Helicobacter pylorigenotypes zistené pri žalúdočných biopsií od pacientov jordánskych

Helicobacter pylori
genotypy zistené pri žalúdočných biopsiou z jordánskych pacientov
abstraktné
pozadia
genetická diverzita Helicobacter pylori
môže byť analyzovaný na dvoch rôznych úrovniach: genómovej rozdiely medzi kmeňmi pochádzajúce z rôznych jednotlivcov, a rozdiely v bakteriálnej populácie v rámci jedného hostiteľa. hlásených sme prvýkrát H. pylori
genotypy jordánskych pacientov sa ochorenie zažívacieho ústrojenstva.
metódy
hornej endoskopia bola vykonaná na 250 pacientov s príznakmi ochorenia zažívacieho ústrojenstva. Viacnásobné biopsie žalúdka boli prevzaté z dutine. Všetky biopsie boli testované pomocou PCR na H. pylori
virulentné gény Vaca
ČAGA stroje a ICEA stroje a 151 boli testované histologicky.
Výsledky
biopsiou pozitívnych pre H. pylori
pomocou PCR boli 110/250 (44%), a histologicky 117/151 (77,5%), a tieto výsledky boli veľmi spojené (P
< 0,02). Analýzy virulencie génov bolo zistené, že iceA2
(73,6%) bol prevládajúci genotyp, na Vaca
s2 alela bola častejšie identifikovaný, než je krava
s1 alely, zatiaľ čo ČAGA
genotyp bola nízka (26,4 %). Prítomnosť niektorých genotypov môže byť spojené so navzájom, ale prítomnosť niektorých genotypov nebola významne spojené s vekom, alebo pohlavie pacienta.
Záver
znázorňujú výsledky geografickej povahy genetickej diverzity H. pylori
, ako identifikovanej genotypy sú podobné ako v susedných krajinách. Táto štúdia poskytuje základné údaje H. pylori
genotypom uvedeným v žalúdočných biopsií z Jordánska, ktoré slúžia ako silný epidemiologický nástroj pre potenciálnych vyšetrovanie, aby lepšie porozumieť genetickej diverzity pôvodca infekcie.
Pozadie
Helicobacter pylori
je žalúdočné patogén, ktorý chronicky infikuje viac ako polovica všetkých ľudí na celom svete. V rozvojových krajinách, 70 až 90% populácie nesie H. pylori
; takmer všetky z nich získavajú infekcie pred dosiahnutím veku 10 rokov [1]. Vo vyspelých krajinách je prevalencia nižšia, v rozmedzí od 25 do 50% (8) [1], vzhľadom k zlepšiť sociálno-ekonomické podmienky za posledných niekoľko desaťročí [2]. Preto H. pylori infekcie
v rozvojových krajinách môže prispieť k rozvoju detskej podvýživy a zvýšiť riziko alebo závažnosť infekcie iné gastrointestinálne patogény, ako je Vibrio cholerae
[3]. Väčšina infikovaných jedincov bez príznakov alebo trpí chronickou gastritídu [1, 4]. Rozdiely vo výsledkoch ochorenie môže byť dôsledkom mnohých faktorov, ktoré zahŕňajú; Hostiteľské faktory, faktory životného prostredia a rozdiely vo výskyte alebo expresiu bakteriálnych faktorov virulencie [4, 5]. Genetická diverzita H. pylori
môže byť analyzovaný na dvoch rôznych úrovniach: genomická rozdiely medzi kmeňmi pochádzajúce z rôznych jedincov, a zmeny v bakteriálnej populácie v rámci jedného hostiteľa [6]. Za použitia náhodne amplifikovanej polymorfné DNA, PCR a DNA fingerprinting, bolo preukázané, že kmene z nepríbuzných infikovaných pacientov malo jedinečné odtlačky prstov, zatiaľ čo kmene izolované z členov rodiny mal veľmi podobné, aj keď nie identické vzory [7]. Tieto výsledky naznačil, že pozorované rozdiely medzi kmeňmi, ktoré infikujú jednotlivých členov rodiny došlo po primárnej infekcii. Takéto genetickej diverzity možno pozorovať u H. pylori
virulencie génov; ČAGA
, Vaca stroje a ICEA
.
Vacuolating cytotoxin, ktorý poškodzuje epiteliálne bunky je kódovaný génom krava
[8, 9], ktorý obsahuje aspoň dve variabilné časti [10] , The Vacas
region (ktorý kóduje signálny peptid) existuje ako S1 alebo S2 alelických typov, medzi kmeňmi s1 typu, podtypov S1A, S1B a S1C boli identifikované [11]. M (stredná), región sa vyskytuje ako them1 alebo na m2 typu alel, pri type m2, boli identifikované dva podtypy, určený M2A a M2B. Všeobecne platí, že typ S1 M1 a kmene s1 m2 Druh produkovať vysokej a strednej úrovne toxínu, v uvedenom poradí, zatiaľ čo S2 m2 kmeňmi ukazujú malú alebo novacuolating toxín aktivitu [10].
ICEA
gén, kódovanie pre domnelú obmedzenia enzým, ktorý sa zdá byť vyvolaná, ak H. pylori
narazí na epitelové bunky ukazuje, alelickou variant podľa bodovej mutácie, čím sa získajú dve alelických typov, iceA1 stroje a iceA2
[6]. Štúdia H. pylori
infekcií u pacientov podrobených s endoskopiou hornej časti GIT v Jordánsku hlásený vysoký výskyt [12], a potvrdil, že jeho prítomnosť bola významne spojená s gastritídou a peptickým vredom. Súčasné štúdie uvádza prvýkrát v Jordánsku H. pylori
genotypy zistené pri žalúdočných biopsiou.
Metódy
Pacienti
celkom 250 po sebe idúcich pacientov, ktorí navštívili nemocnicu kráľ Abdalláh a princezná Basma nemocnice v období od júla 2003 do mája 2004, na hornej endoskopia boli zaradení do štúdie. Tieto dve fakultnej nemocnice sú pridružené Jordan University of Science and Technology, kde bola štúdia vykonaná. Biopsie boli prevzaté z dutine. Štúdia bola schválená etickou komisiou univerzity. Každý pacient podpísal písomný informovaný súhlas pred odberom, a všetky klinické vzorky boli testované undercode
dát
informácie uvedené v správach patológie alebo súbory pacientov bol zaznamenaný u každého pacienta, ktorý zahŕňal :. Číslo nemocnice pacienta , vek, pohlavie, história, klinická diagnóza založená na histológiu, endoskopie a predchádzajúcej liečby (napríklad anti-H. pylori
, tri mali inhibítory protónovej pumpy alebo antacidá). Symptómy hlásené u pacientov, ktorí podstúpili endoskopiou hornej časti GIT boli bolesti brucha, bolesti v nadbrušku, vracanie alebo pálenie záhy.
Histologické vyšetrenie
Histologické vyšetrenie bola vykonaná na 151 (60,4%) antrálnej biopsia vzorky. Päť vzorky z antra sliznicu boli nadobudnuté stredných pinzety. Dve vzorky boli vložené do parafínu a parafínové rezy boli zafarbené hematoxylínom-eozín použitie a Giemsa metód. Slizničné vzorky boli hodnotené histologicky podľa klasifikácie Sydney. Zakódované sklíčka boli skúmané mikroskopicky jediný patológ s použitím vysoký výkon (zväčšenie, × 400), a boli skúmané najmenej päť high-power pole.
PCR založené na genotypizáciu troch génov virulencie
otestované všetky 250 biopsia sa pomocou PCR boli skladované pri -80 ° C v 70% etanole v Eppendorfových skúmavkách až do spracovania. Tieto biopsie zahŕňala 151 biopsia, ktoré boli testované histologicky.
Vzorky biopsie boli homogenizované pomocou sterilnej mikro paličkou, a DNA bola extrahovaná s použitím Wizard genómovej DNA čistenie Kit (Promega, Madison, WI, USA) podľa inštrukcií výrobcu pre čistenie DNA z živočíšne tkanivá. Prítomnosť Helicobacter pylori
bol detekovaný samostatnými PCR zameraných na ČAGA
Vaca
s a m regiónmi a ICEA
genotypov boli stanovené samostatným iceA1
- a iceA2
-specifických PCR, ako bolo opísané skôr [13, 14]. Päť druhov špecifických primerov (alfa DNA, Montreal, Canada) boli použité k amplifikácii vysoko konzervované regióny v rámci uvedených génov.
Štatistická analýza
spojenie medzi histológiu a výsledky PCR, a vzťah medzi genotypom bola analyzovaná za použitia presné a chi-kvadrát testy štatistický balík Fisherovho v oblasti spoločenských vied (SPSS Inc. Chicago, Illinois USA). Rozdiel v priemernom veku medzi mužmi a ženami bola vypočítaná vzorky nezávislosť t-testom.
Výsledky
diagnostika H. pylori
bol založený na histológiu a PCR metóda.
Histologické nálezy
histologické vyšetrenie biopsiou 151 bolo zistené, že 117 (77,5%) pacientov pozitívnych na H. pylori
, teda skutočne infikovaný, a 34 (22,5%), boli negatívne.
faktorov virulencie
za prítomnosti ČAGA
, Vaca
s a m regiónmi a iceA1
- a iceA2
gény boli skúmané vo všetkých 250 biopsiou sa. Biopsia, ktoré boli PCR pozitívne na jeden alebo viac génov bolo 110 (44%), a 140 (56%) boli negatívne na všetky gény
Mužský :. Pomer mužov a žien z populácie pacientov bol 58/110 (52,7 %) muži: 52/110 (47,3%) ženy; (Priemerný vek 42,03 + 15,135 rokov, rozpätie 17 - 67 rokov)
H. pylori genotypy
Výsledky genotypizácia v 110 biopsiou sú uvedené v tabuľke 1.Table 1 Prevalencia Helicobacter pylori detekovaný
genotypov. v 110 biopsiou
genotypu
spoločností Prevalencia (%)
Vaca
S1
34 (45,3)
Vaca
s2
41 (54,7)
Vaca
m1
23 (48,9)
Vaca
m2
24 (51,1)
Vaca
s1m1
12 (46,2 )
Vaca
s2m2
12 (46,2)
Vaca
s1m2
2 (7.7)
Vaca
S2M1
0 (0,0)
ČAGA
29 (26,4)
iceA1
0 (0,0)
iceA2
81 (73,6)
Vaca genotypy
veľkosti amplifikovanej produkty pre Vaca
S1 a S2 Vaca
sú 259 bp a 286 bp, resp. Intenzity výrobkov sa pohybovali medzi vzorkami. Krava
s región bol zosilnený v 75/110 (68,2%) biopsiu. Variant s1 bola zistená u 34/75 (45,3%), alebo 34/110 (30,9%), v porovnaní s variantom s2, ktorá bola zistená v 41/75 (54,7%), alebo 41/110 (37,3%) z biopsia. V krava
m región bol zistený u 47/110 (42,7%) biopsiu. Variant m1 bola zistená u 23/47 (48,9%) a 23/110 (20,9%), v porovnaní s variantom m2 detekovanej v 24/47 (51%), alebo 24/110 (21,8%).
Kombinácia zo krava
s a m regiónmi bola detekovaná v 26/110 (23,6%) z biopsie. Oba Vaca
s1m1 a Vaca
s2m2 boli detekované v približne rovnakých množstvách vo 12/26 (46,2%), zo Vaca
sm genotypu alebo 12/110 (10,9%), zatiaľ čo Vaca
s1m2 bola detekovaná iba v 2/26 (7,7%) zo krava
sm genotypu alebo 2/110 (1,8%). Žiadny z biopsie ukázala, že krava
S2M1 genotypu alebo viacerých genotypov.
ČAGA genotyp
Veľkosť ČAGA
amplifikovaného produktu bola 349 bp. ČAGA
genotyp bol zistený u 29/110 (26,4%) a 81 (73,6%) boli negatívne.
Pridruženie medzi genotypom ČAGA a vacAs1
ČAGA
genotyp bola zistená u 8 /17 (47,1%) z Vaca
s1 genotypu, v porovnaní s iba 2/20 (10%) z Vaca
s2 genotyp.
ICEA genotypu
Žiadny z 110 biopsiou ukázal ICEA
1 genotyp, zatiaľ čo 81 (73,6%), ukázala, že iceA2
genotypu. IceA2
amplifikácie sa získa ako 229 bp a 334 bp fragmenty, tento rozdiel vo veľkosti fragmentu je v dôsledku prítomnosti 105 bp - rámu amplikónu prítomné v fragmentu o 334 bp, ktorý je prítomný vo fragmentu o 229 bp [ ,,,0],15].
pridružení medzi genotypom a pohlavia
aj keď niektoré genotypy boli detekované viac jedného pohlavia než iný, ich prítomnosť nebola významne spojené s veku alebo pohlavia pacienta. Genotypy, ktoré boli detekované viac mužov ako u žien boli Vaca
S1 9/17 (53%), ČAGA
16/29 (55,2%), iceA2
štyridsať päť osemdesiat jednotin (55,5%), Vaca
s1m1 7/12 (58,3%) a spojený Vaca
S1 ČAGA
genotypom 6/8 (75%). Genotypy, ktoré boli detekované viac u samíc boli Vaca
s2 11/19 (65%), Vaca
m2 15/20 (75%), Vaca
s2m2 8/11 (72,7%), a zlúčené krava
s2 ČAGA
genotypom 2/2 (100%). V Vaca
m1, a Vaca
s1m2 genotypy boli detekované v približne rovnakej výške u oboch pohlaví
Štatistická analýza
celkovým pozitívnym výsledkom PCR boli vysoko spojené (P Hotel < 0,02). S výsledky histológie. Analýza údajov ukázala významný vzťah medzi súčasnou detekciu ako ČAGA stroje a Vaca
s1 genotypov (P
= 0,026), kombinácia oboch Vaca
S1 a Vaca
m1 genotypov (P Hotel &0,0001) a kombinácia oboch Vaca
S2 a Vaca
m2 genotypov (P Hotel &0,0001). Na druhej strane, žiadny vzťah nebol pozorovaný medzi detekciou oboch krava
S2 a ČAGA
genotypov (P
= 0,102), detekciu viac ako jedného genotypu buď veku alebo pohlavia (P
> 0,05), kombinácia oboch Vaca
S1 a Vaca
m2 genotypov (P Hotel &0,05), a kombinácia oboch Vaca
s2 a Vaca
M1 genotypov (P Hotel > 0,05).
Diskusia
tejto štúdie správach o Vaca
, ČAGA stroje a ICEA
genotypov H. pylori
ktoré boli identifikované v žalúdočných biopsiách. Hoci všetky kmene nesú kópiu génu Vaca, sa buď S1 alebo S2 signálnych sekvencií je Vaca
s región bol zosilnený v 75/110 (68,2%) biopsiu. Podobné výsledky boli hlásené ďalšie štúdie uvádzajú, že môžu existovať ďalšie podskupiny S a m genotypov popri tých známych [16].
Prevládajúce genotyp v 110 biopsiou, ktoré boli pozitívne na H. pylori
pomocou PCR, bol iceA2
(73,6%), nasledovaný Vacas
genotypu (68,2%); 34 (45,3%) z nich bolo v Vaca
s1 alela a 41 (54,7%) boli Vaca
s2 alela, zatiaľ čo ČAGA
genotyp bol amplifikovaný iba v 29/110 (26,4%) z biopsia. Naše výsledky sú v súlade s ďalšími štúdie vykonanej na izraelských detí [13], a egyptských pacientov [15], kde bol ČAGA
genotyp hlásené u 28% a 36%, resp. Podobnosť s genotypom uvedeným v troch štúdiách môže byť vysvetlená primárna geografickej vplyv významný v adaptácii organizmu na životné prostredie a klimatické podmienky [13], a to napriek zjavné rozdiely v hostiteľských životného štýlu v dvoch susedných krajín. Úzka podobnosť kmeňov v susedných krajinách bola tiež hlásená v Bangladéši a Kalkata, India [3, 17], čo je celkom pravdepodobné, že uvažuje o blízkosť oboch krajín, podobné fyziologické prostredie a životných štýlov hostiteľa.
Vyššia prevalencia (67% alebo viac) ČAGA
genotypu H. pylori
bol zaznamenaný v Európe, strednej a Južnej Ameriky a východnej Ázie [15]. V krava
s2 alela bola zistená u menej ako 30% populácie štúdie vo väčšine týchto krajín. Prevalencia tohto genotypu podobné súčasnej štúdie (54,7%) boli hlásené v Egypte (50%) [15], zatiaľ čo vyššie ceny (65%) boli hlásené v izraelskej štúdie [11]. Štúdie v Kuvajte oznámil, že boli zistené Vaca
S1 a S2 typy v približne rovnaký počet biopsiou získaných od pacientov Middle-Eastern pôvodu, zatiaľ čo africké Arabi boli prevažne infikované typom s2 [18]. Štúdium genotypov v štyroch rôznych krajinách uviedlo, že ČAGA stroje a Vaca
s1ml iceA1
genotypy boli prevládajúce v oboch Japonsku a Kórei [14], a ČAGA
Vaca
s1m1 , iceA2
genotypy boli často identifikované v Spojených štátoch, zatiaľ čo ČAGA
Vaca
s1m1, iceA2
genotypy boli prevládajúce v Kolumbii. Rovnaká štúdia uvádza vyšší výskyt tohto Vaca
S1 než v Vaca
s2 genotypom a vysokou prevalenciou ČAGA
genotypu; Avšak prevalencia iceA1 stroje a iceA2
genotypy meniť medzi týmito krajinami. Štúdia vykonaná v Anglicku hlásil, že bolo zistené, že krava
s1m1 genotyp byť menej obyčajný v Anglicku [19], zatiaľ čo prevaha iceA1
alel, ČAGA stroje a prítomnosť Vaca
m1 boli pozorované alely. Turecké kmene skúmanej prevažne vlastnil ČAGA
Vaca
s1m1 alebo krava
m2 genotypy, ktoré boli typické genotypy u kmeňov zo západných krajín [20]. Prevaha Vaca
sl /m1 kombinácia alel, a vysoký výskyt ČAGA
génu (87%) boli hlásené aj v Estónsku H. pylori
kmeňov [21]. Na základe
prítomnosť kombinácia z Vaca
s a m alely, na Vaca
S1 alela bola významne spojené s Vaca
M1 (P Hotel &0,0001), a rovnaký asociácia bola pozorovaná medzi v Vaca
s2 a Vaca
m2 (Hotel <P 0,0001) alely. Avšak, detekcia oboch krava
S1 a krava
m2 alel bola nezávisle na sebe (P Hotel &0,05). V krava
s1m2 genotyp bol zistený iba u 2/26 (7,7%) zo Vaca
sm kombináciu. Okrem toho neexistuje významná súvislosť medzi krava
S2 a krava
m1, čo znamená, že detekcia každej alely bol nezávislý na druhý (P Hotel &0,05). Toto zistenie môže vysvetliť absencii kombinovaného S2 /m1 genotypu z izolátov v štúdii, ktorá bola predtým oznámených [22, 23]. Avšak, prvý prípad Vaca
S2M1 H. pylori
izolovať bol zaznamenaný v vredu dvanástnika pacienta z Južnej Afriky [24].
Významnú súvislosť medzi Vaca
s1 alely a ČAGA
genotyp (47,1%), v našej štúdii bola tiež hlásená u 50% izraelských a egyptských izolátov [13, 14]. Združením viac ako 85% izolátov bolo hlásené v iných krajinách [15, 22], čo potvrdzuje, že tieto dva markery sú úzko súvisí. Naše štúdie nepreukázali žiadne významné spojenie v detekcii dvoch genotypov v rovnakej izolovať ako je napríklad ČAGA
s ICEA
2, Vaca
m2 alela s genotypom ICEA
2 a Vaca
s2, m2 alely s ICEA
2. oznamujúce, že odhalenie jedného génu bol nezávislý na strane druhej. Okrem toho detekcia kombinovaného Vaca
S1 M1 a ICEA
2. genotypy niekoľkých biopsiu bol nevýznamný (P Hotel > 0,05), čo naznačuje, že detekcia ICEA
2 bol nezávislý na Vaca
genotypy. Rovnaké závery boli zaznamenané aj predchádzajúce štúdie [22]. Žiadny z kmeňov malo viac vac
genotypov, ktoré boli hlásené v iných krajinách, ako je severnej časti Južnej Ameriky [15].
Ženy boli častejšie nesúci Vaca
s2, a Vaca
m2 genotypy (65% a 75%, v danom poradí) v porovnaní s (42% a 25%) u psov. IceA2
(55,5%), ČAGA
(55,2%), a Vaca
S1 (53%) genotypy boli detekované viac u mužov ako u žien. Pohlavie pacienta a detekciu niektorých genotypov alebo kombinácie genotypov neboli významne spojené. Okrem toho H. pylori
genotypov (P Hotel > 0,05). A detekciu viac ako jednej genotypu nemala žiadny významný vzťah s vekom alebo pohlavím pacienta
celkovo pozitívne výsledky PCR bola vykonávaná vysoko spojený (P Hotel < 0,02) s výsledkami histologických. Rozdiely v histológiu a výsledky PCR môže byť spôsobené škvrnami distribúciu H. pylori
v žalúdku. Okrem toho falošne negatívne môže byť problém v genotypu z biopsiou keďže sa zistilo, že niektoré biopsia obsahujú retardéry PCR [25]. Okrem toho testovanie viac viac biopsiou histologicky v porovnaní s jedným pomocou PCR zvýšila možnosť nájsť baktérie, a vysvetľuje ďalšie pozitívne výsledky získané histológia (77,5%), v porovnaní s PCR (44%). Ošetrenie pacientov s inhibítory protónovej pumpy, antacidá, alebo anti-H. pylori
terapia môže mať viesť k negatívnym výsledkom pri skúškach vykonaných u týchto pacientov [26].
Záver
jordánskych kmene skúmali prevažne vlastnil iceA2
alely, na Vaca
s2 alela bola rozpozná viac, než je krava
s1 alely, zatiaľ čo ČAGA
genotypu bola nízka. Detekcia niektorých genotypov môže byť spojená so sebou. Znázorňujú výsledky geografickej povahy genetickej diverzity H. pylori
, ako identifikovanej genotypy sú podobné ako v susedných krajinách.
Táto štúdia poskytuje základný rámec H. pylori
genotypy určené v žalúdočné biopsia, ktoré slúžia ako silný epidemiologický nástroj pre potenciálnych vyšetrovanie s cieľom lepšie pochopiť genetickej diverzity pôvodca infekcie.
vyhlásenie
Poďakovanie
autori poďakoval gastroenterologists a sestry v oddelení endoskopia u kráľa Abdalláha a Princezná Basma nemocnice, ktorí pomáhali pri odbere vzorky. Štúdia bola podporená grantom/04 z dekanstva výskumu Jordan University of Science & Technology.
Protichodnými záujmami
autora (ov), vydajú vyhlásenie, že nemajú žiadne protichodné záujmy.

• Liečba malígny žalúdočné obštrukcie s stentov: Vyhodnotenie hlásených premenných pre klinickú outcome
• Účinnosť predoperačné PET /CT pre predikciu liečiteľnosti v chirurgii pre lokálne pokročilého karcinómu žalúdka