Proteomikai analízise emberi cardia adenocarcinoma lézeres leválasztás mikrodisszekcióban

Proteomikai analízise emberi cardia adenocarcinoma lézeres leválasztás mikrodisszekcióban katalógusa Abstract katalógusa Háttér katalógusa Az előfordulási gyomor szív adenokarcinóma (GCA) nőtt az elmúlt két évtizedben a kínai, hanem a molekuláris változások kapcsolatos karcinogenezissel van nem teljesen meghatározott. katalógusa módszerek
Ebben a tanulmányban használtuk összehasonlító proteomikai megközelítés, hogy elemezze a rosszindulatú és nem rosszindulatú cardia hámsejtek izolálható navigált lézeres leválasztás mikrodisszekcióban (LCM) származó párosított sebészeti mintákban az emberi GCA.
Eredmények katalógusa Huszonhét foltok megfelelő 23 fehérjéket következetesen eltérően szabályozott. Tizenöt fehérjéket kimutatták, hogy up-regulációját, míg a nyolc fehérjéket kimutatták, hogy lefelé szabályozni a rosszindulatú sejtekben összehasonlítva nem rosszindulatú oszlopos hámsejtek. Az azonosított fehérjék tűnt, hogy részt vegyen az anyagcserét, fehérjék, antioxidáns, jelátvitel, az apoptózis, a sejtburjánzást, és differenciálódását. Ezen túlmenően, kifejezései Hsp27, 60 és PRX-2 GCA mintákat tovább igazoltuk immunhisztokémiai és Western-blot-analízissel.
Következtetés
Ezek az adatok azt jelzik, hogy a kombináció a navigált LCM 2-DE nyújt hatékony stratégia felfedezésére fehérjék, amelyek differenciálisán kifejezve GCA. Ezek a fehérjék hozzájárulnak tisztázásához molekuláris mechanizmusainak GCA kialakulásában. Továbbá a kombináció lehetséges klinikai biomarkerek, hogy a támogatás a korai felismerés és a lehetséges terápiás célokat. Katalógusa Háttér katalógusa különféle elemzések rák előfordulási adatok selejtezett nyugati országokban feltárt rohamosan emelkedő árak adenocarcinoma a nyelőcső és cardia a az elmúlt néhány évtizedben, míg a stabil és csökkenő árak nyelőcső laphámrák (SCC) és a disztális gyomor adenokarcinóma (DGA) [1-3]. Ez a jelenség is megfigyelhető Kínában, kivéve, hogy a növekvő előfordulása cardia adenocarcinoma (GCA) jelenik meg jelentősen magasabb, mint az előfordulási nyelőcsőrák. A bizonyítékok azt mutatják, hogy a GCA egy külön klinikai entitás, mivel a patogenezis és kockázati tényezők meglehetősen eltérnek DGA. Ezért GCA sokkal gyakoribb, nagyobb gyakorisággal nyirokcsomó-metasztázis és rosszabb prognózist, mint DGA [4]. Az éves előfordulási GCA 50/100000 és az is lehet olyan magas, mint 190 /100.000 számos régiójában Kína [5]. A viszonylag tünetmentes természet a korai szakaszában a betegséget, és a nem megfelelő szűrővizsgálatok eredményezték többsége GCA diagnosztizált betegek, hogy még egy már előrehaladott szakaszában a betegség. Így szükség van, hogy megértsük a molekuláris mechanizmusa carcinogenesis, és azonosítsa a biomarkerek a korai diagnózis és hatékony kezelés az emberi GCA.
Nemrégiben a proteomot vált, mint egy komplement komponens a genom. A feltételezés az, hogy drasztikusan segít felfeslése biokémiai és fiziológiai mechanizmusok komplex többváltozós betegségek funkcionális molekuláris szinten. Bár a genetikai mutáció és /vagy tévelygő génexpresszió hátterében egy betegség, a biokémiai bázisok a legtöbb betegségek által okozott fehérje hibák. Ezért egy elemzés a globális fehérje bőség humán tumorokban, az úgynevezett rák proteomikai kaphatná sok lehetőségek és kihívások azonosítása új tumormarkerek és terápiás célokat, valamint a megértés daganat patogenezisében. Jelenleg két-dimenziós gélelektroforézis (2-DE) és tömegspektrometria (MS) a legszélesebb körben alkalmazott eszközök elválasztására és proteinek azonosítására. Azonban heterogenitás mindig aggodalomra ad okot a vizsgálatok humán tumor szövetben. Bár a sejt kultúra egyik megközelítés, hogy megoldja ezt a problémát, lehet, hogy nem pontosan képviselik a molekuláris események zajlanak a tényleges szövetben, amelyből származnak [6]. Közötti összehasonlítás humán prosztata sejtvonalak és a tumor sejtek ugyanazon beteg azt mutatta, hogy 20% -a fehérje profilok megváltoztatták [7]. Lézeres elfog mikrodisszekció (LCM) egy új fejlesztés, amely felhasználható beszerezni igen reprezentatív szubpopuláció sejtek komplex heterogén szövetmintákból [8]. Ez a technológia már sikeresen alkalmazták a változatos skáláját használó tanulmányok későbbi elemzés a DNS-t és RNS-szinten, beleértve a globális génexpressziós [9], és elemzi a proteomot prosztata [7], a vastagbél [10], hepatocelluláris [11 ], emlő [12], és a hasnyálmirigy-daganatok [13]. Azonban a kombináció 2-DE, MS soha nem alkalmazták a tanulmány az emberi GCA.
A tanulmány célja, hogy felvázolja a karcinogenezis GCA és azonosítani GCA-specifikus betegséggel asszociált fehérjék potenciális klinikai biomarkerek korai felismerés és új terápiás célpontokat. Végeztünk navigálással LCM gazdagítja mind a rosszindulatú és nem rosszindulatú gyomor szív hámban sejtek párosított műtéti mintából emberi GCA. A fehérjéket kivonjuk ezeket a sejteket elválasztottuk 2-DE. Differenciál fehérje foltokat úgy azonosítottuk, hogy peptid-tömeg ujjlenyomat (PMF) alapján mátrix-segített lézer deszorpciós /ionizációs time-of-flight tömegspektrometria (MALDI-TOF MS) és az adatbázis-kereséssel. Érvényességét ezeket a megállapításokat igazoltuk immunhisztokémiai és Western-blot-analízissel.
Módszerek
Anyagok
IPG csíkok (pH = 3-10 nem-lineáris) és az IPG puffer-oldatok (pH = 3-10 nem-lineáris) vásároltunk a Amersham Pharmacia Biotech (APB, Svédország). DTT, karbamid, tiokarbamid, Tris bázis, TX-100, CHAPS, glicin, akrilamid, metilén, SDS, TEMED, ammónium-perszulfát, ezüst-nitrát, tripszin (szekvenálás fokozat), ACN, és TFA-t (Sigma, St. Louis, MO, USA). Végül, a teljes proteáz inhibitor koktél volt: Roche (Lewes, UK). Milli-Q minőségű vizet használtunk az összes megoldást.
GCA mintákat
kilenc pár emberi cardia adenocarcinoma és azok szomszédos nontumourous cardia szöveteket kapunk követő 30 percen belül egy sebészi eltávolítását a második kapcsolt kórház Xi ' egy Jiaotong Egyetem 2005-ben (1. táblázat). Annak érdekében, hogy elkerüljék a nyilvánvaló területek fekély vagy nekrózis, a mintákat beszerzett a széleit a daganatok. Ezeket azonnal lefagyasztottuk folyékony nitrogénben, és -80 ° C-on a felhasználásig. A tájékozott hozzájárulást szereztünk be az összes betegnél. Eközben két tapasztalt patológusok értékeltük a daganat osztályozás egy mikroszkopikus vizsgálata a samples.Table 1 klinikai és szövettani a páciens adatai tumorminták katalógusa Case

Age

Gender

Locationa)

Size(cm)

Grade

1
58
M
Within 2 cm GEJ
1,5 × 2

• Klinikai jelentősége palliatív resectio a betegek túlélési gyógyíthatatlan előrehaladott gyomorrák: rendszeres felülvizsgálatát és meta-analysis
• MikroRNS-645, akár szabályozott humán adencarcinoma a gyomor nyelőcső találkozásánál, gátolja az apoptózist célzott tumor szupresszor IFIT2