Ploche ONE: Matrix metaloproteinázy-1 (MMP-1) Promoter polymorfizmy sú dobre spojené s dolnej časti žalúdka nádoru Formácia vo východnej indickej populácie

abstraktné

Expresia matrix metaloproteinázy-1 (MMP-1), čo je intersticiálna kolagenázy, hrá významnú úlohu v bunkovej invázie počas vývoja rakoviny žalúdka, je najčastejšou príčinou úmrtí na celom svete. Jeden-nukleotidový polymorfizmus (SNP) -1607 1G /2G miesto promotora génu MMP-1, bola označená k úprave úrovne transkripcie. Kým dôležitosť je z iných SNP v promótorom MMP-1 neboli doteraz sledovala u rakoviny žalúdka, naším cieľom bolo zistiť, MMP-1 promótor génu polymorfizmy a žalúdočné náchylnosť rakoviny vo východnej indickej populácie. Celkom 145 pacientov s rakovinou žalúdka a 145 zdravých kontrol boli zisťované genotypy pre MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) pomocou PCR-polymorfizmus dĺžky reštrikčných fragmentov (RFLP), zatiaľ čo MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /a (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) a MMP-1 -320 T /C (rs494379) bol genotyp sekvenovaním DNA. Pozitívna súvislosť bola zistená u MMP-1 -422 T /A SNP, ktorá ukázala významné riziko pre regionálnu lymfatických uzlín ( P
= 0,021, pomer nepárnych (alebo) = 3,044, intervaly spoľahlivosti (CI) = 1.187 -7,807). Okrem toho sme zistili významný vzťah s nižšou tvorbou nádorov žalúdka u pacientov s karcinómom žalúdka počas troch susediacich polymorfizmy v blízkosti transkripčný štartovných miest [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2,182 CI = 1,03 - 4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, CI = 0,94 - 4,158) a MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, CI = 1,064 až 40731)]. MMP-1 v krvi v sére pacientov korelovala s MMP-1 promotorové haplotypu udeľujúci tieto tri SNP zhodnotiť funkčné dôležitosť týchto polymorfizmov nižšej tvorbe nádoru žalúdka a bola pozorovaná významná korelácia. Okrem toho, MMP-1 -519 A /G polymorfizmus zobrazená zlou bunkovú diferenciáciu ( P
= 0,024, OR = 3,8, CI = 1.69-8.56) prisudzovať vyššie riziko progresie rakoviny. Záverom možno povedať, MMP-1 proximálnej promótor SNP sú spojené s rizikom vzniku dolnej žalúdka nádoru a uzlín vo východnej indickej populácie

Citácia :. Dey S, N Ghosh, Saha D, K Kesh, Gupta A, Swarnakar s (2014) Matrix metaloproteinázy-1 (MMP-1) Promoter polymorfizmy sú dobre spojené s dolnej časti žalúdka nádoru formácie v indickom východnej populácie. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10,1371 /journal.pone.0088040

Editor: Redhwan Ahmed Al Naggar, Zdravie obyvateľov a preventívne lekárstvo, Malajzia

prijatá: 02.09.2013; Prijaté: 03.01.2014; Publikované: 05.2.2014

Copyright: © 2014 Dey et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Financovanie :. Sanjib Dey bol príjemcom Senior Research Fellowship z indickej Rady pre lekársky výskum (ICMR), India. NG a KK sú príjemcom Senior Research Fellowship z vedecký a priemyselný výskum (CSIRO). Práca bola podporená grantom IAP001 Rady pre vedecký a priemyselný výskum (CSIRO), India, NBA07 oddelenie biotechnológie (DBT), India. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

karcinóm žalúdka je jednou z hlavných príčin úmrtí na rakovinu súvisiace vo svete [1]. V globálnom meradle, rakovina žalúdka (GC) dosahuje približne 800 tisíc úmrtí ročne. Viac ako 70% prípadov GC dochádza v rozvojových krajinách a polovica celkovej svetovej produkcie sa vyskytuje vo východnej Ázii [1]. Je popredným problém v severovýchodnej a južných štátov indického subkontinentu [2]. Výskyt rakoviny žalúdka sa líši od krajiny ku krajine, pravdepodobne v dôsledku genetických, epigenetických a environmentálnymi faktormi. Helicobacter pylori infekcie
je považovaná za hlavný rizikový faktor pri vývoji rakoviny žalúdka, najmä rakoviny v dolnej časti (noncardia) zo žalúdka [3]. Kombinovaná analýza 12 štúdií H. pylori stroje a rakovina žalúdka Odhaduje sa, že riziko adenokarcinómu v non-kardio oblastí žalúdka bol takmer šesťkrát vyšší u H. Pylori
-infected ľudí, než u neinfikovaných osôb [3].

Nedávne štúdie ukazujú, že, karcinogenézy je multi-bunkové a viacstupňový proces, v ktorom zničenie tkaniva mikroprostredie je podmienkou pre konverziu normálne tkanivo nádoru [4]. Z tohto dôvodu, molekulárna analýza tkanivové mikroprostredie a jeho deregulácie pri neoplázie je kľúčovým krokom poznať mechanizmy malignity. Matrixu metaloproteinázy (MMP), vyrobené ako nádorových a normálnych bunkách, meniť mikroprostredie degradáciou extracelulárnej matrix, a následné bunkové signály vedú k skorých štádiách vývoja nádoru [5]. Niektoré z MMP majú jedinečnú schopnosť degradovať intersticiálnej kolagény (napr. I, II a III), najhojnejšia bielkoviny v tele. MMP-1 je veľmi exprimovaný všadeprítomné intersticiálna kolagenáza [6] a jeho nadmerná expresia je spojená s niekoľkými patologickými stavmi, vrátane invázie tumoru a metastáz [7]. Zvýšená expresia MMP-1 mRNA bola preukázaná v rôznych rakovín, ako je rakovina žalúdka, rakoviny hrubého čreva a rakoviny pažeráka [8] - [12]. Nadmerná expresia MMP-1 proteínu je spojená so zlou prognózou rakoviny pažeráka a hrubého čreva a konečníka [10], [11]. Tento MMP-1 nadmerná expresia môže byť pripísané tesným transkripčný faktor väzobných miest a kooperativita Medzi faktory, ktoré sa viažu k týmto miest v promotorové oblasti génu pre MMP-1 [13].

promótor región MMP-1 obsahuje vloženie guanín /deleční polymorfizmus (1G /2G polymorfizmus) v polohe -1607, ktorý generuje sekvenciu 5'-GGA-3 ', ktorý má 2G alely. Prítomnosť polymorfizmu 2G by mohlo zvýšiť transkripčný aktivitu endogénneho MMP-1, pretože vloženie guanín vytvára väzobné miesto pre člena transkripčného faktoru rodiny Ets. 2G alela môže prispieť k zvýšeniu invazívnosti endometriálnych karcinómov, k rozvoju rakoviny vaječníkov, rakoviny pľúc, rakoviny hrubého čreva a [14] - [21].

Štúdium v ​​niekoľkých ďalších génov poskytli nové paradigma vo ktorý transkripcie génu je viac pravdepodobné, že bude ovplyvnený niekoľkých polymorfizmy nachádzajúcich sa v oblasti promótorom, ktoré pôsobia v zhode s cieľom vyvinúť haplotypu účinok [22], [23]. Niekoľko ďalších jednonukleotidových polymorfizmy (-519A /G, -422T /A, -340C /T, a -320C /T) sa v poslednej dobe boli identifikované v promótorom génu MMP-1 [24]. Funkčná účinky týchto polymorfizmov na génovej aktivity promótorom MMP-1 bola hodnotená v bunkových líniách melanómu (A2058 a A375), karcinómu prsníka (MCF7 a MDA-MB-231), rakovina pľúc (A549 a H69) a kolorektálny karcinóm ( HT-29, SW-620) porovnaním silné propagátorom 10 najčastejších haplotypes odvodených od týchto polymorfizmy [24]. Aj keď je zvýšená expresia MMP-1, bola spojená s miestnou inváziu a zlou prognózou u rakoviny žalúdka [25], role MMP-1 promótorom SNP a ich haplotypu v rozvoju rakoviny žalúdka je v každej ľudskej populácie v súčasnej dobe známe.

V tejto štúdii sme vykonali štúdiu prípadov a kontrol nemocničné založených na prehliadku združenia promótorom MMP-1 génu SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1,1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /a (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1,4), a -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] a ich haplotypu s rizikom vzniku rakoviny žalúdka vo východnom indickej populácie. Tiež sme skúmali vzťah medzi polymorfizmy a klinicko-faktory medzi pacientmi s rakovinou žalúdka. Štúdia preukázala, putativní asociáciu MMP-1,3, MMP-1.4, a MMP-1,5 polymorfizmy s rizikom vzniku dolnej žalúdka nádoru u rakoviny žalúdka. Funkčné význam MMP-1 polymorfizmov v nižšom vzniku nádoru žalúdka bola potvrdená haplotypu účinkov týchto polymorfizmov na MMP-1 expresné hladiny v sére. Avšak nebola nájdená žiadna súvislosť s výskytom rakoviny žalúdka u niektorého z vyššie uvedených piatich SNP promótorom MMP-1 a ich výsledných haplotypes

Materiály a metódy

študijných odborov :. Východnej indický case-control Cohort

východnej Ind case-control kohorta pozostávala z 145 prípadov rakoviny žalúdka a 145 kontrolných osôb. Štúdia protokoly (2008-2014) boli schválené etického preskúmania radách Saroj Gupta Cancer Center a Výskumným ústavom, Kalkata, ministerstvo žalúdočné chirurgie, Lekárska fakulta a nemocnice, Kalkata, IPGMER, Kalkata nemocniciach a Výboru pre ľudské etika Indian Institute of Chemical Biology, Kalkata, India. Všetci pacienti s klinickou diagnózou rakoviny žalúdka, ktoré sa zúčastnia nemocničné oddelenie gastro-onkológie Saroj Gupta Cancer Center and Research Institute, Kalkata, ministerstvo žalúdočné chirurgia, lekárska vysoká škola a nemocnica, Kalkata a IPGMER, Kalkata počas júna 2008 máj 2013 boli identifikované z nemocnice registrov a kontaktoval v priebehu šetrenia. Všetci účastníci dal písomný informovaný súhlas k účasti. Pacientov demografia, symptómy a nádor triedenie boli zaznamenané a krvné vzorky odobraté po nástupe klinickej anamnézy a prevedením klinické a endoskopické vyšetrenie. Histologické nádor písanie bola stanovená na základe biopsie alebo vyňatých vzoriek. Medzi vylučovacie kritériá anamnéze druhej metastatické rakovinu okrem rakoviny žalúdka. Možnosť žalúdočného vredu bez toho aby si rakovinové lézie boli vylúčené histopatológie žalúdočných lézií. Diagnóza rakoviny žalúdka a TNM stagingu bola založená na všeobecne uznávaných klinické, histologické, rádiologické a imunofluorescenčný zistení a že spoločného výboru amerického o rakovine (AJCC) a kritériá Medzinárodnej únie proti rakovine (UICC) [25]. Jedinci, ktorí boli predtým, alebo ktorí v súčasnosti boli závislí na tabaku, po dobu aspoň 2 rokov, boli definované ako tabak závislý. Osoby, ktoré navštevujú tieto nemocnice na rutinné vyšetrenie a ktorí boli bez anamnézou alebo diagnózou ktoréhokoľvek rakoviny či genetické choroby boli tiež požiadaní, aby účasť a dobrovoľne darovať krv pre štúdium. Títo pacienti boli považovaní zdravých kontrol. Všetci pacienti s rakovinou a kontrolných orgánov nesúviseli a indickej národnosti zo Západné Bengálsko alebo okolitých východných indických štátov. Táto populácia bol považovaný za reprezentatívny z východného indického obyvateľstva.

DNA Extrakcia a Sérum Collection

Z každého predmetu, boli čerpané 5 ml žilovej krvi asepticky do skúmaviek Vacutainer (Qiagen, USA) obsahujúci EDTA a skladovať pri teplote 4 ° C pred extrakciou genómovej DNA. Genómovej DNA bola extrahovaná z 3,5 ml plnej krvi v priebehu dvoch týždňov po odbere vzoriek s použitím QIAamp DNA Blood Midi Kit (Qiagen, USA) podľa protokolu výrobcu. Ihneď po odbere krvi, additional1.5 ml plnej krvi sa odstredí pri 1800 g počas 5 minút na získanie frakcie séra. Vzorky séra boli skladované pri -80 ° C až do analýzy

Pôdy a PCR amplifikácie promotorové oblasti MMP-1 génov

Primery boli navrhnuté s FastPCR softvéru (http: //www .. biocenter.helsinki.fi) tak, že zosilňujú promotorové oblasti génu MMP-1, aby bolo možné analyzovať sekvenovaním polymorfizmy (tabuľka 1). PCR bola vykonaná v PCR termocykléra SPRINT (Thermo Electron Corporation, Japonsko). Cieľová sekvencia bola amplifikovaná v 25 ul reakčného objemu, ktorý obsahuje 10-20 ng genómovej DNA, 0,2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM KCI, 2 mM MgCl 2, 0,3 uM každého primeru, a 1,0 jednotiek Taq DNA polymerázy (Fermentas Taq DNA polymerázy, Fermentas, USA). PCR amplifikácia bola vykonaná s 35 cyklami denaturácie pri 94 ° C počas 30 sekúnd, teplotná hybridizácia pri 58 ° C-59 ° C po dobu 1 minúty (Tabuľka 1) a následne predĺženie pri teplote 72 ° C počas 30 s po počiatočnej aktivácie krok 94 ° C po dobu 5 min. PCR fragmenty boli analyzované v porovnaní s 100 bp DNA rebrík (Fermentas, USA) na etidiumbromidom Škvrny na 1,5% agarózovom géli (katalógové číslo 014011, Sisco Research Laboratories, India) bežať po dobu 60 minút pri teplote 100 V.

genotypizácia

Pre stanovenie genotypu sekvencovanie, všetky neregistrovaným dNTP bol defosforyluje a neregistrovaným primery boli odstránené z produktu PCR krevety alkalickej fosfatázy (Fermentas, USA) a exonukleázy-i enzým (Fermentas, USA). PCR produkty boli použité pre sekvencovania s BigDye® Terminátor v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA) a sekvenované za použitia ABI Prism 3100 genetický analyzátor (Perkin-Elmer ABI, Foster City, CA.) Podľa protokolu výrobcu. PCR amplikón bol sekvenovanie v oboch smeroch dopredu a dozadu PCR primery eliminovať možnosť kompresné artefakty. Sekvenčné chromatogramy boli analyzované pomocou sekvenčné Scanner Software v1.0 (Applied Biosystems, USA) analyzovať zmeny jednotlivých nukleotidov a teda aj genotypov

polymorfizmus MMP-1,1 1G /2G bol genotyp pomocou PCR -.
dĺžky reštrikčných fragmentov polymorfizmus metóda (RFLP) za použitia Alul
enzýmu (New England Biolabs, Inc. (VO), Ipswich, MA)., ako bolo opísané skôr [26]

enzým linked ImmunoSorbent assay (ELISA)

sérum MMP-1 v krvi proteín (pre a aktívne) u pacientov s rakovinou žalúdka horným s rizikovými haplotypu non, a v dolnej karcinómu žalúdka s rizikovými haplotypu (obsahuje jeden alebo viac rizikových alel) boli porovnané s použitím komerčne dostupného MMP-1 ELISA kitu (ab10063, abca, USA), podľa inštrukcií výrobcu. Vzorky séra boli zriedené (1:05 ​​v /v) v testovacom riedidle poskytnuté v súprave. Stručne, 100 ul štandardov, polotovarov a zriedeného vzorky séra sa napipetuje do anti-ľudskej MMP-1 vopred potiahnuté 96-jamkové doštičky poskytované v súprave a inkubujú sa po dobu 2,5 hodiny pri teplote 37 ° C. Po niekoľkých premytí bola pridaná biotinylizované anti-ľudské MMP-1 protilátky (zriedenej 1: 1000) do jamiek a doštička bola inkubovaná po dobu 1 hodiny pri teplote miestnosti. Po odmytí nenaviazaného biotinylizované protilátky, HRP-konjugovaný streptavidín sa napipetuje do jamiek. Doštička bola znovu inkubovaná po dobu 45 minút. Po dôkladnom premytí 100 ul substrátu bolo tetramethylbenizidine pipetu do každej jamky a doštička bola inkubovaná počas 30 minút v tme pri teplote miestnosti (25 ° C). Stop roztok bol pridaný po dokončení. Každá vzorka bol testovaný duplicitne. Tieto hodnoty absorbancie polotovarov, vzoriek a štandardov boli odpočítané na čítačke mikrotitračných doštičiek pri vlnovej dĺžke 450 nm. Hladina MMP-1 proteínu vo vzorkách sa získa na základe porovnania so štandardnou krivkou, zo štandardných dodaných výroby. Minimálna detegovateľná hladina MMP 1, bolo 8 pg /ml.

Štatistická analýza

Štatistická analýza bola vykonaná pomocou softwaru SPSS (verzia 16.0J. SPSS Inc., Chicago, IL, USA ). Významné rozdiely medzi vekom v rozhovore pre kontroly a veku pri stanovení diagnózy u prípadov s rakovinou boli posudzované podľa t test pre porovnanie prostriedkov za použitia programu GraphPad InStat3 (GraphPad Software, Inc., San Diego Kalifornia, USA). Hardy-Weinberg rovnováha (HWE) analýzy boli vykonané pre porovnanie zistených a očakávaných alel frekvencie pomocou chí kvadrát testu kontrol na zabezpečenie toho, aby každá značka bola v rovnováhe ( p Hotel > 0,05). Menšie frekvencia alely (MAF) ( -Model
voľba) a HWE ( -Hard
voľba) pre každý SNP bola odhadnutá z kontrolnej populácie pomocou Plink v0.99 [27]. Case-control dáta boli analyzované pomocou obojstrannej 2-by-2 alebo 2-by-3 kontingenčnej tabuľky podľa genotypu test Pearson Chi-kvadrát. Pričom pomer šancí (OR) a 95% interval spoľahlivosti (CI) s genotypom boli vypočítané z víceproměnné Model logistickej regresie upravený pre vek (kontinuálne premenné), sexu a závislosti na tabaku. V tejto štúdii sme definovali, že 1G alela 1G-1607 2G SNP, A alely A-519G SNP, A alely T-422A SNP, T alely T-340C SNP a T alela T-320C SNP boli referenčné alely. Výsledky boli hodnotené pomocou vyššie uvedených alel ako odkaz pomocou multinomiální logistický regresný model. Pri analýze vzťahu medzi genotypom a ochorení stavu SNP GC, štádiu rakoviny, histologické klasifikácie a hĺbky invázie tumoru boli transformované do binárnych dát (fáza I + II vs. fáze III + IV, dobre diferencovaný + mierne diferencovanej vs. Zle diferencovaný a T1 + T2 vs. T3 + T4). Vzťah medzi distribúciu genotypov a hĺbkou nádoru alebo fáze sa tiež skúmalo pomocou multinomiální Model logistickej regresie upravený pre vek (kontinuálne premenné), pohlavie a fajčenie tabaku ako potenciálny zmätočného faktor. Haplotypu frekvencie boli analyzované za použitia programu Haploview (ver. 4.1, Broad Institute, Chembridge, USA) [28]. Všetky výsledky boli považované za štatisticky významné v prípade, bola p
hodnotu menšiu ako 0,05. Výpočet energie post hoc bola vykonaná otestovať štatistickú silu štúdie podľa spôsobu Schlesselman, JJ [29].

Výsledky

Popis
populácii

Súbor pacientov tvorilo zo 145 pacientov s karcinómom žalúdka s 112 (77,2%) mužov a 33 (22,8%) žien s vekovom rozmedzí 42.6-65.8 rokov, rovnako ako 145 kontrolných orgánov majúcich 81 (55,9%) mužov a 64 (44,1%) žien s vekovom rozmedzí 34.5-62.5 rokov. Pacienti a kontrolné orgány boli odvodené z rovnakej geografickej polohe a sú reprezentatívne z východného indického obyvateľstva. Tam boli štatisticky významné rozdiely v rozložení pohlavia ( p Hotel <0,001) a vek ( p Hotel &0,0001) medzi pacientmi a kontrolnou skupinou. Tiež významne viac tabaku závislých jedincov (p 0,0001) boli prítomné u pacientov (68,3%) v porovnaní s kontrolami (28,3%). Takže v priebehu odhadu rizík, boli vypočítané pomery an veku, pohlavia a kurzy závislosť očistené.

Detekcia jednonukleotidových polymorfizmy v MMP-1 usporiadateľa

prirodzene sa vyskytujúce sekvencie, spoločné sociálne zariadenie varianty promótorom génu MMP-1 v prípadoch, a kontrol boli vyhľadávané priamym sekvenovaním DNA. Zarovnanie sekvencie chromatogramu s promótorom génu kontigu sekvenciu MMP-1 (Genebank prístupové no- AF023338) bolo potvrdené, SNP pozície na -1607 (1G /2G, tj, G vloženie /vypustenie), -519 (A /G), -422 (T /a), -340 (T /C) a -320 (T /C) (obr S1 v S1 Súbor). MMP-1,1 Genotypizácia pomocou PCR-RFLP Potom bola vykonaná u pacientov s rakovinou žalúdka a ovládacie prvky. Obrázok S1A (File S1) ukazuje typické PCR-RFLP vzor. Cieľová oblasť 269 bp z promótorom génu MMP-1 bol amplifikovaný PCR a štiepený Alul
, ktorý štiepi na 1G alely na generovanie dvoch fragmenty 241 bp a 28 bp. 2G alela nemal stráviť s Alul
. Heterozygotná genotyp ukázal tri pruhy o 269 bp, 241 bp a 28 bp (obr S1A v S1 súboru). MMP-1,2, MMP-1,3, MMP-1.4) a MMP-1.5 bol genotyp sekvenovania DNA (obr S1B v súbore S1). MMP-1,1 genotyp analýza sekvenovaním DNA bola obmedzená na pilotné štúdie, tak aj pre 10% populácie ako spätná kontrola. Všetky genotypizácia bola vykonaná u 145 pacientov a 145 kontrol.

Združenia medzi jednotlivými SNP MMP-1 usporiadateľa a rakovinou žalúdka Risk

genotypu distribúcie MMP-1 polymorfizmy boli konzistentné s Hardy- Weinberg rovnováha (HWE). Štúdia by dosiahli silu 80% (Z-alfa = 1,645, pre alfa = 0,05) s 145 prípadmi, regulačné pomer prípad 1.0 a kontrolnú 10% na rizikové alely s OR 2.31.

MMP-1,1 polymorfizmus nepreukázala významný rozdiel v distribúcii genotypov (1G1G vs. 1G2G, 2G2G a 1G2G + 2G2G) medzi pacientmi a kontrolnou skupinou ( p
= 0,430, p = 0,465 a
p = 0,411
v uvedenom poradí). Tiež, distribúcia frekvencie alely (1G vs. 2G) nebol významný medzi pacientmi a kontrolnou skupinou ( p
= 1,000), a tak neudeľujú žiadne riziko pre žalúdka vzniku nádorových ochorení (tabuľka 2). Je tiež pozoruhodné, že 2G alela bola hlavná alely v tejto populácii, ale brali sme to ako alely rizikové ako mnoho ďalších štúdií už skôr považoval za alela riziko [14], [30], [31].

U pacientov s karcinómom žalúdka, početnosť MMP-1,2 AG, GG a AG + GG genotypov významne odlišné zdravých kontrol ( p
= 0,603, p = 0,506 a
p = 0,510
v uvedenom poradí), a teda ani neudeľuje žiadne významné riziko rakoviny žalúdka. Tiež frekvencia alely (A vs. G) u pacientov s rakovinou sa významne líšil od zdravých kontrol ( p
= 0,337), a nie poskytnúť riziko vzniku rakoviny žalúdka (tabuľka 2).

distribúcia genotyp frekvencie, (AA verzus TT, TA a TA + TT) v MMP-1,3 polymorfizmu v populácii pacientov sa významne nelíši od zdravých kontrol ( p
= 0,626, p = 0,999 stroje a p = 0,806
v uvedenom poradí), a teda ani neudeľuje žiadne významné riziko rakoviny žalúdka. Tiež frekvencia alely (T vs. A) distribúcia u pacientov s rakovinou a ovládacie prvky neboli štatisticky významné (p
= 0,927) (tabuľka 2).

U pacienta MMP-1,4 polymorfizmus, genotypy (TT vs. TC, CC a CC TC +) ukázala podobné rozdelenie ako u kontrol ( p
= 0,474, p
= 0,424 a p =
0,388 uvedenom poradí) ukazovať žiadny vzťah k žalúdočnej riziko rakoviny. Rovnako rozloženie alely frekvencie (T vs. C) u pacientov a kontrol nebola štatisticky odlišná ( p
= 0,357), čo ďalej ukazuje, že neexistujú žiadne spojenie s rizikom rakoviny žalúdka (tabuľka 2).

MMP-1,5 polymorfizmus genotypovej frekvencie (TT vs. TC, CC a TC + CC) u pacientov sa podobne distribuované že ovládacích prvkov ( p
= 0,329, p
= 0,358 a p = 0,228
v uvedenom poradí) ukazuje žiadne významné riziko rakoviny žalúdka. Tiež rozloženie alely frekvencie (T vs. C) u oboch pacientov a kontrol výrazne nelíšila ( p
= 0,469) (tabuľka 2).

Združenia medzi jednotlivými SNP MMP -1, ako aj Demografická a klinicko-funkcie v dobe rakovina žalúdka Diagnóza

združenia bolo vyšetrených medzi každým polymorfizmus a demografických a klinicko-rysy pacientov s rakovinou žalúdka a kontrol (tabuľka 3). MMP-1,1, MMP-1,2, MMP-1,3, MMP-1,4 a MMP-1,5 polymorfizmy nehrali žiadnu úlohu pri určovaní žalúdočnej riziko rakoviny z akéhokoľvek stavu veková skupina, pohlavie alebo tabak-závislosť.

MMP 1.1 a MMP-1,2 polymorfizmy neudeľujú žiadne významné riziko pre umiestnenie nádoru alebo stupňa progresie nádoru u rakoviny žalúdka (tabuľka 3). Avšak, pacienti nesúci kombináciu AG a GG genotypu MMP-1,2 polymorfizmus boli výrazne rozdelené medzi histologických podtypov rakoviny a ukázal výrazne vyššie riziko pre zle diferencovaných (PD) karcinómov ( p
= 0,001, OR = 3,803, CI = 1,69 - 8,56) (tabuľka 3)

MMP-1,3 polymorfizmus, pacienti nesúci kombináciu TA a TT genotypov boli viac ohrozené nižšia rakoviny žalúdka (nižšia &Gamble. stredového telesa, antra a pyloru žalúdka ) ( p
= 0,043, OR = 2,18, CI = 1,03 - 4,64). Tiež kombinácie TA a TT genotypov bolo zistené častejšie u pacientov s karcinómom žalúdka s 10 a viac metastatických lymfatických uzlín ( p
= 0,021, OR = 3,044, CI = 1,187 až 7,807), čo naznačuje, že T alela mal škodlivé účinky na progresiu rakoviny žalúdka a na začiatku metastázy (tabuľka 3).

MMP-1,4 polymorfizmu, distribúcia TC a CC genotypy u pacientov s rôznymi nádorovými miestach v žalúdku bola blízko dosiahnuť štatisticky významný vzťah s rizikom rakoviny žalúdka nižší (p
= 0,075, OR = 1.969, CI = 0,94 - 4,15) (tabuľka 3). V rozpore s MMP-1,3 polymorfizmus, pacienti nesúci kombináciu TC a CC genotypov dal ochranu proti regionálnych lymfatických uzlín ( p
= 0,026, OR = 0,34, CI = 0,13 - 0,88), okrem vzdialených metastáz ( p
= 0,061, OR = 0,49, CI = 0,24 - 1,03), karcinómu žalúdka (tabuľka 3).

MMP-1,5 polymorfizmus, kombinácia TC a CC genotypov ukázala významný súvislosť s umiestnením žalúdka nádoru. Pacienti nesúci kombináciu TC a CC genotypov boli viac ohrozené len nižšieho rakoviny žalúdka ( p
= 0,034, OR = 2,22, CI = 06.1.-7.4.) (Tabuľka 3).

analýza stratifikácia pre SNP a nižšiu tvorbu žalúdočných nádorov, štúdie by dosiahli sily vo výške 80% (z-alfa = 1,645, pre alfa = 0,05) s 89 malými písmenami žalúdka, dolnej žalúdka a hornej časti brucha vzorku pomer 0,505 a 35% vystavené horné pacientov žalúdočných na alelu riziká, ktoré má alebo 2,5.

genotypu frekvencie na dve prepojené loci MMP-1 SNP a rizík s cieľom rakovina žalúdka

na vyhodnotenie kombinovaných účinkov dvoch spojené loci o riziku rakoviny, ako individuálne SNP nezverila riziko rozvoja rakoviny žalúdka, spojené genotyp frekvencie boli porovnané u pacientov a kontrol. Rozdeľovanie párových loci kmitočtov pre priľahlých polymorfizmy boli pozorované boli skúmané rastúce poradí variantné alely a združenia. Nebolo pozorované od dávky závislé asociácie, počet variantné alely bola zvýšená pri iných kombináciách priľahlé spárovaného lokusov (tabuľka 4).

väzbové nerovnováhe medzi SNP z MMP-1, promótorom a haplotypu kmitočty s náchylnosťou k rakovina žalúdka

Všetky polymorfizmy v promótorom génu MMP-1, boli vyhodnotené na väzobné nerovnováhe (LD) medzi polymorfizmy a identifikovať spoločné haplotypu prítomné v kohorty pacientov a kontrolných. Región ukázala nízka k podstatnému LD medzi polymorfizmy, s výnimkou MMP-1.4 a MMP-1.5, ktoré boli v úplnej LD v case-control štúdie kohorty (obrázok 1) (definícia Blokové väzbové nerovnováhe boli založené na metóde Gabriel et al.
) [32]. Šestnásť haplotypu boli identifikované s frekvenciou vyššou ako 1% a to ako v oblasti kontroly a populáciu pacientov, vrátane všetkých piatich značiek pokrývajúci promótor génu MMP-1. Rozšírené haplotypu frekvenčný distribúcie MMP-1 polymorfizmov neboli významné medzi pacientmi s rakovinou žalúdka a kontrol a žiadny z týchto haplotypu udelených nebezpečenstvo vzniku rakoviny žalúdka (dáta nie sú uvedené).

Funkčné haplotypu Účinky MMP-1 polymorfizmu 'na spodnej časti brucha nádoru formácie

Šestnásť haplotypu boli identifikované s frekvenciou vyššou ako 1% a kategorizované zvýšením poradí polymorfných variantov alel a analyzované pre génovú-dávkovanie efektu (Tabuľka S1 v S1 súboru). Rozdiel vo frekvencii haplotypu bol významný medzi spodnej časti brucha pacientov s rakovinou žalúdka a hornej časti brucha pacientov s karcinómom žalúdka, pretože počet polymorfných variantov alel boli zvýšené čo má za následok zvýšenie rizika pre spodnej časti brucha vzniku rakoviny žalúdka s najvyšším OR 2.155, 95% CI = 1,317 - 3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 u kombinovaných haplotypu, ktoré obsahujú 4 rizikové alely (tabuľka 5).}

na účely skúmaní vplyvu MMP-1 promótor polymorfizmy na funkciu génov sme oproti sére MMP-1 v krvi pomocou sérového ELISA u pacientov, ktorí majú nižší rakoviny žalúdka sa kombinované rizikové haplotypu (majúci aspoň jedného alely riziká) vs. hornej rakoviny žalúdka s referenčným haplotypu (1G-AATT). Sérum MMP-1 Koncentrácia proteínu bola takmer 1,5 krát vyššia u pacientov s nižším rakoviny žalúdka (n = 54), (pri kombinovaných rizikovými haplotypu) ako u pacientov s hornou rakoviny žalúdka (n = 15) (s odkazom haplotypu; p = 0,024), čo naznačuje, že funkčné dôležitosť týchto SNP v regulácii génovej expresie MMP-1, a tam ovplyvnením v dolnej časti žalúdka proces karcinogenézy (obrázok 2). Analýza bola opakovaná a potvrdená na základe protokolu transformácie dát (Obr S2 S1 súboru).

Diskusia

Hoci MMP nie sú onkogénne či mutagénne, ktoré nemenia mikroprostredie a môže ovplyvniť proces karcinogenese a jeho histológie, a zdá sa, pôsobiace na úrovni transkripčný aktivácia [33]. Že je členom skupiny MMP, MMP-1 bolo hlásené, že hrajú dôležitú úlohu v rakovine invázii nadmernou expresiou, ktorá je spojená s metastázami a zlou prognózou u rakoviny pažeráka, rakoviny vaječníkov, kožného malígneho melanómu, rakoviny hrubého čreva a rakoviny žalúdka [11 ], [15], [16], [25], [34]. Rozptýlené druhy rakoviny žalúdka sú zvyčajne charakterizované hojné ukladanie kolagénových vlákien, prípadne vyžadujú vyššie hladiny MMP-1 expresie pre správnu remodeláciu tkaniva mikroprostredia [30]. Genetický základ bolo navrhnuté hrá dôležitú úlohu vo výskyte a progresii karcinómu žalúdka [30]. Okrem toho niektoré polymorfné gény kódujúce enzýmy metabolickej a regulátory bunkového cyklu, ako je napríklad methylentetrahydrofolát reduktáza, NADPH: Chinonu oxidoreduktázy a cyklin D1 boli zdokumentované priznať náchylnosť k rakovine žalúdka [35] - [37]. Z tohto dôvodu, polymorfné gény, samotné, v kombinácii s inými, alebo prostredníctvom interakcie s exogénnych rizikových faktorov, môžu byť použité ako vypovedaciu parametre pre skríning jedincov s vysokým rizikom rakoviny žalúdka.

Podľa našich najlepších vedomostí, toto štúdie združenia variantov MMP-1 a rizikom vzniku karcinómu žalúdka a progresii vo východnom indickej populácie je prvou svojho druhu so zameraním na polymorfizmus -1607 1G /2G (MMP-1.1) a ďalšie štyri polymorfizmus medzi týmto SNP a počiatku transkripcie. MMP-1 promótor región funkčné polymorfizmy zodpovedných za jeho výrazových zmeny boli korelované s rôznymi chorobných procesov. Aj cez to, v našej štúdii MMP-1,1 polymorfizmu a ďalšie štyri ďalšie SNP (MMP-1,1, MMP-1,2, MMP-1.3 a MMP-1,4) v oblasti promotora nekorelujú s výskytom rakoviny žalúdka, čo naznačuje týchto variantov promótorom, aby sa nízkej penetrance rizikové faktory rakoviny žalúdka. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• Ploche ONE: Ľahký a elektrónová mikroskopia bobra európskeho (Castor fiber) Žalúdočné Reveal Unikátny morfologické rysy s možnými General Biological Significance
• Ploche ONE: Self-Hlásené žalúdočnú nevoľnosť v Travellerov na výletných-Based a pozemných balíčka Holidays