pylorigenotypes Helicobacter identificati in campioni bioptici gastrici da pazienti giordani

Helicobacter pylori
genotipi identificati nei campioni bioptici di pazienti gastrici giordani
Abstract
sfondo
la diversità genetica di Helicobacter pylori
possono essere analizzati a due livelli diversi: la variazione genomica tra i ceppi provenienti da diversi individui, e la variazione di popolazioni batteriche all'interno di un singolo host. Abbiamo riportato per la prima volta la H. pylori
genotipi in pazienti giordani con malattie gastrointestinali.
Metodi
endoscopia superiore è stata effettuata su 250 pazienti con sintomi di malattie gastrointestinali. Più campioni bioptici gastrici sono state prese da l'antro. Tutte le biopsie sono state testate mediante PCR per la H. pylori
geni di virulenza vacA
, cagA
, e Icea
, e 151 sono stati testati da istologia.
Risultati
Le biopsie positive per H. pylori
da PCR erano 110/250 (44%), e per l'istologia 117/151 (77,5%), e questi risultati sono stati altamente associati (P ​​
< 0,02). L'analisi dei geni di virulenza rivelato che iceA2
(73,6%) è stato il genotipo predominante, il
vacA s2 allele era più frequentemente identificato rispetto al
vacA s1 allele, mentre il cagA
genotipo era bassa (26,4 %). La presenza di certi genotipi può essere associato con l'altro, ma la presenza di taluni genotipi non era significativamente associato con l'età o sesso del paziente.
Conclusione
I risultati illustrano la natura geografica della diversità genetica delle H. pylori
, come i genotipi individuati sono simili a quelli riportati nei paesi vicini. Questo studio fornisce un dato di base di H. pylori
genotipi identificati nei campioni bioptici gastrici dalla Giordania, che serve come un potente strumento epidemiologico per i potenziali indagini per capire meglio la diversità genetica di questo patogeno.
Sfondo
Helicobacter pylori
è un agente patogeno che infetta gastrica cronicamente più della metà di tutte le persone in tutto il mondo. Nei paesi in via di sviluppo, il 70-90% della popolazione porta H. pylori
; quasi tutti questi acquisiscono l'infezione prima dei 10 anni [1]. Nei paesi sviluppati, la prevalenza è più bassa, che vanno da 25 a 50% (8) [1], grazie alle migliorate condizioni socioeconomiche negli ultimi decenni [2]. Pertanto H. pylori
infezione nei paesi in via di sviluppo può contribuire alla malnutrizione infantile e aumentare il rischio o la gravità di infezione da altri patogeni gastrointestinali come Vibrio cholerae
[3]. La maggior parte degli individui infetti sono asintomatici o hanno gastrite cronica [1, 4]. Le differenze di risultato malattia possono essere il risultato di una serie di fattori che includono; fattori dell'ospite, fattori ambientali, e le differenze nella prevalenza o l'espressione di fattori di virulenza batterici [4, 5]. La diversità genetica di H. pylori
possono essere analizzati a due livelli diversi: la variazione genomica tra i ceppi provenienti da diversi individui, e la variazione nelle popolazioni batteriche all'interno di un singolo host [6]. Utilizzando amplificato in modo casuale polimorfici DNA-PCR e impronta digitale del DNA, è stato dimostrato che i ceppi di pazienti infetti non imparentati avevano impronte digitali uniche, mentre i ceppi isolati da membri della famiglia hanno avuto molto simile, anche se non identici modelli [7]. Questi risultati implicavano che le differenze osservate tra i ceppi che infettano singoli membri della famiglia si sono verificati dopo l'infezione primaria. Tale diversità genetica può essere osservata tra H. pylori
geni di virulenza; cagA
, vacA
, e Icea
.
Una citotossina vacuolizzante che danneggia le cellule epiteliali è codificate da vacA
gene [8, 9], che contiene almeno due parti variabili [10] . I Vacas
regione (che codifica per il peptide segnale) esiste come tipi alleliche S1 o S2, tra i ceppi di tipo S1, sottotipi S1A, S1B, e S1c sono stati identificati [11]. L'(al centro) regione m si verifica come them1 o il tipo allelica m2, tra m2, sono stati identificati due sottotipi, m2a e M2B designato. In generale, il tipo s1 m1 e tipo ceppi s1 m2 producono livelli elevati e moderati di tossina, rispettivamente, mentre i ceppi m2 S2 mostrano attività tossina poco o novacuolating [10].
Il gene ICEA
, codifica per una restrizione putativo enzima, che sembra essere indotta quando H. pylori
incontra le cellule epiteliali mostra variante allelica in base alla mutazione puntiforme, con conseguente due tipi alleliche, il iceA1
e iceA2
[6]. Uno studio di H. pylori
infezione in pazienti sottoposti ad una endoscopia gastrointestinale superiore in Giordania ha registrato un'alta prevalenza [12], e ha confermato che la sua presenza era significativamente associato con gastrite e ulcera peptica. Le relazioni di studio correnti per la prima volta in Giordania H. pylori
genotipi identificati nei campioni bioptici gastrici.
Metodi
pazienti
Un totale di 250 pazienti consecutivi che ha visitato il re Abdullah Hospital, e la principessa Basma Ospedale tra il luglio 2003 e maggio 2004, per l'endoscopia superiore sono stati arruolati nello studio. Questi due ospedali di insegnamento sono affiliati con la Giordania l'Università di Scienza e Tecnologia, in cui è stato condotto lo studio. campioni bioptici sono state prese da l'antro. Lo studio è stato approvato dal Comitato Etico dell'Università. Ogni paziente ha firmato un consenso informato scritto prima della raccolta del campione, e tutti i campioni clinici sono stati analizzati Undercode
dati
Le informazioni fornite nelle relazioni di patologia o file dei pazienti è stato registrato per ogni paziente, che comprendeva:. Numero ospedale del paziente , l'età, il sesso, la storia, la diagnosi clinica sulla base di istologia, l'endoscopia, e il trattamento precedente (ad esempio, anti-H. pylori
, tre avevano inibitori della pompa protonica o antiacidi). I sintomi riferiti dai pazienti, sottoposti a endoscopia gastrointestinale superiore sono stati dolore addominale, dolore epigastrico, vomito, bruciore di stomaco o.
Esami istologici
esame istologico è stato effettuato su 151 (60,4%) campioni bioptici antrali. Cinque campioni dalla mucosa dell'antro sono state scattate con una pinza di medie dimensioni. Due campioni sono stati inclusi in paraffina e le sezioni di paraffina sono state colorate con ematossilina-eosina e metodi di Giemsa. I campioni sono stati valutati mucosa istologicamente secondo la classificazione Sydney. vetrini codificati sono state esaminate al microscopio da un singolo patologo utilizzando una potenza elevata (ingrandimento, × 400), e almeno cinque campi ad alta potenza sono stati esaminati. genotipizzazione
PCR basata su tre geni di virulenza impara tutte le 250 biopsie testati mediante PCR sono stati conservati a -80 ° C in 70% di etanolo in tubi eppendorf fino trasformati. Queste biopsie inclusi i 151 biopsie che sono stati testati per l'istologia.
I campioni bioptici sono stati omogeneizzati con un sterili micro pestello, e il DNA è stato estratto utilizzando guidata DNA genomico kit di purificazione (Promega, Madison, WI, USA), seguendo le istruzioni del produttore per la purificazione di DNA da tessuti animali. La presenza di H. pylori
è stato rilevato dal PCR separati miranti alla cagA
,
vacA s e le regioni M e ICEA
genotipi sono stati determinati da separato iceA1
- e iceA2
PCR specifico d'descritto in precedenza [13, 14]. Cinque set di primer specifici specie-(DNA alfa, Montreal, Canada) sono stati utilizzati per amplificare regioni altamente conservate all'interno dei geni indicati.
Analisi statistica
L'associazione tra istologia e risultati PCR, e l'associazione tra i genotipi è stato analizzato utilizzando pacchetto statistico precisa e test chi-quadro di Fisher per le scienze sociali (SPSS Inc. Chicago, Illinois USA). La differenza di età media tra maschi e femmine è stato calcolato campione indipendenza t-test.
Risultati
Diagnosi di H. pylori
era basata su istologia, e PCR metodo.
Reperti istologici
l'esame istologico delle 151 biopsie ha rivelato che 117 (77,5%) pazienti sono risultati positivi per H. pylori
, quindi, sono stati effettivamente infettati, e 34 (22,5%) sono risultati negativi.
fattori di virulenza
la presenza del cagA
,
vacA s e le regioni m e la iceA1
- e iceA2
geni sono stati studiati in tutte le 250 biopsie. Le biopsie che erano PCR positivi per uno o più dei geni erano 110 (44%) e 140 (56%) erano negativi per tutti i geni
Il maschio. Femmina rapporto tra la popolazione di pazienti era 58/110 (52,7 %) maschi: 52/110 (47,3%) femmine; (Età media 42.03 + 15,135 anni, range 17 - 67 anni)
H. pylori genotipi
I risultati di genotipizzazione in 110 biopsie sono presentati nella tabella 1 1.Table Prevalenza di Helicobacter pylori
genotipi rilevati. in 110 biopsie

genotipo
Prevalenza (%)
vacA
s1
34 (45,3)
vacA
s2
41 (54,7)
vacA
m1
23 (48,9)
vacA
m2
24 (51,1)
vacA
s1m1
12 (46.2 )
vacA
s2m2
12 (46,2)
vacA
s1m2 Pagina 2 (7.7)
vacA
S2M1
0 (0.0)
cagA
29 (26,4)
iceA1
0 (0.0)
iceA2
81 genotipi (73,6)
Vaca
le dimensioni del prodotti amplificati per vacA
s1 e s2 vacA
sono 259 bp e 286 bp rispettivamente. Le intensità dei prodotti variavano tra campioni. La regione vacA
s è stato amplificato in 75/110 (68,2%) biopsie. La variante s1 è stata rilevata in 34/75 (45,3%), o 34/110 (30,9%), rispetto alla variante s2, che è stato rilevato in 41/75 (54,7%), o 41/110 (37,3%) di le biopsie. Il vacA
regione m è stato rilevato in 47/110 (42,7%) biopsie. La variante m1 è stato rilevato in 23/47 (48,9%) o 23/110 (20,9%), a fronte di variante m2 rilevata a 24/47 (51%), o 24/110 (21,8%). Una combinazione
della Vaca
s, e le regioni m è stata rilevata in 26/110 (23,6%) delle biopsie. Entrambi vacA
s1m1 e Vaca
s2m2 sono stati rilevati in quantità approssimativamente uguali a 12/26 (46,2%), del vacA
genotipo sm, o 12/110 (10,9%), mentre vacA
s1m2 stata rilevata solo in 2/26 (7,7%) del vacA
genotipo sm, o 2/110 (1,8%). Nessuna delle biopsie ha mostrato la vacA
genotipo S2M1, o più genotipi.
CagA genotipo
Le dimensioni del cagA
prodotto amplificato era 349 bp. Il cagA
genotipo è stato rilevato in 29/110 (26,4%), e 81 (73,6%) sono risultati negativi.
L'associazione tra i genotipi CagA e vacAs1
Il cagA
genotipo è stato rilevato in 8 /17 (47,1%) della
vacA s1 genotipo, rispetto a solo 2/20 (10%) del vacA
s2 genotipo.
genotipo ICEA
Nessuno dei 110 biopsie ha mostrato ICEA
1 genotipo, mentre 81 (73,6%) hanno mostrato la iceA2
genotipo. L'amplificazione iceA2
prodotto entrambi i frammenti 229 bp e 334 bp, questa differenza nella dimensione del frammento è dovuta alla presenza di un 105 bp - cornice amplicone presente nel frammento 334 bp che è assente nel frammento 229 bp [ ,,,0],15].
l'associazione tra i genotipi e genere
Sebbene alcuni genotipi sono stati rilevati più di un sesso rispetto agli altri, la loro presenza non era significativamente associato con l'età, o il sesso del paziente. I genotipi che sono stati rilevati più nei maschi rispetto alle femmine erano la vacA
s1 9/17 (53%), cagA
16/29 (55,2%), iceA2
45/81 (55,5%), vacA
s1m1 7/12 (58,3%), e il combinato Vaca
s1 CagA
genotipi 6/8 (75%). I genotipi che sono stati rilevati più nelle femmine erano la vacA
s2 11/19 (65%), vacA
m2 15/20 (75%), vacA
s2m2 8/11 (72,7%), e il combinato Vaca
s2 CagA
genotipi 2/2 (100%). Il vacA
M1, e Vaca
genotipi s1m2 sono stati rilevati in circa la stessa quantità in entrambi i sessi Analisi statistica
I risultati complessivamente positivi di PCR sono stati altamente associata (P
< 0,02). Con risultati istologici. L'analisi dei dati ha mostrato una significativa associazione tra la rilevazione simultanea di entrambi cagA Comprare e vendere Vaca s1 genotipi (P = 0.026
), la combinazione di entrambi i vacA
S1 e la vacA
m1 genotipi (P
< 0,0001), e la combinazione di entrambi i vacA
s2 e la Vaca
genotipi m2 (P
< 0,0001). D'altro canto, è stata osservata alcuna associazione tra il rilevamento sia del vacA
s2 e CagA
genotipi (P
= 0,102), la rilevazione di più di un genotipo sia con età e sesso (P
> 0,05), la combinazione dei due vacA
s1 e VacA
genotipi m2 (P
> 0,05), e la combinazione di entrambi i vacA
s2 e vacA
genotipi M1 (P
> 0,05).
Discussione
il presente studio riporta sul
Vaca, cagA
, e Icea
genotipi di H. pylori
che sono stati identificati nelle biopsie gastriche. Anche se tutti i ceppi portare una copia del gene Vaca, sia con la S1 o S2 sequenze segnale, la Regione la vacA
s è stato amplificato in 75/110 (68,2%) biopsie. Risultati simili sono stati riportati da altri studi che indicano che possono esistere sottofamiglie supplementari di S e M genotipi accanto quelli noti [16].
Il genotipo predominante nei 110 biopsie che erano positivi per H. pylori
mediante PCR, è stato il iceA2
(73,6%), seguito dai Vacas
genotipo (68,2%); 34 (45,3%) di questi sono stati i
vacA s1 allele, e 41 (54,7%) sono stati i
vacA s2 allele, mentre il cagA
genotipo è stato amplificato solo in 29/110 (26,4%) di le biopsie. I nostri risultati sono in accordo con altri studi condotti su bambini israeliani [13], e pazienti egiziani [15], dove il cagA
genotipo è stato riportato nel 28% e 36%, rispettivamente. La somiglianza dei genotipi identificati nei tre studi potrebbe essere spiegato da una influenza geografica primaria importanza nella adattamento dell'organismo all'ambiente e alle condizioni climatiche [13], nonostante le differenze di accoglienza evidenti nello stile di vita nei due paesi confinanti. La stretta somiglianza dei ceppi nei paesi vicini è stata riportata anche in Bangladesh e Calcutta, in India [3, 17], che è molto probabile considerando la vicinanza dei due paesi, gli ambienti fisiologici simili, e gli stili di vita del paese ospitante.
maggiore prevalenza (67% o più) del cagA
genotipo in H. pylori
è stato segnalato in Europa, Centro e Sud America, e l'Asia orientale [15]. Il vacA
s2 allele è stato rilevato in meno del 30% della popolazione studiata nella maggior parte di questi paesi. I tassi di prevalenza di questo genotipo simile al corso di studio (54,7%) sono stati riportati in Egitto (50%) [15], mentre i tassi più elevati (65%) sono stati riportati nello studio di Israele [11]. Uno studio in Kuwait ha riferito che Vaca
tipi S1 e S2 sono stati rilevati in circa il numero uguale in biopsie ottenute da pazienti di origine mediorientale, mentre gli arabi africani sono stati prevalentemente infettato con il tipo S2 [18]. Uno studio di genotipi in quattro paesi diversi ha riferito che il cagA
, e vacA
iceA1 s1ml
genotipi erano predominante sia in Giappone e Corea [14], e il cagA
, vacA
s1m1 , iceA2
genotipi sono stati spesso identificati negli Stati Uniti, mentre il cagA
, vacA
s1m1, iceA2
genotipi erano predominanti in Colombia. Lo stesso studio ha riportato una maggiore prevalenza della vacA
s1 rispetto al
vacA s2 genotipo, e un'alta prevalenza del cagA
genotipo; Tuttavia, la prevalenza della iceA1
e iceA2
genotipi variavano tra questi paesi. Uno studio condotto in Inghilterra, ha riferito che il vacA
genotipo s1m1 è risultato essere meno comune in Inghilterra [19], mentre una predominanza di iceA1
alleli, cagA
, e la presenza di vacA
m1 sono stati osservati alleli. ceppi turchi esaminati prevalentemente possedevano la cagA
, vacA
s1m1, o Vaca
m2 genotipi, che erano i genotipi tipici nei ceppi provenienti da paesi occidentali [20]. La predominanza del vacA
combinazione allelica sl /M1, e un'alta prevalenza del cagA
gene (87%) sono stati segnalati anche in Estonia H. pylori
ceppi [21]. Sulla base di
la presenza di una combinazione dei vacA
s, e m alleli, il vacA
s1 allele era significativamente associato con vacA
m1 (P
< 0,0001), e la stessa associazione è stata osservata tra il vacA
s2 e la vacA
m2 (P Hotel < 0,0001) alleli. Tuttavia, l'individuazione di entrambi vaca
e Vaca
alleli m2 S1 era indipendenti l'uno dall'altro (P
> 0,05). Il vacA
genotipo s1m2 è stata rilevata solo in 2/26 (7,7%) del vacA
combinazione di sm. Inoltre, non vi era alcuna associazione significativa tra il vacA
s2 e vacA
M1, il che significa che il rilevamento di ogni allele era indipendenti l'uno dall'altro (P
> 0,05). Questa scoperta potrebbe spiegare l'assenza del combinato genotipo s2 /m1 dagli isolati in studio che è stato riferito in precedenza [22, 23]. Tuttavia, il primo caso di vacA
S2M1 H. pylori
isolato è stato riportato in un paziente ulcera duodenale dal Sud Africa [24].
La significativa associazione tra l'allele
vacA s1 e cagA
genotipo (47,1%) nel nostro studio è stato anche riportato nel 50% degli isolati israeliane ed egiziane [13, 14]. Un'associazione di oltre il 85% degli isolati è stata riportata anche in altri paesi [15, 22], confermando che i due marcatori sono strettamente correlati. Il nostro studio non ha mostrato alcuna significativa associazione nella rilevazione di due genotipi nello stesso isolato come il cagA
con ICEA
2, il vacA
allele m2 con il genotipo Icea
2, e il vacA
s2, alleli m2 con ICEA Pagina 2 indica che l'individuazione di un gene è indipendente dall'altra. Inoltre, la rilevazione della combinata vacA
M1 s1, e Icea
2 genotipi a pochi biopsie era insignificante (P
> 0,05), indicando che l'individuazione di Icea
2 era indipendente dalla vacA
genotipi. Gli stessi risultati sono stati riportati da uno studio precedente [22]. Nessuno dei ceppi aveva vac multipla
A genotipi, che sono stati riportati in altri paesi come Sud America settentrionale [15]
. Femmine erano più spesso portando il vacA
s2, e il vacA
m2 genotipi (65% e 75%, rispettivamente) rispetto al (42% e 25%) nei maschi. Il iceA2
(55,5%), cagA
(55,2%), e vacA
s1 (53%) genotipi sono stati rilevati più nei maschi rispetto alle femmine. Il sesso del paziente e la rilevazione di alcuni genotipi o combinazione di genotipi non erano significativamente associati. Inoltre, la H. pylori
genotipi (P
> 0,05)., E l'individuazione di più di un genotipo non aveva alcuna associazione significativa sia con l'età o il sesso del paziente
I risultati complessivamente positivi di PCR erano altamente associato (P
< 0,02), con risultati istologici. Le differenze di istologia e risultati PCR potrebbe essere dovuto alla distribuzione di leopardo del H. pylori
nello stomaco. Inoltre, falsi negativi potrebbero essere un problema in genotipizzazione da biopsie dal momento che alcune biopsie sono stati trovati per contenere composti che inibiscono la PCR [25]. Inoltre, il test più biopsie multiple per l'istologia rispetto a uno con la PCR ha aumentato la possibilità di trovare il batterio, e spiega i risultati più positivi ottenuti con l'istologia (77,5%), a fronte di PCR (44%). I trattamenti dei pazienti con gli inibitori della pompa protonica, antiacidi, o anti-H. pylori
terapia può avere portare a risultati negativi nei test effettuati in questi pazienti [26].
Conclusione
ceppi giordani esaminati prevalentemente possedevano la iceA2
allele, il
vacA s2 allele era rilevato più di vaca
allele s1, mentre il cagA
genotipo era bassa. La rilevazione di alcuni genotipi può essere associato con l'altro. I risultati illustrano la natura geografica della diversità genetica di H. pylori
, come i genotipi individuati sono simili a quelli riportati nei paesi vicini.
Questo studio fornisce un quadro di riferimento di H. pylori
genotipi identificati campioni bioptici gastrici, che serve come un potente strumento epidemiologico per i potenziali indagini per capire meglio la diversità genetica di questo patogeno.
dichiarazioni
Ringraziamenti
gli autori ringraziano i gastroenterologi e gli infermieri del Dipartimento di Endoscopia a re Abdullah e ospedali principessa Basma, che hanno contribuito alla raccolta dei campioni. Lo studio è stato sostenuto dalla concessione/04 dal di Presidenza della ricerca presso Jordan University of Science & Tecnologia.
Concorrenti interessi
L'autore (s) dichiarano di non avere interessi in gioco.

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