Ретроспектива с использованием целевого глубокого секвенирования показывает мутационные различия между желудочно-пищеводного соединения и желудочных карцином

Ретроспектива с использованием целевого глубокого секвенирования показывает мутационные различия между желудочно-пищеводного соединения и желудочных карцином
Аннотация
Справочная информация
аденокарциномы как желудочно-пищеводного соединения и желудок являются сложными молекулярно, но различаются по эпидемиологии, этиологии и выживания. Есть несколько данных непосредственно сравнивая частоты одиночных нуклеотидных мутаций в связанных с раком генов между этими двумя сайтами. Секвенирование гена-мишени панелей могут быть полезны в выявлении нескольких геномных аберраций с помощью одного теста.
Методы
ДНК из 92 желудочно-пищеводного соединения и 75 образцов резекция аденокарциномы желудка была извлечена из фиксированных формалином в парафин ткани. Целенаправленное глубокое секвенирование 46 генов, связанных с раком проводили с помощью ПЦР эмульсии с последующим полупроводниковом на основе секвенирования. Желудочно-узел и желудочные карциномы контрастировали по отношению к мутационных профилей, иммуногистохимии и Ситу
гибридизации, а также соответствующие данные клинико.
Результаты
желудочно-пищеводного соединения карцином были связаны с младшим возрастом, более частым кишечным типа гистологии, чаще p53 избыточная экспрессия, и хуже выживаемости без признаков заболевания на многофакторном анализе. Из общего числа случаев, 145 мутации были обнаружены в 31 генах. TP53
мутации были наиболее распространенным ненормальность обнаружена, и были более распространены в желудочно-пищеводного соединения карцином (42% против 27%, p = 0,036). Мутации в Wnt компоненты пути APC
и CTNNB1
были более распространены среди желудочных карцином (16% против 3%, р = 0,006), и карциномы желудка были более склонны иметь ≥3 драйверов мутации обнаружены (11% против 2%, р = 0,044). Двадцать процентов случаев имели потенциально осуществимые мутации идентифицированы. наблюдались R132H и R132C миссенс мутации в гене IDH1
, и являются первыми сообщили мутации своего рода в раке желудка.
Выводы
Панель секвенирование рутинной патологии материала может дать мутационный информацию о нескольких генах водителя, в том числе такие, для которых ориентированные виды терапии доступны. Отличающиеся темпы мутаций и клиникопатологическими различий поддерживают различие между аденокарциномы, которые возникают в желудочно-пищеводного соединения и те, которые возникают в желудке собственно.
Ключевые слова
Желудочный гастроэзофагеальной рак рак желудка перехода геномики рака желудка секвенирования рака фон
желудочной рака составляет более 10 000 смертей в год в Соединенных Штатах [1], и является второй наиболее распространенной причиной смертности от рака во всем мире [2]. Хотя карцином желудочно-пищеводного соединения (GEJ) были сгруппированы с желудочных карцином в раковых регистрах и в клинических испытаниях для целенаправленной терапии [3], поражения на этих двух участках имеют различные клинические особенности. Аденокарциномы желудка собственно, в первую очередь вызваны Helicobacter Pylori
инфекции [4] и уменьшение заболеваемости во всем мире [1]. В противоположность этому, GEJ виды рака наиболее связаны с гастроэзофагеальной рефлюксной болезнью [2-5] и ожирение [6], а частота GEJ карцином остается стабильным на протяжении последних 20 [7] лет. Кроме того, прогноз GEJ карцином было отмечено, что хуже, чем желудочных карцином, и существует неопределенность относительно того, является ли GEJ карцином должен быть поставлен в желудка или пищевода опухолей [8]. Признавая различие между карцином GEJ, пищевода и желудка может улучшить сбор значимых эпидемиологических данных и приводят к повышению точности управления [9].
Несколько исследований отметили различия в молекулярных характеристиках GEJ карцином в сравнении с теми, которые возникают в другом месте в желудке. TP53
мутации чаще в GEJ, чем в дистальных отделах желудка, в то время как потеря гетерозиготности TP53
локуса также чаще встречается у GEJ опухолей [10,11]. Значительные различия в показателях промотора метилирования APC
и CDKN2A
также были описаны [12]. Кроме того, различия в APC
частоты мутаций и экспрессии белка, а также различия в глобальных профилей экспрессии генов между двумя сайтами также были продемонстрированы [13-16].
Тестирование усилений в ERBB2
( также известный как HER2
) гена в желудка и гастроэзофагеальной раков плоскостных теперь обычной практикой во многих учреждениях [17]. Кроме того, тестирование на наличие мутаций водителей, в частности единичных нуклеотидных замен, в онкогенов и генов-супрессоров опухолей в настоящее время информирует лечение в аденокарциномы других сайтов, таких как легких и толстой кишки [18-20]. В качестве дополнительных молекулярных мишеней обнаружены в разных местах проведения болезни, эффективные анализы будут необходимы для определения чувствительности раковых образований 'для целенаправленного лечения.
Следующего поколения последовательности могут быть использованы в ближайшее время, чтобы опрашивать нескольких генов в одном образце, и эти данные могут быть использованы для информирования врачей мутаций водителя и руководство целенаправленного лечения. Целенаправленное панель секвенирование представляет собой форму следующего поколения последовательности, где одиночные варианты нуклеотидных обнаруживаются в ограниченном числе предварительно определенной локусов генома, который по намерению зачастую прогностически и терапевтически критическим. Панель секвенирование позволяет мультиплексирование образцов, и глубокий охват (> 500x) облегчает анализ неоптимального шаблона материала из архивной ткани и образцов с низкой клеточности опухоли. Более узкий набор генов также позволяет быстрее обработки проб и анализа биоинформатики. Таким образом, действенные результаты могут быть получены в течение нескольких дней, а не недель, по сравнению с весь геном и ExoME подходов. Тем не менее, данные ограничены по своей сути необъективной отбора генов, а также неспособность обнаружить изменения количества копий, потеря гетерозиготности, а также структурные перестройки, такие как ген слитых. Таким образом, эффективное использование NGS требует тщательной оценки технологий, ограничения, требования к опробования шаблонов, а также исследования и клинические вопросы на стадии рассмотрения.
Целями данного исследования были исследовать полезность панели секвенирования на фиксированные формалином paraffin- встроенный (FFPE) ткани, а также для сравнения клинически аннотированный GEJ и желудочных карцином через панель последовательности горячих точках 46 генов рака. Мы также стремились сравнить частоты мутаций, идентифицированных с панельным секвенирования горячих точек против целого ExoME секвенирования, используя общедоступный данные The Cancer Genome Atlas.
Методы
Дело выбора и поиска клиникопатологическими данных
институциональными этики утверждение было получено из университета британской Колумбии агентства рака /Британская Колумбия совета по этике (# H07-2807), и исследование было проведено в соответствии с Хельсинской декларацией. Случаи рака желудка были извлечены из ведомственных архивов из Агентства Британской Колумбии рака (BCCA), провинциального направления центра. Критерии включения направления в агентство в период между 2004 и 2010, доступны FFPE ткани из хирургической резекции первичной опухоли, полных клиникопатологическими данных, включая клинические исходы по итогам, а также отсутствие метастазов при постановке диагноза. Биоптатах первичных и метастатических очагов, были исключены из-за отсутствия полных данных патологическими. GEJ местоположение определялось как поражениях с эпицентром в пределах 5 см от проксимального конца желудочного Ругаль складок [21]. Никаких различий не было сделано между опухолями по отношению к месту их эпицентра в пределах 5 см от GEJ (т.е. типа Siewert не был записан) [22]. Карциномы, расположенные исключительно в пищевод были исключены, согласно самым последним критериям ВОЗ [21]. Все опухоли желудка, расположенные дистально по отношению к GEJ были Binned вместе для этого исследования. Клинико-патологические данные были собраны ретроспективно путем анализа графиков пациентов членом клинической группы, а также путем рассмотрения докладов патологии.
Тканей микрочипов строительство, иммуногистохимии и гибридизации Ситу

ткани микрочипов строительства в был осуществляется с помощью двух 0,6 мм сердечники из двух отдельных участков опухоли. Иммуногистохимическое окрашивание для p53 (1: 100; клон DO-7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Sigma-Aldrich, St. Louis, МО), а также ремонт несоответствие (MMR) белки, включая hMLH1 (1:25; клон ES05, ​​Leica, Wetzlar, Германия), MSH2 (1: 5; клон 25D12, Leica), hMSH6 (1: 300; клон PU29, Leica), и hPMS2 (1: 150; клон MOR4G, Leica ) была выполнена на платформе XT (Ventana). Экспрессия р53 оценивали как отсутствует (&ЛТ; 1% ядерное окрашивание), нормальный (1-60% ядерное окрашивание любой интенсивности), или избыточная экспрессия (> 60% ядерное окрашивание любой интенсивности). Baf250a и MMR белки оценивали как неповрежденными (≥1% окрашивания) или отрицательным (&ЛТ; 1% окрашивание) на основе экспрессии белка специфически в опухолевых клетках (т.е. иммунной и стромальных выражение было проигнорировано). ERBB2
серебра Ситу
гибридизации (SISH) в проводили с использованием автоматического IHC /ISH окрашивания платформы XT (Ventana). ERBB2
: соотношение CEP17 &л; 2,0 был классифицирован как без усиления, и значение ≥2.0, как усиливается. Перечень SISH сигналов основывается на установленных протоколов [17].
Обработки образцов ДНК, секвенирование и вариант вызова
В каждом случае гематоксилином и эозином слайды были использованы для руководства macrodissection или прокручивание опухолевой ткани из FFPE скользит следующие с изложением опухолей с помощью патологоанатом. Опухоль ДНК из каждого случая экстрагировали с использованием набора для экстракции ДНК Qiagen FFPE (Qiagen, Венло, Нидерланды); нет зародышевой ДНК не экстрагировали. Извлеченные ДНК количественно с использованием кубит HS дц анализа (Life Technologies Gaithersburg, штат Мэриленд, США); Во всех случаях было как минимум 10 нг ДНК, извлеченной из FFPE, в соответствии с ранее сообщенным требованием для анализа [21]. Минимальное А260 /соотношение 1,8 280 требовалось для каждого образца ДНК. ДНК-строительная библиотека ампликонов проводили с использованием праймеров ДНК из v1 Ion Ampliseq ™ Hotspot Рак Panel (Life Technologies). Комплект состоит из пары 207 праймеров, которые охватывают 739 точек доступа в 46 связанных с раком генов (дополнительный файл 1: Таблица S1). Индексированные библиотеки ампликонов были объединены для эмульсионной полимеразной цепной реакции и секвенирования на платформе Ион Torrent PGM (Life Technologies). Минимум по крайней мере 500x покрытия базовой пары требовалось для каждого случая. Вариант вызывающий проводили с использованием v2.2 Torrent Вариант абоненте (Life Technologies) с использованием эталонного hg19 генома. Только варианты присутствующий на частотах ≥5% были рассмотрены. Поскольку зародышевой ДНК был недоступен для сравнения, варианты были исключены в качестве возможных соматических мутаций, если они были идентифицированы как одиночных нуклеотидных полиморфизмов со средними аллельных частот >.... 0 в базе данных dbSNP (WWW NCBI NLM NIH гов /SNP); их статус как не зародышевых вариантов было дополнительно подтверждено с помощью PubMed поиска (WWW. NCBI. NLM. NIH. GOV /PubMed).
Сравнение с Атлас генома рака (TCGA) данные
куратором соматические мутации вызовы для 281 TCGA образцов желудка аденокарциномы с известными анатомических были извлечены из TCGA Data Portal (HTTP:... //TCGA-данные NCI NIH гов /TCGA /) 19 февраля 2014 года. белоккодирующей мутации, расположенные в регионах, усиливаемых v1 Панель Hotspot Рак Ion Ampliseq ™ в каждом из 46 генов были получены для случаев и расслаивается по местоположению (60 кардии /проксимальная и желудочно-пищеводного соединения по сравнению с 221
фундус /тела, антрального /дистальной и желудок NOS). число Копирование данных, данные экспрессии РНК, а также данные экспрессии белка не рассматривались как наш собственный анализ обнаруживает только единичные нуклеотидные варианты (SNVs) и небольшие вставки /пар оснований делеции (вставкам). Частоты мутаций, независимо от типа мутации, были сопоставлены в сравнении с горячих точек множественной секвенирования панели, которые мы провели.
Анализ данных
Манна-Уитни U-тесты и Стьюдента-тесты были использованы для сравнения линейных переменных, где это уместно. Fisher точные и хи-квадрат тесты, где это уместно, были использованы для сравнения категориальные значения. Выживание анализы проводились с использованием лог-ранговый (Kaplan-Meier) и Кокса испытаний. 46 генов панели были нанесены на карту в Киото Энциклопедии Гены и геномы (KEGG) [22,23] и Ingenuity® Комплексной программы Pathway Analysis (Qiagen) для выявления онкогенных путей и сетей, обогащенные для мутаций, а также для проверки статистически значимых различий между желудочно-пищеводного соединения и желудочных образцов аденокарциномы. P
значения были скорректированы для многократного тестирования с использованием Benjamini-Гохберг (BH) коррекции [24]. Все статистические тесты были двусторонними и P значение &л
; .05 Считалось статистически значимым. Статистический анализ проводился с использованием программного обеспечения SPSS Statistics (v22, IBM, Армонк, штат Нью-Джерси, США) и R статистический язык v.2.15.1 (Core Team R (2012) R:.. Язык и среда для статистических вычислений R Фонд . Статистические вычисления, Вена, Австрия ISBN 3-900051-07-0, URL HTTP:... //WWW R-проекта орг /)
Результаты
в ведомственных архивах на BCCA, 229 резекция желудка образцы и GEJ карцином были получены с 2004 по 2010 год и были доступны для строительства микрочипов ткани. ДНК была доступна для экстракции для 176 случаев. Нет данных клинико-патологический не был доступен для корреляции в 6 случаях. Три случая метастатического заболевания документированную в течение месяца представления, и они были исключены из анализа. Из оставшихся 167 случаев, 92 возникла в желудочно-пищеводного соединения и 75 возникла в оставшейся части желудка (рисунок 1). Рисунок 1 Технологическая схема подробно выбор случая и исключения для исследования когорты.
клиникопатологическими различия между GEJ и желудочных карцином
В клиникопатологическими особенности этих случаев приведены в таблице 1 и анонимными клинические данные содержатся в дополнительном файле (дополнительный файл 2: Таблица S2). GEJ раки были связаны с более молодого возраста при резекции, более частого кишечного типа и реже диффузной гистологии, более частой р53 избыточной экспрессии и менее частой потере экспрессии p53, более частой стадией заболевания III, реже стадии заболевания I, и более частыми рецидивами. выживаемость без признаков заболевания была значительно хуже, среди пациентов с GEJ карцином (Рисунок 2А), хотя две когорты не были статистически отличаются с точки зрения общей выживаемости (рис 2В). Другие особенности клиникопатологическими были похожи между опухолями в двух местах, в том числе Т-стадии, участие края резекции, ERBB2
усиления и потери белка MMR (таблица 1). Доля диффузных карцином в классификации Lauren) была сходной между двумя сайтами. Подгруппа анализ только карцином кишечного типа показали стойкие различия между GEJ и желудочных карцином в выживаемости без признаков заболевания и экспрессии p53. Различия в возрасте, экспрессии р53 и исход сохранялись при рассмотрении только карцином кишечного типа, а также, когда опухоли были разделены на три подтипа (проксимальная недиффузная, диффузный и дистальной недиффузная) в соответствии с рекомендацией Shah и соавт. [16] (Дополнительный файл 3: Таблица S3) .table 1 Резюме clinocopathologic переменных в клиникопатологическими переменных когорты в пределах кардии и не кардии аденокарциномы
клиникопатологическими переменной

желудочно-пищеводного соединения (п = 92)

Non-кардии (п = 75)

В целом (п = 167)

р

Возраст (средний, лет)
61,5 + /- 9.6 [33-80]
66,3 +/- 11,9 [33-84]
63,7 +/- 10,9 [33-84]
0.001
Секс
0,297
мужской
70 (76)
51 (68) 121
(73)
Женский
22 (24) 24
(32)
46 (27)
гистологический подтип (Lauren)
0,008
Кишечные
65 (71) 36
(48)
101 (60)
Диффузный
15 (16) 26
(35)
41 (25)
Смешанная
12 (13) 13
(17)
25 (15)
Stage (AJCC)
0,031
IA-B
10 (11) 19
(25)
29 (17)
IIA-B
60 (65) 45
(60)
105 (63)
III-AC
22 (24)
11 (15) 33
(20)
Grade
0,415
хорошо дифференцированы (G1)
4 (5)
10 (6)
Умеренно дифференцированные (G2)
39 (42) 25
(33)
64 (38)
малодифференцированных (G3)
47 (51) <бр> 46 (61) 93
(56)
Обр.засеч
полях 0,306
невовлеченным
74 (80) 65
(87)
139 (83)
Участвуйте
18 (20) 10
(13)
28 (17)
ERBB2 усиление
0,654
Отсутствует
78 (85) 66
(88) <бр> 144 (86)
Представить
14 (15)
9 (12) 23
(14)
BAF250a выражение (ARID1A)
0,111
неповрежденном
73 (79)
51 (68) 124
(74)
отсутствующего
19 (21) 24
(32)
43 (26)
экспрессии p53
2.8x10 -4
0 - отсутствует
32 (35)
47 (63)
79 (47)
1 - нормальный (1-60%)
17 (19)
14 (19) 31
(19)
2 - увеличение (> 60%)
43 (47) 14
(19)
57 (34)
ремонт Несовпадение белки
0,244
неповрежденными
77 (84) 57
(76)
135 (80)
Аномальные
15 (16) 18
(24)
33 (20)
Количество повторений
57 (62) 32
(43)
89 (53)
0,019
медиана выживаемости без прогрессирования заболевания (месяцы)
12
18
15
Количество смертей
69 (75) 48
(64)
117 (70)
0,130
медиана общей выживаемости (мес )
18,0
23,0
20,0
Рисунок 2 Сравнение выживаемости без признаков заболевания и общей выживаемости между пациентами с гастроэзофагеального и желудочных карцином. А) Болезнь выживаемость была значительно хуже для гастроэзофагеальной карцином (сплошные линии) по сравнению с желудочным carcinoms (пунктирные линии), лог-рангового; р = 0,002, хотя Б) общей выживаемости не отличались между этими двумя сайтами заболеванием (лог-ранговый тест;. р = 0,225)
На многофакторном анализе, GEJ место было независимо связано с хуже выживаемости без признаков заболевания (Кокса пропорциональных рисков = 2,08 [95% доверительный интервал: 1.25-3.44], р = 0,005), а также со статусом маржи и нестабильности микросателлитных (дополнительный файл 4: Таблица S4). Возраст, степень злокачественности опухоли и вовлечение маржи были независимо друг от друга прогностическим общей выживаемости (Дополнительный файл 5: Таблица S5).
Мутации, идентифицированные с панелью рака
Среди всех случаев, 145 мутации были обнаружены в 31 генах, с обнаружено 75 мутаций среди 57 опухолей из GEJ и 70 мутаций, обнаруженных среди 43 опухоли желудка (рисунок 3). Нет мутации не были обнаружены у 35 (38%) и 32 (43%) опухолей с GEJ и желудка, соответственно. TP53
был наиболее часто мутировавшие гены, с вариантами, выявленных в 59 из 167 случаев (35%). Следующим наиболее часто мутированные гены были PI3KCA
(6%), CTNNB1
(5%), Крас
(5%) и SMAD4
(4%). Другие варианты включали горячих точек мутации в IDH1
(2 случая), JAK3
(3 случая) и FLT3
(2 случая). Одна мутация была идентифицирована в 70 случаях (42%), 2 мутации были выявлены в 20 случаях (12%), а также ≥3 мутации были выявлены в 10 случаях (6%). Рисунок 3 соматические мутации идентифицированы в желудочно-пищеводного соединения и желудочных карцином. TP53
мутации были идентифицированы в большем количестве опухолей соединительных гастроэзофагеальных, в то время как аномалии в APC
/CTNNB1
встречались чаще в опухолях желудка. Черные блоки представляют собой усечения мутации, в то время как серые блоки представляют собой миссенс мутации. Случаи и гены, мутации в которых не были идентифицированы не включены.
Нет мутации не были выявлены в горячих точках областей ALK
, CSF1R
, EGFR
, FGFR2
, HNF1A
, HRAS
, JAK2
, MPL
, NPM1
, NRAS
, SRC
, STK11
или ВХЛ
. Все варианты звонков доступны в дополнительных данных (дополнительный файл 6: Таблица S6).
Различия в мутации между GEJ и желудка
TP53
мутации были выявлены в 39 из 92 (42%) опухолей GEJ , и в 20 из 75 (27%) опухоли желудка (р = 0,036). Когда подразделяется на 3 подтипа, предложенных Shah и соавт. [16], TP53
мутации происходили чаще в проксимальных nondiffuse рака (44%), чем в диффузных форм рака (37%) и дистальных nondiffuse рака (20%, р = 0,024). Эта классификация также показали более частые мутации в KRAS
в дистальных nondiffuse рака (12%) по сравнению с проксимального nondiffuse (3%) и диффузной (0%) карцином (р = 0,12). Никаких существенных различий в частоте мутаций не присутствовали среди других индивидуальных генов в панели. Два компонента пути Wnt, APC
и CTNNB1
, были в совокупности мутируют чаще в желудочных карцином, чем в GEJ опухолей (16% против 3%, p = 0,006). Желудочный карцинома чаще имели мутации в 3-х или более генов (11% против 2%, р = 0,044; рисунок 4). Каких-либо различий в участии онкогенных путей не было отмечено между двумя участками, на основе мутационных профилей. Рисунок 4 Пропорции GEJ и желудочных карцином с номерами определенных общих и осуществимых мутаций. Твердые темные области в столбцах представляют случаи с 1 мутацией, темные диагональные выровненные участки представляют собой случаи с 2 мутациями, и пятнистые участки представляют случаи с 3 или более мутаций.
Потенциально выполнимые мутации
таргетной терапии доступны или в разработке мутации происходят в следующих генах: AKT
[25], BRAF
[26], ERBB2
[27], ERBB4
[28], FGFR1
[29], FGFR3 <бр> [30], Flt3
[31,32], IDH1
[33], JAK3
[31], KDR
[34,35], Крас
[36], MET
[34], PDGFRA
[37], PIK3CA
[25], PTEN
[25], PTPN11
[38], RET
[39], SMO <бр> [40]. Мутации в этих генах были выявлены в 32 случаях (19%), в том числе 6 случаев (4%) с 2-х и 3-х мутациями случаях (2%) с ≥3 мутаций. Распределение мутаций осуществимых существенно не отличалась между GEJ и желудочных карцином. (Р = 0,327; рис 4)
прогностическое значение мутаций
ERBB4
мутации были связаны с хуже выживаемости без признаков заболевания (р = 0,018 ), в то время как существует тенденция к худшей выживаемости без признаков заболевания, связанного с мутациями в ABL1
(р = 0,063) и JAK3
(р = 0,059). Ни одна из этих мутаций не было прогностически значимыми после учета возраста, пола, Лорен подтипа, стадии, степени и состояния запаса. Мутации в гене BRAF
(р &ЛТ; 0,001), Fgfr3
(р < 0,001), Flt3
(р &ЛТ; 0,001) были связаны с худшим общей выживаемости на однофакторного анализа в результате одного случая с мутациями во всех трех этих генов.). BRAF
мутация осталась прогностически значимым после учета возраста, пола, Лорен подтипа, стадии, степени и состояния запаса (р = 0,002).
Сравнение с TCGA
данных При оценке горячих точек областей, охватываемых панели секвенирования , общее число мутантных генов на случай был похож между TCGA и исследование когорты (р = 0,659), в том числе при сравнении либо GEJ (р = 0,399) или желудка (р = 0,845) опухоли только (рис 5А). Тенденция к более частые случаи с мутациями в генах ≥3 в желудке по сравнению с GEJ также наблюдалась в данных TCGA (12% против 3%, р = 0,054). Общая частота мутаций TP53
не отличалась между изучаемой когорте и когорте TCGA (р = 0,230). Никаких различий в TP53
, KRAS
и APC
/CTNNB1
частоты мутаций между GEJ и желудочных карцином не наблюдалось в наборе данных TCGA (Фигуры 5B-D). Эти мутированные гены в наборе данных TCGA включены в дополнительный файл 7: Таблица S7. Что касается мутаций с возможной прогностической значимости выявленных в нашей группе, существует тенденция к худшему общей выживаемости, связанной с BRAF
мутации (р = 0,079), в то время как не прогностическим ассоциация не была обнаружена в когорте TCGA в связи с мутациями в ERBB4
, ABL1
, JAK3
, FLT3
или FGFR3
. Рисунок 5 Сравнение частоты мутаций в пределах горячих точек, выявленных в исследуемой когорте с помощью панели секвенирование, по сравнению с мутациями, выявленных с использованием всей последовательности ExoME в данных TCGA. А) Мутации через мутационные горячие точки в 46 генов в панели, B) мутации в TP53
, C) мутации в KRAS
и D) мутации в сигнализации Wnt компоненты APC
и CTNNB1
.
Обсуждение
Целью данного исследования являлось исследовать полезность панели секвенирования в идентификации одиночных нуклеотидных замен в обработанных образцах обычно резекция желудка, которые могут быть использованы для направления целевой терапии. Мы вторично стремились противопоставить GEJ и желудочных карцином путем целенаправленного глубокого секвенирования панели из 46 генов, связанных с раком, который показал некоторые различия на уровне генома, которые могут отражать различные профили клинико. Наконец, мы также стремились сравнить частоты мутаций, полученных с помощью этой панели с результатами всей последовательности ExoME в Атлас генома рака.
Аденокарциномы желудочно-кишечного тракта являются неоднородными и молекулярно комплекса [41-44]. При карциноме желудка, глубокое секвенирование однонуклеотидным полиморфизма и РНК экспрессии массивов недавно выявили аномалии в нескольких путей, включая WNT, еж, клетки, езда на велосипеде репарации повреждений ДНК и эпителиально-к-мезенхимальных перехода [45]. В настоящее время использование нескольких испытаний одного гена несостоятельно учитывая такую ​​сложность, особенно в присутствии растущего числа целевых методов лечения, ограниченных ресурсов, а также наличие ограниченной ткани. Таким образом, желательно, чтобы исследовать несколько генов одновременно. Панель секвенирование имеет чувствительность, близкую к 100% по сравнению с обычными анализами, такими как Sanger секвенирования и ПЦР на основе методов, а также способность обнаруживать SNVs и вставкам на аллельных частотах, как низко как 5% и 20%, соответственно, в обоих FFPE [21,46-48] и цитологических образцов [49-52]. Целевая группа секвенирование может обнаружить аберраций в генах, связанных с раком в начале рака желудка и прекурсоров поражений [53], и его глубокий охват может быть особенно полезным при раке желудка путем выделения адекватных результатов, несмотря на материале скудных биопсии и примесью опухолевых клеток с десмоплазия и воспалительные клетки.
Предположительные мутации драйвера были идентифицированы в большинстве GEJ и желудочных карцином исследованных в этом исследовании. До сих пор наиболее часто обнаруживаемых мутантный ген был TP53
, и эти мутации были также обнаружены на ранней стадии и предшественников поражений с использованием того же анализа [53]. Множественные мутации водитель были идентифицированы в ряде случаев, усиливая идею, что нужно быть опрошены сразу в genomically сложных опухолей, таких как зва аденокарциномы множественные гены. Случай с мутацией в гене BRAF
(а также FLT3 и FGFR3) была связана с плохой общей выживаемости на обоих однофакторного и многофакторном анализе. Этот факт отражает тенденцию, наблюдаемую в данных TCGA по отношению к бедной общей выживаемости в BRAF
-mutated опухолей, предполагая, что в некоторых случаях панель секвенирование может иметь прогностическую роль.
Мы также смогли обнаружить потенциально действенную мутации в приблизительно 20% случаев, в котором участвовали либо гены или пути, где целевой терапии доступны или в стадии разработки. В то время как это число было бы в идеале быть выше, наш анализ охватывает лишь определенные области горячих точек этих генов, и не учитывает изменений числа копий, которые также могут дать полезную информацию. Дальнейшее уточнение таких панелей, чтобы включать более широкий спектр генов и генных сегментов, вероятно, увеличится доля случаев, в которых выявлены мутации. Например, несмотря на то TP53
мутации происходят по всему гену, панель в основном охватывает экзонов 5-8, а некоторые из генных сегментов, которые не были секвенированы чаще связаны с потерей p53 на иммуногистохимии [54]. Этот факт может потенциально объяснить, как различия в ставках TP53
мутаций и моделей иммуногистохимического экспрессии наблюдаемых в GEJ и желудка. Все авторы читали и одобрили окончательный вариант рукописи.

• Роль ПЭТ /КТ в диагностике рака желудка recurrence
• Циторедуктивная хирургия плюс гипертермическая внутрибрюшинного химиотерапия улучшает выживаемость при ра…