miRNS aláírás kapcsolódó eredményéről gyomorrákos betegek következő chemotherapy

miRNS aláírás kapcsolódó eredményéről gyomorrákos betegek kemoterápiát követő katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa betegek azonosítása, akik valószínűleg lesz vagy nem részesülnek a citotoxikus kemoterápia alkalmazása révén biomarkerek nagyban javítja a klinikai kezelési jobb meghatározása megfelelő kezelési lehetőségek a betegek számára. mikroRNS lehetnek potenciálisan hasznos biomarker segítse egyénre szabott terápia a rák miatt mikroRNS expresszió megbomlik rák. Annak érdekében, hogy azonosítani miRNS aláírásokat gyomorrák és előrejelzésére klinikai rezisztenciát cisplatin /fluorouracil (CF) kemoterápia, átfogó miRNS microarray analízist endoszkópos biopsziás mintákban.
Módszerek
Biopsziás mintákat gyűjtöttünk kemoterápia előtt származó 90 gyomorrákos betegek kezelt CF és 34 egészséges önkéntes. Abban az időben a betegség progresszióját, a kezelés utáni mintákat emellett begyűjtött 8 klinikai ellátást. miRNS expressziós segítségével határoztuk meg egyedi tervezésű Agilent microarray. Annak érdekében, hogy meghatározzák a miRNS aláírást kemoterápia rezisztencia korreláltuk miRNS expressziós szintje a progresszióig eltelt idő (TTP) a betegség után CF terápia. Katalógusa Eredmények katalógusa A miRNS aláírás megkülönböztetésére gyomorrák normál gyomor nyálkahártya azonosították. 30 miRNS szignifikánsan fordítottan arányos TTP mivel 28 miRNS szignifikánsan pozitívan korrelált a TTP 82 rákos betegek (p
< 0,05). Kiemelkedő között túlszabályozott miRNS társított kemoszenzitivitás voltak miRNS ismert, hogy szabályozzák az apoptózist, beleértve let-7g, miR-342, miR-16, miR-181, miR-1, és miR-34. Amikor ez a 58-miRNS prediktor felvisszük egy elkülönített előtti és a kezelés utáni tumor mintát a 8 klinikai reagáló, mind a 8 előkezelés mintákat helyesen megjósolt alacsony kockázatú, mivel a mintákat a kezelés utáni tumorok, hogy a fejlett kemorezisztenciájának jósoltak, hogy a magas kockázatú kategóriába a 58 miRNS aláírás, ami arra utal, hogy a szelekció kifejezésére ezen miRNS történt, mint kemorezisztenciájának keletkezett. katalógusa Következtetések katalógusa azonosítottunk 1) a miRNS expressziós aláírás ami megkülönbözteti gyomorrák normál gyomor nyálkahártya egészséges önkénteseken, és 2) egy chemoreresistance miRNS expressziós aláírás, amely korrelál TTP után CF terápia. A kemorezisztencia miRNS expressziós aláírás magában foglalja a több miRNS korábban kimutatták, hogy szabályozza az apoptózis in vitro katalógusa, és garantálja a további érvényesítés.
Alapon
miRNS rövid (~ 22 nukleotid), nem kódoló RNS-ek, amelyek szabályozzák a génexpressziót elsődlegesen transzlációs elnyomásra vagy transzkripciós degradáció [1]. miRNS-ek nagy potenciállal, mint a rák biomarkerek miatt szövet-specifikus expressziót és azok namika a rákos sejtekben [2]. Továbbá, miRNS fontos funkciója a sejtciklus szabályozásában és az apoptózis. A kifejezés a miRNS-ek is megbomlik a rák különböző mechanizmusok, beleértve transzkripciós szabályozás, hangosítás, törlés, mutáció, és epigenetikai hangtompító [3]. Így mikroRNS lehetnek potenciálisan hasznos biomarker segítse egyénre szabott terápia.
Azonosítása betegeknél valószínűleg lesz vagy nem részesülnek a citotoxikus kemoterápia alkalmazása révén biomarkerek nagyban javítja a klinikai kezelési jobb meghatározása megfelelő kezelési lehetőségek a betegek számára. A legtöbb korábbi tanulmányok megpróbálják meghatározni miRNS prediktorait kemorezisztenciájának rákos megvizsgálták csak egyes miRNS [4]. Eddig csak egyetlen megjelent, nagy áteresztőképességű microarray értékelte miRNS expressziós aláírások becsléséhez a kemoterápia rezisztencia áttétes szolid tumoros betegek [5]. Ebben a miRNS microarray vizsgálatban szakasz III-IV petefészekrákok, let-7i expresszióját találták jelentősen csökkenthető 27 kemoterápiára rezisztens betegek képest 42 teljes reagáló, bár nem volt független validációs csoport [5].
itt bemutatjuk az eredményeket egy prospektív vizsgálat felhasználásával nagy áteresztőképességű miRNS microarray amelyben a miRNS expressziós aláírást sikerült azonosítani, amely megkülönbözteti a gyomorrák a normális gyomor nyálkahártya. Továbbá, mi meg a második aláírás, amely korrelál a progresszióig eltelt idő (TTP) gyomorrák kezelt betegek ciszplatinnal és fluorouracil (CF) a referencia kemoterápiás rezsim gyomorrák. Ezek a miRNS aláírások hasznosak lehetnek, mint potenciális biomarkerek, hogy segítse a diagnózis gyomorrák nehéz esetekben és megjósolni válasz gyomorrák betegek CF terápia.
Eredménye
azonosítása egy gyomorrák miRNS aláírás
kilencven előkezelés gyomorrák szöveti mintákat rendelkezésre az elemzés és azok klinikopatológiai jellemzőit az 1. táblázat összes betegnek metasztázisos betegség idején beiratkozás és után endoszkópos biopsziás mintákat összegyűjtöttük, a beteget kezeltek cisplatin és fluorouracil (vagy kapecitabin ) kombinált kemoterápia. Minden microarray adatok letétbe helyeztük a GEO és elérhető azok közzététele. Reviewer hozzáférés: http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070Table 1 klinikopatológiai betegeinek katalógusa katalógusa Gyomorrák beteg
Egészséges önkéntesek Matton
Képzési katalógusa meghatározott Matton Proof-of-elv katalógusa meghatározott vizsgálati katalógusa (responder) Matton katalógusa száma katalógusa 82 katalógusa 8
34 katalógusa Age - év katalógusa medián katalógusa 56 katalógusa 56 katalógusa 48 katalógusa Interkvartilis tartomány katalógusa (44-63) hotelben (44-58) hotelben ( 43-57) hotelben szex - nem. (%) Hotelben Férfi katalógusa 64 (78,0%) hotelben 7 (87.5%) hotelben 23 (67,6%) fiatal női katalógusa 18 (22,0%) hotelben 1 (12.5% ) hotelben 11 (32,4%) hotelben teljesítmény státus (PS) - nincs. (%) Hotelben ECOG1 PS 0 vagy 1 katalógusa 73 (89,0%) hotelben 8 (100%) hotelben ECOG PS 2 vagy 3 katalógusa 9 (11.0%) hotelben 0 katalógusa szövettani típus - nem. (%) Hotelben Lauren bél katalógusa 34 (41,5%) hotelben 3 (37.5%) hotelben Lauren diffúz katalógusa 48 (58,5%) hotelben 5 (62,5%) hotelben elhelyezkedése primer lézió - nem. (%) Hotelben Felső 1/3 katalógusa 11 (13,4%) hotelben 1 (12.5%) hotelben közel 1/3 katalógusa 18 (22,0%) hotelben 5 (62,5%)
Alsó 1/3 katalógusa 43 (52,4%) hotelben 1 (12.5%) hotelben egész gyomor katalógusa 10 (12,2%) hotelben 1 (12.5%) hotelben kemoterápia - nincs . (%) Hotelben Cisplatin /fluorouracil
80 (97,6%) hotelben 8 (100%) hotelben Cisplatin /kapecitabin katalógusa 2 (2.4%) hotelben 0 katalógusa * relatív dózis intenzitás -% katalógusa medián katalógusa 81,2 katalógusa 76,6 katalógusa Interkvartilis tartomány katalógusa (75,3-87,3) hotelben (64,7-84,9) hotelben kemoterápiás ciklusok száma katalógusa medián katalógusa 4 katalógusa 10
Interkvartilis tartomány katalógusa (2-5) hotelben (7-11) hotelben kemoterápia válasz (WHO kritériumok szerint) -no (%) hotelben PR2
16 (24,6% ) hotelben 6 (100%) hotelben SD3
25 (38,5%) hotelben PD4
24 (36,9%) hotelben mérhetetlen katalógusa 16 katalógusa 2 | Unevaluable
1 katalógusa második vonalbeli kemoterápiája katalógusa 55 (67,1%) hotelben 6 (75.0%) hotelben medián követési túlélők katalógusa 35,5 hónap
- Teljes túlélés - mo.
Median katalógusa 8.2 katalógusa 16
Interkvartilis tartomány katalógusa (6,8-10,5) hotelben (11,3-26,7) hotelben a progresszióig eltelt idő - mo.
Medián
3,1 katalógusa 8.2 katalógusa Interkvartilis tartomány katalógusa (2,5-3,9) hotelben (4,3-21,2) hotelben 1Eastern Cooperative Oncology Group, 2partial válasz, 3stable betegség, 4progressive betegség
* relatív dózis intenzitás katalógusa * átlag relatív dózis intenzitás cisplatin és fluorouracil. Dózis intenzitását a hatóanyag mennyisége beadott időegységenként kifejezve milligramm per négyzetméter per hét. Relatív dózis intenzitását a tényleges dózis intenzitását képest a tervezett dózis intenzitás az egyes gyógyszer.
Először képest miRNS profilokat a 90 előkezelő nyert minták gyomorrák betegek a miRNS expressziós adatok 34 normál gyomornyálkahártya biopsziás mintákban nyert egészséges önkénteseknél (1. ábra). Ahhoz, hogy megbecsüljük a prediktív ereje a rák-specifikus miRNS profilok osztály becslés analízist is végeztünk véletlenszerűen elosztjuk a teljes mintát két (képzés és vizsga) részhalmaza 1 az 1-hez arányban. Randomizá- végeztük nQuery Advisor szoftver (7.0 verzió, Statisztikai Solutions, Saugus, MA). Ezután osztály címke minden egyes minta a vizsgálati készlet volt várható az egyes 100 véletlen képzés tesztelni szerinti válaszfal vegyület kovariáns prediktor (CCP), diagonális lineáris diszkrimináns analízis (LDA), 1- és 3-a legközelebbi szomszédok (NN), a legközelebbi súlypontja (Észak-Karolina), és a Support vector Machine (SVM). Egy funkció kiválasztása p
< 0,05, a medián predikciós pontosság teszt-készletek volt > 90% minden osztályozók (91,9%, 90,3%, 90,3%, 93,5%, 93,5%, és 91,9%, a CCP esetében LDA, 1-NN, 3-NN, NC, és SVM-kal), 100 random képzés-to-teszt partíciókat. 1. ábra Study rendszer azonosítani és tesztelni miRNS prediktív rezisztencia CF katalógusa A 2. táblázat miRNS hogy egymástól eltérő módon fejeződnek között 90 gyomorrák daganatok és a 34 normál minta jellemző válogatott P katalógusa < 0,005. Számos miRNS hogy expresszálódnak a gyomorrák csoport tartozik a miR-17-92 és 106b-25 klaszterek, mint korábban jeleztük [6, 7]. Kvantitatív valós idejű reverz transzkripciós polimeráz-láncreakció (Q-RT-PCR) analízis megerősítette a differenciális expresszióját néhány ilyen miRNS-ek a gyomorrák minta (2. ábra). Azonban a MIR-25 szignifikánsan felülszabályozott által tömb elemzése a tumorok, ez nem érte el a statisztikai szignifikancia Q-PCR-rel, talán azért, mert a korlátozott számú mintát, amelyek rendelkezésre vizsgálattal. Bár egy korábbi tanulmány számolt be, hogy a miR-486 downregulált a gyomorrák, azt találtuk, expresszióját miR-486, hogy megemelkedett a készlet gyomorrák betegek mind microarray és Q-PCR (Plusz fájl 1: ábra S1) .table 2 miRNS eltérő módon fejeződnek ki a gyomorrák és a normál gyomor nyálkahártya. katalógusa overexpresszálják gyomorrákban Matton p Matton FDR Matton Ratio Matton hsa-miR-25 katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 1.64 katalógusa hsa-miR-106b katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 1,85 katalógusa hsa-miR-93 katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 1.49 katalógusa hsa-miR-503 katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 2.17 katalógusa hsa-miR-18a katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07
2.27
hsa-miR-224
1.00E-07
2.59E-06
3.85
hsa-miR-451
1.00E-07
2.59E-06
3.23
hsa-miR-18b
2.00E-07
4.60E-06
2.17
hsa-miR-17-5p
2.00E-06
3.60E-05
1.61
hsa-miR-486-5p
3.00E-06
5.18E-05
2.22
hsa-miR-144
9.60E-06
0.000159
5.56
hsa-miR-552
1.03E-05
0.000164
2.38
hsa-miR-425-5p
1.32E-05
0.000195
1.35
hsa-miR-92
1.88E-05
0.000268
1.39
hsa-miR-106a
2.61E-05
0.000347
1.52
hsa-miR-223
2.68E-05
0.000347
2.13
hsa-miR-205
2.98E-05
0.000363
4.76
hsa-miR-196b
4.42E-05
0.000508
1.67
hsa-miR-19a
0.0001836
0.00181
1.69
hsa-miR-191
0.0003112
0.0028
1.27
hsa-let-7i
0.0004468
0.00385
1.20
hsa-miR-185
0.0004764
0.00394
1.32
hsa-miR-769-5p
0.0006683
0.00532
1.37
hsa-miR-196a
0.0008274
0.00646
1.45
hsa-miR-301
0.0009715
0.00745
1.82
hsa-miR-21
0.0012598
0.00948
1.49
hsa-miR-130b
0.0015411
0.0112
1.30
hsa-miR-19b
0.0015959
0.0114
1.39
hsa-miR-424
0.0019249
0.0135
1.52
hsa-miR-484
0.0020451
0.0139
1.33
hsa-miR-767-5p
0.0048511
0.03
1.64
hsa-miR-183
0.0050428
0.0305
1.52
hsa-miR-210
0.0053848
0.0318
1.35
hsa-miR-302c*
0.006328
0.0364
1.41
hsa-miR-520g
0.0070896
0.0402
2.13
hsa-miR-324-5p
0.0095742
0.0497
1.23
hsa-miR-103
0.0095861
0.0497
1.16
hsa-miR-376b
0.0096083
0.0497
1.85
hsa-miR-151
0.0100422
0.0513
1.20
hsa-miR-596
0.011231
0.0556
1.61
hsa-miR-545
0.011422
0.0556
1.69
hsa-miR-221
0.0129139
0.0608
1.27
hsa-miR-20a
0.0133176
0.0619
1.35
hsa-miR-181b
0.0148487
0.0655
1.28
hsa-miR-181d
0.0154891
0.0668
1.16
hsa-miR-623
0.0189476
0.0809
1.43
hsa-miR-519d
0.0220958
0.0915
1.59
hsa-miR-563
0.0229302
0.094
1.37
hsa-miR-505
0.0241657
0.097
1.25
hsa-miR-107
0.0242694
0.097
1.11
hsa-miR-320
0.0282982
0.111
1.20
hsa-miR-96
0.0285699
0.111
1.39
hsa-miR-339
0.0312524
0.12
1.32
hsa-miR-181a
0.0318141
0.121
1.20
hsa-miR-345
0.0322275
0.121
1.19
hsa-miR-20b
0.0325811
0.122
1.28
hsa-miR-33b
0.0339343
0.125
1.64
hsa-miR-135b
0.0352682
0.129
1.59
hsa-miR-431
0.0374687
0.134
1.41
hsa-miR-193a
0.0377098
0.134
1.35
hsa-miR-550
0.0380645
0.134
1.30
hsa-miR-565
0.0446875
0.15
1.20
Alulexpresszáltak a gyomorrák katalógusa p katalógusa FDR katalógusa Ratio katalógusa hsa-miR-146a katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0,39 katalógusa hsa-miR-133a katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0,34 katalógusa hsa-miR-625 katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0.56 katalógusa hsa-miR-375 katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0,27 katalógusa hsa-miR-133B katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0,32 katalógusa hsa-miR-195 katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0.47 katalógusa hsa-miR-148a katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0.47 katalógusa hsa-miR-1 katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07 katalógusa 0,27 katalógusa hsa-miR-26a katalógusa < 1e-07 katalógusa < 1e-07
0.67
hsa-miR-204
2.00E-07
4.60E-06
0.26
hsa-let-7c
7.00E-07
1.53E-05
0.74
hsa-let-7a
9.00E-07
1.86E-05
0.72
hsa-let-7g
1.10E-06
2.17E-05
0.71
hsa-miR-497
1.70E-06
3.20E-05
0.56
hsa-miR-26b
1.28E-05
0.000195
0.58
hsa-miR-145
2.04E-05
0.000282
0.65
hsa-miR-34a
2.89E-05
0.000363
0.75
hsa-miR-143
4.28E-05
0.000506
0.63
hsa-miR-650
9.15E-05
0.00101
0.57
hsa-miR-150
9.25E-05
0.00101
0.49
hsa-miR-768-5p
0.0001037
0.0011
0.65
hsa-let-7d
0.0001302
0.00132
0.76
hsa-miR-203
0.0001311
0.00132
0.52
hsa-miR-29c
0.0002112
0.00203
0.52
hsa-let-7f
0.0002446
0.0023
0.69
hsa-miR-30d
0.0002592
0.00238
0.78
hsa-miR-642
0.0004345
0.00383
0.62
hsa-miR-30c
0.0004556
0.00385
0.75
hsa-miR-155
0.0004998
0.00406
0.66
hsa-miR-34b
0.0013651
0.0101
0.64
hsa-miR-551b
0.0019808
0.0137
0.53
hsa-miR-28
0.0027537
0.0184
0.85
hsa-let-7e
0.0034793
0.0227
0.84
hsa-let-7b
0.0035019
0.0227
0.85
hsa-miR-212
0.0039061
0.0249
0.76
hsa-miR-564
0.0047906
0.03
0.72
hsa-miR-770-5p
0.0050814
0.0305
0.71
hsa-miR-30b
0.0060842
0.0355
0.76
hsa-miR-30a-5p
0.0077597
0.0434
0.80
hsa-miR-199b
0.0083572
0.0461
0.67
hsa-miR-125a
0.0085563
0.0466
0.77
hsa-miR-621
0.0093423
0.0497
0.69
hsa-miR-31
0.0106862
0.054
0.66
hsa-miR-365
0.0113404
0.0556
0.78
hsa-miR-381
0.0123061
0.0592
0.70
hsa-miR-626
0.0128738
0.0608
0.78
hsa-miR-127
0.0138033
0.0635
0.69
hsa-miR-660
0.0142991
0.0651
0.75
hsa-miR-342
0.0146193
0.0655
0.75
hsa-miR-146b
0.0148729
0.0655
0.77
hsa-miR-361
0.0152056
0.0663
0.86
hsa-miR-489
0.0191692
0.081
0.71
hsa-miR-29a
0.0204334
0.0854
0.79
hsa-miR-95
0.0243644
0.097
0.54
hsa-miR-567
0.0265025
0.104
0.54
hsa-miR-152
0.0376121
0.134
0.78
hsa-miR-429
0.0378151
0.134
0.65
hsa-miR-200b
0.0396617
0.138
0.75
hsa-miR-504
0.0412648
0.142
0.63
hsa-miR-668
0.041717
0.143
0.77
hsa-miR-186
0.0437991
0.149
0.83
hsa-miR-135a
0.0468793
0.157
0.58
hsa-miR-485-5p
0.047683
0.158
0.82
2. ábra validálása miR expresszió kvantitatív, valós idejű reverz transzkripciós polimeráz-láncreakció (Q-RT-PCR). Q-RT-PCR analízise miR-18a, miR-25, miR-1, és hagyja, hogy-7g 4 normál (látható fehér katalógusa) és 4 rák minta (lásd a fekete-), megerősítve túl- kifejezése miR-18a és miR-25 és alatti kifejezése miR-1, és legyen-7g megfigyelt a microarray adatok a rák minta. A Student t-teszt p
közötti érték 4 normál és 4 rák minta látható az egyes miRNS. Szeres változást (FC) -1 szerint 50% -os csökkenést RNU6 normalizált kifejezése egy adott miRNS. Katalógusa azonosítása a miRNS aláírás ellenállás CF terápia katalógusa A progresszióig eltelt idő (TTP), sem a radiológiai válasz, használták a klinikai mutató kemoterápiára adott válasz, elsősorban azért, mert szerettük volna, hogy a betegek, akiknek nem volt mérhető a betegség standard képalkotó. Meghatározásához a 82 minták A gyakorló hogy dolgozzon ki egy előrejelzője (1. ábra). Ezek 82 előkezelés gyűjtöttünk a betegek, akiknél nem volt második biopszia. Ötvennyolc miRNS szignifikánsan korrelált a TTP ezek 82 beteg (funkció kiválasztása P katalógusa érték < 0,05) (3. táblázat). A túlzott mértékű expressziója 30 miRNS társult késleltetett TTP mivel a túlzott mértékű expressziója 28 miRNS járt egy gyorsabb TTP. Hat * miRNS hogy jártak kemorezisztenciájának, beleértve a miR-518f *, miR-520a, miR-520d *, miR-519e *, miR-363 *, és a miR-517 *, mivel nincs * miRNS jártak chemosensitivity.Table 3. miRNS, amelynek expressziója társul kemoszenzitivitás vagy kemorezisztenciájának. katalógusa miRNAa, amelynek expressziója társul kemorezisztenciájának Matton p Matton FDR katalógusa
Hazard Ratio

hsa-miR-526a
0.0000
0.0103
1.482
hsa-miR-122a
0.0002
0.0379
1.545
hsa-miR-518f*
0.0004
0.0537
1.298
hsa-miR-591
0.0007
0.0598
1.492
hsa-miR-524-3p
0.0010
0.0682
1.268
hsa-miR-320
0.0013
0.0701
1.865
hsa-miR-520a*
0.0014
0.0701
1.252
hsa-miR-183
0.0031
0.119
1.39
hsa-miR-516-5p
0.0034
0.119
1.306
hsa-miR-629
0.0036
0.119
1.42
hsa-miR-595
0.0043
0.119
1.858
hsa-miR-640
0.0054
0.132
1.3
hsa-miR-520d*
0.0063
0.143
1.326
hsa-miR-519e*
0.0091
0.164
1.24
hsa-miR-363*
0.0096
0.166
1.407
hsa-miR-513
0.0137
0.193
1.347
hsa-miR-328
0.0163
0.211
1.736
hsa-miR-519a
0.0170
0.211
1.118
hsa-miR-185
0.0189
0.217
1.697
hsa-miR-658
0.0200
0.223
1.532
hsa-miR-517*
0.0218
0.226
1.305
hsa-miR-515-5p
0.0349
0.301
1.145
hsa-miR-519c-5p
0.0368
0.304
1.157
hsa-miR-661
0.0392
0.315
1.437
hsa-miR-182
0.0416
0.315
1.408
hsa-miR-206
0.0417
0.315
1.606
hsa-miR-193b
0.0419
0.315
1.433
hsa-miR-601
0.0436
0.317
1.599
miRNS, amelynek expressziója társul kemoszenzitivitás katalógusa p katalógusa FDR
hazárd
hsa-miR-195
0.0007
0.0598
0.593
hsa-miR-146b
0.0016
0.0733
0.565
hsa-miR-26b
0.0037
0.119
0.686
hsa-miR-374
0.0042
0.119
0.84
hsa-miR-199b
0.0051
0.132
0.729
hsa-miR-132
0.0068
0.143
0.62
hsa-miR-140
0.0069
0.143
0.759
hsa-miR-487b
0.0088
0.164
0.679
hsa-let-7g
0.0091
0.164
0.539
hsa-miR-340
0.0103
0.171
0.82
hsa-miR-155
0.0109
0.174
0.704
hsa-miR-95
0.0115
0.176
0.856
hsa-miR-186
0.0137
0.193
0.662
hsa-miR-130a
0.0140
0.193
0.72
hsa-miR-342
0.0151
0.202
0.685
hsa-miR-577
0.0173
0.211
0.804
hsa-miR-128b
0.0184
0.217
0.701
hsa-miR-146a
0.0209
0.226
0.776
hsa-miR-16
0.0214
0.226
0.698
hsa-miR-503
0.0241
0.243
0.721
hsa-miR-224
0.0259
0.25
0.853
hsa-miR-223
0.0259
0.25
0.794
hsa-miR-128a
0.0294
0.276
0.704
hsa-miR-181b
0.0300
0.276
0.668
hsa-let-7f
0.0312
0.281
0.725
hsa-miR-1
0.0339
0.298
0.839
hsa-miR-421
0.0367
0.304
0.738
hsa-miR-127
0.0404
0.315
0.783
hsa-miR-34c
0.0435
0.317
0.74
hsa-miR-497
0.0493
0.351
0.769
A 3. ábra egy Kaplan-Meier görbe a kockázati csoportok rétegezni ezek 58 miRNS. A permutáció szignifikanciaszint a log-rank statisztika szabadság-one-out határon érvényesített Kaplan-Meier görbék volt 0.021, ami arra utal, hogy a szövetség között miRNS expressziós adatok TTP statisztikailag szignifikáns. 3. ábra Kaplan-Meier görbék a progresszióig eltelt idő (TTP) 2 kockázati csoportok szerint rétegezve a kifejezés a 58 miRNS korrelált TTP egy funkció kiválasztása P < 0.05. Az egyesület a miRNS expressziós adatok TTP volt statisztikailag szignifikáns (P permutációt katalógusa érték log-rank határon érvényesített Kaplan-Meier görbék = 0,021). Katalógusa kifejezése a kemorezisztenciájának aláírás korrelál az evolúció kemorezisztenciájának a tumorok, amelyek korábban kemoszenzitív katalógusa 58 miRNS aláírás fent azonosított prediktív azonosítására betegek kezelésére, akik nem valószínű, hogy kedvezően reagálnak CF terápia. Azt feltételezik, hogy azok a betegek, akik kezdetben igazolták kedvező 58 miRNS expressziós aláírás átáll kedvezőtlen kifejezés aláírás időpontjában mért rezisztencia alakult ki CF terápia. Annak érdekében, hogy teszteljék ezt a lehetőséget, mint egy proof-of-elv, 8 pár vizsgáló minták (endoszkóposan nyert előtti és utáni kezelés) gyűjtöttünk 8 betegnél, akik kezdetben bizonyította klinikai válasz CF kezelésre, de aki végül megmutatta progresszív betegség ekkor egy második endoszkópos biopszia vették. Amint a 4. táblázatban látható az összes 8 előkezelés mintát a klinikai reagáló beteget helyesen megjósolta a 58 miRNS prediktor, hogy az alacsony kockázatú csoportba (pontosság, 100%). Nevezetesen, 6 az 8 párokat helyesen azonosított kemoszenzitivitás (azaz katalógusa., A kezelés utáni mintákat rendelve egy magasabb prediktív index a kemoterápia választ, mint a kezelés előtti mintákban, és ezért előreláthatóan jobban ellenáll a terápia) (pontosság, 75% ). Amikor ugyanaz a jóslat segítségével végeztük funkció kiválasztása P katalógusa értéke 0,01, a jóslat eredmény ugyanaz maradt (4. táblázat) .table 4 jóslat kemorezisztenciájának a proof-of-elv tesztkészlet katalógusa Minta azonosító Matton Feature kiválasztása P < 0.05 Matton katalógusa katalógusa Feature kiválasztása P < 0.01 Matton katalógusa
Predictive
Index
Percentile1

Prediction
For
Pretreatment
Sample2

Overall
Prediction3


Predictive
Index
Percentile

Prediction
for
Pretreatment
Sample

Overall
Prediction

1 pre katalógusa 39% katalógusa alacsony katalógusa helytelen katalógusa 35% katalógusa alacsony katalógusa helytelen katalógusa 1 hozzászólás katalógusa 22% katalógusa 24% katalógusa 2 pre katalógusa 48% katalógusa alacsony katalógusa kijavítani katalógusa 49% katalógusa alacsony katalógusa helyes katalógusa 2 post katalógusa 79% katalógusa 77% katalógusa 3 előre katalógusa 55%
alacsony katalógusa kijavítani katalógusa 46% katalógusa alacsony katalógusa helyes katalógusa 3 poszt katalógusa 73% katalógusa 77% katalógusa 4 előre katalógusa 13% katalógusa alacsony
helyes katalógusa 24% katalógusa alacsony katalógusa helyes katalógusa 4 poszt katalógusa 72% katalógusa 73% katalógusa 5 előre katalógusa 31% katalógusa alacsony katalógusa helyes
33% katalógusa alacsony katalógusa helyes katalógusa utáni 5. katalógusa 48% katalógusa 46% katalógusa 6 előre katalógusa 13% katalógusa alacsony katalógusa kijavítani katalógusa 27%
alacsony katalógusa helyes katalógusa utáni 6. katalógusa 16% katalógusa 66% katalógusa 7 pre katalógusa 7% katalógusa alacsony katalógusa kijavítani katalógusa 12% katalógusa alacsony
helyes katalógusa utáni 7. katalógusa 66% katalógusa 57% katalógusa 8 előzetesen katalógusa 52% katalógusa alacsony katalógusa helytelen katalógusa 50% katalógusa alacsony katalógusa helytelen
8 utáni
17%
24%
1A prediktív index kiszámítottuk az egyes minták által felügyelt főkomponens módszer, ahol a magas érték a prediktív index megfelel egy gyors progressziója a kemoterápia után (vagyis
., rövid TTP). Ha a prediktív index egy mintát a vizsgálati készlet megfelelt a medián prediktív index a képzés Set, a mintát rendelt 50% -os prediktív index.
2Az kockázat volt várható alacsony, ha a prediktív index percentilise kezelés előtti mintát kevesebb, mint 67% katalógusa 3Az becslés tartották helyesnek, ha a kezelés utáni mintákat rendelt magasabb prediktív index, mint a kezelés előtt mintákat. katalógusa Megbeszélés katalógusa Ez a tanulmány arra használta a leendő azonosításának módja miRNS aláírás gyomor- rák vs. normál gyomor nyálkahártya és a miRNS aláírás, amely megjósolja válasz normál CF terápia.
óta rutin kórszövettani módszerekkel sokszor nem vezetnek végleges diagnózishoz a gyomorrák, a mellett a miRNS aláírás ilyen beteg minták javítása pontossága diagnózisa gyomorrák. A korábbi miRNS microarray tanulmányok gyomorrák, vezérlő szöveteket kaptuk régióiban a gyomor a gyomor rákos betegek, hogy elhatározták, hogy hisztológiailag normális, és nem a gyomor szöveteiben az egészséges normális önkéntesek [6, 7]. Mivel molekuláris rendellenességek gyakran találhatók szövettanilag normálisnak tűnő szomszédos szövetek daganatos szövet, úgy döntöttünk, hogy megszerezni az irányítást szövetek endoszkópos biopsziás mintákat normál, rák-mentes önkéntesek. A legtöbb eltérően expresszált miRNS számoltak be, hogy jellemző gyomorrák előző microarray tanulmányok [6, 7] is azonosítani az gyomorrák aláírásra jelenlegi elemzések. Azonban amellett, hogy ezek a korábban jelentett miRNS a gyomorrák, kiegészítésül azonosított potenciális tumor szupresszor miRNS (P
< 0,05 [6] és a P
< 0,01 [7], beleértve a miR-1 [8 9] és let-7 [10], hogy kiderült, hogy alulexpresszáltak gyomorrákban (P katalógusa < 0,001) (2. táblázat). Érdekes módon, Oh és mtsai jutott kifejezésre a miR-486 csökkenteni kell sok gyomor rák, bizonyos esetekben társul egy genomiális veszteség annak a régiónak a [11]. Azt találtuk, miR-486, hogy túl expresszálódik a gyomorrák kohorsz mindkét microarray és TaqMan PCR analízis (Plusz fájl 1: ábra S1). Ez lehetséges, hogy ez a különbség az eredmények miatt nagyon különböző betegcsoportokban tanulmányozták. katalógusa Ebben a tanulmányban számolunk az első alkalom, hogy a tudás, a miRNS előrejelzője válasz CF terápia. a 58 miRNS aláírás, amely egy index értékeli a lehetséges válasz CF terápia hasznos lehet sékletrétegző betegek egy csoportja, hogy kapjon a szokásos kezelés és egy csoport, amely valószínűleg nem részesülhet ilyen terápia kell helyezni egy másik terápiás vizsgálatban. Több, a 58 miRNS azonosítottunk 2. táblázat társított TTP összhangban vannak közzétett beszámolója a kifejezést kemorezisztenciájának és tumorbiológiában. Kiemelkedő között serkentett miRNS társított hosszabb TTP (által meghatározott veszélyek arány < 1) voltak miRNS, amelyek kimutatták, hogy apoptózist indukál a gyomor és más rákos sejtek, mint például a miR-16, let-7g, miR-181, miR-342, miR-1 és miR-34 [8, 12-18]. miR-16 növeli apoptózis indukció által nutlin és genistein, [12], és modulálja a multidrog rezisztencia humán gyomorrák-sejtek [13].
túlexpressziója let-7c vagy hagyja-7g kimutatták, hogy csökkentik expressziója a Bcl-XL Huh-7 és HepG2 sejtvonal [14]. Let-7g és miR-181B pozitívan korrelál a klinikai válaszkészség vastagbélrák, hogy az S-1, szóbeli fluorouracil [4]. miR-181a és miR-181B kimutatták, hogy működnek tumorszuppresszorok, amely elindítja a növekedés gátlás, apoptózist indukálnak, és gátolják invázió glióma sejtekben [15]. Feloldás HSA-miR-342 a colorectalis rák sejtvonal HT-29 indukálja az apoptózist [16]. miR-1 érzékenyíti tüdőrák sejtek doxorubicin indukálta apoptózist [8]. Méhen kívüli miR-34 expresszióját apoptózist indukál, sejtciklus-letartóztatás vagy öregedés normális és tumoros sejtek [17]. Így overexpressziója ezek pro-apoptotikus miRNS primer tumorok tűnik, hogy egy nagyon következetes jellemző betegek, akik részesül CF.
Érdekes, azonosítottunk hat * miRNS hogy kapcsolatban voltak kemorezisztencia, beleértve a miR-518f *, miR 520a, miR-520d *, miR-519e *, miR-363 *, és a miR-517 *, mivel nem miRNS jártak kemoszenzitivitás. Csak egy miR, miR-302 *, azonosították a gyomorrák miR aláírását. miR * s kell tekinteni utas szálak, amelyek úgy gondolják, hogy általában lebomlik a pre-miR ami az érett 22 NT szál, hogy belép a RISC komplex. A funkciók * miRNS továbbra is tisztázatlanok, bár az is lehetséges, hogy azok eredő károsodott feldolgozás előtti miRNS (Tchernitsa és munkatársai: J. of Pathology, 2010), vagy szerepet játszik a célzási mRNS transzlációs (Gu és Lu, PLoS One, 2010 ).
Azt is megfigyeltük, hogy míg a 21 miRNS találtak közös a GC és kemorezisztenciájának miRNS aláírást 37 miRNS egyedülállóak voltak a kemoszenzitivitás aláírását. katalógusa a minta elemzése párok előtti és utáni kezelés 8 betegnél akik kezdetben reagáltak a CF terápiára, de később ellenálló kezelés szolgált a proof-of-elv igazolja, hogy a prediktív index a 58 miRNS aláírás átáll a kedvező index (a kezelés előtti szakasz) a kedvezőtlen index ( utókezelés során kialakuló rezisztencia). Sajnos, ez nem volt lehetséges, hogy további illesztett párok származó minták hasonló a betegek, hogy egy robusztusabb statisztikai elemzést. Mindazonáltal az eredmények összhangban vannak a modell klónszelekció már meglévő rezisztens tumorok sejtek tartózkodó belül a primer tumor.
A szokásos klonális szelekciós modell a fejlesztési szerzett rezisztencia kemoterápiával ellenállás, ellenállás a kezdetben reagáló tumorok fejleszti köszönhető, hogy a szelektív kinövését kemorezisztens klónok, amelyek már léteznek a tumoron belül [18]. Tekintettel arra, hogy a gyors TTP kifejezetten jelzi, egy belső ellenállás a kemoterápia [19], a 58 miRNS amelynek expresszióját szintek korrelálnak egy rövid TTP képviselhet kemorezisztencia kapcsolatos miRNS már jelen van a legtöbb tumor sejtek a primer tumor. Azonban az elsődleges daganatok, amelyek úgy tűnik, nem arra, hogy ezt a miRNS aláírása ellenállás kezdetben reagálnak a terápiára, amíg már létező, rezisztens sejteket szelektíven ellenére növekednek CF terápia. Abban az időben egy mintát kapunk, ha ellenállást tapasztal, a nagy részét a tumor kifejezi a kedvezőtlen, kemorezisztens miRNS aláírását. Tekintettel arra, hogy az ellenállás a legtöbb ilyen betegnél alakul át egy viszonylag rövid idő (hónap, nem év), úgy tűnik, nem valószínű, hogy az ellenállás eredménye a felhalmozódása többszörös egyedi genetikai változásokat.
A vizsgálat eredményei fontos új adatokat és miRNS aláírások, különösen előre válasz CF terápia tekintetében a megjelenése tumor ellenállás. Azonban nagyobb tanulmányokat kell végezni a jövőben még inkább megerősítik ezeket a megállapításokat, és meghatározza, hogy azok alkalmazhatók a klinikai környezetben.
Következtetések katalógusa Bár korlátozott a minta kis mérete az érvényesítési állítva, ez a tanulmány szerint miRNS-ek, hogy tartalmazhat egy klinikailag releváns aláírás a belső ellenállását gyomorrák CF és azt sugallja, hogy ezek a miRNS választottak ki a fejlesztés során szerzett kemorezisztencia. Mivel ez a miRNS előrejelzője esetleg hasznos útmutató a személyre szabott kemoterápia a jövőben, akkor garantálni a további vizsgálat és érvényesítés nagy prospektív vizsgálatokban. Katalógusa módszerek
beteg beiratkozás és a kezelés katalógusa szövettani mintákat gyűjtött a kórházban a Korean National Cancer Center endoszkópia 2001-2006 keretében protokoll által jóváhagyott intézményi Review Board (IRB) a Nemzeti Rákkutató Központ Kórház Goyang, Korea. A betegek és önkéntesek aláírt IRB által jóváhagyott beleegyező formákat. Jogosultság regisztrációját a vizsgálatban az alábbi paraméterek: 1) életkor ≥ 18 év; 2) szövettanilag igazolt gyomor adenokarcinóma; 3) dokumentált távoli áttét; 4) nincs korábbi vagy egyidejű rosszindulatú eltérő gyomorrák; 5) nem a korábbi kemoterápia, akár adjuváns vagy palliatív; 6) megfelelő, az összes főbb szervek. 34 egészséges önkéntes résztvevők gasztroszkópia rutin ellenőrző gyomorrák és normális volt a gyomor nyálkahártyáját szövettanilag. Nem volt gyomorhurut között 34 egészséges önkéntes.
Ez miRNS vizsgálatot nem végeztek, mint egy párhuzamos vizsgálatban egy tanulmány mRNS expressziós analízis [20] célja, hogy azonosítsa mRNS prediktorait kemorezisztenciájának. Kilencven előkezelés biopsziás mintákban 2001-2006 elemezték ebben miRNS tanulmány. Miután egy kezdeti endoszkópos biopszia, mind a 90 beteget kezeltek ciszplatin (60 mg /m 2, D1) kombinálva mindkét fluorouracil (1 g /m 2, 5 napig; n = 88), vagy kapecitabin (Xeloda®; Roche; 1,250 mg /m 2 BID 2 hétig; n = 2) minden 3. héten. Klinikai válaszadókat arra kértük, hogy mennek a második endoszkópia idején progresszív betegség (PD) volt megfigyelhető szerint az Egészségügyi Világszervezet (WHO) kritériumoknak. A következő két kritériumokat meghatározására használt klinikai reagálók: 1) a betegeknek, akiknek a daganata bizonyította több mint 50% -kal csökkent az összeg a termékek a két legnagyobb merőleges átmérő mérhető elváltozások legalább 4 hét; vagy 2) a betegek, akik nem rendelkeznek mérhető betegségben, és volt egy drámai csökkenést mellhártyaizzadmány /ascites legalább 4 hétig [21]. A kezelés utáni miRNS microarray adatok nyerhető mintákból amikor kemorezisztenciájának fejlett (PD) 8 klinikai ellátást. Utókezelés mintákat gyűjtöttünk legalább 2 héttel az utolsó adag a fluorouracil, és mielőtt a második vonalbeli kemoterápia indult, annak érdekében, hogy elkerülhető legyen az akut kábítószer hatása expresszióját befolyásoló profilt. Ezen 8 klinikai reagáló, a pre- és post-kezelés mintát (gyűjtöttük idején progresszív betegség) képviseli kemoszenzitív és kemorezisztens daganatok, ill. Előkezelés mintát a fennmaradó 82 beteg azonosítására használt miRNS előrejelzője a kemoterápiára adott válasz. Ez a prediktor alkalmazták 8 mintapárra gyűjtött ugyanazon betegek előtti és utáni kezelést. A becslés tartották helyesnek, ha a kezelés utáni mintákat rendelt magasabb prediktív index kemorezisztenciájának, mint a kezelés előtt mintákat. Biopsziás mintákat Hasonlóképpen gyűjtöttünk 34 egészséges önkéntesekben.
Szövetmintákat, amelyek legalább 50% tumor sejteket feldolgoztuk RNS a korábban leírt [22]. Az extrahált RNS-eket vizsgáltunk az Agilent Bioanalyzer 6000 teljes RNS vizsgálat és a Nanodrop spektrofotométer következő gyártó protokollja. 500 ng teljes RNS-t vetik alá egy egyéni miRNS microarray. Előállítása izolált teljes RNS-három gyomor rákos sejtvonalat (SNU-601, SNU-638, és AGS) használtunk, mint a referencia-RNS versenyképes hibridizáció.
Microarray kísérlet
miRNS microarray tervezés katalógusa A laboratórium Molekuláris Technology (LMT) _miRNA_v2 microarray volt a célja a Sanger miR9.0 adatbázis (http: //mikroRNS. sanger. ac. uk) és gyártott egyedi szintetizált 8 × 15 K microarray (Agilent Technologies, San Jose, CA). Van összesen 4361 miRNS bejegyzéseket a miR9.0 adatbázisban. Néhány miRNS-ek rendelkeznek pontos szekvenciák különböző fajokból. Mi összeomlott az adatbázis 1667 egyedi érett miRNS szekvenciák valamennyi faj, ideértve a humán, egér, patkány, stb Az érett miRNS szekvenciák beépültek a 60-mer hosszú oligonukleotid szondák egy linker szekvencia 3 'végén, hogy elválassza a miRNS szekvenciák távol az üveg tárgylemez felületén. A linker szekvencia volt egy szabadalmazott szekvencia Agilent, amely minimális homológia bármely szekvencia a GenBank. Minden érett miRNS képviseli a + és - (reverz komplementere) szál szekvenciákat. Ez lehetővé teszi a mikroarray kell használni különböző címkézési protokollokat. Attól függően, hogy a protokoll, az egyik a szondák is szolgálhat, mint negatív kontrollt. Mindegyik szonda 4 ismétlésben az egyes microarray, technikai ismétlésben mérésére következetesség és a teljesítmény a microarray. Összefoglalva, minden egyedi érett miRNS képviseli 8 szondák (4 + szál és 4 - szál). Összesen 3556 egyedi LMT azt követő pontjai azonosítók (miRNS, pozitív és negatív kontrollok, +/- szál) volt a microarray, mindegyik 4 ismétlésben. http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070

• A kevert populáció Helicobacter pylori, Helicobacter bizzozeronii és a "Helicobacter heilmannii" a gyomornyálkahártya egy házimacska
• Kísérleti modell enyhe cukorbetegség: a hosszú távú értékelését glikémiás profil és a gyomor-összehúzódási patkányokban