PLOS ONE: MMP-1 (MMP-1), el promotor polimorfismos están bien vincularse a menor formación de tumores de estómago en el este de la India Population

Extracto

La expresión de metaloproteinasas de matriz-1 (MMP-1), un intersticial colagenasa, juega un papel importante en la invasión celular durante el desarrollo de cáncer gástrico, una causa principal de muerte en todo el mundo. Un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) sitio -1607 1G /2G del promotor del gen MMP-1 Se ha informado de alterar el nivel de la transcripción. Mientras que otros de los SNP de la importancia en el promotor de MMP-1 aún no se han estudiado en el cáncer gástrico, nuestro objetivo fue investigar la MMP-1 promotor del gen polimorfismos y la susceptibilidad al cáncer gástrico en la población de la India oriental. Un total de 145 pacientes con cáncer gástrico y 145 controles sanos fueron genotipo para la MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) por PCR-fragmentos de restricción polimórficos (RFLP), mientras que la MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) y MMP-1 -320 T /C (rs494379) se genotipo por secuenciación del ADN. Una asociación positiva se encontró con MMP-1 -422 T /A SNP que mostró un riesgo significativo para la metástasis de ganglios linfáticos regionales ( P = 0,021
, relación de probabilidad (OR) = 3.044, intervalos de confianza (IC) = 1.187 -7,807). Además, se encontró una asociación significativa con la formación de tumores de estómago menor entre los pacientes con cáncer gástrico durante tres polimorfismos adyacentes cerca de los sitios de inicio de la transcripción de [MMP-1 -422 T /A ( P = 0,043
, OR = 2.182 , IC = 1,03 a 4,643), la MMP-1 -340 T /C ( P = 0,075
, OR = 1,97, IC = 0,94 a 4,158) y MMP-1 -320 T /C ( P = 0,034
, OR = 2,224; IC = 1,064 a 40731)]. MMP-1 nivel en el suero de los pacientes se correlaciona con los haplotipos de MMP-1 promotor que confiere estas tres SNPs para evaluar la importancia funcional de estos polimorfismos en la formación de tumores de estómago inferior y se observó correlación significativa. Por otra parte, la MMP-1 -519 A /G polimorfismo está representada pobre diferenciación celular ( P = 0,024
, OR = 3,8, IC = 1,69-8,56) se adjudica un mayor riesgo de progresión del cáncer. En conclusión, el promotor de MMP-1 proximal SNPs están asociados con el riesgo de formación de tumores de estómago inferior y metástasis en los ganglios de la población oriental indio

Visto:. Dey S, N Ghosh, Saha D, K Kesh, Gupta A, Swarnakar S (2014) metaloproteinasas de la matriz-1 (MMP-1), el promotor polimorfismos están bien vincularse a menor formación de tumores de estómago en el este de Población de la India. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10.1371 /journal.pone.0088040

Editor: Redhwan Ahmed Al Naggar, Salud de la Población y Medicina Preventiva, Malasia

Recibido: 2 Septiembre 2013; Aceptó 3 de enero de 2014; Publicado: 5 Febrero 2014

Derechos de Autor © 2014 Dey et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan

Financiación:. Sanjib Dey era beneficiario de beca de investigación senior del Consejo indio de Investigación médica (ICMR), India. GN y KK son receptor de superiores de becas de Investigación del Consejo de Investigación Científica e Industrial (CSIR). El trabajo fue apoyado por el subsidio IAP001 del Consejo de Investigación Científica e Industrial (CSIR), la India, NBA07 del Departamento de Biotecnología (DBT), la India. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito

Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia

Introducción

el cáncer gástrico es una de las principales causas de muerte relacionada con el cáncer en el mundo [1]. A escala mundial, el cáncer gástrico (CG) es responsable de aproximadamente 800.000 muertes al año. Más del 70% de los casos de CG se producen en países en desarrollo y la mitad del total mundial se produce en Asia Oriental [1]. Es un problema principal en los estados del norte-este y sur del subcontinente indio [2]. La incidencia de cáncer gástrico varía de país a país, probablemente como resultado de factores genéticos, epigenéticos y ambientales. Helicobacter pylori
infección se considera como un importante factor de riesgo en el desarrollo de cáncer gástrico, especialmente cáncer en la parte inferior (noncardia) del estómago [3]. Un análisis combinado de 12 estudios de H. pylori y cáncer gástrico
estima que el riesgo de adenocarcinoma en las regiones no cardias del estómago era casi seis veces mayor para los H. pylori
personas infectadas que para las personas no infectadas [3].

Estudios recientes demuestran que, la carcinogénesis es un proceso multi-celular y multi-etapa en la que la destrucción de la microambiente del tejido es un requisito para la conversión de el tejido normal a tumor [4]. Por lo tanto, el análisis molecular del microambiente del tejido y su desregulación durante la neoplasia es un paso clave para conocer los mecanismos de la enfermedad maligna. Las metaloproteinasas de matriz (MMPs), producidos tanto por tumor y las células normales, alterar el microambiente al degradar la matriz extracelular, y las señales celulares posteriores conducen a las primeras etapas de la formación de tumores [5]. Varias de las MMPs tienen la capacidad única para degradar los colágenos intersticiales (por ejemplo I, II, y III), más abundantes proteínas del cuerpo. MMP-1 es la colagenasa intersticial expresado más ubicua [6] y su sobreexpresión se asocia con varios estados patológicos, incluyendo la invasión tumoral y la metástasis [7]. La sobreexpresión de MMP 1-mRNA se ha demostrado en una variedad de cánceres, tales como cáncer gástrico, cáncer colorrectal y cáncer de esófago [8] - [12]. La sobreexpresión de la proteína MMP-1 se asocia con un mal pronóstico del cáncer de esófago y cáncer colorrectal [10], [11]. Esta sobreexpresión MMP-1 se puede atribuir a la yuxtaposición de factor de transcripción sitios y cooperatividad entre los factores que se unen a estos sitios dentro de la región promotora del gen MMP-1 [13] de unión.

La región promotora de MMP-1 contiene una inserción de guanina /deleción polimorfismo (1G /2G polimorfismo) en la posición -1607 que genera la secuencia 5'-GGA-3 'que tiene un alelo 2G. La presencia de un polimorfismo 2G podría aumentar la actividad transcripcional de endógeno MMP-1 debido a que la inserción guanina crea un sitio de unión para un miembro de la familia de factores de transcripción Ets. El alelo 2G puede contribuir al aumento de la capacidad de invasión de los carcinomas de endometrio, con el desarrollo de cáncer de ovario, cáncer de pulmón y cáncer colorrectal [14] - [21].

Los estudios realizados en varios otros genes han proporcionado un nuevo paradigma en que es más probable que la influencia de múltiples polimorfismos localizados en la región de promotor que actúan en concierto para ejercer un efecto haplotipo [22], [23] la transcripción de un gen. Varios otros polimorfismos de nucleótido único (-519A /G, -422T /A, -340C /T, y -320C /T) en el promotor del gen MMP-1 han sido identificados recientemente [24]. efectos funcionales de estos polimorfismos en la MMP-1 promotor de la actividad génica se evaluaron en las líneas celulares de melanoma (A2058 y A375), cáncer de mama (MCF7 y MDA-MB-231), cáncer de pulmón (A549 y H69), y el cáncer colorrectal ( HT-29, SW-620) mediante la comparación de los puntos fuertes promotoras de los 10 haplotipos más comunes derivados de estos polimorfismos [24]. Aunque la mayor expresión de MMP-1 se asoció con la invasión local y de mal pronóstico en el cáncer gástrico [25], el papel de promotor de MMP-1 SNPs y sus haplotipos en el desarrollo de cáncer gástrico es actualmente desconocido en cualquier población humana.

En el presente estudio, se realizó un estudio de casos y controles de base hospitalaria para explorar la asociación del promotor del gen MMP-1 SNPs [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /A (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1.4), y -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] y sus haplotipos con el riesgo de desarrollo de cáncer gástrico en una población india oriental. También exploramos la relación entre los polimorfismos y los factores clínico-patológicos entre los pacientes con cáncer gástrico. El estudio demostró la asociación putativa de MMP-1,3, MMP-1,4, y MMP-1,5 polimorfismos con el riesgo de la formación de tumores de estómago inferior en el cáncer gástrico. La importancia funcional de MMP-1 polimorfismos en la formación de tumores de estómago inferior se confirmó por los efectos de haplotipos de estos polimorfismos en MMP-1 niveles de expresión en suero. Sin embargo, no se encontró asociación con la incidencia de cáncer gástrico para cualquiera de los anteriores cinco SNP del promotor de MMP-1 y sus haplotipos resultantes

Materiales y Métodos

Sujetos de estudio:. Indias Orientales de casos y controles cohorte

El indio cohorte de casos y controles del Este consistió en 145 casos de cáncer gástrico y 145 individuos de control. Los protocolos de estudio (2008-2014) fueron aprobados por las Juntas de Revisión Ética del Centro Saroj Gupta Cáncer y el Instituto de Investigación, Calcuta, Departamento de Cirugía gástrica, Facultad de Medicina y el Hospital, Calcuta, IPGMER, hospitales Calcuta y el Comité de Ética Humanos de la Instituto Indio de Biología química, Calcuta, India. Todos los pacientes con un diagnóstico clínico de cáncer gástrico que asisten a los departamentos hospitalarios de Gastro-oncología del Saroj Gupta Centro de Cáncer y el Instituto de Investigación, Calcuta, el Departamento de Cirugía gástrica, Facultad de Medicina y el Hospital, Calcuta y la IPGMER, Calcuta durante junio de 2008 y el de mayo de 2013 se identificaron a partir de registros hospitalarios y se estableció contacto durante el seguimiento investigaciones. Todos los participantes dieron su consentimiento informado por escrito para la participación. Pacientes demografía, los síntomas y la clasificación del tumor se registraron y muestras de sangre tomadas después de tomar una historia clínica y la realización de los exámenes clínicos y endoscópicos. typing tumor histológico se determinó sobre la base de biopsias o muestras resecadas. Los criterios de exclusión fueron antecedentes de otro tipo de cáncer con metástasis, excepto el cáncer gástrico. Posibilidad de úlcera péptica sin tener ninguna lesión cancerosa había sido excluido por la histopatología de la lesión estómago. El diagnóstico de cáncer gástrico y de estadificación TNM se basa en la aceptación general clínicos, histológicos, los hallazgos radiológicos y de inmunofluorescencia y la del Comité Conjunto sobre el Cáncer (AJCC) y la Unión Internacional Contra el Cáncer (UICC) criterio [25]. Las personas que antes eran o que actualmente han sido adictas al tabaco durante al menos 2 años se definieron como adicto tabaco. Las personas que visitan estos hospitales para un chequeo de rutina y que no tenían un historial o diagnóstico de cualquier tipo de cáncer o también se les pidió enfermedades genéticas y para participar como voluntarios para donar sangre para el estudio. Estos sujetos se consideraron controles sanos. Todos los pacientes de cáncer y los sujetos de control no estaban relacionados y de nacionalidad india de Bengala Occidental o los estados de la India del este de los alrededores. Esta población se considera representativa de la población de la India oriental.

Extracción de ADN y la recogida de suero

A partir de cada sujeto, se extrajeron asépticamente 5 ml de sangre venosa en tubos vacutainer (Qiagen, EE.UU.) que contiene EDTA y se almacena a 4 ° C antes de la extracción de ADN genómico. El ADN genómico se extrajo a partir de 3,5 ml de sangre entera dentro de dos semanas tras el muestreo utilizando un Kit QIAamp DNA Blood Midi (Qiagen, EE.UU.) de acuerdo con el protocolo del fabricante. Inmediatamente después de la recogida de sangre, se centrifugó additional1.5 ml de sangre entera a 1800 g durante 5 min para obtener la fracción de suero. Las muestras de suero fueron almacenadas a -80 ° C hasta su análisis

Los cebadores y amplificación por PCR de la región promotora de los genes MMP-1

Los cebadores se diseñaron con el software FastPCR (http: //www.. biocenter.helsinki.fi) para amplificar regiones promotoras del gen de la MMP-1 con el fin de analizar los polimorfismos mediante la secuenciación (Tabla 1). PCR se realizó en un termociclador de PCR SPRINT (Thermo Electron Corporation, Japón). La secuencia diana se amplificó en un volumen de reacción de 25 l que contiene 10 a 20 ng de ADN genómico, dNTP 0,2 mM, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), KCl 50 mM, MgCl2 2 mM, 0,3 M de cada cebador, y 1,0 unidades de Taq ADN polimerasa (ADN Taq polimerasa Fermentas, Fermentas, EE.UU.). La amplificación por PCR se realizó con 35 ciclos de desnaturalización a 94 ° C durante 30 s, hibridación a 58 ° C-59 ° C durante 1 min (Tabla 1) y seguido de extensión a 72 ° C durante 30 s después de la activación inicial paso de 94 ° C durante 5 min. Se analizaron los fragmentos de PCR en comparación con escalera de 100 pb de ADN (Fermentas, EE.UU.) en un tiñeron con bromuro de etidio 1,5% en gel de agarosa (Cat No. 014011, Sisco Research Laboratories, India) correr durante 60 minutos a 100 V.

genotipificación

Para el genotipado por secuenciación, cualquier dNTPs no incorporados se desfosforilan y cebadores no incorporados se eliminaron del producto de PCR por la fosfatasa alcalina de camarón (Fermentas, EE.UU.) y exonucleasa-I de la enzima (Fermentas, EE.UU.). Los productos de PCR se utilizaron para la secuenciación con BigDye® Terminator Kit Cycle Sequencing v3.1 (Applied Biosystems, EE.UU.) y se secuenciaron utilizando un ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.) de acuerdo con el protocolo del fabricante. La amplificación de PCR se secuenció en ambas direcciones con cebadores directos e inversos de PCR, eliminando la posibilidad de artefactos de compresión. cromatogramas de secuenciación se analizaron utilizando el software v1.0 Secuencia del escáner (Applied Biosystems, EE.UU.) para analizar las alteraciones de los nucleótidos y por lo tanto los genotipos

El polimorfismo MMP-1.1 1G /2G se genotipo mediante PCR -.
longitud de los fragmentos de restricción polimórficos método (RFLP) usando AluI
enzima (New England Biolabs, Inc. (NEB); Ipswich, MA)., como se describe anteriormente [26]

enzima ensayo inmunoenzimático (ELISA)

suero MMP-1 nivel de proteína (a favor y en activo) en pacientes con cáncer de estómago superior con los haplotipos de riesgo no, y en el cáncer de estómago inferior con los haplotipos de riesgo (contiene uno o más alelos de riesgo) se compararon mediante una MMP-1 ELISA kit disponible comercialmente (ab10063, Abcam, EE.UU.), de acuerdo con las instrucciones del fabricante. se diluyeron muestras de suero (v /v 01:05) en diluyente de ensayo proporcionado en el kit. Brevemente, 100 l de los estándares, blancos y muestra de suero diluida se pipetearon en la MMP-1 con capa preliminar placa de 96 pocillos anti-humano proporcionado en el kit y se incubó durante 2,5 horas a 37 ° C. Después de varios lavados, se añadió biotinilado MMP-1 anticuerpo anti-humano (diluido 1:1000) a los pocillos y la placa se incubó durante 1 hora a temperatura ambiente. Después de lavar de distancia anticuerpo biotinilado no unido, estreptavidina conjugada con HRP se pipetea a los pocillos. La placa se incubó de nuevo durante 45 min. Después de un extenso lavado, 100 l de la tetramethylbenizidine sustrato fue pipeta en cada pocillo, y la placa se incubó durante 30 minutos en la oscuridad a temperatura ambiente (25 ° C). Se añadió una solución de parada al finalizar. Cada muestra se ensayó por duplicado. Los valores de absorbancia de los espacios en blanco, las muestras y los estándares se leyeron en un lector de microplacas a una longitud de onda de 450 nm. El nivel de la proteína MMP-1 en las muestras se obtuvo por comparación con la curva estándar, generados a partir estándar suministrado por el fabricante. El nivel mínimo detectable de MMP 1 fue de 8 pg /ml.

Análisis estadístico

El análisis estadístico se realizó utilizando el software SPSS (versión 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, EE.UU. ). Las diferencias significativas entre la edad a la entrevista para los controles y la edad al momento del diagnóstico de los casos de cáncer se evaluaron mediante la prueba t de Student para la comparación de medias utilizando el software GraphPad InStat3 (GraphPad Software, Inc., San Diego, California, EE.UU.). Hardy-Weinberg (HWE) se realizaron análisis para comparar frecuencias observadas y esperadas de alelos utilizando una prueba de chi-cuadrado para controles para garantizar que cada marcador se encontraba en equilibrio ( p Hotel > 0,05). El alelo menor frecuencia (MAF) ( -model
opción) y HWE ( -hardy
opción) para cada SNP se estimó a partir de la población de control utilizando v0.99 Plink [27]. los datos de casos y controles se analizaron mediante dos caras 2-por-2 o de 2 por 3 tablas de contingencia de acuerdo con el genotipo mediante la prueba de chi-cuadrado de Pearson. El odds ratio (OR) y el intervalo de confianza del 95% (IC) de los genotipos se calculan a partir de un modelo de regresión logística multivariante ajustado por edad (variable continua), el sexo y la adicción al tabaco. En este estudio, se definió que el alelo 1 g de la 1G-1607 2G SNP, el alelo A de la A-519G SNP, el alelo A de la T-422A SNP, el alelo T del SNP T-340C y el T alelo de la T-320C SNP eran alelos de referencia. Los resultados se evaluaron con alelos anteriores como referencia utilizando el modelo de regresión logística multinomial. Al analizar la relación entre el SNP genotipos y las enfermedades del estado de GC, la etapa del cáncer, la clasificación y la profundidad de la invasión tumoral histológica fueron transformados en datos binarios (Etapa I + II + III frente a estadio IV, bien diferenciado + moderadamente diferenciado vs. pobremente diferenciado, y T1 + T2 vs T3 + T4). La relación entre el genotipo distribuciones y la profundidad del tumor o etapa también se examinó utilizando un modelo de regresión logística multinomial ajustado por edad (variable continua), el sexo y la adicción al tabaco como un factor de confusión. las frecuencias de haplotipos se analizaron mediante el programa Haploview (ver. 4.1, Instituto Broad, Chembridge, EE.UU.) [28]. Todos los resultados fueron considerados estadísticamente significativos si el p
valor fue < 0,05. Un cálculo del poder post hoc se ha realizado para poner a prueba el poder estadístico del presente estudio de acuerdo con el método de Schlesselman, JJ [29].

Resultados

Descripción de la Población de estudio

La población del estudio consistió en 145 pacientes con cáncer gástrico con 112 (77,2%) hombres y 33 (22,8%) mujeres con un rango de edad de 42.6-65.8 años, así como los 145 sujetos de control que tienen 81 (55,9%) hombres y 64 (44,1%) mujeres con un rango de edad de 34.5-62.5 años. Los pacientes y sujetos control se derivaron de la misma ubicación geográfica y son representativos de una población india oriental. No hubo diferencias estadísticamente significativas en la distribución de género ( p Hotel < 0,001) y la edad ( p Hotel < 0,0001) entre los pacientes y los controles. Además, significativamente más individuos adictos al tabaco (p < 0,0001) estaban presentes entre los pacientes (68,3%) en comparación con los controles (28,3%). Así, en el curso de la estimación del riesgo, se calcularon los coeficientes de una edad, el sexo y las probabilidades de adicción ajustados.

La detección de polimorfismos de nucleótido único en la MMP-1 Promotor

secuencia de origen natural, común variantes del promotor del gen MMP-1 en los casos y controles se buscaron por secuenciación directa del ADN. La alineación de secuencia con el gen cromatograma secuencia promotora contig MMP-1 (Genebank AF023338 adhesión no-) confirmó las posiciones de SNP en -1607 (1G /2G, es decir, la inserción G /eliminación), -519 (A /G), -422 (T /a), -340 (T /C) y -320 (T /C) (Figura S1 S1 en el archivo). a continuación, se realizó MMP-1,1 genotipado por PCR-RFLP entre los pacientes con cáncer gástrico y controles. Figura S1 A (Archivo S1) muestra un patrón típico de PCR-RFLP. La región diana 269 pb del promotor del gen MMP-1 se amplificó por PCR y se digirió con AluI
, que escinde el alelo 1G para generar dos fragmentos de 241 pb y 28 pb. El alelo 2G no digerir con AluI
. genotipo heterocigoto mostró tres bandas de 269 pb, 241 pb y 28 pb (Figura S1A en S1 Archivo). MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4) y MMP-1.5 se genotipo por secuenciación del ADN (Figura S1B en Archivo S1). El análisis del genotipo MMP-1,1 por secuenciación del ADN se limita a un estudio piloto, así como para 10% de la población para volver a comprobar. Todos los genotipos se realizó entre 145 pacientes y 145 controles.

Asociación entre los SNPs de MMP-1 Promotor y el cáncer gástrico Riesgo

Las distribuciones de genotipo de MMP-1 polimorfismos fueron consistentes con el equilibrio de Hardy- Weinberg (HWE). El estudio habría llegado a una potencia del 80% (Z-alfa = 1,645, para alfa = 0,05) con 145 casos, la proporción de casos y controles de 1,0 y control expuesta 10% de los alelos de riesgo que tiene OR de 2,31.

MMP-1.1 polimorfismo no mostró diferencias significativas en la distribución de los genotipos (1G1G vs. 1G2G, 2G2G y 1G2G + 2G2G) entre los pacientes y los controles ( p = 0,430
, p = 0,465 y
p = 0,411
respectivamente). Además, la distribución de frecuencias de alelos (1G 2G vs) no fue significativa entre los pacientes y los controles ( p = 1,000
), y por lo tanto no otorgaban ningún riesgo para el desarrollo de cáncer gástrico (Tabla 2). También es de destacar que el alelo 2G fue el alelo mayor en esta población y que tomó como un alelo de riesgo como muchos otros estudios han considerado con anterioridad que un alelo de riesgo [14], [30], [31].

En los pacientes con cáncer gástrico, la frecuencia de las MMP-1.2 AG, GG y AG + GG genotipos no fueron significativamente diferentes de los controles sanos ( p = 0,603
, p = 0,506 y
p = 0,510, respectivamente
) y por lo tanto no confería ningún riesgo significativo para el cáncer gástrico. Además, la frecuencia de los alelos (A vs. G) en pacientes con cáncer no se diferenció significativamente de los controles sanos ( p = 0,337
) y no conferir riesgo de desarrollar cáncer gástrico (Tabla 2).

la distribución de frecuencias de genotipo, (AA vs TT, TA y TA + TT) del polimorfismo MMP-1,3 en la población de pacientes no fue significativamente diferente de los controles sanos ( p = 0,626
, p = 0,999
y p = 0,806, respectivamente
) y por lo tanto no confiere ningún riesgo significativo para el cáncer gástrico. Además, la frecuencia del alelo (T vs. A) en pacientes con cáncer de distribución y los controles no fueron significativas (p
= 0,927) (Tabla 2).

Para los pacientes MMP-1.4, el polimorfismo genotipos (TT vs. TC, CC y TC CC +) mostró una distribución similar a la observada en los controles ( p
= 0,474, p
= 0,424 y p =
0,388, respectivamente) que muestra ninguna asociación para el riesgo de cáncer gástrico. Además, la distribución de frecuencia de los alelos (T vs. C) en pacientes y controles no fue estadísticamente diferente ( p
= 0,357), que muestra además la ausencia de cualquier forma de asociación con el riesgo de cáncer gástrico (Tabla 2).

MMP-1,5 frecuencias genotípicas del polimorfismo (TT vs TC, CC y TC + CC) en los pacientes se distribuyeron de manera similar a la de los controles ( p = 0,329
, p
= 0,358 y p = 0,228, respectivamente
) mostrando ningún riesgo significativo para el cáncer gástrico. Además, la distribución de frecuencia de los alelos (T vs. C) en los pacientes y controles no fue significativamente diferente ( p = 0,469
) (Tabla 2).

Asociación entre los SNPs de MMP -1, así como de Demografía y características clínico en el momento del diagnóstico del cáncer gástrico

las asociaciones fueron examinados entre cada polimorfismo y las características demográficas y clínico-patológicas de los pacientes con cáncer gástrico y controles (Tabla 3). MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 y MMP-1,5 polimorfismos no juegan ningún papel en la determinación del riesgo de cáncer gástrico para cualquier estado del grupo de edad, sexo o el tabaco adicción.

MMP 1.1 y MMP-1,2 polimorfismos no confieren ningún riesgo significativo para la localización del tumor o el grado de progresión del tumor en el cáncer gástrico (Tabla 3). Sin embargo los pacientes que llevan combinación de AG y el genotipo GG de MMP-1.2 polimorfismo se distribuyeron de manera significativa entre los subtipos histológicos de cáncer y mostraron significativamente mayor riesgo de carcinomas (PD) pobremente diferenciados ( p = 0,001
, OR = 3,803; IC = 1,69 a 8,56) (Tabla 3)

en la MMP-1.3 polimorfismo, los pacientes portadores de combinación de TA y TT genotipos estaban en mayor riesgo de cáncer de estómago inferior (amplificador y menor;. media del cuerpo, antro y el píloro del estómago ) ( p = 0,043
, OR = 2,18, IC = 1,03-4,64). Además, la combinación de TA y TT genotipos se encuentra con mayor frecuencia en pacientes con cáncer gástrico con 10 o más ganglios linfáticos metastásicos ( p = 0,021
, OR = 3,044; IC = 1,187 a 7,807), lo que sugiere que el T alelo tenía efectos perjudiciales sobre la progresión del cáncer gástrico y metástasis temprana (Tabla 3).

para MMP-1,4 polimorfismo, la distribución de TC y CC genotipos entre los pacientes con diferentes localizaciones tumorales en el estómago estaba a punto de alcanzar una asociación estadísticamente significativa con el riesgo de cáncer de estómago inferior ( p = 0,075
, OR = 1,969; IC = 0,94 a 4,15) (Tabla 3). En contradicción con la MMP-1.3 polimorfismo, los pacientes que llevan una combinación de TC y CC genotipos dieron protección contra la metástasis en los ganglios linfáticos regionales ( p = 0,026
, OR = 0,34, IC = 0,13-0,88), además de metástasis a distancia ( p = 0,061
, OR = 0,49, IC = 0,24-1,03) de cáncer gástrico (Tabla 3).

en la MMP-1,5 polimorfismo, una combinación de TC y CC genotipos mostraron una significativa asociación con localización de tumor de estómago. Los pacientes portadores de una combinación de TC y CC genotipos estaban en mayor riesgo de cáncer de estómago inferior ( p = 0,034
, OR = 2,22, IC = 1/6 a 4/7) (Tabla 3)
.

el análisis de la estratificación de SNPs y la formación de tumores de estómago inferior, el estudio habría llegado a una potencia del 80% (Z-alfa = 1,645, para alfa = 0,05) con 89 casos más bajos del estómago, parte baja del estómago y de la muestra superior del estómago proporción de 0,505 y el 35% expuestos los pacientes parte superior del estómago para el alelo de riesgo que tiene OR de 2,5.

frecuencia del genotipo en dos vinculado loci de MMP-1 SNPs y de riesgo para el cáncer gástrico

para evaluar los efectos combinados de dos loci ligados en el riesgo de cáncer, como individuo SNPs no confería riesgo de desarrollo de cáncer gástrico, las frecuencias de genotipo combinadas se comparan en pacientes y controles. Se observaron las distribuciones de frecuencias de loci pares adyacentes de polimorfismos con orden creciente de alelo variante y asociaciones fueron examinados. No hubo asociación dependiente de la dosis observado, se incrementó el número de alelo variante para cualquier combinación de loci emparejado adyacente (Tabla 4).

desequilibrio de unión entre los SNPs de MMP-1 promotor y frecuencias de haplotipos con la susceptibilidad a la cáncer gástrico

Todos los polimorfismos en el promotor del gen MMP-1 se evaluaron para el desequilibrio de ligamiento (LD) entre los polimorfismos y la identificación de haplotipos comunes presentes en los pacientes y de control cohortes. La región presenta una baja de LD sustancial entre los polimorfismos, excepto MMP-1.4 y MMP-1.5 que estaban en LD completo en la cohorte del estudio de casos y controles (Figura 1) (Las definiciones de bloque desequilibrio de ligamiento se basaron en el método de Gabriel et al.
) [32]. Dieciséis haplotipos se identificaron con una frecuencia superior a 1% tanto en el control y la población de pacientes, incluyendo todos los cinco marcadores que cubren el promotor del gen de la MMP-1. Las distribuciones de las frecuencias de haplotipos extendidos de MMP-1 polimorfismos no fueron significativas entre los pacientes con cáncer gástrico y controles y ninguno de estos haplotipos de riesgo de aparición de cáncer gástrico conferidos (datos no mostrados).

haplotipo efectos funcionales de MMP-1 Los polimorfismos 'en la parte inferior del estómago tumor Formación

Dieciséis haplotipos fueron identificados con una frecuencia superior a 1% y clasificados por orden de alelos variante polimórfica aumentando y se analizó el efecto de dosis génica (Tabla S1 S1 en el archivo). La diferencia en la frecuencia de haplotipos fue significativa entre los pacientes con cáncer gástrico inferior del estómago y los pacientes con cáncer gástrico del estómago superior, como se aumentara el número de alelos variantes polimórficas que resulta en el aumento del riesgo de desarrollar cáncer gástrico parte baja del estómago con mayor OR de 2,155; IC del 95% = 1,317 a 3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 para los haplotipos combinados que contienen 4 alelos de riesgo (Tabla 5).}

con el fin de investigar el impacto de la MMP-1 promotor polimorfismos en el gen de la función , se comparó el suero MMP-1 nivel en suero por ELISA en pacientes que tienen cáncer de estómago inferior con los haplotipos de riesgo combinados (que tienen al menos un alelo cualquier riesgo) frente a cáncer de estómago superior con el haplotipo de referencia (1G-AATT). El suero de MMP-1 concentración de proteínas fue casi 1,5 veces mayor en los pacientes con cáncer de estómago inferior (n = 54) (con los haplotipos de riesgo combinados) que los pacientes con cáncer de estómago superior (n = 15) (con el haplotipo de referencia; p = 0,024), lo que sugiere la importancia funcional de estos SNPs en la regulación de MMP-1 y la expresión de genes y no influyendo en el proceso de carcinogénesis parte inferior del estómago (Figura 2). El análisis se ha repetido y confirmado luego de la conexión transformación de los datos (figura S2 S1 en archivos).

Discusión

A pesar de las MMP no son oncogénico o mutagénico, que altera el microambiente y puede afectar el proceso de de la carcinogénesis y su histología, y parecen estar inducida a nivel de la activación transcripcional [33]. Al ser un miembro de la familia de MMP, MMP-1 se ha informado a desempeñar un papel importante en la invasión del cáncer a través de la sobreexpresión, que se asocia con metástasis y mal pronóstico en cáncer de esófago, cáncer de ovario, melanoma maligno cutáneo, cáncer colorrectal y cáncer gástrico [11 ], [15], [16], [25], [34]. tipos difusas de cáncer gástrico se caracterizan por un depósito abundante de fibras de colágeno, posiblemente requiriendo mayores niveles de MMP-1 de expresión para la remodelación de tejidos adecuado del microambiente [30]. El fondo genético se ha sugerido que desempeñar un papel importante en la incidencia y progresión del cáncer gástrico [30]. Además, algunos genes polimórficos que codifican enzimas metabólicos y reguladores del ciclo celular, tales como metileno tetrahidrofolato reductasa, NADPH: quinona oxidorreductasa y ciclina D1 se han documentado para conferir una susceptibilidad a cáncer gástrico [35] - [37]. Por lo tanto, los genes polimórficos, solos, en combinación con otros o mediante la interacción con factores de riesgo exógenos, pueden ser utilizados como parámetros que predicen una inspección de personas con un alto riesgo de cáncer gástrico.

A lo mejor de nuestro conocimiento, este estudio de la asociación de variantes de MMP-1 y el riesgo de desarrollo de cáncer gástrico y la progresión en una población india del este es el primero de este tipo con un enfoque en un polimorfismo -1607 1G /2G (MMP-1.1), y otros cuatro polimorfismos entre este SNP y el sitio de inicio de transcripción. polimorfismos funcionales MMP-1 región promotora responsable de sus alteraciones expressional se han correlacionado con varios procesos de enfermedad. A pesar de esto, en nuestro estudio MMP-1,1 polimorfismo y, además, otras cuatro SNPs (MMP-1.1, MMP-1,2, MMP-1.3 y MMP-1.4) en la región promotora no se correlacionan con la ocurrencia de cáncer gástrico, lo que sugiere estas variantes promotoras para ser factores de bajo riesgo penetrancia en el cáncer gástrico. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

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