Geeniekspressioanalyysiä helikobakteeri-infektio ja korkea-suolaa ruokavalio-käsitellyn hiiren mahakasvaimen malli: tunnistaminen CD177 uutena ennustetekijä potilailla mahalaukun cancer

geeniekspressioanalyysiä helikobakteeri
infektoiduista ja runsassuolaista ruokavalio-käsitellyn hiiren mahakasvaimen malli: tunnistaminen CD177 uutena ennustetekijä potilailla mahalaukun syövän
tiivistelmä
tausta
Helicobacter pylori
(H. pylori
) infektion ja liiallinen suolan saanti tunnetaan tärkeitä riskitekijät mahasyövän ihmisillä. Kuitenkin vuorovaikutukset näiden kahden tekijän kanssa geeniekspressioprofiilien aikana mahasyövän jää epäselväksi. Esillä olevassa tutkimuksessa tutkimme maailmanlaajuinen geeniekspression liittyy vatsaan syövän synnyn ja ennusteen ihmisen mahasyövän käyttäen hiirimallissa. Tool Menetelmät
Löytää kandidaattigeenit mukana mahassa Karsinogeneesin me ensin rakennettu karsinogeeniksi aiheuttama hiiri mahakasvaimen malli yhdistettynä H. pylori
infektio ja korkea-suolaa ruokavaliosta. C57BL /6J-hiirille annettiin N
-metyyli-N
-nitrosourea niiden juomavedessä ja tapettiin 40 viikkoa. Eläimet yhdistelmän ryhmä rokotettiin helikobakteeri
ja syötetään korkean suolaa ruokavaliosta. Geeniekspressioprofiilit rauhas vatsassa hiirillä tutkittiin oligonukleotidi microarray. Toiseksi tutkimme käytettävyys ehdokas geenin ennustetekijä ihmispotilaille. Immunohistokemiallinen analyysi CD177, yksi ylös-geenien, suoritettiin ihmisen edennyt mahasyöpä yksilöitä arvioimaan yhdessä ennusteeseen.
Tulokset
moninaisuus mahakasvaimen in karsinogeeni saaneilla hiirillä kasvatti merkittävästi yhdistelmällä helikobakteeri
infektio ja korkea-suolaa ruokavaliosta. Vuonna mikrosiruanalyysi, 35 ja 31 yli kaksi kertaa säädelty ja alas geenien, vastaavasti, havaittiin helikobakteeri
infektiosta ja korkea-suolaa ruokavalio yhdistettynä ryhmässä verrattuna muihin ryhmiin. Kvantitatiivinen RT-PCR vahvisti merkittävästi yli-ilmentyminen kahdella ehdolla geenejä, mukaan lukien Cd177
ja Reg3g
. On immunohistokemiallinen analyysi CD177 ihmisen edennyt mahasyöpä yksilöt, yli-ilmentyminen oli ilmeistä 33 (60,0%) ja 55 tapauksissa merkittävästi korreloi myönteisen ennusteen (P
= 0,0294). Monimuuttujamenetelmin myös kliinis tekijät kovariantteja paljasti korkean ilmentymisen CD177 olevan itsenäistä ennustetekijä yleisen eloonjäämisen.
Johtopäätökset
Nämä tulokset viittaavat siihen, että hiirimallissa yhdistettynä H. pylori
infektio ja korkea-suolaa ruokavaliosta on käyttökelpoinen geenin ilmentymisen profilointia mahasyövän, jotka osoittavat, että CD177 on uusi ennustetekijä mahasyöpä. Tämä on ensimmäinen raportti osoittaa ennustetyövälineenä korrelaation CD177 ilmaisun ja kiinteä kasvain käyttäytymistä.
Avainsanat
Cd177 Mahasyöpää Helicobacter pylori
Microarray Salt Background
Mahasyöpä on neljänneksi yleisin syöpä ja toiseksi yleisin syy syöpään liittyvän kuoleman maailmanlaajuisesti [1]. Helicobacter pylori
(H. pylori
) on nyt tunnustettu merkittävä riskitekijä krooninen gastriitti ja mahasyöpä kehittämiseen [2]. Lisäksi ympäristö- ja isäntä tekijät on myös osoitettu vaikuttavan mahasyövän, ja suola (natriumkloridi, NaCl) ja suolainen ruoka ovat erityisen tärkeitä, saatuun näyttöön useat epidemiologiset ja kokeelliset tutkimukset [3-6]. Niinpä altistuminen sekä helikobakteeri
infektion ja liiallinen suolan saanti näyttää olevan erittäin tärkeä kehittymistä ja etenemistä mahalaukun kasvaimet, vaikka yksityiskohtainen mekanismeja, etenkin geeniekspressioprofiilien, vielä päätettävä.
korkean suoritustehon sirutekniikalla tarjoaa tehokkaan työkalun kattavia geenin analyysi, sovelletaan jo arvioida geeniekspressiomalleja sekä ihmis- näytteiden ja eläinmalleissa mahalaukun sairaudet [7-16]. Vaikka monet tutkijat ovat keskittyneet geenien ilmentymiseen helikobakteeri
-käsitellyssä mahan solulinjat [17-19], tulokset soluviljelmässä eivät välttämättä korreloi spesifisten geenien in vivo
mikroympäristössä mukana isännän immuunijärjestelmän vasteet ja strooman-epiteelin vuorovaikutuksia syövissä. Karsinogeeni saaneista Mongolian gerbiilit on käytetty hyödyllisenä eläinmalli H.pylorin
-associated mahasyövän [20-24], ja me aikaisemmin raportoitu, että synergistinen vuorovaikutus helikobakteeri
infektio ja korkea-suolaa saanti kiihdyttää krooninen tulehdus ja kasvaimen kehitystä vatsat näiden eläinten [25, 26]. Valitettavasti on vain vähän tietoa saatavilla antilooppirottamallissa genomin, vaikeuttaa geneettistä ja molekyylitason analyysi. Siksi huomio on keskittynyt hiiren malleissa [12, 13], ja perustamalla hiirimallissa mahasyövän jossa suolaa ja helikobakteeri
valotus tarvitaan tutkimusten kohdistaminen geenien mahasyövän.
Aiemmat microarray tutkimuksia käyttämällä jyrsijämallia ei eroteltu ja luonnehtia ekspressioprofiileja perustuu monen H.pylorin
infektio ja suolan saantia. Esillä olevassa tutkimuksessa tutkimme geenin ilmentymistä mahan limakalvon on helikobakteeri
infektoiduista ja korkea-suolaa ruokavalio-käsitellyn hiiren mahakasvaimen mallin oligonukleotidi- microarray ja löysivät kaksi ehdokas jopa geenien myös Cd177
ja Reg3g
. Tutkimme myös ilmaus CD177 ihmisen kehittynyt mahasyövistä immunohistokemiallisesti, ja saatu todisteita mahdollisena ennustetekijä vatsaan syövän syntymistä. Tool Menetelmät
istuttamisen helikobakteeri
helikobakteeri
valmistettiin samalla menetelmällä kuten aiemmin on kuvattu [27, 28]. Lyhyesti, H. pylori
(Sydney-kanta 1) ympättiin Brucella-agar-levyillä (Becton Dickinson, Cockeysville, MD, USA), joka sisälsi 7% (v /v) lämpö-inaktivoitua naudan sikiön seerumia (FBS), ja inkuboitiin 37 ° C ° C mikroaerofiilisissä olosuhteissa korkeassa kosteudessa 2 päivää. Sitten bakteerit viljellään levyt vietiin Brucella liemi (Becton Dickinson), jota oli täydennetty 7% (v /v) FBS: ää, ja inkuboidaan samoissa olosuhteissa 24-h. Sen jälkeen, kun 24-tunnin paasto, eläimet olivat sisäiseen mahalaukussa siirrostettiin H. pylori
(1,0 x 10 8 pesäkettä muodostavaa yksikköä). Ennen rokotus, liemi viljelmät helikobakteeri
tarkastettiin alle faasikontrastimikroskoopissa bakteeri- muodon ja liikkuvuutta.
Eläimet ja koesuunnitelma
Viisikymmentäkuusi erityinen patogeenittomassa mies, 5- tai 6 -week ikäiset C57BL /6J-hiiriä (CLEA Japani, Tokio, Japani) käytettiin tässä tutkimuksessa. Kaikki Eläimiä pidettiin muovisissa häkeissä kovapuisille-chip liinavaatteet ilmastoitu tartuntavaara huone, jossa on 12 tunnin valo /12 tunnin pimeä jakso, ja niille annettiin vapaa pääsy ruokaan ja veteen koko. Kokeellinen suunnittelu hyväksyttiin Animal Care komitean Aichi Cancer Center Research Institute, ja eläimet hoidettiin vuonna vakiintuneiden ohjeiden mukaisesti sekä suuntaviivojen asianmukaisesta suorittamisesta eläinkokeet (Science Council of Japan, 01 kesäkuu 2006 ).
kokeellinen malli on esitetty kuviossa 1A. Hiiret jaettiin 4 ryhmään (ryhmät A-D); 21, 5, 15, ja 15 hiirtä jaettiin A, B, C, ja D-ryhmässä, alkaessa kokeen. Eläimet ryhmien B ja D, ympättiin helikobakteeri
sisäisen mahalaukussa joka toinen viikko (yhteensä 7 kertaa), kun taas hiiret muiden ryhmien ympättiin Brucella liemi yksin. Kaikki hiirille annettiin N
metyyli-N
-nitrosourea (MNU, Sigma Chemical, St. Louis, MO, USA) niiden juomavedessä pitoisuus 120 ppm joka toinen viikko (yhteensä altistus oli 5 viikkoa) . Tätä tarkoitusta varten MNU oli juuri liuotettiin tislattuun veteen kolme kertaa viikossa. Hiiret ryhmien C ja D sai CE-2 ruokavaliot (pohjapinta natriumpitoisuus 0,36%; CLEA Japani), joka sisälsi 10% NaCl. Altistuksen aikana, yksi eläin ryhmän B, yksi ryhmä C ja kuusi ryhmän D kuoli tai tuli kuolemaisillaan ja ne jätettiin pois kokeesta. Klo 40 viikon pysyi eläimille tehtiin syvä anestesia ja laparotomiaa kanssa leikkaamalla vatsaan. Kuva 1 Kokeellinen suunnittelu ja histopatologiset löydökset. V: Kokeellinen suunnittelu. Viidestä kuuteen viikkoa vanhoja C57BL /6J hiiriä inokuloitiin helikobakteeri
SS1 kanta (B ja D) tai Brucella liemi (ryhmät A ja C). Kaikki eläimille annettiin 120 ppm MNU niiden juomavedessä joka toinen viikko (kokonaisvastuista 5 viikkoa). Hiirillä ryhmien C ja D annettiin perusruokavaliolla (CE-2), joka sisältää 10% NaCl. B: Histopatologinen havainnot MNU aiheuttama hiirissä mahalaukun kasvaimet. (A ja b) Mahalaukun adenooma mahanportin alueeseen MNU käsitellyn ja helikobakteeri
infektoiduista hiiri (ryhmä B). (C ja d) Mahalaukun adenokarsinooma havaittiin ryhmässä B. Huomaa korkea solutiheys ja solu- ja rakenteellisia atypia. Bar = 200 (a ja c) tai 100 pm (b ja d).
Histologinen arviointi
histologista tutkimusta varten, vatsat fiksoitiin 10% neutraalissa puskuroidussa formaliinissa 24 tunnin ajan, viipaloitu pituusakselia pitkin suikaleiksi yhtä leveä, ja upotettiin parafiiniin. Neljän pm paksu osat valmistettiin ja värjättiin hematoksyliinillä ja eosiinilla (H &E) histologista havainto. Kasvaimet luokiteltiin adenooma ja adenokarsinooma perustuvat solu- ja morfologiset atypia ja invasiivisen kasvun submukoosassa kuten olemme raportoitu aiemmin [21].
RNA: n valmistaminen ja oligonukleotidi mikrosiruanalyysillä
Yhteensä RNA eristettiin koko mahalaukun limakalvon lukien sekä kasvain ja ääreiskudoksessa käyttäen RNeasy Plus Mini Kit (Qiagen, Hilden, Saksa) ja sen laatu tarkastetaan mikrosirulla elektroforeesijärjestelmään (i-chip SV1210, Hitachi Chemical, Tokio, Japani). Korkealaatuisia näytteet valittiin, ja yhdistettiin kunkin ryhmän, jotta vältetään yksittäisten ero oligonukleotidin microarray arviointi (ryhmä A, n = 3, B, n = 4, C, n = 6; D, n = 7). CodeLink Mouse Whole Genome Bioarray (Applied mikrosirut, Tempe, AZ, USA), joka sisälsi 35587 koetin sarjaa per siru käytettiin analysoimaan geeniekspressioprofiilien. Hybridisaatio, käsittely, ja skannaus suoritettiin Filgen, Inc. (Nagoya, Japani), skannaustummuus kuvien analysoidaan käyttäen ohjelmistopakettia (Microarray Data Analysis Tool, Filgen). Complete-sidoksen hierarkkinen klusterointi tutkittiin myös neljää ryhmää käyttäen pätevän koetin osajoukko (Filgen).
Quantitative reaaliaikaisen RT-PCR ilmaisun profiileja hiirissä mahalaukun
Suhteellinen kvantitatiivisen tosiaikaisen RT-PCR suoritettiin käyttäen StepOne Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA), jossa hiiren erityisiä glyseraldehydi-3-fosfaattidehydrogenaasi (GAPDH
) geenin sisäisenä kontrollina. Jälkeen DNaasikäsittely, ensimmäisen juosteen cDNA syntetisoitiin kokonais-RNA käyttäen SuperScript Vilo cDNA Synthesis Kit (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). PCR suoritettiin periaatteessa noudattamalla valmistajan ohjeita käyttäen QuantiTect SYBR Green PCR Kit (Qiagen). Alukesekvenssit kullekin geenille on lueteltu taulukossa 1. erityisyys PCR-reaktioiden vahvistettiin käyttäen sulan käyrä ohjelman mukana StepOne ohjelmiston ja elektroforeesi PCR-näytteiden 3% agaroosigeeleillä. Ilmentymistasojen mRNA: t normalisoitiin mRNA-tason GAPDH
ja kontrolliin verrattuna hiirillä (ryhmä A), jonka ΔΔCT method.Table 1 Alukesekvenssit suhteellisen kvantitatiivisen tosiaikaisen RT-PCR
Gene

sekvenssit
Tuotteen pituus
liittymistä ei.
GAPDH
5'- AACGGATTTGGCCGTATTG-3 '
140
NM_008084
5'-TTGCCGTGAGTGGAGTCATA-3 '
Cd177
5'- AGGGGTGCCACTCACTGTTA-3'
128
NM_026862
5'- CCGATTGTTTTGGAGTCACC-3
Reg3g

5'-GTATGGATTGGGCTCCATGA-3 '
106
NM_011260
5'- GATTCGTCTCCCAGTTGATG-3'
Muc13
5'- CCTAATCCCTACGCAAACCA-3 '
124
NM_010739
5'-TCTGCCCATTTCTCCTTGTC-3 '
GAPDH
glyseraldehydi-3-fosfaattidehydrogenaasi, Reg3g
regeneroimaan saareke-johdettu proteiini 3: gamma, Muc13
musiini 13.
Potilaat ja kasvain näytteet
yhteensä 55 tapausta ensisijaisen edennyt mahasyöpä, kirurgisesti resektoitiin Aichi Cancer Center Hospital (Nagoya, Japani) vuodesta 1995 vuoteen 2002, tutkittiin saatuaan tietoon perustuva suostumus. Tutkimuksen hyväksyi eettinen komitea Aichi Cancer Center. Potilaat olivat kaikki mies- ja keski-ikä ja mediaani seuranta-aika oli 58,6 ± 10,2 vuotta ja 83 viikkoa. Ei kukaan ollut saanut ennen leikkausta kemoterapiaa tai sädehoitoa. Karsinoomat viereisen limakalvon kudos kiinnitettiin ja upotettiin parafiiniin, ja leikattiin värjäyksessä H &E. Luokittelu tuumorin luokitus ja diagnoosi edenneiden tehtiin mukaan Japani luokittelu mahakarsinoomat [29]. Syövistä olivat tunkeutuneet muscularis propria (T2 TNM-luokitus), The subserosa (T3), tai herakalvojen ja vatsaonteloon (T4a), joka joskus on viereiset elimet (T4b).
Immunohistokemia käyttäen ihmisen mahasyövän kudos
Tutkimme ilmaisua CD177, joille kaupallinen ensisijainen vasta-aine oli saatavilla, ihmisen mahasyövän kudoksiin immunohistokemiallisesti. Sen jälkeen, kun esto endogeenisen peroksidaasin aktiivisuuden upottamalla 3% vetyperoksidia /metanoliliuoksella, antigeeni haku suoritettiin 10 mM sitraattipuskurilla (pH 6,0), mikroaaltouunissa 10 minuutin ajan 98 ° C: ssa. Sitten leikkeitä inkuboitiin hiiren monoklonaalisella anti-CD177-vasta-ainetta (klooni 4C4, laimennettu 1: 100, Abnova, Taipei, Taiwan). Värjäys CD177 suoritettiin käyttäen Vectastain Elite ABC Kit (Vector Laboratories, Burlingame, CA, USA) ja sitoutuminen visualisoitiin 0,05% 3,3'-diaminobentsidiiniä. Tulokset CD177 immunovärjääminen neoplastiset solut luokiteltiin neljään astetta; arvosana 0 (ei mitään, 0-10% on positiivisia soluja), luokka 1 (heikko, 10-30%), luokka 2 (kohtalainen, 30-60%), ja luokan 3 (voimakas, yli 60%), joka perustuu suhteessa värjätään solut, ja tapaukset osoittavat kohtalaista tai voimakasta värjäytymistä pidettiin positiivisina.
tilastollinen analyysi
Chi-neliö -testi Bonferroni korjausta käytettiin arvioimaan ilmaantuvuus mahakasvaimen. Kvantitatiivisia arvoja, mukaan lukien lukuisia kasvaimen ja suhteellinen mRNA: n edustivat keskiarvoja ± SD tai SE, ja eroja avulla analysoitiin tilastollisesti ANOVA tai Kruskal-Wallisin testiä, jota seuraa Tukey testi useita vertailuja. Kokonaiselossaoloaika arvioitiin käyttämällä Kaplan-Meier menetelmällä ja log-rank testi vertailuja. Korrelaatioita CD177 ilmaisun ja kliinis tekijöitä analysoitiin ANOVA tai Chi-square testi. Monimuuttuja-analyysi suoritettiin tutkimaan, CD177 yli-ilmentyminen oli itsenäinen ennustetekijä käyttäen Coxin suhteellisen vaarat regressiomallin. P
arvot < 0,05 katsottiin olevan tilastollisesti merkitsevä.
Tulokset
Ilmaantuvuus ja multiplicities mahalaukun kasvaimet
tehokas määrä hiiriä ja havaittu ilmaantuvuus ja multiplicities mahalaukun kasvaimet on esitetty taulukossa 2. kasvaimia kehittyi mahalaukun limakalvon kaikkien MNU-käsiteltyjen ryhmien (ryhmät AD) (kuvio 1 B). Korkeissa-suolaa ruokavalio-käsiteltyjen ryhmien (ryhmät C ja D), ilmaantuvuus mahakasvaimen ryhmässä D (H. pylori
infektoiduista; 100%) oli merkittävästi suurempi kuin ryhmässä C (ei-tartunnan; 50,0 %) (P
< 0,05). Vuonna Perusruokavalioon ryhmät (ryhmät A ja B), ilmaantuvuus oli myös lisääntynyt helikobakteerin
infektio (ryhmä A, 61,9% ja B-ryhmän, 100%), joskin ilman tilastollista merkittävyyttä. Monikerrat koko kasvaimia sekä helikobakteeri
infektoiduista ryhmät (ryhmä B, 3,3 ± 1,0 kasvaimia /hiiri ja D, 2,6 ± 1,1) olivat merkittävästi korkeampia kuin ei-tartunnan ryhmät (ryhmä A, 0,9 ± 0.8 ja ryhmä C, 1,0 ± 1,2) (P
< 0,05). Moninaisuus mahalaukun adenokarsinooman ryhmässä D (2,1 ± 1,4) oli hieman korkeampi kuin ryhmä B (1,8 ± 1,0) ja huomattavasti yli Lohko C arvo (0,8 ± 1,0) (P
< 0,05). Sen sijaan multiplisi- adenoomia ryhmät A ja D (0,1 ± 0,4 ja 0,4 ± 0,5, tässä järjestyksessä) olivat huomattavasti alhaisemmat kuin B ryhmän (1,5 ± 0,6) (P
< 0,05 ja 0,01) .table 2 ilmaantuvuus ja moninaisuus mahalaukun kasvaimia MNU saaneilla hiirillä
Ryhmä
Tehokas määrä
hoito
esiintyminen (%)
moninaisuus (no. of kasvain /hiiri)
adenooma
karsinooma
Yhteensä kasvain
adenooma
karsinooma
Yhteensä kasvain


21
MNU
3 (14,3)
13 (61,9)
13 (61,9)
0,1 ± 0,4 A
0,8 ± 0,7
0,9 ± 0,8
b
4
MNU + H. pylori
4 (100) b
4 (100) b-4 (100) b 1,5 ± 0,6
1,8 ± 1,0
3,3 ± 1.0c
C
14
MNU + 10% NaCl
2 (14,3) B 6 (42,9) B 7 (50,0)
0,2 ± 0,6
0,8 ± 1,0
1.0 ± 1.2
D
9
MNU + H. pylori
+ 10% NaCl
4 (44,4)
8 (88,8)
9 (100), d
0,4 ​​± 0.5e
2,1 ± 1.4D
2,6 ± 1.1 d
arvot monikerroille ilmoitetaan keskiarvoina ± SD. Esiintymistiheys oli yleensä arvioitiin Chi-square testi, jonka jälkeen pareittain analyysi Bonferroni korjaus. Multiplisiteetit olivat yleensä analysoitiin ANOVA, jota seurasi Tukey testin moninkertaista vertailua varten. aP
< 0,01 vs.
Group B BP
< 0,01 vs.
Group, cP
< 0,05 vs.
Group, dP
< 0,05 vs.
Group C, EP
< 0,05 vs.
Group B.
geeniekspressioprofilointi vuonna rauhas vatsat oligonukleotidi- microarray
With oligonukleotidigeenisirumenetelmää, verrattuna ei-tartunnan ja perusruokavalioon käsitellyn ryhmän (ryhmä A), 34 geenejä säädellään ylöspäin ja 169 olivat alassäädetty yli kaksijakoinen helikobakteeri
infektoiduista hiiristä (ryhmä B), 56 säädelty ja 129 alas -regulated korkean suolaa ruokavaliosta käsitellyissä hiirissä (ryhmä C), ja 69 säädelty ja 214 alassäädetty yhdistetyssä ryhmässä (ryhmä D) (kuvio 2A). Yhdessä kuten taulukossa 3, huomasimme, että 35 geenit olivat säädelty ja 31 geenit alassäädetty yli kaksi kertaa ainoastaan ​​yhdistämällä helikobakteeri
infektio ja korkea-suolaa ruokavaliosta. Lisäksi hierarkkinen klusterointi analyysi suoritettiin neljä ryhmää, joissa on yhteensä 303 pätevän koettimia käyttäen täydellinen-sidoksen klusterointialgoritmi (kuva 3). Kolmekymmentäyksi antureista kuten Cd177
, Reg3g
ja Muc13
varmistettiin olevan sisällä klusterin antureista säädelty vain Group D. Myöhemmät analyysi tässä tutkimuksessa keskityttiin näiden geenien, koska se katsottiin, että geenit, jossa ilmentyminen oli muuttunut vain yhdistetyssä ryhmässä saattaa liittyä mahasyövän ja etenemistä ihmisellä. Kuva 2 Global geenin analyysi rauhas vatsassa MNU käsiteltyjen hiirten avulla oligonukleotidia mikrosirulla. V: määrä geenejä ylä- tai alassäädetty yli kaksinkertaisesti vatsassa MNU-käsiteltyjen hiirten. Vuonna Venn n kaavio, ympyrät osoittavat ylä- (vasemmalla) tai alassäädetty (oikealla) geenit vatsassa MNU käsiteltyjen hiirten kanssa H. pylori
infektio, korkea-suolaa ruokavaliosta tai niiden yhdistelmä. Varjostettu alue edustaa ylä- tai alas geenien yli kaksi kertaa ainoastaan ​​yhdistelmällä. B: Quantitative reaaliaikainen RT-PCR-analyysi kolmen valitun ajan geenien (Cd177
, Reg3g
, ja Muc13
) kun vatsat MNU-käsiteltyjen hiirten. Ekspressiotasot geenien kussakin näytteessä normalisoitiin GAPDH
sisäisenä kontrollina käyttämällä ΔΔCT menetelmällä. Suhteellinen ekspressiotasoja edustivat X-kertainen muutos suhteessa Group A (vahvistettu 1,0). Tilastollinen analyysi suoritettiin Kruskal-Wallisin testi yleisanalyysista ja Tukey testi moninkertaista vertailua varten. Bars, SE; *, P
< 0,01 vs.
ryhmä A ja < 0,05 vs.
Group C; †, P
< 0,01 vs.
Group C.
Taulukko 3 geenien yhdistämällä helikobakteeri-infektion ja korkea-suolaa ruokavalio hiiren mahan limakalvoa
liittymistä ei.
Symbol

geenit /proteiineja

kertamuutoksia
Up geenien
XM_357640
IGK-V8
immunoglobuliini kappaketjun vaihtelevan 8 (V8) B 14.4
XM_001472541
Ighg
immunoglobuliinin raskaan ketjun (gamma-polypeptidiä)
9,2
NM_026862
Cd177
CD177 antigeenin
7,3
NM_011260
Reg3g
Uudistava luoto johdettu 3 gamma
6.1
NM_023137
UBD
Ubiquitin D
4,3
XM_144817
IGK-V34
immunoglobuliini kappaketjun vaihtelevan 34 (V34)
4,1
NM_007675
Ceacam10
Karsinoembryonaalinen antigeeni liittyvät soluadheesiomolekyyli 10
3,7
NM_183322
Khdc1a
KH domeenin, joka sisältää 1A
3,3
NM_011475
Sprr2i
Pieni proliinipitoinen proteiinia 2I
3,2
NM_175165
Tprg
Transformation liittyvä proteiini 63 säädellään
3,2
NM_175406
Atp6v0d2
ATPaasi, H + kuljettava lysosomaaliset V0 alayksikköä D2
3,0
NM_009703
Araf
v-raf hiiren sarkooma 3611 virus- onkogeeni homologin
2,6
NM_026822
Lce1b
Late sarveistuneiden kirjekuori 1B
2.5
NM_016958
Krt14
Keratiini 14
2,5
NM_212487
Krt78
Keratiini 78
2,4
NM_009807
Casp1
Kaspaasi 1
2.4
NM_146037
Kcnk13
Kalium kanava, subfamily K, jäsen 13
2,4
NM_019450
Il1f6
interleukiini 1 perhe, jäsen 6
2.3
NM_008827
PGF
istukan kasvutekijä
2,3
XM_893506
Klk12
Kallikrein liittyvät peptidaasi 12
2.3
NM_016887
Cldn7
Claudin 7
2.3
NM_029360
Tm4sf5
Transmembraaniset 4 superperheen jäsen 5
2.2
NM_172301
CCNB1
sykliini B1
2,2
NM_010739
Muc13
musiinigeenit 13, epiteelin transmembraaninen
2,2
NM_011165
Prl4a1
Prolaktiinivapauttajapeptidit perheen 4, subfamily a, jäsen 1
2,2
NM_010162
Ext1
Exostoses (useita) 1
2.2
NM_011704
Vnn1
Vanin 1
2,1
NM_011082
Pigr
Polymeerieristeet immunoglobuliini reseptorin
2,1
NM_007769
Dmbt1
Poistettu in pahanlaatuisen aivokasvaimen 1
2,1
NM_022984
Retn
resistiinin
2,1
NM_173037
Tmco 7
transmembraaniaktivaattori ja rulla-kela domain 7
2.1
NM_009100
Rptn
Repetin
2,1
NM_007630
Ccnb2
sykliini B2
2,1
NM_001081060
Slc9a3
liuenneen aineen kantaja perhe 9 (natrium /vety lämmönvaihdin), jäsen 3
2,0
NM_146588
Olfr1030
Haju-reseptorin 1030
2.0
Down geenien
NM_008753
Oaz1
ornitiinidekarboksylaa- antizyme 1
0,31
NM_027126
Hfe2
hemochromatosis tyypin 2 (nuoruusiän) (ihmisen homologi) B 0,33
NM_053206
Magee2
Melanooma antigeeni, perhe E, 2
0,33
NM_010924
Nnmt
Nicotinamide N-metyylitransferaasi
0,41
NM_026260
Tctn3
Tectonic perheenjäsen 3
0,41
NM_181039
Lphn1
Latrophilin 1
0,43
NM_008312
Htr2c
5-hydroksitryptamiini (serotoniini) -reseptorin 2C
0,43
NM_146667
Olfr740
Haju-reseptorin 740
0,44
NM_007550
BLM
Bloom oireyhtymä homologi (ihmisen)
0,44
NM_011243
WR
retinoiinihapporeseptoriin, beeta
0,44
NM_184052
IGF1
Insuliinin kaltaisen kasvutekijä 1
0,45
NM_013893
Reg3d
Uudistava saarekkeen johdettu 3 delta
0,46
NM_008645
Mug1
Murinoglobulin 1
0,46
NM_029550
Keg1
Munuainen ilmaistu geeni 1
0,46
NM_019388
CD86
CD86-antigeenin
0,46
NM_011316
Saa4
Seerumin amyloidi A 4
0,47
NM_007811
Cyp26a1
sytokromi P450, perhe 26, subfamily a, polypeptidi 1
0,47
NM_011538
Tbx6
T-box 6
0,48
NM_011086
Pip5k3
fosfatidyyli-3-fosfaatin /fosfatidyyli 5-kinaasi, tyyppi III
0.48
NM_133723
Asph
Aspartate-beta-hydroxylase
0.48
NM_001081390
Palld
Palladin, tukirangan liittyvä proteiini
0,48
NM_007858
Diap1
läpikuultavat homologin 1 (Drosophila) B 0,48
NM_053271
Rims2
Regulating synaptisen kalvon eksosytoosilla 2
0,48
NM_153163
Cadps2
Ca2 +: sta riippuviin aktivaattori proteiinin erityksen 2
0,49
NM_007541
Bglap1
Bone gamma karboksiglutamaatti proteiini 1
0,49
NM_031871
Ghdc
GH3 verkkotunnuksen sisältäviä
0,49
NM_025545
APTX
Aprataxin
0,49
NM_177322
Agtr1a
angiotensiini II -reseptorin, tyyppi 1a
0,49
NM_026872
Ubap2
Ubiquitin liittyvä proteiini 2
0,49
NM_028045
Erv3
Endogeeninen retroviruksen sekvenssi 3
0,49
NM_011641
Trp63
Transformation related protein 63
0,49
Kuvio 3 hierarkkinen ryhmittely analyysi neljän koeryhmään MNU-käsitellyistä hiiristä. Expression tietoja 303 pätevän antureista (vasemmalla). Neljä koeryhmää luokiteltiin kahteen klusterit (ryhmät A /C) ja (ryhmät B /D), joka perustuu yhtäläisyyksiä ekspressiokuvioita. Kukin rivi edustaa koetin ja kukin sarake edustaa koeryhmän (ryhmät A-D). Kuten esitetään väripalkkisignaaliin, vihreä tarkoittaa säätelyä ylöspäin; osoitetaan punaisella alassäätöä; ja musta merkitsee mitään muutosta. Kolmekymmentäyksi antureista muodostuu klusterin antureista säädelty vain Group D (oikealla).
Koko tulokset mikrosiruanalyysi on esitetty ja ovat helposti saatavilla julkiselta tietokannasta NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) kanssa hakunumero GSE29444 (näytteen numero: GSM728857-60).
kvantitatiivinen reaaliaikainen RT-PCR-analyysi geenin ilmentymisen profiilien MNU-käsitellyn hiiren mahat
Suhteellinen kvantitatiivisen tosiaikaisen RT-PCR-analyysi kolmen valitun ylä- säännelty geenejä (Cd177
, Reg3g
, ja Muc13
) vuonna helikobakteeri
infektoiduista ja korkea-suolaa ruokavaliosta hoidetuissa hiirissä vahvistettiin lisääntyneen ilmentymisen Cd177
ja Reg3g
, kuten kuviossa 2B, joilla on merkittäviä eroja. Vaikka ilmentymistaso Muc13
ryhmässä D suurempi kuin kaikki muut ryhmät, ei ollut tilastollista merkitystä joukossa (P
= 0,0712 vs.
Group C).
Immunohistokemiallinen ilmentymistä CD177 ihmisen kehittynyt mahasyöpä ja korrelaatio kliinispatologiset tekijöiden
on immunohistokemiallinen analyysi ihmisen mahasyöpä kudosten, CD177 havaittiin paitsi kalvot ja cytoplasms sekä soluttautunut neutrofiilien, mutta myös mahasyövän soluissa sekä hyvin ja huonosti eriytetty adenokarsinoomat ( kuvio 4A). Syöpäsolut of signet-rengas solutyypin (2 tapausta) olivat negatiivisia CD177. Niistä 55 mahalaukun syöpätapausta, kohtuullisesta voimakkaaseen ilmentymistä CD177 havaittiin 33 (60,0%) (taulukko 4). Kuva 4 immunohistokemiaallisesti CD177 ihmisen edennyt mahasyöpä ja korrelaatio yleisten eloonjäämisaste. V: immunohistokemiallinen analyysi CD177 ilmentyminen ihmisen mahasyövän kudosta. (A ja b) Negatiivinen värjäys (none heikko) ja CD177 on mahalaukun adenokarsinoomaa. CD177 ilme on läsnä vain soluttautua neutrofiilien samalla kasvainsolujen hyvin eriytetty (a) tai huonosti erilaistunut (b) karsinooma ovat negatiivisia. Alkuperäinen suurennus, × 100 (upotus, × 400). (C ja d) Huomautus positiivinen (kohtuullisesta voimakkaaseen) lauseke CD177 hyvin eriytetty (c) tai huonosti erilaistunut (d) mahalaukun syöpäsoluja. Alkuperäinen suurennus, × 100 (upotus, × 400). B: vertailu Kaplan-Meier kumulatiivinen eloonjäämiskäyriä CD177 negatiivisen ja positiivisen mahasyövän tapaukset.
Taulukko 4 CD177 ilmentyminen mahakarsinoomat ja sen korrelaatio kliinis tekijöiden
Asia ei.
CD177 Over-expression

Pvalue‡

Positive

Negative

Strong

Moderate

Weak

None

Gastric adenokarsinomia
55
18
15
17
5
Age
Years (keskiarvoja ± SD) B 55.3 ± 10.4
60,2 ± 8,13
59,8 ± 11,0
60,4 ± 13,0
0,5039
Histologinen luokittelu
Well /kohtalaisen eriytetty tyyppi *
21
6
9
4
2
0,1904
Huonosti erilaistunut /Signet-rengas solutyyppiä **
34
12
6
13
3
syvyys invaasion †
T1-3
27
5
10
10
2
0,2011
T4
26
11
5
7
3
Lymph etäpesäke
N0
6
1
2
2
1
0,7869
N1-3
49
17
13
15
4
* Lauren suoliston tyyppi, ** Lauren n hajanainen tyyppi, † Asian numero vähennettiin viisikymmentäkolme koska syvyys invaasio ei ollut luokiteltu kahdessa tapauksessa, ‡ ANOVA ja Chi-neliö testi tehtiin ikä ja muut tekijät, vastaavasti.
seuranta-aikana potilaista vaihteli 9-606 viikkoa (mediaani = 83 viikkoa). Viiden vuoden eloonjäämisasteesta CD177-positiiviset ja negatiiviset olivat 39,4% ja 18,2%, tässä järjestyksessä. Vuodesta Kaplan-Meierin selviytyminen käyräanalyysi, CD177-positiiviset ilmentyminen liittyi parempi kokonaiselinaikaa (P
= 0,0294, log-rank-testi) (kuvio 4B). Ei ollut tilastollisesti merkitsevä korrelaatiota CD177 ilmaisun iän, histologinen luokitus, syvyys hyökkäystä, ja imusolmuke etäpesäke (taulukko 4).
Monimuuttuja-analyysi yleisen selviytymisen ihmisen mahasyövän tapaukset
käyttäminen Coxin suhteellisten riskien mallia , monimuuttuja-analyysi kliinis muuttujista, mukaan lukien potilaan ikä, kasvaimen histologinen luokitus, invaasio syvyys, imusolmuke etäpesäke, ja CD177 ilmentyminen (taulukko 5), paljasti viimeisenä olevan itsenäistä tekijä kokonaiselinaikaa (P
= 0,0323) . Kaikki kirjoittajat luettu ja hyväksytty lopullinen käsikirjoitus.

• Curcumin parantaa ilmentymistä SCF /c-kit kautta vaimentava oksidatiivista stressiä ja NF-KB: n aktivaation mahalaukun kudoksissa diabeettisten gastroparesis rottien
• Nutrition puute lisää mahasyövän kuolleisuus