Helicobacter pylorigenotypes im Magen-Biopsien von jordanischen patients

identifiziert Helicobacter pylori
Genotypen in Magenbiopsieproben von jordanischen Patienten identifiziert
Zusammenfassung
Hintergrund
die genetische Diversität von Helicobacter pylori
kann auf zwei verschiedenen analysiert werden Ebenen: die genomische Variation zwischen Stämmen von verschiedenen Individuen und die Variation in Bakterienpopulationen innerhalb eines einzelnen Host stammen. Wir berichteten zum ersten Mal die H. pylori
Genotypen in jordanischen Patienten mit Magen-Darm-Erkrankungen.
Methoden
Obere Endoskopie auf 250 Patienten mit Symptomen einer Magen-Darm-Erkrankungen durchgeführt wurde. Mehrere Magen-Biopsien wurden aus dem Antrum entnommen. Alle Biopsien wurden mittels PCR getestet für die H. pylori
Virulenzgene vacA
, CagA
und ICEA
und 151 histologisch untersucht wurden.
Ergebnisse | Die positiven Biopsien für H. pylori und Videos PCR waren 110/250 (44%) und durch Histologie 117/151 (77,5%), und wurden diese Ergebnisse hoch assoziiert (P
< 0,02). Die Analysen der Virulenz-Gene ergab, dass iceA2
(73,6%) der vorherrschende Genotyp war, das Allel s2 vacA
häufiger als das Allel s1
vacA identifiziert wurde, während die CagA
Genotyp niedrig war (26,4 %). Das Vorkommen bestimmter Genotypen miteinander, aber die Anwesenheit von bestimmten Genotypen in Verbindung gebracht werden war nicht signifikant mit dem Alter verbunden sind, oder Geschlecht des Patienten.
Fazit
Die Ergebnisse der geografischen Beschaffenheit der genetischen Vielfalt der Veranschaulichung H. pylori
, wie die identifizierten Genotypen sind ähnlich wie in den Nachbarländern berichtet. Diese Studie liefert eine Ausgangsdaten von H. pylori
Genotypen in Magenbiopsieproben aus Jordanien identifiziert, als ein mächtiges epidemiologische Instrument für die prospektive Untersuchungen dienen, um besser die genetische Vielfalt dieser Erreger zu verstehen.
Hintergrund Helicobacter pylori
ist ein Magen-Erreger, die chronisch mehr als die Hälfte aller Menschen weltweit infiziert. In den Entwicklungsländern 70 bis 90% der Bevölkerung trägt H. pylori
; fast alle diese erwerben die Infektion vor dem Alter von 10 Jahren [1]. In den entwickelten Ländern ist die Prävalenz niedriger, im Bereich von 25 bis 50% (8) [1], aufgrund der verbesserten sozioökonomischen Bedingungen in den letzten Jahrzehnten [2]. Deshalb wird in den Entwicklungsländern H. pylori
Infektion zu Mangelernährung bei Kindern beitragen können und das Risiko oder die Schwere der Infektion durch andere Magen-Darm-Krankheitserreger wie Vibrio cholerae erhöhen
[3]. Die meisten infizierten Personen sind asymptomatisch oder haben chronische Gastritis [1, 4]. Die Unterschiede in der Krankheitsverlauf kann das Ergebnis einer Reihe von Faktoren, die umfassen; Wirtsfaktoren, Umweltfaktoren und Unterschiede in der Häufigkeit oder die Expression von bakteriellen Virulenzfaktoren [4, 5]. Die genetische Diversität von H. pylori
auf zwei verschiedenen Ebenen analysiert werden kann: die genomische Variation zwischen Stämmen von verschiedenen Individuen und die Variation in Bakterienpopulationen innerhalb eines einzelnen Host stammen, [6]. zufällig amplifizierte polymorphe DNA-PCR und DNA-Fingerprinting Durch die Verwendung wurde gezeigt, dass Stämme von nicht verwandten infizierten Patienten einzigartige Fingerabdrücke hatte, während von Familienmitgliedern isolierten Stämme sehr ähnlich waren aber nicht identische Muster [7]. Diese Ergebnisse angedeutet, dass Unterschiede beobachtet zwischen den Stämmen infizieren einzelnen Familienmitglieder nach der Primärinfektion aufgetreten. Solche genetischen Vielfalt kann unter H. pylori
Virulenz-Gene beobachtet werden; CagA
, vacA
und ICEA
.
Ein vacuolating cytotoxin die Epithelzellen verletzt wird durch vacA
Gen kodiert [8, 9], die mindestens zwei variablen Teile [10] . Die vacas
Region (die das Signalpeptid codiert) existiert als s1 oder s2 allelische Typen unter Typ s1 Stämmen Subtypen s1a, s1b, und S1C sind identifiziert worden [11]. Die m (Mitte) Region tritt als them1 oder m2 Allel-Typ, bei Typ m2 wurden zwei Subtypen wurden m2a und M2b identifiziert, bezeichnet. Im allgemeinen Typ s1 m1 und Typ s1 m2 Stämme produzieren hohe und moderate Mengen an Toxin bzw. während s2 m2 Stämme wenig oder novacuolating Toxinaktivität zeigen [10].
ICEA
Gen-Codierung für eine vermeintliche Einschränkung Allelvariation zeigt nach Punktmutation Enzym, das induziert wird angezeigt, wenn H. pylori
Epithelzellen trifft, was zu zwei allelen Typen, die iceA1 Karten und iceA2
[6]. Eine Untersuchung von H. pylori
Infektion bei Patienten zu einer oberen gastrointestinalen Endoskopie in Jordan unterworfen berichteten hohen Prävalenz [12], und bestätigte, dass die Präsenz signifikant mit Gastritis und Magengeschwüren assoziiert war. Die aktuellen Studienberichte zum ersten Mal in Jordanien die H. pylori
Genotypen in Magenbiopsieproben identifiziert.
Methoden
Patienten
insgesamt 250 konsekutiven Patienten, die König Abdullah Krankenhaus besuchte, und Prinzessin Basma Krankenhaus zwischen Juli 2003 und Mai 2004 für die obere Endoskopie wurden in die Studie aufgenommen. Diese beiden Universitätskliniken sind mit dem Unternehmen assoziiert Jordan University of Science and Technology, in denen die Studie durchgeführt wurde. Biopsien wurden aus dem Antrum entnommen. Die Studie wurde von der Ethikkommission der Universität genehmigt. Jeder Patient unterzeichnete eine schriftliche Einverständniserklärung vor der Probensammlung und alle klinischen Proben wurden getestet Under
Daten
Die Informationen in der Pathologie zur Verfügung gestellt Berichte oder Patientenakten wurde für jeden Patienten aufgezeichnet, die enthalten:. Patienten Krankenhaus Nummer , Alter, Geschlecht, Geschichte, klinische Diagnose basierend auf Histologie, Endoskopie und vorherige Behandlung (beispielsweise anti-H. pylori
, hatte drei Protonenpumpenhemmer oder Antazida). Die Symptome der Patienten berichtet, die oberen gastrointestinalen Endoskopie unterzogen waren Bauchschmerzen, Magenschmerzen, Erbrechen oder Sodbrennen.
Histologische Untersuchungen
histologische Untersuchung auf 151 (60,4%) antralen Biopsien durchgeführt wurde. Fünf Proben aus dem Antrum Schleimhaut wurden mit mittelgroßen Zange genommen. Zwei Proben wurden in Paraffin eingebettet und der Paraffinschnitte wurden gefärbt unter Verwendung von Hämatoxylin-Eosin und Giemsa Methoden. Die Schleimhaut-Proben wurden histologisch nach der Sydney Klassifizierung bewertet. Codierte Dias wurden mikroskopisch von einem einzigen Pathologen untersucht eine hohe Leistung mit (Vergrößerung × 400) und mindestens fünf Hochleistungsfeldern untersucht.
PCR-basierte Genotypisierung von drei Virulenzgene
Alle 250 Biopsien getestet durch PCR wurden bei -80 ° C in 70% Ethanol in Eppendorf-Röhrchen aufbewahrt, bis sie verarbeitet werden. Diese Biopsien enthalten die 151 Biopsien, die durch die Histologie wurden getestet.
Die Biopsieproben wurden mit einem sterilen Mikro Stößel homogenisiert, und die DNA wurde unter Verwendung von Wizard Genomic DNA Purification Kit extrahiert (Promega, Madison, WI, USA) nach den Anweisungen des Herstellers für die Reinigung von DNA aus tierischem Gewebe. Die Anwesenheit von H. pylori und Videos getrennte PCRs zielte auf die CagA
erkannt wurde, vacA
s und m Regionen und ICEA
Genotypen durch separate iceA1
bestimmt wurden - und iceA2
-spezifische PCRs wie zuvor beschrieben [13, 14]. Fünf artspezifischen Primer-Sets (alpha-DNA, Montreal, Kanada) verwendet wurden innerhalb der angegebenen Gene hochkonservierten Regionen zu verstärken.
Statistische Analyse
Die Assoziation zwischen Histologie und PCR-Ergebnisse, und die Assoziation zwischen Genotypen wurde analysiert die Fisher-und Chi-Quadrat-Tests Statistikpaket für Sozialwissenschaften (SPSS Inc. Chicago, Illinois USA). Der Unterschied im Durchschnittsalter zwischen Männern und Frauen durch die Unabhängigkeit Probe t-Test berechnet.
Ergebnisse | Diagnose von H. pylori
auf Histologie beruhte, und PCR-Methode.
Histologische Befunde
die histologische Untersuchung der Biopsien zeigte, dass 151 117 (77,5%) Patienten für H. pylori positiv waren
wurden daher tatsächlich infiziert und 34 (22,5%) waren negativ.
Virulenzfaktoren
die Anwesenheit der cagA
, vacA
s und m Regionen und die iceA1
- und iceA2
Gene wurden in allen 250 Biopsien untersucht. Die Biopsien, die PCR positiv für einen oder mehrere der Gene waren 110 (44%) und 140 (56%) für alle Gene negativ waren
Das männliche. Weiblichen Verhältnis der Patientenpopulation 58/110 war (52,7 %) männer: 52/110 (47,3%) Frauen; (Alter 42,03 + 15,135 Jahre bedeuten, Bereich, 17-67 Jahre)
H. pylori-Genotypen
Die Ergebnisse der Genotypisierung in 110 Biopsien sind in Tabelle 1.Table 1 Prävalenz von Helicobacter pylori
Genotypen nachgewiesen. in 110 Biopsien
Genotype
Prävalenz (%)
vacA
s1
34 (45,3)
vacA
s2
41 (54,7)
vacA
m1
23 (48,9)
vacA
m2
24 (51,1)
vacA
S1M1
12 (46,2 )
vacA
S2M2
12 (46,2)
vacA
s1m2
2 (7.7)
vacA
S2M1
0 (0.0)
cagA
29 (26,4)
iceA1
0 (0.0)
iceA2
81 (73,6)
vacA Genotypen, die Größen der verstärkt Produkte für vacA
s1 und s2 vacA
sind 259 bp und 286 bp auf. Die Intensitäten der Produkte variierte zwischen Proben. Die vacA
s Region wurde in 75/110 (68,2%) Biopsien verstärkt. Die s1 Variante wurde in 34/75 (45,3%) oder 34/110 (30,9%), im Vergleich zu der Variante s2 erfaßt, die in 41/75 (54,7%) festgestellt wurde, oder 41/110 (37,3%) von die Biopsien. Die vacA
m Region wurde in 47/110 (42,7%) Biopsien nachgewiesen. Die m1-Variante wurde in 23/47 (48,9%) oder 23/110 (20,9%), im Vergleich zu m2 Variante nachgewiesen in 24/47 (51%) oder 24/110 (21,8%) festgestellt.
Eine Kombination der vacA
s und m Regionen wurde in 26/110 (23,6%) der Biopsien nachgewiesen. Sowohl vacA
S1M1 und vacA
S2M2 wurden in etwa gleichen Mengen in 12/26 (46,2%) festgestellt, der vacA
sm Genotyp oder 12/110 (10,9%), während vacA
s1m2 wurde in nur 2/26 (7,7%) des vacA
sm Genotyp oder 2/110 (1,8%) festgestellt. Keiner der Biopsien zeigte die vacA
S2M1 Genotyp oder mehrere Genotypen.
CagA Genotyp
Die Größe des amplifizierten Produkts
cagA war 349 bp. Die CagA
Genotyp wurde in 29/110 (26,4%) festgestellt, und 81 (73,6%) waren negativ.
Die Assoziation zwischen den CagA und vacAs1 Genotypen
Die CagA
Genotyp in 8 festgestellt wurde /17 (47,1%) des Genotyps s1
vacA, im Vergleich zu nur 2/20 (10%) des Genotyps vacA
s2.
ICEA Genotyp
Keiner der 110 Biopsien ICEA zeigte
Genotyp 1, während 81 (73,6%) zeigten die iceA2
Genotyp. Die iceA2
Amplifikation sowohl die 229 bp und 334 bp Fragmente ergeben, diese Differenz in der Fragmentgröße ist auf die Anwesenheit eines 105 bp in - Rahmen vorhanden Amplikon in dem 334 bp-Fragment, das in dem 229 bp-Fragment fehlt [ ,,,0],15].
die Assoziation zwischen den Genotypen und Geschlecht
Obwohl bestimmte Genotypen mehr in einem Geschlecht als das andere nachgewiesen wurden, wurde ihre Anwesenheit nicht signifikant mit dem Alter verbunden sind, oder Geschlecht des Patienten. Die Genotypen, die mehr bei Männern nachgewiesen wurden als die Weibchen die vacA
waren s1 9/17 (53%), CagA
16/29 (55,2%), iceA2
45/81 (55,5%), vacA
S1M1 7/12 (58,3%) und die S1-cagA
Genotypen 6/8 (75%)
kombiniert vacA. Die Genotypen, die mehr bei Frauen festgestellt wurden, waren die vacA
s2 11/19 (65%), vacA
m2 15/20 (75%), vacA
S2M2 8/11 (72,7%) und die kombinierte vacA
s2 cagA
Genotypen 2/2 (100%). Die vacA
m1 und vacA
s1m2 Genotypen wurden in annähernd gleicher Menge bei beiden Geschlechtern nachgewiesen
statistische Analyse
Die insgesamt positive PCR-Ergebnisse wurden hoch assoziiert (P
< 0,02). Mit Histologie Ergebnisse. Analyse von Daten, die einen signifikanten Zusammenhang zwischen den gleichzeitigen Nachweis von sowohl cagA Karten und vacA
s1 Genotypen zeigten (P
= 0,026), wobei die Kombination der beiden vacA
S1 und der vacA
m1 Genotypen (P
< 0,0001), und die Kombination der beiden vacA
S2 und dem vacA
m2 Genotypen (P
< 0,0001). Auf der anderen Seite wurde zwischen der Erfassung der beiden vacA
s2 und CagA
Genotypen (P
= 0,102), die Erfassung von mehr als einem Genotyp entweder mit Alter oder Geschlecht (P keine Assoziation beobachtet
> 0,05), die Kombination aus sowohl der vacA
S1 und die vacA
m2 Genotypen (P
> 0,05), und die Kombination von sowohl der vacA
s2 und dem vacA
m1 Genotypen (P
> 0,05).
Diskussion
die vorliegende Studie berichtet über die vacA
, cagA
und ICEA
Genotypen von H. pylori
dass wurden in Magenbiopsien identifiziert. Obwohl alle Stämme eine Kopie des vacA Gen tragen, entweder mit der S1 oder S2-Signalsequenzen, die vacA
s Region wurde in 75/110 (68,2%) Biopsien verstärkt. Ähnliche Ergebnisse in anderen Studien berichtet wurden anzeigt, dass zusätzliche Unterfamilien von s und m Genotypen neben den bekannten existieren können [16]. Die vorherrschende Genotyp in den 110 Biopsien
, die für H. positiv durch PCR-pylori
war die iceA2
(73,6%), von der Vacas
Genotyp (68,2%), gefolgt; 34 (45,3%) dieser das Allel s1
vacA waren, und 41 (54,7%) waren die vacA
s2 Allel, während die cagA
Genotyp nur in 29/110 (26,4%) amplifiziert wurde von die Biopsien. Unsere Ergebnisse sind in Übereinstimmung mit anderen Studien über die israelischen Kindern durchgeführt [13], und ägyptischen Patienten [15], wobei das CagA
Genotyp in 28% berichtet wurde, bzw. 36%. Die Ähnlichkeit der identifizierten Genotypen in den drei Studien erläutert wichtig durch eine primäre geographischen Einfluss könnte in der Anpassung des Organismus an die Umgebung und klimatischen Bedingungen [13], trotz der offensichtlichen Unterschiede in Wirts Lebensstil in zwei Nachbarländern. Die Ähnlichkeit der Stämme in den Nachbarländern wurde auch in Bangladesch und Kalkutta, Indien [3, 17] berichtet, die sehr wahrscheinlich die Nähe der beiden Länder unter Berücksichtigung der ähnlichen physiologischen Umgebungen und Lebensstile des Wirtes.
Höhere Prävalenz (67% oder mehr) des Genotyps in H.
cagA pylori
wurde in Europa, Mittel- und Südamerika und Ostasien [15] berichtet. Die vacA
s2-Allel wurde in weniger als 30% in der untersuchten Population in den meisten dieser Länder festgestellt. Die Prävalenzraten dieses Genotyps ähnlich der aktuellen Studie (54,7%) wurden in Ägypten (50%) [15] berichtet, während höhere Raten (65%) wurden in der israelischen Studie [11] berichtet. Eine Studie in Kuwait berichtet, dass vacA
s1 und s2 Arten erfasst wurden etwa zu gleichen Teilen in Biopsien von Patienten aus dem Mittleren Osten Ursprungs gewonnen wird, während afrikanische Araber mit dem s2 Typ überwiegend infiziert waren [18]. Eine Studie von Genotypen in vier verschiedenen Ländern berichtet, dass die CagA
und vacA
s1ml iceA1
Genotypen dominierten in Japan und Korea [14] und das CagA
, vacA
S1M1 wurden iceA2
Genotypen häufig in den Vereinigten Staaten auf, während das cagA
, vacA
S1M1, iceA2
Genotypen in Kolumbien vorherrschend waren. Die gleiche Studie berichtet höhere Prävalenz der vacA
s1 als die vacA
s2 Genotyp und einer hohen Prävalenz der CagA
Genotyp; jedoch Genotypen die Prävalenz des iceA1
und iceA2
unter diesen Ländern variiert. Eine Studie in England durchgeführt berichtet, dass die vacA
S1M1 Genotyp als weniger häufig in England [19] festgestellt wurde, während ein Vorherrschen von iceA1
Allele cagA
, und die Anwesenheit von vacA
m1 Allelen beobachtet. Türkisch-Stämme untersucht besaß überwiegend das CagA
, vacA
S1M1 oder vacA
m2 Genotypen, die die typischen Genotypen in den Stämmen aus westlichen Ländern waren [20]. Die Dominanz der vacA
sl /m1 Allel-Kombination und eine hohe Prävalenz der CagA
Gen (87%) wurden ebenfalls in Estland H. pylori-Stämme
berichtet [21]. Vergleich basierend auf das Vorhandensein einer Kombination aus der vacA
s und m-Allele wurde das vacA
s1-Allel signifikant mit vacA
m1 (P
< 0,0001), und die gleiche Assoziation wurde beobachtet zwischen vaca
s2 und der vacA
m2 (P
< 0,0001) Allele. der Nachweis von sowohl vacA jedoch
s1 und vacA
m2 Allele war unabhängig voneinander (P
> 0,05). Die vacA
s1m2 Genotyp wurde nur in 2/26 (7,7%) festgestellt der vacA
sm Kombination. Darüber hinaus gab es keinen signifikanten Zusammenhang zwischen der vacA
s2 und vacA
m1, was bedeutet, dass die Erfassung jedes Allel war unabhängig von dem anderen (P
> 0,05). Diese Feststellung kann das Fehlen des kombinierten s2 /m1 Genotyp von den Isolaten in der Studie erklären, die früher berichtet wurde [22, 23]. Allerdings ist der erste Fall von vacA
S2M1 H. pylori
Isolat wurde in einem Zwölffingerdarmgeschwür Patienten aus Südafrika [24].
Die signifikante Assoziation zwischen dem Allel und CagA s1
vacA berichtet
Genotyp (47,1%) in unserer Studie wurde auch in 50% der israelischen und ägyptischen Isolate [13, 14] berichtet. Eine Vereinigung von mehr als 85% der Isolate wurde in anderen Ländern [15, 22], was bestätigt, dass die beiden Markierungen sind eng verwandt berichtet. Unsere Studie zeigte keine signifikante Assoziation bei der Erkennung von zwei Genotypen in demselben Isolat wie die CagA
mit dem ICEA
2, die vacA
m2 Allel mit dem ICEA
2 Genotyp und der vacA
s2, m2 Allele mit dem Icea
2 anzeigt, dass der Nachweis eines Gens war unabhängig von der anderen. Darüber hinaus war die Erfassung des kombinierten vacA
s1 m1 und Icea of ​​2-Genotypen in wenigen Biopsien unbedeutend (P
> 0,05), was anzeigt, dass der Nachweis von Icea
2 war unabhängig von der vacA
Genotypen. Die gleichen Ergebnisse wurden von einer früheren Studie [22] berichtet. Keiner der Stämme hatten mehrere vac TÜV-Genotypen, die in anderen Ländern wie dem nördlichen Südamerika berichtet wurden [15].
Frauen wurden oft die vacA
s2 trägt und die vacA
m2 Genotypen (65% und 75% betragen) im Vergleich zu (42% und 25%) bei Männern. Die iceA2
(55,5%), CagA
(55,2%) und vacA
s1 (53%) Genotypen wurden mehr bei Männern als bei Frauen nachgewiesen. Das Geschlecht des Patienten und den Nachweis bestimmter Genotypen oder einer Kombination von Genotypen wurden nicht signifikant assoziiert. Darüber hinaus ist die H. pylori
Genotypen (P
> 0,05)., Und die Erfassung von mehr als einem Genotyp entweder mit Alter oder Geschlecht des Patienten keine signifikante Assoziation hatte
Die insgesamt positive PCR-Ergebnisse waren hoch assoziiert (P
< 0,02) mit der Histologie Ergebnisse. Die Unterschiede in der Histologie und PCR Ergebnisse können auf die fleckige Verteilung des H. pylori
im Magen liegen. Außerdem könnte falsch-negative Ergebnisse ein Problem in der Genotypisierung von Biopsien, da wurden einige Biopsien gefunden Verbindungen enthält, um die PCR-Hemmung [25]. Zusätzlich testet mehr multiple Biopsien histologisch im Vergleich zu einem durch PCR erhöht die Möglichkeit, das Bakterium zu finden, und erläutert die weitere positive Ergebnisse durch Histologie (77,5%) erhalten, im Vergleich zu PCR (44%). Die Behandlungen von Patienten mit den Protonenpumpenhemmern, Antazida, oder Anti-H. pylori
Therapie bei diesen Patienten [26] durchgeführt, führen zu der negativen Ergebnisse in den Tests haben.
Fazit
überwiegend geprüft jordanischen Stämme, die das iceA2
Allel besaßen, die vacA
s2 Allel war mehr als die vacA
s1-Allel nachgewiesen, während der cagA
Genotyp niedrig war. Der Nachweis von bestimmten Genotypen könnten miteinander verbunden sein. Die Ergebnisse zeigen die geografische Beschaffenheit der genetischen Vielfalt von H. pylori
, wie die identifizierten Genotypen sind ähnlich wie in den Nachbarländern berichtet.
Diese Studie einen Basisrahmen von H. pylori bietet
Genotypen identifiziert in Magen-Biopsien, als ein mächtiges epidemiologische Instrument für die prospektive Untersuchungen dienen, um besser die genetische Vielfalt dieser Erreger zu verstehen.
Erklärungen
Danksagung
die Autoren der Gastroenterologen und Krankenschwestern, die in der Abteilung für Endoskopie am König Abdullah danken und Prinzessin Basma Krankenhäuser, die in der Probensammlung geholfen. Die Studie wurde von Grant/04 vom Dekanat der Forschung an der Jordan University of Science &unterstützt; Technologie.
Interessen Konkurrierende
Der Autor (en) erklären, dass sie keine Interessenkonflikte haben.

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