR) Proteinen dorënner hMLH1 (1:25; Klon ES05, ​​Leica, Wetzlar, Däitschland), MSH2 (1: 5; Klon 25D12, Leica), hMSH6 (1: 300; Klon PU29, Leica), an hPMS2 (1: 150; Klon MOR4G, Leica ) war op der XT Plattform (Ventana) gesuergt. Ausdrock vun p53 war den feelen Faarwen (&Si besteet; 1% nuklear staining), normal (1-60% nuklear staining vun all Intensitéit), oder overexpression (> 60% nuklear staining vun all Intensitéit). Baf250a an MMR Proteinen sech als intakt (≥1% staining) Faarwen oder negativ (&Si besteet; 1% staining) baséiert op FAQ Ausdrock speziell zu entholl Zellen (i.e. immun an stromal war Ausdrock ignoréiert). ERBB2 VerfÜgung Sëlwer an situ VerfÜgung hybridization (SISH) war mat der XT automatesch IHC /nemen staining Plattform (Ventana) gesuergt. A ERBB2 VerfÜgung: CEP17 Verhältnis &Si besteet; 2.0 war den Net-Kick séiert, an engem Wäert ≥2.0 den Kick. Configuratioun vun SISH Signaler war op etabléierten Ëmwelt- baséiert [17]. VerfÜgung DNA Prouf Veraarbechtung, sequencing, an abezuelt Vocatioun VerfÜgung An all Fall, hematoxylin an eosin drënner waren déi Otemschwieregkeeten zu Guide macrodissection oder scrolling vun entholl aus FFPE drënner folgend outlining vun erhéijen duerch eng Präparaten pathologist. Entholl DNA aus jidfer Fall war mat QIAGEN FFPE DNA Extraktioun Kit (QIAGEN, Venlo, Holland) ausgebaut; nee war germline DNA ofgebaut. Quecksëlwer DNA huet mat der QUBIT t dsDNA assay (Life Technologies Gaithersburg, MD, USA) laachen; alle Fäll hu mat engem virdrun gemellt Noutwendegkeete fir d'assay [21] e Minimum vu 10 NG vun DNA aus FFPE ofgebaut, an hält. E Minimum A260 /280 Verhältnis vun 1,8 war fir all DNA Prouf néideg. DNA amplicon Bibliothéik Bau war mat DNA primers vum Ion Ampliseq ™ Cancer Hotspot Panel V1 (Life Technologies) gesuergt. De Kit besteet aus 207 primer Puer datt 739 Hotspotten bannent 46 Kriibs-Zesummenhang Genen (Zousätzleche Fichier 1: Table S1) Cover. Indexéiert amplicon Bibliothéiken sech fir Salmiakgeescht polymerase Kette Reaktioun an sequencing op den Ion ofgefälschte Name Plattform (Life Technologies) hinzeginn. E Minimum vu mindestens 500x huel Pair duerginn war fir all Fall néideg. Variant Vocatioun huet mat den ofgefälschte Variant Ament v2.2 (Life Technologies) mat der hg19 Referenzmaterial Nepgen gesuergt. Nëmmen Varianten Moment um Ofstänn ≥5% considéréiert goufen. Well germline DNA fir Verglach erreechbar war, Varianten wéi méiglech somatic kennen ausgeschloss waren, ob se als eenzeg Nukleotid schiefgang mat menge allele Ofstänn vu > identifizéiert goufen;.... 0 bannent de dbSNP Datebank (www ncbi nlm nih Gov /SNP); hire Status als Net-germline Varianten war weider confirméiert enger PubMed Sich benotzen (www. ncbi. nlm. nih. Gov /pubmed). VerfÜgung Verglach mat der Cancer Genom Atlas (TCGA) Daten VerfÜgung Curated somatic stattfannen fuerdert fir 281 tCGA Mo. adenocarcinoma Echantillon mat bekannt Präparaten Siten sech aus der tCGA Data Portal Sensor (http:... //tcga-Donnéeën NCI nih Gov /tcga /) 19. Februar 2014. Protein-coding an de Regiounen läit kennen Kick vum Ion Ampliseq ™ Cancer Hotspot Panel V1 zu jidderengen vun den 46 Genen huet fir Fäll kritt an stratified zur Lag (60 Cardia /proximal an gastroesophageal menaarbecht versus VerfÜgung 221 fundus /Kierper, antrum /distal an Mo. Nos). Copy Rei Donnéeën, RNS Ausdrock Daten, an FAQ Ausdrock Date goufen net als eisen eegenen assay nëmmen eenzel Nukleotid Varianten (SNVs) a kleng basepair insertions /geläscht (INDELs) bieden. D'Ofstänn vu Projet'en, onofhängeg vun der Aart vun stattfannen, versus d'Institutioun Multiple Rot sequencing Verglach sech datt mer gesuergt. VerfÜgung Data Analyse VerfÜgung Mann-Whitney U-Tester a Schüler T-Tester benotzt goufen linear Verännerlechen ze vergläichen, wou ubruecht. Fisher genau an Chi-Feld Tester, wou ubruecht, benotzt goufen Diskussioun Wäerter ze vergläichen. Survival analyséiert goufen benotzt umellen-Platz (Kaplan-Meier) an Cox proportional Risikoe Tester gesuergt. Déi 46 Rot Genen huet de Kyoto Enzyklopedie vun Genen an Genomes (Kegg) [22,23] an de Programm Ingenuity® Integréiert Passerelle Analys Ëmgéigend (QIAGEN) ze identifizéieren oncogenic Weeër an Netzwierker fir Projet'en beräichert, a fir statistesch Differenze zu Test tëschent gastroesophageal menaarbecht an gastric adenocarcinoma uplanzen. P VerfÜgung Wäerter sech fir verschidden Tester mat der Benjamini-Hochberg (BH) Korrektur [24] korrigéiert. All Statistik Tester goufen zwee-tailed an engem P VerfÜgung Wäert vu &Si besteet; .05 Gouf statistesch relevant considéréiert. Statistique analyséiert goufen standing benotzt SPSS Statistics Software (v22, IBM, Armonk, NJ, USA) an den R statistesch Sprooch v.2.15.1 (R Haaptentwéckler Team (2012) R:.. Eng Sprooch an Ëmwelt fir statistesch Rechenzäit R Foundation fir . statistique Informatik, Wiener, Éisträich ISBN 3-900051-07-0, URL http:... //www R-Projet org /) VerfÜgung Resultater VerfÜgung an Departementer Archiver vum BCCA, 229 resection uplanzen vun gastric an GEJ carcinomas sech vu 2004 bis 2010 kritt a fir de Bau vun enger Otemschwieregkeeten microarray disponibel waren. DNA war fir 176 Fäll fir Extraktioun sinn. Nee clinicopathologic Donnéeën war fir Korrelatioun zu 6 Fäll sinn. Dräi Fäll haten metastatic Krankheet bannent engem Mount vun Presentatioun dokumentéiert, an deene sech aus der Analyse ausgeschloss. Vun de Rescht 167 Fäll, entstanen 92 an der gastroesophageal menaarbecht an 75 Gebitt vun de Rescht vun de Mo. (Dorënner 1). Figur 1 Flow Diagramm Fall Detailer Auswiel an Exklusioun fir d'Studium Kohort. VerfÜgung Clinicopathologic Differenzen tëscht GEJ an gastric carcinomas VerfÜgung D'clinicopathologic Charakteristike vun deene Fäll sinn an Table zesummegefaasst 1 an anonymized Medeziner Daten ass an eng zousätzlech Datei (Zousätzleche Fichier 2: Table S2) gëtt. GEJ carcinomas sech mat jonken Alter bei resection verbonnen, méi heefeg intestinal-Typ a manner heefeg diffusen Histologie, méi heefeg p53 overexpression a manner heefeg Verloscht vun p53 Ausdrock, méi heefeg Etapp III Krankheet, manner heefeg Etapp ech Krankheet, a méi heefeg recurrences. Krankheet-gratis Iwwerliewe war wiesentlech verschlechtert Patienten mat GEJ carcinomas (Dorënner 2A), wann der zwee cohorts zu Conditioune vun globale Iwwerliewe (Dorënner 2B) net statistesch verschidde waren. Aner clinicopathologic Fonctiounen waren ähnlech tëscht erhéijen vun den zwou Plazen, dorënner T-Etapp, resection Spillraum z'engagéieren, ERBB2 VerfÜgung amplification, an MMR FAQ Verloscht (Table 1). Den Undeel vun diffusen carcinomas am Lauren Klassifikatioun) war ähnlech tëscht den zwee Siten. Ënnergrupp Analyse vun nëmmen intestinal-Typ carcinomas zougedréckt bestänneg Differenzen tëscht GEJ an gastric carcinomas zu Krankheet-gratis Iwwerliewe an p53 Ausdrock. Ënnerscheeder am Alter, p53 Ausdrock an Resultat persisted wann nëmmen intestinal-Typ carcinomas que, grad wéi wann erhéijen an dräi bestemmt stratified waren (proximal Net-diffusen, diffusen, an distal Net-diffusen) wéi déi vun Shah ugeholl et al. [16] (Zousätzleche Fichier 3: Table S3) .Table 1 Resumé vun der clinocopathologic Verännerlechen an der clinicopathologic Verännerlechen bannent Cardia an Net-Cardia adenocarcinomas d'Kohort VerfÜgung Clinicopathologic Variabel Gastroesophageal menaarbecht
(n = 92)
non-Cardia (n = 75)
Allgemengen (n = 167)
p
Alter (mengen, Joren) VerfÜgung 61.5 + /- 9,6 [33-80] VerfÜgung 66,3 +/- 11,9 [33-84] VerfÜgung 63,7 +/- 10,9 [33-84] VerfÜgung 0,001 VerfÜgung Sex VerfÜgung 0,297 VerfÜgung Männlech
70 (76) VerfÜgung 51 (68) 121 VerfÜgung (73) VerfÜgung Weiblech VerfÜgung 22 (24) VerfÜgung 24 (32) VerfÜgung 46 (27) VerfÜgung Histologic subtype (Lauren) VerfÜgung 0,008 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung 65 (71) 36 VerfÜgung (48) VerfÜgung 101 (60) VerfÜgung Firwat VerfÜgung 15 (16) VerfÜgung 26 (35) VerfÜgung 41 (25) zu Bréissel VerfÜgung 12 (13) VerfÜgung 13 (17) VerfÜgung 25 (15) VerfÜgung Etapp (AJCC) VerfÜgung 0,031 VerfÜgung IA-B
10 (11) VerfÜgung 19 (25) VerfÜgung 29 (17) VerfÜgung IIA-B VerfÜgung 60 (65) VerfÜgung 45 (60) VerfÜgung 105 (63) VerfÜgung III-AC VerfÜgung 22 (24) VerfÜgung 11 (15) VerfÜgung 33 (20) VerfÜgung Héichwäertege VerfÜgung 0,415 VerfÜgung Ma ënnerscheet (G1) VerfÜgung 4 (5) VerfÜgung 10 (6) VerfÜgung Mëttelméisseg ënnerscheet (G2) VerfÜgung 39 (42) VerfÜgung 25 (33) VerfÜgung 64 (38) VerfÜgung LINN ënnerscheet (G3) VerfÜgung 47 (51)
46 (61) VerfÜgung 93 (56) VerfÜgung Resection Spillraum VerfÜgung 0,306 VerfÜgung Uninvolved VerfÜgung 74 (80) VerfÜgung 65 (87) VerfÜgung 139 (83) VerfÜgung interesséiert VerfÜgung 18 (20) VerfÜgung 10 (13) 28 VerfÜgung (17) ERBB2 amplification VerfÜgung 0,654 VerfÜgung feelen VerfÜgung 78 (85) VerfÜgung 66 (88) 144 (86) VerfÜgung Sëtzungen VerfÜgung 14 (15) VerfÜgung 9 (12) VerfÜgung 23 (14) VerfÜgung BAF250a (ARID1A) Ausdrock VerfÜgung 0,111 VerfÜgung intakt VerfÜgung 73 (79) VerfÜgung 51 (68) VerfÜgung 124 (74) VerfÜgung feelen VerfÜgung 19 (21) VerfÜgung 24 (32) VerfÜgung 43 (26) VerfÜgung p53 Ausdrock VerfÜgung 2.8x10 -4 VerfÜgung 0 - feelen VerfÜgung 32 (35) VerfÜgung 47 (63) VerfÜgung 79 (47) VerfÜgung 1 - normal (1-60%) VerfÜgung 17 (19) VerfÜgung 14 (19) VerfÜgung 31 (19) 2 VerfÜgung - fräi (> 60%) VerfÜgung 43 (47) VerfÜgung 14 (19) VerfÜgung 57 (34) VerfÜgung net fonnt Reparatur Proteinen VerfÜgung 0,244 VerfÜgung intakt VerfÜgung 77 (84) VerfÜgung 57 (76) VerfÜgung 135 (80) VerfÜgung Manque VerfÜgung 15 (16) VerfÜgung 18 (24) VerfÜgung 33 (20) VerfÜgung Zuel vun recurrences VerfÜgung 57 (62) VerfÜgung 32 (43) VerfÜgung 89 (53) VerfÜgung 0,019 VerfÜgung Paracetamol Werdegang-gratis Iwwerliewe (Méint)
12 zu 18 zu 15 VerfÜgung Zuel vun den Doudesfäll VerfÜgung 69 (75) VerfÜgung 48 (64) VerfÜgung 117 (70) VerfÜgung 0,130 VerfÜgung Paracetamol globale Iwwerliewe (Méint VerfÜgung) 18.0 VerfÜgung 23,0 VerfÜgung 20,0 VerfÜgung Dorënner 2 Se Krankheet-gratis Iwwerliewe a Punkto Iwwerliewe tëscht Patienten mat gastroesophageal an gastric carcinomas. A) Genau war gratis Iwwerliewe vill verschlechtert fir gastroesophageal carcinomas (staark Linnen) am Verglach zu gastric carcinoms (agekreest Linnen), Log-Platz Test; p = 0,002, wann B) globale Iwwerliewe net tëscht den zwee Krankheet Siten (Log-Platz Test ënnerscheeden gemaach;. p = 0.225) VerfÜgung Op multivariable Analyse, war GEJ Standuert onofhängeg verbonne mat verschlechtert Krankheet-gratis Iwwerliewe (Cox proportional Hazard = 2,08 [95% Vertraue November: 1.25-3.44], p = 0.005) zesumme mat Spillraum Status an microsatellite Instabilitéit (Zousätzleche Fichier 4: Table S4). Alter, entholl Schouljoer an Spillraum z'engagéieren sech onofhängeg prognostic vun globale Iwwerliewe (Zousätzleche Fichier 5: Table S5). VerfÜgung identifizéiert kennen mat de Kriibs Rot VerfÜgung Ënnert all Fäll, 145 Projet'en am 31. Genen erwëscht goufen, mat 75 kennen fonnt ënner 57 vun der erhéijen aus der GEJ, an 70 ënner 43 gastric erhéijen (dorënner 3) fonnt kennen. Nee kennen sech zu 35 (38%) a 32 (43%) vun der erhéijen aus der GEJ an Mo, bzw. fonnt. TP53 VerfÜgung war déi allgemeng mutated Genen, mat identifizéiert Varianten an 59 vun 167 Fäll (35%). Déi nächst stäerkste Toast mutated Genen huet PI3KCA VerfÜgung (6%), CTNNB1 VerfÜgung (5%), KRAS VerfÜgung (5%) an SMAD4 VerfÜgung (4%). Aner Varianten abegraff Hotspot kennen IDH1 VerfÜgung (2 Fäll), JAK3 VerfÜgung (3 Fäll), an FLT3 VerfÜgung (2 Fäll). Eng eenzeg stattfannen an 70 Fäll festgestallt gouf (42%), 2 kennen sech zu 20 Fäll (12%) identifizéiert, an ≥3 kennen sech zu 10 Fäll (6%) identifizéiert. Figur 3 Somatic kennen gastroesophageal menaarbecht an gastric carcinomas identifizéiert. TP53 VerfÜgung kennen sech zu engem groussen Undeel vun gastroesophageal menaarbecht erhéijen identifizéiert, iwwerdeems abnormalities zu APC VerfÜgung /CTNNB1 VerfÜgung Priedegt méi dacks zu gastric erhéijen. Black Bleck vertrieden kennen truncating, iwwerdeems gro Bleck missense kennen vertrieden. Fäll an Genen an déi kennen net identifizéiert goufen si net abegraff. Nee kennen VerfÜgung bannent der Institutioun Regioune vun ALK VerfÜgung identifizéiert goufen, CSF1R VerfÜgung, EGFR VerfÜgung, FGFR2 VerfÜgung, HNF1A VerfÜgung, HRAS VerfÜgung, JAK2 VerfÜgung, MPL VerfÜgung, NPM1 VerfÜgung, NRAS VerfÜgung, SRC VerfÜgung, STK11 VerfÜgung oder VHL VerfÜgung. All Variant rifft si sinn an der zousätzlecht Donnéeën (Zousätzleche Fichier 6: Table S6). VerfÜgung Oneenegkeet Projet'en tëscht der GEJ an Mo. VerfÜgung TP53 VerfÜgung kennen sech zu 39 vu 92 (42%) identifizéiert vun GEJ erhéijen , an an 20 vun 75 (27%) gastric erhéijen (p = 0.036). Wann an d'vun Shah et al ugeholl 3 bestemmt Gemengen ënnerdeelt. [16], Priedegt TP53 VerfÜgung kennen méi dacks zu proximal nondiffuse Cancers (44%) wéi an diffusen Cancers (37%) an distal nondiffuse Cancers (20%; p = 0.024). Dës Klassifikatioun zougedréckt och méi heefeg kennen KRAS VerfÜgung bannent distal nondiffuse Cancers (12%) versus proximal nondiffuse (3%) a diffusen (0%) carcinomas (p = 0,12). Keng Differenze zu stattfannen Ofstänn ware präsent ënnert der aner eenzel Genen am Rot. Zwou Komponente vun der Wnt Passerelle, APC VerfÜgung an CTNNB1 VerfÜgung, an sech ugesammelt mutated méi dacks zu gastric carcinomas wéi zu GEJ erhéijen (16% vs. 3%, p = 0.006). Gastric carcinomas méi oft kennen an 3 oder méi Genen (; Dorënner 4 11% vs. 2%, p = 0.044) hat. Nee Differenzen an der Bedeelegung vun oncogenic Weeër sech tëscht déi zwee Siten feststellen, baséiert op mutational Profiler. Figur 4 Undeeler vun GEJ an gastric carcinomas mat Zuelen vun identifizéiert total an actionable kennen. Staark donkel Gebidder an de Sailen Fäll mat 1 stattfannen vertrieden, donkel diagonaler géinteneen Beräicher vertrieden Fäll mat 2 kennen, an iewer Beräicher Fäll mat 3 oder méi kennen vertrieden. VerfÜgung potenziell actionable kennen VerfÜgung geziilte Therapien gi sinn oder an Entwécklung fir Verlaf kennen an de folgende Genen: AKT VerfÜgung [25], BRAF VerfÜgung [26], ERBB2 VerfÜgung [27], ERBB4 VerfÜgung [28], FGFR1 VerfÜgung [29], FGFR3
[30], FLT3 VerfÜgung [31,32], IDH1 VerfÜgung [33], JAK3 VerfÜgung [31], KDR VerfÜgung [34,35], KRAS VerfÜgung [36], begéint VerfÜgung [34], PDGFRA VerfÜgung [37], PIK3CA VerfÜgung [25], PTEN VerfÜgung [25], PTPN11 VerfÜgung [38], RET VerfÜgung [39], SMO
[40]. Kennen an dëse Genen sech zu 32 Fäll (19%), dorënner 6 Fäll (4%) mat 2 kennen an 3 Fäll (2%) mat ≥3 kennen identifizéiert. D'Verdeelung vun actionable kennen war net vill anescht tëscht GEJ an gastric carcinomas. (P = 0,327; Dorënner 4) VerfÜgung Prognostic Bedeitung vun Projet'en VerfÜgung ERBB4 VerfÜgung kennen mat verschlechtert Krankheet-gratis Iwwerliewe (p verbonne waren = 0,018 ), wann et engem Trend verschlechtert Krankheet-gratis Iwwerliewe verbonne mat kennen ABL1 VerfÜgung (p = 0.063) an JAK3 VerfÜgung (p = 0.059). Keen vun dësen kennen sech prognostically bedeitendst der Comptabilitéit vun Alter, Geschlecht, Lauren subtype, Bühn, mannerwäerteg an Spillraum Status. Projet'en am BRAF VerfÜgung (p &Si besteet; 0.001), FGFR3 VerfÜgung (p &Si besteet; 0.001), FLT3 VerfÜgung (p &Si besteet; 0.001) waren mat sech verschlechtert globale Iwwerliewe op univariate Analyse als Resultat vun engem eenzege Fall assoziéiert mat kennen an all dräi vun deene Genen.). BRAF VerfÜgung stattfannen blouf prognostically bedeitendst der Comptabilitéit vun Alter, Geschlecht, Lauren subtype, Bühn, mannerwäerteg an Spillraum Status (p = 0.002). VerfÜgung Verglach mat TCGA Donnéeën VerfÜgung Wann der Institutioun Regioune vun der sequencing Rot Daach bewäert Punkto Zuel vun mutated Genen pro Fall, war ähnlech tëscht der TCGA a studéieren cohorts (p = 0.659), och wann entweder GEJ (p = 0.399) oder gastric (p = 0.845) erhéijen een nëmme (dorënner 5A). A Trend zu méi heefege Fäll mat kennen ≥3 Genen am Mo. Verglach zu der GEJ war och an der TCGA Donnéeën (12% vs. 3%, p = 0.054) observéiert. Déi gesamt Frequenz vun TP53 VerfÜgung kennen war net anescht tëscht dem Studium Kohort an der TCGA Kohort (p = 0.230). Nee Differenzen an TP53 VerfÜgung, KRAS VerfÜgung, an APC VerfÜgung /CTNNB1 VerfÜgung stattfannen Tariffer tëscht GEJ an gastric carcinomas waren an der TCGA Donnéeën (Sauerdall 5B-D) observéiert. D'mutated Genen am Datesaz TCGA sinn zu Weider Fichier abegraff 7: Table S7. de kennen mat méiglech prognostic Bedeitung vun eisem Kohort Kloeren iwwert, war et eng Trend verschlechtert globale Iwwerliewe verbonne mat BRAF VerfÜgung kennen (p = 0.079), iwwerdeems keng prognostic Veräin am TCGA Kohort am Veräin mat kennen ERBB4 fonnt gouf
, ABL1 VerfÜgung, JAK3 VerfÜgung, FLT3 VerfÜgung oder FGFR3 VerfÜgung. Figur 5 Verglach vun der Frequenz vun Projet'en innerhalb vun der Etude Kohort identifizéiert Häremoud Rot sequencing benotzt, am Verglach zu kennen bestëmmt mat ganz exome sequencing an der TCGA Daten. A) kennen ganze mutational Zonen an der 46. Genen vun de Rot, B) kennen TP53 VerfÜgung, C) kennen KRAS VerfÜgung, an D) Projet'en am Wnt sécher Komponente APC VerfÜgung an CTNNB1 VerfÜgung . VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung Dës Etude Single Nukleotid Ännerungen ze Studiebäihëllefe den Déngscht vun Rot sequencing anzeschätzen an Zäitche Filteren gastric resection uplanzen an Erkenntnesser, déi benotzt ginn, kéint cibléiert Therapien ze guidéieren. Mir machen D'GEJ an gastric carcinomas duerch geziilte déif sequencing vun engem Rot vu 46 Kriibs-Zesummenhang Genen un Kontrast, déi puer Differenzen am Frankräich Niveau Teamchef clinicopathologic Profiler ënnerscheedlecher spigelen kann. Endlech hu mir och d'Ofstänn vun Projet'en benotzt dëse Rot mat Resultater vum ganze exome sequencing zu Déi Cancer Genom Atlas kritt ze vergläichen gesicht. VerfÜgung Adenocarcinomas vun der gastrointestinal TRACT sinn molecularly heterogen a komplex [41-44]. An gastric carcinoma, déif sequencing vun eenheetlechen Nukleotid polymorphism an RNS Ausdrock flamenden Ofgrond hunn kuerzem abnormalities an e puer Weeër dorënner WNT, Däreldéier, Zell Vëlofueren, DNA Schued gefléckt an der epithelial-ze-mesenchymal Transitioun [45] verroden. Déi aktuell Gebrauch vu multiple Single Gentherapie Tester ass untenable dës Komplexitéit entscheet, besonnesch an der Presenz vun enger wuessender Zuel vu geziilte Therapien, Ageschränkt Ressourcen, a begrenzt Otemschwieregkeeten Disponibilitéit. Soumat ass et wënschenswäert gläichzäiteg méi Genen ze ermëttelen. Panel sequencing huet eng Empfindlechkeet vun no bei 100% am Verglach zu konventionell assays wéi Sanger sequencing an Hinnen alleguer-baséiert Methoden, souwéi eng Fähegkeet SNVs an INDELs um allele Ofstänn esou niddereg wéi 5% an 20%, respektiv, vun zwee ze entdecken FFPE [21,46-48] an Zytologie uplanzen [49-52]. Cibléiert Rot sequencing kann geometrescher Figur vun Kriibs-Zesummenhang Genen am Ufank gastric Cancers an Etüd lesions entdecken [53], a seng déif duerginn konnt allem nëtzlech sinn an gastric Kriibs duerch adequat Resultater trotz Buch Fro Material versuergt an der admixture vun entholl Zellen mat desmoplasia an demagogesch Zellen. VerfÜgung Putative Chauffer kennen an dëser Etude propagéieren identifizéiert huet an enger Majoritéit vun GEJ an gastric carcinomas. Wäitem déi dacks festgestallt mutated Gentherapie war TP53 VerfÜgung, an dës Projet'en hun och vun Ufank Etapp a Virleefer lesions benotzt déi selwecht assay [53] nogewise ginn. Multiple Chauffer kennen sech an verschiddene Fäll identifizéiert, d'Iddi verstärkt, datt verschidde Genen brauchen an genomically komplex erhéijen wéi gastric adenocarcinomas op eemol alleng ze ginn. E Fall mat engem stattfannen an BRAF VerfÜgung (souwéi FLT3 an FGFR3) war mat aarmséileg globale Iwwerliewe op béide univariate an multivariable Analyse assoziéiert. Dëst brengt engem Trend Spigelen an der TCGA Donnéeën Richtung aarmséileg globale Iwwerliewe vun BRAF VerfÜgung -mutated erhéijen observéiert, suggeréiert, dass an e puer Fäll Rot sequencing engem prognostic Roll hätt. VerfÜgung Mir waren och potenziell actionable Projet'en ze entdecken gebass an ongeféier 20% vun de Fäll, déi entweder Genen oder Édouard Équipe wou geziilte Therapien sinn oder an Entwécklung sinn. Während dëser Zuel Idealfall héich wier, just eise assay bestëmmte Hotspot Regiounen vun dëse Genen iwwerzunn, an net fir Kopie Zuel hire Restaurant huet Kont datt och vill nëtzlech Informatiounen nozeginn konnt. Weider refinement vun esou Brieder e klassescht vun Genen an der Gentherapie Segmenter geplangt gëtt den Undeel vu Fäll, wou kennen identifizéiert ginn wahrscheinlech Erhéijung. Zum Beispill, wann TP53 VerfÜgung kennen uechter d'Gentherapie geschéien, deckt de Rot allem exons 5-8, an e puer vun der Gentherapie Segmenter datt net Nepgen sech décidéiert ginn dacks mat Verloscht vun p53 op immunohistochemistry verbonne [54]. Dëse Fait kann eventuell erklären souwuel d'Differenzen an den Taux vun TP53 VerfÜgung Projet'en a Musteren vun immunohistochemical Ausdrock vun der GEJ an Mo. observéiert. All Auteuren liesen an guttgeheescht der Finale mëttelalterlech Handschrëft. VerfÜgung

• D'Roll vun PET /CT zu erkennen gastric Kriibs recurrence
• Cytoreductive Agrëff plus hyperthermic intraperitoneal Chimiotherapie verbessert Iwwerliewe vun gastric Kriibs mat peritoneal carcinomatosis: Beweiser aus engem experimentéierte study