Retrospektív a célzott mély szekvenálás kiderül mutációs különbségeket gastrooesophagealis csomópont és a gyomor carcinomas

retrospektív a célzott mély szekvenálás kiderül mutációs különbségeket gastrooesophagealis csomópont és a gyomor carcinoma katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa adenokarcinóma mind a gastrooesophagealis csomópont és a gyomor molekulárisan összetett, de különböznek egymástól epidemiológia, etiológia és a túlélés. Kevés adat közvetlenül összehasonlítottuk a frekvenciák egyetlen nukleotid mutációkat a rákkal kapcsolatos gének a két terület között. Szekvenálása célzott gén panelek hasznosak lehetnek feltárásában többszörös genomiális aberráció segítségével egy teszt.
Módszerek
származó DNS-t 92 gastrooesophagealis csomópont és 75 gyomor adenokarcinóma reszekció példányok t extraháltunk formalin-fixált, paraffinba ágyazott szövet. Célzott mély szekvenálása 46 rákkal kapcsolatos gének keresztül végzett emulziós PCR, majd a félvezető alapú szekvenálás. Gastrooesophagealis csomópont és gastricus karcinómák voltak szembeállítva tekintetében mutációs profil, immunhisztokémiai és in situ
hibridizáció, valamint a megfelelő klinikopatológiai adatok.
Eredménye
gastroesophagealis átmenet carcinomák társított fiatalabb korban, gyakoribb intesztinális típusú szövettan, gyakoribb p53 túltermelése, és ami még rosszabb betegségmentes túlélés többváltozós elemzés. Közül minden esetben 145 mutációt mutattunk 31 géneket. TP53 katalógusa mutáció volt a leggyakoribb rendellenességet észlelnek, és gyakoribbak voltak gastrooesophagealis csomópont carcinoma (42% vs. 27%, p = 0,036). Mutáció a Wnt útvonal alkatrészek APC katalógusa és CTNNB1 katalógusa volt gyakoribb a gyomor carcinoma (16% vs. 3%, p = 0,006), és a gyomor carcinoma nagyobb valószínűséggel van ≥3 vezető mutációk felismerése (11% vs 2%, p = 0,044). Húsz százaléka az esetek egyébként potenciálisan támadható mutációt azonosítottak. R132H és R132C missense mutáció a IDH1 katalógusa gén észleltek, és az első bejelentett mutációk a maguk nemében gyomorrák.
Következtetések katalógusa Panel szekvenálása rutin patológiai anyagot kapunk mutációs információ több vezető gének, köztük néhány, amelyek a célzott terápiák állnak rendelkezésre. Eltérő mértékű mutáció és klinikopatológiai különbségek támogatja különbséget adenocarcinoma felmerülő, a gastrooesophagealis csomópont és azok során felmerülő, a gyomor megfelelő. Katalógusa Kulcsszavak katalógusa Gyomorrák gastrooesophagealis csomópont rák Gyomorrák genomika Gyomorrák szekvenálás Háttér katalógusa Gyomor- rák számlák több mint 10000 ember halálát okozza évente az Egyesült Államokban [1], és ez a második leggyakoribb daganatos halálok világszerte. [2] Bár carcinoma a gastrooesophagealis csomópont (GEJ) csoportosították a gyomor carcinoma rákregiszterek és a klinikai vizsgálatok célzott terápiák [3], elváltozások a két telek van külön klinikai jellemzői. Adenokarcinómája a gyomor megfelelő elsősorban helicobacter pylori által okozott
fertőzés [4] és csökken a világszerte előforduló [1]. Ezzel szemben a GEJ rák leginkább kapcsolódó gastrooesophagealis reflux betegség [2-5] és az elhízás, [6] és az előfordulási GEJ carcinoma stabil maradt az elmúlt 20 évben [7]. Ezen túlmenően, a prognózisa GEJ karcinómák észlelte, hogy rosszabb, mint a gyomor-karcinómák, és van bizonytalanság, hogy GEJ karcinómák kell színre, mint a gyomor- vagy nyelőcső daganatok [8]. Felismerve a különbséget carcinoma a GEJ, nyelőcsőben és a gyomorban fokozhatja a gyűjtemény értelmes epidemiológiai adatok, és nagyobb irányítási pontosság [9].
Számos tanulmány megállapította, különbségek a molekuláris jellemzői GEJ carcinoma versus felmerülő máshol a gyomorban. TP53 katalógusa mutációk gyakoribbak a GEJ, mint a gyomor distalis, míg elvesztése heterozigótaság a TP53 katalógusa locus is gyakoribb GEJ daganatok [10,11]. Jelentős különbségek promoter metiláció mértékét APC
és CDKN2A
is ismertették [12]. Továbbá, a különbségek a APC
mutációs ráta és a fehérje expresszióját, valamint a különbségek a globális génexpressziós profilokat a két hely között is kimutatták [13-16].
Tesztelése amplifikáció az ERBB2 katalógusa ( más néven HER2 katalógusa) gén gyomor- és gastrooesophagealis csomópont rák ma már rutin gyakorlat számos intézmény [17]. Hasonlóképpen, a vizsgálat a vezető mutációk, különösen egyetlen nukleotid szubsztitúció, az onkogének és tumor szupresszor gének jelenleg tájékoztatja kezelés adenocarcinoma más területek, mint például a tüdő és a vastagbél [18-20]. Mivel a további molekuláris célpontok felfedezett szerte a beteg területek, hatékony vizsgálatok lesz szükség, hogy meghatározzák a rák "érzékenység célzott kezelést.
Következő generációs szekvenálás lehet használni a közeljövőben kihallgatni több gén egyetlen mintán, és ezek az adatok lehetne használni, hogy tájékoztassa a klinikusok a vezető mutációk és irányítja célzott kezelést. Célzott panel szekvenálás egyik formája a következő generációs szekvenálás ahol egyetlen nukleotid variánsok észlelt korlátozott számú előzőleg meghatározott genomi lókuszok, ami által szándék gyakran prognosztikailag és terápiásan kritikus. Panel szekvenálása lehetővé teszi a multiplex minták, és mély lefedettség (> 500x) elősegíti az elemzés a szuboptimális sablon anyag archivált szövetek és a mintákat az alacsony tumorsejtet tartalmazó. A szűkebb génkészlet is lehetővé teszi a gyorsabb mintának feldolgozás és bioinformatikai elemzése. Így támadható eredményeket lehet elérni néhány napon belül, nem pedig a hetet, míg a teljes génállománya exome megközelítések. Az adatok azonban korlátozza az a eredendően elfogult kiválasztása gének, és a képtelenség, hogy észlelni kópiaszám változások, elvesztése heterozigótaság, és szerkezeti átrendeződések, például génfúziókat. Így a hatékony felhasználását NGS gondos értékelése technológiák vizsgálat korlátai, sablon követelményeknek, valamint a kutatás és a klinikai eldöntendő kérdések.
Célkitűzései E tanulmány arra, hogy a szonda hasznosságát panel szekvenálás formalin-fixált paraffinba beágyazott (FFPE) szövet, és összehasonlítani klinikailag jegyzetekkel GEJ és a gyomor carcinoma keresztül panel szekvenálása hotspotok 46 rákos géneket. Azt is kérte, hogy összehasonlítsuk a frekvenciák azonosított mutációk panellel szekvenálása hotspotok ellen egész exome szekvenálás segítségével nyilvánosan elérhető adatok a The Cancer Genome Atlas. Katalógusa módszerek katalógusa Case kiválasztása és visszakeresése klinikopatológiai adatok katalógusa intézményi etikai jóváhagyást kapott a University of British Columbia /Columbia Cancer Agency British etikai bizottság (# H07-2807), és kutatást összhangban Helsinki nyilatkozat. Esetekben a gyomor carcinoma lekért megyei levéltár a British Columbia Cancer Agency (BCCA), a tartományi elé központ. Inclusion kritériumok elé a hivatal 2004 és 2010 között, a rendelkezésre álló FFPE szövet sebészi eltávolítását a primer tumor teljes klinikai és patológiai adatok, beleértve a klinikai eredményeket az utánkövetés, és nincs az áttétes betegség bemutatót. Biopsziás mintákat a primer és metasztatikus léziók kizárták hiánya miatt a teljes patológiai adatok. GEJ helyét definiáltuk léziók egy epicentruma belül 5 cm a proximális végén a gyomor Rugal redők [21]. Nem tettek különbséget daganatok tekintetében a helyét a epicentruma az 5 cm a GEJ (azaz Siewert típus nem került rögzítésre) [22]. Carcinomák található kizárólag a nyelőcső kizárták, mint egy a legutóbbi WHO-kritériumok [21]. Minden gyomor tumor található disztálisan a GEJ arra binned együtt ebben a vizsgálatban. Klinikopatológiai adatgyűjtés visszamenőleg áttekintése révén a betegek diagramok egyik tagja a klinikai csapat, valamint a felülvizsgálat patológiai jelentéseket. Katalógusa Tissue microarray építése, immunhisztokémiai és in situ hibridizáció katalógusa katalógusa Tissue microarray építkezés alkalmazásával hajtjuk végre a két 0,6 mm-es magot két különböző szakaszain daganat. Immunhisztokémiai festését p53 (1: 100; klón DO-7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), és a mismatch repair (MMR) proteinek, beleértve a hMLH1 (01:25; klón ES05, ​​Leica, Wetzlar, Németország), MSH2 (1: 5; klón 25D12, Leica), hMSH6 (1: 300; klón PU29, Leica) és hPMS2 (1: 150; klón MOR4G, Leica ) végeztünk a XT platform (Ventana). A p53 expressziója pontoztuk mint hiányzik (< 1% nukleáris festés), normál (1-60% nukleáris festődést minden intenzitás), vagy túlzott expressziója (> 60% nukleáris festődést minden intenzitás). Baf250a és MMR fehérjék pontoztuk intakt (≥1% festés) vagy negatív (< 1% festés) alapuló fehérje expresszióját specifikusan a tumor sejtekben (azaz az immunrendszer és stromális expresszió figyelmen kívül hagyva). ERBB2 katalógusa ezüst in situ hibridizáció katalógusa (SISH) segítségével végeztük XT automatikus IHC /ISH festés platform (Ventana). A ERBB2 katalógusa: CEP17 arány < 2,0 minősítették, nem erősített, és az érték ≥2.0 őket felerősített. Felsorolás SISH jelek alapult megállapított protokollokkal [17]. Katalógusa DNS-minta feldolgozása, a sorrendiséget és variáns hívó katalógusa Minden esetben, hematoxilin-eozin lemezeket használni azoknak macrodissection vagy görgetés daganatos szövetet FFPE csúszik következő felvázolja a daganatok anatómiai patológus. A tumor DNS-t mindegyik esetben kivontuk Qiagen FFPE DNS extrakciós kit (Qiagen, Venlo, Hollandia); nem csírasejt DNS-t izoláltunk. A kivont DNS-t mennyiségi meghatározását a qubit HS dsDNS assay (Life Technologies Gaithersburg, MD, USA); minden esetben volt legalább 10 ng DNS-t kivonjuk FFPE, összhangban egy korábban ismertetett követelmény, hogy a vizsgálati eljárás [21]. A minimális A260 /280 arány 1,8 volt szükség minden egyes DNS mintát. DNS-amplikon-könyvtár létrehozása végeztünk DNS primerek a Ion Ampliseq ™ Rák Hotspot Panel V1 (Life Technologies). A készlet 207 primer párokat, amelyek lefedik 739 hotspot belül 46 rákkal kapcsolatos gének (Plusz fájl 1: Táblázat S1). Indexelt fragmentum könyvtárak egyesítjük emulziós polimeráz láncreakció és szekvenálás az Ion Torrent PGM platform (Life Technologies). A minimálisan legalább 500x bázispár lefedettség volt szükség minden esetben. Variant hívó segítségével végeztük Torrent Variant hívófél v2.2 (Life Technologies) alkalmazásával a hg19 referencia genomban. Csak változatok jelen frekvencián ≥5% tekintették. Mivel csíravonal DNS nem volt elérhető az összehasonlítás, variánsok kizárták a lehető szomatikus mutációk, ha azok azonosítottak egyetlen nukleotid polimorfizmusok átlagos allél frekvenciái > 0 belül dbSNP adatbázis (www. NCBI. NLM. NIH. Gov /SNP); az állapotát a nem csíravonal változatok is megerősítette egy PubMed keresési (www. NCBI. NLM. NIH. gov /PubMed). katalógusa Összehasonlítás a Cancer Genome Atlas (TCGA) adatai katalógusa kurátora szomatikus mutáció felhívások 281 TCGA gyomor adenokarcinóma minta ismert anatómiai helyeket lekért TCGA Data Portal (http: //tcga-adatokat. NCI. NIH. gov /tcga /) február 19-én 2014-ben. fehérjét kódoló mutációk régiókban helyezkednek el felerősített Ion Ampliseq ™ Rák Hotspot Panel v1 mind a 46 gént kaptunk esetekben és rétegezni hely (60 cardia /proximális és gyomor találkozásánál versus katalógusa 221 szemfenéki /test, antrumból /distalis és a gyomor NOS). Kópiaszám adatok RNS kifejező adatokat, és fehérje expressziós adatokat nem vették figyelembe a saját assay csak észleli egypontos nukleotid variánsok (SNVs) és a kis bázispár beszúrások /törlések (INDELs). A frekvenciák mutációk, függetlenül attól, hogy milyen típusú mutáció, összehasonlították szemben a hotspot több panel szekvenálás, hogy végeztünk. Katalógusa Adatelemzés
Mann-Whitney U-tesztet és Student t-próbát használtunk összehasonlítani lineáris változók, ha helyénvaló. Fisher egzakt és chi-négyzet próbát, és adott esetben arra használják összehasonlítani kategorikus értékeket. Túlélési elemzéseket végeztünk a log-rank (Kaplan-Meier) és Cox vizsgálatok. A 46 panel géneket térképezni, hogy a kiotói Encyclopedia of Gének és Genomes (Kegg) [22,23], és a Ingenuity® integrált Út Analysis Program (Qiagen) azonosítása onkogén utak és hálózatok dúsított mutációk, és a teszt statisztikailag szignifikáns különbségeket között gastrooesophagealis csomópont és gyomor adenokarcinóma példányok. P katalógusa értékeket korrigáltuk többszörös vizsgálat során a Benjamini- Hochberg (BH) korrekció [24]. Minden statisztikai vizsgálatokat kétmintás és egy P katalógusa értéke < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Statisztikai elemzéseket végeztünk SPSS statisztikai szoftver (V22, IBM, Armonk, NJ, USA) és az R statisztikai nyelv v.2.15.1 (R Core Team (2012). R: A nyelv és a környezet számára a statisztikai számítások. R Alapítvány statisztikai Computing, Bécs, Ausztria. ISBN 3-900051-07-0, http: //www. R-projekt. org /). katalógusa Eredmények
belül megyei levéltár a BCCA, 229 reszekció példányok gyomor- és GEJ carcinomák kaptuk 2004-2010 és álltak rendelkezésre építése szöveti microarray. DNS-kitermelésre 176 esetben. Nem klinikai és patológiai adatok álltak rendelkezésre korreláció 6 esetben. Három eset volt áttétes betegség dokumentált egy hónapon belül bemutatása, és ezeket kizártuk az elemzésből. A fennmaradó 167 esetben 92 származott a gastrooesophagealis csomópont és a 75 származik a maradék a gyomor (1. ábra). 1. ábra Folyamatábra részletező esetben kiválasztás és kizárás a tanulmány korosztály.
klinikai és különbségek GEJ és a gyomor carcinoma
klinikopatológiai jellemzői ezek az esetek az 1. táblázatban összefoglalt és névtelenítjük klinikai adatok biztosított kiegészítő fájl (Plusz fájl 2: táblázat S2). GEJ carcinomák kapcsolódó fiatalabb korban rezekció, gyakrabban intesztinális típusú és ritkább diffúz szövettan, gyakoribb p53 túltermelése és ritkább elvesztése p53-expresszió gyakoribb stádiumú betegség ritkább I. stádiumú, és gyakrabban kiújulás. Betegségmentes túlélés szignifikánsan rosszabb volt a betegek között szignifikánsan GEJ carcinoma (2A ábra), bár a két csoport között nem volt szignifikáns eltéréseket mutatnak a teljes túlélés (2B). Egyéb klinikai és patológiai jellemzői hasonlóak voltak daganatai két helyszínen, köztük a T-szakasz, reszekciós bevonása, ERBB2 katalógusa erősítés, és MMR fehérje veszteség (1. táblázat). Aránya a diffúz carcinomák Lauren besorolás) hasonló volt a két terület között. Alcsoport elemzést csak bél típusú carcinoma megmutatta tartós különbségek GEJ és a gyomor carcinoma a betegségmentes túlélés és a p53 expresszió. Különbségek a kor, a p53 expresszió és eredménye megmarad, ha figyelembe vesszük csak bél típusú karcinómák, valamint akkor, amikor a tumorokat rétegezni három altípusa (proximális nem diffúz, diffúz, és disztális nem diffúz) által javasolt Shah et al. [16] (kiegészítő fájl 3: táblázat S3) .table 1 Összefoglaló a clinocopathologic változók a kohorsz klinikai és patológiai osztályon belül cardia és a nem cardia adenocarcinoma
klinikai és változó
gastrooesophagealis csomópont (n = 92)
Non-cardia (n = 75) Matton Átlag (n = 167) Matton p Matton Életkor (átlag, év) hotelben 61,5 + /- 9,6 [33-80]
66,3 +/- 11,9 [33-84] katalógusa 63,7 +/- 10,9 [33-84] katalógusa 0.001 katalógusa szex katalógusa 0.297 katalógusa Férfi
70 (76) hotelben 51 (68) hotelben 121 (73) fiatal női katalógusa 22 (24) hotelben 24 (32) hotelben 46 (27) hotelben szövettani altípus (Lauren) hotelben 0,008 katalógusa Bél katalógusa 65 (71) hotelben 36 (48) hotelben 101 (60) hotelben Diffúz katalógusa 15 (16) hotelben 26 (35) katalógusa 41 (25) hotelben Vegyes katalógusa 12 (13) hotelben 13 (17) hotelben 25 (15) hotelben Stage (AJCC) hotelben 0,031 katalógusa IA-B
10 (11) hotelben 19 (25) hotelben 29 (17) hotelben IIA-B katalógusa 60 (65) hotelben 45 (60) hotelben 105 (63) hotelben III-AC katalógusa 22 (24) hotelben 11 (15) hotelben 33 (20) hotelben Grade
0,415 katalógusa jól differenciált (G1) hotelben 4 (5) katalógusa 10 (6) hotelben Közepesen differenciált (G2) hotelben 39 (42) hotelben 25 (33) hotelben 64 (38) hotelben rosszul differenciált (G3) hotelben 47 (51)
46 (61) hotelben 93 (56) hotelben reszekciós katalógusa 0,306 katalógusa érdektelen
74 (80) hotelben 65 (87) hotelben 139 (83) hotelben részt katalógusa 18 (20) hotelben 10 (13) hotelben 28 (17) hotelben ERBB2 erősítés katalógusa 0,654 katalógusa Hiányzik katalógusa 78 (85) hotelben 66 (88)
144 (86) hotelben Mutassa katalógusa 14 (15) hotelben 9 (12) hotelben 23 (14) hotelben BAF250a (ARID1A) kifejezés katalógusa 0,111 katalógusa Ép katalógusa 73 (79) hotelben 51 (68) hotelben 124 (74) hotelben Hiányzik katalógusa 19 (21) hotelben 24 (32) hotelben 43 (26) hotelben p53 expresszió katalógusa 2.8x10 -4 katalógusa 0 - nincs katalógusa 32 (35) hotelben 47 (63) hotelben 79 (47) hotelben 1 - normál (1-60%) hotelben 17 (19) katalógusa 14 (19) hotelben 31 (19) hotelben 2 - növekedett (> 60%) hotelben 43 (47) hotelben 14 (19) hotelben 57 (34) hotelben mismatch repair fehérjék
0.244 katalógusa Ép katalógusa 77 (84) hotelben 57 (76) hotelben 135 (80) hotelben Rendellenes katalógusa 15 (16) hotelben 18 (24) katalógusa 33 (20) hotelben száma kiújulás
57 (62) hotelben 32 (43) hotelben 89 (53) hotelben 0,019 katalógusa átlagos progressziómentes túlélés (hónap)
12 katalógusa 18 katalógusa 15 katalógusa halálozások száma katalógusa 69 (75) hotelben 48 (64) hotelben 117 (70) hotelben 0.130 katalógusa teljes túlélés mediánja (hónap ) hotelben 18,0 katalógusa 23,0 katalógusa 20,0 katalógusa 2. ábra összehasonlítása betegségmentes túlélés és a teljes túlélés közötti betegek gyomor-nyelőcső és a gyomor carcinoma. A) a betegség túlélés szignifikánsan rosszabb a gyomor carcinoma (folytonos vonal), mint a gyomor carcinoms (szaggatott vonalak) Log-rank teszt; p = 0,002, bár B) teljes túlélés nem különbözött a két beteg területek (Log-rank próba, p = 0,225). katalógusa A többváltozós elemzés GEJ helyszín független kapcsolatban áll a rosszabb betegségmentes túlélés (Cox = 2,08 [95% -os konfidencia intervallum: 1,25-3,44], p = 0,005), valamint a szél státusa és mikroszatellit-instabilitása (Plusz fájl 4: táblázat S4). Életkor, a tumor grade és margó részvételük függetlenül prognosztikai teljes túlélés (Plusz fájl 5: táblázat S5). Katalógusa azonosított mutációk a rák panel katalógusa közül minden esetben 145 mutációt detektáltunk 31 gén 75 mutáció kimutatható között 57 a tumorok a GEJ és 70 mutációk észlelt között 43 gyomor tumorok (3. ábra). Nem mutációkat találtak a 35 (38%) és 32 (43%) a tumorok a GEJ és a gyomor, ill. TP53
volt a leggyakrabban mutált gén, a variánsokat azonosítottak 59 167 esetben (35%). A következő leggyakrabban mutált gének voltak PI3KCA katalógusa (6%), CTNNB1 katalógusa (5%), a KRAS katalógusa (5%) és a Smad4 katalógusa (4%). Más változatok szerepelnek hotspot mutációk IDH1 katalógusa (2 esetben), JAK3 katalógusa (3 eset), és FLT3 katalógusa (2 esetben). Egy mutációt azonosították 70 esetben (42%), 2 mutációt azonosítottunk 20 esetben (12%), és ≥3 mutációt azonosítottunk 10 esetben (6%). 3. ábra szomatikus mutációkat azonosítottak gastrooesophagealis csomópont és a gyomor carcinoma. TP53 katalógusa mutációt azonosítottunk egy nagyobb arányban gastrooesophagealis csomópont daganatok, míg kóros APC katalógusa /CTNNB1 katalógusa gyakrabban fordultak elő a gyomor tumorok. Fekete színű négyzetek jelzik csonkolása mutáció, míg a szürke négyzetek jelzik missense mutáció. Esetekben és gének, amelyek mutációt nem azonosították nem tartalmazza.
Nem mutációt azonosítani az hotspot régióiban ALK katalógusa, CSF1R katalógusa, EGFR katalógusa, FGFR2 katalógusa, HNF1A katalógusa, HRAS katalógusa, JAK2 katalógusa, MPL katalógusa, NPM1 katalógusa, a nemzeti szabályozó hatóságok katalógusa, SRC katalógusa, STK11 katalógusa vagy VHL katalógusa. Minden változat hívások állnak a kiegészítő adatok (További fájlok 6. táblázat S6). Katalógusa különbségek mutáció az GEJ és a gyomor katalógusa TP53 katalógusa mutációt azonosítottunk 39 92 (42%) GEJ daganatok és 20 75 (27%) a gyomor daganatok (p = 0,036). Amikor oszlik a 3 altípusra által javasolt Shah et al. [16], TP53 katalógusa mutáció gyakrabban közelebbi nondiffuse rák (44%), mint a diffúz rák (37%) és a távolabbi nondiffuse daganatok (20%; p = 0,024). Ez a besorolás azt is kimutatta, gyakoribb mutációt KRAS
belül disztális nondiffuse rákok (12%), szemben proximális nondiffuse (3%) és a diffúz (0%) karcinómák (p = 0,12). Nem volt szignifikáns különbség a mutációs gyakoriság jelen voltak a többi között az egyes gének a panelen. Két komponense Wnt útvonal, az APC
és CTNNB1
voltak az aggregált mutált gyakrabban gastricus karcinómák, mint a GEJ tumorok (16% vs. 3%, p = 0,006). Gastricus karcinómák gyakrabban volt mutációt 3 vagy több gén (11% vs. 2%, p = 0,044; 4. ábra). Nem volt különbség a bevonása onkogén utak észlelték a két terület között, amely a mutációs profil. 4. ábra arányai GEJ és a gyomor carcinoma számokkal azonosított összes és támadható mutációk. Szilárd sötét területei az oszlopok jelentik esetek 1 mutáció, sötét átlós bélelt területeket képviselnek esetben 2 mutációt, valamint foltos területek jelentik esetben 3 vagy több mutációt.
Potenciálisan támadható mutációk
célzott terápiák állnak rendelkezésre, vagy a fejlesztés mutációk előforduló következő gének: AKT katalógusa [25], BRAF katalógusa [26], ERBB2 katalógusa [27], erbB4 katalógusa [28], FGFR1 katalógusa [29], FGFR3
[30], FLT3 katalógusa [31,32], IDH1 katalógusa [33], JAK3 katalógusa [31], KDR katalógusa [34,35], KRAS katalógusa [36], MET katalógusa [34], PDGFRA katalógusa [37], PIK3CA katalógusa [25], PTEN katalógusa [25], PTPN11 katalógusa [38], a RET katalógusa [39], SMO
[40]. Mutációk ezeket a géneket azonosítottak 32 esetben (19%), beleértve a 6 esetben (4%), 2 mutációk és 3 esetben (2%) ≥3 mutációkat. A terjesztési perelhető mutációk nem volt szignifikáns különbség a két GEJ és a gyomor carcinoma (p = 0,327; 4. ábra). Katalógusa prognosztikai jelentősége mutációk katalógusa Erb4 katalógusa mutációt jártak rosszabbul a betegségmentes túlélés (p = 0,018 ), míg volt egy tendencia rosszabb betegségmentes túlélés társult mutációk ABL1 katalógusa (p = 0,063) és JAK3 katalógusa (p = 0,059). Ezek közül egyik sem mutációk prognosztikai után jelentős számviteli életkor, nem, Lauren altípus, színpadi, minőségű és árrés állapotát. Mutációi BRAF katalógusa (p < 0,001), FGFR3 katalógusa (p < 0,001), FLT3 katalógusa (p < 0,001) jártak rosszabbul a teljes túlélés egyváltozós elemzés eredményeként egy esetben mutációival mindhárom géneket.). BRAF katalógusa mutáció maradt prognostically után jelentős számviteli életkor, nem, Lauren altípus, színpadi, minőségű és árrés állapot (p = 0,002). Katalógusa összehasonlítás TCGA adatok katalógusa értékelése során a hotspot által lefedett régiók szekvenálás panel a teljes mutált gének száma per esetén hasonló volt a TCGA és tanulmányi kohorszok (p = 0,659), akkor is, ha összehasonlítjuk mindkét GEJ (p = 0,399), illetve a gyomor (p = 0,845) a tumor csak (5A ábra). A tendencia a gyakoribb esetekben mutációival ≥3 gének a gyomorban, mint a GEJ is megfigyelhető volt a TCGA adatok (12% vs. 3%, p = 0,054). Az általános gyakorisága TP53 katalógusa mutációk között nem volt különbség a tanulmány kohorsz és TCGA kohorsz (p = 0,230). Nem találtak különbséget a TP53 katalógusa, KRAS katalógusa, és APC katalógusa /CTNNB1 katalógusa mutációs ráta között GEJ és a gyomor carcinoma volt megfigyelhető a TCGA adatbázisba (ábrák 5B-D). A mutáns gének TCGA adathalmaz tartalmazza Kiegészítő fájl 7. táblázat S7. Ami a mutációk esetleges prognosztikai azonosított a kohort volt a tendencia, rosszabb teljes túlélés társult BRAF katalógusa mutációkat (p = 0,079), míg a prognosztikai összefüggést találtunk a TCGA kohorsz együtt mutációk Erb4
, ABL1 katalógusa, JAK3 katalógusa, FLT3 katalógusa vagy FGFR3 katalógusa. 5. ábra összehasonlítása a gyakorisága mutációk belül hotspotok azonosított a tanulmány kohorsz használatával panel szekvenálás, összehasonlítva a mutációk segítségével azonosítottuk egész exome szekvenálás a TCGA adatokat. A) Mutációk az egész mutációs hotspotok a 46 gének a panel, B) mutációk TP53 katalógusa, C) mutációk a KRAS katalógusa, és D) mutáció a Wnt jelátvitel komponenseket APC
és CTNNB1
.
Megbeszélés katalógusa Ezen tanulmány célja, hogy a szonda hasznosságát panel szekvenálás azonosításában egyetlen nukleotid változásokat rendszeresen feldolgozott gyomor reszekció példányok, amelyet fel lehetne használni, hogy irányítsák a célzott terápiák. Mi másodsorban kívánta szembeállítani GEJ és a gyomor carcinoma célzott mély szekvenálása panel 46 rákkal kapcsolatos gének, amely feltárta, néhány különbség a genom szintjén, amelyek tükrözhetik különböző klinikai és patológiai profilokat. Végül, azt is kérte, hogy hasonlítsa össze a frekvenciák mutációk nyert ezzel a panel eredményeit egész exome sorrendjének a Cancer Genome Atlas. Katalógusa adenokarcinóma a tápcsatornában molekulárisan heterogén és az összetett [41-44]. A gyomor karcinóma, mély szekvenálása egypontos nukleotid polimorfizmus és az RNS-expresszió tömbök nemrégiben felfedte rendellenességek számos útvonalban beleértve WNT, Hedgehog, a sejtciklus, DNS-károsodás javítására és az epiteliális-To-mesenchymalis átmenet [45]. A jelenlegi használata több egyetlen gén vizsgálatok tarthatatlan adott ez a komplexitás, különösen a jelenlétében egyre több célzott terápiák korlátozott források és a korlátozott szöveti állás. Így kívánatos, hogy vizsgálja meg több gén egyszerre. Panel szekvenálás érzékenysége közel 100% relatív a hagyományos vizsgálati eljárások, mint például Sanger-féle szekvenálással és a PCR-alapú módszerek, valamint képes érzékelni SNVs és INDELs át allélfrekvenciák olyan alacsony, mint 5% és 20%, illetve a mindkét FFPE [21,46-48] és citológiai minták [49-52]. Célzott panel szekvenálás képes érzékelni aberrációk rákkal kapcsolatos gének korai gyomor rákos megbetegedések és a prekurzorok léziók [53], és a mély lefedettség, különösen hasznos lehet a gyomorrák által nyújtott megfelelő eredmények ellenére csekély biopsziás anyagot és a keveredés a tumorsejtek desmoplasia és a gyulladásos sejtek.
a vélt vezető mutációkat azonosítottak többsége GEJ és a gyomor-karcinómák vizsgáltuk ebben a vizsgálatban. Messze a leggyakrabban észlelt mutált gén volt TP53 katalógusa, és ezek a mutációk esetében is megfigyelhető volt a korai szakaszban, és prekurzor elváltozások ugyanazt a vizsgálati eljárás [53]. Több vezető mutációt azonosítottunk több esetben, megerősítve azt az elképzelést, hogy több gén kell kihallgatni egyszerre genomically komplex tumorok, például a gyomor adenocarcinoma. Egy esetben egy mutációt BRAF katalógusa (valamint FLT3 és FGFR3) összefüggésbe hozták az általában gyenge túléléssel mindkét egyváltozós és többváltozós elemzést. Ez az eredmény tükrözi a trend figyelhető meg a TCGA adatok felé szegény összesített túlélést BRAF katalógusa -mutated daganatok, ami arra utal, hogy bizonyos esetekben a panel szekvenálás volna egy prognosztikai szerepét. Katalógusa tudtunk kimutatni, potenciálisan támadható mutációk mintegy esetek 20% -ában, amely az érintett vagy gének, vagy utak, ahol a célzott terápiák állnak rendelkezésre, vagy fejlesztés alatt áll. Bár ez a szám ideális esetben magasabb lesz, a vizsgálat csak akkor tartozik az egyes régiók hotspot ezen gének, és nem teszik kópiaszámától ami szintén hasznos információk nyerhetők. További finomítására ilyen panelek, hogy az szélesebb körű gének és génszegmensek valószínűleg növekedni fog esetek aránya, amelyekben a mutációkat azonosítottak. Például, bár TP53
mutációk az egész gént, a panel elsősorban kiterjed exonok 5-8, és néhány, a génszegmensek, amelyek nem voltak szekvenált gyakrabban elvesztésével jár p53 immunhisztokémiai [54]. Ez a tény a potenciálisan bemutassa a különbségek az árak a TP53 katalógusa mutációk és minták immunhisztokémiai expressziója figyelhető meg a GEJ és a gyomor. Minden szerző elolvasta és jóváhagyta a végleges kéziratot. Katalógusa

• A szerepe PET /CT kimutatására gyomor rák kiújulásának
• Cytoreductiv műtét plusz hyperthermiás hasüregbe kemoterápia javítja a túlélést a gyomorrák peritoneális carcinomatosis: bizonyíték egy kísérleti tanulmány