Retrospektiva pregled pomoću ciljanog duboko sekvencioniranje otkriva mutacije razlike između gastroezofagealnog spoja i želuca carcinomas

retrospektivnu pregled pomoću ciljanih duboko sekvencioniranje otkriva mutacije razlike između gastroezofagealnog spoja i želuca karcinomi
apstraktne pregled pozadine
adenokarcinoma oba gastroezofagealnog spoja i želuca su molekularno složen, ali se razlikuju s obzirom na epidemiologiji, etiologiji i opstanak. Postoji nekoliko podatke izravno uspoređuju frekvencije pojedinačnih nukleotidnih mutacija u genima rakom između dvije web stranice. Sekvenciranje ciljanih gena ploče mogu biti korisni u otkrivanju više genomske aberacije koristeći jedan test.
Methods pregled DNA od 92 gastroezofagealnog spoja i želuca 75 adenokarcinoma resekcija uzoraka bila je ekstrahirana iz u parafin uklopljenih tkiva formalinom fiksne. Ciljano duboko sekvencioniranje 46 gena vezanih za rak je provedena kroz emulzije PCR slijedi poluvodiča bazi sekvenciranje. Gastroezofagealnog spoja i želučanih karcinoma su kontrastna s obzirom na mutacijskim profila, imunohistokemijski i in situ hibridizacije pregled, kao i odgovarajući kliničko- podatke. Pregled Rezultati
gastroezofagealnog spoja karcinomi bili su povezani s mlađim dobnim, češće crijevnih tipa histologiju češća p53 prekomjerna ekspresija, i još gore preživljenja bez znakova bolesti bez na multivarijatnog. Među svim slučajevima 145 mutacije otkrivene su u 31 genima. TP53 pregled, mutacije su najčešće abnormalnost otkrivena, i bili su uobičajeni u gastroezofagealnog spoja karcinoma (42% vs 27%, p = 0,036). Mutacije u Wnt put prolazi komponente APC Netlogu i CTNNB1 pregled su češći kod želučanih karcinoma (16% u odnosu na 3%, p = 0,006), a želučani karcinom bili su više vjerojatno da će imati ≥3 vozač mutacije otkrivene (11% vs 2%, p = 0,044). Dvadeset posto slučajeva imali potencijalno djelotvoran mutacije identificirane. R132H i R132C misscnsc mutacija u IDH1 pregled gena zabilježen i prvi su izvijestili mutacije te vrste u želučanom karcinomu.
Zaključke
ploča redoslijeda rutinske patologije materijala može dati mutacije informacije o nekoliko vozača gena, uključujući i neke za koje ciljane terapije su dostupni. Različite stope mutacije i kliničko razlike podržavaju razliku između adenokarcinoma koji se javljaju u gastroezofagealnog spoja i onih koji nastaju u želucu pravilno.
Ključne riječi
rak želuca gastroezofagealna raka čvorište u želucu genomike raka Rak želuca sekvenciranje Pozadina
Gastric raka račune za više od 10.000 smrtnih slučajeva godišnje u SAD-u [1], te je drugi najčešći uzrok smrtnosti od raka u svijetu [2]. Iako karcinomi gastroezofagealnog spoja (GEJ) su grupirani s želučanog karcinoma u registrima raka i u kliničkim ispitivanjima za ciljane terapije [3], lezije na ove dvije web stranice imaju različite kliničke slike. Adenokarcinoma želuca pravilan primarno su izazvani pomoću Helicobacter pylori infekcije pregled [4] i smanjuje incidencije svijetu [1]. Za razliku od toga, rak GEJ se najviše povezuje sa gastroezofagealnog refluksa [2-5] i pretilosti [6], a incidencija GEJ karcinoma ostao je stabilan u proteklih 20 [7] godina. Osim toga, prognoza GEJ karcinoma je napomenuo da je gori od želučanog karcinoma, a postoji neizvjesnost da li GEJ karcinomi treba biti postavljena kao želuca ili jednjaka tumora [8]. Uvažavajući razliku između karcinoma u GEJ, jednjaka i želuca može poboljšati prikupljanje smislene epidemioloških podataka i rezultirati povećanom preciznošću upravljanja [9].
Nekoliko studija je istaknuo razlike u molekularnoj karakteristikama GEJ karcinoma u odnosu na one koje su nastale drugdje u želucu. TP53 pregled, mutacije su češći u GEJ nego u distalnom želucu, dok je gubitak heterozigotnosti od TP53 pregled lokusa je češći u GEJ tumora [10,11]. Značajne razlike u promoter metilacije stopama APC Netlogu i lokusu CDKN2A pregled također su opisane [12]. Osim toga, također su pokazali razlike u APC
stope mutacije i ekspresiju proteina, kao i razlike u globalnoj profila genske ekspresije između dva mjesta [13-16]. Pregled Ispitivanje pojačanja erbB2 Netlogu ( također poznat kao HER2
) gena u želucu i gastroezofagealni raka razvodne je sada rutinski praksa u mnogim institucijama [17]. Slično tome, testiranje vozača mutacije, osobito pojedinačnih nukleotidnih supstitucija, u onkogena i gena za suzbijanje tumora trenutno obavještava tretman u adenokarcinoma drugih mjesta, kao što su pluća i debelog crijeva [18-20]. Kao da se i dalje ciljane molekule otkrivena duž bolesnih mjesta, učinkovita testovi će biti potrebna kako bi se utvrdilo podložnost karcinomima 'do ciljanog liječenja.
Sljedeće generacije sekvenciranje se mogu koristiti u skoroj budućnosti ispitivati ​​više gena u jednom uzorku, a ti podaci može se upotrijebiti za obavijesti kliničarima za vozača mutacija i vodič ciljano liječenje. Ciljana ploča sekvenciranje je oblik nove generacije sekvenciranje gdje su otkrivene u jednom nukleotidu varijante u ograničenom broju prethodno određen genomske lokusa, koja po namjeri su često prognostički i terapijski kritična. Panel sekvencioniranje omogućava multipleksiranje uzoraka, i duboko pokrivenost (> 500x) olakšava analizu suboptimalne predloška materijala iz arhivske tkiva i uzoraka s niskom tumora celularnosti. Na užem skup gena također omogućuje brže obrade uzorka i bioinformatiku analize. Dakle, djelotvoran rezultati se mogu dobiti za nekoliko dana, a ne tjedana, u usporedbi s cijelim genoma i exome pristupa. Međutim, podaci ograničena je inherentno pristran izbor gena, i nemogućnosti otkrivanja broj kopija promjene, gubitak heterozigotnosti i strukturne pregradnje poput gena fuzija. Dakle, učinkovito korištenje NGS zahtijeva pažljivu procjenu tehnologija, ograničenja testa, zahtjeve predložak, a istraživanja i klinička pitanja koje se razmatra.
Ciljevi ovog istraživanja su ispitati korisnost ploče sekvenciranje na formalinom fiksne parafin- ugrađen (FFPE) tkiva, te usporediti klinički označeni GEJ i želučanog karcinoma kroz panel sekvencioniranje vrućih od 46 gena raka. Također smo nastojali usporediti učestalost mutacija identificirana s ploče sekvencioniranje vrućih protiv cijelog exome sekvenciranje, koriste javno dostupnim podacima iz Cancer Genome Atlas.
Metode
Case odabir i pronalaženje kliničko podataka
institucionalna etike odobrenje je dobiven iz University of British Columbia /British Columbia Cancer Agency istraživačke etike brodu (# H07-2807), a istraživanje je provedeno u skladu s helsinškom deklaracijom. Slučajevi želučanog karcinoma dobivene su iz odjela arhiva iz British Columbia Agencije za rak (BCCA), provincijskom referentnom centru. Kriteriji za uključivanje su upućivanje u agenciji između 2004. i 2010. godine, dostupan FFPE tkivo iz kirurške resekcije primarnog tumora, kompletna kliničko podataka, uključujući kliničkih ishoda na follow-up, kao i nepostojanja metastatske bolesti kod prezentacije. Uzorci biopsije primarnih i metastatskih lezija koje su izuzete zbog nepostojanja potpunih patoloških podataka. GEJ lokacija je definirana kao ozljeda s epicentra unutar 5 cm od proksimalnog kraja želučanih rugal nabora [21]. Nema razlika je između tumora s obzirom na mjestu njihova epicentar unutar 5 cm od GEJ (tj tipa Siewert nije zabilježen) [22]. Karcinomi koji se nalazi isključivo u jednjak su isključeni, kao i po najnovijim kriterijima SZO [21]. Svi želučanih tumora koji se nalazi distalno od GEJ su binned zajedno za ovu studiju. Kliničko Podaci su prikupljeni retrospektivno kroz pregled karata pacijenata od strane člana kliničkog tima, kao i kroz pregled patologija izvješća. Pregled tkiva mikropostrojima gradnja, imunohistokemijski i in situ hibridizacije pregled
tkiva MicroArray gradnje bio provesti pomoću dva 0,6 mm jezgre od dva odvojena dijela tumora. Imunohistokemijska bojenje za p53 (1: 100; klon DO-7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75, Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), a neslaganje popravak (MMR) proteini uključujući hMLH1 (1:25 klon ES05, ​​Leica, Wetzlar, Njemačka) MSH2 (1: 5, klon 25D12, Leica) hMSH6 (1: 300; klon PU29, Leica) i hPMS2 (1: 150, klon MOR4G, Leica ) je provedena na XT platforme (Ventana). Ekspresija p53 označeni kao odsutna (< 1% nuklearne bojanja), normalna (1-60% nuklearna obojenje bilo intenzitet) ili prekomjerna ekspresija (> 60% nuklearne obojenje bilo intenzitet). Baf250a i MMR proteini označeni kao netaknuti (≥1% bojenje) ili negativan (< 1% bojanja) temeljem ekspresiju proteina, posebice u tumorske stanice (tj imunološkog i strome ekspresija može se zanemariti). ErbB2 pregled srebra in situ hibridizacije pregled (SISH) izvedena je pomoću XT automatsko IHC /ish bojenja platformu (Ventana). ErbB2 pregled: Odnos CEP17 < 2,0 klasificirana kao ne-pojačan, a vrijednost ≥2.0 kao pojačavaju. Brojanje SISH signala je na temelju utvrđenih protokola [17]. Pregled, obradu uzoraka DNA, sekvenciranje i varijanta zove pregled, u svakom slučaju, hematoksilinom i eozinom slajdovi su korišteni za vođenje macrodissection ili pomicanje tkiva tumora od FFPE klizi slijedi ocrtava od tumora anatomski patologa. Tumor DNA od svakog slučaja je ekstrahirana korištenjem Qiagen FFPE ekstrakcija DNA (Qiagen, venlo Nizozemska); bez klica DNA je izvađen. Ekstrahirana DNA se kvantificira korištenjem QUBIT HS dsDNA testa (Life Technologies Gaithersburg, MD, USA); svi slučajevi imali najmanje 10 ng DNA iz FFPE, u skladu s ranije opisanim zahtjev za probe [21]. Minimalna A260 /280 omjer 1.8 je potreban za svaki uzorak DNK. DNA produkt amplifikacije knjižnica izgradnja izvedena je pomoću DNA klica iz v1 Ion Ampliseq ™ Rak Hotspot Panel (Life Technologies). Komplet se sastoji od 207 parova početnica koje pokrivaju 739 vrućih unutar 46 gena vezanih za rak (dodatne datotečne 1: Tablica S1). Indeksirane amplikona biblioteke su skupljene za lančanu reakciju polimeraze emulzije i sekvenciranje na Ion Torrent PGM platforme (Life Technologies). Minimalno barem 500x par baza pokrivenost je bila potrebna za svaki slučaj. Varijanta poziv izveden je pomoću v2.2 Torrent varijanta pozivatelja (Life Technologies) korištenjem hg19 referentne genom. varijante prisutne samo na frekvencijama ≥5% su uzete u obzir. Zbog klica DNA nije bio dostupan za usporedbu, varijante su isključeni kao mogući somatske mutacije ako su identificirani kao polimorfizama s prosječnom učestalosti alela u >.... 0 u dbSNP baze podataka (www NCBI NLM NIH gov /SNP); njihov status ne-rasplodnih stanica varijanti dodatno je potvrđena pomoću PubMed pretragu (www. NCBI. NLM. NIH-u. Gov /PubMed). pregled, usporedbu s Cancer Genome Atlas (TCGA) podatke
kustos somatskih mutacija pozivi za 281 tCGA uzoraka želuca adenokarcinoma s poznatim anatomska mjesta pronađeni su iz tCGA Data Portal (http:... //tcga-podaci NCI NIH gov /tcga /) 19. veljače 2014. godine. kodiranje proteina mutacije koje se nalaze u regijama pojačan Panel v1 Ion Ampliseq ™ Rak Hotspot u svakoj od 46 gena dobiveni su za slučajeve i stratificirani po lokaciji (60 kardija /proksimalni i gastroezofagealnog spoja u odnosu na pregled, 221 fundus /tijela, antruma /distalno i trbuh NOS). Broj kopija podataka, izraz RNA podataka i ekspresiju proteina podaci nisu uzeti u obzir kao i naše vlastite Test otkriva samo jednu nukleotidnih varijante (SNVs) i male basepair umetanja /delecije (INDELs). Frekvencije mutacija, bez obzira na vrstu mutacije, dok su u odnosu na hotspot multiple ploče sekvenciranje koju smo proveli. Pregled, analiza podataka
Mann-Whitney U-test i studentski t-testovi su korišteni za usporedbu linearnih varijabli, gdje je to prikladno. Fisher-ov egzaktni i hi-kvadrat testovi, gdje je to prikladno, korišteni su za usporedbu kategoričke vrijednosti. Survival analize su izvedene pomoću log-rank (Kaplan-Meier) i Cox proporcionalnih rizika ispitivanja. 46 geni ploče su mapirani na Kyoto Enciklopedija gena i genoma (KEGG) [22,23] i Ingenuity® Integrirani Put Analiza programa (Qiagen) identificiranja onkogene putova i mreža obogaćena za mutacije, a na test za statistički značajne razlike između gastroezofagealnog spoja i želuca adenokarcinoma primjeraka. P pregled vrijednosti su korigirane za višestruko ispituju pomoću Benjamini-Hochberg (BiH) korekciju [24]. Svi statistički testovi bili dvosmjerni i P pregled vrijednost < 0,05 smatrana je statistički značajna. Statistička analiza je provedena pomoću SPSS Statistics softver (V22, IBM, Armonka, NJ, USA) i R statistička jezik v.2.15.1 (R uži tim (2012) R:.. Jezik i okoliš za statističke računanje R zaklada za . Statistički računarstva, Beč, Austrija ISBN 3-900051-07-0, URL. http: //www.. R-projekta org /) | Rezultati
Unutar odjela arhiva u BCCA, 229 resekcija uzoraka želučane i GEJ karcinoma dobiveni su od 2004. do 2010. godine i bili su dostupni za izgradnju mikročipa tkiva. DNA je bio dostupan za vađenje za 176 slučajeva. Ne kliničko bili dostupni podaci za korelaciju u 6 slučajeva. Tri slučaja imala metastatske bolesti dokumentirana u roku od mjesec dana od prezentacije, a to su bili isključeni iz analize. Od preostalih 167 slučajeva, 92 je nastao u gastroezofagealnog spoja i 75 nastao u preostalom dijelu trbuha (Slika 1). Slika 1 Dijagram toka pojedinostima izbor predmeta i isključenje za proučavanje skupini. pregled kliničko razlike između GEJ i želučanog karcinoma
kliničko značajke tih predmeta prikazani su u tablici 1. i anonimne u Klinički podaci nalaze se u dopunski datoteke (Dodatni datoteka 2: Tablica S2). GEJ karcinomi bili su povezani s mlađoj dobi kod resekcije, češće crijevne tipa i rjeđe difuznog histologiju, češće p53 prekomjernom ekspresijom i rjeđe gubitak ekspresije p53, češće stadij III bolesti, rjeđe I etapa bolesti i češće recidiva. preživljenja bez znakova bolesti bez bilo znatno lošije među pacijentima s GEJ karcinomi (slika 2a), iako su se dvije kohorte nisu bile statistički različite u smislu ukupnog preživljavanja (slika 2B). Ostale kliničko karakteristike su bile slične između tumora na dvije lokacije, uključujući i T-fazi, uključenost resekcija margine, erbB2 pregled pojačanja i MMR gubitak proteina (Tablica 1). Udio difuznih karcinoma u klasifikaciji Lauren) bila je slična između dvije web stranice. Analiza podskupina od samo crijevni tipa karcinoma pokazala trajne razlike između GEJ i želučanog karcinoma u preživljavanju bez bolesti i ekspresije p53. Razlike u dobi, p53 izražavanja i ishod ustrajao pri razmatranju samo crijevni tipa karcinoma, kao i kad su tumori bili podijeljeni u tri podvrste (proksimalni non-difuzna, difuzna, a distalni ne-difuznih) kako je predložio Shah i dr. [16] (Dodatni datoteka 3: Tablica S3) .table 1 Sažetak clinocopathologic varijabli u kliničko varijabli Kohorta je unutar kardija i ne-kardija adenokarcinoma
kliničko varijablu
gastroezofagealnog spoja (n = 92)
pregled Non-kardija (n = 75)
Sveukupno (n = 167)
p
doba (mislim, godina) pregled, 61,5 + /- 9.6 [33-80]
66,3 +/- 11,9 [33-84]
63,7 +/- 10,9 [33-84]
0.001 pregled Spol
0.297
Muški
70 (76)
51 (68)
121 (73) pregled ženskih pregled, 22 (24)
24 (32)
46 (27)
histološki podtip (Lauren)
0,008 pregled crijeva pregled 65 (71)
36 (48)
101 (60) pregled difuznu pregled 15 (16)
26 (35) pregled, 41 (25) pregled, Mješoviti pregled 12 (13)
13 (17)
25 (15) pregled Stage (AJCC)
0,031
IA-B
10 (11)
19 (25)
29 (17) pregled IIA-B pregled, 60 (65)
45 (60)
105 (63) pregled III-AC pregled 22 (24)
11 (15)
33 (20) pregled Grade
0.415 pregled dobro diferencirani (G1) pregled, 4 (5) pregled 10 (6) pregled, umjereno diferencirani (G2)
39 (42)
25 (33)
64 (38) pregled, slabo diferencirani (G3)
47 (51)
46 (61)
93 (56) pregled, resekcija margine pregled 0,306 pregled uninvolved
74 (80)
65 (87)
139 (83) pregled uključeni pregled, 18 (20)
10 (13)
28 (17)
erbB2 pojačanje
0,654 pregled Odsutni pregled 78 (85)
66 (88)
144 (86) pregled predstaviti pregled 14 (15)
9 (12)
23 (14)
BAF250a (ARID1A) izraz pregled 0,111 pregled intaktne Netlogu 73 (79)
51 (68)
124 (74)
odsutni pregled, 19 (21)
24 (32)
43 (26)
ekspresije p53
2.8x10 -4 pregled 0 - odsutni pregled 32 (35) pregled, 47 (63) pregled, 79 (47) pregled 1 - normalna (1-60%)
17 (19) pregled 14 (19)
31 (19)
2 - povećana (> 60%)
43 (47)
14 (19)
57 (34) pregled Neslaganje popravak proteini
0,244 pregled netaknuta pregled 77 (84)
57 (76) pregled, 135 (80) pregled Nenormalan pregled 15 (16)
18 (24) pregled, 33 (20) pregled, Broj recidiva
57 (62)
32 (43)
89 (53)
0.019 pregled, medijan preživljenja bez progresije bolesti (mjeseci)
12 pregled, 18 pregled, 15 pregled, Broj smrtnih slučajeva
69 (75)
48 (64) pregled, 117 (70)
0.130 pregled Prosječno preživljavanje (mjeseci )
18,0 pregled 23,0 pregled 20.0 pregled Slika 2. Usporedba preživljavanja bez bolesti i ukupno preživljenje bolesnika s gastroezofagealna i želučanih karcinoma. A) Bolesti preživljenja bez bilo znatno lošije za gastroezofagealna karcinomi (pune crte) u odnosu na želučani carcinoms (isprekidane linije), log-rank test; p = 0,002, iako B) ukupno preživljenje nije se razlikovala između dvije bolesti stranicama (log-rank test; p. = 0,225) pregled na multivarijatnog, GEJ položaj nezavisno povezan s gore preživljavanja bez znakova bolesti (Cox proporcionalni Hazard = 2.08 [95% interval pouzdanosti: 1,25 - 3,44], p = 0,005), uz status marže i mikrosatelitne nestabilnost (Dodatne datoteke 4: Tablica S4). Dob, gradusa i uključenost marže su neovisno prognostički od ukupno preživljavanje (Dodatni file 5: Tablica S5).
Mutacije identificirali s ploče raka Netlogu Među svim slučajevima 145 mutacije otkrivene su u 31 gena, a otkriven 75 mutacija između 57 tumora iz GEJ i 70 mutacija uočenim od 43 želučanih tumora (Slika 3). Bez mutacije nađene su u 35 (38%) i 32 (43%) od tumora iz GEJ i želuca, respektivno. TP53 pregled je najčešće mutirani geni, s varijantama utvrđeni u 59 od 167 slučajeva (35%). Sljedećih najčešće mutirani geni su PI3KCA pregled (6%), CTNNB1 pregled (5%), Kraš pregled (5%) i SMAD4 pregled (4%). Ostale varijante uključuju Hotspot mutacije u IDH1 pregled (2 slučaja), JAK3
(3 slučaja) i Flt3 pregled (2 slučaja). Jedna mutacija je identificiran u 70 slučajeva (42%), 2 mutacije identificirane u 20 slučajeva (12%), a ≥3 mutacije identificirane u 10 slučajeva (6%). Slika 3 somatske mutacije identificirane u gastroezofagealnog spoja i želuca karcinoma. TP53 pregled, mutacije su identificirani u većem udjelu gastroezofagealnog spoja tumora, dok abnormalnosti u APC pregled /CTNNB1 pregled pojavljivali su se češće u želučanim tumora. Crni blokovi predstavljaju oduzimanja mutacije, a sivi blokovi predstavljaju misscnsc mutacije. Kućišta i geni u kojima mutacije nisu identificirani nisu uključeni.
Nema mutacije identificirati žarišne regijama ALK Netlogu, CSF1R Netlogu, EGFR Netlogu, FGFR2 Netlogu, HNF1A Netlogu, HRAS pregled, JAK2 pregled, MPL pregled, NPM1 pregled, nacionalna regulatorna tijela pregled, SRC pregled, STK11 pregled ili VHL pregled. Sve varijante pozivi su dostupni u dopunskim podacima (dodatne datotečne 6: Tablica S6). Pregled Razlike u mutacijama između GEJ i želuca pregled TP53 pregled, mutacije su identificirani u 39 od 92 (42%) od GEJ tumora i u 20 od 75 (27%) želučanih tumora (p = 0.036). Kada se podijeliti u 3 podvrste koje predlaže Shah i dr. [16], TP53 pregled mutacija dogodila češće u proksimalnim raka nondiffuse (44%) nego u difuznih oblika raka (37%) i distalnim nondiffuse raka (20%, p = 0,024). Ova klasifikacija je također pokazala češće mutacije na Krasu pregled u distalnim raka nondiffuse (12%) u odnosu na proksimalnom nondiffuse (3%) i šire (0%) karcinoma (p = 0.12). Nema značajne razlike u mutacije frekvencije su prisutni između ostalih individualnih gena na ploči. Dvije komponente Wnt put, APC
i CTNNB1
, su skupno mutirane češće u želučanom nego u karcinomima GEJ tumora (16% u odnosu na 3%, p = 0,006). Želučani karcinomi češće su imali mutacije u 3 ili više gena (11% u odnosu od 2%, p = 0,044; Slika 4). Nema razlike u uključenosti onkogenih putevi su zabilježeni između dva mjesta, na temelju mutacijskim profile. Slika 4 proporcije GEJ i želučanog karcinoma s brojem utvrđenih ukupnim i djelotvoran mutacija. Čvrsta tamna područja u kolonama predstavljaju slučajeve s 1 mutacijom, tamne dijagonalne postrojilo područja predstavljaju predmete s 2 mutacijama, a uočena područja predstavljaju predmete s 3 ili više mutacija.
Potencijalno djelotvoran mutacije
Ciljane terapije su dostupni ili u razvoju za mutacije se javljaju u sljedećim genima: AKT
[25], BRAF pregled, [26], erbB2
[27], erbB4 pregled [28], FGFR1 pregled [29], FGFR3
[30], Flt3 pregled [31,32], IDH1 pregled, [33], JAK3 pregled, [31], KDR pregled [34,35], Kraš pregled, [36], MET pregled, [34], PDGFRA pregled [37], PIK3CA pregled [25], PTEN pregled [25], PTPN11 pregled [38], RET pregled [39], SMO
[40]. Mutacije kojih su identificirani u 32 slučajeva (19%), uključujući i 6 slučajeva (4%) s 2 mutacijama i 3 predmeta (2%) s ≥3 mutacija. Raspodjela djelotvoran mutacija nije se značajno razlikovala između GEJ i želučanog karcinoma. (P = 0,327; Slika 4) pregled Prognostički značaj mutacija pregled erbB4 pregled, mutacije su povezane s gore preživljavanja bez znakova bolesti (p = 0,018 ), dok je trend lošije preživljenje bez bolesti povezane s mutacijom ABL1 pregled (p = 0,063), a JAK3 pregled (p = 0,059). Niti jedan od tih mutacija su prognostički značajan nakon obračuna dob, spol, Lauren podtip, stadiju, ocjene i status marže. Mutacije u BRAF pregled (p < 0,001), FGFR3 pregled (p < 0,001), Flt3 pregled (p < 0,001) bili su povezani s lošijim ukupnog preživljavanja na univarijantne analizi kao rezultat jednog slučaja s mutacijama u sva tri od ovih gena.). BRAF pregled mutacija ostao prognostički značajan nakon obračuna dob, spol, Lauren podtip, stadiju, ocjene i marža status (p = 0,002). Pregled Usporedba s TCGA podataka Netlogu Pri procjeni regije Hotspot obuhvaćene sekvenciranja ploči , ukupni broj mutiranih gena po slučaju bila slična između TCGA i studija skupine (p = 0,659), uključujući i kada se uspoređuju bilo GEJ (p = 0,399) ili želuca (p = 0,845), tumori samo (Slika 5a). Trend češćim slučajevima s mutacijom gena ≥3 u želucu u odnosu na GEJ također uočeno u podacima TCGA (12% u odnosu na 3%, p = 0,054). Ukupna učestalost TP53 pregled mutacija nije bio različit između studijske skupine i TCGA skupini (p = 0,230). Nema razlike u TP53 Netlogu Kraš Netlogu i APC pregled /CTNNB1 pregled stopa mutacija između GEJ i želučanog karcinoma zabilježene u TCGA naziv (Slike 5B-D). Mutirani geni u TCGA skupa podataka uključeni su u dodatnu datoteku 7: Tablica S7. Što se tiče mutacije s mogućim prognostičkog značenja identificirana u našoj skupini, došlo je trend prema gorem ukupnog preživljavanja povezane s BRAF pregled mutacijama (p = 0,079), dok nije prognostički povezanost nađena u TCGA skupine u suradnji s mutacijom erbB4
ABL1 pregled, JAK3 pregled, Flt3 pregled ili FGFR3 pregled. Slika 5. Usporedba učestalosti mutacija unutar vrućih identificirani u studiji skupine pomoću panel sekvenciranje, u usporedbi s mutacijama identificirani pomoću cijeli exome sekvenciranje u podacima TCGA. A) Mutacije preko mutacijskim vrućih u 46 gena u panelu, B) mutacije u TP53 Netlogu, C) mutacije u Kraš Netlogu i D) mutacije u Wnt signalnom komponente APC Netlogu i CTNNB1 Netlogu . pregled Rasprava pregled Cilj ovog rada bio ispitati korisnost ploče sekvenciranje u prepoznavanju pojedinačnih nukleotidnih promjena u rutinski obrađenih želuca resekcija uzoraka, koji se mogu koristiti za usmjeravanje ciljane terapije. Mi sekundarno nastojao suprotstaviti GEJ i želučanog karcinoma kroz ciljane duboko sekvenciranje panela od 46 gena vezanih za rak, koji je otkrio i neke razlike na razini genomske koji mogu odražavati različite kliničko- profile. Konačno, mi također nastojao usporediti učestalost mutacija dobivene pomoću ovog ploča s rezultatima iz cijele exome sekvenciranje u Cancer Genome Atlas. Pregled adenokarcinoma probavnog trakta su molekularno heterogena i kompleksna [41-44]. U želučani karcinom, duboko sekvencioniranje polimorfizma jednostrukog nukleotida i RNA ekspresije polja su nedavno otkrili abnormalnosti u nekoliko puteva, uključujući Wnt, Jež, staničnog ciklusa, šteta popravku DNA i epitelnih-na-mezenhimalne tranzicije [45]. Sadašnja upotreba višestrukih testova jednom genu je neodrživa s obzirom na tu složenost, naročito u prisustvu većeg broja ciljane terapije, ograničenih resursa i ograničene dostupnosti tkiva. Prema tome, poželjno je da se istraži višestruke gene istovremeno. Panel sekvenciranje ima osjetljivost od blizu 100% u odnosu na klasične testove kao što su Sanger sekvenciranje i PCR-based metoda, kao i sposobnost da se otkriju SNVs i INDELs na učestalosti alela kao niska kao i 5% i 20%, respektivno, u oba FFPE [21,46-48] i Citološki uzorci [49-52]. Ciljani ploča sekvenciranje može detektirati aberacije u genima rakom početkom želučanih tumora i prekursora lezija [53], a duboko pokrivanja može biti posebno koristan kod raka želuca osiguravanjem odgovarajućih rezultata unatoč oskudnim biopsije materijala i miješanjem tumorskih stanica s desmoplasia i upalne stanice.
tobožnji vozač mutacije su identificirani u većini GEJ i želučanih karcinoma u ovom istraživanju. Do sada najčešće otkrivenih mutirani gen TP53 pregled, a ti mutacije su također otkrivena u ranoj fazi i prethodećih lezija pomoću istog testa [53]. Višestruki vozač mutacije su identificirani u nekoliko slučajeva, jačajući ideju da više gena je potrebno da se ispitati na jednom Genomski složenim tumora kao što su želučani adenokarcinoma. Slučaj sa mutacijom u BRAF Netlogu (kao i Flt3 i FGFR3) je povezana s lošim ukupnog preživljavanja na oba univarijantne i multivarijatnog. Ovaj nalaz ogledala trend uočen u podacima TCGA prema siromašnima ukupnog preživljavanja u BRAF pregled -mutated tumora, što upućuje da je u nekim slučajevima ploča sekvenciranje mogla imati prognostičku ulogu. Pregled, mi smo bili u mogućnosti otkriti potencijalno djelotvoran mutacija u oko 20% slučajeva, u kojima je bilo bilo gene ili putevi na kojima su ili su u razvoju ciljane terapije. Iako je taj broj bi idealno biti veći, naš test pokrivena samo određene Hotspot područja tih gena, a nije račun za broj kopija promjene koje bi mogle dovesti do korisnih informacija. Daljnje usavršavanje takvih panela uključiti širi spektar gena i segmentima gena vjerojatno će se povećati broj slučajeva u kojima su identificirane mutacije. Na primjer, iako TP53 pregled mutacije pojaviti tijekom gena, ploča prvenstveno odnosi eksona 5-8, a neka od segmenata gena koji nisu sekvenciranih češće povezan s gubitkom p53 na imunohistokemijski [54]. Ova činjenica može potencijalno objasniti obje razlike u stopama TP53 pregled, mutacija i obrascima imunohistokemijski izražavanja promatranih u GEJ i želuca. Svi autori pročitali i odobrili konačnu rukopis. Pregled

• Uloga PET /CT u otkrivanju želučane recidiva raka
• Citoreduktivni operacije plus Hipertermija u trbušnu šupljinu kemoterapija poboljšava preživljavanje od raka želuca sa peritonejsku karcinomatoza: dokazi iz eksperimentalne studije