miRNA Ënnerschrëft mam Resultat vun gastric Kriibs Patienten verbonne VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Umeldung vu Patienten folgenden Chimiotherapie deen wahrscheinlech gëtt oder net aus cytotoxic Chimiotherapie duerch d'Benotzung vun biomarkers profitéiere kéint Medeziner Gestioun daitlech ze verbesseren duerch besser definéiren adequat Behandlung Optioune fir Patienten. microRNAs kann eventuell nëtzlech biomarkers ginn, datt fir Kriibs Guide individuell Therapie hëllefen well microRNA Ausdrock zu Kriibs dysregulated ass. Fir miRNA Ënnerschrëfte fir gastric Kriibs an fir en Medeziner Resistenz zu cisplatin /fluorouracil (CF) Chimiotherapie, eng ëmfaassend miRNA microarray Analyse gouf benotzt Bild Fro Echantillon z'identifizéieren gesuergt. VerfÜgung Method VerfÜgung Fro Echantillon waren virun Chimiotherapie gesammelt aus 90 gastric Kriibs Patienten mat CF behandelt an aus 34 gesond Fräiwëlleger. An der Zäit vun Krankheet Werdegang, post-Behandlung Echantillon waren zousätzlech vun 8 Medeziner datt gesammelt. miRNA Ausdrock war mat enger Mooss-entworf Agilent microarray alles. Fir eng miRNA Ënnerschrëft fir Chimiotherapie Resistenz ze identifizéieren, mir miRNA Ausdrock Niveau soll mat der Zäit zu Werdegang (TTP) vun Krankheet an der CF Therapie. VerfÜgung Resultater VerfÜgung A miRNA Ënnerschrëft gastric Kriibs aus normal Mo. epithelium Ënnerscheedung ass identifizéiert. 30 miRNAs mein inversely mat TTP soll ënnersicht 28 miRNAs vill positiv mat TTP vun 82 Kriibs Patienten soll sech (P VerfÜgung &Si besteet; 0,05). Groussaarteg ënnert der upregulated miRNAs mat chemosensitivity verbonne waren miRNAs apoptosis ze regléieren bekannt, dorënner loosse-7g, Mir-342, Mir-16, Mir-181, Mir-1, an Mir-34. Wann dat 58-miRNA Estimatioun fir eng separat Formatioun vun Ethikcode an Post-Behandlung entholl Echantillon vun der 8 Medeziner datt applizéiert gouf, all vun den 8 Pre-Behandlung Echantillon waren virausgesot richteg wéi héich-Risiko, hierkommen Echantillon vun der Post-Behandlung erhéijen, datt chemoresistance entwéckelt sech an der héich-Risiko Kategorie gin vun de 58 miRNA Ënnerschrëft, suggeréiert datt Selektioun fir den Ausdrock vun dësen miRNAs virausgesot Priedegt als chemoresistance ausgebrach. VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung Mir 1) eng miRNA Ausdrock Ënnerschrëft identifizéiert dat ënnerscheet gastric Kriibs aus normal Mo. epithelium aus gesond Fräiwëlleger, a 2) eng chemoreresistance miRNA Ausdrock Ënnerschrëft déi mat TTP der CF Therapie soll ass. D'chemoresistance miRNA Ausdrock Ënnerschrëft ëmfaasst puer miRNAs virdrun regléieren dës Distanz zu apoptosis kënschtlech VerfÜgung, an ech misst weider publizéieren. VerfÜgung Background VerfÜgung miRNAs kuerz sinn (~ 22 Nukleotid), Net-coding RNAs datt Gentherapie Ausdrock allem regléieren vun respektiv Repressioun oder transcriptional ofgeschnidden [1]. miRNAs hunn grousse Potential Kriips biomarkers wéinst hirer Otemschwieregkeeten-spezifesch Ausdrock an hir aberrant Ausdrock zu Kriibs Zellen [2]. Zousätzlech hunn miRNAs wichteg Funktiounen zu Zell Zyklus Regulatioun an apoptosis. Den Ausdrock vun miRNAs kann zu Kriibs duerch eng Rei vu Mechanisme dorënner transcriptional Regulatioun, amplification, Läschen, stattfannen, an epigenetic silencing [3] ginn dysregulated. Soumat kënnen microRNAs potenziell nëtzlech biomarkers gin dass individuell Therapie Guide hëllefen. VerfÜgung Patienten z'identifizéieren deen wahrscheinlech gëtt oder net aus cytotoxic Chimiotherapie duerch d'Benotzung vun biomarkers profitéieren immens Medeziner Gestioun vun besser definéiren adequat Behandlung Optiounen fir Patiente verbessere kéint. Déi meescht virdrun Studien Versuch miRNA dacks chemoresistance zu Kriibs ze identifizéieren hunn nëmmen individuell miRNAs [4] iwwerpréift. Sou wäit, nëmmen ee publizéiert héich-duerch dat microarray Analyse huet an metastatic staark entholl Patienten Ënnerschrëfte wéi dacks vun Chimiotherapie Resistenz miRNA Ausdrock bewäert [5]. An dëser miRNA microarray Etude vun der Bühn III-IV spillt Cancers, loosse-7i Ausdrock fonnt huet vill zu 27 Chimiotherapie-resistent Patienten reduzéiert gin wéi bis 42 komplett datt Verglach, obwuel et keng onofhängeg Confirmatioun Kohort huet [5]. VerfÜgung hei presentéieren mir d'Resultater vun enger Etude mèi eng héich-duerch dat miRNA microarray Analyse vun deem engem miRNA Ausdrock Ënnerschrëft identifizéiert gouf schreiwen dass gastric Kriibs aus normal Mo. epithelium ënnerscheet. Weider, hu mir eng zweet Ënnerschrëft Kloeren, datt mat der Zäit soll ass ze (TTP) Werdegang fir Patiente gastric Kriibs mat cisplatin an fluorouracil (CF) behandelt, eng Referenz Chimiotherapie Regime fir gastric Kriibs. Dës miRNA Ënnerschrëfte kann nëtzlech sinn als potentiell biomarkers an der Diagnos vun gastric Kriibs zu schwiereg Fäll ze hëllefen an Äntwert vun gastric Kriibs Patienten ze soe Therapie ze CF. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Umeldung vun engem gastric Kriibs miRNA Ënnerschrëft VerfÜgung gleich erëm pretreatment gastric Kriibs Otemschwieregkeeten Echantillon sech fir dës Analyse sinn an hir clinicopathological Charakteristiken sinn an Table 1. All Patienten hu metastatic Krankheet op der Zäit vun Aschreiwung an der Bild Fro Otemschwieregkeeten Echantillon waren gesammelt, goufen d'Patienten behandelt mat cisplatin an fluorouracil (oder capecitabine beschriwwen ) geschéckt Chimiotherapie goen. All microarray Donnéeën gouf um Geo verschéckt an ass op Publikatioun sinn. Aktivitéiten Zougang: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?token=ftixhsoiemwgyfi&acc=GSE30070Table 1 Clinico-agebousst Charakteristiken vun Patienten VerfÜgung
zu Gastric Kriibs Patient
Gesond Fräiwëllegen
Training
p_n-vun-Prinzip VerfÜgung Test Formatioun VerfÜgung (responder)
zu Number VerfÜgung 82 VerfÜgung 8 Formatioun
34 VerfÜgung Alter - TNT VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 56 zu 56 zu 48 VerfÜgung Interquartile Rei VerfÜgung (44-63) VerfÜgung (44-58) VerfÜgung ( 43-57) VerfÜgung Sex - keen. (%) VerfÜgung Männlech VerfÜgung 64 (78.0%) VerfÜgung 7 (87.5%) VerfÜgung 23 (67.6%) VerfÜgung Weiblech VerfÜgung 18 (22.0%) VerfÜgung 1 (12.5% ) VerfÜgung 11 (32.4%) VerfÜgung Performance Status (PS) - keen. (%) VerfÜgung ECOG1 PS 0 oder 1 VerfÜgung 73 (89.0%) VerfÜgung 8 (100%) VerfÜgung ECOG PS 2 oder 3 VerfÜgung 9 (11.0%) VerfÜgung 0 VerfÜgung Histological Typ - keen. (%) VerfÜgung Lauren d'intestinal VerfÜgung 34 (41.5%) VerfÜgung 3 (37.5%) VerfÜgung Lauren d'diffusen VerfÜgung 48 (58.5%) VerfÜgung 5 (62.5%) VerfÜgung Location vun Primärschoul lesion - keen. (%) VerfÜgung Uewerstad 1/3 VerfÜgung 11 (13.4%) VerfÜgung 1 (12.5%) VerfÜgung Middle 1/3 VerfÜgung 18 (22.0%) VerfÜgung 5 (62.5%)
niddreg 1/3 VerfÜgung 43 (52.4%) VerfÜgung 1 (12.5%) VerfÜgung ganze Mo VerfÜgung 10 (12,2%) VerfÜgung 1 (12.5%) VerfÜgung Chimiotherapie regimen - kee . (%) VerfÜgung Cisplatin /Fluorouracil VerfÜgung 80 (97.6%) VerfÜgung 8 (100%) VerfÜgung Cisplatin /Capecitabine VerfÜgung 2 (2,4%) VerfÜgung 0 VerfÜgung * rel Portioun Intensitéit -% VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 81,2 VerfÜgung 76,6 VerfÜgung Interquartile Rei VerfÜgung (75.3-87.3) VerfÜgung (64.7-84.9) zu Zuel vun Chimiotherapie Zykle VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 4 VerfÜgung 10 VerfÜgung Interquartile Rei VerfÜgung (2-5) VerfÜgung (7-11) VerfÜgung Chimiotherapie Äntwert (DÉI Critèren) Keng (%) VerfÜgung PR2 VerfÜgung 16 (24,6% ) VerfÜgung 6 (100%) VerfÜgung SD3 VerfÜgung 25 (38.5%) VerfÜgung PD4 VerfÜgung 24 (36.9%) VerfÜgung Unmeasurable VerfÜgung 16 VerfÜgung 2 VerfÜgung Unevaluable
1 VerfÜgung Second-Linn Chimiotherapie VerfÜgung 55 (67.1%) VerfÜgung 6 (75.0%) VerfÜgung Paracetamol Suivi fir Iwwerliewenden VerfÜgung 35,5 Méint VerfÜgung - VerfÜgung Allgemeng Survival - . mo VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 8.2 VerfÜgung 16 VerfÜgung Interquartile Rei VerfÜgung (6.8-10.5) VerfÜgung (11.3-26.7) zu Time zu Werdegang - mo. VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 3,1 VerfÜgung 8.2 VerfÜgung Interquartile Rei VerfÜgung (2.5-3.9) VerfÜgung (4.3-21.2) VerfÜgung 1Eastern Coopérative Zukunft Group, 2partial Äntwert, 3stable Krankheet, 4progressive Krankheet
* rel Portioun Intensitéit VerfÜgung * Mëttler vu Familljemembere Portioun intensities vun cisplatin an fluorouracil. Kribbelen intensiv ass wéi d'Quantitéit vun Drogenofhängeger pro Unitéit vun Zäit verwalte definéiert, ausgedréckt als milligrams pro Metercarré pro Woch. Relativer Portioun Intensitéit ass den aktuellen Portioun Intensitéit relativ zu de geplangte Portioun Intensitéit vun all Drogen- definéiert. VerfÜgung Mir éischt Verglach miRNA Profiler vun de 90 pretreatment Echantillon vun gastric Kriibs Patiente kritt mat der miRNA Ausdrock Daten aus 34 normal gastric mucosal Fro Echantillon kritt vum gesond Fräiwëlleger (Dorënner 1). Fir d'predictive Muecht vu Kriibs-spezifesch miRNA Profiler Devis Analysë Klass Cepheid waren och déi Borschte Partitur der ganzer Echantillonen an zwou (Formatioun an Test) subsets um 1-zu-1 Verhältnis gesuergt. Randomization war standing nQuery Beroder Software benotzen (Versioun 7.0, statistique Solutions, Saugus, MA). Dunn Klass Label vun all Prouf am Test Formatioun fir jiddereng vun 100 ënnerschiddleche Formatiounen virausgesot gouf Cloisonnementer zu Test no Massa covariate Estimatioun (CCP), diagonaler linear discriminant Analyse (LDA), 1- an 3-noosten Noperen (nn), noosten centroid (NC), an Ënnerstëtzung Vecteure Maschinn (SVM). Op enger Fonktioun Auswiel P VerfÜgung &Si besteet; 0,05, d'Steiren Cepheid Genauegkeet an Test besot huet > 90% vun all classifiers (91,9%, 90,3%, 90,3%, 93,5%, 93,5%, an 91,9%, fir CCP, LDA, 1-nn, 3-nn, NC, an SVM, bzw.), zu 100 ënnerschiddleche Formatiounen-ze-Test Cloisonnementer. Figur 1 Sécuritéit Schema ze identifizéieren a Test miRNAs predictive vun Resistenz zu cf. VerfÜgung Table 2 Lëschte miRNAs dass tëscht der 90 gastric Kriibs erhéijen an der 34. normal Echantillon op enger Fonktioun Auswiel vu P VerfÜgung &Si besteet differentially ausgedréckt ginn; 0,005. Vill miRNAs datt an der gastric Kriibs Grupp overexpressed si gehéieren zu de Bord-17-92 an 106b-25 Stärekéip, wéi virdrun erwähnt [6, 7]. Chemeschen real-Zäit ëmgedréint Transkriptiouns polymerase Kette Reaktioun (Q-RT-Hinnen alleguer) Analysë der Ënnerscheed Ausdrock vun e puer vun dëse miRNAs zu gastric Kriibs Echantillon (Dorënner 2) confirméiert. Obwuel Mir-25 war vill an der erhéijen duerch vill Analyse an-reegelen, dat huet erreechen net statistesch Bedeitung vun Q-Hinnen alleguer, vläicht wéinst der limitéierter Zuel vun Echantillon datt fir assay disponibel waren. Obwuel e virdrun Etude confirméiert, datt Mir-486 zu gastric Kriibs downregulated ass, hunn mir Ausdrock vu Mir-486 zu souwuel vun microarray an Q-Hinnen alleguer an eis Formatioun vun gastric Kriibs Patienten gefördert ginn (Zousätzleche Fichier 1: Dorënner S1) .Table 2 miRNAs differentially zu gastric Kriibs an normal Mo. epithelium ausgedréckt. VerfÜgung Overexpressed zu gastric Kriibs
p
FDR
Verhältnis
kann awer och sin-Mir-25 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 1,64 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-106b VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 1,85 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-93 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 1.49 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-503 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 2,17 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-18A VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07
2.27
hsa-miR-224
1.00E-07
2.59E-06
3.85
hsa-miR-451
1.00E-07
2.59E-06
3.23
hsa-miR-18b
2.00E-07
4.60E-06
2.17
hsa-miR-17-5p
2.00E-06
3.60E-05
1.61
hsa-miR-486-5p
3.00E-06
5.18E-05
2.22
hsa-miR-144
9.60E-06
0.000159
5.56
hsa-miR-552
1.03E-05
0.000164
2.38
hsa-miR-425-5p
1.32E-05
0.000195
1.35
hsa-miR-92
1.88E-05
0.000268
1.39
hsa-miR-106a
2.61E-05
0.000347
1.52
hsa-miR-223
2.68E-05
0.000347
2.13
hsa-miR-205
2.98E-05
0.000363
4.76
hsa-miR-196b
4.42E-05
0.000508
1.67
hsa-miR-19a
0.0001836
0.00181
1.69
hsa-miR-191
0.0003112
0.0028
1.27
hsa-let-7i
0.0004468
0.00385
1.20
hsa-miR-185
0.0004764
0.00394
1.32
hsa-miR-769-5p
0.0006683
0.00532
1.37
hsa-miR-196a
0.0008274
0.00646
1.45
hsa-miR-301
0.0009715
0.00745
1.82
hsa-miR-21
0.0012598
0.00948
1.49
hsa-miR-130b
0.0015411
0.0112
1.30
hsa-miR-19b
0.0015959
0.0114
1.39
hsa-miR-424
0.0019249
0.0135
1.52
hsa-miR-484
0.0020451
0.0139
1.33
hsa-miR-767-5p
0.0048511
0.03
1.64
hsa-miR-183
0.0050428
0.0305
1.52
hsa-miR-210
0.0053848
0.0318
1.35
hsa-miR-302c*
0.006328
0.0364
1.41
hsa-miR-520g
0.0070896
0.0402
2.13
hsa-miR-324-5p
0.0095742
0.0497
1.23
hsa-miR-103
0.0095861
0.0497
1.16
hsa-miR-376b
0.0096083
0.0497
1.85
hsa-miR-151
0.0100422
0.0513
1.20
hsa-miR-596
0.011231
0.0556
1.61
hsa-miR-545
0.011422
0.0556
1.69
hsa-miR-221
0.0129139
0.0608
1.27
hsa-miR-20a
0.0133176
0.0619
1.35
hsa-miR-181b
0.0148487
0.0655
1.28
hsa-miR-181d
0.0154891
0.0668
1.16
hsa-miR-623
0.0189476
0.0809
1.43
hsa-miR-519d
0.0220958
0.0915
1.59
hsa-miR-563
0.0229302
0.094
1.37
hsa-miR-505
0.0241657
0.097
1.25
hsa-miR-107
0.0242694
0.097
1.11
hsa-miR-320
0.0282982
0.111
1.20
hsa-miR-96
0.0285699
0.111
1.39
hsa-miR-339
0.0312524
0.12
1.32
hsa-miR-181a
0.0318141
0.121
1.20
hsa-miR-345
0.0322275
0.121
1.19
hsa-miR-20b
0.0325811
0.122
1.28
hsa-miR-33b
0.0339343
0.125
1.64
hsa-miR-135b
0.0352682
0.129
1.59
hsa-miR-431
0.0374687
0.134
1.41
hsa-miR-193a
0.0377098
0.134
1.35
hsa-miR-550
0.0380645
0.134
1.30
hsa-miR-565
0.0446875
0.15
1.20
Underexpressed zu gastric Kriibs VerfÜgung p VerfÜgung FDR VerfÜgung Verhältnis zur VerfÜgung kann awer och sin-Mir-146a VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,39 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-133a VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,34 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-625 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,56 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-375 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,27 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-133b VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,32 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-195 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,47 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-148a VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,47 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-1 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung 0,27 VerfÜgung kann awer och sin-Mir-26A VerfÜgung &Si besteet; 1e-07 VerfÜgung &Si besteet; 1e-07
0.67
hsa-miR-204
2.00E-07
4.60E-06
0.26
hsa-let-7c
7.00E-07
1.53E-05
0.74
hsa-let-7a
9.00E-07
1.86E-05
0.72
hsa-let-7g
1.10E-06
2.17E-05
0.71
hsa-miR-497
1.70E-06
3.20E-05
0.56
hsa-miR-26b
1.28E-05
0.000195
0.58
hsa-miR-145
2.04E-05
0.000282
0.65
hsa-miR-34a
2.89E-05
0.000363
0.75
hsa-miR-143
4.28E-05
0.000506
0.63
hsa-miR-650
9.15E-05
0.00101
0.57
hsa-miR-150
9.25E-05
0.00101
0.49
hsa-miR-768-5p
0.0001037
0.0011
0.65
hsa-let-7d
0.0001302
0.00132
0.76
hsa-miR-203
0.0001311
0.00132
0.52
hsa-miR-29c
0.0002112
0.00203
0.52
hsa-let-7f
0.0002446
0.0023
0.69
hsa-miR-30d
0.0002592
0.00238
0.78
hsa-miR-642
0.0004345
0.00383
0.62
hsa-miR-30c
0.0004556
0.00385
0.75
hsa-miR-155
0.0004998
0.00406
0.66
hsa-miR-34b
0.0013651
0.0101
0.64
hsa-miR-551b
0.0019808
0.0137
0.53
hsa-miR-28
0.0027537
0.0184
0.85
hsa-let-7e
0.0034793
0.0227
0.84
hsa-let-7b
0.0035019
0.0227
0.85
hsa-miR-212
0.0039061
0.0249
0.76
hsa-miR-564
0.0047906
0.03
0.72
hsa-miR-770-5p
0.0050814
0.0305
0.71
hsa-miR-30b
0.0060842
0.0355
0.76
hsa-miR-30a-5p
0.0077597
0.0434
0.80
hsa-miR-199b
0.0083572
0.0461
0.67
hsa-miR-125a
0.0085563
0.0466
0.77
hsa-miR-621
0.0093423
0.0497
0.69
hsa-miR-31
0.0106862
0.054
0.66
hsa-miR-365
0.0113404
0.0556
0.78
hsa-miR-381
0.0123061
0.0592
0.70
hsa-miR-626
0.0128738
0.0608
0.78
hsa-miR-127
0.0138033
0.0635
0.69
hsa-miR-660
0.0142991
0.0651
0.75
hsa-miR-342
0.0146193
0.0655
0.75
hsa-miR-146b
0.0148729
0.0655
0.77
hsa-miR-361
0.0152056
0.0663
0.86
hsa-miR-489
0.0191692
0.081
0.71
hsa-miR-29a
0.0204334
0.0854
0.79
hsa-miR-95
0.0243644
0.097
0.54
hsa-miR-567
0.0265025
0.104
0.54
hsa-miR-152
0.0376121
0.134
0.78
hsa-miR-429
0.0378151
0.134
0.65
hsa-miR-200b
0.0396617
0.138
0.75
hsa-miR-504
0.0412648
0.142
0.63
hsa-miR-668
0.041717
0.143
0.77
hsa-miR-186
0.0437991
0.149
0.83
hsa-miR-135a
0.0468793
0.157
0.58
hsa-miR-485-5p
0.047683
0.158
0.82
Figur 2 Validatioun vun Mir Ausdrock vun grouss real-Zäit ëmgedréint Transkriptiouns polymerase Kette Reaktioun (Q-RT-Hinnen alleguer). Q-RT-Hinnen alleguer Analyse vum Mir-18A, Mir-25, Mir-1, a loosse-7g zu 4 normal (am white VerfÜgung gewisen) an 4 Kriibs Echantillon (schwaarz VerfÜgung gewisen) confirméiert eropgeluede Ausdrock vun Mir-18A an Mir-25 an ënner-Ausdrock vun Mir-1 a loosse-7g wéi an der microarray Date vun de Kriibs Echantillon observéiert. De Student T-Test P VerfÜgung Wäert tëscht 4 normal a 4 Kriibs Echantillon ass fir all miRNA gewisen. Fantastesch änneren (FC) vun -1 beweist eng 50% erof geet an RNU6-normalized Ausdrock vun enger bestëmmter miRNA. VerfÜgung Umeldung vun engem miRNA Ënnerschrëft fir Resistenz zu CF Therapie VerfÜgung Time zu Werdegang (TTP), net Lëtzebuergesch Äntwert, war wéi d'Medeziner Luucht fir Chimiotherapie Äntwert ginn, virun allem well mer gewënscht Patienten ze gehéieren, déi net quantifiable Krankheet benotzt Standard Imaging Aberuffung hat. engem vun 82 Echantillonen den Training ze entwéckelen enger Estimatioun (Dorënner 1) gesaat ze definéieren. Dës 82 pretreatment Echantillon waren aus Patienten gesammelt, déi net gemaach zweet biopsies forméieren. (; 0,05 Fonktioun Auswiel P VerfÜgung Wäert &Si besteet) (Table 3) fofzeg-aacht miRNAs sech vill mat der TTP vun dësen 82 Patiente soll. D'overexpression vun 30 miRNAs war mat Verspéidung TTP verbonne Coursë vum overexpression vun 28 miRNAs mat enger méi rapid TTP verbonne war. Sechs * miRNAs datt mat chemoresistance verbonne waren, dorënner Mir-518f *, Mir-520a, Mir-520d *, Mir-519e *, Mir-363 *, an Mir-517 * hierkommen kee * miRNAs sech verbonne mat chemosensitivity.Table 3 miRNAs deem Ausdrock ass mat chemosensitivity oder chemoresistance assoziéiert. VerfÜgung miRNAa deem Ausdrock ass verbonne mat chemoresistance
p
FDR VerfÜgung VerfÜgung Hazard Ratio
hsa-miR-526a
0.0000
0.0103
1.482
hsa-miR-122a
0.0002
0.0379
1.545
hsa-miR-518f*
0.0004
0.0537
1.298
hsa-miR-591
0.0007
0.0598
1.492
hsa-miR-524-3p
0.0010
0.0682
1.268
hsa-miR-320
0.0013
0.0701
1.865
hsa-miR-520a*
0.0014
0.0701
1.252
hsa-miR-183
0.0031
0.119
1.39
hsa-miR-516-5p
0.0034
0.119
1.306
hsa-miR-629
0.0036
0.119
1.42
hsa-miR-595
0.0043
0.119
1.858
hsa-miR-640
0.0054
0.132
1.3
hsa-miR-520d*
0.0063
0.143
1.326
hsa-miR-519e*
0.0091
0.164
1.24
hsa-miR-363*
0.0096
0.166
1.407
hsa-miR-513
0.0137
0.193
1.347
hsa-miR-328
0.0163
0.211
1.736
hsa-miR-519a
0.0170
0.211
1.118
hsa-miR-185
0.0189
0.217
1.697
hsa-miR-658
0.0200
0.223
1.532
hsa-miR-517*
0.0218
0.226
1.305
hsa-miR-515-5p
0.0349
0.301
1.145
hsa-miR-519c-5p
0.0368
0.304
1.157
hsa-miR-661
0.0392
0.315
1.437
hsa-miR-182
0.0416
0.315
1.408
hsa-miR-206
0.0417
0.315
1.606
hsa-miR-193b
0.0419
0.315
1.433
hsa-miR-601
0.0436
0.317
1.599
miRNAS deem Ausdrock ass mat chemosensitivity verbonne VerfÜgung p VerfÜgung FDR VerfÜgung Verhältnis Hazard
hsa-miR-195
0.0007
0.0598
0.593
hsa-miR-146b
0.0016
0.0733
0.565
hsa-miR-26b
0.0037
0.119
0.686
hsa-miR-374
0.0042
0.119
0.84
hsa-miR-199b
0.0051
0.132
0.729
hsa-miR-132
0.0068
0.143
0.62
hsa-miR-140
0.0069
0.143
0.759
hsa-miR-487b
0.0088
0.164
0.679
hsa-let-7g
0.0091
0.164
0.539
hsa-miR-340
0.0103
0.171
0.82
hsa-miR-155
0.0109
0.174
0.704
hsa-miR-95
0.0115
0.176
0.856
hsa-miR-186
0.0137
0.193
0.662
hsa-miR-130a
0.0140
0.193
0.72
hsa-miR-342
0.0151
0.202
0.685
hsa-miR-577
0.0173
0.211
0.804
hsa-miR-128b
0.0184
0.217
0.701
hsa-miR-146a
0.0209
0.226
0.776
hsa-miR-16
0.0214
0.226
0.698
hsa-miR-503
0.0241
0.243
0.721
hsa-miR-224
0.0259
0.25
0.853
hsa-miR-223
0.0259
0.25
0.794
hsa-miR-128a
0.0294
0.276
0.704
hsa-miR-181b
0.0300
0.276
0.668
hsa-let-7f
0.0312
0.281
0.725
hsa-miR-1
0.0339
0.298
0.839
hsa-miR-421
0.0367
0.304
0.738
hsa-miR-127
0.0404
0.315
0.783
hsa-miR-34c
0.0435
0.317
0.74
hsa-miR-497
0.0493
0.351
0.769
Figur 3 beschreiwen enger Kaplan-Meier rop fir Risiko Gruppen vun dësen 58 miRNAs stratified. A permutation Bedeitung Niveau fir d'Logbuch-Platz iwwerleen vun verloossen-eent-out Kräiz-validéiert Kaplan-Meier Kéiren war 0,021, proposéiert, datt d'Associatioun tëscht miRNA Ausdrock Donnéeën ze TTP statistesch relevant ass. Figur 3 Kaplan-Meier Kéiren fir d'Zäit ze Werdegang (TTP) vun 2 Risiko Gruppen stratified laut den Ausdrock vun 58 miRNAs soll mat TTP op enger Fonktioun Auswiel P &Si besteet; 0,05. D'Associatioun vun miRNA Ausdrock Donnéeën ze TTP war statistesch relevant (permutation P VerfÜgung Wäert fir Log-Platz Statistike vun Kräiz-validéiert Kaplan-Meier Kéiren = 0.021). VerfÜgung Expression vum chemoresistance Ënnerschrëft deemolegt Weltbild mat der Evolutioun vun chemoresistance zu erhéijen, déi virdrun chemosensitive sech VerfÜgung déi 58 miRNA Ënnerschrëft identifizéiert virun predictive ass Patienten fir Erkenntnesser déi sinn oder sinn net wahrscheinlech favorabel fir CF Therapie ze äntwerten. Mir postulated dass Patienten, déi am Ufank eng gutt 58 miRNA Ausdrock Ënnerschrëft bewisen zu enger encadréiere Ausdrock Ënnerschrëft op der Zäit se ze CF Therapie entwéckelt Resistenz gedreckt hätt. Fir dës Méiglechkeet als Beweis-vun-Prinzip ze testen, 8 Puer Test Formatioun Echantillon (endoscopically kritt Ethikcode an Post-Behandlung) huet aus 8 Patienten gesammelt deen am Ufank e Medeziner Äntwert ze CF Behandlung bewisen, mä déi awer am Endeffekt ëmmer Krankheet op déi Zäit war eng zweet Bild Fro geholl. an der niddereg-Risiko Grupp (Genauegkeet, 100%) gin wéi an Table 4 all vun den 8 pretreatment Echantillon aus dem Medeziner datt dës sech z'erklären, déi vun der Estimatioun 58-miRNA virausgesot. Gëlt, 6 aus 8 Puer korrekt fir chemosensitivity identifizéiert goufen (dh VerfÜgung., Goufen posttreatment Echantillon enger héijer predictive index fir Chimiotherapie Äntwert wéi pretreatment Echantillon zougewisen, an dofir virausgesot, méi resistent Therapie ze ginn) (Genauegkeet, 75% ). Wann déi selwecht Cepheid Leeschtung war d'Fonctioun Auswiel P VerfÜgung Wäert vun 0,01 benotzt, blouf d'Cepheid Resultat d'selwecht (Table 4) .Table 4 Cepheid fir chemoresistance an de Beweis-vun-Prinzip Test Formatioun VerfÜgung Sample Spillfilmer Auswiel P &Si besteet VerfÜgung ID VerfÜgung; 0,05
zu zu Spillfilmer Auswiel P &Si besteet; 0,01
zu
Predictive
Index
Percentile1
Prediction
For
Pretreatment
Sample2
Overall
Prediction3
Predictive Index Percentile
Prediction for Pretreatment Sample
Overall Prediction
1 Précoce zu 39% VerfÜgung niddereg VerfÜgung Guichet VerfÜgung 35% VerfÜgung niddereg VerfÜgung Guichet VerfÜgung 1 Post VerfÜgung 22% zu 24% VerfÜgung 2 viraus VerfÜgung 48% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg VerfÜgung 49% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg VerfÜgung 2 Post VerfÜgung 79% zu 77% zu 3 Précoce zu 55% héich 46% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg VerfÜgung 3 Post VerfÜgung 73% zu 77% VerfÜgung 4 Précoce zu 13% VerfÜgung niddereg richteg richteg VerfÜgung 24% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg VerfÜgung 4 Post VerfÜgung 72% zu 73% VerfÜgung 5 Précoce zu 31% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg 33% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg VerfÜgung 5 Post VerfÜgung 48% zu 46% VerfÜgung 6 Précoce zu 13% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg VerfÜgung 27% héich VerfÜgung richteg VerfÜgung 6 Post VerfÜgung 16% zu 66% VerfÜgung 7 viraus VerfÜgung 7% VerfÜgung niddereg VerfÜgung richteg VerfÜgung 12% VerfÜgung niddereg richteg VerfÜgung 7 Post VerfÜgung 66% zu 57% VerfÜgung 8 Précoce zu 52% VerfÜgung niddereg VerfÜgung Guichet VerfÜgung 50% VerfÜgung niddereg VerfÜgung Guichet 8 Post VerfÜgung 17% zu 24% VerfÜgung 1The predictive Index vun dësem fir all Prouf iwwerwaachter Method Haapt Komponent berechnen war, wou en héije Wäert vun der predictive Index no Chimiotherapie (dh fir eng rapid Werdegang entsprécht ., kuerz TTP). Wann der predictive Index vun enger Prouf an der Formatioun Test fir d'Steiren predictive Index vun de Formatiounen Formatioun gehéiert, war d'Prouf eng 50% predictive Index opgestallt. VerfÜgung 2The Risiko war niddereg virausgesot, wann predictive Index Géck vun der pretreatment Prouf war richteg wann Post-Behandlung Echantillon war manner wéi 67% VerfÜgung 3The Cepheid als eng mèi Approche eng héich predictive Index wéi Pré-Behandlung Echantillon. VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung Dës Etude huet et geheescht hat sech e miRNA Ënnerschrëft fir gastric z'identifizéieren Kriibs vs. normal Mo. epithelium an enger miRNA Ënnerschrëft déi Äntwert ze Standard CF Therapie renomméierter däitscher Zeitung. VerfÜgung Zanter Iddi histopathology Techniken heiansdo un enger Frist Diagnos vun gastric Kriibs nodeems do net, verbesseren Zousatz vun engem miRNA Ënnerschrëft aus wéi Patient Echantillon kann de Richtegkeet vun engem Diagnos vun gastric Kriibs. Am fréiere miRNA microarray Studie vun gastric Kriibs, Kontroll Stoffer sech aus Géigende vun der Mo vun gastric Cancers Patiente kritt datt histologically normal alles sech ze ginn an net aus Mo. Otemschwieregkeeten vun gesond normal Fräiwëlleger [6, 7]. Zanter molekulare abnormalities oft zu histologically normal-Rostain Otemschwieregkeeten bascht ze entholl Otemschwieregkeeten fonnt ginn, kucke mir Kontroll Stoffer aus Bild Fro Echantillon aus normal, Kriibs-gratis Fräiwëlleger ze kréien. Déi meescht vun de differentially ausgedréckt miRNAs gemellt Charakteristik vun gastric Kriibs zu virdrun microarray Studien gin [6, 7] huet och bannent der gastric Kriibs Ënnerschrëft vun eiser aktueller Analyse identifizéiert. zousätzlech zu deenen awer, virdrun miRNAs zu gastric Kriibs gemellt, Weideren mir Potential entholl suppressor miRNAs (um P VerfÜgung &Si besteet identifizéiert; 0,05 [6] a P VerfÜgung &Si besteet; 0,01 [7], dorënner Mir-1 [8 , 9] a loosse-7 [10], datt mir zu gastric Kriibs (um P VerfÜgung &si besteet; 0.001) gin underexpressed fonnt. (Table 2) Spannen, Oh et al fonnt Ausdrock vu mir-486 bis zu villen reduzéiert ginn . gastric Cancers, an e puer Fäll, verbonne mat enger Frankräich Verloscht vun déi Regioun [11] Mir fonnt Mir-486 zu souwuel zu eisem gastric Kriibs Kohort overexpressed ginn duerch microarray an Taqman Hinnen alleguer Analyse (Zousätzleche Fichier 1: Dorënner S1). Et ass méiglech, datt dës Differenz zu Resultater ass wéinst ganz verschiddene Patient Populatiounsschichte studéiert. VerfÜgung an dëser Etude, Rapport mir fir d'éischte Kéier un eisem Wëssen, enger Estimatioun miRNA fir Äntwert Therapie ze CF. déi 58 miRNA Ënnerschrëft dat fir eng Index gëtt Potential Äntwert ze CF Therapie Fliessband kann nëtzlech Patiente an engem Grupp zu stratifying dass Norm Therapie an enger Grupp kréien sollen déi wahrscheinlech net vun sou gema profitéiere wäert a soll op eng aner therapeutesch Prozess gesat ginn. E puer vun de 58 miRNAs mir an Table identifizéiert 2 datt mat TTP verbonne sinn konsequent mat publizéiert Rapporten hiren Ausdrock mat chemoresistance an entholl Biologie Liewewiesen. Groussaarteg ënnert der upregulated mat enger länger TTP verbonne miRNAs (vun engem Risikoe Verhältnis &Si besteet definéiert; 1) waren miRNAs datt apoptosis zu gastric an aner Kriibs Zellen, wéi Mir-16, loosse-7g, Mir-181 zu induce gewise goufen, Mir-342, Mir-1, an Mir-34 [8, 12-18]. Mir-16 Lamb apoptosis Aféierungs- vun nutlin an genistein [12], an modulates multidrug Resistenz vum Mënsch gastric Kriibs Zellen [13]. VerfÜgung Overexpression vun loosse-7c oder loosse-7g ass Ausdrock vun BCL-XL geloss dës Distanz an Huh7 an HepG2 Zell Linnen [14]. Loosst-7g an Mir-181b sinn positiv mat Medeziner Réceptivitéit vun Colon Kriibs soll bis S-1, eng mëndlech fluorouracil [4]. Mir-181a an Mir-181b goufen als entholl suppressors dës Distanz zu Funktioun déi Wuesstem inhibition Iwwerleeung, induce apoptosis an inhibit Invasioun an glioma Zellen [15]. Rekonstituéieren kann awer och sin-Mir-342 zu der colorectal Kriibs Zell Linn HT-29 induces apoptosis [16]. Mir-1 sensitizes Zellen haett Kriibs ze doxorubicin-entschlof apoptosis [8]. Ectopic Mir-34 Ausdrock induces apoptosis, Zell-Zyklus verhaften oder senescence zu normal an entholl Zellen [17]. Sou, overexpression vun deene pro-apoptotic miRNAs am primäre erhéijen schéngt eng héich konsequent Fonktioun vu Patienten ze ginn, deen aus cf. Virdeeler VerfÜgung Spannen, identifizéiert mir sechs * miRNAs datt mat chemoresistance verbonne waren, dorënner Mir-518f *, miR- 520a, Mir-520d *, Mir-519e *, Mir-363 *, an Mir-517 * hierkommen kee miRNAs mat chemosensitivity verbonne waren. Nëmmen ee Mir, Mir-302 *, war an der gastric Kriibs Mir Ënnerschrëft identifizéiert. Mir * s sinn als Passagéier strands gin dass geduecht sinn op normalerweis vun der Pré-Mir deforméiert ginn, déi am alen 22 NG staarkt Resultat datt d'RISC komplex enters. D'Funktioune vum * miRNAs bleiwen onkloer, obschonn et méiglech ass, datt si aus leider Ofwécklung vum Précoce-miRNAs (Tchernitsa et al J vun wirklech, 2010) Resultat oder eng Roll spille kann zu gezielt mRNA Iwwersetzung (Gu an Lu, Plos One, 2010 ). VerfÜgung Mir gesinn och, dass während 21 miRNAs gemeinsam tëscht de GC an chemoresistance miRNA Ënnerschrëfte fonnt goufen, 37. miRNAs zu der chemosensitivity Ënnerschrëft eenzegaarteg goufen. VerfÜgung Analys vun der Prouf Puer Ethikcode an Post-Behandlung vun 8 Patienten Etzella Ufank un CF Therapie awer méi spéit gouf resistent Therapie fiert als Beweis-vun-Prinzip fir Beweis datt d'predictive Index vun de 58 miRNA Ënnerschrëft aus engem ordentleche Index gedreckt hätt (bei der Pre-Behandlung Etapp) op enger encadréiere index ( Post-Behandlung wann Resistenz entwéckelt). Leider war et net méiglech zousätzlech reagéiert Puer Echantillon vun ähnlechen Patienten ze kréien engem méi sécherlech statistesch Analyse ze bidden. Trotzdem, sinn d'Resultater konsequent mat engem Modell vun clonal Auswiel vun Pre-bestehend resistent erhéijen Zellen am primäre entholl wunnt. VerfÜgung Laut der konventionell clonal Auswiel Modell fir d'Entwécklung vun der Société Resistenz zu Chimiotherapie Resistenz, Resistenz vun Ufank responsiven erhéijen entwéckelt wéinst der selektiv outgrowth vun chemoresistant clones datt schonn am entholl existéieren [18]. Tatsaach, datt eng rapid TTP speziell Eng direkt Ausriichtung Resistenz zu Chimiotherapie bedeit [19], de 58. miRNAs deem Ausdrock Niveauen mat engem kuerzen TTP soll sinn kann chemoresistance-Zesummenhang miRNAs schonn an der Majoritéit vun de entholl Zellen an der Primärschoul entholl vertrieden. Primärschoul erhéijen awer, datt net schéngen dës miRNA Ënnerschrëft vun Resistenz auszedrécken, am Ufank zu Therapie bis preexisting dodran, méi resistent Zellen selektiv trotz CF Therapie wuessen. An der Zäit eng Prouf kritt ass wann Resistenz observéiert ass, dréckt de Gros vun de entholl der encadréiere, chemoresistant miRNA Ënnerschrëft. Tatsaach, datt Resistenz am meeschte vun dëse Patienten enger relativ kuerzer Zäit entwéckelt Regioun (Méint, net Joer), schéngt et onwahrscheinlech dass Resistenz Resultater aus der Heefung vu multiple eenzelne genetesch Verännerungen. VerfÜgung D'Resultater vun dëser Etude wichteg nei Donnéeë an miRNA Ënnerschreften, virun allem en Äntwert op CF Therapie an iwwert d'Entstoe vun entholl Resistenz. Allerdéngs muss grouss Etuden an der Zukunft gehaal ze gin fir weider dëse Conclusiounen validéieren a festzestellen, ob se an engem Medeziner Kader applizéiert ginn. VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung Obwuel déi kleng Prouf Gréisst vun der Confirmatioun Formatioun limitéiert, dat studéieren ze identifizéiren miRNAs datt e klinesch relevant Ënnerschrëft fir Ausriichtung Resistenz vun gastric Kriibs ze CF representéieren kann a seet, datt dës miRNAs fir während der Entwécklung vun der Société chemoresistance ausgewielt goufen. Zënter dësem miRNA Estimatioun méiglecherweis eng nëtzlech Guide fir personaliséiert Chimiotherapie an der Zukunft bidden kann, misst et weider Ermëttlungen a publizéieren an groussen mèi Studien. VerfÜgung Method VerfÜgung Patienten- Aschreiwung an Behandlung VerfÜgung Ray Echantillon am Spidol gesammelt goufen vun koreanesch National Cancer Center vun endoscopy vun 2001 bis 2006 ënner enger Protokoll vun de Finanzpolitiker Kritik Board (IRB) vun der National Cancer Center Hospital zu Goyang, Korea guttgeheescht. All Patienten a Fräiwëlleger ënnerschriwwen Awëllegung Formen-IRB guttgeheescht. Zoulag fir eng Aschreiwung an der Etude och folgend Parameteren: 1) Alter ≥ 18 Joer; 2) confirméiert histologically gastric adenocarcinoma; 3) dokumentéiert wäit Metastasen; 4) net virdrun oder concomitant malignancies aner wéi gastric Kriibs; 5) keng Welpen Chimiotherapie goen, entweder adjuvant oder Palliativmedezin; an 6) adequate Funktioun vun all grouss Uergel. 34 gesond Fräiwëlleger mécht gastroscopy fir Iddi Duerchmusterung fir gastric Kriibs an hat normal gastric mucosa vun Histologie. Et war keen gastritis ënnert de 34 gesond Fräiwëlleger. VerfÜgung Dëst miRNA Etude huet als parallel studéieren zu enger Etude vun mRNA Ausdrock Analyse gemaach ginn [20] entworf mRNA dacks chemoresistance z'identifizéieren. Wüüst Pre-Behandlung Fro Echantillon vun 2001 bis 2006 gesammelt goufen an dëser miRNA Etude analyséiert. No engem éischte Bild Fro, goufen all vun de 90 Patienten mat cisplatin (60 mg /m 2, D1) a Kombinatioun behandelt mat entweder fluorouracil (1 g /m 2 fir 5 Deeg; n = 88) oder capecitabine (Xeloda; Roche; 1.250 mg /m 2 Offer 2 Wochen; n = 2) all 3 Wochen. Séminairen datt sech gefrot der zweeter endoscopy der Zäit ëmmer Krankheet (Haaptleit) ze forméieren war no Weltgesondheetsorganisatioun (DÉI) Critèren observéiert. Déi folgend zwee Critèrë sech benotzt Medeziner datt ze definéieren: 1) Patienten hir erhéijen bewisen, méi wéi eng 50% erof geet an der Zomm vun de Produite vun den zwou gréissten vertikal Duerchmiesser vun moossbar lesions fir op d'mannst 4 Wochen; oder 2) Patienten déi net moossbar Krankheet op Presentatioun hat an hat eng dramatesch Ofsenkung pleural effusion /ascites fir op d'mannst 4 Woche [21]. Post-Behandlung miRNA microarray Daten kéinten aus Echantillon gesammelt kritt gin wann chemoresistance entwéckelt (Haaptleit) an 8 Medeziner datt. Post-Behandlung Echantillon waren op d'mannst 2 Wochen no der leschter Portioun der fluorouracil gesammelt, a virum zweeten-Linn Chimiotherapie ugefaangen huet, fir all Fouss Drogenofhängeger Auswierkungen op beaflossen den Ausdrock Profil ze verhënneren. Fir dës 8 Medeziner datt, Ethikcode an Post-Behandlung Echantillon (wéi bei der Zäit vun progressiv Krankheet gesammelt goufen) representéieren chemosensitive an chemoresistant erhéijen, respektiv. Pretreatment Echantillon vun der reschtlech 82 Patienten goufen benotzt engem miRNA Estimatioun fir Chimiotherapie Äntwert ze identifizéieren. Dës Estimatioun war bis 8 Prouf Puer aus der selwechter Patienten gesammelt applizéiert Ethikcode an Post-Behandlung. D'Cepheid war richteg dorunner wann Post-Behandlung Echantillon enger héijer predictive index fir chemoresistance wéi Pre-Behandlung Echantillon Léiwe waren. Fro Echantillon sech aus 34 gesond Fräiwëlleger ähnlech gesammelt. VerfÜgung Ray Echantillon op d'mannst 50% entholl Zellen mat sech fir RNS Filteren wéi virdru beschriwwen [22]. De Quecksëlwer RNAs sech mat der Agilent Bioanalyzer 6000 Total RNS assay an der Nanodrop spectrophotometer d'Ëmwelt- folgenden Fabrikant assayed. 500 NG vun insgesamt RNS gouf zu engem Mooss miRNA microarray ënnerworf. Eng Mëschung vun insgesamt RNS isoléiert aus dräi gastric Kriibs Zell Linnen (SNU-601, SNU-638, an AGS) war als Referenz RNS fir kompetitiv hybridization. VerfÜgung Microarray Experimenter VerfÜgung miRNA microarray Design VerfÜgung Laboratoire benotzt vun cuisine Technology (LMT) _miRNA_v2 microarray war mat de Sanger miR9.0 Datebank entworf (http:... //microrna Jimbo AC UK) a wéi engem Mooss-Wierderbuch 8 × 15 K microarrays (Agilent Technologies hiergestallt, San Jose, CA). Et sinn am Ganzen 4.361 miRNA Entréen an der miR9.0 Datebank. Verschiddener vun der miRNAs hunn genau Message aus verschiddenen Arten. Mir zesummegefall der Datebank zu 1.667 eenzegaarteg eeler miRNA Message ganze all Arten, dorënner Mënsch, Maus, Grenzwäerter, etc. Déi eeler miRNA Message an 60-mer laang oligonucleotide Ämter mat engem linker Haaptrei op der 3 "Enn Uerden huet d'miRNA Message ze trennen ewech vun der Glas Rutsch Uewerfläch. D'linker Haaptrei ass e propriétaire Haaptrei aus Agilent déi minimal homology zu all Haaptrei am GenBank huet. All eeler miRNA vun + vertrueden ass an - (ëmgedréint komplementar) staarkt Message. Dëst erlaabt de microarray mat verschiddene Etikette Ëmwelt- benotzt ginn. Demno op de Protokoll, eent vun den Ämter kann och als negativ Kontroll déngen. All ewell huet 4 gefaart bannent all microarray, déi technesch gefaart fir Moossen Konstanz a Leeschtungsfähegkeet vun der microarray. Am Resumé, all eenzegaarteg eeler miRNA ass vun 8 Ämter vertrueden (4 + staarkt a 4 - staarkt). A Ganzen 3.556 eenzegaarteg LMT weider IDen (miRNA, positiv an negativ Kontrollen, +/- staarkt) waren op der microarray, all mat 4 gefaart. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?token=ftixhsoiemwgyfi&acc=GSE30070
|