Retrospektiv gjennomgang med målrettet dypt sekvensering avslører mutasjons forskjeller mellom gastroøsofageal krysset og mage karsinom

Retrospektiv gjennomgang med målrettet dypt sekvensering avslører mutasjons forskjeller mellom gastroøsofageal krysset og mage karsinom
Abstract
Bakgrunn
adenokarsinomer av både gastroøsofageal krysset og magen er molekylært kompleks, men forskjellige med hensyn til epidemiologi, etiologi og overlevelse. Det er få data direkte sammenligning frekvensene av single nucleotide mutasjoner i kreftrelaterte gener mellom de to stedene. Sekvensering av målrettede genet paneler kan være nyttige for å avdekke flere genomiske avvik ved hjelp av en enkelt test.
Metoder
DNA fra 92 gastroøsofageal krysset og 75 gastrisk adenokarsinom reseksjon prøver ble hentet fra formalinfiksert parafin-embedded tissue. Målrettet dyp sekvensering av 46 kreftrelaterte gener ble utført gjennom emulsjon PCR etterfulgt av halvlederbaserte sekvensering. Gastroøsofageal krysset og mage karsinom ble kontrastert med hensyn til mutasjonsprofiler, immunhistokjemi og in situ
hybridisering, samt tilsvarende clinicopathologic data.
Resultater
gastroøsofageale overgang karsinom ble assosiert med yngre alder, hyppigere intestinal-type histologi, hyppigere p53 overekspresjon, og verre sykdomsfri overlevelse på multivariat analyse. Blant alle tilfeller ble 145 mutasjoner påvist i 31 gener. TP53
mutasjoner var den vanligste abnormitet oppdaget, og var mer vanlig i gastroøsofageale overgang karsinom (42% vs. 27%, p = 0,036). Mutasjoner i Wnt sti komponenter APC Hotell og CTNNB1
var mer vanlig blant mage karsinom (16% vs. 3%, p = 0,006), og mage karsinom var mer sannsynlig å ha ≥3 driver mutasjoner detektert (11% vs. 2%, p = 0,044). Tjue prosent av tilfellene hadde potensielt handlings mutasjoner identifisert. R132H og R132C missense mutasjoner i IDH1
genet ble observert, og er det første rapporterte mutasjoner i sitt slag i magekreft.
Konklusjoner
Panel sekvensering av rutine patologi materialet kan gi mutasjons informasjon om flere driver gener, inkludert noen som målrettede terapier er tilgjengelige. Ulike priser av mutasjoner og clinicopathologic forskjeller støtter et skille mellom adenokarsinomer som oppstår i gastroøsofageal krysset og de som oppstår i magen riktig.
Nøkkelord
magekreft gastroøsofageal krysset kreftmagekreft genomikk Magekreft sekvense Bakgrunn
Gastric kreft står for mer enn 10 000 dødsfall årlig i USA [1], og er den nest vanligste årsaken til kreftdødelighet i verden [2]. Selv karsinomer i gastroøsofageal krysset (GEJ) har blitt gruppert med gastrisk karsinom i kreftregistre og i kliniske studier for målrettet terapi [3], lesjoner på disse to områdene har forskjellige kliniske funksjoner. Adenokarsinomer i magen riktig er primært forårsaket av Helicobacter pylori
infeksjon [4] og er avtagende i forekomst over hele verden [1]. I kontrast er GEJ kreft mest assosiert med gastroøsofageal reflukssykdom [2-5] og fedme [6], og forekomsten av GEJ karsinomer har holdt seg stabil de siste 20 årene [7]. I tillegg har prognosen for GEJ karsinomer blitt kjent for å være verre enn gastrisk karsinom, og det er usikkert om GEJ karsinomer skal iscenesettes som mage eller esophageal svulster [8]. Erkjennelsen skillet mellom karsinomer i GEJ, spiserør og mage kan øke innsamling av meningsfulle epidemiologiske data og føre til økt styring presisjon [9].
Flere studier har notert forskjeller i de molekylære egenskapene til GEJ karsinomer versus de som oppstår annet sted i magen. TP53
mutasjoner er hyppigere i GEJ enn i den distale magen, mens tap av heterozygositet av TP53
locus er også mer vanlig i GEJ svulster [10,11]. Signifikante forskjeller i promoter metylering priser av APC Hotell og CDKN2A
har også blitt beskrevet [12]. Videre forskjeller i APC
mutasjon priser og protein uttrykk, samt forskjeller i globale genuttrykk profiler mellom de to stedene har også blitt demonstrert [13-16].
Testing av presiseringer av ErbB2 product: ( også kjent som HER2
) genet i mage og gastroøsofageale overgang kreft er nå rutinemessig praksis i mange institusjoner [17]. Tilsvarende testing for sjåføren mutasjoner, særlig single nucleotide erstatninger, i onkogener og tumorsuppressorgener tiden opplyser behandling i adenokarsinomer andre områder som for eksempel lunge og tykktarm [18-20]. Etter hvert som ytterligere molekylære mål oppdages på tvers av sykdoms steder, vil effektive analyser for å fastlå kreft mottakelighet for målrettet behandling.
Neste generasjon sekvensering kan anvendes i nær fremtid å avhøre flere gener i en enkelt prøve, og disse dataene kan brukes til å informere klinikere av driver mutasjoner og lede målrettet behandling. Målrettet panel sekvensering er en form for neste generasjons sekvensering hvor single nucleotide varianter oppdages i et begrenset antall tidligere bestemt genomisk loci, som etter intensjonen er ofte prognostisk og terapeutisk kritisk. Panel sekvensering muliggjør multipleksing av prøver, og dyp dekning (> 500x) letter analysen av suboptimal templat materiale fra arkiv vev og prøver med lav tumor cellularitet. Den smalere sett av gener gir også mulighet for raskere prøvebehandling og bioinformatiske analyse. Dermed kan nyttige resultater oppnås i løpet av dager, snarere enn uker, sammenlignet med hele genomet og exome tilnærminger. Imidlertid blir data begrenset av de iboende forspent av genene, og den manglende evne til å detektere kopitallendringer, tap av heterozygositet og strukturelle rearrangementer som genfusjoner. Dermed krever effektiv bruk av NGS nøye vurdering av teknologier, analyse begrensninger, mal krav, og forskning og kliniske spørsmål under vurdering.
Formålet med denne studien var å undersøke nytten av panel sekvense på formalinfiksert parafin- innebygd (FFPE) vev, og å sammenligne klinisk kommentert GEJ og mage karsinom gjennom panel sekvensering av hotspots av 46 kreftgener. Vi har også søkt å sammenligne frekvensen av mutasjoner identifisert med panel sekvensering av hotspots mot hel-exome sekvensering, ved hjelp av offentlig tilgjengelige data fra Kreft Genome Atlas.
Metoder
sak utvalg og gjenfinning av clinicopathologic data
institusjonelle etikk godkjenning er innhentet fra University of British Columbia /British Columbia Cancer Agency forskningsetikk bord (# H07-2807), og forskningen ble utført i henhold til Helsinki deklarasjonen. Tilfeller av magekreft ble hentet fra avdelings arkiver fra British Columbia Cancer Agency (BCCA), en provinsiell henvisning sentrum. Inklusjonskriteriene var henvisning til byrået mellom 2004 og 2010, som er tilgjengelig FFPE vev fra kirurgisk reseksjon av primærtumor, komplett clinicopathologic data inkludert kliniske resultater på oppfølging, og fravær av metastatisk sykdom ved presentasjonen. Snitt av primære og metastatiske lesjoner ble ekskludert på grunn av fravær av komplette patologiske data. GEJ plassering ble definert som lesjoner med en skjelv innen 5 cm fra den proksimale enden av Rugal gastriske foldene [21]. Det ble ikke skilt mellom svulster med hensyn til plasseringen av deres episenter innenfor 5 cm av GEJ (dvs. Siewert Typen ble ikke registrert) [22]. Kreftsvulster ligger utelukkende innenfor spiserøret ble ekskludert, som per de nyligste WHOs kriterier [21]. Alle gastriske tumorer som ligger lengst bort fra GEJ ble binned sammen for denne studien. Clinicopathologic data ble samlet retrospektivt gjennom gjennomgang av pasientenes diagrammer av et medlem av den kliniske team, samt gjennom gjennomgang av patologi rapporter.
Tissue microarray konstruksjon, immunhistokjemi og in situ
hybridisering
Tissue microarray konstruksjon var utføres ved anvendelse av to 0,6 mm kjerner fra to separate deler av tumor. Immunhistokjemisk farging for p53 (1: 100; klone DO-7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), og mismatch reparasjon (MMR) proteiner inkludert hMLH1 (01:25; klone ES05, ​​Leica, Wetzlar, Tyskland), MSH2 (1: 5; klone 25D12, Leica), hMSH6 (1: 300; klone PU29, Leica), og hPMS2 (1: 150; klone MOR4G, Leica ) ble utført på XT plattformen (Ventana). Ekspresjon av p53 ble scoret som fraværende (mindre enn 1% nukleær farging), normal (1-60% nukleær farging i alle intensitet), eller overekspresjon (mer enn 60% nukleær farging i alle intensitet). Baf250a og MMR proteiner ble scoret som intakte (≥1% farging) eller negativ (mindre enn 1% farging) basert på protein ekspresjon i tumorceller spesifikt (dvs. immune og stromal ekspresjon ble ignorert). ErbB2
sølv in situ
hybridisering (SISH) ble utført ved hjelp av XT automatisk IHC /ISH farging plattform (Ventana). En ErbB2
: CEP17 ratio < 2,0 ble klassifisert som ikke-forsterket, og en verdi ≥2.0 som forsterket. Opplisting av SISH signaler var basert på etablerte protokoller [17].
DNA-prøve behandling, sekvensering, og variant ringer
I hvert tilfelle, hematoxylin og eosin objektglass ble anvendt for å lede macrodissection eller rulling av tumorvev fra FFPE glir følge skisserte av svulster ved en anatomisk patolog. Tumor DNA fra hvert tilfelle ble hentet ved hjelp av Qiagen FFPE DNA-ekstraksjon kit (Qiagen, Venlo, Nederland); ingen germline DNA ble ekstrahert. Ekstrahert DNA ble kvantifisert ved hjelp av qubit HS dsDNA analyse (Life Technologies Gaithersburg, MD, USA); alle tilfeller hadde et minimum av 10 ng av DNA ekstrahert fra FFPE, i samsvar med en tidligere rapportert behov for analysen [21]. Et minimum A260 /280-forhold på 1,8 var nødvendig for hver DNA-prøve. DNA fragment bibliotek byggingen ble utført ved hjelp av DNA-primere fra Ion Ampliseq ™ Cancer Hotspot Panel v1 (Life Technologies). Settet består av 207 primerpar som dekker 739 hotspots innenfor 46 kreftrelaterte gener (tilleggsfiler 1: Tabell S1). Indekserte amplicon bibliotekene ble slått sammen for emulsjon polymerase chain reaction og sekvensering på Ion Torrent PGM plattform (Life Technologies). Et minimum på minst 500x basepar dekning var nødvendig for hvert enkelt tilfelle. Variant kall ble utført ved hjelp av Torrent Variant Caller v2.2 (Life Technologies) bruker hg19 referansen genom. Bare varianter opptrer med frekvenser ≥5% ble vurdert. Fordi kimlinje DNA var utilgjengelig for sammenligning, ble ekskludert varianter som mulig somatiske mutasjoner hvis de ble identifisert som enkeltnukleotidpolymorfi med midlere allel frekvenser av >.... 0 i dbSNP database (www NCBI NLM nih gov /SNP); sin status som ikke-germline varianter ble ytterligere bekreftet ved hjelp av et søk i PubMed (www. NCBI. NLM. nih. gov /PubMed). Host Sammenligning med Kreft Genome Atlas (TCGA) data
Kuratert somatiske mutasjon samtaler for 281 TCGA magen adenokarsinom prøver med kjente anatomiske områder ble hentet fra TCGA portal~~POS=HEADCOMP (http:... //TCGA-data NCI nih gov /TCGA /) den 19. februar 2014. proteinkodende mutasjoner befinner seg i områdene forsterket av Ion Ampliseq ™ Cancer hotspot Panel v1 i hver av de 46 genene ble oppnådd for saker og stratifisert etter plassering (60 Cardia /proksimale og gastroøsofageal krysset versus
221 fundus /body, antrum /distal og mage NOS). Kopier nummer data, RNA uttrykk data og protein uttrykk data ble ikke ansett som vår egen analyse oppdager bare single nucleotide varianter (SNVs) og små basepar innsett /slettinger (INDELs). Frekvensen av mutasjoner, uavhengig av type mutasjon, ble sammenlignet mot hotspot flere panel sekvensering som vi utførte.
Dataanalyse
Mann-Whitney U-tester og student t-test ble brukt for å sammenligne lineære variabler, der det er hensiktsmessig. Fisher eksakte og chi-kvadrat tester, der det er hensiktsmessig, ble brukt til å sammenligne kategoriske verdier. Survival analyser ble utført ved hjelp av log-rank (Kaplan-Meier) og Cox tester. De 46 panel gener ble kartlagt til Kyoto Encyclopedia of gener og genomer (KEGG) [22,23] og Ingenuity® Integrated Pathway Analysis program (Qiagen) for å identifisere onkogene trasé og nettverk beriket for mutasjoner, og for å teste for statistisk signifikante forskjeller mellom gastroøsofageal krysset og adenokarsinom prøver. P
verdiene ble korrigert for multippel testing med Benjamini-Hochberg (BH) korreksjon [24]. Alle statistiske tester ble tosidige og en P
verdi av < 0,05 ble ansett som statistisk signifikant. Statistiske analyser ble utført ved hjelp av SPSS statistikk programvare (V22, IBM, Armonk, NJ, USA) og R statistisk språk v.2.15.1 (R kjerneteam (2012) R:.. Et språk og miljø for statistisk databehandling R Foundation for . statistisk Computing, Wien, Østerrike ISBN 3-900051-07-0, http:... //www R-prosjektet org /)
Resultater
Innenfor institutt arkiver på BCCA, 229 reseksjon eksemplarer av mage og GEJ karsinom ble innhentet 2004-2010 og var tilgjengelig for bygging av en vev microarray. DNA var tilgjengelig for utvinning for 176 tilfeller. Ingen clinicopathologic data var tilgjengelig for korrelasjon i 6 tilfeller. Tre tilfeller hadde metastatisk sykdom dokumentert innen en måned etter presentasjonen, og disse ble ekskludert fra analysen. Av de resterende 167 tilfellene, 92 oppsto i gastroøsofageal krysset og 75 har sin opprinnelse i det gjenværende av magesekken (figur 1). Figur 1 Flytskjema detaljering tilfelle utvalg og utelukkelse for studiekohorten.
Clinicopathologic forskjeller mellom GEJ og mage karsinom
Den clinicopathologic funksjonene i disse sakene er oppsummert i tabell 1 og anonymisert kliniske data er gitt i en supplerende fil (tilleggsfiler 2: Tabell S2). GEJ karsinom ble assosiert med yngre alder ved reseksjon, hyppigere intestinal-type og sjeldnere diffuse histologi, hyppigere p53 overekspresjon og mindre hyppig tap av p53 uttrykk, hyppigere stadium III sykdom, sjeldnere stadium I sykdom, og mer hyppige tilbakefall. Sykdomsfri overlevelse signifikant dårligere blant pasienter med GEJ karsinom (Figur 2A), selv om de to kohortene ikke var statistisk forskjellig i forhold til total overlevelse (figur 2B). Andre clinicopathologic funksjonene var lik mellom svulster i de to steder, inkludert T-stadium, reseksjon margin engasjement, erbB2
forsterkning, og MMR proteintap (tabell 1). Andelen diffuse karsinomer i Lauren klassifisering) var lik mellom de to stedene. Undergruppeanalyse av bare intestinal-type karsinom viste vedvarende forskjeller mellom GEJ og mage karsinom i sykdomsfri overlevelse og p53 uttrykk. Forskjeller i alder, p53-ekspresjon og resultatet vedvarte ved å betrakte bare intestinal-type karsinomer, så vel som når tumorer ble inndelt i tre undertyper (proksimal ikke-diffuse, diffuse, og distal ikke diffuse) som foreslått av Shah et al. [16] (tilleggsfiler 3: Tabell S3) .table en oppsummering av de clinocopathologic variablene i kohortstudier er clinicopathologic variabler innenfor Cardia og ikke-Cardia adenokarsinomer
Clinicopathologic variabel
gastroøsofageal krysset (n = 92) <.no> ikke-Cardia (n = 75)
Totalt (n = 167)
p
Alder (gjennomsnitt, år)
61,5 + /- 9,6 [33-80]
66,3 +/- 11.9 [33-84]
63,7 +/- 10.9 [33-84]
0,001
Sex
0,297
Mann
70 (76)
51 (68)
121 (73)
Kvinne
22 (24)
24 (32)
46 (27)
Histologisk subtype (Lauren)
0,008
Tarm
65 (71)
36 (48)
101 (60)
Diffuse
15 (16)
26 (35)
41 (25)
Blandet
12 (13)
13 (17)
25 (15)
Stage (AJCC)
0,031
IA-B
10 (11)
19 (25)
29 (17)
IIA-B
60 (65)
45 (60)
105 (63)
III-AC
22 (24)
11 (15)
33 (20)
Grade
0,415
Vel differensiert (G1)
4 (5)
10 (6)
Moderat differensiert (G2)
39 (42)
25 (33)
64 (38)
dårlig differensiert (G3)
47 (51)
46 (61)
93 (56)
Reseksjon margin
0,306
uninvolved
74 (80)
65 (87)
139 (83)
Involvert
18 (20)
10 (13)
28 (17)
ErbB2 forsterkning
0,654
Fraværende
78 (85)
66 (88)
144 (86)
Presenter
14 (15)
9 (12)
23 (14)
BAF250a (ARID1A) uttrykk
0,111
Intakt
73 (79)
51 (68)
124 (74)
Fraværende
19 (21)
24 (32)
43 (26)
p53 uttrykk
2.8x10 -4
0 - fraværende
32 (35)
47 (63)
79 (47)
1 - normal (1-60%)
17 (19)
14 (19)
31 (19)
2 - økt (> 60%)
43 (47)
14 (19)
57 (34)
mismatch reparasjon proteiner
0,244
Intakt
77 (84)
57 (76)
135 (80)
Unormal
15 (16)
18 (24)
33 (20)
Antall gjentakelser
57 (62)
32 (43)
89 (53)
0,019
Median progresjonsfri overlevelse (måneder)
12
18
15
Antall dødsfall
69 (75)
48 (64)
117 (70)
0,130
Median total overlevelse (måneder )
18,0
23,0
20,0
Figur 2 Sammenligning av sykdomsfri overlevelse og total overlevelse mellom pasienter med gastroøsofageal og mage karsinom. A) Sykdomsfri overlevelse signifikant verre for gastroøsofageal karsinom (heltrukne linjer) sammenlignet med mage carcinoms (stiplede linjer), Log-rank test; p = 0,002, selv B) total overlevelse ikke var forskjellig mellom de to sykdoms nettsteder (Log-rank test;. p = 0,225)
På multivariabel analyse, ble GEJ sted uavhengig assosiert med dårligere sykdomsfri overlevelse (Cox proporsjonal Hazard = 2,08 [95% konfidensintervall: 1,25 til 3,44], p = 0,005) sammen med margin status og mikro ustabilitet (tilleggsfiler 4: Tabell S4). Alder, tumor klasse og margin engasjement var uavhengig prognostisk av total overlevelse (tilleggsfiler 5: Tabell S5).
Mutasjoner identifisert med kreft panel
Blant alle tilfeller, 145 mutasjoner ble oppdaget i 31 gener, med 75 mutasjoner påvist blant 57 av svulstene fra GEJ, og 70 mutasjoner som detekteres mellom 43 gastriske tumorer (figur 3). Det er ingen mutasjoner ble detektert i 35 (38%) og 32 (43%) av svulstene fra GEJ og mage, respektivt. TP53
var de hyppigst muterte gener, med varianter som er identifisert i 59 av 167 tilfeller (35%). Hyppigst muterte gener var PI3KCA product: (6%), CTNNB1 plakater (5%), KRAS plakater (5%) og SMAD4 product: (4%). Andre varianter inkludert hotspot mutasjoner i IDH1
(2 tilfeller), JAK3 plakater (3 tilfeller), og FLT3 plakater (2 tilfeller). En enkelt mutasjon ble identifisert i 70 tilfeller (42%), ble 2 mutasjoner identifisert i 20 tilfeller (12%), og ≥3 mutasjoner ble identifisert i 10 tilfeller (6%). Figur 3 Somatiske mutasjoner identifisert i gastroøsofageal krysset og mage karsinom. TP53
mutasjoner ble identifisert i en større del av gastroøsofageale overgang svulster, mens unormalt i APC Twitter /CTNNB1
forekom oftere i mage svulster. Sorte blokkene representerer avkorting mutasjoner, mens grå blokkene representerer missense mutasjoner. Saker og gener hvor mutasjoner ikke ble identifisert er ikke inkludert.
Ingen mutasjoner ble identifisert innenfor hotspot regionene ALK
, CSF1R
, EGFR
, FGFR2
, HNF1A
, HRAS
, JAK2
, MPL
, NPM1
, NRAS
, SRC
, STK11
eller VHL
. Alle variant telefonsamtaler er tilgjengelig i de utfyllende data (Tilleggs fil 6: Tabell S6).
Forskjeller i mutasjoner mellom GEJ og magen
TP53
mutasjoner ble identifisert i 39 av 92 (42%) av GEJ svulster , og i 20 av 75 (27%) gastriske tumorer (p = 0,036). Når inndelt i 3 undertyper foreslått av Shah et al. [16], TP53
mutasjoner forekom oftere i proksimale nondiffuse kreft (44%) enn i diffuse kreft (37%) og distale nondiffuse kreft (20%; p = 0,024). Denne klassifiseringen viste også hyppigere mutasjoner i KRAS
innen distal nondiffuse kreft (12%) versus proksimale nondiffuse (3%) og diffus (0%) karsinom (p = 0,12). Ingen signifikante forskjeller i mutasjons frekvenser var tilstede blant de andre individuelle gener i panelet. To komponenter av Wnt veien, APC Hotell og CTNNB1
, var samlet mutert oftere i mage karsinom enn i GEJ svulster (16% vs. 3%, p = 0,006). Gastriske karsinomer oftere hadde mutasjoner i 3 eller flere gener (11% vs 2%, p = 0,044; figur 4). Ingen forskjeller i involvering av onkogene trasé ble oppdaget mellom de to stedene, basert på mutasjons profiler. Figur 4 Andeler av GEJ og mage karsinom med antall identifiserte totalt og handle mutasjoner. Solid mørke områder i kolonnene representerer tilfeller med en mutasjon, mørke diagonale foret områder representerer tilfeller med 2 mutasjoner, og oppdaget områder representerer tilfeller med 3 eller flere mutasjoner.
Potensielt handlings mutasjoner
Målrettet behandling er tilgjengelig eller under utvikling i mutasjoner forekommer i følgende gener: AKT product: [25], BRAF product: [26], erbB2 product: [27], ErbB4 product: [28], FGFR1 product: [29], FGFR3
[30], FLT3 product: [31,32], IDH1 product: [33], JAK3 product: [31], KDR product: [34,35], KRAS product: [36], MET product: [34], PDGFRA product: [37], PIK3CA product: [25], PTEN product: [25], PTPN11 product: [38], RET product: [39], SMO
[40]. Mutasjoner i disse genene ble identifisert i 32 tilfeller (19%), inkludert 6 tilfeller (4%) med 2 mutasjoner og 3 tilfeller (2%) med ≥3 mutasjoner. Fordelingen av handlings mutasjoner var ikke signifikant forskjellig mellom GEJ og mage karsinom. (P = 0,327; figur 4)
Prognostic betydningen av mutasjoner
ErbB4
mutasjoner ble assosiert med dårligere sykdomsfri overlevelse (p = 0,018 ), mens det var en trend mot lavere sykdomsfri overlevelse assosiert med mutasjoner i ABL1 product: (p = 0,063) og JAK3 product: (p = 0,059). Ingen av disse mutasjonene var prognostisk betydning etter at regnskap for alder, kjønn, Lauren subtype, scene, klasse og margin status. Mutasjoner i BRAF product: (p < 0,001), FGFR3 product: (p < 0,001), FLT3 product: (p < 0,001) var assosiert med dårligere total overlevelse på univariat analyse som et resultat av en enkelt sak med mutasjoner i alle tre av disse genene.). BRAF
mutasjon forble prognostisk betydning etter at regnskap for alder, kjønn, Lauren subtype, scene, klasse og margin status (p = 0,002). Host Sammenligning med TCGA data
Ved vurdering av hotspot regioner som omfattes av sekvense panel , det totale antall muterte gener per tilfelle var lik mellom TCGA og studere gruppene (p = 0,659), blant annet når man sammenligner enten GEJ (p = 0,399) eller mage (p = 0,845) svulster bare (figur 5A). En trend mot hyppigere tilfeller med mutasjoner i gener ≥3 i magesekken sammenlignet med GEJ ble også observert i TCGA data (12% vs. 3%, p = 0,054). Den totale hyppigheten av TP53
mutasjoner var ikke forskjellig mellom studiekohorten og TCGA kohort (p = 0,230). Ingen forskjeller i TP53
, KRAS
, og APC Twitter /CTNNB1
mutasjon priser mellom GEJ og mage karsinom ble observert i TCGA datasettet (figur 5B-D). De muterte gener i TCGA datasettet inngår i tilleggsfiler 7: Tabell S7. Angå mutasjonene med mulig prognostisk betydning identifisert i vår årsklasse, var det en tendens mot lavere total overlevelse assosiert med BRAF
mutasjoner (p = 0,079), mens ingen prognostisk sammenheng ble funnet i TCGA kohort i forbindelse med mutasjoner i ErbB4
, ABL1
, JAK3
, FLT3
eller FGFR3
. Figur 5 Sammenligning av hyppigheten av mutasjoner i hotspots identifisert i studiekohorten ved hjelp panel sekvensering, sammenlignet med mutasjoner identifisert ved hjelp av hel exome sekvensering i TCGA dataene. A) Mutasjoner over mutasjons hotspots i de 46 genene i panelet, B) mutasjoner i TP53
, C) mutasjoner i KRAS
, og D) mutasjoner i Wnt signale komponenter APC Hotell og CTNNB1
.
diskusjon
Denne studien hadde som mål å undersøke nytten av panel sekvense identifisere single nucleotide endringer i rutinemessig behandles gastrisk reseksjon prøver, som kan brukes til å lede målrettet terapi. Vi søkte sekundært til kontrast GEJ og mage karsinom gjennom målrettet dypt sekvensering av et panel av 46 kreftrelaterte gener, som avdekket noen forskjeller på genomisk nivå som kan gjenspeile ulik clinicopathologic profiler. Til slutt har vi også søkt å sammenligne frekvensen av mutasjonene som oppnås ved hjelp av dette panelet med resultater fra hele exome sekvensering i Kreft Genome Atlas.
Adenokarsinomer av mage-tarmkanalen er molekylært heterogene og komplekse [41-44]. I magekreft, har dyp sekvensering av enkeltnukleotidpolymorfi og RNA uttrykk arrays nylig avdekket forandringer i flere veier inkludert WNT, pinnsvin, celle sykling, DNA-skade reparasjon og epithelial-til-mesenchymale overgang [45]. Dagens bruk av flere enkeltgentester er uholdbar gitt denne kompleksiteten, spesielt i nærvær av et økende antall målrettede terapier, begrensede ressurser og tilgjengelighet begrenset vev. Det er således ønskelig å undersøke flere gener samtidig. Panel sekvensering har en sensitivitet på nesten 100% i forhold til konvensjonelle analyser som Sanger-sekvensering og PCR-baserte metoder, samt en evne til å detektere SNVs og INDELs ved allel frekvenser så lavt som 5% og 20%, henholdsvis i begge FFPE- [21,46-48] og cytologi prøver [49-52]. Målrettet panel sekvensering kan oppdage avvik i kreftrelaterte gener tidlig mage kreft og forstadier lesjoner [53], og sin dype dekning kan være spesielt nyttig i magekreft ved å gi tilfredsstillende resultater til tross for snaut biopsimateriale og blandingen av tumorceller med desmoplasia og inflammatoriske celler.
Antatte driver mutasjoner ble identifisert i et flertall av GEJ og mage karsinom undersøkt i denne studien. Den klart mest oppdaget muterte genet var TP53
, og disse mutasjonene har også blitt påvist i tidlig stadium og forstadier bruker samme analyse [53]. Flere driver mutasjoner ble identifisert i flere tilfeller, forsterker ideen om at flere gener trenger å bli avhørt samtidig i genomisk komplekse svulster som mage adenokarsinomer. En sak med en mutasjon i BRAF plakater (samt FLT3 og FGFR3) var assosiert med dårlig totaloverlevelse på både univariat og multivariat analyse. Dette funnet speiler en trend observert i TCGA data mot dårlig total overlevelse i BRAF
-mutated svulster, noe som tyder på at det i enkelte tilfeller panel sekvense kunne ha en prognostisk rolle.
Vi var også i stand til å oppdage potensielt handlings mutasjoner i ca. 20% av tilfellene, som involverte enten gener eller veier hvor målrettet terapi er tilgjengelige eller i utvikling. Mens dette tallet ville ideelt sett være høyere, vår analyse bare dekket enkelte hotspot regioner av disse genene, og ikke står for kopi nummer endringer som også kan gi nyttig informasjon. Videreutvikling av slike paneler for å inkludere et bredere spekter av gener og gen-segmenter vil sannsynligvis øke den andel av tilfellene hvor mutasjoner er identifisert. For eksempel, selv om TP53
mutasjoner forekommer i hele genet, panel omfatter primært eksoner 5-8, og noen av gensegmenter som ikke ble sekvensert blir mer ofte forbundet med tap av p53 på immunhistokjemi [54]. Dette faktum kan potensielt forklare både forskjellene i satsene for TP53
mutasjoner og mønstre av immunhistokjemisk uttrykk observert i GEJ og magen. Alle forfattere lese og godkjent den endelige manuskriptet.

• Rollen til PET /CT i påvisning av magekreft recurrence
• Cytoreduserende kirurgi pluss hyper intraperitoneal kjemoterapi forbedrer overlevelsen av magekreft med peritoneal karsinomatose: bevis fra en eksperimentell study