Mirna parašas susijęs su rezultatais skrandžio vėžiu sergantiems pacientams šių chemotherapy

Mirna pasirašymo susijęs su rezultatais skrandžio vėžiu sergantiems pacientams po chemoterapijos pervežimas tezės
Background pervežimas identifikavimas pacientams, kurie greičiausiai bus ar nebus naudos iš citotoksiniais chemoterapiniais preparatais per naudojimo biologiniai žymenys gali labai pagerinti klinikinę valdymą geriau apibrėžiant atitinkamas gydymo galimybes pacientams. mikro RNR gali būti potencialiai naudingi biologiniai žymenys, kurie padeda nukreipti individualizuotą terapiją vėžio, nes MicroRNA išraiška dysregulated į vėžį. Siekiant nustatyti Mirna parašų skrandžio vėžio ir prognozuoti klinikinį atsparumą cisplatina /fluorouracilu (CF) chemoterapiniais vaistais, išsami Mirna Mikrogardelė analizė atlikta naudojant endoskopinius biopsijomis.
Metodai
biopsijomis buvo surinkti prieš chemoterapiją iš 90 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, gydomiems CF ir nuo 34 sveikų savanorių. Tuo ligos progresavimo laiko, po gydymo mėginiai buvo papildomai surinkta iš 8 klinikinių atsakas. Mirna išraiška buvo nustatoma naudojant pasirinktinį suprojektuoti AGILENT mikrogardeliq. Siekiant nustatyti tam Mirna parašą atsparumo chemoterapijos, mes koreliuoti Mirna raiškos lygius su laiko iki ligos progresavimo (LIP) ligos po CF terapija.
Rezultatai
A Mirna pasirašymo išskiriant skrandžio vėžiu nuo įprastos skrandžio epitelio buvo identifikuoti. 30 miRNAs buvo žymiai atvirkščiai koreliuoja su TTP o 28 miRNAs buvo žymiai teigiamai koreliuoja su TTP 82 vėžiu sergančių pacientų (p
< 0,05). Žinomiausia tarp aktyvinama miRNAs, susijusių su chemosensitivity buvo miRNAs žinomi reguliuoti apoptozę, įskaitant atvangos 7g, PPN-342, PPN-16, PPN-181, PPN-1, ir miR-34. Kai šis 58-Mirna prognozuoti buvo taikoma atskira rinkinį prieš ir po gydymo navikų mėginiuose iš 8 klinikinių gelbėtojams, visi 8 iki gydymo buvo teisingai išpranašavo, kaip mažos rizikos, o mėginiuose po gydymo augliai, kad išsivysčiusios Atsparumas cheminėms buvo prognozuojama, kad būti didelės rizikos kategorijai pagal 58 Mirna parašo, o tai rodo, kad atranka į šių miRNAs išraiškos įvyko kaip Atsparumas cheminėms atsirado.
išvadas
Mes nustatėme 1) Mirna išraiška parašą kuris išskiria skrandžio vėžiu nuo normalaus skrandžio epitelį nuo sveikų savanorių, ir 2) chemoreresistance Mirna išraiška parašas, kuris yra susijęs su TTP po CF terapija. Atsparumas cheminėms Mirna išraiška parašas yra keletas miRNAs anksčiau įrodyta, kad reguliuoti apoptozę vitro
bei garantijas toliau įteisinimą.
Faktai
miRNAs yra trumpas (~ 22 nukleotidų), neturintys kodavimo RNR, kad reguliuoti genų ekspresiją pirmiausia Pritaikymo represijos ar transkripcijos degradacija [1]. miRNAs turi didelį potencialą kaip vėžys biologinių žymenų, nes jų audinių specifinių išraiškos ir jų nukrypusiu nuo normos išraiškos vėžinių ląstelių [2]. Be to, miRNAs turi svarbias funkcijas ląstelių ciklo reguliavimo ir apoptozės. Iš miRNAs išraiška gali būti dysregulated vėžį pagal įvairias priemones, įskaitant transkripcijos reguliavimo, stiprinimas, ištrynimą, mutacijos ir epigenetinio nuslopinami [3]. Taigi, mikro RNR gali būti potencialiai naudingi biologiniai žymenys, kurie padeda nukreipti individualizuotą terapiją.
Nustatyti pacientų, kurie greičiausiai bus ar nebus naudos iš citotoksiniais chemoterapiniais preparatais per biologinių žymenų naudojimo gali žymiai pagerinti klinikinę valdymą geriau apibrėžti atitinkamas gydymo galimybes pacientams. Dauguma ankstesni tyrimai bando identifikuoti Mirna pranašais Atsparumas cheminėms vėžį išnagrinėjo tik atskiri miRNAs [4]. Iki šiol tik vienas paskelbtas Didelio našumo Mikrogardelė analizė įvertino Mirna išraiška parašus kaip prognostinius atsparumo chemoterapijos metastazių kietų pacientų naviko [5]. Šiuo Mirna mikrogardeliq studijų III-IV stadijos kiaušidžių vėžio, tegul-7i buvo nustatyta išraiška turi būti žymiai sumažinta 27 chemoterapija atsparių pacientų, palyginti su 42 visiškas atsakas, nors nebuvo nepriklausoma patvirtinimas kohortos [5].
čia mes pristatome perspektyvų studiją naudojant aukšto našumo Mirna mikrogardeliq analizę, kurioje Mirna išraiška parašas buvo nustatyta, kad išskiria skrandžio vėžiu nuo normalaus skrandžio epitelio rezultatus. Be to, mes nustatėme antrą parašą, susijusiam su laikas iki ligos progresavimo (LLP) skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, gydytiems cisplatina ir fluorouracilo (SF), nuoroda chemoterapijos režimo skrandžio vėžio. Šie Mirna parašai gali būti naudinga, nes potencialūs biologiniai žymenys padėti skrandžio vėžio diagnozę sudėtingais atvejais ir prognozuoti atsaką skrandžio vėžiu sergantiems pacientams CF terapija.
Rezultatai
identifikavimo skrandžio vėžio Mirna pasirašymo pervežimas devyniasdešimt pirminio apdorojimo skrandžio vėžys audinio mėginiai buvo galima gauti šią analizę ir jų klinikos charakteristikos aprašyta 1 lentelėje Visi pacientai buvo metastazės nuo registracijos ir po to, kai endoskopinis biopsijos audinio mėginiai buvo imami metu, pacientai buvo gydomi cisplatinos ir fluorouracilo (arba kapecitabino ) derinys chemoterapija. Visi Mikrogardelė duomenys buvo deponuota GEO ir yra prieinama nuo paskelbimo. Apžvalgininkas apsilankymas: http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070Table 1 klinikos-patologijos ypatumai pacientų

Skrandžio vėžiu

sveikais savanoriais

Mokymas
nustatyti
įrodymas-of-principas
bandymo
(atsakiklis)

Taškų
82
8
34
Amžius - per metus
mediana
56
56
48
interkvartiliniais svyruoja
(44-63)
(44-58)
( 43-57)
Lytis - ne. (%)
Vyras
64 (78.0%)
7 (87,5%)
23 (67,6%)
Moteris
18 (22,0%)
1 (12.5% )
11 (32,4%)
būklės (PS) - ne. (%)
ECOG1 PS 0 arba 1
73 (89,0%)
8 (100%)
EKOG 2 arba 3
9 (11,0%)
0
histologinis tipas - ne. (%)
Lauren anketa žarnyno
34 (41,5%)
3 (37,5%)
Lauren anketa Difuzinė
48 (58,5%)
5 (62,5%)
buvimo vieta pagrindinis pažeidimas - ne. (%)
Aukštutinė 1/3
11 (13,4%)
1 (12.5%)
Vidurio 1/3
18 (22,0%)
5 (62,5%)
Žemutinė 1/3
43 (52,4%)
1 (12.5%)
visą skrandžio
10 (12,2%)
1 (12.5%)
chemoterapijos - ne , (%)
Cisplatinos /fluorouracilu
80 (97,6%)
8 (100%)
cisplatina /kapecitabinu
2 (2,4%)
0
* Santykinis dozė intensyvumas -%
mediana
81,2
76,6
interkvartiliniais svyruoja
(75.3-87.3)
(64,7-84,9)
skaičius chemoterapijos ciklų
vidutinį
4
10
interkvartiliniais svyruoja
(2-5)
(7-11)
Chemoterapija atsakas (PSO kriterijus) -no (%)
pr2
16 (24,6% )
6 (100%)
SD3
25 (38,5%)
PD4
24 (36,9%)
neįmanoma išmatuoti
16
2
Unevaluable
1
Antraeilio chemoterapija
55 (67,1%)
6 (75,0%)
Stebėjimo trukmės mediana maitintojo
35,5 mėnesių -
Bendras išgyvenamumas - . Mo
mediana
8,2
16
interkvartiliniais svyruoja
(6,8-10,5)
(11.3-26.7)
laikas iki ligos progresavimo - Mo.
mediana
3,1
8,2
interkvartiliniais svyruoja
(2.5-3.9)
(4.3-21.2)
1Eastern kooperatinės onkologijos grupės, 2partial atsako, 3stable ligos, 4progressive liga
* Santykinis dozė intensyvumas
* Vidutinis santykinių dozės intensyvumo cisplatina ir fluorouracilu. Dozė intensyvumas yra apibrėžiamas kaip nuo narkotikų suvartotos per laiko vienetą suma, išreikšta kaip miligramų vienam kvadratiniam metrui per savaitę. Santykinis dozė intensyvumas yra apibrėžiamas kaip faktinis dozė intensyvumo atžvilgiu planuojamo dozės intensyvumo kiekvieno vaisto.
Mes pirmą kartą palyginti Mirna profiliai iš 90 pirminio apdorojimo pavyzdžiais, gautais iš skrandžio vėžiu sergantiems pacientams su Mirna raiškos duomenis iš 34 normalių skrandžio gleivinės biopsijos mėginių gauti iš sveikų savanorių (1 paveikslas). Įvertinti prognozavimo galia vėžio konkrečių Mirna profilius, klasės prognozavimas analizes, taip pat buvo atlikti visos imties atsitiktine dalijant į dvi (mokymo ir bandymų) pogrupių ne 1-su-1 santykiu. Tikimybių atlikta naudojant nQuery patarėjas programinę įrangą (versija 7.0, statistinę Solutions, Saugus, MA). Tada klasės etiketė kiekvieno mėginio bandymų rinkinys buvo prognozuojama už kiekvieną 100 atsitiktinių mokymo išbandyti pertvaros pagal junginio kovariantą prognozuoti (BPK) įstrižainės linijinis Diskriminantas analizė (LEPA), 1 ir 3 artimiausių kaimynų (NN), arčiausiai centroidas (NC), ir parama vektorius mašina (SVM). Tuo funkcija atrankos P
< 0,05, vidutinis prognozavimas tikslumas bandymų rinkiniai buvo > 90% visų klasifikatorių (91,9%, 90,3%, 90,3%, 93,5%, 93,5% ir 91,9%, CCP, LDA, 1-NN, 3-NN, NC, ir SVM,, atitinkamai), 100 atsitiktinių mokymo-to-bandymo pertvaros. 1 pav Studijų programa nustatyti ir išbandyti miRNAs Nuspėjamasis Atsparumo CF 2
lentelėje išvardyti miRNAs, kurie skirtingai išreikštas tarp 90 skrandžio vėžiu navikų ir 34 normalių pavyzdžius funkcija atrankos P
< 0,005. Daug miRNAs, kad yra aktyvuojami skrandžio vėžio grupės priklauso ir miR-17-92 ir 106b-25 grupių, kaip pranešė anksčiau [6, 7]. Kiekybinis realaus laiko atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija (K-RT-PGR) analizė patvirtino diferencialinę išraišką kai kurie iš šių miRNAs skrandžio vėžio mėginiai (2 paveikslas). Nors Pasaulis-25 buvo gerokai iki-reguliuojami masyvo analizė navikų, tai nepasiekė statistinio reikšmingumo Q-PGR, galbūt dėl ​​to, kad riboto skaičiaus mėginių, kurie buvo prieinami tyrimu. Nors ankstesnis tyrimas pranešė, kad Pasaulis-486 yra downregulated skrandžio vėžio, mes nustatėme, išraiška PPN-486 turi būti padidėjusi mūsų rinkinį skrandžio vėžiu sergantiems pacientams tiek microarray ir Q-PCR (papildomas failą 1: S1 paveiksle) .table 2 miRNAs skirtingai išreikštas skrandžio vėžio ir normalus skrandžio epitelyje.
ekspresija skrandžio vėžio
psl
FDR
santykis
HSA-Pasaulis-25
< 1e-07
< 1e-07
1.64
HSA-Pasaulis-106b
< 1e-07
< 1e-07
1.85
HSA-Pasaulis-93
< 1e-07
< 1e-07
1.49
HSA-Pasaulis-503
< 1e-07
< 1e-07
2.17
HSA-Pasaulis-18a
< 1e-07
< 1e-07
2.27
hsa-miR-224
1.00E-07
2.59E-06
3.85
hsa-miR-451
1.00E-07
2.59E-06
3.23
hsa-miR-18b
2.00E-07
4.60E-06
2.17
hsa-miR-17-5p
2.00E-06
3.60E-05
1.61
hsa-miR-486-5p
3.00E-06
5.18E-05
2.22
hsa-miR-144
9.60E-06
0.000159
5.56
hsa-miR-552
1.03E-05
0.000164
2.38
hsa-miR-425-5p
1.32E-05
0.000195
1.35
hsa-miR-92
1.88E-05
0.000268
1.39
hsa-miR-106a
2.61E-05
0.000347
1.52
hsa-miR-223
2.68E-05
0.000347
2.13
hsa-miR-205
2.98E-05
0.000363
4.76
hsa-miR-196b
4.42E-05
0.000508
1.67
hsa-miR-19a
0.0001836
0.00181
1.69
hsa-miR-191
0.0003112
0.0028
1.27
hsa-let-7i
0.0004468
0.00385
1.20
hsa-miR-185
0.0004764
0.00394
1.32
hsa-miR-769-5p
0.0006683
0.00532
1.37
hsa-miR-196a
0.0008274
0.00646
1.45
hsa-miR-301
0.0009715
0.00745
1.82
hsa-miR-21
0.0012598
0.00948
1.49
hsa-miR-130b
0.0015411
0.0112
1.30
hsa-miR-19b
0.0015959
0.0114
1.39
hsa-miR-424
0.0019249
0.0135
1.52
hsa-miR-484
0.0020451
0.0139
1.33
hsa-miR-767-5p
0.0048511
0.03
1.64
hsa-miR-183
0.0050428
0.0305
1.52
hsa-miR-210
0.0053848
0.0318
1.35
hsa-miR-302c*
0.006328
0.0364
1.41
hsa-miR-520g
0.0070896
0.0402
2.13
hsa-miR-324-5p
0.0095742
0.0497
1.23
hsa-miR-103
0.0095861
0.0497
1.16
hsa-miR-376b
0.0096083
0.0497
1.85
hsa-miR-151
0.0100422
0.0513
1.20
hsa-miR-596
0.011231
0.0556
1.61
hsa-miR-545
0.011422
0.0556
1.69
hsa-miR-221
0.0129139
0.0608
1.27
hsa-miR-20a
0.0133176
0.0619
1.35
hsa-miR-181b
0.0148487
0.0655
1.28
hsa-miR-181d
0.0154891
0.0668
1.16
hsa-miR-623
0.0189476
0.0809
1.43
hsa-miR-519d
0.0220958
0.0915
1.59
hsa-miR-563
0.0229302
0.094
1.37
hsa-miR-505
0.0241657
0.097
1.25
hsa-miR-107
0.0242694
0.097
1.11
hsa-miR-320
0.0282982
0.111
1.20
hsa-miR-96
0.0285699
0.111
1.39
hsa-miR-339
0.0312524
0.12
1.32
hsa-miR-181a
0.0318141
0.121
1.20
hsa-miR-345
0.0322275
0.121
1.19
hsa-miR-20b
0.0325811
0.122
1.28
hsa-miR-33b
0.0339343
0.125
1.64
hsa-miR-135b
0.0352682
0.129
1.59
hsa-miR-431
0.0374687
0.134
1.41
hsa-miR-193a
0.0377098
0.134
1.35
hsa-miR-550
0.0380645
0.134
1.30
hsa-miR-565
0.0446875
0.15
1.20
Underexpressed skrandžio vėžio pervežimas psl
FDR
Santykis
HSA-miR-146A
< 1e-07
< 1e-07
0,39
HSA-Pasaulis-133a
< 1e-07
< 1e-07
0,34
HSA-Pasaulis-625
< 1e-07
< 1e-07
0,56
HSA-Pasaulis-375
< 1e-07
< 1e-07
0,27
HSA-Pasaulis-133B
< 1e-07
< 1e-07
0,32
HSA-Pasaulis-195
< 1e-07
< 1e-07
0,47
HSA-Pasaulis-148A
< 1e-07
< 1e-07
0,47
HSA-Pasaulis-1
< 1e-07
< 1e-07
0,27
HSA-Pasaulis-26a
< 1e-07
< 1e-07
0.67
hsa-miR-204
2.00E-07
4.60E-06
0.26
hsa-let-7c
7.00E-07
1.53E-05
0.74
hsa-let-7a
9.00E-07
1.86E-05
0.72
hsa-let-7g
1.10E-06
2.17E-05
0.71
hsa-miR-497
1.70E-06
3.20E-05
0.56
hsa-miR-26b
1.28E-05
0.000195
0.58
hsa-miR-145
2.04E-05
0.000282
0.65
hsa-miR-34a
2.89E-05
0.000363
0.75
hsa-miR-143
4.28E-05
0.000506
0.63
hsa-miR-650
9.15E-05
0.00101
0.57
hsa-miR-150
9.25E-05
0.00101
0.49
hsa-miR-768-5p
0.0001037
0.0011
0.65
hsa-let-7d
0.0001302
0.00132
0.76
hsa-miR-203
0.0001311
0.00132
0.52
hsa-miR-29c
0.0002112
0.00203
0.52
hsa-let-7f
0.0002446
0.0023
0.69
hsa-miR-30d
0.0002592
0.00238
0.78
hsa-miR-642
0.0004345
0.00383
0.62
hsa-miR-30c
0.0004556
0.00385
0.75
hsa-miR-155
0.0004998
0.00406
0.66
hsa-miR-34b
0.0013651
0.0101
0.64
hsa-miR-551b
0.0019808
0.0137
0.53
hsa-miR-28
0.0027537
0.0184
0.85
hsa-let-7e
0.0034793
0.0227
0.84
hsa-let-7b
0.0035019
0.0227
0.85
hsa-miR-212
0.0039061
0.0249
0.76
hsa-miR-564
0.0047906
0.03
0.72
hsa-miR-770-5p
0.0050814
0.0305
0.71
hsa-miR-30b
0.0060842
0.0355
0.76
hsa-miR-30a-5p
0.0077597
0.0434
0.80
hsa-miR-199b
0.0083572
0.0461
0.67
hsa-miR-125a
0.0085563
0.0466
0.77
hsa-miR-621
0.0093423
0.0497
0.69
hsa-miR-31
0.0106862
0.054
0.66
hsa-miR-365
0.0113404
0.0556
0.78
hsa-miR-381
0.0123061
0.0592
0.70
hsa-miR-626
0.0128738
0.0608
0.78
hsa-miR-127
0.0138033
0.0635
0.69
hsa-miR-660
0.0142991
0.0651
0.75
hsa-miR-342
0.0146193
0.0655
0.75
hsa-miR-146b
0.0148729
0.0655
0.77
hsa-miR-361
0.0152056
0.0663
0.86
hsa-miR-489
0.0191692
0.081
0.71
hsa-miR-29a
0.0204334
0.0854
0.79
hsa-miR-95
0.0243644
0.097
0.54
hsa-miR-567
0.0265025
0.104
0.54
hsa-miR-152
0.0376121
0.134
0.78
hsa-miR-429
0.0378151
0.134
0.65
hsa-miR-200b
0.0396617
0.138
0.75
hsa-miR-504
0.0412648
0.142
0.63
hsa-miR-668
0.041717
0.143
0.77
hsa-miR-186
0.0437991
0.149
0.83
hsa-miR-135a
0.0468793
0.157
0.58
hsa-miR-485-5p
0.047683
0.158
0.82
2 pav patvirtinimas miR išraiškos kiekybinio realiu laiku atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininę reakciją (Q-RT-PCR). "Q-AT-PGR analizė miR-18a, MIR-25, MIR-1, ir tegul-7G į 4 normalu (parodyta white
) ir 4 vėžio mėginių (parodyta black
), patvirtinantis, per daug išraiška miR-18a ir miR-25 ir pagal-išraiškos miR-1 ir leisti-7g kaip matyti iš mikrogardelių duomenų vėžio mėginių. Studentų T-testo p
reikšmė tarp 4 normalu ir 4 vėžio mėginiai bus rodomas kiekvieną Mirna. Sulenkite pokytis (FC) -1 rodo 50% sumažėjo RNU6-normalizuotas išraiška tam tikrą Mirna.
Identifikavimo Mirna pasirašymo atsparumo CF terapijos
laikas iki ligos progresavimo (LIP), o ne Radiografinis atsako, buvo naudojamas kaip klinikinės rodiklis chemoterapijos atsakas, visų pirma, nes norėjome įtraukti pacientus, kurie neturėjo kiekybiškai ligos, naudojant standartines vaizdavimo būdus. Apibrėžti iš 82 mėginių, kaip mokymo nustatyta kurti Predictor (1 pav.) Šie 82 pirminio apdorojimo mėginiai buvo imami iš pacientų, kurie nepergyveno antra biopsija. Penkiasdešimt aštuoni miRNAs buvo reikšmingai koreliavo su šių 82 pacientų TTP (funkcija atranka P
vertės < 0,05) (3 lentelė). 30 miRNAs raiška buvo susijęs su uždelstu TTP o 28 miRNAs raiška buvo susijęs su greitesniu TTP. Šeši * miRNAs, kurios buvo susijusios su Atsparumas cheminėms, įskaitant Pasaulis-518f *, PPN-520a, PPN-520D *, PPN-519e *, PPN-363 *, ir Pasaulis-517 * o ne * miRNAs buvo susiję su chemosensitivity.Table 3 miRNAs kurių raiška yra susijusi su chemosensitivity ar Atsparumas cheminėms.
miRNAa kurio išraiška yra susijęs su Atsparumas cheminėms
psl
FDR

Pavojingumo Ratio

hsa-miR-526a
0.0000
0.0103
1.482
hsa-miR-122a
0.0002
0.0379
1.545
hsa-miR-518f*
0.0004
0.0537
1.298
hsa-miR-591
0.0007
0.0598
1.492
hsa-miR-524-3p
0.0010
0.0682
1.268
hsa-miR-320
0.0013
0.0701
1.865
hsa-miR-520a*
0.0014
0.0701
1.252
hsa-miR-183
0.0031
0.119
1.39
hsa-miR-516-5p
0.0034
0.119
1.306
hsa-miR-629
0.0036
0.119
1.42
hsa-miR-595
0.0043
0.119
1.858
hsa-miR-640
0.0054
0.132
1.3
hsa-miR-520d*
0.0063
0.143
1.326
hsa-miR-519e*
0.0091
0.164
1.24
hsa-miR-363*
0.0096
0.166
1.407
hsa-miR-513
0.0137
0.193
1.347
hsa-miR-328
0.0163
0.211
1.736
hsa-miR-519a
0.0170
0.211
1.118
hsa-miR-185
0.0189
0.217
1.697
hsa-miR-658
0.0200
0.223
1.532
hsa-miR-517*
0.0218
0.226
1.305
hsa-miR-515-5p
0.0349
0.301
1.145
hsa-miR-519c-5p
0.0368
0.304
1.157
hsa-miR-661
0.0392
0.315
1.437
hsa-miR-182
0.0416
0.315
1.408
hsa-miR-206
0.0417
0.315
1.606
hsa-miR-193b
0.0419
0.315
1.433
hsa-miR-601
0.0436
0.317
1.599
miRNAs kurio išraiška yra susijęs su chemosensitivity pervežimas psl
FDR
rizikos santykis
hsa-miR-195
0.0007
0.0598
0.593
hsa-miR-146b
0.0016
0.0733
0.565
hsa-miR-26b
0.0037
0.119
0.686
hsa-miR-374
0.0042
0.119
0.84
hsa-miR-199b
0.0051
0.132
0.729
hsa-miR-132
0.0068
0.143
0.62
hsa-miR-140
0.0069
0.143
0.759
hsa-miR-487b
0.0088
0.164
0.679
hsa-let-7g
0.0091
0.164
0.539
hsa-miR-340
0.0103
0.171
0.82
hsa-miR-155
0.0109
0.174
0.704
hsa-miR-95
0.0115
0.176
0.856
hsa-miR-186
0.0137
0.193
0.662
hsa-miR-130a
0.0140
0.193
0.72
hsa-miR-342
0.0151
0.202
0.685
hsa-miR-577
0.0173
0.211
0.804
hsa-miR-128b
0.0184
0.217
0.701
hsa-miR-146a
0.0209
0.226
0.776
hsa-miR-16
0.0214
0.226
0.698
hsa-miR-503
0.0241
0.243
0.721
hsa-miR-224
0.0259
0.25
0.853
hsa-miR-223
0.0259
0.25
0.794
hsa-miR-128a
0.0294
0.276
0.704
hsa-miR-181b
0.0300
0.276
0.668
hsa-let-7f
0.0312
0.281
0.725
hsa-miR-1
0.0339
0.298
0.839
hsa-miR-421
0.0367
0.304
0.738
hsa-miR-127
0.0404
0.315
0.783
hsa-miR-34c
0.0435
0.317
0.74
hsa-miR-497
0.0493
0.351
0.769
3 pav vaizduoja Kaplan-Meier kreivė rizikos grupėms suskirstyti pagal šias 58 miRNAs. Kėliniai reikšmė lygis log-rank statistiką atostogos-vienas iš abipus patvirtintomis Kaplan-Meier kreivėmis buvo 0,021, o tai rodo, kad tarp Mirna raiškos asociacijos duomenimis, kad TTP yra statistiškai reikšmingas. 3 Kaplan-Meier kreivės laiko iki ligos progresavimo (LIP) 2 rizikos grupių suskirstytos pagal reglamento 58 miRNAs koreliuoja su TTP ne vaidybinis atrankos P <išraiška; 0,05. Iš Mirna raiškos duomenų TTP asociacija buvo statistiškai reikšmingas (perstatymas P
vertė log-rank statistiką kryžminio patvirtintas Kaplan-Meier kreivėmis = 0,021) išraiška Atsparumas cheminėms parašu.
Koreliuoja su Atsparumas cheminėms evoliuciją navikai, kurie buvo anksčiau chemosensitive Viesbutis The 58 Mirna parašas virš identifikuoti yra prognozuoti identifikuoti pacientus, kuriems yra arba nėra tikėtina, kad teigiamai atsakyti į CF terapija. Mes postuluojama, kad pacientai, kurie iš pradžių parodė teigiamą 58 Mirna išraiška parašas būtų pereiti prie nepalankios išraiška pasirašymo metu jie sukūrė atsparumą CF terapija. Siekiant išbandyti šią galimybę kaip įrodymas apie principo, 8 poros Bandymo mėginių (endoskopu gauti iki ir po gydymo) buvo surinkti iš 8 pacientų, kurie iš pradžių parodė klinikinį atsaką į CF gydymo, bet kuris neturėjo parodė liga progresuoja kurio metu buvo priimtas antrasis endoskopinis biopsija. Kaip parodyta 4 lentelėje visi iš 8 pirminio apdorojimo pavyzdžius iš klinikinių atsakas buvo teisingai prognozavo 58-Mirna prognozuoti būti mažos rizikos grupei (tikslumas, 100%). Pažymėtina, kad 6 iš 8 porų teisingai identifikuotas chemosensitivity (ty
., Posttreatment mėginiai buvo priskirtas aukštesnio nuspėjimo indeksą chemoterapijos atsakymo nei pirminio apdorojimo pavyzdžių, todėl prognozuojama, kad būtų labiau atsparūs gydymui) (tikslumas 75% ). Kai tas pats spėjimas buvo atlikta naudojant funkcija atrankos P
vertę 0,01, prognozavimas rezultatas liko tas pats (4 lentelė) .table 4 prognozavimas Atsparumas cheminėms į įrodymas-of-principas bandymo komplekto
mėginio ID

Žanras pasirinkimas "P < 0,05


Žanras atrankos P < 0,01


Predictive
Index
Percentile1

Prediction
For
Pretreatment
Sample2

Overall
Prediction3


Predictive
Index
Percentile

Prediction
for
Pretreatment
Sample

Overall
Prediction

1 prieš
39%
mažas
neteisingas
35%
mažas
neteisingas
1 pranešimas
22%
24%
2 anksto
48%
mažas
informacija
49%
mažas
informacija
2 po
79%
77%
anksto
55 3%
mažas
informacija
46%
mažas
informacija
3 po
73%
77%
anksto
13% pervežimas mažas <4 br> teisingas
24%
mažas
informacija
4 po
72%
73%
anksto
31%
mažas
informacija <5 lt> 33%
mažas
informacija
5 po
48%
46%
anksto
13%
žemas 6
informacija
27%
mažas
informacija
6 po
16%
66%
anksto pervežimas 7%
mažo 7
informacija
12%
mažas
teisingas
7 pranešimą
66%
57%
anksto
8 52%
mažas
neteisingas
50%
mažas pervežimas neteisingas
8 pranešimą
17%
24%
1Šis prognozavimo indeksas buvo apskaičiuotas kiekvieno mėginio šio prižiūri pagrindinis komponentas metodas, kai didelės vertė nuspėjimo indeksas atitinka sparčiai progresuoja po chemoterapijos (ty
., trumpas TTP). Jei prognozuojantys indeksas per bandinį į bandymo komplekto atitiko vidurinei prognozavimo indekso mokymo rinkinys, mėginys buvo priskirtas 50% nuspėjimo indeksą.
2. Tas pavojus buvo prognozuojama maža, jei prognozinės puslapis procentilis dėl pirminio mėginio buvo mažiau kaip 67%
3The prognozavimas buvo laikomas teisingu, jei po gydymo mėginiai buvo priskirtas aukštesnio nuspėjimo indeksą nei prieš gydymą pavyzdžius.
Diskusijos
Šis tyrimas naudojamas perspektyvų požiūrį nustatyti Mirna parašą skrandžio Vėžys vs normalus skrandžio epitelį ir Mirna parašu patvirtina, kad prognozuoja atsakymą į standartinį CF terapija.
nuo įprastinių Histopatologiniai metodai kartais nereikia sukelti galutinę diagnozę skrandžio vėžio, a Mirna pasirašymo papildymas iš tokių pacientų mėginiuose gali pagerinti tikslumas iš skrandžio vėžio diagnozę. Ankstesniais Mirna microarray tyrimų skrandžio vėžiui, valdymo audiniai buvo gauti iš regionų skrandžio vėžio pacientų skrandžio, kurie buvo pasiryžę būti histologiškai normalus ir ne iš skrandžio audinių sveikų sveikų savanorių [6, 7]. Nuo molekulinės anomalijos dažnai randami histologiškai normalaus pasirodo audinį greta naviko audinyje, mes pasirinkome gauti kontrolės audinius nuo endoskopinių biopsijos mėginių nuo įprastų, vėžio nemokamai savanorių. Dauguma skirtingai išreikštas miRNAs pranešta būti būdingi skrandžio vėžio ankstesniais microarray tyrimų [6, 7] taip pat buvo identifikuojamos per skrandžio vėžio pasirašyti mūsų dabartinių analizės. Tačiau, be to, jie pranešė, kad anksčiau miRNAs skrandžio vėžio, mes papildomai nustatė galimus auglio slopinamojo miRNAs (kai P
< 0,05 [6] ir P
< 0,01 [7], įskaitant ir miR-1 [8 , 9] ir tegul-7 [10], kad mes radome būti underexpressed skrandžio vėžiu (kai P
< 0,001). (2 lentelė) Įdomu tai, o ir kt rasti išraišką PPN-486 turi būti sumažinta daugelyje . skrandžio vėžio, tam tikrais atvejais, susijęs su genomo praradimo tame regione [11] Radome miR-486 turi būti aktyvuojami mūsų skrandžio vėžio kohortos tiek mikrogardelės ir Togman PGR metodu (Papildoma failo 1: S1 pav). tai yra gali būti, kad šis skirtumas rezultatų dėl labai skirtingų pacientų populiacijos studijavo.
šiame tyrime mes pranešime pirmą kartą į mūsų žiniomis, Mirna prognozuoti reagavimo CF terapija 58 Mirna parašą, kuris suteikia žinutę indeksą. vertinant galimą atsaką į CF terapija gali būti naudinga stratifikuoti pacientus į grupę, kuri turėtų gauti standartinę terapiją ir grupę, kuri greičiausiai nebus naudos iš tokio gydymo ir turėtų būti padėtas ant skirtingu terapiniu teismą. Keletas iš 58 miRNAs mes, nurodytą 2 lentelėje, kurios yra susijusios su TTP yra suderinamas su paskelbtais pranešimais susijusių savo išraišką su Atsparumas cheminėms ir naviko biologijos. Žinomiausia tarp aktyvinama miRNAs, susijusių su ilgą TTP (apibrėžto pagal pavojų santykis < 1), buvo miRNAs, kurie indukuoja apoptozę skrandžio ir kitų vėžinių ląstelių, tokių kaip miR-16, leiskite-7G, MIR-181, ir miR-342, miR-1, ir miR-34 [8, 12-18]. Pasaulis-16 padidina apoptozę indukcijos nutlin ir genisteinas [12], ir moduliuoja atsparumą žmogaus skrandžio vėžio ląstelių [13].
Padidėjusi atvangos 7c arba leiskite-7g buvo įrodyta, kad sumažinti išraišką BCL-XL vaistams Huh7 ir HepG2 ląstelių linijos [14]. Tegul-7g ir Pasaulis-181b teigiamai koreliuoja su klinikiniais reagavimą gaubtinės žarnos vėžio S-1, žodžiu fluorouracilu [4]. Pasaulis-181a ir 181b Pasaulis-buvo įrodyta, kad veiktų kaip naviko slopintuvai dėl kurių atsiranda augimo slopinimą, sukelti apoptozę ir slopina invazija į glioma ląstelių [15]. Tirpinimas HSA-miR-342 į gaubtinės žarnos vėžio ląstelių linijos HT-29 indukuoja apoptozę [16]. ir miR-1 sensitizes plaučių vėžio ląstelių doksorubicino sukeltas apoptozės [8]. Negimdinis Pasaulis-34 išraiška sukelia apoptozę, ląstelių ciklo sulaikymą ar sočią senatvę normaliomis ir vėžinių ląstelių [17]. Taigi, atrodo, raiška šių proapoptozinis miRNAs į pirminius navikus būti labai nuoseklūs bruožas pacientams, kurie gauna naudos iš CF
Įdomu tai, kad mes nustatė šešis * miRNAs, kurios buvo susijusios su Atsparumas cheminėms, įskaitant Pasaulis-518f *, miR- 520a, PPN-520d *, PPN-519e *, PPN-363 *, o Pasaulis-517 *, o ne miRNAs buvo susiję su chemosensitivity. Tik vienas PPN, Pasaulis-302 *, buvo nustatytas skrandžio vėžio miR parašu. miR * ai yra laikoma keleivių sruogų, kad yra manoma, kad paprastai nevisavertis iš anksto miR, dėl kurio brandus 22 nt kryptis, kad patenka į RISC kompleksas. Iš * miRNAs funkcijos lieka neaišku, nors tai įmanoma, kad jie kyla iš sutrikusio perdirbimo išankstinio miRNAs (Tchernitsa et al J patologijos, 2010) arba gali atlikti tam tikrą vaidmenį orientacija iRNR vertimą (Gu Lu, Plos Vienas, 2010 ).
Mes taip pat pastebėjo, kad nors 21 miRNAs buvo rasta bendra tarp GC ir Atsparumas cheminėms Mirna parašų, 37 miRNAs buvo unikalus chemosensitivity parašu.
analizė mėginio poros prieš ir po gydymo nuo 8 pacientų kurie iš pradžių atsakė į CF terapija, tačiau vėliau tapo atsparios terapijos tarnavo kaip įrodymas iš principo parodant, kad prognozavimo indeksas 58 Mirna pasirašymo būtų pereiti nuo palankaus indeksą (bent prieš gydymo etapo) nepalankaus indeksą ( po gydymo, kai varža sukurtas). Deja, tai nebuvo įmanoma gauti papildomų suderintų porų mėginių iš panašių pacientams suteikti tvirtesnę statistinę analizę. Nepaisant to, rezultatai atitinka su klonų atranką iš anksto esamų atsparios navikų ląstelių gyvenantiems pirminio naviko modelį.
Pagal įprastinį klonų atrankos modelio įgyto atsparumo vystymosi atsparumą chemoterapijos, atsparumo pradžių reaguoja navikų atsiradusioms dėl atrankinio atauga iš chemoterapijai atsparia klonų, kad jau egzistuoja per naviko [18]. Atsižvelgiant į tai, kad greitas LIP specialiai rodo vidinę varžą chemoterapijos [19], 58 miRNAs kurių išraiška lygiai yra susiję su trumpu TTP gali atstovauti Atsparumas cheminėms susijusių miRNAs jau yra naviko ląstelių dauguma pirminio naviko. Tačiau pirminiai navikai, kurie atsiranda ne išreikšti šį Mirna parašas atsparumas, iš pradžių reaguoja į gydymą, kol nesieja, atsparios ląstelės selektyviai auga nepaisant CF terapija. Tuo metu bandinys gaunamas, kai yra stebimas varža, naviko urmu išreiškia nepalanki, chemoterapijai atsparia Mirna parašą. Atsižvelgiant į tai, kad atsparumas daugumai šių pacientų išsivysto per palyginti trumpą laiką (mėnesiais, o ne metais), tai atrodo mažai tikėtina, kad atsparumas rezultatai nuo daugelio individualių genetinių pokyčių kaupimosi.
Šio tyrimo rezultatai suteikia svarbių naujų duomenų ir Mirna parašai, ypač prognozuoti atsaką į CF terapijos ir dėl atsparumo naviko atsiradimą. Tačiau didesnės tyrimai turi būti atliekami ateityje dar labiau patvirtintų šias išvadas ir nustatyti, ar jie gali būti taikomi klinikinėje aplinkoje.
Išvadas
Nors riboja mažos imties dydžio patvirtinimo rinkinys šis tyrimas identifikuoja miRNAs, kad gali sudaryti kliniškai reikšmingos parašą vidinės varžos skrandžio vėžio CF, ir siūlo, kad šie miRNAs buvo atrinkti per įgytų atsparumas cheminėms plėtrai. Kadangi tai Mirna prognozuoti galbūt suteikti naudingą vadovas asmeninį chemoterapijos ateityje, tai garantuoja tolesnį tyrimą ir įteisinimą dideliais perspektyvinius tyrimus.
Metodai
paciento priėmimą ir apdorojimą
Audinių mėginiai buvo imami iš ligoninės Korėjos nacionalinio vėžio centro endoskopija nuo 2001 iki 2006 m pagal protokolą pagal institucinius ekspertizės valdyba (IRB) Nacionalinės Cancer Center Hospital Goyang, Korėja patvirtino. Visi pacientai ir savanoriai pasirašė IRB patvirtintus informuotas sutikimas formas. Tinkamumas įtraukimo į tyrimą įtraukti šiuos parametrus: 1) amžius ≥ 18 metų; 2) histologiškai patvirtinta skrandžio adenokarcinoma; 3) dokumentais toli metastazių; 4) nėra kitų nei skrandžio vėžio ankstesnius arba kartu vartojami piktybinių navikų; 5) ne anksčiau chemoterapija, arba adjuvantinis arba paliatyvi; 6) pakankama funkcija visų pagrindinių organų. 34 sveikų savanorių buvo atlikta gastroskopija už kasdieninį patikrinimą dėl skrandžio vėžio ir turėjo normalų skrandžio gleivinės histologiją. Nebuvo tarp 34 sveikų savanorių gastritas.
Šis mirna tyrimas buvo atliktas kaip lygiagrečiai tyrimo su mRNR dalimi ekspresijos analizės [20], kuriuo būtų žymimi iRNR galima prognozuoti remiantis Atsparumas cheminėms tyrimo. Devyniasdešimt surinkti nuo 2001 iki 2006 iki gydymo biopsijos mėginiai buvo analizuojami šiame Mirna tyrimas. Po pradinio endoskopinio biopsijos, visi iš 90 pacientų buvo gydomi cisplatinos (60 mg /m 2, D1) kartu su bet fluorouracilo (1 g /m 2 nuo 5 dienas, n = 88) arba kapecitabinu (Xeloda; Roche; 1250 mg /m 2 kartus per parą 2 savaites; n = 2) kas 3 savaites. Klinikiniai atsakas buvo paprašyta atlikti antrąjį endoskopija tuo metu progresuojančia liga (PD) buvo stebimas pagal Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) kriterijus. Šie du kriterijai buvo naudojamas apibrėžti klinikinius gelbėtojams: 1) pacientų, kurių augliai parodė daugiau nei 50% sumažino iš dviejų didžiausių statmenų skersmens išmatuojamų pažeidimų ne trumpiau kaip 4 savaites produktų, sumą; arba 2) pacientams, kurie neturėjo išmatuojamą ligą pristatymą ir turėjo didžiulį sumažėjo pleuros ertmėje /ascitas mažiausiai 4 savaites [21]. Po gydymo Mirna mikrogardeliq duomenys gali būti gaunami iš surinktais Atsparumas cheminėms sukurta (PD) 8 klinikinių atsakas pavyzdžius. Po gydymo mėginiai buvo imami ne mažiau kaip 2 savaitėms po paskutinės dozės fluorouracilo, ir prieš pradėjo antra-linija chemoterapija, tam, kad būtų išvengta bet kokių ūmus narkotikų poveikį daryti įtaką ekspresijos profilį. Dėl šių 8 klinikinių gelbėtojams, iš anksto ir po gydymo pavyzdžiai (kurie buvo surinkti ne iš progresuojančia liga laiku) atstovauti chemosensitive ir chemoterapijai atsparia navikai, atitinkamai. Pirminio apdorojimo mėginiai iš likusių 82 pacientų buvo naudojami siekiant nustatyti Mirna Predictor chemoterapija atsakymą. Tai prognozuoti buvo taikomas 8 mėginių porų surinktų iš tų pačių pacientų prieš ir po gydymo. Prognozuojama buvo laikomas teisingu, jei po gydymo mėginiai buvo priskirtas aukštesnio nuspėjimo indeksą Atsparumas cheminėms nei prieš gydymą pavyzdžius. Biopsijos mėginiai buvo panašiai surinkti iš 34 sveikų savanorių.
Audinių mėginiai, kurių sudėtyje yra ne mažiau kaip 50% naviko ląstelių buvo neparuoštų RNR kaip buvo aprašyta anksčiau [22]. Išimtos RNR buvo tiriami naudojant "Agilent Bioanalyzer 6000 RNR testą ir Nanodrop spektrofotometru šią gamintojo protokolus. 500 ng visos RNR buvo atliktas užsakymą Mirna microarray. Iš viso RNR mišinys, išskirtas iš trijų skrandžio vėžio ląstelių linijų (SNU-601, SNU-638, ir AGS) buvo naudojamas kaip atskaitos RNR konkurencingo hibridizacijos.
Mikrogardeliq eksperimentas
Mirna mikrogardeliq dizaino
laboratorijos (.: AC UK //MicroRNA Sanger hTTP.). ir pagamintas taip, pasirinktinį susintetinti 8 × 15 K mikrogardelių (Agilent Technologies, iš Molekulinis technologijos (LMT) _miRNA_v2 microarray buvo sukurta naudojant Sanger miR9.0 duomenų bazę San Chosė, CA). Yra 4,361 Mirna įrašų viso į miR9.0 duomenų bazę. Kai kurie iš miRNAs turėtų tikslius sekas iš skirtingų rūšių. Mes žlugo duomenų bazę 1,667 unikalių subrendusių Mirna sekas visose rūšių, įskaitant žmogaus, pelės, žiurkės ir kt brandus Mirna sekos buvo įtraukta į 60-Mer ilgų Oligonųkleotidų zondai su jungtuko seka ant 3 'gale atsiskirtų Mirna sekas nuo stiklo skaidrių paviršiaus. Jungiantis seka buvo patentuotas seka iš Agilent, kuri turi minimalų homologiją į bet kurią GenBank seka. Kiekvienas subrendęs Mirna atstovauja + ir - (atvirkštinis komplemento) medienos drožlių sekas. Tai leidžia mikrogardelių sistemoje, kuris bus naudojamas su skirtingų ženklinimo protokolų. Priklausomai nuo protokolo, vienas iš zondai taip pat gali tarnauti kaip neigiama kontrolė. Kiekvienas zondas turi 4 kartotinių kiekvienoje microarray teikia techninę kartotinių matavimo nuoseklumą ir efektyvumą mikrogardeliq. Apibendrinant, kiekvienas unikalus brandus Mirna atstovauja 8 zondai (4 + vijoje ir 4 - kryptis). Iš 3556 unikalių LMT seq (IDS Mirna, teigiamų ir neigiamų kontrolinių, +/- kryptis) iš viso buvo ant mikrogardeliq, kiekvienas su 4 kartotinių mėginių. http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070

• Mišrios populiacijos Helicobacter pylori, Helicobacter bizzozeronii ir "Helicobacter heilmannii" į skrandžio gleivinę, vidaus katė
• Eksperimentinis modelis lengvas diabetas: ilgalaikis vertinimas glikemijos profilį ir skrandžio susitraukimo žiurkių