микроРНК подпись, связанная с исход у больных раком желудка после chemotherapy

микроРНК подписи, связанной с исход у больных раком желудка после химиотерапии
Аннотация
Справочная информация
Идентификация пациентов, которые, вероятно, будут или не будут выгоду от цитотоксической химиотерапии за счет использования биомаркеры может значительно улучшить клиническое управление путем более точного определения подходящих вариантов лечения для пациентов. микроРНК могут быть потенциально полезными биомаркеры, которые помогают вести индивидуализированную терапию по поводу рака, потому что экспрессия микроРНК является дизрегуляции при раке. Для того чтобы идентифицировать подписи микроРНК для рака желудка и для прогнозирования клинической резистентности к цисплатина /фторурацил (CF) химиотерапии, всесторонний анализ микроРНК микрочипов проводили с использованием образцов эндоскопические биопсии.
Методами
биопсийные образцы были собраны до химиотерапии с 90 больных раком желудка, обработанных МВ и от 34 здоровых добровольцев. Во время прогрессирования заболевания, образцы после лечения были дополнительно собраны из 8 клинических ответчиков. выражение микроРНК определяли с помощью специально разработанной Agilent микрочипов. Для того чтобы идентифицировать подпись микроРНК резистентности к химиотерапии, мы коррелированные уровни экспрессии микроРНК с временем до прогрессирования (ВДП) заболевания после CF терапии.

Результаты микроРНК подписи, отличающей рак желудка от нормального желудка эпителия был идентифицирован. 30 микроРНК были значительно обратно коррелирует с ТТП, тогда как 28 микроРНК были значительно положительно коррелирует с ТТП 82 больных раком (P &
л; 0,05). Видное место среди активируемых микроРНК, связанных с химиочувствительность были микроРНК, как известно, регулируют апоптоз, в том числе LET-7g, MIR-342, MIR-16, микроРНК-181, MIR-1, и MIR-34. При этом 58-микроРНК предсказатель был применен к отдельному набору до и после обработки образцов опухоли от 8 клинических ответчиков, все 8 образцов предварительной обработки были правильно предсказаны как низкий риск, в то время как образцы из постобработки опухоли, которые развивались химическую устойчивость, согласно прогнозам, будет в категории высокого риска по 58 микроРНК подписи, предполагая, что выбор для выражения этих микроРНК произошло в химиорезистентность возникла.
Выводы
Мы определили 1) выражение подпись микроРНК что отличает рак желудка от нормального желудка эпителия от здоровых добровольцев, и 2) chemoreresistance микроРНК выражение подпись, которая коррелирует с TTP после CF терапии. Выражение химиорезистентность микроРНК подпись включает в себя несколько микроРНК ранее было показано, чтобы регулировать апоптоз в пробирке
, и требует дальнейшей проверки.
Фона
микроРНК короткие (~ 22 нуклеотид), некодирующие РНК, которые регулируют экспрессию генов в первую очередь поступательная репрессии или транскрипционный деградации [1]. микроРНК имеют большой потенциал как рак биомаркеров из-за их экспрессии тканесецифического и их аберрантной экспрессии в раковых клетках [2]. Кроме того, микроРНК имеют важные функции в регуляции клеточного цикла и апоптоза. Выражение микроРНК может быть дизрегуляции при раке с помощью различных механизмов, в том числе регуляции транскрипции, амплификации, делеции, мутации и эпигенетические глушителей [3]. Таким образом, микроРНК может быть потенциально полезными биомаркеры, которые помогают вести индивидуализированную терапию.
Выявление пациентов, которые, вероятно, будет или не будет извлекать выгоду от цитотоксической химиотерапии за счет использования биомаркеров может значительно улучшить клиническое управление с помощью более точного определения подходящих вариантов лечения для пациентов. Большинство предыдущих исследований была предпринята попытка определить микроРНК предсказателей химиорезистентности рака исследовали только отдельные микроРНК [4]. До сих пор только один опубликовал анализ микрочипов с высокой пропускной способностью оценил подписи экспрессии микроРНК в качестве предсказателей сопротивления химиотерапии в метастатических твердых опухолей пациентов [5]. В этом микроРНК микрочипов исследование стадии III-IV рака яичников, давайте-7i выражение было обнаружено значительно уменьшено в 27 химиотерапией резистентных больных по сравнению с 42 полных ответчиков, хотя не было никакой независимой проверки когорты [5].
Здесь мы приведем результаты проспективного исследования с использованием анализа микроРНК микрочипов высокой пропускной способностью, в котором выражение подписи микроРНК было установлено, что отличает рак желудка от нормального желудка эпителия. Кроме того, мы определили вторую подпись, которая коррелируется с временем до прогрессирования (ВДП) для больных раком желудка, получавших цисплатин и фторурацил (CF), ссылка химиотерапии режима для рака желудка. Эти подписи микроРНК могут быть полезны в качестве потенциальных биомаркеров, чтобы помочь в диагностике рака желудка в сложных случаях и предсказать реакцию у больных раком желудка с CF-терапии.

Результаты идентификации рака желудка микроРНК подписи
Девяносто предварительной обработки образцов тканей желудка рака были доступны для анализа и их клинико-патологические характеристики приведены в таблице 1. Все пациенты имели метастатическое заболевание во время приема и после того как образцы эндоскопической биопсии были собраны, пациенты получали лечение цисплатином и фторурацилом (или капецитабин ) комбинированная химиотерапия. Все данные микрочипов были сданы на хранение GEO и доступен на момент публикации. Рецензент доступ: http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070Table 1 Клинико-патологические характеристики пациентов
<й>
Желудочный больного раком

здорового добровольца

<й> <бр> Обучение
установить

Доказательство-оф-принцип
тест набор
(ответчик)

<й>
Number
82
8
34
Возраст - год
Median
56
56
48
интерквартильный диапазон
(44-63)
(44-58)
( 43-57) Любительские секс - нет. (%)
Male
64 (78,0%)
7 (87,5%)
23 (67,6%)
Женский
18 (22,0%)
1 (12,5% )
11 (32,4%) статус
Производительность (PS) - нет. (%)
ECOG1 PS 0 или 1
73 (89,0%)
8 (100%)
ECOG PS 2 или 3
9 (11,0%)
0
Гистологический тип - нет. (%)
Кишечная
Лорен 34 (41,5%)
3 (37,5%)
диффузного Лорен
48 (58,5%)
5 (62,5%)
Местонахождение первичное поражение - нет. (%)
Верхняя 1/3
11 (13,4%)
1 (12,5%)
Средний 1/3
18 (22,0%)
5 (62,5%)
Нижняя 1/3
43 (52,4%)
1 (12,5%)
Весь желудок целиком
10 (12,2%)
1 (12,5%)
Химиотерапия режим - нет , (%)
Цисплатин /Fluorouracil
80 (97,6%)
8 (100%)
цисплатин /капецитабин
2 (2,4%)
0
* Относительная интенсивность дозы -%
Медиана
81,2
76,6
интерквартильный диапазон
(75.3-87.3)
(64.7-84.9)
Количество циклов химиотерапии
Срединной
4
10
интерквартильный диапазон
(2-5)
(7-11)
Химиотерапия ответ (критерии ВОЗ) -нет (%)
PR2
16 (24,6% )
6 (100%)
SD3
25 (38,5%)
PD4
24 (36,9%)
неизмеримых
16 страница 2 Unevaluable
1
Вторая линия химиотерапии
55 (67,1%)
6 (75,0%)
медиана наблюдения для выживших
35,5 месяцев
-
общая выживаемость - . мо
Медиана
8,2
16
интерквартильный диапазон
(6.8-10.5)
(11.3-26.7)
Время до прогрессирования - мес.
Медиана
3,1
8,2
интерквартильный диапазон
(2.5-3.9)
(4.3-21.2)
1Eastern Cooperative Oncology Group, 2partial ответ, 3stable болезнь, болезнь 4progressive
* Относительная интенсивность дозы
* Среднее значение относительной интенсивности дозы цисплатина и фторурацила. Интенсивность дозы определяется как количество вводимого лекарственного средства в единицу времени, выраженное в миллиграммах на квадратный метр в неделю. Интенсивность Относительная доза определяется как фактическая мощность дозы по отношению к запланированной интенсивности дозы каждого препарата.
Сначала по сравнению микроРНК профилей из 90 образцов предварительной обработки, полученных от больных раком желудка с данными экспрессии микроРНК из 34 нормальных образцов биопсии слизистой оболочки желудка получали от здоровых добровольцев (Рисунок 1). Для оценки предсказательной способности раковых конкретных профилей микроРНК, предсказания класса анализа также были проведены путем случайного деления всю выборку на две (учебные и поверочные) подмножеств в соотношении 1 к 1. Рандомизация проводилась с использованием программного обеспечения nQuery Advisor (версия 7.0, статистические решения, Saugus, MA). Тогда класс метка каждого образца в тестовом наборе было предсказано для каждого из 100 случайных тренировок для проверки разделов в соответствии с соединением ковариативных предсказателя (CCP), диагональный линейный дискриминантный анализ (LDA), 1- и 3-х ближайших соседей (NN), ближайший центроид (Северная Каролина), и опорных векторов (SVM). При выборе функция P
< 0,05, средняя точность прогноза в тестовых наборов был > 90% во всех классификаторов (91,9%, 90,3%, 90,3%, 93,5%, 93,5% и 91,9%, для КПК, LDA, 1-НН, 3-NN, NC, и SVM, соответственно), в 100 случайных разделов учебно-к-тест. Рисунок 1 Схема исследования для выявления и проверки микроРНК можно предсказать сопротивление к CF.
В таблице 2 перечислены микроРНК, которые дифференциально экспрессируются между 90 желудочных раковых опухолей и 34 нормальных образцов при выборе особенность P &
Лт; 0,005. Многие микроРНК, которые суперэкспрессированный в желудочном группе рака относятся к кластерам микроРНК-17-92 и 106b-25, как сообщалось ранее [6, 7]. Количественные в режиме реального времени обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции (Q-ОТ-ПЦР) анализы подтвердили дифференциальную экспрессию некоторых из этих микроРНК в желудочном образцах рака (рис.2). Хотя микроРНК-25 была значительно повышающей регуляции с помощью анализа массива в опухолях, это не достигало статистической значимости с помощью Q-ПЦР, возможно, из-за ограниченного количества образцов, которые были доступны для анализа. Хотя предыдущее исследование показало, что микроРНК-486 в подавляются рака желудка, мы обнаружили экспрессию микроРНК-486, чтобы быть повышен в нашем наборе больных раком желудка с помощью обоих микрочипов и Q-PCR (Дополнительный файл 1: Рисунок S1) .table 2 микроРНК дифференцированно выражены при раке желудка и нормального желудка эпителия.
суперэкспрессированный при раке желудка

р

FDR

Соотношение

HSA-микроРНК-25
&л; 1e-07
&л; 1e-07
1,64
HSA-микроРНК-106b
&л; 1e-07
&л; 1e-07
1,85
HSA-микроРНК-93
&л; 1e-07
&л; 1e-07
1,49
HSA-микроРНК-503
&л; 1e-07
&л; 1e-07
2,17
HSA-микроРНК-18а
&л; 1e-07
&л; 1e-07
2.27
hsa-miR-224
1.00E-07
2.59E-06
3.85
hsa-miR-451
1.00E-07
2.59E-06
3.23
hsa-miR-18b
2.00E-07
4.60E-06
2.17
hsa-miR-17-5p
2.00E-06
3.60E-05
1.61
hsa-miR-486-5p
3.00E-06
5.18E-05
2.22
hsa-miR-144
9.60E-06
0.000159
5.56
hsa-miR-552
1.03E-05
0.000164
2.38
hsa-miR-425-5p
1.32E-05
0.000195
1.35
hsa-miR-92
1.88E-05
0.000268
1.39
hsa-miR-106a
2.61E-05
0.000347
1.52
hsa-miR-223
2.68E-05
0.000347
2.13
hsa-miR-205
2.98E-05
0.000363
4.76
hsa-miR-196b
4.42E-05
0.000508
1.67
hsa-miR-19a
0.0001836
0.00181
1.69
hsa-miR-191
0.0003112
0.0028
1.27
hsa-let-7i
0.0004468
0.00385
1.20
hsa-miR-185
0.0004764
0.00394
1.32
hsa-miR-769-5p
0.0006683
0.00532
1.37
hsa-miR-196a
0.0008274
0.00646
1.45
hsa-miR-301
0.0009715
0.00745
1.82
hsa-miR-21
0.0012598
0.00948
1.49
hsa-miR-130b
0.0015411
0.0112
1.30
hsa-miR-19b
0.0015959
0.0114
1.39
hsa-miR-424
0.0019249
0.0135
1.52
hsa-miR-484
0.0020451
0.0139
1.33
hsa-miR-767-5p
0.0048511
0.03
1.64
hsa-miR-183
0.0050428
0.0305
1.52
hsa-miR-210
0.0053848
0.0318
1.35
hsa-miR-302c*
0.006328
0.0364
1.41
hsa-miR-520g
0.0070896
0.0402
2.13
hsa-miR-324-5p
0.0095742
0.0497
1.23
hsa-miR-103
0.0095861
0.0497
1.16
hsa-miR-376b
0.0096083
0.0497
1.85
hsa-miR-151
0.0100422
0.0513
1.20
hsa-miR-596
0.011231
0.0556
1.61
hsa-miR-545
0.011422
0.0556
1.69
hsa-miR-221
0.0129139
0.0608
1.27
hsa-miR-20a
0.0133176
0.0619
1.35
hsa-miR-181b
0.0148487
0.0655
1.28
hsa-miR-181d
0.0154891
0.0668
1.16
hsa-miR-623
0.0189476
0.0809
1.43
hsa-miR-519d
0.0220958
0.0915
1.59
hsa-miR-563
0.0229302
0.094
1.37
hsa-miR-505
0.0241657
0.097
1.25
hsa-miR-107
0.0242694
0.097
1.11
hsa-miR-320
0.0282982
0.111
1.20
hsa-miR-96
0.0285699
0.111
1.39
hsa-miR-339
0.0312524
0.12
1.32
hsa-miR-181a
0.0318141
0.121
1.20
hsa-miR-345
0.0322275
0.121
1.19
hsa-miR-20b
0.0325811
0.122
1.28
hsa-miR-33b
0.0339343
0.125
1.64
hsa-miR-135b
0.0352682
0.129
1.59
hsa-miR-431
0.0374687
0.134
1.41
hsa-miR-193a
0.0377098
0.134
1.35
hsa-miR-550
0.0380645
0.134
1.30
hsa-miR-565
0.0446875
0.15
1.20
Underexpressed при раке желудка
р
ФДР
Ratio
HSA-MIR-146а
&ЛТ; 1e-07
&л; 1e-07
0,39
HSA-микроРНК-133а
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0,34
HSA-микроРНК-625
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0,56
HSA-микроРНК-375
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0,27
HSA-микроРНК-133b
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0,32
HSA-микроРНК-195
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0,47
HSA-микроРНК-148а
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0,47
HSA-Mir-1
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0,27
HSA-микроРНК-26а
&л; 1e-07
&л; 1e-07
0.67
hsa-miR-204
2.00E-07
4.60E-06
0.26
hsa-let-7c
7.00E-07
1.53E-05
0.74
hsa-let-7a
9.00E-07
1.86E-05
0.72
hsa-let-7g
1.10E-06
2.17E-05
0.71
hsa-miR-497
1.70E-06
3.20E-05
0.56
hsa-miR-26b
1.28E-05
0.000195
0.58
hsa-miR-145
2.04E-05
0.000282
0.65
hsa-miR-34a
2.89E-05
0.000363
0.75
hsa-miR-143
4.28E-05
0.000506
0.63
hsa-miR-650
9.15E-05
0.00101
0.57
hsa-miR-150
9.25E-05
0.00101
0.49
hsa-miR-768-5p
0.0001037
0.0011
0.65
hsa-let-7d
0.0001302
0.00132
0.76
hsa-miR-203
0.0001311
0.00132
0.52
hsa-miR-29c
0.0002112
0.00203
0.52
hsa-let-7f
0.0002446
0.0023
0.69
hsa-miR-30d
0.0002592
0.00238
0.78
hsa-miR-642
0.0004345
0.00383
0.62
hsa-miR-30c
0.0004556
0.00385
0.75
hsa-miR-155
0.0004998
0.00406
0.66
hsa-miR-34b
0.0013651
0.0101
0.64
hsa-miR-551b
0.0019808
0.0137
0.53
hsa-miR-28
0.0027537
0.0184
0.85
hsa-let-7e
0.0034793
0.0227
0.84
hsa-let-7b
0.0035019
0.0227
0.85
hsa-miR-212
0.0039061
0.0249
0.76
hsa-miR-564
0.0047906
0.03
0.72
hsa-miR-770-5p
0.0050814
0.0305
0.71
hsa-miR-30b
0.0060842
0.0355
0.76
hsa-miR-30a-5p
0.0077597
0.0434
0.80
hsa-miR-199b
0.0083572
0.0461
0.67
hsa-miR-125a
0.0085563
0.0466
0.77
hsa-miR-621
0.0093423
0.0497
0.69
hsa-miR-31
0.0106862
0.054
0.66
hsa-miR-365
0.0113404
0.0556
0.78
hsa-miR-381
0.0123061
0.0592
0.70
hsa-miR-626
0.0128738
0.0608
0.78
hsa-miR-127
0.0138033
0.0635
0.69
hsa-miR-660
0.0142991
0.0651
0.75
hsa-miR-342
0.0146193
0.0655
0.75
hsa-miR-146b
0.0148729
0.0655
0.77
hsa-miR-361
0.0152056
0.0663
0.86
hsa-miR-489
0.0191692
0.081
0.71
hsa-miR-29a
0.0204334
0.0854
0.79
hsa-miR-95
0.0243644
0.097
0.54
hsa-miR-567
0.0265025
0.104
0.54
hsa-miR-152
0.0376121
0.134
0.78
hsa-miR-429
0.0378151
0.134
0.65
hsa-miR-200b
0.0396617
0.138
0.75
hsa-miR-504
0.0412648
0.142
0.63
hsa-miR-668
0.041717
0.143
0.77
hsa-miR-186
0.0437991
0.149
0.83
hsa-miR-135a
0.0468793
0.157
0.58
hsa-miR-485-5p
0.047683
0.158
0.82
Рисунок 2 Проверка экспрессии микроРНК с помощью количественной реальном времени с обратной транскрипцией и полимеразной цепной реакции (Q-RT-PCR). Q-RT-PCR анализ MIR-18а, MIR-25, MIR-1, а-7g в 4 нормальных (показано на белом
) и 4-х образцах рака (как показано в черном
), подтверждая пере- экспрессия микроРНК-18а и микроРНК-25 и под выражением MIR-1, и пусть-7g, как отмечено в микрочипов данных образцов рака. Трет-тестовое значение P
Student от 4 до нормальных и 4 образцах рака показана для каждой микроРНК. Сложите изменения (FC) -1 означает снижение RNU6-нормализуется экспрессии данного микроРНК.
Идентификации подписи микроРНК 50% устойчивости к терапии CF
Время до прогрессирования (ТТР), а не рентгенологической реакции, был использован в качестве клинического показателя для ответа химиотерапии, в первую очередь потому, что мы хотели, чтобы включать пациентов, которые не имеют измеримый болезни с использованием стандартных методов визуализации. Для определения из 82 образцов в качестве обучающего набора для разработки предсказатель (рисунок 1). Эти 82 образцов предварительной обработки были получены от пациентов, которые не подвергались второй биопсии. Пятьдесят восемь микроРНК были достоверно коррелировала с ТТП этих 82 пациентов (функция выбора Значение Р &
ЛТ; 0,05) (таблица 3). Избыточная экспрессия 30 микроРНК была связана с отсроченным TTP, тогда как избыточная экспрессия 28 микроРНК была связана с более быстрой ТТП. Шесть * микроРНК, которые были связаны с химиорезистентности, в том числе микроРНК-518f *, MIR-520а, микроРНК-520d *, микроРНК-519e *, микроРНК-363 *, и микроРНК-517 *, в то время как нет * микроРНК не были связаны с chemosensitivity.Table 3 микроРНК, экспрессия которых связана с химиочувствительность или химиорезистентности.
miRNAa, экспрессия которого связана с химиорезистентности

р

FDR

опасности Ratio

hsa-miR-526a
0.0000
0.0103
1.482
hsa-miR-122a
0.0002
0.0379
1.545
hsa-miR-518f*
0.0004
0.0537
1.298
hsa-miR-591
0.0007
0.0598
1.492
hsa-miR-524-3p
0.0010
0.0682
1.268
hsa-miR-320
0.0013
0.0701
1.865
hsa-miR-520a*
0.0014
0.0701
1.252
hsa-miR-183
0.0031
0.119
1.39
hsa-miR-516-5p
0.0034
0.119
1.306
hsa-miR-629
0.0036
0.119
1.42
hsa-miR-595
0.0043
0.119
1.858
hsa-miR-640
0.0054
0.132
1.3
hsa-miR-520d*
0.0063
0.143
1.326
hsa-miR-519e*
0.0091
0.164
1.24
hsa-miR-363*
0.0096
0.166
1.407
hsa-miR-513
0.0137
0.193
1.347
hsa-miR-328
0.0163
0.211
1.736
hsa-miR-519a
0.0170
0.211
1.118
hsa-miR-185
0.0189
0.217
1.697
hsa-miR-658
0.0200
0.223
1.532
hsa-miR-517*
0.0218
0.226
1.305
hsa-miR-515-5p
0.0349
0.301
1.145
hsa-miR-519c-5p
0.0368
0.304
1.157
hsa-miR-661
0.0392
0.315
1.437
hsa-miR-182
0.0416
0.315
1.408
hsa-miR-206
0.0417
0.315
1.606
hsa-miR-193b
0.0419
0.315
1.433
hsa-miR-601
0.0436
0.317
1.599
микроРНК, экспрессия которого связана с химиочувствительность
р
FDR
отношение рисков
hsa-miR-195
0.0007
0.0598
0.593
hsa-miR-146b
0.0016
0.0733
0.565
hsa-miR-26b
0.0037
0.119
0.686
hsa-miR-374
0.0042
0.119
0.84
hsa-miR-199b
0.0051
0.132
0.729
hsa-miR-132
0.0068
0.143
0.62
hsa-miR-140
0.0069
0.143
0.759
hsa-miR-487b
0.0088
0.164
0.679
hsa-let-7g
0.0091
0.164
0.539
hsa-miR-340
0.0103
0.171
0.82
hsa-miR-155
0.0109
0.174
0.704
hsa-miR-95
0.0115
0.176
0.856
hsa-miR-186
0.0137
0.193
0.662
hsa-miR-130a
0.0140
0.193
0.72
hsa-miR-342
0.0151
0.202
0.685
hsa-miR-577
0.0173
0.211
0.804
hsa-miR-128b
0.0184
0.217
0.701
hsa-miR-146a
0.0209
0.226
0.776
hsa-miR-16
0.0214
0.226
0.698
hsa-miR-503
0.0241
0.243
0.721
hsa-miR-224
0.0259
0.25
0.853
hsa-miR-223
0.0259
0.25
0.794
hsa-miR-128a
0.0294
0.276
0.704
hsa-miR-181b
0.0300
0.276
0.668
hsa-let-7f
0.0312
0.281
0.725
hsa-miR-1
0.0339
0.298
0.839
hsa-miR-421
0.0367
0.304
0.738
hsa-miR-127
0.0404
0.315
0.783
hsa-miR-34c
0.0435
0.317
0.74
hsa-miR-497
0.0493
0.351
0.769
На рисунке 3 показана кривая Каплана-Мейера для групп риска, стратифицированных этими 58 микроРНК. Уровень значимости перестановки для логарифмического статистики отпуска один-аут кросс-валидированных кривых Каплана-Мейера был 0,021, что свидетельствует о том, что связь между данными экспрессии микроРНК с TTP является статистически значимым. Рисунок 3 Кривые Каплана-Мейера для времени до прогрессирования (ВДП) из 2-х групп риска стратифицированных по экспрессии микроРНК 58 коррелировало с ТТП при выбора функции P < 0.05. Ассоциация экспрессии микроРНК данных к ТТП было статистически значимым (P перестановок
значение для статистики лог-ранг перекрестной проверки кривых Каплана-Мейера = 0,021).
Выражение химиорезистентность подписи коррелирует с эволюцией химиорезистентности в опухоли, которые ранее были chemosensitive
58-микроРНК подпись определены выше является предиктором для идентификации пациентов, которые являются или не являются, вероятно, положительно реагировать на CF-терапии. Мы предположили, что пациенты, которые изначально продемонстрировали благоприятный 58 микроРНК выражение подпись переключится на неблагоприятную выражения подписи в то время они выработали резистентность к терапии CF. Для того чтобы проверить эту возможность в качестве доказательства из-принципа, 8 пар тест набора образцов (эндоскопически, полученный до и после лечения) были собраны из 8 пациентов, которые первоначально продемонстрировали клинический ответ на лечение CF, но которые в конечном итоге показали прогрессирующее заболевание на котором было принято второе эндоскопическое биопсии. Как показано в таблице 4, все 8 образцов предварительной обработки с клинической респондеров были угаданных предсказывающим устройством 58-миРНК, чтобы быть в группе с низкой степенью риска (точности, 100%). Следует отметить, что 6 из 8 пар были правильно определены для химиочувствительность (т.е.
., Доочистки образцы были назначены более высокую прогностическую индекс для ответа на химиотерапию, чем для предварительной обработки образцов, и, следовательно, по прогнозам, будет более устойчивым к терапии) (точность, 75% ). Когда же предсказание было выполнено с помощью выбора функции P значение 0,01
, результат предсказания остался прежним (таблица 4) .table 4 Прогноз для химиорезистентности в тестовом наборе проверка и подтверждение принципа действия
Пример ID

выбора признаков P &л; 0.05

<й>
<й>
выбора функции P < 0.01

<й>
<й>
Predictive
Index
Percentile1

Prediction
For
Pretreatment
Sample2

Overall
Prediction3


Predictive
Index
Percentile

Prediction
for
Pretreatment
Sample

Overall
Prediction

1 предварительно
39%
низкой
неверны
35%
низкой
неверны
1 сообщение
22%
24%
2 до
48%
низкое
исправить
49%
низкой
правильно
2 пост
79%
77%
3 до
55% <бр> низкая
исправить
46%
низкий
правильно
3 пост
73%
77%
4 до 13%

низкая <бр> правильно
24%
низкий
правильно
4 пост
72%
73%
5 до 31%

низкий
правильно <бр> 33%
низкий
правильно
5 пост
48%
46%
6 до 13%

низкой
исправить
27%
низкий
правильно
6 пост
16%
66%
7 до
7%
низкой
исправить
12%
низкий
правильно
7 пост
66%
57%
8 до 52%

низкая
неверны
50%
низкая
неверны
8 сообщение
17%
24%
прогнозного индекса 1The была вычислена для каждого образца этим наблюдением основного метода компонент, где высокое значение индекса соответствует прогнозной к быстрому прогрессированию после химиотерапии (т.е.
., короткий ТТП). Если интеллектуальный индекс образца в испытательном наборе соответствует среднему прогнозного индекса обучающего набора, образец был назначен предсказательной индекс 50%.
2The риск прогнозировалось низок, если прогнозирующие индекс процентиль пробоподготовки было менее 67%
прогноза 3The считается правильным, если образцы после лечения были назначены более высокую прогностическую индекс, чем образцы предварительной обработки.
Обсуждение
Данное исследование использовали перспективный подход для идентификации подписи микроРНК для желудка рак против нормального эпителия желудка и микроРНК подпись, которая предсказывает ответ на стандартный CF терапии.
Так как обычные методы гистопатологические иногда не приводят к окончательного диагноза рака желудка, добавление подписи микроРНК из таких образцов пациентов может улучшить точность диагностики рака желудка. В предыдущих исследованиях микроРНК микрочипов рака желудка, ткани контроля были получены из областей желудка больных раком желудка, которые были определены как гистологически нормальной, а не из ткани желудка здоровых нормальных добровольцев [6, 7]. Поскольку молекулярные нарушения часто встречаются в гистологически нормальный вид ткани, прилегающей к опухолевой ткани, мы выбрали для получения тканей из контрольных образцов эндоскопической биопсии от нормальных, без рака добровольцев. Большинство дифференцированно выраженных микроРНК сообщили, что характерно для рака желудка в предыдущих исследованиях микрочипов [6, 7] также были определены в желудочном подписи рака в наших текущих анализов. Тем не менее, в дополнение к этим сообщалось ранее микроРНК при раке желудка, мы дополнительно определили потенциальные микроРНК супрессоры опухолевого роста (при P &
ЛТ; 0,05 [6] и P
&л; 0,01 [7], в том числе микроРНК-1 [8 , 9] и пусть-7 [10], что мы нашли, чтобы быть underexpressed при раке желудка (при Р
< 0,001). (таблица 2) Интересно, о и др обнаружили экспрессию микроРНК-486, чтобы быть уменьшено во многих . рак желудка, а в некоторых случаях, связанный с геномной потерей этого региона [11] Мы нашли микроРНК-486, чтобы быть избыточно экспрессируется в нашей желудочной когорты рака обоими микрочипов и анализа Taqman PCR (Дополнительный файл 1: Рисунок S1). это возможно, что эта разница в результатах из-за очень разных групп пациентов изучали.
в этом исследовании мы сообщаем впервые к нашему знанию, предсказатель микроРНК для ответа на CF-терапии. 58 микроРНК подпись, которая предоставляет индекс оценки потенциального ответа на CF-терапии может быть полезным в стратифицировать пациентов в группе, которая должна получать стандартную терапию и группу, которая, вероятно, не выиграть от такой терапии, и должен быть помещен на другом терапевтическом испытании. Несколько из 58 микроРНК, которые мы определили в таблице 2, которые связаны с TTP соответствуют опубликованным сообщениям, касающимся их экспрессии с химиорезистентности и биологии опухоли. Видное место среди активируемых микроРНК, связанных с длительным TTP (определяется отношением &ЛТ опасности; 1) были микроРНК, которые были показаны, чтобы индуцировать апоптоз в желудочных и других раковых клеток, таких как MIR-16, пусть-7g, MIR-181, микроРНК-342, микроРНК-1, и микроРНК-34 [8, 12-18]. микроРНК-16 увеличивает индукции апоптоза nutlin и генистеин [12], и модулирует лекарственную устойчивость клеток рака желудка человека [13].
сверхэкспрессии LET-7с или пусть-7g было показано снижение экспрессии Bcl-XL в Huh7 и HepG2 клеточные линии [14]. Пусть-7g и микроРНК-181b положительно коррелирует с клинической отзывчивость рака толстой кишки к S-1, пероральный фторурацил [4]. микроРНК-181а и 181b-микроРНК было показано, что использовался в качестве супрессоров опухолей, которые вызывают ингибирование роста, индуцировать апоптоз и ингибировать инвазию в клетках глиомы [15]. Воссоздание HSA-MIR-342 в ободочной и прямой линии НТ-29 клеток рака индуцирует апоптоз [16]. микроРНК-1 сенсибилизирует клетки рака легких в доксорубицин-индуцированного апоптоза [8]. Внематочная микроРНК-34 экспрессия индуцирует апоптоз, арест клеточного цикла или старении в нормальных и опухолевых клеток [17]. Таким образом, избыточная экспрессия этих про-апоптотических микроРНК в первичных опухолях, как представляется весьма последовательной особенностью пациентов, которые извлекает выгоду из CF.
Интересно, что мы определили шесть * микроРНК, которые были связаны с химиорезистентности, в том числе микроРНК-518f *, зер- 520а, микроРНК-520d *, микроРНК-519e *, микроРНК-363 *, и микроРНК-517 *, в то время как нет микроРНК не были связаны с химиочувствительность. Только один микроРНК, микроРНК-302 *, был идентифицирован в рака желудка микроРНК подписи. микроРНК * s считаются пассажирские нити, которые, как считается, как правило, деградирует, выведенные из предварительного Mir, что приводит к нт нити зрелый 22, который входит в комплекс RISC. Функции * микроРНК остаются неясными, хотя вполне возможно, что они являются результатом нарушения обработки предварительно микроРНК (Tchernitsa и др J Патологии, 2010) или может играть определенную роль в ориентации трансляции мРНК (Гу и Лу, PLoS One, 2010 ).
Мы также отметили, что в то время как 21 микроРНК были обнаружены общего между GC и химиорезистентность подписей микроРНК, 37 микроРНК были уникальны для химиочувствительность подписи.
Анализ образца пар до и после лечения от 8 пациентов который первоначально ответил на CF терапии, но позже стали устойчивыми к терапии служило доказательством правильности принципа для демонстрации того, что прогнозный индекс 58 микроРНК подписи бы перейти от благоприятного индекса (на этапе предварительной обработки) неблагоприятного индекса ( после лечения, когда сопротивление развитых). К сожалению, не удалось получить дополнительные совпавшие пары образцов из подобных пациентов, чтобы обеспечить более надежный статистический анализ. Тем не менее, результаты согласуются с моделью клональной селекции существовавших ранее устойчивых опухолей клеток, проживающих в пределах первичной опухоли.
Согласно традиционной модели клонального отбора для развития приобретенной устойчивости к сопротивлению химиотерапии, сопротивление первоначально чувствительных опухолей развивается из-за селективного вырост химиорезистентных клонов, которые уже существуют в опухоли [18]. Учитывая, что быстрое ТТП конкретно указывает на внутреннюю устойчивость к химиотерапии [19], 58-микроРНК, уровни экспрессии которых коррелируют с коротким TTP может представлять химиорезистентность связанных микроРНК уже присутствует в большинстве опухолевых клеток в первичной опухоли. Тем не менее, первичные опухоли, которые появляются не выражать эту микроРНК подпись сопротивления, первоначально не отвечают на терапию до тех пор, уже существующей, резистентные клетки избирательно расти, несмотря на CF-терапии. В то время как образец, полученный, когда наблюдается сопротивление, основная часть опухоли выражает теневые, химиорезистентных микроРНК подпись. Принимая во внимание, что сопротивление в большинстве этих пациентов развивается в течение относительно короткого периода времени (месяцы, а не годы), представляется маловероятным, что результаты сопротивления от накопления нескольких отдельных генетических изменений.
Результаты этого исследования, предоставляют важные новые данные и подписи микроРНК, особенно прогнозирования ответа на CF-терапии и по поводу возникновения резистентности опухоли. Тем не менее, более крупные исследования должны быть проведены в будущем для дальнейшего подтверждения этих выводов и определить, могут ли они быть применены в клинических условиях.
Выводы
Хотя ограничены небольшим размером выборки множества валидации, данное исследование выявляет микроРНК, которые могут содержать клинически значимых подпись для внутреннее сопротивление рака желудка к МВ и позволяет предположить, что эти микроРНК были выбраны для во время развития приобретенной устойчивости к воздействию химиотерапевтических. Так как эта микроРНК предсказателем возможно обеспечить полезное руководство к персонифицированной химиотерапии в будущем, она заслуживает дальнейшего изучения и проверки в крупных перспективных исследований.
Методы
Набор пациентов и лечение
Образцы тканей были собраны в больнице Корейский Национальный центр рака по эндоскопии с 2001 по 2006 год в соответствии с протоколом, утвержденным Советом по институциональному (IRB) Национального онкологического центра больницы в Коян, Южная Корея. Все пациенты и добровольцы подписали IRB одобренные формы информированного согласия. Право на зачисление в исследование были включены следующие параметры: 1) возраст ≥ 18 лет; 2) гистологически подтвержденный аденокарциномы желудка; 3) задокументированы отдаленных метастазов; 4) кроме рака желудка не предыдущие или сопутствующие злокачественные опухоли; 5) без предварительной химиотерапии, либо адъювант или паллиативная; и 6) адекватной функции всех основных органов. 34 здоровых добровольцев прошли гастроскопию для рутинного скрининга рака желудка и имели нормальную слизистую оболочку желудка с помощью гистологического исследования. Там не было гастрита среди здоровых добровольцев 34.
Это микроРНК исследование было проведено как параллельное исследование с целью изучения анализа экспрессии мРНК [20], предназначенный для определения мРНК предсказателей химиорезистентности. Девяносто образцы предварительной обработки биопсии, собранные в период с 2001 по 2006 год были проанализированы в данном исследовании микроРНК. После первичного эндоскопического биопсии, все 90 пациентов получали цисплатин (60 мг /м 2, D1) в сочетании либо с фторурацил (1 г /м 2 в течение 5 дней; N = 88) или капецитабин (Кселода, Roche; 1,250 мг /м 2 раза в сутки в течение 2-х недель; п = 2) каждые 3 недели. Клинические ответчики попросили пройти второй эндоскопию в момент прогрессирования заболевания (PD) наблюдалось по данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ критерии). Следующие два критерия были использованы для определения клинических ответчиков: 1) пациентов, у которых опухоли наблюдалось более, чем уменьшение суммы произведений двух крупнейших перпендикулярных диаметров измеряемых повреждений в течение не менее 4 недель 50%; или 2) у пациентов, которые не имели измеримое заболевание на презентации и имели значительное снижение плеврит /асцита в течение не менее 4 недель [21]. Последующая обработка данных микроРНК микрочипов могут быть получены из образцов, собранных при химиорезистентность разработан (PD) в 8 клинических ответчиков. Образцы постобработку собраны по крайней мере через 2 недели после последней дозы фторурацила, и до того, как началась вторая линия химиотерапии, для того, чтобы избежать каких-либо острых лекарственные эффекты на влияющий на профиль экспрессии. Для этих 8 клинических ответчиков, до и после обработки образцов (которые были собраны во время прогрессирования заболевания) представляют собой chemosensitive и химиорезистентных опухоли, соответственно. Предварительная обработка образцов из оставшихся 82 пациентов были использованы для выявления предсказатель микроРНК для ответа на химиотерапию. Этот предсказатель был применен к 8 пар образцов, собранных из одних и тех же пациентов до и после лечения. Предсказание считается правильным, если образцы после лечения были назначены более высокую прогностическую индекс для химиорезистентности, чем образцы предварительной обработки. Биоптатах были аналогичным образом собраны из 34 здоровых добровольцев.
Образцы тканей, содержащих по меньшей мере 50% опухолевых клеток, обрабатывали для РНК, как описано ранее [22]. Извлеченные РНК анализировали с помощью Agilent Bioanalyzer 6000 тотальной РНК анализа и спектрофотометр NanoDrop следующие протоколы производителя. 500 нг полной РНК подвергали настраиваемой микроРНК микрочипов. Смесь общей РНК, выделенной из трех желудочных линий раковых клеток (SNU-601, 638-SNU, и AGS), использовали в качестве контрольной РНК для конкурентной гибридизации.
Микрочипов эксперимент
микроРНК дизайн микрочипов
Лаборатория молекулярной технологии (LMT) _miRNA_v2 микрочипов был разработан с использованием базы данных Sanger miR9.0 (HTTP:... //микроРНК Sanger переменного тока UK) и выпускается в виде заказных синтезировали 8 × 15 K микрочипов (Agilent Technologies, Сан - Хосе, Калифорния). Есть в общей сложности 4,361 микроРНК записей в базе данных miR9.0. Некоторые из микроРНК имеют точные последовательности из разных видов. Мы разрушилась базу данных с 1667 уникальных последовательностей зрелых микроРНК во всех видов, в том числе человека, мыши, крысы и т.д. Зрелые последовательности микроРНК, были включены в 60-членных длинных олигонуклеотидных зондов с линкерной последовательностью на 3'-конце, чтобы отделить последовательности микроРНК от поверхности стекла слайд. Последовательность линкера была фирменная последовательность из Agilent, который имеет минимальную гомологию с любой последовательности в GenBank. Каждый зрелый микроРНК представлен + и - (обратная комплемента) прядей последовательностей. Это позволяет микрочип, который будет использоваться с различными протоколами маркировки. В зависимости от протокола, один из зондов также могут служить в качестве отрицательного контроля. Каждый зонд имеет 4 повторах в пределах каждого микрочипов, обеспечивая техническую повторах для измерения согласованности и эффективности микрочипов. Таким образом, каждый из которых уникален зрелый микроРНК представлен 8 зондов (4 + цепи и 4 - цепь). В общей сложности 3,556 уникальных идентификаторов Seq LMT (микроРНК, положительный и отрицательный контроль, +/- нити) были на микрочипе, каждый с 4 повторами. http://​www.​ncbi.​nlm.​nih.​gov/​geo/​query/​acc.​cgi?​token=​ftixhsoiemwgyfi&​acc=​GSE30070

• Смешанная популяция Helicobacter Pylori, хеликобактером bizzozeronii и "Helicobacter heilmannii" в слизистой оболочке желудка домашней…
• Экспериментальная модель мягкого диабета: долгосрочная оценка гликемического профиля и желудка сократимост…