Helicobacter pylorigenotypes identificeret i gastrisk biopsi prøver fra jordanske patienter

Helicobacter pylori
genotyper identificeret i gastrisk biopsi prøver fra jordanske patienter
Abstract
Baggrund
genetiske mangfoldighed af Helicobacter pylori
kan analyseres på to forskellige niveauer: den genomiske variation mellem stammer stammer fra forskellige enkeltpersoner, og variationen i bakterielle populationer inden for de enkelte vært. Vi rapporteret for første gang H. pylori
genotyper i jordanske patienter med gastrointestinale sygdomme.
Metoder
Øvre endoskopi blev udført på 250 patienter med symptomer på mave-tarm-sygdomme. Flere gastrisk biopsi prøver blev taget fra antrum. Alle biopsier blev testet ved PCR for H. pylori
virulensgener vaca
, CagA
, og ICEA
, og 151 blev testet ved histologi.
Resultater Salg The biopsier positive for H. pylori
ved PCR var 110/250 (44%), og ved histologi 117/151 (77,5%), og disse resultater var stærkt forbundet (P
< 0,02). Analyser af virulensgener afslørede, at iceA2
(73,6%) var den fremherskende genotype, den Vaca
s2 allel blev hyppigere identificeret end Vaca
s1 allel, mens CagA
genotype var lav (26,4 %). Tilstedeværelsen af ​​visse genotyper kan være forbundet med hinanden, men tilstedeværelsen af ​​visse genotyper blev ikke signifikant associeret med alder eller køn hos patienten.
Konklusion
Resultaterne illustrerer den geografiske karakter af den genetiske diversitet H. pylori
, som de identificerede genotyper ligner dem rapporteret i nabolandene. Denne undersøgelse giver en grundlæggende data af H. pylori
genotyper identificeret i gastrisk biopsi prøver fra Jordan, der tjener som et stærkt epidemiologisk redskab for potentielle undersøgelser til bedre at forstå den genetiske mangfoldighed af dette patogen.
Baggrund
Helicobacter pylori
er en gastrisk patogen, der kronisk inficerer mere end halvdelen af ​​alle mennesker i hele verden. I udviklingslandene, 70-90% af befolkningen bærer H. pylori
; næsten alle disse erhverve infektionen før en alder af 10 år [1]. I de udviklede lande, forekomsten er lavere, der spænder fra 25 til 50% (8) [1], på grund af de forbedrede socioøkonomiske forhold i de seneste årtier [2]. Derfor H. pylori
infektion i udviklingslandene kan bidrage til barndommen fejlernæring og øge risikoen for eller alvoren af ​​infektion med andre gastrointestinale patogener såsom Vibrio cholerae
[3]. De fleste inficerede individer er asymptomatiske eller har kronisk gastritis [1, 4]. Forskellene i resultaterne sygdom kan være resultatet af en række faktorer, der omfatter; værtsfaktorer, miljømæssige faktorer og forskelle i forekomsten eller ekspression af bakterielle virulensfaktorer [4, 5]. Den genetiske diversitet af H. pylori
kan analyseres på to forskellige niveauer: den genomiske variation mellem stammer stammer fra forskellige individer, og variationen i bakterielle populationer inden for de enkelte vært [6]. Ved at bruge tilfældigt forstærket polymorf DNA-PCR og DNA-fingeraftryk, det har vist sig, at stammer fra uafhængige inficerede patienter havde unikke fingeraftryk, mens stammer isoleret fra familiemedlemmer havde meget ens, men ikke identiske mønstre [7]. Disse resultater antydede, at forskelle observeret mellem stammer inficerer enkelte familiemedlemmer opstod efter primær infektion. Sådanne genetiske mangfoldighed kan observeres blandt H. pylori
virulensgener; CagA
, Vaca
, og ICEA
.
En vakuolerende cytotoksin der skader epitelceller er kodet af Vaca
gen [8, 9], som indeholder mindst to variable dele [10] . De Vacas Salg region (som koder for signalpeptidet) eksisterer som S1 og S2 allele typer, blandt typen S1-stammer, undertyper S1A, S1b, og S1c er blevet identificeret [11]. M (midten) region forekommer som disse rettigheder1 eller m2 alleliske type, blandt typen m2, to undertyper er blevet identificeret, betegnet M2A og M2b. Generelt typen s1 m1 og type s1 m2 stammer producerer høje og moderate niveauer af toksin, hvorimod s2 m2 stammer viser ringe eller novacuolating toksin-aktivitet [10].
ICEA
gen, der koder for et formodet begrænsning enzym, som synes at blive induceret, når H. pylori
støder epitelceller viser allel variation ifølge punktmutation, hvilket resulterer i to allele typer, den iceA1
og iceA2
[6]. En undersøgelse af H. pylori
infektion hos patienter udsat for en øvre gastrointestinal endoskopi i Jordan rapporterede høj forekomst [12], og bekræftede, at dens tilstedeværelse var signifikant associeret med gastritis og mavesår. De nuværende undersøgelsesrapporter for første gang i Jordan H. pylori
genotyper identificeret i gastrisk biopsi prøver.
Metoder
Patienter
I alt 250 konsekutive patienter, der besøgte kong Abdullah Hospital og prinsesse Basma Hospital mellem juli 2003 og maj 2004 for øvre endoskopi blev indrulleret i studiet. Disse to universitetshospitaler er tilknyttet Jordan Universitet for Videnskab og Teknologi, hvor undersøgelsen blev gennemført. Biopsi prøver blev taget fra antrum. Undersøgelsen blev godkendt af den etiske komité for universitetet. Hver patient underskrevet en skriftlig informeret samtykke forud for prøvetagning, og alle kliniske prøver blev testet undercode
data
leveres i patologi rapporter eller patienternes filer blev registreret for hver patient information, som omfattede:. Patientens hospital nummer , alder, køn, historie, klinisk diagnose baseret på histologi, endoskopi, og tidligere behandling (fx anti-H. pylori
, tre havde protonpumpehæmmere eller antacida). Symptomerne rapporteret af patienter, som gennemgik øvre gastrointestinal endoskopi var mavesmerter, smerter i epigastriet, opkastning, eller halsbrand.
Histologiske undersøgelser
Histologisk undersøgelse blev udført på 151 (60,4%) antrale biopsipræparater. Fem prøver fra antrum slimhinde blev taget med mellemstore pincet. To prøver blev indlejret i paraffin og paraffinsnit blev farvet under anvendelse af hæmatoxylin-eosin og Giemsa metoder. De mucosale prøver blev evalueret histologisk ifølge Sydney klassificering. Kodede objektglas blev undersøgt mikroskopisk af en enkelt patolog under anvendelse af en høj effekt (forstørrelse, × 400), og mindst fem høj-power felter blev undersøgt.
PCR-baseret genotypebestemmelse af tre virulensgener
Alle de 250 biopsier testet ved PCR blev opbevaret ved -80 ° C i 70% ethanol i eppendorfrør, indtil den forarbejdes. Disse biopsier omfattede de 151 biopsier, som blev afprøvet ved histologi.
Den biopsiprøver blev homogeniseret med en steril micro pistil, og DNA blev ekstraheret under anvendelse af Wizard Genomisk DNA oprensning (Promega, Madison, WI, USA), efter producentens instruktioner til oprensning af DNA fra animalsk væv. Tilstedeværelsen af ​​H. pylori
blev opdaget af separate PCR'er rettet mod CagA
, Vaca
s og m regioner og ICEA
genotyper blev bestemt ved særskilt iceA1
- og iceA2
-specifikke PCR'er som beskrevet tidligere [13, 14]. Fem artsspecifikke primersæt (alpha-DNA, Montreal, Canada) blev anvendt til at amplificere højt konserverede regioner inden for de angivne gener.
Statistisk analyse
associering mellem histologi og PCR-resultater, og sammenhængen mellem genotyper blev analyseret ved anvendelse den Fishers eksakte og chi-square test statistisk pakke for samfundsvidenskaberne (SPSS Inc. Chicago, Illinois USA). Forskellen i den gennemsnitlige alder mellem mænd og kvinder blev beregnet ved uafhængighed prøve t-test.
Resultater
Diagnose af H. pylori
var baseret på histologi, og PCR-metoden.
Histologiske fund
histologisk undersøgelse af de 151 biopsier viste, at 117 (77,5%) patienter var positive for H. pylori
derfor faktisk var inficeret, og 34 (22,5%) var negative.
virulensfaktorer
tilstedeværelsen af CagA
, Vaca
s og m regioner og iceA1
- og iceA2
gener blev undersøgt i alle de 250 biopsier. Biopsierne, der var PCR positive for et eller flere af generne var 110 (44%), og 140 (56%) var negative for alle gener
mandlige:. Kvinde-forholdet af patientpopulationen var 58/110 (52,7 %) mænd: 52/110 (47,3%) kvinder; (Gennemsnitsalder 42.03 + 15,135 år, interval, 17 - 67 år)
H. pylori genotyper
Resultaterne af genotypning i 110 biopsier er præsenteret i tabel 1.Table en Forekomsten af ​​Helicobacter pylori
genotyper opdaget. i 110 biopsier
Genotype
Udbredelse (%)
vaca
s1
34 (45,3)
Vaca
s2
41 (54,7)
vaca
m1
23 (48,9)
vaca
m2
24 (51,1)
Vaca
s1m1
12 (46,2 )
Vaca
s2m2
12 (46,2)
Vaca
s1m2
2 (7,7)
Vaca
s2m1
0 (0,0)
CagA
29 (26,4)
iceA1
0 (0,0)
iceA2
81 (73,6)
Vaca genotyper
størrelserne af amplificerede produkter til VacA
s1 og VacA
s2 er 259 bp og 286 bp. Intensiteterne af produkter varierede mellem prøver. VacA
s region blev amplificeret i 75/110 (68.2%) biopsier. Den s1 variant blev påvist i 34/75 (45,3%), eller 34/110 (30,9%), sammenlignet med den s2 variant, som blev påvist i 41/75 (54,7%), eller 41/110 (37,3%) af biopsierne. Den Vaca
m region blev påvist i 47/110 (42,7%) biopsier. M1 variant blev påvist i 23/47 (48,9%) eller 23/110 (20,9%) sammenlignet med m2 variant detekteret i 24/47 (51%), eller 24/110 (21,8%).
En kombination af VacA
s, blev og m regioner påvises i 26/110 (23,6%) af biopsier. Både Vaca
s1m1 og Vaca
s2m2 blev påvist i omtrent lige store mængder i 12/26 (46,2%), af Vaca
sm genotype eller 12/110 (10,9%), mens VacA
s1m2 blev detekteret i kun 2/26 (7,7%) af VacA
sm genotype, eller 2/110 (1,8%). Ingen af ​​biopsier viste VacA
s2m1 genotype eller flere genotyper.
CagA genotype
Størrelsen af ​​CagA
amplificerede produkt var 349 bp. Den CagA
genotype blev påvist i 29/110 (26,4%), og 81 (73,6%) var negative.
Associering mellem De CagA og vacAs1 genotyper
CagA
genotype blev påvist i 8 /17 (47,1%) af VacA
s1 genotype, sammenlignet med kun 2/20 (10%) af VacA
s2 genotype.
ICEA genotype
Ingen af ​​de 110 biopsier viste ICEA
en genotype, mens 81 (73,6%) viste iceA2
genotype. Den iceA2
amplifikation gav både 229 bp og 334 bp fragmenter, denne forskel i fragmentet størrelse er på grund af tilstedeværelsen af ​​et 105 bp - frame stede i 334 bp fragment, som er fraværende i 229 bp-fragmentet amplikon [ ,,,0],15].
associering mellem de genotyper og køn
Selv om visse genotyper blev fundet mere i det ene køn end det andet, deres tilstedeværelse blev ikke signifikant associeret med alder eller køn af patienten. De genotyper der blev detekteret mere hos mænd end kvinder var Vaca
s1 9/17 (53%), CagA
16/29 (55,2%), iceA2
45/81 (55,5%), Vaca
s1m1 7/12 (58,3%), og den kombinerede VacA
s1 CagA Salg genotyper 6/8 (75%). De genotyper der blev detekteret mere hos kvinder var Vaca
s2 11/19 (65%), Vaca
m2 15/20 (75%), Vaca
s2m2 8/11 (72,7%), og den kombinerede Vaca
s2 CagA
genotyper 2/2 (100%). Den Vaca
m1, og Vaca
s1m2 genotyper blev påvist i omtrent lige store beløb i begge køn
Statistisk analyse
De overordnede positive PCR-resultater var stærkt forbundet (P
< 0,02). Med histologi resultater. Analyse af data viste en signifikant sammenhæng mellem den samtidige detektion af både CagA
og VacA
s1 genotyper (P
= 0,026), kombinationen af ​​både VacA
s1 og VacA
m1 genotyper (P
< 0,0001), og kombinationen af ​​både Vaca
s2 og Vaca
m2 genotyper (P
< 0,0001). På den anden side blev der ikke observeret association mellem påvisning af både VacA
s2 og CagA
genotyper (P Salg = 0,102), detektion af mere end én genotype med enten alder eller køn (P
> 0,05), kombinationen af ​​både VacA
s1 og VacA
m2 genotyper (P Salg &0,05), og kombinationen af ​​både VacA
s2 og VacA
m1 genotyper (P
> 0,05).
diskussion
den foreliggende undersøgelse rapporter om Vaca
, CagA
, og ICEA
genotyper af H. pylori
der blev identificeret i gastriske biopsier. Selv om alle stammer bærer en kopi af VacA-genet, med enten S1 eller S2 signalsekvenser blev VacA
s region amplificeret i 75/110 (68.2%) biopsier. Tilsvarende resultater blev rapporteret af andre undersøgelser tyder på, at der kan være yderligere underfamilier af s og m genotyper ved siden de kendte [16].
Fremherskende genotype i de 110 biopsier, der var positive for H. pylori
ved PCR, var den iceA2
(73,6%), efterfulgt af Vacas
genotype (68,2%); 34 (45,3%) af disse var Vaca
s1 allel, og 41 (54,7%) var de Vaca
s2 allel, mens CagA
genotype kun blev forstærket i 29/110 (26,4%) af biopsierne. Vores resultater er i overensstemmelse med andre undersøgelser udført på israelske børn [13], og egyptisk patienter [15], hvor CagA
genotype blev rapporteret i 28%, og 36% hhv. Ligheden mellem genotyper er identificeret i de tre undersøgelser kunne forklares ved en primær geografisk indflydelse vigtig i tilpasningen af ​​organismen til miljøet og klimatiske forhold [13], på trods af de åbenlyse værten forskelle i livsstil i to nabolande. Den tætte lighed af stammer i nabolandene blev også rapporteret i Bangladesh og Calcutta, Indien [3, 17], som er ganske sandsynligt overvejer den tætte nærhed af de to lande, de lignende fysiologiske miljøer og livsstil af værten.
Højere prævalens (67% eller mere) af CagA
genotype i H. pylori
blev rapporteret i Europa, Central- og Sydamerika, og Østasien [15]. Den Vaca
s2 allel blev påvist i mindre end 30% i den undersøgte population i de fleste af disse lande. Prævalens af denne genotype svarende til den aktuelle undersøgelse (54,7%) blev rapporteret i Egypten (50%) [15], mens højere (65%) blev rapporteret i den israelske undersøgelse [11]. En undersøgelse i Kuwait rapporterede, at blev detekteret Vaca
S1 og S2 typer i omtrent lige mange i biopsier fra patienter med mellemøstlige oprindelse, mens afrikanske arabere var overvejende inficeret med s2 typen [18]. En undersøgelse af genotyper i fire forskellige lande rapporteret, at CagA
, og Vaca
s1ml iceA1
genotyper var fremherskende i både Japan og Korea [14], og CagA
, Vaca
s1m1 blev iceA2
genotyper ofte identificeret i USA, mens CagA
, Vaca
s1m1, iceA2
genotyper var fremherskende i Colombia. Den samme undersøgelse rapporterede højere forekomst af Vaca
s1 end Vaca
s2 genotype, og en høj forekomst af CagA
genotype; Men forekomsten af ​​iceA1
og iceA2
genotyper varierede mellem disse lande. En undersøgelse foretaget i England rapporterede, at Vaca
s1m1 genotype viste sig at være mindre udbredt i England [19], mens en overvægt af iceA1
alleler, CagA
, og tilstedeværelsen af ​​VacA
m1 alleler blev observeret. Tyrkiske stammer undersøgt overvejende besad CagA
, Vaca
s1m1 eller Vaca
m2 genotyper, som var de typiske genotyper i stammer fra vestlige lande [20]. Overvægten af ​​Vaca
sl /m1 allel kombination, og en høj forekomst af CagA
genet (87%) blev også rapporteret i Estland H. pylori
stammer [21].
Baseret på tilstedeværelsen af ​​en kombination af de vaca
s, og m alleler, den Vaca
s1 allel var signifikant forbundet med Vaca
m1 (P
< 0,0001), og den samme association blev observeret mellem den Vaca
s2 og Vaca
m2 (P Salg < 0,0001) alleler. Men påvisning af både Vaca
s1 og Vaca
m2 alleler var uafhængige af hinanden (P
> 0,05). Den Vaca
s1m2 genotype blev opdaget kun i 2/26 (7,7%) af Vaca
sm kombination. Desuden var der ingen signifikant sammenhæng mellem VacA
s2 og VacA
m1, hvilket betyder, at detektion af hver allel var uafhængig af den anden (P
&0,05). Dette fund kan forklare fraværet af den kombinerede s2 /m1 genotype fra isolaterne i undersøgelsen, der blev rapporteret tidligere [22, 23]. Imidlertid blev det første tilfælde af Vaca
s2m1 H. pylori
isolere rapporteret i et sår på tolvfingertarmen patient fra Sydafrika [24].
Signifikant sammenhæng mellem den Vaca
s1 allel og CagA
genotype (47,1%) i vores undersøgelse blev også rapporteret i 50% af de israelske og egyptiske isolater [13, 14]. En sammenslutning af mere end 85% af isolaterne blev rapporteret i andre lande [15, 22], bekræfter, at de to markører er nært beslægtede. Vores undersøgelse viste ingen signifikant association i påvisningen af ​​to genotyper i samme isolat såsom CagA
med ICEA
2, VacA
m2 allel med ICEA
2 genotype, og VacA Salg s2, m2 alleler med ICEA
2 indikerer, at detektion af ét gen var uafhængig af den anden. Desuden er afsløring af den kombinerede Vaca
s1 m1, og ICEA
2 genotyper i nogle biopsier var ubetydelig (P
> 0,05), hvilket indikerer, at detektion af ICEA
2 var uafhængig af Vaca
genotyper. De samme resultater blev rapporteret af en tidligere undersøgelse [22]. Ingen af ​​stammerne havde flere vac
A genotyper, der blev rapporteret i andre lande såsom det nordlige Sydamerika [15].
Hunnerne blev oftere bærer vaca
s2, og Vaca
m2 genotyper (65%, og 75%, henholdsvis) sammenlignet med (42%, og 25%) hos mænd. Den iceA2
(55,5%), CagA
(55,2%), og Vaca
s1 (53%) genotyper blev påvist mere hos mænd end kvinder. Kønnet af patienten og påvisning af visse genotyper eller kombination af genotyper blev ikke signifikant associeret. Desuden H. pylori
genotyper (P
> 0,05)., Og detektion af mere end én genotype havde ingen signifikant sammenhæng med enten alder eller køn af patienten
Den generelt positive PCR-resultater var stærkt forbundet (P
< 0,02) med histologiske resultater. Forskellene i histologi, og PCR-resultater kan skyldes den pletvis fordeling af H. pylori
i maven. Endvidere kan falske negative være et problem i genotypebestemmelse fra biopsier da nogle biopsier viste sig at indeholde forbindelser, der inhiberer PCR [25]. Desuden teste mere multiple biopsier ved histologi forhold til en, ved PCR øgede muligheden for at finde bakterien, og forklarer de mere positive resultater opnået ved histologi (77,5%), sammenlignet med PCR (44%). Behandlingerne af patienter med protonpumpehæmmere, syreneutraliserende midler eller anti-H. pylori
terapi kan have ført til de negative resultater i de udførte i disse patienter [26]. tests
Konklusion
jordanske stammer undersøgt overvejende besad iceA2
allel, den Vaca
s2 allel var fundet mere end VacA
s1 allel, mens CagA
genotype var lav. Påvisning af visse genotyper kan være forbundet med hinanden. Resultaterne illustrerer den geografiske karakter af den genetiske mangfoldighed af H. pylori
, som de identificerede genotyper ligner dem rapporteret i nabolandene.
Denne undersøgelse giver en baseline for rammerne af H. pylori
genotyper identificeret i gastrisk biopsi prøver, der tjener som et kraftfuldt epidemiologisk redskab for potentielle undersøgelser til bedre at forstå den genetiske mangfoldighed af dette patogen.
erklæringer
Taksigelser
forfatterne takker de gastroenterologer og sygeplejersker i afdelingen for Endoskopi på King Abdullah og Prinsesse Basma hospitaler, som hjalp i prøvetagning. Undersøgelsen blev støttet af tilskud/04 fra Dekanat forskningsdirektør Jordan University of Science & Technology.
Konkurrerende interesser
forfatter (e) erklærer, at de ikke har nogen konkurrerende interesser.

• Behandling af malign gastrisk stikkontakt obstruktion med stents: En vurdering af de rapporterede variabler for kliniske resultater
• Effekten af ​​præoperativ PET /CT til forudsigelse af hærdelighed i kirurgi for lokalt fremskreden gastrisk carcinoma