Mirna potpis povezan s ishodom bolesnika s rakom želuca sljedećim chemotherapy

Mirna potpis koji je povezan s ishodom bolesnika s rakom želuca sljedećem kemoterapije
apstraktne pregled pozadine
Identifikacija pacijenata koji vjerojatno će ili neće imati koristi od citotoksične kemoterapije kroz korištenje biomarkera može uvelike poboljšati kliničko upravljanje boljim definiranjem odgovarajućih mogućnosti za liječenje pacijenata. mikroRNA može biti potencijalno korisni biomarkera koji pomažu voditi individualizirani terapiju za rak, jer mikrornk izraz dereguliran rakom. Kako bi se identificirali Mirna potpisa za rak želuca i za predviđanje kliničke rezistencije na cisplatin /fluorouracil (CF) kemoterapijom, sveobuhvatna analiza Mirna mikropostrojima je izvedena pomoću endoskopske biopsije uzorka. Pregled metoda
uzorci biopsije su prikupljeni prije kemoterapije iz 90 pacijenata rak želuca liječeni CF i od 34 zdravih dobrovoljaca. U vrijeme progresije bolesti, uzorci nakon liječenja dodatno uzima iz 8 kliničkih odzivom. Mirna bila je određena pomoću izrađenim po mjeri Agilent mikročipa. Da bi se odredilo Mirna potpis za otpornost na kemoterapije, korelirani smo razine Mirna izraz s vremena do progresije (TTP) bolesti nakon CF terapije. Pregled Rezultati
A Mirna potpis razlikovanje raka želuca od normalne želuca epitela je identificiran. 30 miRNAs značajno obrnutoj su korelaciji s TTP a 28 miRNAs značajno pozitivno korelira s TTP 82 bolesnika od karcinoma (P pregled < 0,05). Istaknuti među nadregulirani miRNAs povezane s kemijske osjetljivosti su miRNAs poznato da reguliraju apoptozu, uključujući i neka-7g, Mir-342, Mir-16, Mir-181, Mir-1 i Mir-34. Kada se to 58-Mirna prediktor je primijenjena na odvojenom skupu prije i poslije tretmana uzoraka tumora od 8 kliničkim odgovorom, sve uzorke prije tretmana 8 pravilno su predviđeni kao niskorizične, dok uzoraka iz naknadnom obradom tumori koji su se razvili kemijska otpornost su predvidjeli da se u rizičnoj kategoriji do 58 Mirna potpisa, što ukazuje da je izbor za izražavanje tih miRNAs nastupila kao kemijska otpornost nastao. pregled Zaključci pregled identificirali smo 1) Mirna izraz potpis koja razlikuje rak želuca od normalne želuca epitel od zdravih dobrovoljaca, i 2) chemoreresistance Mirna izraz potpis koji je u korelaciji s TTP nakon CF terapije. Kemijska otpornost Mirna izraz potpis uključuje nekoliko miRNAs prethodno pokazano da regulira apoptoze in vitro
i jamči dalje valjanosti. Pregled Pozadina pregled miRNAs su kratki (~ 22 nukleotida), sobe za kodiranje RNA koji reguliraju ekspresiju gena u prvom redu translacijska represija ili transkripcije degradacija [1]. miRNAs imaju veliki potencijal u kancerogenih biomarkera zbog njihove tkivno specifični ekspresije i njihova ekspresiji u stanicama raka. [2] Osim toga, miRNAs imaju važne funkcije u regulaciji staničnog ciklusa i apoptozu. Ekspresija miRNAs može dereguliran u raka različitim mehanizmima, uključujući regulaciju transkripcije, amplifikacije, brisanja, mutacije, i epigenetičko odsutnost [3]. Dakle, mikroRNA može biti potencijalno korisni biomarkera koji pomažu voditi individualizirane terapije.
Identificiranje pacijente koji vjerojatno će ili neće imati koristi od citotoksične kemoterapije kroz korištenje biomarkera može uvelike poboljšati kliničko upravljanje boljim definiraju odgovarajuće mogućnosti za liječenje pacijenata. Većina dosadašnjih istraživanja pokušavaju utvrditi Mirna prediktori kemijska otpornost na rak ispitao samo pojedine miRNAs [4]. Do sada je samo jedna objavljena visoke propusnosti microarray analiza ocjenjuje Mirna izraz potpise kao prediktori otpora kemoterapije kod pacijenata metastatskih solidnih tumora [5]. U ovom Mirna microarray istraživanju raka jajnika stadij III-IV, neka-7i izraz je utvrđeno da se značajno smanjiti u bolesnika 27 kemoterapijom rezistentnih u odnosu na 42 potpuna odgovora, iako nije bilo neovisne validacije kohorta [5]. Pregled ovdje ćemo predstaviti rezultate prospektivne studije koji koristi visoko-propusne Mirna microarray analiza u kojoj je Mirna izraz potpis je identificiran je prepoznatljiva rak želuca od normalne želuca epitela. Nadalje, utvrdili smo drugi potpis koji je u korelaciji s vremenom do progresije (TTP) za pacijente želučanog karcinoma liječenih cisplatinom i fluorouracil (CF), referentna kemoterapije režima za rak želuca. Ove Mirna potpisi mogu biti korisne kao potencijalni biomarkeri za pomoć u dijagnozi raka želuca u teškim slučajevima i predvidjeti odgovor bolesnika s rakom želuca CF terapiju. Pregled Rezultati
Identifikacija protiv raka želuca Mirna potpis
devedeset uzorci za predobradu želučani rak tkiva bile su dostupne za ovu analizu i njihove klinikopatološkim svojstva opisani su u tablici 1. Svi pacijenti metastatske bolesti u vrijeme i nakon upisa uzorci endoskopsku biopsije tkiva se prikupe, pacijenti su bili tretirani sa cisplatinom i fluorouracila (ili kapecitabine ) kombinirana kemoterapija. Svi podaci mikropostrojima je deponiran kod GEO a dostupan je po objavljivanju. Recenzent pristupa: http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070Table 1 kliničko-patološke karakteristike pacijenata pregled
želuca rak pacijent
zdrav volontera

Trening pregled postaviti
Dokaz-of-princip pregled Test set pregled (koji odgovara)
pregled, Broj pregled 82 pregled 8
34 pregled Starost - god pregled medijan pregled, 56 pregled, 56 pregled, 48 pregled interquartile raspon pregled (44-63) pregled (44-58) pregled ( 43-57)
Sex - ne. (%) Pregled muških pregled, 64 (78,0%) pregled, 7 (87,5%)
23 (67,6%) pregled ženskih pregled, 18 (22,0%)
1 (12,5% )
11 (32,4%) status pregled performansi (PS) - ne. (%) Pregled ECOG1 PS 0 ili 1 pregled 73 (89,0%) pregled, 8 (100%)
ECOG PS 2 ili 3 pregled, 9 (11,0%)
0
Histološki tip - ne. (%) Pregled, crijevna pregled Lauren je 34 (41,5%)
3 (37,5%), pregled, Lauren je difuzna pregled, 48 (58,5%), pregled 5 (62,5%) pregled Lokacija primarna lezija - ne. (%) Pregled Gornja trećina pregled 11 (13,4%)
1 (12,5%) pregled Srednji 1/3 pregled 18 (22,0%), pregled 5 (62,5%)
Donja trećina pregled 43 (52,4%) pregled, 1 (12,5%) pregled cjelokupnog želudac pregled, 10 (12,2%) pregled, 1 (12,5%) pregled, kemoterapija - nema , (%) Pregled cisplatin /fluorouracil
80 (97.6%) pregled 8 (100%) pregled cisplatin /kapecitabin pregled 2 (2,4%) 0 pregled pregled * Relativna jakost doze -% pregled Srednje pregled 81,2 pregled 76,6 pregled interquartile raspon pregled (75.3-87.3)
(64,7-84,9) pregled, Broj kemoterapije ciklusa pregled medijana
4 pregled, 10 pregled interquartile raspon pregled (2-5) pregled (7-11) pregled, kemoterapija odgovor (WHO kriteriji) -no (%) pregled PR2
16 (24,6% )
6 (100%) pregled SD3
25 (38,5%) pregled PD4
24 (36,9%), pregled, nemjerljiva
16 pregled 2 pregled Unevaluable
1 pregled Druga linija kemoterapije pregled 55 (67,1%)
6 (75,0%)
srednje vrijeme praćenja za preživjelima
35.5 mjeseci
- Ukupni opstanak - . mj pregled Srednje pregled 8.2 pregled 16 pregled interquartile raspon pregled (6,8-10,5)
(11.3-26.7)
vrijeme do progresije - mo. pregled Srednje
3,1 pregled, 8.2 pregled interquartile raspon pregled (2.5-3.9)
(4.3-21.2)
1Eastern zadruga Oncology Group, 2partial odgovor, 3stable bolesti, 4progressive bolesti
* Relativna jakost doza pregled * Srednja relativnih intenziteta doze cisplatina i fluorouracil. intenzitet doze definira kao količina lijeka primijenjenog po jedinici vremena, izražena u miligramima po kvadratnom metru tjedno. Relativni intenzitet doze je definirano kao stvarni intenziteta doze u odnosu na planiranu intenziteta doze svakog lijeka.
Prvo usporedbi Mirni profile 90 predtretmana uzorcima dobivenim iz pacijenata s karcinomom želuca ekspresijskim podacima Mirni iz 34 normalnih želučane sluznice uzorku biopsije dobivena od zdravih dobrovoljaca (Slika 1). Za procjenu predvidljivost snage raka specifične Mirna profile, predviđanje klase analize i provedene su nasumično dijeljenjem ukupnog uzorka u dva (osposobljavanja i ispitivanja) podskupova na 1-na-1 omjeru. Randomizacije provedena je pomoću nQuery Advisor softvera (verzija 7.0, statistički Solutions, Saugus, MA). Zatim klase oznaka svakog uzorka u test setu bio predviđen za svakog od 100 slučajnih treninga za testiranje particije prema spoju kovarijan prediktor (CCP), dijagonale linearna analiza diskriminacijska (LDA), 1- i 3-najbližih susjeda (NN), najbliže centroid (NC), i podrška vektor rublja (SVM). Na izbor svojstava P Netlogu 0,05, srednja točnost predviđanja u testovima je > 90% u svim klasifikatora (91,9%, 90,3%, 90,3%, 93,5%, 93,5% i 91,9%, za KPK, LDA, 1-NN, 3-NN, NC, i SVM,, respektivno), u 100 slučajnim trening-na-testu particija. Slika 1 Studija shema za identifikaciju i testiranje miRNAs prediktivan otpornosti na CF. pregled Tablica 2 navodi miRNAs koji su različito izraženi između 90 želučanih tumora raka i 34 normalnih uzorcima na izbor značajki P Netlogu < 0,005. Mnogi miRNAs koje prekomjerno u želučanoj skupine raka pripada miR-17-92 i 106b-25 klastera, kao što je ranije opisano [6, 7]. Kvantitativno realnom vremenu reverzne transkripcije lančane reakcije polimeraze (Q-RT-PCR) analiza potvrdila diferencijalnu ekspresiju nekih od tih miRNAs u uzorcima raka želuca (Slika 2). Iako je Mir-25 značajno je up-regulirana array analizu u tumorima, to nije bila statistički značajna Q-PCR, možda zbog ograničenog broja uzoraka koji su bili dostupni za analizu. Iako je prethodna studija je izvijestio da Mir-486 je regulirani kod raka želuca, našli smo ekspresiju MIR-486 biti povišen u našoj set pacijenata oboljelih od raka želuca obje strane microarray i Q-PCR (dodatne datotečne 1: Slika S1) .table 2 miRNAs različito izražena u rak želuca i normalno želuca epitela. pregled izraženo u rak želuca
p
FDR
Omjer
HSA-mir-25 izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 1,64 pregled HSA-Mir-106b izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 1.85 pregled HSA-Mir-93 izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 1,49 pregled HSA-Mir-503 izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 2.17 pregled HSA-Mir-18a izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07
2.27
hsa-miR-224
1.00E-07
2.59E-06
3.85
hsa-miR-451
1.00E-07
2.59E-06
3.23
hsa-miR-18b
2.00E-07
4.60E-06
2.17
hsa-miR-17-5p
2.00E-06
3.60E-05
1.61
hsa-miR-486-5p
3.00E-06
5.18E-05
2.22
hsa-miR-144
9.60E-06
0.000159
5.56
hsa-miR-552
1.03E-05
0.000164
2.38
hsa-miR-425-5p
1.32E-05
0.000195
1.35
hsa-miR-92
1.88E-05
0.000268
1.39
hsa-miR-106a
2.61E-05
0.000347
1.52
hsa-miR-223
2.68E-05
0.000347
2.13
hsa-miR-205
2.98E-05
0.000363
4.76
hsa-miR-196b
4.42E-05
0.000508
1.67
hsa-miR-19a
0.0001836
0.00181
1.69
hsa-miR-191
0.0003112
0.0028
1.27
hsa-let-7i
0.0004468
0.00385
1.20
hsa-miR-185
0.0004764
0.00394
1.32
hsa-miR-769-5p
0.0006683
0.00532
1.37
hsa-miR-196a
0.0008274
0.00646
1.45
hsa-miR-301
0.0009715
0.00745
1.82
hsa-miR-21
0.0012598
0.00948
1.49
hsa-miR-130b
0.0015411
0.0112
1.30
hsa-miR-19b
0.0015959
0.0114
1.39
hsa-miR-424
0.0019249
0.0135
1.52
hsa-miR-484
0.0020451
0.0139
1.33
hsa-miR-767-5p
0.0048511
0.03
1.64
hsa-miR-183
0.0050428
0.0305
1.52
hsa-miR-210
0.0053848
0.0318
1.35
hsa-miR-302c*
0.006328
0.0364
1.41
hsa-miR-520g
0.0070896
0.0402
2.13
hsa-miR-324-5p
0.0095742
0.0497
1.23
hsa-miR-103
0.0095861
0.0497
1.16
hsa-miR-376b
0.0096083
0.0497
1.85
hsa-miR-151
0.0100422
0.0513
1.20
hsa-miR-596
0.011231
0.0556
1.61
hsa-miR-545
0.011422
0.0556
1.69
hsa-miR-221
0.0129139
0.0608
1.27
hsa-miR-20a
0.0133176
0.0619
1.35
hsa-miR-181b
0.0148487
0.0655
1.28
hsa-miR-181d
0.0154891
0.0668
1.16
hsa-miR-623
0.0189476
0.0809
1.43
hsa-miR-519d
0.0220958
0.0915
1.59
hsa-miR-563
0.0229302
0.094
1.37
hsa-miR-505
0.0241657
0.097
1.25
hsa-miR-107
0.0242694
0.097
1.11
hsa-miR-320
0.0282982
0.111
1.20
hsa-miR-96
0.0285699
0.111
1.39
hsa-miR-339
0.0312524
0.12
1.32
hsa-miR-181a
0.0318141
0.121
1.20
hsa-miR-345
0.0322275
0.121
1.19
hsa-miR-20b
0.0325811
0.122
1.28
hsa-miR-33b
0.0339343
0.125
1.64
hsa-miR-135b
0.0352682
0.129
1.59
hsa-miR-431
0.0374687
0.134
1.41
hsa-miR-193a
0.0377098
0.134
1.35
hsa-miR-550
0.0380645
0.134
1.30
hsa-miR-565
0.0446875
0.15
1.20
Underexpressed kod raka želuca
p pregled FDR pregled Omjer pregled HSA-Mir-146A Netlogu < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0,39 pregled HSA-Mir-133A izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0,34 pregled HSA-Mir-625 izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0.56 pregled HSA-Mir-375 izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0,27 pregled HSA-Mir-133B izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0.32 pregled HSA-Mir-195 izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0,47 pregled HSA-Mir-148a izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0,47 pregled HSA-Mir-1 pregled < 1e-07 izvoznici < 1e-07 pregled 0,27 pregled HSA-Mir-26a izvoznici < 1e-07 izvoznici < 1e-07
0.67
hsa-miR-204
2.00E-07
4.60E-06
0.26
hsa-let-7c
7.00E-07
1.53E-05
0.74
hsa-let-7a
9.00E-07
1.86E-05
0.72
hsa-let-7g
1.10E-06
2.17E-05
0.71
hsa-miR-497
1.70E-06
3.20E-05
0.56
hsa-miR-26b
1.28E-05
0.000195
0.58
hsa-miR-145
2.04E-05
0.000282
0.65
hsa-miR-34a
2.89E-05
0.000363
0.75
hsa-miR-143
4.28E-05
0.000506
0.63
hsa-miR-650
9.15E-05
0.00101
0.57
hsa-miR-150
9.25E-05
0.00101
0.49
hsa-miR-768-5p
0.0001037
0.0011
0.65
hsa-let-7d
0.0001302
0.00132
0.76
hsa-miR-203
0.0001311
0.00132
0.52
hsa-miR-29c
0.0002112
0.00203
0.52
hsa-let-7f
0.0002446
0.0023
0.69
hsa-miR-30d
0.0002592
0.00238
0.78
hsa-miR-642
0.0004345
0.00383
0.62
hsa-miR-30c
0.0004556
0.00385
0.75
hsa-miR-155
0.0004998
0.00406
0.66
hsa-miR-34b
0.0013651
0.0101
0.64
hsa-miR-551b
0.0019808
0.0137
0.53
hsa-miR-28
0.0027537
0.0184
0.85
hsa-let-7e
0.0034793
0.0227
0.84
hsa-let-7b
0.0035019
0.0227
0.85
hsa-miR-212
0.0039061
0.0249
0.76
hsa-miR-564
0.0047906
0.03
0.72
hsa-miR-770-5p
0.0050814
0.0305
0.71
hsa-miR-30b
0.0060842
0.0355
0.76
hsa-miR-30a-5p
0.0077597
0.0434
0.80
hsa-miR-199b
0.0083572
0.0461
0.67
hsa-miR-125a
0.0085563
0.0466
0.77
hsa-miR-621
0.0093423
0.0497
0.69
hsa-miR-31
0.0106862
0.054
0.66
hsa-miR-365
0.0113404
0.0556
0.78
hsa-miR-381
0.0123061
0.0592
0.70
hsa-miR-626
0.0128738
0.0608
0.78
hsa-miR-127
0.0138033
0.0635
0.69
hsa-miR-660
0.0142991
0.0651
0.75
hsa-miR-342
0.0146193
0.0655
0.75
hsa-miR-146b
0.0148729
0.0655
0.77
hsa-miR-361
0.0152056
0.0663
0.86
hsa-miR-489
0.0191692
0.081
0.71
hsa-miR-29a
0.0204334
0.0854
0.79
hsa-miR-95
0.0243644
0.097
0.54
hsa-miR-567
0.0265025
0.104
0.54
hsa-miR-152
0.0376121
0.134
0.78
hsa-miR-429
0.0378151
0.134
0.65
hsa-miR-200b
0.0396617
0.138
0.75
hsa-miR-504
0.0412648
0.142
0.63
hsa-miR-668
0.041717
0.143
0.77
hsa-miR-186
0.0437991
0.149
0.83
hsa-miR-135a
0.0468793
0.157
0.58
hsa-miR-485-5p
0.047683
0.158
0.82
Slika 2 Validacija Mir izražavanja kvantitativnom realnom vremenu preokrenuti lančana reakcija polimeraze transkripcija (Q-RT-PCR). Q-RT-PCR analize Mir-18a, Mir-25, Mir-1 i neka-7g u 4 normalna (prikazano u bijelom Netlogu) i 4 uzorka raka (prikazan u crnoj Netlogu), što potvrđuje nad- izraz Mir-18a i Mir-25 i smanjenu ekspresiju Mir-1 i neka-7g je uočen u podacima microarray uzoraka raka. Studentski t-test p pregled vrijednost između 4 normalna i 4 uzorka raka prikazana je za svaku Mirne. Fold promjene (FC) -1 pokazuje pad od 50% u RNU6 normalizirana izražavanja određenog Mirne. Pregled, identifikacija Mirna potpisa za otpornost na CF terapiju pregled Vrijeme do progresije (TTP), a ne rendgenski odziva, se koristi kao klinički pokazatelj kemoterapije odgovor, prije svega zato što je želio uključiti pacijente koji nisu imali mjerljive bolesti koristeći standardne dijagnostičke metode. Za određivanje od 82 uzoraka kao trening set je razviti prediktor (Slika 1). Ovi 82 uzoraka za predobradu prikupljeni su od pacijenata koji nisu prošli drugi biopsija. Pedeset i osam miRNAs su značajno koreliraju s TTP tih 82 bolesnika (značajka Odabir P pregled vrijednosti 0,05) (Tablica 3). Unosom 30 miRNAs bila povezana s odgođenim TTP dok je prekomjerna ekspresija 28 miRNAs bila je povezana s bržim TTP. Šest * miRNAs koje su povezane s kemijska otpornost, uključujući i Mir-518f *, Mir-520a, Mir-520d *, Mir-519e *, Mir-363 * i Mir-517 *, a ne * miRNAs bili su povezani s chemosensitivity.Table 3 miRNAs čija ekspresija povezana s kemijske osjetljivosti ili kemijska otpornost. pregled miRNAa čija je ekspresija povezana s kemijska otpornost
p
FDR pregled pregled opasnosti Ratio

hsa-miR-526a
0.0000
0.0103
1.482
hsa-miR-122a
0.0002
0.0379
1.545
hsa-miR-518f*
0.0004
0.0537
1.298
hsa-miR-591
0.0007
0.0598
1.492
hsa-miR-524-3p
0.0010
0.0682
1.268
hsa-miR-320
0.0013
0.0701
1.865
hsa-miR-520a*
0.0014
0.0701
1.252
hsa-miR-183
0.0031
0.119
1.39
hsa-miR-516-5p
0.0034
0.119
1.306
hsa-miR-629
0.0036
0.119
1.42
hsa-miR-595
0.0043
0.119
1.858
hsa-miR-640
0.0054
0.132
1.3
hsa-miR-520d*
0.0063
0.143
1.326
hsa-miR-519e*
0.0091
0.164
1.24
hsa-miR-363*
0.0096
0.166
1.407
hsa-miR-513
0.0137
0.193
1.347
hsa-miR-328
0.0163
0.211
1.736
hsa-miR-519a
0.0170
0.211
1.118
hsa-miR-185
0.0189
0.217
1.697
hsa-miR-658
0.0200
0.223
1.532
hsa-miR-517*
0.0218
0.226
1.305
hsa-miR-515-5p
0.0349
0.301
1.145
hsa-miR-519c-5p
0.0368
0.304
1.157
hsa-miR-661
0.0392
0.315
1.437
hsa-miR-182
0.0416
0.315
1.408
hsa-miR-206
0.0417
0.315
1.606
hsa-miR-193b
0.0419
0.315
1.433
hsa-miR-601
0.0436
0.317
1.599
miRNAS čija je ekspresija povezana s kemijske osjetljivosti
p pregled FDR
omjer rizika
hsa-miR-195
0.0007
0.0598
0.593
hsa-miR-146b
0.0016
0.0733
0.565
hsa-miR-26b
0.0037
0.119
0.686
hsa-miR-374
0.0042
0.119
0.84
hsa-miR-199b
0.0051
0.132
0.729
hsa-miR-132
0.0068
0.143
0.62
hsa-miR-140
0.0069
0.143
0.759
hsa-miR-487b
0.0088
0.164
0.679
hsa-let-7g
0.0091
0.164
0.539
hsa-miR-340
0.0103
0.171
0.82
hsa-miR-155
0.0109
0.174
0.704
hsa-miR-95
0.0115
0.176
0.856
hsa-miR-186
0.0137
0.193
0.662
hsa-miR-130a
0.0140
0.193
0.72
hsa-miR-342
0.0151
0.202
0.685
hsa-miR-577
0.0173
0.211
0.804
hsa-miR-128b
0.0184
0.217
0.701
hsa-miR-146a
0.0209
0.226
0.776
hsa-miR-16
0.0214
0.226
0.698
hsa-miR-503
0.0241
0.243
0.721
hsa-miR-224
0.0259
0.25
0.853
hsa-miR-223
0.0259
0.25
0.794
hsa-miR-128a
0.0294
0.276
0.704
hsa-miR-181b
0.0300
0.276
0.668
hsa-let-7f
0.0312
0.281
0.725
hsa-miR-1
0.0339
0.298
0.839
hsa-miR-421
0.0367
0.304
0.738
hsa-miR-127
0.0404
0.315
0.783
hsa-miR-34c
0.0435
0.317
0.74
hsa-miR-497
0.0493
0.351
0.769
Slika 3 prikazuje krivulju Kaplan-Meier za rizične skupine stratificiran prema ovim 58 miRNAs. Permutacija razinu značajnosti za statistiku log-rang ostaviti-jedan-out cross-validirane Kaplan-Meier krivulje je 0.021, što sugerira da je povezanost između Mirne ekspresije podataka TTP je statistički značajna. Slika 3 Kaplan-Meier krivulje za vrijeme do progresije (TTP) 2 rizičnih skupina stratificiran prema izraz 58 miRNAs korelaciji s TTP na izbor svojstava P < 0.05. Udruga Mirna izraz podataka TTP bio je statistički značajna (permutacija P pregled vrijednost za log-rank statistika unakrsno validirani krivulje Kaplan-Meier = 0,021). Pregled Izražavanje kemijska otpornost potpisa korelaciji s evolucijom kemijska otpornost na tumori koji su prethodno bili chemosensitive
58 Mirna potpis iznad identificiran je prediktivno za identifikaciju pacijenata koji su ili nisu vjerojatno da će pozitivno odgovoriti na CF terapiju. pretpostavili smo da su pacijenti koji su u početku pokazali povoljan 58 Mirna izraz potpis će se prebaciti na nepovoljnom izražavanja potpis u vrijeme kad su razvile otpornost na CF terapije. Kako bi testirali ovu mogućnost kao dokaz-of-princip, 8 pari Test set uzoraka (endoskopski dobiti pre-i post-tretman) prikupljeni su od 8 bolesnika koji su u početku pokazala klinički odgovor na CF liječenje, ali koji na kraju pokazali progresivno oboljenje nakon čega je drugi endoskopski biopsija je uzeta. Kao što je prikazano u tablici 4 sve uzorke prije liječenja 8 iz kliničkih odgovorom ispravno predvidio 58-Mirna prediktor da se u skupini niskog rizika (točnost, 100%). Osobito, 6 od 8 parova točno utvrđena za kemosenzitivnost (tj pregled., Posttreatment uzorci su dodijeljeni viši prediktivno indeks za kemoterapiju odgovora nego prethodne obrade uzoraka, i zbog toga se smatra da se otpornije na terapiju) (točnost, 75% ). Kad je ista predviđanja izvedena je pomoću odabira osobina P
vrijednost 0,01, a rezultat predviđanja ostao isti (tablica 4) .table 4 predviđanja za kemijska otpornost u proof-of-princip testa, pregled uzorka ID
pregled značajkom odabira P < 0.05
pregled pregled izbor svojstava P < 0.01
pregled
Predictive
Index
Percentile1

Prediction
For
Pretreatment
Sample2

Overall
Prediction3


Predictive
Index
Percentile

Prediction
for
Pretreatment
Sample

Overall
Prediction

1 pre pregled 39% pregled niska pregled netočne pregled 35%
niska pregled netočne pregled 1 post pregled, 22%
24%
2 pre
48% pregled niska pregled ispraviti pregled 49%
niska pregled ispravan pregled 2 post pregled, 79% pregled, 77%
3 pre pregled 55%
niska pregled ispraviti pregled 46%
niska pregled ispravan pregled 3 Poštanski pregled 73%
77%
4 pre pregled 13%
niska
ispravan pregled 24%
niska pregled ispravan pregled 4 Poštanski pregled 72%
73%
5 pre pregled 31%
niska pregled točna
33%
niska pregled ispravan pregled 5 Poštanski pregled 48%
46%
6 pre pregled 13%
niska pregled ispraviti pregled 27%
niska pregled ispravan pregled 6 Poštanski pregled 16%
66%
7 pre
7% pregled niske pregled ispraviti pregled 12%
niska
ispravan pregled 7 Poštanski pregled 66%
57%
8 pre pregled 52%
niska pregled netočne pregled 50% pregled niska
netočne
8 Poštanski pregled 17% pregled, 24% pregled 1the prediktivni indeks je izračunat za svaki uzorak po ovom nadzire glavnu metodu komponentu, gdje je visoka vrijednost prediktivni indeks odgovara brzog napredovanja nakon kemoterapije (tj
., kratko TTP). Ako je prediktivni indeks uzorka u test setu korespondira sa srednjom prediktivni indeks trening seta, uzorak se dodjeljuje od 50% na prediktivni indeks.
2 Vrijednosti rizik je predvidio niska, ako je prediktivni indeks percentila uzorka prije liječenja bila manje od 67% pregled predviđanja 3The smatrana je točna ako se uzorci nakon liječenja su dodijeljeni veću prediktivnu indeks od uzoraka prethodne obrade. pregled Rasprava pregled Ova studija je koristila budući pristup za identifikaciju Mirna potpis za želuca rak vs normalne želuca epitela i Mirna potpis koji predviđa odgovor na standardnu ​​CF terapiju.
od uobičajene tehnike histopatoloških ponekad ne dovode do konačne dijagnoze raka želuca, dodatak Mirne potpisa iz takvih uzoraka bolesnika može poboljšati točnost dijagnoze raka želuca. U prethodnim Mirna microarray istraživanjima raka želuca, za kontrolu tkiva dobiveni su iz područja želuca i rak pacijenata želuca koji su bili odlučni da se histološki normalno, a ne iz želuca tkiva zdravih normalnih dobrovoljaca [6, 7]. Budući da molekularna abnormalnosti često nalaze u histološki normalne pojavljuju tkiva u susjedstvu tumorskog tkiva, odabrali smo za dobivanje kontrole tkiva iz endoskopske biopsije uzorka od normalnih, raka bez volontera. Većina različito izraženi miRNAs prijavljenih biti obilježje karcinoma želuca u prethodnim studijama microarray [6, 7] su također identificirati u želudac potpisa raka u našim trenutnim analizama. Međutim, pored ovih ranije izvijestili miRNAs kod raka želuca, dodatno smo identificirali potencijalne tumor supresor miRNAs (kod P Netlogu < 0,05 [6] i P izvoznici < 0,01 [7], uključujući i Mir-1 [8 9] i neka-7 [10] koje smo našli da se underexpressed kod raka želuca (kod P Netlogu < 0,001). (tablica 2) Zanimljivo, Oh sur pronašao svoj izraz Mir-486 će se smanjiti u mnogim . želučani karcinom, u nekim slučajevima, povezane s genomske gubitak tog područja [11] Ukupno je pronadjeno mir-486 biti izraženo u našoj želučane skupini od raka i od strane microarray i Taqman PCR analizom (dodatne datotečne 1: Slika S1). To je moguće je da je ta razlika u rezultatima je zbog vrlo različite populacije pacijenata proučavane.
u ovoj studiji smo izvješće po prvi put u našem znanju, a Mirna prediktor odgovor na CF terapiju. 58. Mirna potpis koji pruža indeks za procjenu potencijalnog odgovora na CF terapija može biti korisna u raslojavanju bolesnika u skupini koja je trebala dobiti standardnu ​​terapiju i grupu koja će vjerojatno neće imati koristi od takve terapije i trebaju biti postavljeni na različitim terapijskim suđenje. Nekoliko od 58 miRNAs smo identificirali u tablici 2 koje su povezane s TTP su u skladu s objavljenim izvješćima vezanim svoj izraz sa kemijska otpornost i tumorske biologije. Istaknuti među regulira prema gore miRNAs povezane s produljenim TTP (definirana omjerom opasnosti M + 1) su miRNAs koje dokazano da inducira apoptozu u želucu i druge stanice raka, kao što su Mir-16, neka-7g, Mir-181, mir-342, miR-1 i miR-34 [8, 12-18]. Mir-16 povećava indukcije apoptoze nutlin i genistein [12], i modulira višestruka otpornost ljudskih stanica raka želuca [13]. pregled Prekomjerna ekspresija neka-7c ili neka-7g je pokazala da smanjuju ekspresiju Bcl-XL u Huh7 i HepG2 stanične linije [14]. Neka-7g i Mir-181b u pozitivnoj korelaciji s kliničkim odziv raka debelog crijeva u S-1, oralni fluorouracil [4]. Mir-181a i 181b miR-pokazano je da djeluje kao tumora potiskivača koji aktiviraju inhibicije rasta, inducira apoptozu i inhibiraju invaziju stanica glioma [15]. Rekonstrukcija HSA-Mir-342 u kolorektalnog karcinoma staničnoj liniji HT-29 inducira apoptozu [16]. Mir-1 senzibilizira stanice raka pluća na doksorubicin-inducirana apoptoza [8]. Ektopično Mir-34 ekspresija inducira apoptozu, staničnog ciklusa uhićenje ili starenje u normalnim i tumorskim stanicama [17]. Tako, prekomjerna ekspresija ovih pro-apoptotičnih miRNAs u primarnim tumorima čini se da je vrlo dosljedan značajka bolesnika koji ima koristi od CF pregled Zanimljivo, identificirali smo šest * miRNAs koje su povezane s kemijska otpornost, uključujući i Mir-518f *, miR- 520a, mir-520d *, mir-519e *, mir-363 * i mir-517 *, dok ne miRNAs bili su povezani s kemijske osjetljivosti. Samo jedan Mir, Mir-302 *, identificirana je u želučanoj raka Mir potpis. miR * e smatraju se putnički pramenovi koji su mislili da se normalno razgrađuju iz pre-Mir koji rezultira u zrelim 22 nt nit koja ulazi u RISC kompleks. Funkcije * miRNAs ostaju nejasni, iako je moguće da oni proizlaze iz oslabljene obradu prije miRNAs (Tchernitsa et al J za patologiju, 2010.), ili mogu igrati ulogu u ciljanju mRNA prijevoda (Gu Lu, Plos One, 2010 ). pregled također smo uočili da, dok 21 miRNAs pronađeni su u zajedničko između GC i kemijska otpornost Mirna potpisa, 37 miRNAs su jedinstvena za kemijske osjetljivosti potpis. pregled Analiza uzorka para prije i nakon liječenja od 8 bolesnika koji su u početku reagirali na CF terapiju, ali je kasnije postao otporan na terapiju služio kao dokaz-principa za dokazivanje da je prediktivni indeks 58 Mirne potpis će se prebaciti s povoljnom indeksa (u fazi prije liječenja) nepovoljnog indeks ( post-tretman kada je razvio otpornost). Nažalost, nije bilo moguće dobiti dodatne podudaraju parova uzoraka sličnih pacijenata pružiti više robustan statističke analize. Ipak, rezultati su u skladu s modelom klonalne selekcije prethodno postojećih rezistentnih tumorskih stanica koji žive u primarnom tumoru. Pregled u skladu s uobičajenim klonalnog odabira modela razvoja stečena otpornost na otpornost kemoterapije, otpornosti na početku reagiraju tumora razvija zbog selektivnog izdanak chemoresistant klonova koji već postoje u tumoru [18]. S obzirom da je brzi TTP posebno označava intrinzičnu otpornost na kemoterapiju [19], na 58 miRNAs čija ekspresija razine koreliraju s kratkim TTP može predstavljati miRNAs kemijska otpornost povezanih već prisutne u većini tumorskih stanica u primarnom tumoru. Međutim, primarni tumori koji se javljaju ne da izraziti Mirna potpis otpor, u početku reagira na terapiju do već postojeće, otporne stanice selektivno rasti unatoč CF terapije. U to vrijeme je dobiven uzorak, kada se promatra otpor, veći dio tumora izražava nepovoljan, chemoresistant Mirna potpis. S obzirom da je otpor u većini tih pacijenata razvija u relativno kratkom vremenskom razdoblju (mjeseci, a ne godina), malo je vjerojatno da su rezultati otpora iz akumulacije više pojedinačnih genetskih promjena.
Rezultati ovog istraživanja pružaju nove važne podatke i Mirna potpisa, posebno predviđanje odgovora CF terapiju i pogledu pojave rezistencije tumora. Međutim, veće studije treba se provoditi u budućnosti kako bi dodatno potvrditi ove rezultate i utvrditi da li se oni mogu primijeniti u kliničkom okruženju.
Zaključci pregled Iako ograničena malim uzorkom skupa valjanosti, ova studija identificira miRNAs koji može sadržavati klinički relevantne potpis za unutarnje otpornosti raka želuca u CF i sugerira da su ovi miRNAs odabrani za vrijeme razvoja stečenog kemijska otpornost. Budući da je ova Mirna prediktor možda može poslužiti kao koristan vodič za personalizirane kemoterapije u budućnosti, to je dovelo do daljnje istrage i provjere u velikim budućih studija.
Metode
pacijenta upisa i tretman pregled Uzorci tkiva su prikupljeni u bolnici korean National Cancer Center i endoskopije od 2001. do 2006. godine, prema protokolu odobrenom od strane Institutional Review Board (IRB) iz National Cancer Center Hospital u Goyang, Koreja. Svi pacijenti su i volonteri potpisao IRB-odobrena informirani pristanak oblike. Pravo na upis na studije uključene sljedeće parametre: 1) starosnu ≥ 18 godina; 2) histološki potvrđena želučane adenokarcinom; 3) dokumentirati udaljenih metastaza; 4) nema prethodnih ili popratne zloćudne bolesti osim raka želuca; 5) ne prije kemoterapije, bilo pomoćno sredstvo ili palijativna; i 6) odgovarajuća funkcija svih glavnih organa. 34 zdravih dobrovoljaca prošao gastroskopija za rutinsko snimanje za rak želuca i imao normalnu sluznicu želuca i histološka analiza. Nije bilo gastritis među 34 zdravih dobrovoljaca.
Ovaj Mirna Istraživanje je provedeno kao paralelni studij na proučavanje ekspresije mRNA analizu [20] osmišljen kako bi identificirati mRNA prediktori kemijska otpornost. Devedeset predobrade uzorka biopsije prikupljeni od 2001. do 2006. godine su analizirani u ovom Mirna studiji. Nakon početnog endoskopske biopsije svi 90 pacijenata tretira se sa cisplatin (60 mg /m 2, D1), u kombinaciji s bilo fluorouracil (1 g /m 2 od 5 dana; n = 88) ili kapecitabin (Xeloda, Roche, 1250 mg /m 2 ponuda za 2 tjedna; n = 2) svaka 3 tjedna. Klinička odgovorom su upitani proći drugi endoskopiju pri progresivnom bolešću vremenu (PD) uočen je u skladu Svjetska zdravstvena organizacija (WHO) kriterijima. Sljedeća dva kriterija su korišteni za definiranje kliničke slučajevima: 1) bolesnici s tumorom pokazao više od 50% -tno smanjenje u iznosu od proizvoda iz dvaju najvećih okomitih promjera mjerljivih lezija za najmanje 4 tjedna; ili 2) pacijenata koji nisu imali mjerljivu bolest na prezentaciji i imao dramatičan pad u pleuralni izljev /ascites za najmanje 4 tjedna [21]. Nakon liječenja Mirna microarray podaci mogu se dobiti iz uzoraka prikupljenih kada kemijska otpornost razvila (PD) u 8 kliničkim odgovorom. Uzorci nakon liječenja prikupljeni su najmanje 2 tjedna nakon zadnje doze fluorouracila, a prije je započeo drugi linija kemoterapije, kako bi se izbjegle bilo kakve akutne učinke lijekova na utjecanja na profil ekspresije. Za tih 8 kliničkim odgovorom, prije i nakon liječenja uzorci (koji su prikupljeni u vrijeme progresivne bolesti) predstavlja chemosensitive i chemoresistant tumora, respektivno. Predobradu uzorci iz preostalih 82 pacijenata korišteni su za identifikaciju Mirna prediktor za kemoterapiju odgovor. Ovaj pokazatelj je primijenjena na 8 uzoraka parova prikupljenih od istih pacijenata prije i poslije tretmana. Predviđanje se smatrati ispravnim ako uzorci nakon liječenja su dodijeljeni veću prediktivnu indeks za kemijska otpornost od uzoraka iz prethodne obrade. Uzorci biopsije su na sličan prikupljeni iz 34 zdravih dobrovoljaca.
Tkiva uzorci koji sadrže najmanje 50% tumorskih stanica su obrađeni za RNA kao što je opisano [22]. Ekstrahirani RNA se testiraju pomoću Agilent 6000 Bioanalyzer ukupne RNA i test Nanodrop spektrofotometar sljedeći protokolima proizvođača. 500 ng ukupne RNA je podvrgnuta posebnoj Mirna microarray. Mješavina ukupne RNA izolirane iz tri želučane staničnim linijama karcinoma (SNU-601, SNU-638 i AGS) se koristi kao referentna RNA za konkurentnu hibridizacije. Pregled Microarray eksperiment pregled Mirna microarray dizajn pregled u laboratoriju za molekularnu Tehnologija (LMT) _miRNA_v2 microarray je dizajniran korištenjem Sanger miR9.0 baze podataka (http:... //mikrornk sanger ac uk) i proizveden kao običaj sintezi 8 × 15 K mikromatrica (Agilent Technologies, san Jose, CA). Postoji ukupno 4,361 Mirna unosa u miR9.0 bazi podataka. Neke miRNAs imaju točne sljedove iz različitih vrsta. propali smo baze podataka za 1667 jedinstvenih zrelim Mirna sekvencama iz svih vrsta, uključujući i čovjeka, miša, štakora, itd Zrele Mirna sekvence su ugrađena u 60-mer duge oligonukleotidne uzorke s linker slijed na 3 'kraju se razdvojile Mirna sekvence od površine stakalce. Slijed aminokiselina poveznika bila vlastita sekvence iz Agilent koji ima minimalnu homologije na bilo sekvence u GenBank. Svaka zrela Mirna je predstavljen + i - (obrnuti komplementa) lanac sekvenci. To omogućuje mikročipa koji će se koristiti s različitim označavanje protokolima. Ovisno o protokolu, jedan od sonde također može poslužiti kao negativna kontrola. Svaka sonda ima 4 ponavljanja u pojedinoj microarray, pružanje tehničke repeticija za mjerenje dosljednost i učinkovitost microarray. Ukratko, svaka jedinstvena zrele Mirna je predstavljen 8 sondi (4 + cjedilu i 4 - lanac). Ukupno 3,556 jedinstvenih LMT ID-seq (Mirna, pozitivne i negativne kontrole, +/- lanac) su bili na microarray, svaka sa 4 ponavljanja. http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070

• Miješane populacije Helicobacter pylori, Helicobacter bizzozeronii i "Helicobacter heilmannii" u želučanoj sluznici domaće mačke
• Eksperimentalni model blage dijabetesa: dugoročna procjena glikemije profila i želučane kontraktilnost u rats