miRNA podpis povezana z izidom bolnikov želodca z rakom po kemoterapiji

miRNA podpis povezana z izidom bolnikov želodca z rakom po kemoterapiji
Abstract
Ozadje
Identifikacija bolnikov, ki so verjetno bo ali ne bo imel koristi od citotoksične kemoterapije z uporabo biomarkerjev lahko močno izboljšajo klinično upravljanje z boljšim opredeljuje ustreznim zdravljenjem možnosti za bolnike. microRNAs lahko potencialno uporabni biomarkerjev, ki pomagajo voditi individualizirano zdravljenje raka, saj je microRNA izraz dysregulated pri raku. Da bi ugotovili Mirne podpisov za raka želodca in za napovedovanje kliničnega odpornost na cisplatin /fluorouracilom (CF) kemoterapijo, je bila obsežna analiza miRNA mikromrež izvede z endoskopsko biopsijo vzorcev.
Metod
biopsijo Vzorci so bili zbrani pred kemoterapijo od 90 bolnikov želodca z rakom, zdravljenih s CF in od 34 zdravih prostovoljcev. Ob napredovanja bolezni, so bili vzorci po zdravljenju dodatno zbrani od 8 kliničnih odzivom. miRNA izraz je bila določena z uporabo po meri izdelana Agilent mikromrež je. Da bi opredelili v Mirne podpis za odpornost na kemoterapijo, smo korelirani raven izražanja Mirna s časom do napredovanja (TTP) bolezni po terapiji CF.
Rezultati
A podpis miRNA razlikovanja raka želodca normalne želodcu epitela bila ugotovljena. 30 miRNAs so bistveno obratno povezana z TTP ker je bilo 28 miRNAs pomembno pozitivno povezana s TTP 82 bolnikov z rakom (P
< 0,05). Odlični med molekul miRNAs, povezanih z chemosensitivity so miRNAs je znano, da uravnavajo apoptozo, vključno pustiti-7g, MIR-342, MIR-16, MIR-181, MIR-1, in pokoj-34. Ko je bil ta 58-miRNA napovednik uporabljajo za ločeno nizu pred in po zdravljenju vzorcev tumorjev iz kliničnih odzivom 8, vsi vzorci predobdelave 8 so pravilno napovedali kot nizko tveganje, medtem ko so vzorci iz po zdravljenju tumorji, da razvite chemoresistance so napovedali, da bo v kategoriji z visokim tveganjem, ki ga je miRNA podpisom 58, kar kaže, da je izbor za izražanje teh miRNAs prišlo chemoresistance nastala.
sklepe
smo ugotovljenih 1) Mirna izraz podpis ki razlikuje raka želodca od normalnega želodcu epitela od zdravih prostovoljcih, in 2) chemoreresistance miRNA izraz podpis, ki je povezano s TTP po zdravljenju CF. Podpis chemoresistance miRNA izraz vključuje več miRNAs že dokazano, da uravnavajo apoptozo in vitro
in boni dodatno potrditev.
Ozadje
miRNAs so kratki (~ 22 nukleotidov), nekodiranih RNA, ki uravnavajo izražanje genov predvsem translacijskih represija ali prepisovanja razgradnja [1]. miRNAs imajo velik potencial kot raka biomarkerjev zaradi njihovega izražanja tkivno specifični in njihovo zmotno izražanja v celicah raka [2]. Poleg tega miRNAs imajo pomembne funkcije v uredbi celičnega ciklusa in apoptozo. Izraz miRNAs lahko dysregulated pri raku na različne načine, vključno transkripcijske regulacije, pomnoževanje, brisanje mutacije in epigensko utišanje [3]. Tako lahko microRNAs potencialno uporabne biomarkerjev, ki pomagajo voditi individualno terapijo.
Prepoznavanje bolnikov, ki verjetno bo ali ne bo koristi od citotoksične kemoterapije z uporabo biomarkerjev lahko močno izboljšajo klinično upravljanje z boljšimi, ki določajo ustrezne možnosti zdravljenja za bolnike. Večina prejšnje študije, ki poskušajo ugotoviti Mirne predvidevanja v chemoresistance raka bili pregledani le posamezne miRNAs [4]. Doslej je le ena objavila visoko prepustnost analizo mikromrež ocenili Mirna izražanja podpisov kot prediktorji odpornosti kemoterapije pri bolnikih z metastatskim čvrstimi tumorji [5]. V tej študiji miRNA mikromrež v fazi III-IV raka jajčnikov, naj-7i izraz bilo ugotovljeno, da je treba bistveno zmanjšati pri bolnikih 27 kemoterapija odpornih v primerjavi z 42 popolnim odzivom, čeprav ni bilo neodvisno potrditev kohorta [5].
tukaj bomo predstavili rezultate študije o možnostih, ki uporablja visoko pretočno analizo miRNA mikromrež, v katerem je bila ugotovljena miRNA izraz podpis, ki razlikuje raka želodca od normalnega želodčne epitela. Nadalje smo opredelili drugi podpis, ki je v korelaciji s časom do progresije (TTP) pri bolnikih želodca z rakom, zdravljenih s cisplatinom in fluorouracilom (CF), referenčno režima kemoterapijo zaradi raka želodca. Te Mirna podpisi so lahko koristne kot potencialnih biomarkerjev za pomoč pri diagnozi raka želodca v težjih primerih in za napovedovanje odziva bolnikov z rakom želodca za CF zdravljenja.
Rezultati
Identifikacija rakom želodca miRNA podpis
devetdeset predobdelavo želodca vzorci rak tkiva so bili na voljo za te analize in njihove clinicopathological lastnosti so opisane v preglednici 1. Vsi bolniki so metastatski bolezni v času vpisa in po vzorcih endoskopske biopsije tkiva so bili zbrani, so bili bolniki zdravljeni s cisplatinom in fluorouracilom (ali kapecitabinom ) kemoterapija. Vse mikromrež podatke je bila deponirana pri GEO in je na voljo ob objavi. Recenzent dostop: http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070Table 1 klinično-patološke značilnosti bolnikov

želodca bolnika z rakom
zdravo prostovoljca

Usposabljanje
nastaviti
dokaz-of-načelo
testu določen
(odzivnik)

Število
82
8
34
Age - yr
srednjo
56
56
48
interkvartilni razpon
(44-63)
(44-58)
( 43-57)
Sex - no. (%)
Male
64 (78,0%)
7 (87,5%)
23 (67,6%)
ženski
18 (22,0%)
1 (12,5% )
11 (32,4%) stanje
(PS) - št. (%)
ECOG1 PS 0 ali 1
73 (89,0%)
8 (100%)
ECOG PS 2 ali 3
9 (11,0%)
0
histološki tip - no. (%)
Lauren črevesnih
34 (41,5%)
3 (37,5%)
Lauren razpršenih
48 (58,5%)
5 (62,5%)
Lokacija primarna poškodba - no. (%)
Zgornja 1/3
11 (13,4%)
1 (12,5%)
Srednja 1/3
18 (22,0%)
5 (62,5%)
Spodnja 1/3
43 (52,4%)
1 (12,5%)
celotnem želodcu
10 (12,2%)
1 (12,5%)
kemoterapijo - no . (%)
Cisplatin /Fluorouracil
80 (97,6%)
8 (100%)
cisplatin /kapecitabin
2 (2,4%)
0
* Relativna intenziteta odmerek -%
mediana
81,2
76,6
interkvartilni razpon
(75.3-87.3)
(64,7-84,9)
Število ciklov kemoterapije
Srednji
4
10
interkvartilni razpon
(2-5)
(7-11)
odgovor kemoterapijo (WHO kriteriji) -no (%)
PR2
16 (24,6% )
6 (100%)
SD3
25 (38,5%)
PD4
24 (36,9%)
nemerljivim
16
2
Unevaluable
1
druge izbire kemoterapijo
55 (67,1%)
6 (75,0%)
Srednji spremljanje za preživele
35.5 mesecev -
Skupni preživetje - . mo
Mediana
8.2
16
interkvartilni razpon
(6,8-10,5)
(11.3-26.7)
čas do napredovanja - mo.
Mediana
3.1
8.2
interkvartilni razpon
(2.5-3.9)
(4.3-21.2)
1Eastern Cooperative Oncology Group, 2partial odzivni, 3stable bolezni, 4progressive bolezni
* Relativna intenziteta odmerek
* Povprečje intenzitete odmerkov cisplatina in fluorouracilom. Intenzivnost doza je definirana kot količina zdravila dajemo na enoto časa, izražena v miligramih na kvadratni meter na teden. Relativna intenziteta odmerek je opredeljen kot dejanske intenzivnosti odmerka glede na načrtovane intenzivnosti odmerkov vsakega zdravila.
Najprej smo primerjali Mirna profilov iz 90 predobdelavo vzorcev, dobljenih pri bolnikih z rakom želodca s podatki izražanja miRNA iz 34 običajnih želodčne sluznice biopsijo vzorcev pridobljeni iz zdravih prostovoljcih (slika 1). Za oceno napovedno moč rakavih specifičnih profilov miRNA, analize napoved razreda smo izvedli tudi naključno tako, da se celoten vzorec v dveh (usposabljanje in testnih) podskupinah v razmerju 1 proti 1. Randomizacijo je bila izvedena s pomočjo nQuery Advisor programske opreme (različica 7.0, statistične rešitve, Saugus, MA). Nato je razred oznaka vsakega vzorca v testni množici napovedano za vsako od 100 naključno usposabljanja za preskus predelne stene po spojine kovariablo napovedovalec (CCP), diagonala linearno analizo discriminant (LDA), 1- in 3-najbližjih sosedov (NN) najbližja, srednja (NC), in metoda podpornih vektorjev (SVM). Na izbirnem funkcija P
<je 0.05, mediana natančnost napoved v testnih nizov bil > 90% v vseh razvrščevalce (91,9%, 90,3%, 90,3%, 93,5%, 93,5% in 91,9%, za CCP, LDA, 1-NN, 3-NN, NC, in SVM, v tem zaporedju), v 100 naključnih particije usposabljanje-za-test. Slika Shema 1 Študija opredeliti in preizkusiti miRNAs Predvideno odpornosti proti CF.
Tabela 2 navaja miRNAs, ki so različno izraženih med 90 želodca tumorjev raka in običajnih vzorcev 34 na izbiro funkcijo P
< 0,005. Mnogi miRNAs, ki so izraženi pri želodčnem skupini raka pripadajo miR-17-92 in 106b-25 skupin, kot je že poročali [6, 7]. Količinska realnem času reverzna transkripcijska verižne reakcije s polimerazo (Q-RT-PCR) analize so potrdili diferencialno izražanje nekatere od teh miRNAs v vzorcih raka želodca (slika 2). Čeprav je pomembno je miR-25 z analizo polja v tumorjih up-urejena, to ni dosegla statistične značilnosti s Q-PCR, morda zaradi omejenega števila vzorcev, ki so bili na voljo za test. Čeprav prejšnji študiji so poročali, da je miR-486 navzdol reguliranih raka želodca, smo ugotovili izražanje miR-486, ki se povišana v našem nizu bolnikov želodca z rakom obeh strani mikromrež in Q-PCR (Dodatni datoteka 1: Slika S1) .table 2 miRNAs različno izražena z rakom želodca in normalno želodca epitela.
izraženi pri raku želodca
p
FDR
razmerje
HSA-miR-25
< 1e-07
< 1e-07
1.64
HSA-miR-106b
< 1e-07
< 1e-07
1,85
HSA-miR-93
< 1e-07
< 1e-07
1.49
HSA-miR-503
< 1e-07
< 1e-07
2.17
HSA-miR-18a
< 1e-07
< 1e-07
2.27
hsa-miR-224
1.00E-07
2.59E-06
3.85
hsa-miR-451
1.00E-07
2.59E-06
3.23
hsa-miR-18b
2.00E-07
4.60E-06
2.17
hsa-miR-17-5p
2.00E-06
3.60E-05
1.61
hsa-miR-486-5p
3.00E-06
5.18E-05
2.22
hsa-miR-144
9.60E-06
0.000159
5.56
hsa-miR-552
1.03E-05
0.000164
2.38
hsa-miR-425-5p
1.32E-05
0.000195
1.35
hsa-miR-92
1.88E-05
0.000268
1.39
hsa-miR-106a
2.61E-05
0.000347
1.52
hsa-miR-223
2.68E-05
0.000347
2.13
hsa-miR-205
2.98E-05
0.000363
4.76
hsa-miR-196b
4.42E-05
0.000508
1.67
hsa-miR-19a
0.0001836
0.00181
1.69
hsa-miR-191
0.0003112
0.0028
1.27
hsa-let-7i
0.0004468
0.00385
1.20
hsa-miR-185
0.0004764
0.00394
1.32
hsa-miR-769-5p
0.0006683
0.00532
1.37
hsa-miR-196a
0.0008274
0.00646
1.45
hsa-miR-301
0.0009715
0.00745
1.82
hsa-miR-21
0.0012598
0.00948
1.49
hsa-miR-130b
0.0015411
0.0112
1.30
hsa-miR-19b
0.0015959
0.0114
1.39
hsa-miR-424
0.0019249
0.0135
1.52
hsa-miR-484
0.0020451
0.0139
1.33
hsa-miR-767-5p
0.0048511
0.03
1.64
hsa-miR-183
0.0050428
0.0305
1.52
hsa-miR-210
0.0053848
0.0318
1.35
hsa-miR-302c*
0.006328
0.0364
1.41
hsa-miR-520g
0.0070896
0.0402
2.13
hsa-miR-324-5p
0.0095742
0.0497
1.23
hsa-miR-103
0.0095861
0.0497
1.16
hsa-miR-376b
0.0096083
0.0497
1.85
hsa-miR-151
0.0100422
0.0513
1.20
hsa-miR-596
0.011231
0.0556
1.61
hsa-miR-545
0.011422
0.0556
1.69
hsa-miR-221
0.0129139
0.0608
1.27
hsa-miR-20a
0.0133176
0.0619
1.35
hsa-miR-181b
0.0148487
0.0655
1.28
hsa-miR-181d
0.0154891
0.0668
1.16
hsa-miR-623
0.0189476
0.0809
1.43
hsa-miR-519d
0.0220958
0.0915
1.59
hsa-miR-563
0.0229302
0.094
1.37
hsa-miR-505
0.0241657
0.097
1.25
hsa-miR-107
0.0242694
0.097
1.11
hsa-miR-320
0.0282982
0.111
1.20
hsa-miR-96
0.0285699
0.111
1.39
hsa-miR-339
0.0312524
0.12
1.32
hsa-miR-181a
0.0318141
0.121
1.20
hsa-miR-345
0.0322275
0.121
1.19
hsa-miR-20b
0.0325811
0.122
1.28
hsa-miR-33b
0.0339343
0.125
1.64
hsa-miR-135b
0.0352682
0.129
1.59
hsa-miR-431
0.0374687
0.134
1.41
hsa-miR-193a
0.0377098
0.134
1.35
hsa-miR-550
0.0380645
0.134
1.30
hsa-miR-565
0.0446875
0.15
1.20
Underexpressed na raka želodca
p
FDR
Razmerje
HSA-pokoj-146A
< 1e-07
< 1e-07
0,39
HSA-miR-133a
< 1e-07
< 1e-07
0,34
HSA-miR-625
< 1e-07
< 1e-07
0.56
HSA-miR-375
< 1e-07
< 1e-07
0,27
HSA-miR-133b
< 1e-07
< 1e-07
0,32
HSA-miR-195
< 1e-07
< 1e-07
0,47
HSA-miR-148a
< 1e-07
< 1e-07
0,47
HSA-miR-1
< 1e-07
< 1e-07
0,27
HSA-miR-26a
< 1e-07
< 1e-07
0.67
hsa-miR-204
2.00E-07
4.60E-06
0.26
hsa-let-7c
7.00E-07
1.53E-05
0.74
hsa-let-7a
9.00E-07
1.86E-05
0.72
hsa-let-7g
1.10E-06
2.17E-05
0.71
hsa-miR-497
1.70E-06
3.20E-05
0.56
hsa-miR-26b
1.28E-05
0.000195
0.58
hsa-miR-145
2.04E-05
0.000282
0.65
hsa-miR-34a
2.89E-05
0.000363
0.75
hsa-miR-143
4.28E-05
0.000506
0.63
hsa-miR-650
9.15E-05
0.00101
0.57
hsa-miR-150
9.25E-05
0.00101
0.49
hsa-miR-768-5p
0.0001037
0.0011
0.65
hsa-let-7d
0.0001302
0.00132
0.76
hsa-miR-203
0.0001311
0.00132
0.52
hsa-miR-29c
0.0002112
0.00203
0.52
hsa-let-7f
0.0002446
0.0023
0.69
hsa-miR-30d
0.0002592
0.00238
0.78
hsa-miR-642
0.0004345
0.00383
0.62
hsa-miR-30c
0.0004556
0.00385
0.75
hsa-miR-155
0.0004998
0.00406
0.66
hsa-miR-34b
0.0013651
0.0101
0.64
hsa-miR-551b
0.0019808
0.0137
0.53
hsa-miR-28
0.0027537
0.0184
0.85
hsa-let-7e
0.0034793
0.0227
0.84
hsa-let-7b
0.0035019
0.0227
0.85
hsa-miR-212
0.0039061
0.0249
0.76
hsa-miR-564
0.0047906
0.03
0.72
hsa-miR-770-5p
0.0050814
0.0305
0.71
hsa-miR-30b
0.0060842
0.0355
0.76
hsa-miR-30a-5p
0.0077597
0.0434
0.80
hsa-miR-199b
0.0083572
0.0461
0.67
hsa-miR-125a
0.0085563
0.0466
0.77
hsa-miR-621
0.0093423
0.0497
0.69
hsa-miR-31
0.0106862
0.054
0.66
hsa-miR-365
0.0113404
0.0556
0.78
hsa-miR-381
0.0123061
0.0592
0.70
hsa-miR-626
0.0128738
0.0608
0.78
hsa-miR-127
0.0138033
0.0635
0.69
hsa-miR-660
0.0142991
0.0651
0.75
hsa-miR-342
0.0146193
0.0655
0.75
hsa-miR-146b
0.0148729
0.0655
0.77
hsa-miR-361
0.0152056
0.0663
0.86
hsa-miR-489
0.0191692
0.081
0.71
hsa-miR-29a
0.0204334
0.0854
0.79
hsa-miR-95
0.0243644
0.097
0.54
hsa-miR-567
0.0265025
0.104
0.54
hsa-miR-152
0.0376121
0.134
0.78
hsa-miR-429
0.0378151
0.134
0.65
hsa-miR-200b
0.0396617
0.138
0.75
hsa-miR-504
0.0412648
0.142
0.63
hsa-miR-668
0.041717
0.143
0.77
hsa-miR-186
0.0437991
0.149
0.83
hsa-miR-135a
0.0468793
0.157
0.58
hsa-miR-485-5p
0.047683
0.158
0.82
Slika 2 Potrditev miR izražanja kvantitativno realnem času povratne verižne reakcije transkripcijski polimerazo (Q-RT-PCR). Q-RT-PCR analize pokoj-18a, MIR-25, MIR-1, in naj-7G v 4 normalno (prikazano v beli
) in 4 vzorcih raka (prikazano v črni
), ki potrjuje preveč izraz miR-18a in miR-25 in pod-izraz miR-1 in pustiti-7G kot je bilo ugotovljeno v podatkih o mikromrež vzorcev rakom. S t-testom P
vrednost Student med 4 normalno in 4 vzorcih raka je prikazan za vsako miRNA. Krat spremembe (FC) -1 označuje 50% zmanjšanje RNU6 normalizirani izražanja danega Mirna.
Identifikacija podpisa miRNA za odpornost na zdravljenje CF
čas do napredovanja (TTP), ne Radiološka, je bila uporabljena kot klinični indikator za odziv kemoterapijo, predvsem zato, ker smo želeli, da so vključeni bolniki, ki niso imeli merljivo bolezen z uporabo standardnih načinov slikanja. Da določite od 82 vzorcev, kot so izobraževanje, določenega za razvoj napovedovalec (slika 1). Ti 82 predobdelavo Vzorci so bili zbrani pri bolnikih, ki niso bili drugi biopsije. Petdeset osem miRNAs je bila statistično značilna s TTP teh 82 bolnikih (funkcija izbire P
vrednosti < 0,05) (tabela 3). Prevelike količine 30 miRNAs je bila povezana z zapoznelim TTP ker je prekomerno 28 miRNAs povezana s hitrejšo TTP. Šest * miRNAs, ki so bile povezane z chemoresistance, vključno miR-518f *, MIR-520a, MIR-520D *, miR-519e *, miR-363 *, in miR-517 *, ker ni bilo * miRNAs povezana z chemosensitivity.Table 3 miRNAs, katerih izraz je povezan s chemosensitivity ali chemoresistance.
miRNAa katerih izraz je povezan z chemoresistance
p
FDR

nevarnosti Ratio

hsa-miR-526a
0.0000
0.0103
1.482
hsa-miR-122a
0.0002
0.0379
1.545
hsa-miR-518f*
0.0004
0.0537
1.298
hsa-miR-591
0.0007
0.0598
1.492
hsa-miR-524-3p
0.0010
0.0682
1.268
hsa-miR-320
0.0013
0.0701
1.865
hsa-miR-520a*
0.0014
0.0701
1.252
hsa-miR-183
0.0031
0.119
1.39
hsa-miR-516-5p
0.0034
0.119
1.306
hsa-miR-629
0.0036
0.119
1.42
hsa-miR-595
0.0043
0.119
1.858
hsa-miR-640
0.0054
0.132
1.3
hsa-miR-520d*
0.0063
0.143
1.326
hsa-miR-519e*
0.0091
0.164
1.24
hsa-miR-363*
0.0096
0.166
1.407
hsa-miR-513
0.0137
0.193
1.347
hsa-miR-328
0.0163
0.211
1.736
hsa-miR-519a
0.0170
0.211
1.118
hsa-miR-185
0.0189
0.217
1.697
hsa-miR-658
0.0200
0.223
1.532
hsa-miR-517*
0.0218
0.226
1.305
hsa-miR-515-5p
0.0349
0.301
1.145
hsa-miR-519c-5p
0.0368
0.304
1.157
hsa-miR-661
0.0392
0.315
1.437
hsa-miR-182
0.0416
0.315
1.408
hsa-miR-206
0.0417
0.315
1.606
hsa-miR-193b
0.0419
0.315
1.433
hsa-miR-601
0.0436
0.317
1.599
miRNAS katerih izraz je povezan z chemosensitivity
p
FDR
razmerje ogroženosti
hsa-miR-195
0.0007
0.0598
0.593
hsa-miR-146b
0.0016
0.0733
0.565
hsa-miR-26b
0.0037
0.119
0.686
hsa-miR-374
0.0042
0.119
0.84
hsa-miR-199b
0.0051
0.132
0.729
hsa-miR-132
0.0068
0.143
0.62
hsa-miR-140
0.0069
0.143
0.759
hsa-miR-487b
0.0088
0.164
0.679
hsa-let-7g
0.0091
0.164
0.539
hsa-miR-340
0.0103
0.171
0.82
hsa-miR-155
0.0109
0.174
0.704
hsa-miR-95
0.0115
0.176
0.856
hsa-miR-186
0.0137
0.193
0.662
hsa-miR-130a
0.0140
0.193
0.72
hsa-miR-342
0.0151
0.202
0.685
hsa-miR-577
0.0173
0.211
0.804
hsa-miR-128b
0.0184
0.217
0.701
hsa-miR-146a
0.0209
0.226
0.776
hsa-miR-16
0.0214
0.226
0.698
hsa-miR-503
0.0241
0.243
0.721
hsa-miR-224
0.0259
0.25
0.853
hsa-miR-223
0.0259
0.25
0.794
hsa-miR-128a
0.0294
0.276
0.704
hsa-miR-181b
0.0300
0.276
0.668
hsa-let-7f
0.0312
0.281
0.725
hsa-miR-1
0.0339
0.298
0.839
hsa-miR-421
0.0367
0.304
0.738
hsa-miR-127
0.0404
0.315
0.783
hsa-miR-34c
0.0435
0.317
0.74
hsa-miR-497
0.0493
0.351
0.769
Slika 3 prikazuje Kaplan-Meier krivulje rizičnih skupin v teh 58 miRNAs stratificirano. Raven permutacija pomen za log-rank statistike z dne dopusta-one-out cross-potrjenih Kaplan-Meier krivulj je 0,021, kar pomeni, da je povezava med podatki izražanja miRNA na TTP statistično značilne. Slika 3 Kaplan-Meier krivulje za čas do napredovanja (TTP) 2 ogroženih skupin razvrščeni v razrede po izraz 58 miRNAs korelacijski s TTP na izbiro funkcijo P < 0,05. Združenje miRNA izražanja podatkov TTP je bila statistično značilna (permutacija P,
vrednost za statistiko log-ranga z vzajemno potrjen Kaplan-Meier krivulje = 0,021).
Izražanje podpisa chemoresistance sovpada z razvojem chemoresistance v tumorji, ki so bili prej chemosensitive
je podpis 58 miRNA zgoraj opredeljene napovedni za identifikacijo bolnikov, ki so ali bodo verjetno pozitivno odzvali na zdravljenje CF ne. Domnevni smo, da bolniki, ki so najprej dokazali ugoden 58 Mirna izraz podpis prehod na neugodne izraz podpis v času, ko je razvila odpornost na zdravljenje CF. Da bi preverili to možnost kot dokaz-of-načeloma je bilo 8 parov Test set vzorcev (endoskopsko pridobljeno pred in po zdravljenju) zbirali od 8 bolnikov, ki so se najprej izkazali klinični odziv na zdravljenje CF ki pa sčasoma pokazala napredovanje bolezni takrat je bil sprejet drugi endoskopski biopsija. Kot je prikazano v tabeli 4, so bili vsi 8 predobdelave vzorcev iz kliničnih odzvali na pravilno napoveduje 58-miRNA napovedovalec, da je v skupini z nizkim tveganjem (natančnost, 100%). Predvsem, 6 od 8 parov so bili pravilno označeni za chemosensitivity (tj.
So posttreatment vzorci dodeljena višja predvidevanje indeksa za odgovor kemoterapije od predobdelave vzorcev, in zato predvideva, da bodo bolj odporne na zdravljenje) (točnost, 75% ). Ko je bila ista napoved narejena z izbiro funkcija P
vrednost 0,01, rezultat napoved ostala enaka (Tabela 4) .table 4 Napoved za chemoresistance v testni množici proof-of-načelo
vzorca ID

izbor Funkcija P < 0.05


izbire Funkcija P < 0,01


Predictive
Index
Percentile1

Prediction
For
Pretreatment
Sample2

Overall
Prediction3


Predictive
Index
Percentile

Prediction
for
Pretreatment
Sample

Overall
Prediction

1 pred
39%
nizko
napačna
35%
nizko
napačna
1 prispevek
22%
24%
2 pre
48%
nizko
popraviti
49%
nizko
pravilno
2 po
79%
77%
3 pre
55%
nizka
popraviti
46%
nizko
pravilno
3 po
73%
77%
4 pre
13%
nizko
pravilna
24%
nizko
pravilno
4 po
72%
73%
5 pre
31%
nizko
pravilna
33%
nizko
pravilno
5 po
48%
46%
6 pre
13%
nizko
popraviti
27%
nizka
pravilno
6 po
16%
66%
7 pre
7%
nizko
popraviti
12%
nizko
pravilna
7 po
66%
57%
8 pre
52%
nizko
napačna
50%
nizko
napačna
8 po
je 17%
24%
1V napovedni indeks izračuna za vsak vzorec, ki ga je ta nadzoruje metodo glavnih komponent, kjer je visoka vrednost napovedno indeksa ustreza hitro napredovanje po kemoterapiji (tj
., kratka TTP). Če napovedni indeks vzorca v testni množici sovpadala s srednjo napovedno indeksa seriji za učenje, je bil vzorec dodeljena 50% napovedno indeks.
2V tveganje je bilo napovedano nizko, če je bil napovedni indeks percentil vzorca predobdelave manj kot 67%
3The napoved je zdelo pravilno, če so vzorci po zdravljenju dodeljena višja napovedno indeks od vzorcev predobdelave.
Razprava
Ta študija je uporabljena bodoči pristop za določitev z Mirne podpis za želodca rak v primerjavi z običajnim želodcu epitela in podpis miRNA, ki napoveduje odgovor na standardni CF zdravljenja.
Ker rutinske tehnike histopatologijo včasih ne vodijo do dokončne diagnoze raka želodca, lahko dodajanje podpisa miRNA iz teh vzorcev pacientov izboljšanje točnost diagnozo raka želodca. V predhodnih študijah miRNK mikromrež raka želodca, so bile kontrolne tkiva pridobljeni iz regij želodca bolnikov želodca raka, ki so določena kot histološko normalno in ne pred želodčno tkiva zdravih zdravih prostovoljcih [6, 7]. Ker so molekularne nepravilnosti pogosto najdemo v histološko normalno pojavljajo tkivo, ki mejijo na tumorskega tkiva, smo se odločili, da pridobi nadzor tkiv iz endoskopske biopsije vzorcev od normalnih, rakavih brez prostovoljcev. Večina diferencialno izraženih miRNAs poročali, da so značilne za raka želodca v predhodnih študijah mikromrež [6, 7] so bile ugotovljene tudi v želodčnem podpisa raka pri naših trenutnih analizah. Vendar pa poleg teh smo že poročali miRNAs na raka želodca, smo dodatno ugotovila možne zaviralnih miRNAs (na P
< 0,05 [6] in P
< 0,01 [7], vključno miR-1 [8 , 9] in pustil-7 [10], da smo ugotovili, da se underexpressed na raka želodca (pri P
< 0,001). (tabela 2) Zanimivo je, Oh et al našel izraz miR-486, ki se zmanjša v mnogih . želodca raka, v nekaterih primerih, povezana z genomsko izgubo te regije [11] Našli smo miR-486, ki se prekomerno v naši želodca kohorti raka tako mikromrež in analizo TaqMan PCR (Dodatni datoteke 1: Slika S1). Gre možno, da je ta razlika v rezultatih zaradi zelo različne skupine bolnikov preučevali.
v tej študiji smo poročilo prvič do našega znanja, ki miRNA prediktor za odgovor CF zdravljenja. v 58 Mirna podpis, ki zagotavlja indeks za oceno potencialnega odziva na zdravljenje CF so lahko koristni pri stratifikacije bolnikov v skupini, ki naj bi prejeli standardno zdravljenje in skupino, ki verjetno ne bo koristi od takšne terapije in se postavi na drugo terapevtsko obravnavo. Več od 58 miRNAs smo, opredeljenih v tabeli 2, ki so povezane s TTP so v skladu z objavljenimi poročil v zvezi njihovo izražanje z chemoresistance in tumorsko biologijo. Odlični med molekul miRNAs, povezane s podaljšanim TTP (opredeljeno z razmerjem nevarnosti < 1), so miRNAs, da je bilo dokazano, da inducira apoptozo v želodcu in drugih rakavih celic, kot so pokoj-16, naj-7G, MIR-181, miR-342, miR-1 in miR-34 [8, 12-18]. miR-16 povečuje indukcijo apoptoze s nutlin in genistein [12], in vpliva na odpornost mnogovrstnimi človeških želodčnih rakavih celic [13].
čezmernim oddajal-7c ali dovolil, 7g je bilo dokazano, da zmanjša ekspresijo Bcl-XL Huh7 in HepG2 celične linije [14]. Naj-7g in miR-181b so pozitivni korelaciji s klinično odzivnost raka debelega črevesa za S-1, ustni fluorouracilom [4]. miR-181 in miR-181b Dokazano je, da deluje kot tumorske dušilne člene, ki sprožijo inhibicijo rasti, inducira apoptozo in inhibira vdor v gliomom celic [15]. Obnovitev HSA-miR-342 v kolorektalnega raka celični liniji HT-29 inducira apoptozo [16]. miR-1 sensitizes pljučnega raka celic, doksorubicina inducirane apoptoze [8]. Zunajmaternična miR-34 izraz inducira apoptozo, aretacijo celičnega cikla ali staranje v normalnih in tumorskih celic [17]. Tako se zdi, da je zelo dosledna značilnost bolnikov, ki ima koristi od CF.
Zanimivo prekomerno teh pro-apoptotskih miRNAs v primarnih tumorjev, smo identificirali šest * miRNAs, ki so bile povezane z chemoresistance, vključno miR-518f *, miR- 520a, miR-520d * miR-519e *, miR-363 *, in miR-517 *, medtem ko ni bilo miRNAs povezana z chemosensitivity. Samo ena miR, miR-302 *, je bila opredeljena v želodčnem raku miR podpisa. miR * e se štejejo za potniške pramene, ki so mislili, da se običajno razgradi iz predhodnega miR, ki ima za posledico zrelo 22 nt sklopa, ki vstopa v RISC kompleks. Funkcije * miRNAs še vedno nejasna, čeprav je možno, da so posledica oslabitve predelave predhodnega miRNAs (Tchernitsa et al J patologijo, 2010), ali pa lahko igrajo vlogo pri usmerjanju mRNA prevod (Gu in Lu, Plos One, 2010 ).
opazili smo tudi, da je, medtem ko je bilo 21 miRNAs ugotovljeno skupno med GC in chemoresistance miRNA podpisov, je bilo 37 miRNAs edinstven podpis chemosensitivity.
Analiza vzorca parov pred in po zdravljenju od 8 bolnikov ki so se najprej odzvali na zdravljenje CF kasneje pa je postal odporen na zdravljenje služil kot dokaz-of-načela za dokazovanje, da je napovedna indeks miRNA podpisa 58 prehod iz ugodnega indeksa (v fazi predobdelave) neugodni indeks ( post-zdravljenje, kadar je razvila odpornost). Na žalost ni bilo mogoče pridobiti dodatne ujemajo parov vzorcev iz podobnih pacientov zagotoviti trdnejšo statistično analizo. Kljub temu pa so rezultati skladni z modelom klonske selekcije predhodno obstoječih odporne proti tumorji celic, ki prebivajo v primarnega tumorja.
Glede na konvencionalne klonske selekcije model za razvoj pridobljene odpornosti odpornosti kemoterapije, odpornost najprej odzivnih tumorjev razvija zaradi selektivnega izrastek za kemoterapijo klonov, ki že obstajajo v tumorju [18]. Glede na to, da hitro TTP posebej kaže na notranjo odpornost na kemoterapijo [19], je 58 miRNAs katerih ravni izražanja so povezana s kratko TTP lahko zastopa v zvezi z chemoresistance miRNAs že prisotne v večini tumorskih celic v primarnega tumorja. Vendar primarni tumorji, ki se pojavljajo, ne da izrazi to Mirne podpis odpornosti, sprva odzvali na zdravljenje, dokler že obstoječe, so odporne celice selektivno rastejo kljub CF zdravljenja. V času, ko vzorec se pridobi, kadar se ugotovi odpornost, večina tumorja izraža neugodno, kemoterapijo Mirna podpis. Glede na to, da je upor v večini teh bolnikov se razvije v relativno kratkem času (mesecev, ne let), se zdi malo verjetno, da bodo rezultati odpornost iz kopičenja več posameznih genetskih sprememb.
Rezultati te raziskave zagotavljajo pomembne nove podatke in Mirna podpisov, zlasti napovedovanja odziva na zdravljenje CF in glede na pojav odpornosti tumorja. Vendar je treba večje študije, ki se izvajajo v prihodnosti še dodatno potrditev te ugotovitve in ugotovi, ali jih je mogoče uporabiti v kliničnem okolju.
Sklepe
Čeprav je omejena zaradi majhnosti vzorca niza validacije, ta študija opredeljuje miRNAs, ki lahko vključujejo klinično pomembne podpis za notranje odpornosti raka želodca za CF in kaže, da so bili ti miRNAs za izbran med razvojem pridobljenega chemoresistance. Ker lahko ta miRNA napovednik morda zagotavljajo koristen vodnik za osebno kemoterapijo v prihodnosti, so potrebne dodatne preiskave in potrjevanja v velikih prospektivnih študij.
Metode
vpis bolnika in zdravljenje
bili vzorci tkiv, zbranih v bolnišnici Korejski National Cancer Center endoskopsko od leta 2001 do leta 2006 v skladu s protokolom, ki ga revizijski odbor institucionalno (IRB) državnega bolnišnice Cancer Center v goyang Koreji odobril. Vsi bolniki in prostovoljci podpisali IRB-odobrene premišljene oblike soglasij. Upravičenost za vpis v študiji, so naslednje parametre: 1) starost ≥ 18 let; 2) histološko potrjeni adenokarcinomom želodca; 3) dokumentirano oddaljenih metastaz; 4), razen raka želodca brez predhodne ali sočasno uporabo malignosti; 5) predhodna kemoterapija, bodisi adjuvans ali paliativno; in 6) ustrezno delovanje vseh glavnih organov. 34 zdravih prostovoljcev je doživel gastroskopija za rutinsko presejanje za raka želodca in je normalno želodčne sluznice s histologijo. Tam je bil med 34 zdravih prostovoljcih ni gastritis.
Ta študija miRNA je bila izvedena kot vzporedni študij na študijo analize mRNA izražanja [20], ki naj opredeli mRNK predvidevanja v chemoresistance. Devetdeset predobdelave vzorcev biopsije zbrani od leta 2001 do leta 2006 so bili analizirani v tej študiji miRNA. Po začetnem endoskopski biopsije so vsi izmed 90 bolnikov, zdravljenih s cisplatinom (60 mg /m 2, D1) v kombinaciji s fluorouracilom (1 g /m 2 za 5 dni; n = 88) ali kapecitabin (Xeloda, Roche, 1250 mg /m 2 dvakrat na dan 2 tedna, n = 2) vsake 3 tedne. Klinični odziv smo prosili, naj opravijo drugi endoskopijo na napredujočo boleznijo časom (PD) so opazili po Svetovne zdravstvene organizacije meril (WHO). Naslednja dva merila so bila uporabljena za določitev kliničnih odzvali: 1), za bolnike s tumorji je pokazala več kot 50% zmanjšanje vsote produktov dveh največjih pravokotnih premerov merljivih poškodb za najmanj 4 tedne; ali 2) pri bolnikih, ki niso imeli merljivo bolezen na predstavitev in so imeli dramatičen upad plevralni izliv /ascites za vsaj 4 tedne [21]. Post-obdelava podatkov mikromrež Mirna bilo mogoče pridobiti iz vzorcev, zbranih pri chemoresistance razvita (PD) v 8 kliničnih odzvali. Vzorci po zdravljenju smo zbrali vsaj 2 tedna po zadnjem odmerku fluorouracil, še preden se je začela druga linija kemoterapijo, da bi preprečili morebitne akutne učinke drog na vplivanje na profil izraz. Za teh 8 kliničnih odzivom, pre- in post-obdelave vzorcev (ki so bili zbrani v času napredujočo boleznijo) predstavljajo chemosensitive in kemoterapijo tumorjev oz. Predobdelavo vzorci iz preostalih 82 bolnikih smo uporabili za identifikacijo Mirne napovedovalec za odgovor kemoterapijo. Ta napovedovalec je bila uporabljena za 8 parov vzorcev, odvzetih istim bolnikov pred in po zdravljenju. Napoved je zdelo pravilno, če so vzorci po zdravljenju dodeljena višja predvidevanje indeksa za chemoresistance od vzorcev pred zdravljenjem. Biopsije Vzorci so bili prav tako zbrani iz 34 zdravih prostovoljcev.
Tkivnega vzorca, ki vsebujejo vsaj 50% tumorskih celic so bili obdelani za RNA kot je opisano prej [22]. So pridobljeni RNA smo testirali z uporabo Agilent Bioanalyzer 6000 Total RNA testom in Nanodrop spektrofotometer naslednje protokole proizvajalca. 500 ng celotne RNA izpostavimo meri miRNA mikromrež a. Zmes celotne RNA izoliramo iz treh želodčnega raka celičnih linijah (snu-601, snu-638 in AGS) smo uporabili kot referenčno RNA za konkurenčen hibridizacijo.
Mikromrežni poskus
miRNA mikromrežnem oblikovanja
The Laboratory za molekularno Technology (LMT) _miRNA_v2 mikromrež je bil zasnovan z uporabo baze podatkov Sanger miR9.0 (http:... //microrna Sanger ac uk) in izdelani kot meri sintetizirani 8 × 15 K mikromrež (Agilent Technologies, San Jose, CA). Obstaja skupno 4,361 vnosov miRNA v bazi podatkov miR9.0. Nekateri miRNAs ima točne zaporedij iz različnih vrst. propadel smo baze podatkov za 1667 edinstvenih zrelih miRNA zaporedij v vseh vrst, vključno človeka, miši, podgane, itd zrele Mirna sekvence so bile vključene v 60-Mer dolge oligonukleotidnih sond s povezovalnim zaporedje na 3'-koncu se ločijo sekvence MIRNA stran od stekla slide površine. Vezna sekvenca je zaščitena sekvenca od Agilent da ima minimalno homologijo s katero koli sekvence v GenBank. Vsak zrel miRNA zastopa + in - (reverse komplementa) verig sekvenc. To omogoča mikromrež, ki se uporablja z različnimi protokoli označevanja. Odvisno od protokola, eden od sond lahko služi tudi kot negativno kontrolo. Vsaka sonda ima 4 ponovitve v posamezni mikromrež, zagotavljanje tehnične paralelk za merjenje doslednost in učinkovitost mikromrež. Če povzamemo, je vsak edinstven zrela miRNA zastopa 8 sond (4 + pramenu in 4 - verig). Skupaj 3.556 edinstvenih ID LMT naprej (miRNA, pozitivne in negativne kontrole, +/- sklop), so bili na mikromrež, vsaka s 4 ponovitvami. http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070

• Mešani populacija Helicobacter pylori, Helicobacter bizzozeronii in "Helicobacter heilmannii" v želodčni sluznici domačega cat
• Eksperimentalni model blage diabetesa: dolgoročna ocena glikemičnega profila in želodca kontraktilnosti v rats