Helicobacter pylorigenotypes geïdentificeerd in de maag biopten van Jordaanse patiënten

Helicobacter pylori
genotypen geïdentificeerd in de maag biopten van Jordaanse patiënten
Abstracte achtergrond
De genetische diversiteit van Helicobacter pylori
kan worden geanalyseerd op twee verschillende niveaus: de genomische variatie tussen stammen die afkomstig zijn van verschillende individuen, en de variatie in bacteriële populaties in een individuele gastheer. We meldden voor de eerste keer dat de H. pylori
genotypes in Jordaanse patiënten met gastro-intestinale ziekten.
Methods
Boven endoscopie werd uitgevoerd op 250 patiënten met symptomen van gastro-intestinale ziekten. Meerdere gastrische biopten werden genomen uit het antrum. Alle biopsieën werden getest door PCR voor de H. pylori
virulentiegenen Vaca
, cagA
en ICEA
, en 151 werden getest door histologie.
Resultaten
De biopsies positief voor H. pylori
door PCR waren 110/250 (44%), en door histologie 117/151 (77,5%), en de resultaten waren sterk geassocieerd (P Restaurant < 0,02). Analyses van virulentie genen bleek dat iceA2
(73,6%) was de overheersende genotype, de Vaca
s2 allel werd vaker vastgesteld dan de Vaca
s1 allel, terwijl de cagA
genotype was laag (26,4 %). De aanwezigheid van bepaalde genotypes zou kunnen houden met elkaar, maar de aanwezigheid van bepaalde genotypen niet significant geassocieerd met de leeftijd of geslacht van de patiënt.
Conclusie Ondernemingen De resultaten illustreren de geografische aard van de genetische diversiteit van H. pylori
, hebben als de genotypen zijn vergelijkbaar met die in naburige landen. Deze studie geeft een baseline gegevens van H. pylori
genotypen geïdentificeerd in de maag biopten uit Jordanië, die als een krachtig hulpmiddel voor epidemiologische prospectieve onderzoek beter inzicht in de genetische diversiteit van deze ziekteverwekker. Achtergrond
Helicobacter pylori
is een gastric ziekteverwekker die chronisch infecteert meer dan de helft van alle mensen wereldwijd. In ontwikkelingslanden, 70-90% van de bevolking draagt ​​H. pylori
; Bijna al deze verwerven de infectie voor de leeftijd van 10 jaar [1]. In ontwikkelde landen is de prevalentie lager, van 25 tot 50% (8) [1], door de verbeterde sociaal-economische omstandigheden de afgelopen decennia [2]. Daarom H. pylori infectie
in ontwikkelingslanden kan bijdragen aan ondervoeding bij kinderen en het risico of de ernst van infectie door andere gastro-intestinale pathogenen zoals Vibrio cholerae
[3]. De meeste geïnfecteerde individuen zijn asymptomatische of chronische gastritis [1, 4]. De verschillen in overleving hebben mogelijk het gevolg van een aantal factoren omvatten zijn; gastheer factoren, omgevingsfactoren, en verschillen in de prevalentie of expressie van bacteriële virulentiefactoren [4, 5]. De genetische diversiteit van H. pylori
kunnen worden geanalyseerd op twee verschillende niveaus: het genoom variatie tussen stammen afkomstig van verschillende individuen, en de variatie in bacteriële populaties in een individuele gastheer [6]. Via willekeurig geamplificeerd polymorf DNA-PCR en DNA fingerprinting, is gebleken dat stammen van niet-verbonden geïnfecteerde patiënten unieke vingerafdrukken, terwijl stammen afkomstig familieleden hadden zeer vergelijkbare maar niet identieke patronen [7]. Deze resultaten gesuggereerd dat de verschillen waargenomen tussen stammen infecteren individuele gezinsleden zich hebben voorgedaan na de primaire infectie. Dergelijke genetische diversiteit kan worden waargenomen bij H. pylori
virulentiegenen; cagA
, Vaca
en ICEA
.
Een vacuolating cytotoxine dat epitheelcellen wordt gecodeerd door Vaca
gen verwondt [8, 9], die ten minste twee variabele delen [10] . De vacas
gebied (die de signaalpeptide codeert) bestaat als s1 en s2 allelische soorten, waaronder Type s1 stammen subtypes S1A, S1b en S1c geïdentificeerd [11]. De m (middelste) gebied komt voor als toestellen1 of m2 allelische soort onder soort m2, twee subtypes zijn geïdentificeerd, aangeduid m2a en M2B. In het algemeen is het type s1 m1 en het type s1 m2 stammen produceren hoog en gematigde niveaus van toxine, respectievelijk, terwijl s2 m2 stammen tonen weinig of novacuolating toxine activiteit [10]. Ondernemingen De ICEA
gen, dat codeert voor een vermeende beperking enzym, die lijkt te worden veroorzaakt wanneer H. pylori
tegenkomt epitheelcellen toont allelvariatie volgens puntmutatie, resulterend in twee allelische soorten, de iceA1 Kopen en iceA2
[6]. Een studie van H. pylori
infectie bij patiënten onderworpen aan een bovenste maagdarmkanaal endoscopie in Jordanië gerapporteerde hoge prevalentie [12], en bevestigde dat haar aanwezigheid was significant geassocieerd met gastritis en maagzweren. De huidige studie rapporten voor de eerste keer in Jordanië de H. pylori
genotypen geïdentificeerd in de maag biopten.
Methods
Patiënten
Een totaal van 250 opeenvolgende patiënten die koning Abdullah ziekenhuis bezocht, en prinses Basma ziekenhuis tussen juli 2003 en mei 2004, voor de bovenste endoscopie werden geïncludeerd in de studie. Deze twee academische ziekenhuizen zijn aangesloten bij Jordan University of Science and Technology, waar het onderzoek werd uitgevoerd. Biopsie monsters werden genomen uit het antrum. De studie werd goedgekeurd door de ethische commissie van de universiteit. Elke patiënt ondertekende een schriftelijke informed consent voorafgaand aan het verzamelen specimen, en alle klinische monsters werden getest undercode
Data
De informatie in de pathologie rapporten of bestanden patiënten 'werd opgenomen voor elke patiënt, waarbij inbegrepen:. Ziekenhuisnummer patiënt , leeftijd, geslacht, geschiedenis, klinische diagnose gebaseerd op histologie, endoscopie en eerdere behandeling (bijvoorbeeld anti-H. pylori
drie hadden protonpompremmers of antacida). De symptomen van de patiënten die het bovenste maagdarmkanaal endoscopie ondergingen meldde waren buikpijn, epigastrische pijn, braken, of zuurbranden.
Histologische onderzoeken
histologisch onderzoek werd uitgevoerd op 151 (60,4%) antral biopten. Vijf exemplaren van het antrum slijmvlies werden genomen met middelgrote tang. Twee monsters werden ingebed in paraffine en het paraffine coupes werden gekleurd met hematoxyline-eosine en Giemsa methoden. De mucosale monsters werden histologisch geëvalueerd volgens de Sydney kwalificatie. Gecodeerde objectglaasjes werden microscopisch onderzocht door een patholoog met een hoog vermogen (vergroting, × 400), en ten minste vijf hoge krachtvelden onderzocht.
PCR gebaseerde genotypering drie virulentiegenen
Alle biopsieën 250 geteste door PCR werden opgeslagen bij -80 ° C in 70% ethanol in eppendorf buisjes tot verwerkt. Deze biopten onder de 151 biopsieën die werden getest door histologie. Ondernemingen De biopten werden gehomogeniseerd met steriele micro stamper en DNA werd geëxtraheerd met behulp Wizard Genomic DNA zuiveringskit (Promega, Madison, WI, USA) volgens de instructies van de fabrikant voor de zuivering van DNA van dierlijk weefsel. De aanwezigheid van H. pylori
werd gedetecteerd door afzonderlijke PCR's die gericht zijn op de cagA
, Vaca
s en m regio's en de ICEA
genotypen werden bepaald door afzonderlijke iceA1
- en iceA2
-specifieke PCR zoals eerder beschreven [13, 14]. Vijf soortspecifieke primersets (alfa DNA, Montreal, Canada) werden gebruikt voor sterk geconserveerde gebieden te amplificeren binnen de aangegeven genen.
Statistische analyse
Het verband tussen histologische en PCR resultaten en het verband tussen genotypen werd geanalyseerd met behulp de Fisher's exact en chi-kwadraat testen statistisch pakket voor de sociale wetenschappen (SPSS Inc. Chicago, Illinois USA). Het verschil in gemiddelde leeftijd tussen mannen en vrouwen werd berekend door de onafhankelijkheid sample t-test.
Resultaten
De diagnose van H. pylori
was gebaseerd op histologie, en PCR-methode.
Histologische bevindingen
histologisch onderzoek van de 151 biopsies bleek dat 117 (77,5%) patiënten waren positief voor H. pylori
derhalve daadwerkelijk geïnfecteerd en 34 (22,5%) waren negatief.
virulentiefactoren
de aanwezigheid van de cagA
, Vaca
s en m regio's en de iceA1 Catawiki - en iceA2
genen werden onderzocht in alle 250 biopsies. De biopten die PCR positief waren voor een of meer van de genen waren 110 (44%) en 140 (56%) waren negatief voor alle genen
de man. Vrouw verhouding van de patiëntenpopulatie was 58/110 (52,7 %) reuen: 52/110 (47,3%) vrouwen; (Gemiddelde leeftijd 42,03 + 15,135 jaar, bereik 17-67 jaar)
H. pylori genotypen Ondernemingen De resultaten van genotypering in 110 biopsies worden in Tabel 1 1.Table prevalentie van Helicobacter pylori
genotypen waargenomen. in 110 biopten
Genotype
Prevalentie (%)
Vaca
s1
34 (45,3)
Vaca
s2
41 (54,7)
Vaca
m1
23 (48,9)
Vaca
m2
24 (51,1)
Vaca
s1m1
12 (46.2 )
Vaca
s2m2
12 (46,2)
Vaca
s1m2 Pagina 2 (7.7)
Vaca
s2m1
0 (0,0)
cagA
29 (26,4)
iceA1
0 (0,0)
iceA2
81 (73,6)
Vaca genotypes
de afmetingen van de versterkte producten voor Vaca
s1 en Vaca
s2 zijn 259 bp en 286 bp respectievelijk. De intensiteiten van de produkten varieerden tussen monsters. De Vaca
s gebied werd versterkt in 75/110 (68,2%) biopten. De s1 variant werd gedetecteerd in 34/75 (45,3%) of 34/110 (30,9%), in vergelijking met de s2 variant, die werd gedetecteerd in 41/75 (54,7%) of 41/110 (37,3%) van biopsies. De Vaca
m gebied werd gedetecteerd in 47/110 (42,7%) biopten. De M1 variant werd gedetecteerd in 23/47 (48,9%) of 23/110 (20,9%), in vergelijking met m2 variant gedetecteerd in 24/47 (51%), of 24/110 (21,8%).
Een combinatie van de VACA
s is en m's gedetecteerd in 26/110 (23,6%) van de biopten. Beide Vaca
s1m1 en Vaca
s2m2 werden gedetecteerd in ongeveer gelijke hoeveelheden in 12/26 (46,2%), van de Vaca
sm genotype, of 12/110 (10,9%), terwijl Vaca
s1m2 gedetecteerd slechts 2/26 (7,7%) van de VacA
sm genotype of 2/110 (1,8%). Geen van de biopten toonde de Vaca
s2m1 genotype of meerdere genotypes.
CagA genotype
De grootte van de cagA
geamplificeerde product was 349 bp. De cagA
genotype werd gedetecteerd in 29/110 (26,4%), en 81 (73,6%) waren negatief. Ondernemingen De associatie tussen de cagA en vacAs1 genotypes
cagA
genotype werd gedetecteerd in 8 /17 (47,1%) van de VacA
s1 genotype, tegenover slechts 2/20 (10%) van de VacA
s2 genotype.
icea genotype
Geen van de 110 biopsies toonden de ICEA
1 genotype, terwijl 81 (73,6%) toonde de iceA2
genotype. De iceA2
amplificatie leverde zowel de 229 bp en 334 bp fragmenten, dit verschil in de fragmentgrootte is door de aanwezigheid van een 105 bp - lijst amplicon die in het 334 bp fragment dat afwezig is in het 229 bp fragment [ ,,,0],15]. Ondernemingen de associatie tussen de genotypes en geslacht
Ofschoon sommige genotypen meer één geslacht werden waargenomen dan de andere, hun aanwezigheid niet significant geassocieerd met leeftijd of geslacht van de patiënt. De genotypes die meer bij mannen werden gedetecteerd dan vrouwen waren de Vaca
s1 9/17 (53%), cagA
16/29 (55,2%), iceA2
45/81 (55,5%), Vaca
s1m1 12/07 (58,3%), en de gecombineerde Vaca
s1 cagA
genotypes 6/8 (75%). De genotypes die meer bij vrouwen werden ontdekt waren de Vaca
s2 11/19 (65%), Vaca
m2 15/20 (75%), Vaca
s2m2 11/08 (72,7%), en de gecombineerde Vaca
s2 cagA
genotypes 2/2 (100%). De VACA
m1, en Vaca
s1m2 genotypes werden gedetecteerd in ongeveer gelijke hoeveelheid bij beide geslachten
Statistische analyse
De algehele positieve PCR-resultaten waren sterk geassocieerd (P Restaurant < 0,02). Met histologie resultaten. Analyse van gegevens toonden een significante associatie tussen de gelijktijdige detectie van zowel cagA Kopen en VACA
s1 genotypen (P
= 0,026), de combinatie van beide VacA
s1 en VacA
m1 genotypen (P Restaurant < 0,0001), en de combinatie van zowel de Vaca
s2 en de Vaca
m2 genotypen (P Restaurant < 0,0001). Anderzijds werd geen verband gezien tussen de detectie van zowel het VacA
s2 en cagA
genotypen (P
= 0,102), de detectie van meer dan één genotype met ofwel leeftijd of geslacht (P
> 0,05), de combinatie van beide VacA
s1 en VacA
m2 genotypen (P
> 0,05), en de combinatie van beide VacA
s2 en VacA
m1 genotypen (P Restaurant > 0,05).
Discussie
de huidige studie verslagen over de Vaca
, cagA
en icea
genotypen van H. pylori
die werden geïdentificeerd in gastrische biopten. Hoewel alle stammen een kopie van het VacA gen met ofwel de s1 en s2 signaalsequenties dragen, werd het VacA
s regio geamplificeerd in 75/110 (68,2%) biopten. Vergelijkbare resultaten werden gerapporteerd door andere studies waaruit blijkt dat aanvullende subfamilies van s en m genotypen naast de bekendere kunnen voorkomen [16]. Ondernemingen De overheersende genotype in 110 biopten die positief waren voor H. pylori
door PCR, werd de iceA2
(73,6%), gevolgd door de Vacas
genotype (68,2%); 34 (45,3%) van deze waren de Vaca
s1 allel en 41 (54,7%) waren de Vaca
s2 allel, terwijl de cagA
genotype alleen in 29/110 (26,4%) werd versterkt van biopsies. Onze resultaten zijn in overeenstemming met andere studies respectievelijk uitgevoerd op Israëlische kinderen [13], en Egyptische patiënten [15], waar de cagA
genotype werd gemeld in 28% en 36%. De gelijkenis van de genotypes die in de drie studies kan worden verklaard door een primaire geografische invloed belangrijk bij de aanpassing van het organisme op het milieu en klimatologische omstandigheden [13] Ondanks de duidelijke ontvangende verschillen in levensstijl in twee naburige landen. De gelijkenis van de stammen in de buurlanden werd ook gemeld in Bangladesh en Calcutta, India [3, 17], die zeer waarschijnlijk is gezien de nabijheid van de twee landen, de soortgelijke fysiologische omgevingen en leefstijlen van de gastheer.
hogere prevalentie (67% of meer) van de cagA
genotype in H. pylori
werd gemeld in Europa, Centraal- en Zuid-Amerika en Oost-Azië [15]. De VACA
s2 allel gedetecteerd in minder dan 30% in de bestudeerde populatie in de meeste landen. De prevalentie van deze genotype vergelijkbaar met de huidige studie (54,7%) werden gerapporteerd in Egypte (50%) [15], terwijl hogere (65%) werden gerapporteerd in de Israëlische studie [11]. Een studie in Koeweit gemeld dat Vaca
S1 en S2 types in ongeveer gelijke aantallen werden gedetecteerd in biopten verkregen van patiënten van Midden-Oosterse afkomst, terwijl de Afrikaanse Arabieren voornamelijk besmet met het type s2 [18] waren. Een studie van genotypes in vier verschillende landen gemeld dat de cagA
en Vaca
s1ml iceA1
genotypen waren overheersend in zowel Japan en Korea [14], en de cagA
, Vaca
s1m1 , iceA2
genotypen werden vaak genoemd in de Verenigde Staten, terwijl de cagA
, Vaca
s1m1, iceA2
genotypen waren overheersend in Colombia. Dezelfde studie gemeld hogere prevalentie van de Vaca
s1 dan de Vaca
s2 genotype, en een hoge prevalentie van de cagA
genotype; Echter, de prevalentie van de iceA1 Kopen en iceA2
genotypes varieerden tussen deze landen. Een studie uitgevoerd in Engeland gemeld dat de Vaca
s1m1 genotype bleek minder vaak te worden in Engeland [19], terwijl een overwicht van iceA1
allelen, cagA
, en de aanwezigheid van Vaca
m1 allelen waargenomen. Turkse stammen voornamelijk onderzocht bezat de cagA
, Vaca
s1m1 of Vaca
m2 genotypes, die het typische genotypen in stammen uit westerse landen [20] waren. Het overwicht van de Vaca
sl /m1 allelische combinatie, en een hoge prevalentie van de cagA
gen (87%) werden ook gemeld in Estland H. pylori
stammen [21].
Gebaseerd op de aanwezigheid van een combinatie van de VacA
s en m allelen, het VacA
s1 allel was significant geassocieerd met VACA
m1 (P
< 0,0001), en dezelfde associatie waargenomen tussen de Vaca
s2 en de Vaca
m2 (P Restaurant < 0,0001) allelen. Echter, de detectie van zowel Vaca
s1 en Vaca
m2 allelen was onafhankelijk van elkaar (P Restaurant > 0,05). De Vaca
s1m2 genotype werd alleen gedetecteerd in 2/26 (7,7%) van de Vaca
sm combinatie. Bovendien was er geen significante associatie tussen de VacA
s2 en VACA
m1, wat betekent dat de detectie van elk allel was onafhankelijk van de andere (P
> 0,05). Deze bevinding kan de afwezigheid van de gecombineerde s2 /m1 genotype verklaren van de isolaten in de studie die eerder [22, 23] werd gerapporteerd. Echter, het eerste geval van Vaca
s2m1 H. pylori
isolaat werd gemeld in een darmzweren patiënt uit Zuid-Afrika [24]. Ondernemingen De significant verband tussen de Vaca
s1 allel en cagA
genotype (47,1%) in onze studie werd gemeld bij 50% van de Israëlische en Egyptische isolaten [13, 14]. Een vereniging van meer dan 85% van de isolaten werd gemeld in andere landen [15, 22], bevestigt dat de twee markers nauw verwant. Onze studie toonde geen significant verband bij de detectie van twee genotypen in hetzelfde isolaat zoals cagA hotels met de ICEA
2, de VacA
m2 allel met de ICEA Pagina 2 genotype en het VacA
s2, m2 allelen met de ICEA Pagina 2 aangeeft dat de detectie van een gen was onafhankelijk van de andere. Bovendien is de detectie van de gecombineerde Vaca
s1 m1 en icea Pagina 2 genotypes in enkele biopten was onbeduidend (P Restaurant > 0,05), wat aangeeft dat de detectie van ICEA verhuur 2 was onafhankelijk van de VACA
genotypes. Dezelfde resultaten werden gerapporteerd door een eerder onderzoek [22]. Geen van de stammen hadden meerdere vac Hotels A genotypes, die werden gemeld in andere landen, zoals het noorden van Zuid-Amerika [15].
Wijfjes waren vaker het dragen van de Vaca
s2, en de Vaca
m2 genotypen (65% en 75%, respectievelijk) in vergelijking met (42% en 25%) bij mannen. De iceA2
(55,5%), cagA
(55,2%), en Vaca
s1 (53%) genotypen werden meer aangetroffen bij mannen dan bij vrouwen. Het geslacht van de patiënt en de opsporing van bepaalde genotypen of combinatie van genotypen niet significant geassocieerd. Bovendien, de H. pylori
genotypen (P
> 0,05)., En de detectie van meer dan één genotype had geen significante associatie met ofwel leeftijd of geslacht van de patiënt Ondernemingen De totale positieve PCR resultaten waren sterk geassocieerd (P Restaurant < 0,02) met histologie resultaten. De verschillen in de histologie en PCR resultaten kunnen worden veroorzaakt door de onregelmatige verspreiding van de H. pylori
in de maag. Bovendien zou valse negatieven probleem in genotypering vanaf biopsies omdat sommige biopsies bleken verbindingen remmen de PCR [25] bevatten. Bovendien testen van meer meervoudige biopsies door histologie opzichte van een door PCR vergroot de mogelijkheid het bacterie, en legt de positieve resultaten die histologie (77,5%), vergeleken met PCR (44%). De behandeling van patiënten met de protonpompremmers, antacida, of anti-H. pylori
therapie kan leiden moeten de negatieve resultaten in de uitgevoerd bij deze patiënten [26]. testen
Conclusie
Jordaanse stammen voornamelijk onderzocht bezat de iceA2
allel, de Vaca
s2 allel was gedetecteerd meer dan de Vaca
s1 allel, terwijl de cagA
genotype laag was. De detectie van bepaalde genotypes geassocieerd zijn aan elkaar. De resultaten illustreren de geografische aard van de genetische diversiteit van H. pylori
, zoals de geïdentificeerde genotypen zijn vergelijkbaar met die in de buurlanden.
Deze studie geeft een baseline kader van H. pylori
genotypen geïdentificeerd maag biopsie specimens, die als een krachtig hulpmiddel voor epidemiologische prospectieve onderzoek beter inzicht in de genetische diversiteit van deze ziekteverwekker.
verklaringen
Dankwoord
de auteurs danken de gastro-enterologen en verpleegkundigen op de afdeling Endoscopie bij koning Abdullah en prinses Basma ziekenhuizen, die in het specimen collectie geholpen. De studie werd ondersteund door subsidie ​​/04 van het decanaat van Research bij Jordan University of Science & Technology.
Concurrerende belangen
De auteur (s) verklaren dat ze geen concurrerende belangen.

• Behandeling van kwaadaardige maag obstructie met stents: Een evaluatie van de gerapporteerde variabelen voor de klinische outcome
• De werkzaamheid van preoperatieve PET /CT voor de voorspelling van curability in chirurgie voor lokaal gevorderde maag carcinoma