Retrospektiivinen katsaus kohdistamalla syvä sekvensointia paljastaa mutaatiostatuksesta eroja gastroesofageaalinen risteykseen ja mahakarsinoomat

Retrospektiivinen katsaus kohdistamalla syvä sekvensointia paljastaa mutaatiostatuksesta eroja gastroesofageaalinen risteykseen ja mahakarsinoomat
tiivistelmä
tausta
adenokarsinoomia sekä ruokatorven risteyksessä ja vatsa ovat molekyylirakennetta monimutkaisia, mutta eroavat toisistaan ​​epidemiologian, etiologian ja selviytymistä. On olemassa muutamia tiedot suoraan vertaamalla taajuudet yhden nukleotidin mutaatioiden syöpään liittyvien geenien välillä sivustoja. Sekvensointi kohdegeenin paneelit voivat olla hyödyllisimpiä löytämään useita genomista harhautumista yhdellä testillä. Tool Menetelmät
DNA 92 gastroesofageaalinen risteykseen ja 75 mahalaukun adenokarsinooman resektio yksilöitä on puristettu formaliinilla kiinnitetyt parafinoidut kudosta. Kohdennettu syvä sekvensointi 46 syöpään liittyvien geenien tehtiin kautta emulsio PCR seurasi puolijohde-pohjainen sekvensointi. Gastroesofageaalinen risteykseen ja mahakarsinoomat olivat vastakkain suhteessa Mutaatioiden, immunohistokemia ja in situ
-hybridisaatio, sekä vastaavat ennusteeseen viittaavia tietoja.
Tulokset
gastroesofageaalinen risteykseen karsinoomien todennäköisempi nuorilla, useammin suoliston-tyyppinen histologia, useammin p53 yli-ilmentymisen, ja pahempaa taudista vapaan eloonjäämisen monimuuttuja analyysiin. Kaikista tapauksista, 145 mutaatioita havaittiin 31 geenejä. TP53
mutaatiot olivat yleisimpiä poikkeavuuksia havaitaan, ja olivat yleisempiä gastroesofageaalinen risteykseen karsinoomien (42% vs. 27%, p = 0,036). Mutaatiot Wnt koulutusjakson komponenttien APC
ja CTNNB1
olivat yleisempiä mahakarsinoomat (16% vs. 3%, p = 0,006), ja mahakarsinoomat olivat todennäköisemmin ≥3 kuljettajan mutaatioita havaittu (11% vs. 2%, p = 0,044). Kaksikymmentä prosenttia tapauksista oli mahdollisesti käytännöllisiä mutaatioita tunnistettu. R132H ja R132C missensemutaatioita että IDH1
geenin havaittiin, ja ovat ensimmäinen raportoitu mutaatiot laatuaan mahakarsinoo-.
Johtopäätökset
Panel sekvensointi rutiini patologian materiaali voi tuottaa mutaatiostatuksesta tietoa useista kuljettaja geenejä, joista osa joille kohdennetut hoidot ovat käytettävissä. Erilaisuuteen mutaatioiden ja ennusteeseen viittaavia eroja tukea eron adenokarsinooman jotka syntyvät mahalaukkurajan risteyksessä ja ne, jotka syntyvät vatsassa oikea.
Avainsanat
Mahasyöpää Ruokatorven risteys syöpä Mahasyöpä genomiikka Mahasyöpä sekvensointi Background
Mahalaukun syöpä vastaa yli 10000 kuolemantapausta vuosittain Yhdysvalloissa [1], ja se on toiseksi yleisin syy syövän kuolleisuus kaikkialla maailmassa [2]. Vaikka karsinoomat mahalaukkurajan risteykseen (GEJ) on ryhmitelty mahalaukun karsinooman syöpärekisterit ja kliinisissä kokeissa kohdennettujen hoitomuotojen [3], vauriot nämä kaksi sivustot ovat erillisiä kliinisiä piirteitä. Adenokarsinoomat mahan oikea johtuvat pääasiassa Helicobacter pylori
infektion [4] ja vähenevät esiintyvyys maailmanlaajuisesti [1]. Sen sijaan GEJ syövät eniten liittyvät refluksitauti [2-5] ja lihavuus [6], ja esiintyvyys GEJ karsinoomien on pysynyt vakaana viimeisten 20 vuoden aikana [7]. Lisäksi ennustetta GEJ karsinoomien on todettu olevan huonompi kuin mahakarsinoomat, ja on epävarmaa, onko GEJ karsinoomat syytä järjestetään mahan tai ruokatorven kasvainten [8]. Joissa tehdään ero karsinoomat GEJ, ruokatorven ja mahalaukun voi parantaa keräämistä merkityksellistä epidemiologista tietoa ja suurentaa hallinnan tarkkuutta [9].
Useat tutkimukset ovat havainneet eroja molekyylitason ominaisuudet GEJ karsinoomien verrattuna niihin, jotka syntyvät muualla vatsassa. TP53
mutaatiot ovat yleisempää GEJ kuin distaalisessa mahassa, kun taas Heterotsygotian menetys on TP53
paikka on myös yleisempää GEJ kasvaimissa [10,11]. Merkittävät erot promoottori metylaatio hinnat APC
ja CDKN2A
on myös kuvattu [12]. Lisäksi erot APC
mutaationopeudet ja proteiinin ekspression, sekä erot globaalissa geeniekspressioprofiilien kahden sivustoja on myös osoitettu [13-16].
Testaus amplifikaatioita ErbB2
( joka tunnetaan myös nimellä HER2
) -geenin mahalaukun ja ruokatorven risteyksessä syöpiä on nyt rutiinia käytäntö monissa toimielimissä [17]. Samoin testaus kuljettajan mutaatioita, erityisesti yhden nukleotidin substituutioita, vuonna onkogeenien ja tuumorisuppressorigeeneille nykyisin ilmoittaa kohtelun adenokarsinoomissa muita sivustoja, kuten keuhko- ja paksusuolen [18-20]. Kuten edelleen molekyyli- tavoitteita havaitaan yli tauti sivustoja, tehokas määrityksiä vaaditaan määrittämään syövät alttiutta täsmähoitoon.
Seuraavan sukupolven sekvensointi voidaan käyttää lähitulevaisuudessa kuulustella useita geenejä yhdessä näytteessä, ja nämä tiedot voitaisiin käyttää ilmoittamaan kliinikot kuljettajan mutaatioiden ja ohjata kohdennettua hoitoa. Kohdennettu paneeli sekvensointi on eräänlaista seuraavan sukupolven sekvensointi jossa yhden nukleotidin variantit havaitaan rajallinen määrä aikaisemmin määritelty genomista lokusten, jotka tahallaan usein ennusteen ja terapeuttisesti kriittinen. Paneeli sekvensointi mahdollistaa multiplexing näytteitä, ja syvä kattavuus (> 500x) helpottaa analyysi optimaalisella mallin materiaalin arkistointiin kudoksesta ja näytteitä alhainen kasvaimen soluihin. Kapeampi joukko geenejä mahdollistaa myös nopeamman näytteen käsittelyyn ja bioinformatiikan analyysi. Näin ollen, todellisia tuloksia voidaan saada päivän kuluessa, eikä viikkoa, verrattuna koko genomin ja exome lähestymistapoja. Kuitenkin data on rajoittaa luonnostaan ​​puolueellinen valinta geenien, ja kyvyttömyys havaita kopioluvun muutoksia, Heterotsygotian menetys, ja rakenteelliset uudelleenjärjestelyt kuten geenifuusioissa. Siten tehokas käyttö NGS vaatii huolellista arviointia teknologioiden määrityksen rajoituksia, mallin vaatimukset sekä tutkimus- ja kliinisiin kysymyksiin harkitaan.
Tavoitteet Tässä tutkimuksessa koetin hyödyllisyyttä paneelin sekvensoinnilla formaliinikiinnitetyt parafiini- sulautettujen (FFPE) kudos, ja verrata kliinisesti selityksin GEJ ja mahakarsinoomat kautta paneeli sekvensointi kuormittajat 46 syövän geenien. Olemme myös vertasi taajuudet mutaatioiden tunnistetaan paneeli sekvensointi kuormittajat vastaan ​​koko-exome sekvensointi käyttäen julkisesti saatavilla tietoja Cancer Genome Atlas. Tool Menetelmät
asia valinta ja haku ennusteeseen viittaavia tietoja
Institutional etiikka hyväksyntä saatiin University of British Columbia /British Columbia Cancer Agency tutkimuseettiseltä (# H07-2807), ja tutkimus tehtiin mukaisesti Helsingin julistuksen. Tapaukset mahalaukun syöpä haettiin osastojen arkistoja British Columbia Cancer Agency (BCCA), maakuntien lähete keskus. Inclusion perusteita asian viraston välillä 2004 ja 2010, saatavissa FFPE kudosta resektioleikkaukselle primaarikasvaimen, täydelliset ennusteeseen viittaavia tietoja, mukaan lukien kliinisten tulosten seurannasta, ja puuttuminen etäpesäkkeitä klo esitys. Kudosnäytteistä ensisijainen ja etäpesäkeleesioita jätettiin pois, koska ei ole täydellisten patologisen tietoja. GEJ sijainti määriteltiin vaurioita episentrumi 5 cm: n proksimaalisen pään mahalaukun Rugal taittuu [21]. Ei erotettiin toisistaan ​​kasvainten suhteen sijainnin niiden Järistyksen sisällä 5 cm GEJ (ts Siewert tyyppi ei kirjattu) [22]. Karsinoomat sijaitsevat yksinomaan ruokatorven suljettiin, koska kohti viimeisimmän WHO: n kriteerien [21]. Kaikki mahalaukun kasvaimet sijoitettu distaalisesti GEJ olivat binned yhdessä tätä tutkimusta varten. Ennusteeseen viittaavia kerättiin takautuvasti arvioimalla potilaan kaavioita jäsen kliinisen joukkue, sekä arvioimalla patologiaraporteista.
Tissue microarray rakentaminen, immunohistokemia ja in situ
-hybridisaatio
Tissue microarray rakentaminen oli suoritetaan käyttäen kahta 0,6 mm ydintä kaksi erillistä osaa kasvaimen. Immunohistokemiallinen värjäys p53 (1: 100; klooni DO-7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), ja epäsuhta korjaus (MMR) proteiinit kuten hMLH1 (01:25; klooni ES05, ​​Leica, Wetzlar, Saksa), MSH2 (1: 5, klooni 25D12, Leica), hMSH6 (1: 300; klooni PU29, Leica), ja hPMS2 (1: 150; klooni MOR4G, Leica ) suoritettiin XT alustan (Ventana). P53 pisteytettiin poissa (< 1% tumavärjäystä), normaali (1-60% tumavärjäystä tahansa intensiteetti), tai yliekspressio (> 60% tumavärjäystä tahansa intensiteetti). Baf250a ja MMR-proteiinien pisteytettiin ehjänä (≥1% värjäys) tai negatiivinen (< 1% värjäys), joka perustuu proteiinin ilmentyminen, erityisesti kasvainsolujen (eli immuunijärjestelmän ja strooman ekspressio huomiotta). ErbB2
hopea in situ
-hybridisaatio (SISH) suoritettiin käyttäen XT automaattinen IHC /ISH värjäyksen platform (Ventana). ErbB2-
: CEP17 suhde < 2,0 luokiteltiin ei-monistettu, ja arvo ≥2.0 vahvistettuna. Leimaus SISH signaaleja perustui vahvistettujen menettelyjen [17].
DNA näytteen käsittelyn, sekvensointi, ja variantti kutsuvan
Kussakin tapauksessa hematoksyliinillä ja eosiinilla dioja käytettiin ohjaamaan macrodissection tai vieritys kasvainkudoksen välillä FFPE liukuu seuraavista hahmotellaan kasvainten anatominen patologi. Kasvaimen DNA kussakin tapauksessa uutettiin käyttäen Qiagen FFPE DNA (Qiagen, Venlo, Alankomaat); no ituradan DNA uutettiin. Uutettu DNA kvantifioitiin käyttäen qubit HS dsDNA määritys (Life Technologies Gaithersburg, MD, USA); Kaikissa tapauksissa oli vähintään 10 ng DNA: ta FFPE, sopusoinnussa aiemmin raportoitu vaatimus määritys [21]. Vähintään A260 /280-suhde 1,8 tarvittiin jokaista DNA-näyte. DNA amplikoni-kirjaston rakentaminen suoritettiin käyttäen DNA-alukkeita Ion Ampliseq ™ Cancer hotspot Panel v1 (Life Technologies). Sarja sisältää 207 alukepareja, jotka kattavat 739 kuormittajat kuluessa 46 syöpään liittyvien geenien (Additional tiedosto 1: Taulukko S1). Indeksoidut amplikoni kirjastot yhdistettiin emulsiota polymeraasiketjureaktion ja sekvensointi on Ion Torrent PGM alustan (Life Technologies). Vähintään ainakin 500x emäsparin peitto oli tarpeen tapauskohtaisesti. Variantti kutsuvan suoritettiin käyttäen Torrent variantti soittajan v2.2 (Life Technologies) käyttäen hg19 viite genomiin. Vain vaihtoehdot läsnä taajuuksilla ≥5% katsottiin. Koska ituradan DNA ollut käytettävissä vertailua, variantteja jätettiin mahdollisimman somaattisia mutaatioita, jos ne tunnistettiin yhden emäksen monimuotoisuus, jonka keskiarvo on alleeli taajuuksilla > 0 sisällä dbSNP tietokannassa (www. NCBI. NLM. NIH. Gov /SNP); niiden asema ei-ituradan varianttien varmistettiin edelleen käyttäen PubMed haku (www. NCBI. NLM. NIH. gov /PubMed).
Vertailu Cancer Genome Atlas (TCGA) data
kuratoinut somaattinen mutaatio vaatii 281 TCGA mahan adenokarsinooman näytteet, joiden tiedetään olevan anatomisia sivustoja haettiin TCGA data Portal (http: //TCGA-data. NCI. NIH. gov /TCGA /) 19. helmikuuta 2014 mennessä. proteiinia koodaavan mutaatiot sijaitsevat alueilla monistettiin Ion Ampliseq ™ Cancer hotspot Panel v1 kussakin 46 geenit saatiin tapauksissa ja ositettu sijainti (60 cardia /proksimaalisten ja gastroesofageaalinen risteykseen versus
221 silmänpohjan /body, antrum /distaalinen ja mahan NOS). Kopioi numero data, RNA ekspressiotietojen, ja proteiinin ilmentyminen tietoja ei pidetty oman määritys tunnistaa vain yhden nukleotidin variantteja (SNVs) ja pieni emäsparin insertiot /deleetiot (indeleitä). Taajuudet mutaatioita, riippumatta mutaation, verrattiin verrattuna hotspot useita paneelin sekvensointi, että meidän suorittaa.
Tietojen analysointi
Mann-Whitney U-testejä ja opiskelija-t-testejä käytettiin verrattaessa lineaarinen muuttujia, tarvittaessa. Fisherin tarkka ja chi-neliö kokeet tarvittaessa käytettiin vertaamaan kategorisen arvoihin. Survival-analyysit suoritettiin käyttäen log-rank (Kaplan-Meier) ja Coxin suhteellisten riskien testejä. 46 paneeli geenit kartoitettiin Kioton Encyclopedia of Genes and Genomit (Kegg) [22,23] ja Ingenuity® Integrated Pathway Analysis ohjelma (Qiagen) tunnistaa onkogeeniset polkuja ja verkostoja rikastettiin mutaatioita, ja testata tilastollisesti merkitseviä eroja välillä gastroesofageaalinen risteykseen ja mahalaukun adenokarsinoomaa yksilöitä. P
arvot korjattiin useita testejä käyttäen Benjamini-Hochberg (BH) korjaus [24]. Kaikki tilastolliset testit kaksisuuntaisia ​​ja P
arvo < 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä. Tilastolliset analyysit tehtiin SPSS Statistics ohjelmisto (V22, IBM, Armonk, NJ, USA) ja R tilastokieltä v.2.15.1 (R Core Team (2012). R: Kieli ja ympäristö tilastollisiin computing. R Foundation for tilastollinen Computing, Wien, Itävalta. ISBN 3-900051-07-0, URL http: //www. R-projekti. org /).
tulokset
sisällä osastojen arkistoon klo BCCA, 229 resektio yksilöitä mahalaukun ja GEJ karsinoomia saatiin 2004-2010 ja oli saatavilla rakentamiseen kudoksen mikrosirun. DNA oli käytettävissä kopioiminen 176 tapausta. Ei ennusteeseen viittaavia tietoja oli käytettävissä korrelaatio 6 tapauksessa. Kolme tapausta oli etäpesäkkeitä dokumentoitu kuukauden kuluessa esityksen, ja nämä jätettiin pois analyysistä. Lopuista 167 tapauksissa 92 alkunsa mahalaukkurajan risteyksessä ja 75 peräisin jäljellä mahassa (kuvio 1). Kuva 1 Virtauksen kaaviota tapauksessa valinta ja syrjäytymisen tutkimuskohortissa.
ennusteeseen viittaavia eroja GEJ ja mahakarsinoomat
viittaavia tekijöitä näistä tapauksista on koottu taulukkoon 1 ja nimettömiksi kliiniset tiedot annetaan täydentävä tiedosto (Additional tiedosto 2: Taulukko S2). GEJ karsinoomia liittyi nuorempi ikä resektio, useammin suoliston-tyyppinen ja harvemmin hajanainen histologia, useammin p53 yli-ilmentymisen ja harvemmin menetys p53 ilmaisun, useammin vaiheen III tauti, harvemmin vaihe I tauti, ja useammin toistuminen. Taudista vapaa elinaika oli merkittävästi huonompi potilailla, joilla GEJ karsinoomat (kuvio 2A), vaikka kaksi ikäluokat eivät olleet tilastollisesti eri kannalta kokonaiselinaikaa (kuvio 2B). Muut viittaavia tekijöitä olivat samankaltaisia ​​kasvaimia kahdessa paikassa, mukaan lukien T-vaiheessa, resektio marginaali osallistumista, ErbB2:
vahvistusta, ja MMR-proteiinin menetys (taulukko 1). Osuus diffuusi karsinoomien Lauren luokittelu) oli samanlainen kahden sivustoja. Alaryhmäanalyysissä vain suoliston-tyyppinen karsinoomien osoitti sitkeät erot GEJ ja mahakarsinoomat tautivapaan eloonjäämisen ja p53 ilme. Erot ikä, p53 ilmaus ja tulos säilyi harkittaessa vain suoliston-tyyppinen karsinoomien, sekä silloin, kun kasvaimet ositettu kolmeen alatyyppiin (proksimaalinen kuin hajanainen, hajanainen, ja distaalisen ei diffuusi) ehdottivat Shah et ai. [16] (Additional tiedosto 3: Taulukko S3) .table 1 Yhteenveto clinocopathologic muuttujien kohortin ennusteeseen viittaavia muuttujia cardia ja ei-cardia adenokarsinooman
ennusteeseen viittaavia muuttuja
Gastroesofageaalinen risteykseen (n = 92)

Non-cardia (n = 75)
Overall (n = 167)
s
Ikä (keskiarvo, vuotta) B 61,5 + /- 9.6 [33-80]
66,3 +/- 11,9 [33-84]
63,7 +/- 10,9 [33-84]
0,001
Sex
0,297
Male
70 (76) B 51 (68) B 121 (73) B Nainen
22 (24) B 24 (32) B 46 (27) B histologisen alatyypin (Lauren)
0,008
Suoliston
65 (71) B 36 (48) B-101 (60) B Diffuusi
15 (16) B 26 (35)
41 (25) B Mixed
12 (13) B 13 (17) B 25 (15) B-vaihe (AJCC) B 0,031
IA-B
10 (11) B 19 (25) B 29 (17) B-IIA-B
60 (65) B 45 (60) B-105 (63) B- III-AC
22 (24) B 11 (15) B 33 (20) B-luokan
0,415
Well eriytetty (G1) B 4 (5) B 10 (6) B Kohtalaisen eriytetty (G2)
39 (42) B 25 (33) B 64 (38) B Huonosti eriytetty (G3)
47 (51)
46 (61) B 93 (56) B Kaarileikkaus marginaali
0,306
sivullisten
74 (80) B 65 (87) B-139 (83) B Mukana
18 (20) B-10 (13) B 28 (17) B-ErbB2 vahvistus
0,654
Absent
78 (85) B 66 (88)
144 (86) B Esitä
14 (15) B-9 (12) B 23 (14) B BAF250a (ARID1A) lauseke
0,111
Ehjä
73 (79) B-51 (68) B 124 (74) B Absent
19 (21) B 24 (32) B 43 (26) B-p53 ilmaus
2.8x10 -4
0 - poissa
32 (35) B-47 (63) B-79 (47) B-1 - normaali (1-60%)
17 (19)
14 (19) B 31 (19) B 2 - lisääntynyt (> 60%) B 43 (47) B 14 (19) B 57 (34) B- mismatch korjaus proteiinit
0,244
Ehjä
77 (84) B 57 (76) B-135 (80) B Epänormaali
15 (16) B 18 (24)
33 (20) B lukumäärä uusiutumista
57 (62) B-32 (43) B 89 (53) B 0,019
mediaani ilman taudin etenemistä (kk)
12
18
15
kuolleiden määrä
69 (75) B 48 (64) B-117 (70) B 0.130
mediaani kokonaiselossaoloaika (kuukautta )
18,0
23,0
20,0
Kuvio 2 vertailu tautivapaan elinajan ja yleistä potilaiden välillä, joilla ruokatorven ja mahalaukun karsinoomat. A) Tauti elinaika oli merkittävästi huonompi ruokatorven karsinoomien (yhtenäiset viivat) verrattuna mahalaukun carcinoms (katkoviivat), Log-rank-testi; p = 0,002, vaikka B) yleiseen eloonjäämiseen ei ollut eroa näiden kahden taudin sivustoja (Log-rank-testi; p = 0,225).
on monimuuttuja-analyysi, GEJ sijainti oli itsenäisesti liittyy huonompi tautivapaan elinajan (Cox Proportional Hazard = 2,08 [95%: n luottamusväli: 1,25-3,44], p = 0,005) yhdessä marginaali tila ja microsatellite epävakaus (Additional tiedosto 4: Taulukko S4). Ikä, kasvaimen ja marginaali osallistuminen olivat itsenäisesti ennustetekijöiden kokonaiselinaika (Additional tiedosto 5: Taulukko S5).
Mutaatiot tunnistetaan syöpä paneelin
Kaikista tapauksista, 145 mutaatioita havaittiin 31 geenejä, 75 mutaatiot havaitaan keskuudessa 57 kasvainten GEJ, ja 70 mutaatioiden joukossa havaitaan 43 mahalaukun kasvaimet (kuvio 3). Mutaatioita havaittiin 35 (38%) ja 32 (43%) kasvainten GEJ ja mahassa, tässä järjestyksessä. TP53
oli yleisimmin mutatoitujen geenien tuotteina, varianttien kanssa tunnistettu 59 167 tapausta (35%). Seuraavaksi yleisimmin mutatoituja geenejä PI3KCA
(6%), CTNNB1
(5%), KRAS
(5%) ja Smad4
(4%). Muut vaihtoehdot sisältyvät hotspot mutaatioita IDH1
(2 tapausta), JAK3
(3 tapausta), ja FLT3
(2 tapausta). Yksi mutaatio todettiin 70 tapauksessa (42%), 2 mutaatiot tunnistettiin 20 tapauksessa (12%), ja ≥3 mutaatiot tunnistettiin 10 tapauksessa (6%). Kuvio 3 Somaattiset mutaatiot tunnistettiin gastroesofageaalinen risteykseen ja mahakarsinoomat. TP53
mutaatioita tunnistettiin suuremman osan ruokatorven risteyksessä kasvaimia, kun taas poikkeavuudet APC
/CTNNB1
esiintyi useammin mahalaukun kasvaimet. Musta lohkot edustavat lyhennetty mutaatioita, kun taas harmaat palkit edustavat missensemutaatioita. Kotelot ja geenit, joissa mutaatiot ei tunnistettu eivät sisälly.
Ei mutaatioita tunnistettiin sisällä hotspot alueilla ALK
, CSF1R
, EGFR
, FGFR2
, HNF1A
, HRAS
, JAK2
, MPL
, NPM1
, sääntelyviranomaisten
, SRC
, STK11
tai VHL
. Kaikki variantti puhelut ovat saatavilla täydentäviä tietoja (Additional tiedosto 6: Taulukko S6).
Erot mutaatioiden välillä GEJ ja vatsa
TP53
mutaatioita tunnistettiin 39 92 (42%) GEJ kasvaimia ja 20 75 (27%) mahalaukun kasvaimet (p = 0,036). Kun jakautuvat 3 alatyyppeihin ehdottama Shah et ai. [16], TP53
mutaatioita esiintyi useammin proksimaalisessa nondiffuse syöpiä (44%) kuin diffuusi syöpiä (37%) ja distaalisen nondiffuse syöpiä (20%; p = 0,024). Tämä luokitus osoitti myös useammin mutaatioita KRAS
sisällä distaalinen nondiffuse syöpiä (12%) verrattuna proksimaalinen nondiffuse (3%) ja diffuusi (0%) karsinoomien (p = 0,12). Mitään merkittäviä eroja mutaatio taajuudet olivat läsnä joukossa muun yksittäisten geenien paneelissa. Kaksi osaa Wnt-reitin, APC
ja CTNNB1
, olivat yhteenlaskettuna mutatoitunut useammin mahakarsinoomat kuin GEJ kasvaimissa (16% vs. 3%, p = 0,006). Mahakarsinoomat useammin oli mutaatioita 3 tai useampia geenejä (11% vs. 2%, p = 0,044; kuvio 4). Mitään eroja osallistumista onkogeenisten polkuja havaittiin kahden sivustoja, jotka perustuvat Mutaatioiden. Kuva 4 osuudet GEJ ja mahakarsinoomat numerot on tunnistettu koko ja käytännöllisiä mutaatioita. Solid tummien alueiden sarakkeet edustavat tapauksia 1 mutaatio, tummat diagonaalinen vuorattu alueet edustavat tapauksia 2 mutaatioita, ja täplikäs alueet edustavat tapauksissa 3 tai enemmän mutaatioita.
Potentiaalisesti käytännöllisiä mutaatioita
Kohdennettu hoitomuodot ovat käytettävissä tai kehitteillä mutaatiot esiintyvät seuraavissa geeneistä: AKT
[25], BRAF
[26], erbB2
[27], erbB4
[28], FGFR1
[29], FGFR3
[30], FLT3
[31,32], IDH1
[33], JAK3
[31], KDR
[34,35], KRAS
[36], MET
[34], PDGFRA
[37], PIK3CA
[25], PTEN
[25], PTPN11
[38], RET
[39], SMO
[40]. Mutaatiot Näiden geenien havaittiin 32 tapauksessa (19%), mukaan lukien 6 tapauksessa (4%) ja 2 mutaatioita ja 3 tapauksessa (2%) ≥3 mutaatioita. Jakauma käytännöllisiä mutaatioita ollut merkitsevää eroa GEJ ja mahakarsinoomat (p = 0,327; Kuva 4).
Prognostic merkitys mutaatioiden
erbB4
mutaatioita liittyi huonompi tautivapaan elinajan (p = 0,018 ), vaikka oli olemassa suuntaus kohti huonompi tautivapaan elinajan liittyvän mutaatioihin ABL1
(p = 0,063) ja JAK3
(p = 0,059). Mikään näistä mutaatioista olivat ennusteen mukaan merkittäviä huomioidaan iän, sukupuolen, Lauren alatyyppi, vaihe, laatu ja marginaali tila. Mutaatiot BRAF
(p < 0,001), FGFR3
(p < 0,001), FLT3
(p < 0,001) liittyi huonompi eloonjäämiseen yhden muuttujan analyysiin, seurauksena yhden tapauksen mutaatioita kaikissa kolmessa näistä geeneistä.). BRAF
mutaatio säilyi ennusteen mukaan merkittäviä huomioidaan iän, sukupuolen, Lauren alatyyppi, vaihe, laatu ja marginaali tila (p = 0,002).
Vertailu TCGA tietojen
Arvioitaessa hotspot kohdealueet jaksotusta paneeli , kokonaismäärä mutatoituja geenejä tapausta kohti oli samankaltainen TCGA ja tutkia kohortteja (p = 0,659), myös silloin, kun verrataan joko GEJ (p = 0,399) tai mahalaukun (p = 0,845) kasvaimia vain (kuvio 5A). Suuntaus kohti useammin tapauksia, joissa mutaatioita ≥3 geenien vatsassa verrattuna GEJ havaittiin myös, että TCGA data (12% vs. 3%, p = 0,054). Yleinen esiintyvyys TP53
mutaatioita ei ollut eroa tutkimuskohortissa ja TCGA kohortti (p = 0,230). Mitään eroja TP53
, KRAS
, ja APC
/CTNNB1
mutaationopeudet välillä GEJ ja mahakarsinoomat havaittiin TCGA aineisto (kuviot 5B-D). Mutatisoituneet geenien TCGA tietojoukon sisältyvät Additional tiedostoon 7: Taulukko S7. Mitä tulee mutaatiot mahdollisine ennustetekijöiden merkitystä tunnistettu meidän kohortin oli suuntaus huonompi kokonaiselossaoloaikaa liittyy BRAF
mutaatioita (p = 0,079), kun taas mitään ennustetekijöitä yhdistys löydettiin TCGA kohortti yhteydessä mutaatioita erbB4
, ABL1
, JAK3
, FLT3
tai FGFR3
. Kuva 5 vertailu taajuus mutaatiot kuormittajat tunnistettu tutkimuskohortissa käyttäen paneeli sekvensointia, verrattuna mutaatioita tunnistettiin koko exome sekvensointia että TCGA data. A) mutaatiot poikki mutaatiotapahtumaa hotspotien 46 geenien paneelia, B) mutaatioita TP53
, C) mutaatiot KRAS
, ja D) mutaatioita Wnt signalointi komponenttien APC
ja CTNNB1
.
keskustelu
Tämän tutkimuksen tavoitteena koetin hyödyllisyyttä paneelin sekvensointi tunnistaa yhden nukleotidin muutoksia rutiininomaisesti käsitelty mahalaukun resektio yksilöitä, joita voitaisiin käyttää ohjaamaan kohdennettuja hoitoja. Me toissijaisesti pyrittiin kontrasti GEJ ja mahakarsinoomat kohdennetun syvä sekvensointi paneelin 46 syöpään liittyvien geenien, joka paljasti joitakin eroja genomitasolla jotka voivat heijastaa erilaiset ennusteeseen viittaavia profiileja. Lopuksi myös vertasi taajuudet mutaatioiden saatu käyttämällä tämän paneelin tuloksiin koko exome sekvensointi The Cancer Genome Atlas.
Adenokarsinoomia ruoansulatuskanavassa ovat molecularly heterogeenisiä ja monimutkainen [41-44]. Mahalaukun syöpä, syvä sekvensointi yhden emäksen monimuotoisuus ja RNA ilmaisun paneelit ovat äskettäin paljastaneet poikkeavuuksia useilla reittejä kuten WNT, Hedgehog, solu pyöräily, DNA vahinkosaneeraus ja epiteelin-to-mesenkymaalitransitioon [45]. Nykyinen käytetään useita yhden geenin testit on kestämätön annettu tämä monimutkaisuus, erityisesti kun läsnä on kasvava joukko kohdennettuja hoitoja, rajoitettu resursseja, ja rajoitettu kudosten saatavuudesta. Näin ollen on toivottavaa tutkia useita geenejä samanaikaisesti. Paneeli sekvensointi on herkkyys lähes 100% suhteessa tavanomaisissa määrityksissä, kuten Sangerin sekvensointia ja PCR-menetelmiä, sekä kyky havaita SNVs ja indeleitä at alleeli taajuuksilla niinkin alhainen kuin 5% ja 20%, vastaavasti, niin FFPE [21,46-48] ja sytologia yksilöt [49-52]. Kohdennettu paneeli sekvensointi voi havaita poikkeamat syöpään liittyvien geenien alussa syöpien ja esiasteiden vaurioiden [53], ja sen syvä kattavuus voisi olla erityisen hyödyllinen mahasyövän tarjoamalla riittäviä tuloksia huolimatta vähäistä biopsialaitteet ja sekoittumisen kasvainsolujen kanssa desmoplasia ja tulehdussolujen.
Oletetut kuljettaja mutaatiot tunnistettiin enemmistö GEJ ja mahakarsinoomat tutkittu tässä tutkimuksessa. Ylivoimaisesti useimmin havaittu mutatoitu geeni TP53
, ja nämä mutaatiot on myös havaittu varhaisessa vaiheessa ja esiasteleesioita käyttäen samaa määritystä [53]. Useita kuljettaja mutaatiot tunnistettiin useissa tapauksissa, vahvistaa ajatusta, että useiden geenien on kysellään kerran genomisesti monimutkainen kasvaimia, kuten mahalaukun adenokarsinooman. Tapaus, jossa on mutaatio BRAF
(sekä FLT3 ja FGFR3) oli yhteydessä huonoon eloonjäämiseen molemmilla yhden muuttujan ja monimuuttuja analyysiä. Tämä havainto heijastaa suuntaus havaittiin TCGA data kohti ottaen heikkoa selviytymistä BRAF
-mutated kasvaimia, mikä viittaa siihen, että joissakin tapauksissa paneelissa sekvensointi voisi olla ennusteen rooli.
Pystyimme myös havaitsemaan mahdollisesti käytännöllisiä mutaatioita suunnilleen 20% tapauksista, jotka osallistuvat joko geenejä tai reittejä missä kohdennetut hoidot ovat käytettävissä tai kehitteillä. Vaikka tämä luku olisi mieluiten oltava korkeampi, meidän määritys koski ainoastaan ​​tiettyjä hotspot alueilla näiden geenien, eikä osuus kopiomäärä muutoksia, jotka voivat myös tuottaa hyödyllistä tietoa. Yksityiskohtaisempi jaottelu tällaisia ​​paneeleja sisältämään laajempaa geenien ja geenisegmenttien todennäköisesti kasvaa osuutta tapauksia, joissa mutaatiot tunnistetaan. Esimerkiksi, vaikka TP53
mutaatioita esiintyy kaikkialla geeni, paneeli kattaa ensisijaisesti eksonit 5-8, ja jotkut geenin segmentit, joita ei ole sekvensoitu liitetään useimmin menetys p53 immunohistokemia [54]. Tämä seikka voi mahdollisesti selittää sekä erot määrien TP53
mutaatioiden ja kuviot Immunohistokemiallisen ilmentymisen havaittiin GEJ ja vatsaan. Kaikki kirjoittajat luettu ja hyväksytty lopullinen käsikirjoitus.

• Rooli PET /CT havaitsemiseen mahalaukun syövän uusiutumiseen
• Sytoreduktiivisen leikkaus plus hypertermistä vatsaonteloon kemoterapiaa eloonjäämistä mahasyövän vatsakalvon carcinomatosis: todisteita kokeellinen study