PLOS ONE: matrix metalloproteinas-1 (MMP-1) Promotor polymorfismer väl kopplad med nedre magen tumörbildning i östra Indiska Befolkning

Abstrakt

Uttryck av matrix metalloproteinas-1 (MMP-1), en interstitiell kollagenas, spelar en viktig roll i cellulär invasion under utvecklingen av magcancer, en ledande dödsorsaken i världen. En enbaspolymorfi (SNP) -1607 1G /2G-stället i MMP-1-gen-promotorn har rapporterats förändra transkriptionsnivån. Medan vikten tals andra SNP i MMP-1-promotorn har ännu inte studerats i magcancer, vårt mål var att undersöka MMP-1-genpromotorn polymorfism och magcancer känslighet i östra indiska befolkningen. Totalt 145 gastric cancerpatienter och 145 friska kontroller genotypades för MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) genom PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP), medan MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) och MMP-1 -320 T /C (rs494379) genotypades genom DNA-sekvensering. Ett positivt samband hittades med MMP-1 -422 T /A SNP som visade betydande risk för regional lymfkörtel metastas ( P
= 0,021, Odd ratio (OR) = 3,044, Konfidensintervall (KI) = 1,187 -7,807). Dessutom fann vi en signifikant samband med nedre magen tumörbildning bland gastric cancerpatienter för tre angränsande polymorfism nära transkriptionsstartställena i [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2,182 , CI = 1,03 till 4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, CI = 0,94 till 4,158) och MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, CI = 1,064-40.731)]. MMP-1-nivå i patientens serum korrelerade med MMP-1 promotor haplotyper ger dessa tre SNP för att utvärdera den funktionella betydelsen av dessa polymorfismer i nedre magen tumörbildning och signifikant korrelation observerades. Vidare MMP-1 -519 A /G-polymorfism visas dålig celldifferentiering ( P
= 0,024, OR = 3,8, CI = 1,69-8,56) tillskriver en högre risk för cancer progression. Sammanfattningsvis, är MMP-1 proximala promotorn SNP i samband med risken för nedre magen tumörbildning och nod metastaser i östra indiska befolkningen

Citation. Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar S (2014) Matrix metalloproteinas-1 (MMP-1) Promotor polymorfismer väl kopplad med nedre magen tumörbildning i östra Indiska Population. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10.1371 /journal.pone.0088040

Redaktör: Redhwan Ahmed Al Naggar, människors hälsa och förebyggande medicin, Malaysia

Mottagna: 2 september 2013, Accepteras: 3 januari 2014. Publicerad: 5 februari 2014

Copyright: © 2014 Dey et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit

Finansiering:. Sanjib Dey var mottagare av Senior Research Fellowship från indiska rådet för medicinsk forskning (ICMR), Indien. NG och KK är mottagare av Senior Research Fellowship från rådet för vetenskaplig och industriell forskning (CSIR). Arbetet stöddes av bidrag IAP001 Rådets vetenskaplig och industriell forskning (CSIR), Indien, NBA07 av Department of Biotechnology (DBT), Indien. Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet

Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns

Introduktion

Gastric cancer är en av de främsta orsakerna till cancerrelaterad död i världen [1]. På global nivå, magsäckscancer (GC) svarar för cirka 800.000 dödsfall årligen. Mer än 70% av GC fall inträffar i utvecklingsländerna och hälften av världens totala sker i östra Asien [1]. Det är ett ledande problem i nordöstra och södra staterna i den indiska subkontinenten [2]. Förekomsten av magcancer varierar från land till land, förmodligen som ett resultat av genetiska, epigenetiska och miljöfaktorer. Helicobacter pylori
infektion betraktas som en viktig riskfaktor för utvecklingen av magcancer i synnerhet cancer i den nedre delen (noncardia) i magen [3]. En kombinerad analys av 12 studier av H. pylori Köpa och magcancer uppskattade att risken för adenocarcinom i icke-Cardias regioner i magen var nästan sex gånger högre för H. pylori
infekterade människor än för oinfekterade personer [3].

Nya studier visar att, är cancer en flercelliga och flerstegsprocess i vilken förstörelse av vävnaden mikro är en förutsättning för omvandling av normal vävnad tumör [4]. Därför är molekylär analys av vävnadsmikro och dess avreglering under neoplasi ett viktigt steg för att känna mekanismerna för malignitet. Matrix-metalloproteinaser (MMP), som produceras av både tumör och normala celler, ändra mikromiljön genom att bryta ned extracellulär matris, och efterföljande cellulära signaler leder till de tidiga stadierna av tumörbildning [5]. Flera av MMP har en unik förmåga att bryta ned de mellanliggande kollagener (t ex I, II och III), kroppens mest förekommande proteiner. MMP-1 är den mest ubiquitously uttryckt interstitiell kollagenas [6] och dess överuttryck är förknippat med flera patologiska tillstånd, inklusive tumörinvasion och metastas [7]. Överuttryck av MMP-1 mRNA har visats i en mängd olika cancerformer, såsom magcancer, kolorektal cancer och matstrupscancer [8] - [12]. Överuttryck av MMP-1-proteinet är associerat med dålig prognos av matstrupscancer och tjocktarmscancer [10], [11]. Denna MMP-1 överexpression kan tillskrivas sammanställning av transkriptionsfaktorbindningsställen och kooperativitet bland de faktorer som binder till dessa platser inom promotorregionen av MMP-1-genen [13].

Promotorregionen av MMP-1 innehåller en guanin insättning /radering polymorfism (1G /2G polymorfism) vid position -1607 som alstrar sekvensen 5'-GGA-3 ', som har en 2G-allelen. Närvaron av en 2G polymorfism kan öka transkriptionsaktivitet av endogen MMP-1, eftersom guanin införande skapar ett bindningsställe för en medlem av ETS transkriptionsfaktor familj. 2G-allelen kan bidra till ökad invasivitet av endometriala karcinom, till utvecklingen av äggstockscancer, lungcancer och kolorektal cancer [14] - [21].

Studier i flera andra gener har gett ett nytt paradigm i vilket transkriptionen av en gen är mer sannolikt att påverkas av flera polymorfismer belägna i promotorregionen som verkar i samförstånd för att utöva en haplotyp effekt [22], [23]. Flera andra (single nucleotide polymorphisms -519A /G, -422T /A, -340C /T, och -320C /T) har i MMP-1-genpromotorn nyligen identifierats [24]. Funktionella effekterna av dessa polymorfismer på MMP-1-gen-promotoraktivitet undersöktes i cellinjer av melanom (A2058 och A375), bröstcancer (MCF7 och MDA-MB-231), lungcancer (A549 och H69), och kolorektal cancer ( HT-29, SW-620) genom att jämföra promotor styrkor de 10 vanligaste haplotyper som härrör från dessa polymorfismer [24]. Även om ökat uttryck av MMP-1 var förknippad med lokal invasion och dålig prognos i magcancer [25], är för närvarande okänt i alla befolknings roll MMP-1 promotorn SNP och deras haplotyper i utvecklingen av magcancer.

i den aktuella studien genomförde vi en sjukhusbaserad fall-kontrollstudie för att undersöka associationen av MMP-1-genpromotorn SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1,1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /A (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1,4), och -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] och deras haplotyper med risk för magcancer utveckling i en östlig indiska befolkningen. Vi undersökte också sambandet mellan polymorfismer och kliniskt patologiska faktorer bland gastric cancerpatienter. Studien visade den förmodade sammanslutning av MMP-1.3, MMP-1.4, och MMP-1,5 polymorphisms med risken för nedre magen tumörbildning i magcancer. Den funktionella betydelsen av MMP-1 polymorfism i nedre magen tumörbildning bekräftades av haplotyp effekterna av dessa polymorfismer på MMP-1 expressionsnivåer i serum. Dock inget samband med förekomsten av magcancer hittades för någon av ovanstående fem SNP i MMP-1-promotorn och deras resulterande haplotyper

Material och metoder

försökspersoner. Östra Indiska fall-kontroll cohort

Den östra indiska fall-kontroll kohort bestod av 145 gastric cancerfall och 145 kontrollpersoner. Studieprotokoll (2008-2014) godkändes av etikprövningsnämndernas av Saroj Gupta Cancer Center och Forskningsinstitut, Kolkata, Institutionen för magoperationer, Medical College och sjukhus, Kolkata, IPGMER, Kolkata sjukhus och den mänskliga etiska kommitté Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, Indien. Alla patienter med en klinisk diagnos av magcancer som deltar i sjukhusavdelningar i Gastro-onkologi av Saroj Gupta Cancer Center och Forskningsinstitut, Calcutta, Institutionen för magoperationer, medicinska högskolan och sjukhuset, Calcutta och IPGMER, Kolkata under juni 2008 till maj 2013 identifierades från sjukhus register och kontaktade under uppföljningsundersökningar. Alla deltagare gav skriftligt informerat samtycke till deltagande. Patienter demografi, symptom och tumör gradering registrerades och blodprover efter att ha tagit en klinisk historia och utför kliniska och endoskopiska undersökningar. Histologisk tumör skriva fastställdes på grundval av biopsier eller utskurna prover. Uteslutningskriterierna ingår tidigare historia av andra metastaserad cancer utom magcancer. Risken för magsår utan att ha någon cancer skada hade uteslutits av histopatologi av magen skada. Diagnosen av magsäckscancer och TNM staging baserades på allmänt accepterade kliniska, histologiska, radiologiska och immunfluorescens resultat och att den amerikanska kommittén för cancer (AJCC) och Internationella unionen mot cancer (UICC) kriteriet [25]. Personer som tidigare varit eller som för närvarande har varit beroende av tobak i minst 2 år definierades som tobak beroende. Personer som besöker dessa sjukhus för en rutinmässig checkup och som var utan en historia eller diagnos av någon cancer eller genetiska sjukdomar ombads också att delta och frivilligt att donera blod för studien. Dessa ämnen ansågs friska kontroller. Alla cancerpatienter och kontrollindivider var orelaterade och indiska medborgare från Västbengalen eller omgivande östra indiska delstater. Denna population ansågs representativ för en östlig indiska befolkningen.

DNA-extraktion och Serum samling

Från varje ämne, var 5 ml venöst blod dras aseptiskt i vacutainerrör (Qiagen, USA) innehållande EDTA och lagrades vid 4 ° C före genom-DNA-extraktion. Genomiskt DNA extraherades från 3,5 ml helblod inom två veckor efter provtagning med hjälp av en QIAamp DNA Blood Midi Kit (Qiagen, USA) enligt tillverkarens protokoll. Omedelbart efter bloduppsamling, var additional1.5 ml helblod centrifugerades vid 1800 g under 5 minuter för att erhålla serumet fraktionen. Serumprover vid -80 ° C tills analys

Primers och PCR-amplifiering av promotorregionen av MMP-1 gener

Primers utformades med FastPCR programvara (http: //www.. biocenter.helsinki.fi) för att amplifiera promotorregioner av MMP-1-genen i syfte att analysera polymorfismer genom sekvensering (tabell 1). PCR utfördes i en PCR SPRINT Thermal Cycler (Thermo Electron Corporation, Japan). Målsekvensen amplifierades i en 25-pl reaktionsvolym innehållande 10 till 20 ng av genomiskt DNA, 0,2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 0,3 ^ M av varje primer, och 1,0 enheter av Taq DNA-polymeras (Fermentas Taq DNA-polymeras, Fermentas, USA). PCR-amplifieringen utfördes med 35 cykler av denaturering vid 94 ° C under 30 s, hybridisering vid 58 ° C-59 ° C under 1 min (tabell 1) och följt av extension vid 72 ° C under 30 s efter den första aktiveringen steget att 94 ° C under 5 min. PCR-fragmenten analyserades jämföra med 100 bp DNA-stege (Fermentas, USA) på en etidiumbromidfärgad 1,5% agarosgel (katalognummer 014.011, Sisco Research Laboratories, Indien) pågå i 60 minuter vid 100 V.

genotypning

för genotypning genom sekvensering, var några unincorporated dNTP defosforylerades och ej inkorporerade primers avlägsnades från PCR-produkten med alkaliskt fosfatas från räka (Fermentas, USA) och exonukleas-i enzym (Fermentas, USA). PCR-produkter användes för sekvensering med BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA) och sekvenserades med användning av en ABI PRISM 3100 genetisk analysator (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.) Enligt tillverkarens protokoll. PCR-amplikonet sekvenserades i båda riktningarna med framåt och bakåt PCR-primrar eliminerar möjligheten till komprimeringsartefakter. Sekvense kromatogram analyserades med Sequence Scanner Software v1.0 (Applied Biosystems, USA) för att analysera förändringar av nukleotider och därmed genotyper

MMP-1,1 1G /2G polymorfism genotypas av PCR -.
restriction fragment length polymorphism metoden (RFLP) med användning av Alul
enzym (New England BioLabs, Inc. (NEB); Ipswich, MA)., såsom beskrivits tidigare [26]

enzym- kopplad immunadsorberande analys (ELISA) Review

Serum MMP-1 proteinnivå (pro och aktiv) hos patienter med övre magcancer med icke risk haplotyper, och i lägre magcancer med risk haplotyperna (innehåller en eller flera riskalleler) jämfördes med en kommersiellt tillgänglig MMP-1 ELISA-kit (ab10063, Abcam, USA), enligt tillverkarens anvisningar. Serumprover späddes (1:05 ​​vol /vol) i analysspädningsmedel ingår i kitet. Kortfattat, 100 pl av standarder, ämnen och utspätt serumprov pipetterades i anti-human MMP-1 förbelagt 96-brunnar tillhandahålls inom satsen och inkuberades under 2,5 timmar vid 37 ° C. Efter flera tvättningar, var biotinylerad anti-human MMP-1-antikropp (spädd 1:1000) sattes till brunnarna och plattan inkuberades under 1 timme vid rumstemperatur. Efter borttvättning av obundet biotinylerad antikropp, HRP-konjugerad streptavidin pipetter till brunnarna. Plattan inkuberas åter under 45 min. Efter omfattande tvättning, 100 pl av substrat tetramethylbenizidine var pipett i varje brunn, och plattan inkuberades under 30 minuter i mörker vid rumstemperatur (25 ° C). En stopplösning tillsattes efter avslutad. Varje prov testades i duplikat. Absorbansvärdena för de förbigår, prover och standarder avlästes på en mikroplattläsare vid en våglängd av 450 nm. Nivån av MMP-1-protein i proven erhölls genom jämförelse med standardkurvan, som genererats från standard levereras av tillverkningen. Den lägsta detekterbara nivån av MMP 1 var 8 pg /ml.

Statistisk analys

Statistisk analys utfördes med hjälp av SPSS (version 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, USA ). Signifikanta skillnader mellan ålder vid intervju för kontroller och ålder vid diagnos för cancerfall bedömdes med hjälp av t-test för jämförelse av medel med hjälp av GraphPad InStat3 mjukvara (GraphPad Software, Inc., San Diego Kalifornien USA). Hardy-Weinberg jämvikt (HWE) analyser utfördes för att jämföra observerade och förväntade allel frekvenser med användning av en chitvåtest för kontroller för att säkerställa att varje markör var i jämvikt ( p Hotel > 0,05). Den mindre allelen frekvens (MAF) ( -modellen
tillval) och HWE ( -hardy
tillval) för varje SNP uppskattades från kontroll befolkningen som använder Plink v0.99 [27]. uppgifter fall-kontrollanalyserades med hjälp av två-sidig 2-by-2 eller 2-av-3 kontingenstabeller enligt genotypen av Pearson chi-square test. Odds ratio (OR) och 95% konfidensintervall (Cl) av de genotyper beräknades från en multivariat logistisk regressionsmodell justerad för ålder (kontinuerlig variabel), kön och tobaksberoende. I denna studie definieras vi att 1G allelen av 1G-1607 2G SNP, A-allelen av A-519G SNP, A-allelen av den T-422A SNP, T-allelen av den T-340C SNP och T allel av T-320C SNP var referens alleler. Resultaten utvärderades med ovan alleler som referens använder multinomial logistisk regressionsmodell. Vid analys av förhållandet mellan SNP genotyper och sjukdomsstatus GC, det stadium av cancer, histologiska klassificering och djup tumörinvasion förvandlades till binära data (fas I + II vs stadium III + IV, väl differentierade + måttligt differentierade vs. dåligt differentierade, och T1 + T2 vs T3 + T4). Förhållandet mellan genotyp fördelningar och tumördjup eller stadium undersöktes också med hjälp av en multinomial logistisk regressionsmodell justerad för ålder (kontinuerlig variabel), kön och tobaksberoende som en potentiell confounding faktor. Haplotypfrekvenser analyserades med hjälp av programmet Haploview (ver. 4.1, Broad Institute, Chembridge, USA) [28]. Alla resultat ansågs statistiskt signifikant om p
värde var < 0,05. Ett post hoc effekt beräkningen har utförts för att testa den statistiska kraften i den föreliggande studien i enlighet med metoden av Schlesselman, JJ [29].

Resultat

Beskrivning av studiepopulationen

studie~~POS=TRUNC populationen~~POS=HEADCOMP bestod av 145 cancerpatienter gastric med 112 (77,2%) män och 33 (22,8%) honor med en ålder av 42.6-65.8 år, samt 145 kontrollpersoner med 81 (55,9%) män och 64 (44,1%) honor med en ålder av 34.5-62.5 år. Patienter och kontrollsubjekt var härledda från samma geografiska läge och är representativa för en östlig indiska befolkningen. Det fanns statistiskt signifikanta skillnader i könsfördelningen ( p Hotel < 0,001) och ålder ( p Hotel < 0,0001) mellan patienter och kontroller. Dessutom betydligt fler tobaksberoende personer (p < 0,0001) var närvarande bland patienter (68,3%) jämfört med kontroller (28,3%). Så, i samband med riskuppskattningen, var en ålder, kön och beroendejusterade Oddskvoter beräknas.

Upptäckt av single nucleotide polymorphisms i MMP-1 Promoter

Naturligt förekommande, gemensam sekvens varianter av MMP-1-genpromotorn i fall och kontroller genomsöktes genom direkt DNA-sekvensering. Anpassningen av sekvens kromatogram med MMP-1-genpromotorn contig-sekvensen (Genebank anslutning nr- AF023338) bekräftade de SNP positioner på -1607 (1G /2G, det vill säga, G inser /deletion), -519 (A /G), -422 (T /A), -340 (T /C) och -320 (T /C) (figur S1 i File S1). MMP-1,1 genotypning med PCR-RFLP utfördes därefter bland de gastric patienter och kontroller cancerpatienter. Figur S1A (File S1) visar en typisk PCR-RFLP mönster. Målregionen 269 bp av MMP-1-genpromotorn PCR-amplifierades och digererades med Alul
, som klyvs den 1G allelen för att generera två fragment av 241 bp och 28 bp. 2G-allelen inte smälta med Alul
. Heterozygot genotyp visade tre band av 269 bp, 241 bp och 28 bp (Figur S1A i File S1). MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1,4) och MMP-1,5 genotypanalyserades genom DNA-sekvense (Figur S1B i File S1). MMP-1,1 genotyp analys av DNA-sekvensering begränsas till en pilotstudie samt 10% av befolkningen för upprepning av kontrollen. All genotypning utfördes bland 145 patienter och 145 kontroller.

associering mellan Individuell SNP av MMP-1-promotorn och Gastric Cancer Risk

genotypen fördelningar av MMP-1-polymorfismer överensstämde med den Hardy- Weinberg-jämvikt (HWE). Studien skulle ha nått en effekt på 80% (Z-alfa = 1,645, för alfa = 0,05) med 145 fall, fallkontrollförhållande på 1,0 och 10% utsatt kontrollen till risk allelen har eller av 2,31.

MMP-1,1 polymorfism visade ingen signifikant skillnad i fördelningen av genotyper (1G1G vs 1G2G, 2G2G och 1G2G + 2G2G) mellan patienter och kontroller ( p
= 0,430, p
= 0,465 och p
= 0,411 respektive). Även allel frekvensfördelning (1G vs 2G) var inte signifikant mellan patienter och kontroller ( p
= 1,000), och därmed inte ger någon risk för magcancer utveckling (tabell 2). Det är också värt att notera att 2G-allelen var den största allelen i denna population och vi tog det som en risk allel som många andra studier har tidigare ansett det en risk allel [14], [30], [31].

i gastric cancerpatienter, var frekvensen av MMP-1,2 AG, GG och AG + GG genotyper inte signifikant från friska kontroller ( p
= 0,603, p
= 0,506 och p
= 0,510 respektive) och därmed inte ger någon betydande risk för magcancer. Dessutom har allelen frekvens (A mot G) i cancerpatienter inte signifikant skilde sig från friska kontroller ( p
= 0,337) och inte ger risk för magcancer utveckling (tabell 2).

fördelningen genotyp frekvens (AA vs. TT, TA och TA + TT) i MMP-1,3 polymorfism i patientpopulationen var inte signifikant från friska kontroller ( p
= 0,626, p
= 0,999 och p
= 0,806 respektive) och därmed inte ger någon betydande risk för magcancer. Även allelen frekvens (T vs A) distribution i patienter och kontroller cancer var inte signifikant ( p
= 0,927) (tabell 2).

För patientens MMP-1,4 polymorfism, genotyper (TT vs TC, CC och TC + CC) visade en liknande fördelning som ses hos kontroller ( p
= 0,474, p
= 0,424 och p
= 0,388 respektive) visar ingen förening för gastric cancerrisken. Dessutom var inte statistiskt annorlunda fördelningen av allelen frekvens (T mot C) hos patienter och kontroller ( p
= 0,357), ytterligare visar avsaknad av association med gastric cancerrisken (tabell 2).

MMP-1.5 polymorfism genotyp frekvenser (TT vs TC, CC och TC + CC) i patienter på samma sätt ut som kontroller ( p
= 0,329, p
= 0,358 och p
= 0,228 respektive) visar ingen signifikant risk för magcancer. Dessutom var fördelningen av allelen frekvens (T mot C) i både patienter och kontroller inte signifikant ( p
= 0,469) (tabell 2).

associering mellan Individuell SNP av MMP -1 samt demografiska och kliniskt patologiska funktioner vid tidpunkten för magcancer Diagnos

föreningar undersöktes mellan varje polymorfism och de demografiska och kliniskt patologiska egenskaper hos gastric patienter och kontroller (tabell 3) cancer. MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 och MMP-1,5 polymorphisms inte spela någon roll vid fastställandet gastric cancerrisk för varje åldersgrupp, kön eller tobaksberoende status.

MMP- 1.1 och MMP-1,2 polymorphisms inte medför någon betydande risk för tumör plats eller graden av tumörprogression i magcancer (tabell 3). Men patienter som bär kombinationen av AG och GG genotyp av MMP-1,2 polymorfism signifikant fördelas histologiska subtyper av cancer och visade signifikant ökad risk för dåligt differentierade (PD) karcinom ( p
= 0,001, OR = 3,803, CI = 1,69-8,56) (tabell 3) Review

för MMP-1,3 polymorfism, patienter som bär kombinationen av TA och TT genotyper var vid större risk för lägre magcancer (lägre &. mellankropp, antrum och pylorus av magen ) ( p
= 0,043, OR = 2,18, CI = 1,03-4,64). Dessutom var kombinationen av TA och TT genotyper hittades oftare i gastric cancerpatienter med 10 eller fler metastatiska lymfkörtlar ( p
= 0,021, OR = 3,044, CI = 1,187-7,807), vilket tyder på att T allelen hade skadliga effekter på magcancer progression och tidig metastas (tabell 3).

för MMP-1,4 polymorfism, fördelningen av TC och CC genotyper hos patienter med olika tumör platser i magen var nära att nå en statistiskt signifikant samband med risk för lägre magcancer ( p
= 0,075, OR = 1,969, CI = 0,94-4,15) (tabell 3). Motsägelsefullt att MMP-1,3 polymorfism, patienter som bär en kombination av TC och CC genotyper gav skydd mot regional lymfkörtel metastas ( p
= 0,026, OR = 0,34, CI = från 0,13 till 0,88) i tillägg till fjärrmetastaser ( p
= 0,061, OR = 0,49, CI = 0,24-1,03) av magcancer (tabell 3).

för MMP-1,5 polymorfism, en kombination av TC och CC genotyper visade en signifikant association med platsen för magen tumör. Patienter som bär en kombination av TC och CC genotyper var vid större risk för lägre magcancer ( p
= 0,034, OR = 2,22, CI = 1,06-4,07) (tabell 3).

stratifiering analys för SNP och nedre magen tumörbildning, skulle studien har nått en effekt på 80% (Z-alfa = 1,645, för alfa = 0,05) med 89 nedre magen fall nedre magen och övre mage provkvot av 0,505 och 35% exponerade övre magen patienter för risken allelen har eller 2,5.

Genotyp Frekvens vid två länkade loci av MMP-1 SNP och risk för Gastric Cancer

för att utvärdera de kombinerade effekterna av två kopplade lokus på risken för cancer, som enskilda SNP inte ger risk för magcancer utveckling, de kombinerade genotyp frekvenser jämfört patienter och kontroller. Fördelningar av parade loci frekvenser för angränsande polymorfism observerades med ökande ordning variant allel och föreningar undersöktes. Det fanns ingen dosberoende association observerades antalet variant allel ökade för alla kombinationer av angränsande parade loci (tabell 4).

länkdisekvilibrium mellan SNP av MMP-1 Promoter och haplotypfrekvenser med känsligheten för gastric Cancer

Samtliga polymorfismer i MMP-1-genpromotorn bedömdes med avseende på länkdisekvilibrium (LD) mellan polymorfismer och för att identifiera gemensamma haplotyper som är närvarande i de patient- och kontroll kohorter. Regionen visade låg till betydande LD mellan polymorfismer, förutom MMP-1.4 och MMP-1.5 som var i fullständig LD i fall-kontrollstudie kohort (Figur 1) (De kopplingsojämvikt blockdefinitioner baserades på metoden för Gabriel et al.
) [32]. Sexton haplotyper identifierades med en frekvens högre än 1% både kontroll och patientpopulation, inklusive alla fem markörer omfattar MMP-1-genpromotorn. De förlängda haplotyp frekvensfördelning för MMP-1 polymorfism var inte signifikant mellan gastric cancerpatienter och kontroller och ingen av dessa haplotyper tilldelats risk för magcancer förekomst (data visas ej).

Funktionella haplotyp Effekter av MMP-1 Polymorfism "på nedre magen tumörbildning

Sexton haplotyper identifierades med en frekvens högre än 1% och kategoriserade efter stigande ordning av polymorfa variant alleler och analyserades med avseende gen-doserings effekt (tabell S1 i File S1). Skillnaden i haplotyp frekvensen var signifikant mellan nedre magen patienter magcancer och övre mage gastric cancerpatienter som antalet polymorfa variant alleler höjdes resulterar i en ökning av risken för nedre magen magsäckscancer utveckling med högsta ELLER av 2,155, 95% CI = 1,317 till 3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 för kombinerade haplotyper innehållande 4 riskalleler (tabell 5).}

för att undersöka effekten av MMP-1 promotor polymorfism på genfunktionen jämförde vi serum MMP-1 nivå av serum-ELISA i patienter med lägre magcancer med en sammanlagd risk haplotyper (med åtminstone någon risk allel) vs. övre magsäckscancer med referens haplotypen (1G-AATT). Serum MMP-1 proteinkoncentration var nästan 1,5 gånger högre hos patienter med lägre magcancer (n = 54) (med kombinerade risk haplotyper) än patienter med övre magcancer (n = 15) (med hänvisning haplotypen, p = 0,024), vilket tyder på den funktionella betydelsen av dessa SNP i regleringen av MMP-1 genuttryck och det genom att påverka den nedre magen cancer process (Figur 2). Analysen har upprepats och bekräftats vid log transformering av data (Figur S2 i File S1).

Diskussion

Även om MMP inte carcinogen eller mutagen, de förändrar mikro och kan påverka processen av cancer och dess histologi, och verkar vara induceras vid nivån för transkriptionsaktivering [33]. Att vara medlem i MMP-familjen, har MMP-1 rapporterats spela en viktig roll i cancerinvasion genom överuttryck, som är associerad med metastas och dålig prognos i matstrupscancer, äggstockscancer, kutana malignt melanom, tjocktarmscancer och magsäckscancer [11 ], [15], [16], [25], [34]. Diffusa typer av magcancer är vanligtvis kännetecknas av en överflödande avsättning av kollagenfibrer, möjligen kräver högre nivåer av MMP-1 uttryck för korrekt vävnadsombildning av mikro [30]. Den genetiska bakgrunden har föreslagits att spela en viktig roll i förekomsten och progression av magcancer [30]. Dessutom är vissa polymorfa gener som kodar för metaboliska enzymer och cellcykelregulatorer, såsom metylentetrahydrofolatreduktas, NADPH: har kinon oxidoreduktas och cyklin D1 dokumenterats att ge en känslighet för magcancer [35] - [37]. Därför polymorfa gener, ensamma, i kombination med andra eller genom interaktion med exogena riskfaktorer, kan användas som predika parametrar för screening av individer med hög risk för magcancer.

Så vitt vi känner till, detta studie av sammanslutning av MMP-1-varianter och risken för magcancer utveckling och progression i en östlig indiska befolkningen är den första i sitt slag med inriktning på en -1607 1G /2G polymorfism (MMP-1,1), och ytterligare fyra polymorfismer mellan denna SNP och transkriptionsstartstället. MMP-1-promotorregionen funktionella polymorfismer som är ansvariga för dess uttrycks förändringar har korrelerats med olika sjukdomsprocesser. Trots detta, i vår studie MMP-1,1 polymorfism och dessutom fyra andra SNP (MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3 och MMP-1.4) i promotorregionen inte är korrelerade med magcancer förekomst, vilket tyder på dessa promotorvarianter att vara låg penetrans riskfaktorer i magcancer. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLOS ONE: ljus- och elektronmikroskopi Europeiska Bäver (Castor fiber) Mage Reveal unika morfologiska egenskaper med möjlig allmän biologisk Significance
• PLOS ONE: Själv Rapporterade magbesvär i Travellers om Cruise-baserade och landbaserade paket Holidays