PLOS ONE: Matrix métalloprotéinase-1 (MMP-1) Promoteur polymorphismes sont bien reliées à la Basse Stomach Tumor Formation dans la population indienne de l'Est

Résumé

Expression de la matrice métalloprotéinase-1 (MMP-1), une collagénase interstitielle, joue un rôle majeur dans l'invasion cellulaire au cours du développement du cancer gastrique, une cause majeure de décès dans le monde. Un polymorphisme de nucléotide unique (SNP) -1607 1G /2G site du promoteur du gène de MMP-1 a été rapporté pour modifier le niveau de transcription. Alors que d'autres SNP de l'importance dans le promoteur de MMP-1 n'a pas encore été étudié dans le cancer gastrique, notre objectif était d'étudier la MMP-1 polymorphismes du promoteur du gène et la prédisposition au cancer gastrique dans la population indienne est. Un total de 145 patients atteints de cancer gastrique et 145 témoins sains ont été génotypés pour MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) par PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP), tandis que la MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), la MMP-1 -340 T /C (rs514921) et MMP-1 -320 T /C (rs494379) ont été génotypées par séquençage d'ADN. Une association positive a été trouvée avec MMP-1 -422 T /A SNP qui a montré un risque significatif pour la métastase régionale des ganglions lymphatiques ( P
= 0,021, le ratio de Odd (OR) = 3,044, les intervalles de confiance (CI) = 1.187 -7,807). En outre, nous avons trouvé une association significative avec la formation de tumeurs de l'estomac plus faible chez les patients atteints de cancer gastrique pour trois polymorphismes adjacentes près des sites d'initiation de la transcription de [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2.182 , CI = 1,03 à 4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, IC = 0,94 à 4,158) et MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, IC = 1,064 à 40731)]. MMP-1 niveaux dans le sérum de patients a été corrélée avec les haplotypes de la MMP-1 promoteur conférant ces trois SNP afin d'évaluer l'importance fonctionnelle de ces polymorphismes dans la formation de tumeurs de l'estomac inférieur et une corrélation significative a été observée. En outre, la MMP-1 -519 A /G polymorphisme affiche la différenciation cellulaire faible ( P
= 0,024, OR = 3,8, IC = 1,69 à 8,56) attribuant un risque plus élevé de la progression du cancer. En conclusion, le promoteur de MMP-1 proximal SNP sont associés au risque de formation inférieure de la tumeur de l'estomac et métastases ganglionnaires de la population indienne orientale

Citation:. Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar S (2014) Matrix Metalloproteinase-1 (MMP-1) Promoteur polymorphismes sont bien reliées à la Basse Stomach Tumor Formation dans l'Est de la population indienne. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10.1371 /journal.pone.0088040

Editeur: Redhwan Ahmed Al Naggar, santé de la population et de la médecine préventive, la Malaisie

reçues: 2 Septembre, 2013; Accepté 3 Janvier 2014; Publié 5 Février, 2014

Droit d'auteur: © 2014 Dey et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, pourvu que l'auteur et la source originelle sont crédités

Financement:. Sanjib Dey était récipiendaire de senior Research Fellowship du Conseil indien de la recherche médicale (ICMR), en Inde. NG et KK sont destinataires de Senior Research Fellowship du Conseil de la recherche scientifique et industrielle (CSIR). Le travail a été soutenu par la subvention IAP001 du Conseil de la recherche scientifique et industrielle (CSIR), Inde, NBA07 du Département de Biotechnologie (DBT), en Inde. Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

le cancer gastrique est l'une des principales causes du cancer liées à la mort dans le monde [1]. À l'échelle mondiale, le cancer gastrique (GC) représente environ 800 000 décès par an. Plus de 70% des cas de GC surviennent dans les pays en développement et la moitié du total mondial se produit en Asie orientale [1]. Il est un problème majeur dans les Etats du nord-est et du sud du sous-continent indien [2]. L'incidence du cancer gastrique varie d'un pays à l'autre, probablement en raison de facteurs génétiques, épigénétiques et environnementaux. l'infection de Helicobacter pylori est considéré comme un facteur de risque majeur dans le développement du cancer gastrique en particulier du cancer dans la partie inférieure (noncardia) de l'estomac [3]. Une analyse combinée de 12 études de H. pylori
et le cancer gastrique ont estimé que le risque d'adénocarcinome dans les régions non-cardia de l'estomac était près de six fois plus élevé pour les H. les personnes infectées par des pylori que pour les personnes non infectées [3].

Des études récentes démontrent que, la cancérogenèse est un processus multi-cellulaire et multi-étape dans laquelle la destruction du microenvironnement des tissus est une condition nécessaire pour la conversion de le tissu normal de la tumeur [4]. Par conséquent, l'analyse moléculaire du microenvironnement tissulaire et sa dérégulation lors de la néoplasie est une étape clé pour connaître les mécanismes de malignité. Les métalloprotéinases matricielles (MMP), produite à la fois par des cellules tumorales et normales, modifient le microenvironnement par dégradation de la matrice extracellulaire, et les signaux cellulaires ultérieures conduisent aux premiers stades de la formation de tumeurs [5]. Plusieurs des MMP ont la capacité unique de dégrader les collagènes interstitiels (par exemple I, II, et III), les protéines les plus abondantes de l'organisme. MMP-1 est la collagénase interstitielle plus ubiquitaire [6] et sa surexpression est associée à plusieurs états pathologiques, y compris l'invasion tumorale et les métastases [7]. La surexpression de l'ARNm de la MMP-1 a été démontrée dans une variété de cancers tels que le cancer gastrique, le cancer colorectal et le cancer de l'œsophage [8] - [12]. La surexpression de MMP-1 est une protéine associée à un mauvais pronostic du cancer de l'oesophage et le cancer colorectal [10], [11]. Cette MMP-1 surexpression peut être attribuée à la juxtaposition du facteur de transcription sites et coopérativité entre les facteurs qui se lient à ces sites à l'intérieur de la région promotrice du gène de MMP-1 [13] de liaison.

La région promotrice MMP-1 contient un polymorphisme d'insertion guanine /délétion (1G /2G polymorphisme) à la position -1607 qui génère la séquence 5'-GGA-3 'qui a un allèle 2G. La présence d'un polymorphisme 2G pourrait augmenter l'activité de transcription de MMP-1 endogène, car l'insertion de la guanine crée un site de liaison pour un membre de la famille du facteur de transcription Ets. L'allèle 2G peut contribuer à l'augmentation de l'invasivité des carcinomes de l'endomètre, au développement du cancer de l'ovaire, le cancer du poumon et le cancer colorectal [14] - [21].

Les études dans plusieurs autres gènes ont fourni un nouveau paradigme dans où la transcription d'un gène est plus susceptible d'être influencé par de multiples polymorphismes situés dans la région du promoteur qui agissent de concert pour exercer un effet d'haplotypes [22], [23]. Plusieurs autres polymorphismes d'un seul nucléotide (-519A /G, -422T /A, -340C /T, et -320C /T) dans le promoteur du gène de MMP-1 a été récemment identifié [24]. les effets fonctionnels de ces polymorphismes sur l'activité du promoteur de MMP-1 gène ont été évalués dans des lignées cellulaires de mélanome (A2058 et A375), le cancer du sein (MCF7 et MDA-MB-231), le cancer du poumon (A549 et H69), et le cancer colorectal ( HT-29, SW-620) en comparant les intensités de promoteur des 10 haplotypes les plus courants dérivés de ces polymorphismes [24]. Bien que l'expression accrue de MMP-1 a été associée à une invasion locale et un mauvais pronostic dans le cancer gastrique [25], le rôle des MMP-1 promoteur SNP et leurs haplotypes dans le développement du cancer gastrique est actuellement inconnue dans une population humaine.

Dans la présente étude, nous avons mené une étude cas-témoins en milieu hospitalier pour explorer l'association du promoteur de MMP-1 gène SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1.2), -422T /A (rs475007) (MMP-1.3), -340C /T (rs514921) (MMP-1.4), et -320C /T (rs494379) (MMP-1.5)] et leurs haplotypes avec le risque de développement de cancer gastrique dans une population indienne orientale. Nous avons également étudié la relation entre les polymorphismes et les facteurs clinico-pathologiques chez les patients atteints d'un cancer gastrique. L'étude a montré l'association présumée de MMP-1,3, la MMP-1,4, et MMP-1,5 polymorphismes avec le risque de formation d'une tumeur de l'estomac plus faible dans le cancer gastrique. L'importance fonctionnelle de la MMP-1 polymorphismes dans la formation de tumeurs de l'estomac plus faible a été confirmée par des effets haplotype de ces polymorphismes sur la MMP-1, les taux d'expression dans le sérum. Cependant, aucune association avec l'apparition d'un cancer gastrique a été trouvé pour l'une des cinq ci-dessus SNPs du promoteur de MMP-1 et leurs haplotypes résultants

Matériels et méthodes

Sujets:. Indien oriental Case-control cohorte

La orientale indienne cohorte cas-témoin se composait de 145 cas de cancer gastrique et 145 individus témoins. Les protocoles d'étude (2008-2014) ont été approuvés par les éthiques commissions d'examen du Centre Saroj Gupta Cancer Research Institute, Kolkata, Département de chirurgie gastrique, Medical College et l'hôpital, Kolkata, IPGMER, hôpitaux Kolkata et le Comité d'éthique humaine de la Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, en Inde. Tous les patients avec un diagnostic clinique de cancer gastrique fréquentant les départements de Gastro-oncologie de l'Saroj Gupta Cancer Center and Research Institute, Kolkata, département de chirurgie gastrique, Medical College et l'hôpital, Kolkata et IPGMER, Kolkata au cours de Juin 2008 pour l'hôpital mai 2013 ont été identifiés à partir des registres hospitaliers et contacté pendant le suivi des enquêtes. Tous les participants ont donné leur consentement éclairé écrit pour la participation. la démographie, les symptômes et la tumeur de classement des patients ont été enregistrés et des échantillons de sang recueillis après avoir pris une histoire clinique et les examens cliniques et endoscopiques. typage de la tumeur histologique a été déterminée sur la base des biopsies ou des spécimens réséqués. Les critères d'exclusion comprenaient des antécédents de cancer métastasé autre, sauf le cancer gastrique. Possibilité d'ulcère gastro-duodénal sans avoir aucune lésion cancéreuse avait été exclu par histopathologie des lésions de l'estomac. Le diagnostic du cancer gastrique et la classification TNM est fondée sur généralement acceptée clinique, histologique, les résultats radiologiques et immunofluorescence et celle de l'American Joint Committee sur le cancer (AJCC) et le critère de l'Union Internationale Contre le Cancer (UICC) [25]. Les personnes qui étaient auparavant ou qui, actuellement, ont été accros au tabac pendant au moins 2 ans ont été définis comme le tabac accro. Les personnes qui visitent ces hôpitaux pour un examen de routine et qui étaient sans antécédents ou un diagnostic d'un cancer ou ont également été invités à participer les maladies génétiques et volontaires pour un don de sang pour l'étude. Ces sujets ont été considérés comme des témoins sains. Tous les patients atteints de cancer et les sujets témoins étaient sans rapport et de nationalité indienne du Bengale occidental ou les États de l'Inde orientale environnantes. Cette population a été considérée comme représentative d'une population indienne est.

Extraction ADN et Sérum Collection

De chaque sujet, 5 ml de sang veineux ont été établis de manière aseptique dans des tubes Vacutainer (Qiagen, USA) contenant de l'EDTA et conservé à 4 ° C avant l'extraction de l'ADN génomique. L'ADN génomique a été extrait à partir de 3,5 ml de sang total dans les deux semaines qui suivent l'échantillonnage à l'aide d'un kit QIAamp DNA Blood Midi (Qiagen, USA) selon le protocole du fabricant. Immédiatement après le prélèvement de sang, additional1.5 ml de sang total a été centrifugé à 1800 g pendant 5 min pour obtenir la fraction de sérum. Des échantillons de sérum ont été conservés à -80 ° C jusqu'à l'analyse

Amorces et Amplification PCR de la région promoteur de MMP-1 Genes

Les amorces ont été conçues avec le logiciel FastPCR (http: //www.. biocenter.helsinki.fi) de manière à amplifier les régions du promoteur du gène de MMP-1 dans le but d'analyser des polymorphismes par séquençage (voir le tableau 1). PCR a été réalisée dans un SPRINT PCR cycleur thermique (Thermo Electron Corporation, Japon). La séquence cible a été amplifié dans un volume réactionnel de 25 ul contenant 10 à 20 ng d'ADN génomique, 0,2 mM de dNTP, 10 mM de Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM de KCl, 2 mM de MgCl2, 0,3 uM de chaque amorce, et 1,0 unités d'ADN polymerase Taq (Fermentas ADN Taq polymérase, Fermentas, USA). L'amplification par PCR a été réalisée avec 35 cycles de dénaturation à 94 ° C pendant 30 s, annelage à 58 ° C-59 ° C pendant 1 min (tableau 1) et suivie d'une extension à 72 ° C pendant 30 s après l'activation initiale l'étape de 94 ° C pendant 5 min. Les fragments de PCR ont été analysés en comparant avec 100 pb échelle d'ADN (Fermentas, États-Unis) sur un bromure d'éthidium 1,5% de gel d'agarose (Cat n ​​° 014011, Sisco Research Laboratories, Inde) dirigé pendant 60 min à 100 V.

génotypage

Pour le génotypage par séquençage, des dNTP non incorporés ont été déphosphorylés et des amorces non constituées en société ont été retirés du produit de PCR par phosphatase alcaline de crevette (Fermentas, USA) et exonucléase I enzyme (Fermentas, USA). Les produits de PCR ont été utilisés pour le séquençage avec BigDye® Terminator Kit Cycle Sequencing v3.1 (Applied Biosystems, USA) et séquences en utilisant un ABI PRISM 3100 analyseur génétique (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.) selon le protocole du fabricant. L'amplicon PCR a été séquence dans les deux directions avec amorces directes et inverses de PCR en éliminant la possibilité d'artefacts de compression. chromatogrammes de séquençage ont été analysées à l'aide du logiciel du scanner de séquence v1.0 (Applied Biosystems, USA) pour analyser les modifications des nucléotides et donc génotypes

Le polymorphisme MMP-1.1 1G /2G a été génotypés par PCR -.
longueur des fragments de restriction polymorphisme méthode (RFLP) en utilisant AluI de l'enzyme (New England BioLabs, Inc. (NEB), Ipswich, MA)., comme décrit précédemment [26]

enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA)

Sérum MMP-1 niveau protéique (pro et active) chez les patients atteints d'un cancer de l'estomac supérieur avec haplotypes non à risque, et dans le cancer de l'estomac inférieur avec haplotypes de risque (contient un ou plusieurs allèles à risque) ont été comparées en utilisant une MMP-1 kit ELISA disponible dans le commerce (ab10063, Abcam, États-Unis), selon les instructions du fabricant. Des échantillons de sérum ont été dilués (1:05 ​​v /v) dans un diluant d'essai fournies dans le kit. En bref, 100 pi des normes, des flans et échantillon de sérum dilué ont été pipetés dans la MMP-1 prérevêtue plaque de 96 puits anti-humain fourni dans le kit et incubées pendant 2,5 heures à 37 ° C. Après plusieurs lavages, anti-humaine de MMP-1 anticorps biotinylé (dilué 1:1000) a été ajouté aux puits et la plaque a été incubée pendant 1 heure à température ambiante. Après élimination par lavage de l'anticorps non lié biotinylé, de la streptavidine conjuguée à HRP est une pipette dans les puits. La plaque a été incubée à nouveau pendant 45 minutes. Après lavage intensif, 100 ul de la tetramethylbenizidine du substrat a été pipette dans chaque puits et la plaque a été incubée pendant 30 minutes dans l'obscurité à température ambiante (25 ° C). Une solution d'arrêt a été ajouté à la fin. Chaque échantillon a été testé en double. Les valeurs d'absorbance des flans, des échantillons et des normes ont été lues sur un lecteur de microplaques à une longueur d'onde de 450 nm. Le niveau de la protéine MMP-1 dans les échantillons a été obtenue par comparaison avec la courbe standard générée à partir standard fourni par le fabricant. Le niveau minimum détectable de MMP 1 était de 8 pg /ml.

Analyse statistique

L'analyse statistique a été effectuée à l'aide du logiciel SPSS (version 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, USA ). Des différences significatives entre l'âge à interview pour les contrôles et l'âge au moment du diagnostic pour les cas de cancer ont été évalués à l'aide du test t de Student pour la comparaison des moyens utilisant le logiciel GraphPad InStat3 (GraphPad Software, Inc., San Diego Californie). Hardy-Weinberg (HWE) a réalisé des analyses pour comparer observés et attendus fréquences des allèles en utilisant un test de chi carré pour des contrôles pour veiller à ce que chaque marqueur était en équilibre ( p
> 0,05). La fréquence de l'allèle mineur (MAF) ( -modèle
en option) et HWE ( -hardy
en option) pour chaque SNP a été estimée à partir de la population témoin en utilisant v0.99 Plink [27]. données cas-témoins ont été analysées à l'aide de deux faces 2-en-2 ou 2-en-3 tableaux de contingence en fonction du génotype par le test du chi-carré de Pearson. Le rapport de cotes (OR) et l'intervalle de confiance de 95% (IC) des génotypes ont été calculés à partir d'un modèle de régression logistique multivariée ajustée pour l'âge (variable continue), le sexe et la dépendance au tabac. Dans cette étude, nous avons défini que l'allèle 1G de la 1G-1607 2G SNP, l'allèle A de l'A-519G SNP, l'allèle A du T-422A SNP, l'allèle du SNP T-340C T et T allele du SNP T-320C ont des alleles de référence. Les résultats ont été évalués avec des allèles ci-dessus comme une référence en utilisant le modèle de régression logistique multinomiale. En analysant le rapport entre le SNP génotypes et la maladie statut de GC, le stade du cancer, la classification et la profondeur de l'invasion tumorale histologique ont été transformées en données binaires (étape I + II vs stade III + IV, bien différencié + modérément différencié vs. mal différenciés, et T1 + T2 vs T3 + T4). La relation entre les distributions des génotypes et la profondeur de la tumeur ou le stade a également été examinée en utilisant un modèle de régression logistique multinomial ajusté pour l'âge (variable continue), le sexe et le tabagisme comme un facteur de confusion potentiel. La fréquence des haplotypes ont été analysées en utilisant le Haploview du programme (v. 4.1, Broad Institute, Chembridge, USA) [28]. Tous les résultats ont été considérées comme statistiquement significatives si le p
valeur était < 0,05. Un calcul de puissance post hoc a été effectué pour tester la puissance statistique de l'étude selon la méthode de Schlesselman, JJ [29].
de

Résultats Description de la population, pour l'étude

La population étudiée était composée de 145 patients atteints de cancer gastrique ayant 112 (77,2%) des hommes et 33 (22,8%) des femmes avec une tranche d'âge de 42.6-65.8 ans, ainsi que 145 sujets témoins ayant 81 (55,9%) des hommes et 64 (44,1%) des femmes avec une tranche d'âge de 34.5-62.5 ans. Les patients et les sujets témoins ont été obtenues à partir du même emplacement géographique et sont représentatives d'une population indienne est. Il y avait des différences statistiquement significatives dans la répartition des sexes ( p
< 0,001) et l'âge ( p
< 0,0001) entre les patients et les contrôles. En outre, beaucoup plus de personnes de tabac-dépendants (p < 0,0001) étaient présents chez les patients (68,3%) par rapport aux témoins (28,3%). Ainsi, dans le cadre de l'estimation du risque, un ratio âge, le sexe et les chances de toxicomanie ajustés ont été calculés.

Détection des polymorphismes nucléotidiques dans

d'origine naturelle, la séquence commune de la MMP-1 Promoteur des variants du promoteur du gène de MMP-1 dans les cas et les témoins ont été recherchés par séquençage direct de l'ADN. Alignement de chromatogramme de séquence avec le gène séquence MMP-1 promoteur contig (Genebank adhésion no- AF023338) a confirmé les positions SNP à -1607 (1G /2G, à savoir G insertion /délétion), -519 (A /G), -422 (T /A), -340 (T /C) et -320 (T /C) (Figure S1 dans S1 fichier). MMP-1.1 génotypage par PCR-RFLP a ensuite été réalisée parmi les patients et les contrôles de cancer gastrique. Figure S1A (S1 File) montre un schéma typique PCR-RFLP. La région cible 269 pb du promoteur du gène de MMP-1 a été amplifié par PCR et digéré avec AluI
, qui clive l'allèle 1G pour générer deux fragments de 241 pb et 28 pb. L'allèle 2G n'a pas digéré avec AluI
. génotype hétérozygote a montré trois bandes de 269 pb, 241 pb et 28 pb (Figure S1A en S1 Fichier). MMP-1,2, 1,3-MMP, la MMP-1,4) et MMP-1,5 ont été génotypés par séquençage d'ADN (figure S1B dans le fichier S1). La MMP-1.1 Analyse du génotype par séquençage de l'ADN a été limité à une étude pilote, ainsi que pour 10% de la population pour une nouvelle vérification. Tout génotypage a été réalisée chez 145 patients et 145 contrôles.

Association entre l'individu SNPs de MMP-1 promoteur et cancer gastrique risque

Les distributions génotypiques de MMP-1 polymorphismes étaient compatibles avec le Hardy Weinberg (HWE). L'étude aurait atteint une puissance de 80% (Z-alpha = 1,645, pour alpha = 0,05) avec 145 cas, le rapport de contrôle de cas de 1,0 et 10% de contrôle exposés à l'allèle de risque ayant OR de 2,31.

MMP-1.1 polymorphisme n'a montré aucune différence significative dans la distribution des génotypes (1G1G vs 1G2G, 2G2G et 1G2G + 2G2G) entre les patients et les témoins ( p = 0,430
, p = 0,465 et
p = 0,411
respectivement). En outre, la distribution de fréquence de l'allèle (1G vs. 2G) n'a pas été significative entre les patients et les témoins ( p
= 1.000), et donc ne conférait aucun risque pour le développement du cancer gastrique (tableau 2). Il est également intéressant de noter que l'allèle 2G a été le principal allèle dans cette population et nous avons pris comme un allèle à risque que de nombreuses autres études ont déjà examiné un allèle à risque [14], [30], [31].

Chez les patients atteints de cancer gastrique, la fréquence des MMP-1.2 AG, GG et AG + GG génotypes ne sont pas significativement différents des témoins en bonne santé ( p = 0,603
, p = 0,506 et
p = 0,510
respectivement) et donc ne conférait aucun risque important pour le cancer gastrique. En outre, la fréquence de l'allèle (A vs. G) chez les patients atteints de cancer n'a pas été significativement différent de témoins sains ( p = 0,337
) et ne confère pas un risque pour le développement du cancer gastrique (tableau 2).

la distribution des fréquences de génotype (AA par rapport à TT, TA et TA + TT) du polymorphisme MMP-1,3 dans la population de patients n'a pas été significativement différente de celle des témoins sains ( p
= 0,626, p = 0,999
et p
respectivement = 0,806) et n'a donc pas conférer un risque important pour le cancer gastrique. En outre, la fréquence de l'allèle (T vs. A) la distribution chez les patients cancéreux et les contrôles ne sont pas significatives (p
= 0,927) (tableau 2).

Pour les patients MMP-1.4 polymorphisme, les génotypes (TT vs. TC, CC et TC CC +) a montré une distribution similaire à celle observée chez les témoins ( p = 0,474
, p
= 0,424 et p =
0,388 respectivement) montrant aucune association pour le risque de cancer de l'estomac. En outre, la distribution de fréquence allélique (T vs C) chez les patients et les témoins n'a pas été statistiquement différent ( p
= 0,357), montrant en outre l'absence de toute association avec le risque de cancer gastrique (voir le tableau 2).

MMP-1,5 fréquences polymorphisme de génotype (TT vs TC, CC et TC + CC) chez des patients a été distribué de façon similaire à celle des témoins ( p = 0,329
, p
= 0,358 et p = 0,228
respectivement) montrant aucun risque significatif pour le cancer gastrique. En outre, la distribution de la fréquence des allèles (T vs C) dans les deux patients et des contrôles n'a pas été significativement différent ( p = 0,469
) (tableau 2).

Association entre l'individu SNPs de MMP -1 ainsi que démographiques et caractéristiques clinicopathologiques au moment de cancer gastrique Diagnostic

les associations ont été examinées entre chaque polymorphisme et les caractéristiques démographiques et clinicopathologiques des patients et des contrôles (tableau 3) cancer de l'estomac. MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 et MMP-1,5 polymorphismes ne jouent aucun rôle dans la détermination du risque de cancer de l'estomac pour un statut groupe d'âge, le sexe ou le tabac-addiction.

MMP 1.1 et MMP-1.2 polymorphismes ne confèrent pas de risque significatif pour la localisation ou le degré de progression de la tumeur dans le cancer gastrique (tableau 3) tumeur. Toutefois, les patients porteurs de combinaison de AG et GG génotype de MMP-1.2 polymorphisme ont été significativement répartis entre les sous-types histologiques de cancer et ont montré beaucoup plus grand risque de mal différenciées (PD) carcinomes ( p = 0,001
, OR = 3,803, CI = 1,69 à 8,56) (tableau 3)

Pour MMP-1.3 polymorphisme, les patients porteurs de combinaison de TA et TT génotypes étaient plus à risque de cancer de l'estomac inférieur (ampli basse et;. corps intermédiaire, antre et pylore de l'estomac ) ( p = 0,043
, OR = 2,18, IC = 1,03 à 4,64). En outre, la combinaison de TA et TT génotypes ont été trouvés plus fréquemment chez les patients atteints de cancer gastrique avec 10 ou plusieurs ganglions métastatiques ( p
= 0,021, OR = 3,044, IC = 1,187 à 7,807), ce qui suggère que le T allèle avait un des effets néfastes sur la progression du cancer gastrique et métastases précoces (tableau 3).

pour MMP-1.4 polymorphisme, la distribution du TC et CC génotypes chez les patients ayant des endroits différents de la tumeur dans l'estomac était proche de parvenir à un association statistique significative avec le risque de cancer de l'estomac plus faible ( p = 0,075
, OR = 1,969, IC = 0,94 à 4,15) (tableau 3). Contradictoire à MMP-1.3 polymorphisme, les patients porteurs d'une combinaison de TC et CC génotypes ont donné une protection contre la métastase régionale des ganglions lymphatiques ( p = 0,026
, OR = 0,34, IC = 0,13-0,88) en plus de métastases à distance ( p = 0,061
, OR = 0,49, IC = 0,24 à 1,03) de cancer gastrique (tableau 3).

Pour MMP-1,5 polymorphisme, une combinaison de TC et CC génotypes ont montré une importante association avec localisation de la tumeur de l'estomac. Les patients porteurs d'une combinaison de TC et CC génotypes étaient plus à risque de cancer de l'estomac plus faible ( p = 0,034
, OR = 2,22, IC = 1,06 à 4,07) (tableau 3).

analyse de stratification pour les SNP et la formation de tumeurs de l'estomac inférieur, l'étude aurait atteint une puissance de 80% (Z-alpha = 1,645, pour alpha = 0,05) avec 89 cas d'estomac plus bas, le bas du ventre et de l'échantillon de l'estomac supérieure rapport de 0,505 et 35% exposés les patients de l'estomac supérieur à l'allèle de risque ayant OR de 2,5.

génotype Fréquence à deux Linked loci de MMP-1 SNP et risque de cancer gastrique

pour évaluer les effets combinés de deux loci liés sur le risque de cancer, en tant qu'individu SNP ne confère pas un risque pour le développement du cancer de l'estomac, les fréquences combinées de génotype ont été comparés chez les patients et les contrôles. Les distributions de fréquences loci appariées pour les polymorphismes adjacents ont été observés avec l'ordre croissant des allèle variant et les associations ont été examinées. Il n'y avait pas d'association dépendante de la dose observée, le nombre de allèle variant a été augmentée pour toute combinaison de loci paires adjacentes (tableau 4).

déséquilibre de liaison entre le SNP de MMP-1 Promoteur et haplotype Fréquences avec le Susceptibilité à Gastric Cancer

Tous les polymorphismes dans le promoteur du gène de la MMP-1 ont été évalués pour le déséquilibre de liaison (LD) entre les polymorphismes et d'identifier les haplotypes communs présents dans les cohortes de patients et de contrôle. La région a montré faible à LD substantielle entre les polymorphismes, sauf MMP-1.4 et MMP-1,5 qui étaient en LD complète dans la cohorte de l'étude cas-témoins (Figure 1) (Les définitions de blocs de déséquilibre de liaison étaient basées sur la méthode de Gabriel et al.
) [32]. Seize haplotypes ont été identifiés avec une fréquence supérieure à 1% à la fois dans le contrôle et la population de patients, y compris tous les cinq marqueurs couvrant le promoteur du gène de MMP-1. Les longues distributions de fréquences des haplotypes de MMP-1 polymorphismes ne sont pas significatives entre les patients atteints de cancer gastrique et des contrôles et aucun de ces haplotypes risque de survenue de cancer de l'estomac sont conférés (données non présentées).

fonctionnels Effets haplotypes de MMP-1 polymorphismes 'Lower Formation estomac tumorale

Seize haplotypes ont été identifiés avec une fréquence supérieure à 1% et classés par ordre de variants allèles polymorphes croissante et analysés pour effet de gène-dosage (Tableau S1 dans S1 fichier). La différence dans la fréquence des haplotypes était significative entre l'estomac inférieur patients atteints de cancer gastrique et l'estomac supérieure patients atteints de cancer gastrique comme le nombre de variants allèles polymorphes ont augmenté résultant de l'augmentation du risque pour l'estomac plus faible développement du cancer gastrique avec le plus élevé OU de 2.155, 95% CI = 1,317 à 3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 pour les haplotypes combinés contenant 4 allèles à risque (tableau 5).}

afin d'étudier l'impact de la MMP-1 promoteur polymorphismes sur la fonction du gène nous avons comparé le sérum de MMP-1 level par ELISA dans le sérum des patients atteints d'un cancer de l'estomac inférieur avec les haplotypes de risque combinés (ayant au moins l'un quelconque allèle à risque) par rapport au cancer de l'estomac supérieur avec l'haplotype de référence (1G-AATT). La MMP-1 concentration en protéine sérique était près de 1,5 fois plus élevée chez les patients atteints d'un cancer de l'estomac inférieur (n = 54) (avec haplotypes combinés de risque) que les patients atteints d'un cancer de l'estomac supérieur (n = 15) (avec haplotype de référence; p = 0,024), ce qui suggère l'importance fonctionnelle de ces SNP dans la régulation de la MMP-1 expression des gènes et il en influençant le processus de cancérogenèse inférieure de l'estomac (Figure 2). L'analyse a été répétée et confirmée lors de log transformation des données (Figure S2 en S1 Fichier).

Discussion

Bien que les MMP ne sont pas oncogène ou mutagène, ils modifient le microenvironnement et peut affecter le processus de la carcinogenèse et son histologie, et semblent être induite au niveau de l'activation de la transcription [33]. Étant un membre de la famille des MMP, la MMP-1 a été rapporté pour jouer un rôle important dans l'invasion du cancer par surexpression, qui est associée à des métastases et de mauvais pronostic dans le cancer de l'œsophage, cancer de l'ovaire, le mélanome cutané malin, le cancer colorectal et le cancer gastrique [11 ], [15], [16], [25], [34]. les types de cancer de l'estomac diffus sont généralement caractérisées par un dépôt abondant de fibres de collagène, pouvant nécessiter des niveaux élevés de MMP-1 expression pour le remodelage tissulaire appropriée du microenvironnement [30]. L'arrière-plan génétique a été proposé de jouer un rôle important dans l'incidence et la progression du cancer gastrique [30]. En outre, certains gènes polymorphes codant pour des enzymes métaboliques et des régulateurs du cycle cellulaire, tels que le méthylène-tétrahydrofolate reductase, NADPH: quinone oxydoréductase et la cycline D1 ont été documentées pour conférer une susceptibilité au cancer gastrique [35] - [37]. Par conséquent, les gènes polymorphes, seul, en combinaison avec d'autres ou par l'interaction avec des facteurs de risque exogènes, peuvent être utilisés en tant que paramètres prédicatives pour le dépistage des personnes à risque élevé de cancer de l'estomac.

Au meilleur de notre connaissance, ce étude de l'association de MMP-1 variantes et le risque de développement de cancer de l'estomac et de la progression dans une population indienne de l'est est le premier du genre avec un accent sur un polymorphisme -1607 1G /2G (MMP-1.1), et quatre autres polymorphismes entre ce SNP et le site de début de transcription. polymorphismes fonctionnels MMP-1 région promotrice responsable de ses modifications expressionnelles ont été corrélées avec les différents processus pathologiques. Malgré cela, dans notre étude MMP-1,1 polymorphisme et en outre quatre autres SNP (MMP-1,1, la MMP-1,2, la MMP-1,3 et MMP-1,4) dans la région du promoteur ne sont pas en corrélation avec la survenue du cancer de l'estomac, suggérant que ces variants de promoteur soit de faibles facteurs de risque de pénétrance dans le cancer gastrique. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLOS ONE: microscopie optique et électronique du Castor européen (Castor fiber) Estomac Reveal Unique Morphologique Caractéristiques avec Possible général Significance
• PLOS ONE: Estomac autodéclarée Upset chez les voyageurs sur Cruise-Based et Land-Based Package Holidays