PLoS ONE: Matrix Metalloproteinasi-1 (MMP-1) Promotore polimorfismi sono ben collegata con basso ventre formazione di tumori nella popolazione indiana orientale

Astratto

L'espressione di metalloproteinasi della matrice-1 (MMP-1), un collagenasi interstiziale, svolge un ruolo importante nella invasione cellulare durante lo sviluppo del cancro gastrico, una delle principali cause di morte nel mondo. Un polimorfismo a singolo nucleotide (SNP) sito -1607 1G /2G del promotore del gene MMP-1 è stato segnalato per alterare il livello di trascrizione. Mentre su altri SNPs della importanza nel MMP-1 promotore non sono ancora state studiate in cancro gastrico, il nostro obiettivo è stato quello di indagare MMP-1 polimorfismi del gene promotore e suscettibilità al cancro gastrico in popolazione indiana orientale. Un totale di 145 pazienti affetti da cancro gastrico e 145 controlli sani sono stati genotipizzati per MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) mediante PCR-rflp (RFLP), mentre MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) e MMP-1 -320 T /C (rs494379) sono stati genotipizzati per il sequenziamento del DNA. Una associazione positiva è stata trovata con MMP-1 -422 T /A SNP che ha mostrato un rischio significativo di metastasi nei linfonodi regionali ( P
= 0,021, il rapporto di Odd (OR) = 3.044, intervalli di confidenza (CI) = 1.187 -7,807). Inoltre, abbiamo trovato una significativa associazione con minore formazione del tumore dello stomaco tra i pazienti affetti da cancro gastrico per tre polimorfismi adiacenti in prossimità dei siti di inizio della trascrizione di [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2.182 , CI = 1,03-4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1.97, CI = ,94-4,158) e MMP-1 -320 T /C ( P = 0.034
, OR = 2.224, CI = 1,064-40.731)]. MMP-1 livelli nel siero dei pazienti è stata correlata con aplotipi MMP-1 promotore conferire questi tre SNP per valutare l'importanza funzionale di questi polimorfismi a bassa formazione del tumore allo stomaco ed è stata osservata una correlazione significativa. Inoltre, MMP-1 -519 A /G polimorfismo visualizzata scarsa differenziazione cellulare ( P
= 0,024, OR = 3.8, CI = 1,69-8,56) attribuire un più elevato rischio di progressione del cancro. In conclusione, MMP-1 prossimale promotore SNP sono associati con il rischio di minore formazione del tumore allo stomaco e metastasi linfonodali della popolazione indiana orientale

Visto:. Dey S, Ghosh N, Saha D, K Kesh, Gupta A, Swarnakar S (2014) Matrix Metalloproteinasi-1 (MMP-1) Promotore polimorfismi sono ben collegata con basso ventre formazione di tumori nella popolazione orientale indiano. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10.1371 /journal.pone.0088040

Editor: Redhwan Ahmed Al Naggar, salute della popolazione e la medicina preventiva, Malesia

Ricevuto: 2 settembre 2013; Accettato: 3 Gennaio 2014; Pubblicato: 5 Febbraio 2014

Copyright: © 2014 Dey et al. Questo è un articolo ad accesso libero distribuito sotto i termini della Creative Commons Attribution License, che permette l'uso senza restrizioni, la distribuzione e la riproduzione con qualsiasi mezzo, a condizione che l'autore originale e la fonte sono accreditati

Finanziamento:. Sanjib Dey era destinatario di senior Research Fellowship dal Consiglio indiano di ricerca medica (ICMR), India. NG e KK sono destinatari di Senior Research Fellowship dal Consiglio della ricerca scientifica e ricerca industriale (CSIR). Il lavoro è stato sostenuto dalla concessione IAP001 del Consiglio della ricerca scientifica e ricerca industriale (CSIR), India, NBA07 del Dipartimento di Biotecnologie (DBT), India. I finanziatori avevano alcun ruolo nel disegno dello studio, la raccolta e l'analisi dei dati, la decisione di pubblicare, o preparazione del manoscritto

Competere interessi:.. Gli autori hanno dichiarato che non esistono interessi in competizione

Introduzione

cancro gastrico è una delle principali cause di morte per cancro legati al mondo [1]. Su scala globale, cancro gastrico (GC) incide per circa 800.000 decessi all'anno. Più del 70% dei casi GC si verificano in paesi in via di sviluppo e la metà del totale mondiale si verifica in Asia orientale [1]. Si tratta di un problema importante negli stati nord-orientali e meridionali del subcontinente indiano [2]. L'incidenza di cancro gastrico varia da paese a paese, probabilmente come risultato di fattori genetici, epigenetici e ambientali. Helicobacter pylori
infezione è considerato come un fattore di rischio per lo sviluppo di cancro gastrico in particolare il cancro nella parte bassa (noncardia) dello stomaco [3]. Un'analisi combinata di 12 studi di H. pylori
e cancro gastrico hanno stimato che il rischio di adenocarcinoma in regioni non cardia dello stomaco era quasi sei volte superiore per H. pylori
persone -infected rispetto per le persone non infette [3].

Recenti studi dimostrano che, carcinogenesi è un processo multi-cellulare e multi-fase in cui la distruzione del microambiente del tessuto è un requisito per la conversione di tessuto normale a tumorale [4]. Quindi, l'analisi molecolare del microambiente del tessuto e la sua deregolamentazione durante neoplasia è un passo fondamentale per conoscere i meccanismi di malignità. metalloproteinasi di matrice (MMP), prodotto da entrambi tumore e cellule normali, alterano il microambiente degradando matrice extracellulare, e successive segnali cellulari portano alle prime fasi di formazione del tumore [5]. Molte delle MMP hanno la capacità unica di degradare il collagene interstiziali (ad esempio I, II, e III), più abbondanti proteine ​​del corpo. MMP-1 è la collagenasi interstiziale più ubiquitaria [6] e la sua sovraespressione è associata a diverse condizioni patologiche, compresa l'invasione tumorale e metastasi [7]. La sovraespressione di MMP-1 mRNA è stata dimostrata in una varietà di tumori come il cancro gastrico, il cancro del colon-retto e cancro esofageo [8] - [12]. Sovraespressione di MMP-1 proteine ​​è associata a prognosi infausta di cancro esofageo e cancro del colon [10], [11]. Questo MMP-1 sovraespressione può essere attribuito alla giustapposizione di fattore di trascrizione siti e cooperatività tra i fattori che si legano a questi siti all'interno della regione promoter del gene MMP-1 [13] vincolante.

La regione promotore di MMP-1 contiene un inserimento guanina /delezione alla posizione -1607 che genera la sequenza 5'-GGA-3 ', che ha un allele 2G polimorfismo (1G /2G polimorfismo). La presenza di un polimorfismo 2G potrebbe aumentare l'attività trascrizionale di endogena MMP-1, perché l'inserimento guanina crea un sito di legame per un membro della famiglia fattore di trascrizione Ets. L'allele 2G può contribuire a una maggiore invasività dei carcinomi endometriali, per lo sviluppo del cancro ovarico, il cancro del polmone, del colon-retto e cancro [14] - [21].

Gli studi in diversi altri geni hanno fornito un nuovo paradigma che la trascrizione di un gene è più probabilmente influenzata da molteplici polimorfismi situati nella regione del promotore che agiscono di concerto per esercitare un effetto aplotipo [22], [23]. Diversi altri polimorfismi a singolo nucleotide (-519A /G, -422T /A, -340C /T, e -320C /T) sono state recentemente identificate nel gene promotore MMP-1 [24]. effetti funzionali di questi polimorfismi sul gene attività di MMP-1 promotore sono stati valutati in linee cellulari di melanoma (A2058 e A375), il cancro al seno (MCF7 e MDA-MB-231), il cancro del polmone (A549 e H69), e il cancro del colon-retto ( HT-29, SW-620) confrontando i punti di forza promotrice del 10 aplotipi più comuni derivanti da questi polimorfismi [24]. Anche se la maggiore espressione di MMP-1 è stata associata con invasione locale e prognosi infausta nel cancro gastrico [25], il ruolo della MMP-1 promotore SNPs e le loro aplotipi nello sviluppo del cancro gastrico è attualmente sconosciuto in ogni popolazione umana.

Nel presente studio, è stato condotto uno studio caso-controllo su base ospedaliera per esplorare l'associazione del promotore MMP-1 gene SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1.2), -422T /A (rs475007) (MMP-1.3), -340C /T (rs514921) (MMP-1.4), e -320C /T (rs494379) (MMP-1.5)] e le loro aplotipi con il rischio di sviluppo di cancro gastrico in una popolazione indiana orientale. Abbiamo anche esplorato il rapporto tra i polimorfismi ed i fattori clinico-patologici tra i pazienti affetti da cancro gastrico. Lo studio ha dimostrato l'associazione putativo di MMP-1.3, MMP-1.4, e MMP-1,5 polimorfismi con il rischio di formazione di tumori dello stomaco inferiore nel cancro gastrico. L'importanza funzionale di MMP-1 polimorfismi a bassa formazione del tumore allo stomaco è stata confermata da effetti aplotipo di questi polimorfismi su MMP-1 livelli di espressione nel siero. Tuttavia, nessuna associazione con l'insorgenza di cancro gastrico è stato trovato per una delle suddette cinque SNP della MMP-1 promotore ed i loro aplotipi risultanti

Materiali e Metodi

Materie di studio:. Indiano orientale caso-controllo coorte

L'indiano di coorte caso-controllo orientale consisteva di 145 casi di cancro gastrico e 145 individui di controllo. I protocolli di studio (2008-2014) sono stati approvati dalle etiche Review Boards del Saroj Gupta Cancer Center e Research Institute, Kolkata, Dipartimento di Chirurgia gastrica, Medical College Hospital e, Kolkata, IPGMER, ospedali Kolkata e al comitato etico umana della indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, India. Tutti i pazienti con una diagnosi clinica di cancro gastrico che frequentano i reparti ospedalieri di Gastro-oncologia del Saroj Gupta Cancer Center e Research Institute, Kolkata, il Dipartimento di Chirurgia gastrica, Medical College Hospital e, Kolkata e la IPGMER, Kolkata nel mese di giugno 2008 al aprile 2013 sono stati identificati dai registri ospedalieri e contattato durante il follow-up indagini. Tutti i partecipanti hanno firmato un consenso informato per la partecipazione. demografia, i sintomi e tumore di classificazione dei pazienti sono stati registrati e campioni di sangue raccolti dopo l'assunzione di una storia clinica e l'esecuzione di esami clinici ed endoscopici. Istologico tipizzazione del tumore è stato determinato sulla base di biopsie o campioni asportati. I criteri di esclusione compresi precedente storia di altro cancro metastatizzato tranne cancro gastrico. Possibilità di ulcera peptica senza avere alcuna lesione cancerosa era stato escluso dalla istopatologia di lesione allo stomaco. La diagnosi di cancro gastrico e stadiazione TNM è basato su generalmente accettata cliniche, istologiche, radiologici e di immunofluorescenza e quella del Joint Committee on cancro (AJCC) e il criterio Unione Internazionale Contro il Cancro (UICC) [25]. Gli individui che erano in precedenza o che attualmente sono stati dipendenti da tabacco per almeno 2 anni sono stati definiti come dipendenti tabacco. Le persone che visitano questi ospedali per un controllo di routine e che erano senza una storia o una diagnosi di qualsiasi tipo di cancro o di malattie genetiche è stato anche chiesto di partecipare e volontari a donare il sangue per lo studio. Questi soggetti sono stati considerati controlli sani. Tutti i malati di cancro e soggetti di controllo erano estranei e di nazionalità indiana dal Bengala Occidentale o circostanti stati indiani orientali. Questa popolazione è stata considerata rappresentativa di una popolazione indiana orientale.

DNA Estrazione e Serum Collection

Da ciascun soggetto, 5 ml di sangue venoso sono stati elaborati in modo asettico in vacutainer (Qiagen, USA) contenente EDTA e conservati a 4 ° C prima dell'estrazione del DNA genomico. Il DNA genomico è stato estratto da 3,5 ml di sangue intero nel giro di due settimane dopo il campionamento utilizzando un kit QIAamp DNA del sangue Midi (Qiagen, USA) secondo il protocollo del produttore. Immediatamente dopo la raccolta del sangue, additional1.5 ml di sangue intero è stato centrifugato a 1800 g per 5 minuti per ottenere la frazione di siero. I campioni di siero sono stati conservati a -80 ° C fino al momento dell'analisi

Fondi e PCR amplificazione della regione del promotore di MMP-1 geni

I primer sono stati progettati con il software FastPCR (http: //www.. biocenter.helsinki.fi) in modo da amplificare regioni promotrici di MMP-1 gene per analizzare polimorfismi sequenziando (Tabella 1). PCR è stata effettuata in un PCR SPRINT Thermal Cycler (Thermo Electron Corporation, Giappone). La sequenza bersaglio è stato amplificato in un volume di reazione di 25 microlitri contenente 10-20 ng di DNA genomico, 0,2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 0,3 mM di ciascun primer, e 1.0 unità di Taq DNA polimerasi (polymerase Fermentas Taq DNA, Fermentas, Stati Uniti d'America). L'amplificazione PCR è stata effettuata con 35 cicli di denaturazione a 94 ° C per 30 s, ricottura a 58 ° C-59 ° C per 1 min (Tabella 1) e seguito da estensione a 72 ° C per 30 s dopo l'attivazione iniziale fase di 94 ° C per 5 min. frammenti di PCR sono stati analizzati confrontandoli con 100 bp scaletta del DNA (Fermentas, USA) su un bromuro di etidio macchiato 1,5% di agarosio gel (Cat No. 014.011, Sisco Research Laboratories, India) eseguito per 60 minuti a 100 V.

genotipizzazione

Per la genotipizzazione per il sequenziamento, ogni dNTP prive di personalità giuridica sono stati defosforilato e primer non incorporati sono stati rimossi dal prodotto di PCR da fosfatasi alcalina gamberetti (Fermentas, USA) e esonucleasi-I enzimatico (Fermentas, stati Uniti d'America). I prodotti di PCR sono stati utilizzati per il sequenziamento con BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA) e sequenziato utilizzando un prisma ABI 3100 analizzatore genetico (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.) Secondo il protocollo del produttore. Della PCR è stato sequenziato in entrambe le direzioni con avanti e indietro primer PCR eliminando la possibilità di artefatti di compressione. cromatogrammi sequenziamento sono stati analizzati utilizzando scanner Sequence Software v1.0 (Applied Biosystems, USA) per analizzare alterazioni dei nucleotidi e quindi genotipi

Il polimorfismo MMP-1.1 1G /2G è stato genotipizzati mediante PCR -.
lunghezza dei frammenti di restrizione polimorfismo metodo (RFLP) utilizzando AluI
enzima (New England Biolabs, Inc. (NEB), Ipswich, MA)., come descritto in precedenza [26]

enzima saggio immunoenzimatico (ELISA)

Siero MMP-1 livelli di proteina (pro e attivo) nei pazienti con cancro allo stomaco superiore con aplotipi non a rischio, e nel cancro allo stomaco inferiore con aplotipi di rischio (contiene uno o più alleli di rischio) sono stati confrontati con un disponibile in commercio MMP-1 kit ELISA (ab10063, Abcam, stati Uniti d'America), in base alle istruzioni del produttore. I campioni di siero sono stati diluiti (01:05 v /v) in diluente del test fornito nel kit. Brevemente, 100 pl di norme, gli spazi e campione di siero diluito sono stati pipettati in MMP-1 prerivestito piastra a 96 pozzetti antiumano contenuto nel kit ed incubate per 2,5 ore a 37 ° C. Dopo alcuni lavaggi, biotinilato MMP-1 anticorpo anti-umano (diluito 1:1000) è stato aggiunto ai pozzetti e la piastra è stata incubata per 1 ora a temperatura ambiente. Dopo aver lavato via non legato l'anticorpo biotinilato, streptavidina HRP-coniugato è pipettati nei pozzetti. La piastra è stata nuovamente incubate per 45 min. Dopo ampia lavaggio, 100 microlitri della tetramethylbenizidine substrato era pipetta in ciascun pozzetto, e la piastra è stata incubata per 30 minuti al buio a temperatura ambiente (25 ° C). Una soluzione di arresto è stato aggiunto al termine. Ogni campione è stato testato in duplicato. I valori di assorbanza dei pezzi grezzi, campioni, e gli standard sono state lette su un lettore di micropiastre alla lunghezza d'onda di 450 nm. Il livello di MMP-1 proteine ​​nei campioni è stata ottenuta per confronto con la curva standard, generato da standard fornito dal produttore. Il livello rilevabile minimo di MMP 1 è stato di 8 pg /ml.

Analisi statistica

L'analisi statistica è stata effettuata utilizzando il software SPSS (versione 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, Stati Uniti d'America ). Differenze significative tra età al colloquio per i controlli e l'età al momento della diagnosi di casi di cancro sono stati valutati utilizzando il test t di Student per il confronto di mezzi che utilizzano il software GraphPad InStat3 (GraphPad Software, Inc., San Diego in California USA). Hardy-Weinberg (HWE) analisi sono state effettuate per confrontare osservato e atteso frequenze alleliche utilizzando un test chi-quadro per i controlli al fine di garantire che ogni indicatore è stato in equilibrio ( p
> 0,05). La frequenza dell'allele minore (MAF) ( -model
opzione) e HWE ( -hardy
opzione) per ogni SNP è stato stimato dalla popolazione di controllo utilizzando v0.99 Plink [27]. Dati caso-controllo sono stati analizzati con due facce 2-by-2 o 2-by-3 tabelle di contingenza in base al genotipo con il test chi-quadrato di Pearson. L'odds ratio (OR) e l'intervallo di confidenza al 95% (CI) dei genotipi sono stati calcolati da un modello di regressione logistica multivariata aggiustata per età (variabile continua), il sesso e la dipendenza dal tabacco. In questo studio, abbiamo definito che l'allele 1G del 1G-1607 2G SNP, l'allele A di A-519G SNP, l'allele del T-422A SNP, l'allele T del SNP T-340C e la T allele del T-320C SNP erano alleli di riferimento. I risultati sono stati valutati con alleli di cui sopra come riferimento utilizzando il modello di regressione logistica multinomiale. Analizzando il rapporto tra il genotipo e la malattia lo stato SNP del GC, lo stadio del tumore, la classificazione e la profondità di invasione tumorale istologico sono stati trasformati in dati binari (Stadio I + II vs stadio III + IV, ben differenziato + moderatamente differenziato vs scarsamente differenziato, e T1 + T2 vs. T3 + T4). Il rapporto tra le distribuzioni genotipo e la profondità del tumore o fase è stata anche esaminata usando un modello di regressione logistica multinomiale aggiustato per l'età (variabile continua), il sesso e la dipendenza dal tabacco come un potenziale fattore di confusione. frequenze aplotipo sono stati analizzati utilizzando il programma Haploview (ver. 4.1, Broad Institute, Chembridge, USA) [28]. Tutti i risultati sono stati considerati statisticamente significativi se il p valore
era < 0.05. Un calcolo di potenza post hoc è stata eseguita per testare la potenza statistica del presente studio in base al metodo di Schlesselman, JJ [29].

Risultati

Descrizione della
studio Popolazione

La popolazione in studio consisteva di 145 pazienti affetti da cancro gastrico con 112 (77,2%) maschi e 33 (22,8%) femmine con un range di età di 42.6-65.8 anni, così come 145 soggetti di controllo con 81 (55,9%) maschi e 64 (44,1%) femmine con un range di età di 34.5-62.5 anni. I pazienti e soggetti di controllo sono stati ottenuti dalla stessa posizione geografica e sono rappresentativi di una popolazione indiana orientale. Ci sono state differenze statisticamente significative nella distribuzione di genere ( p
< 0,001) e l'età ( p
< 0,0001) tra pazienti e controlli. Inoltre, significativamente più individui tabacco-dipendente (p < 0,0001) erano presenti tra i pazienti (68,3%) rispetto ai controlli (28,3%). Così, nel corso della valutazione del rischio, sono stati calcolati un rapporti di età, sesso e Quote dipendenza aggiustato.

Il rilevamento di polimorfismi a singolo nucleotide nel MMP-1 promotore

in natura, la sequenza comune varianti della MMP-1 promotore del gene nei casi e controlli sono stati cercati dal sequenziamento del DNA diretta. L'allineamento di sequenze cromatogramma con la MMP-1 gene sequenza del promotore da affittare (Genebank adesione no- AF023338) ha confermato le posizioni SNP a -1607 (1G /2G, vale a dire, l'inserimento G /delezione), -519 (A /G), -422 (T /a), -340 (T /C) e -320 (T /C) (Figura S1 in S1 File). MMP-1.1 genotipizzazione mediante PCR-RFLP è stata poi eseguita tra i pazienti affetti da cancro gastrico e controlli. Figura S1A (S1 File) mostra un tipico modello di PCR-RFLP. La regione bersaglio 269 bp del promotore del gene MMP-1 è stato PCR-amplificato e digerito con AluI
che scisso l'allele 1G per generare due frammenti di 241 bp e 28 bp. L'allele 2G non digerire con AluI
. genotipo eterozigote ha mostrato tre bande di 269 bp, 241 bp e 28 bp (Figura S1A in S1 File). MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4) e MMP-1.5 sono stati genotipizzati dal sequenziamento del DNA (Figura S1B in File S1). La MMP-1.1 analisi del genotipo dal sequenziamento del DNA è stato limitato a uno studio pilota, nonché per il 10% della popolazione ricontrollato. Tutti genotipizzazione è stata effettuata tra i 145 pazienti e 145 controlli.

associazione tra SNPs individuale di MMP-1 Promotore e cancro gastrico rischio

La distribuzione genotipo di MMP-1 polimorfismi erano coerenti con l'Hardy- Weinberg (HWE). Lo studio avrebbe raggiunto una potenza di 80% (Z-alpha = 1.645, per alpha = 0.05), con 145 casi, il rapporto caso-controllo di 1.0 e di controllo esposto il 10% alle allele di rischio avere o di 2.31.

MMP-1.1 polimorfismo non ha mostrato alcuna differenza significativa nella distribuzione dei genotipi (1G1G vs. 1G2G, 2G2G e 1G2G + 2G2G) tra pazienti e controlli ( p
= 0.430, p = 0,465 e
p
= 0,411, rispettivamente). Inoltre, la distribuzione di frequenza dell'allele (1G vs. 2G) non era significativa tra pazienti e controlli ( p
= 1.000), e, quindi, non ha conferiscono alcun rischio per lo sviluppo di cancro gastrico (Tabella 2). E 'inoltre degno di nota che l'allele 2G è stato il principale allele in questa popolazione e abbiamo preso come un allele di rischio come molti altri studi hanno precedentemente considerato un allele di rischio [14], [30], [31].

In pazienti affetti da cancro gastrico, la frequenza delle MMP-1,2 AG, GG e AG + GG genotipi non erano significativamente differenti dai controlli sani ( p
= 0,603, p = 0,506 e
p rispettivamente
= 0,510) e, quindi, non ha conferito alcun rischio significativo per il cancro gastrico. Inoltre, la frequenza dell'allele (A vs. G) in pazienti affetti da tumore non è risultata significativamente diversa da controlli sani ( p
= 0,337) e non conferisce rischio di sviluppo di cancro gastrico (Tabella 2).

la distribuzione di frequenza del genotipo, (AA vs TT, TA e TA + TT) del polimorfismo MMP-1.3 nella popolazione di pazienti non è stata significativamente diversa da controlli sani ( p
= 0,626, p = 0,999
e p
= 0,806, rispettivamente) e quindi non ha conferito alcun rischio significativo per il cancro gastrico. Inoltre, la frequenza allele (T vs A) distribuzione in pazienti e controlli tumorali non erano significative (p
= 0,927) (Tabella 2).

Per paziente MMP-1.4 polimorfismo, genotipi (TT vs TC, CC e TC CC +) ha mostrato una distribuzione simile a quello osservato nei controlli ( p
= 0.474, p = 0.424
e p =
0,388, rispettivamente) che mostra nessuna associazione per il rischio di cancro gastrico. Inoltre, la distribuzione di frequenza allelica (T vs. C) in pazienti e controlli non era statisticamente differente ( p
= 0,357), mostrando inoltre l'assenza di qualsiasi associazione con il rischio di cancro gastrico (Tabella 2).

MMP-1,5 frequenze genotipiche del polimorfismo (TT vs TC, CC e TC + CC) nei pazienti era ugualmente distribuito a quella dei controlli ( p
= 0,329, p
= 0,358 e p
= 0,228, rispettivamente) che mostra alcun rischio significativo per il cancro gastrico. Inoltre, la distribuzione di frequenza degli alleli (T vs. C) in entrambi i pazienti e controlli non era significativamente differente ( p
= 0,469) (Tabella 2).

associazione tra SNPs individuale di MMP -1 nonché demografica e caratteristiche clinico-patologiche, al momento della diagnosi cancro gastrico

Associazioni sono stati esaminati tra ogni polimorfismo e le caratteristiche demografiche e clinico-patologici di pazienti affetti da cancro gastrico e controlli (Tabella 3). MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 e MMP-1,5 polimorfismi non ha giocato alcun ruolo nel determinare il rischio di cancro gastrico per qualsiasi stato di età, sesso o tabacco-dipendenza.

MMP- 1.1 e MMP-1.2 polimorfismi non conferiscono alcun rischio significativo per la localizzazione del tumore o il grado di progressione del tumore nel cancro gastrico (Tabella 3). Tuttavia i pazienti che trasportano combinazione di AG e GG genotipo di MMP-1.2 polimorfismo erano significativamente distribuiti tra i sottotipi istologici di tumore e ha mostrato rischio significativamente maggiore per scarsamente differenziate (PD) carcinomi ( p
= 0,001, OR = 3.803, CI = 1,69-8,56) (Tabella 3)

Per MMP-1.3 polimorfismo, pazienti portatori combinazione di TA e TT genotipi erano più a rischio di cancro allo stomaco inferiore (basso &. corpo centrale, antro e piloro di stomaco ) ( p = 0.043
, OR = 2.18, CI = 1,03-4,64). Inoltre, la combinazione di TA e TT genotipi sono stati trovati più frequentemente nei pazienti affetti da cancro gastrico con 10 o più linfonodi metastatici ( p
= 0,021, OR = 3.044, CI = 1,187-7,807), suggerendo che il T allele aveva un effetti negativi sulla progressione del carcinoma gastrico e metastasi precoce (Tabella 3).

per MMP-1.4 polimorfismo, la distribuzione di TC e CC genotipi tra i pazienti con diverse sedi tumorali nello stomaco era vicino a raggiungere un associazione statisticamente significativa con il rischio di cancro allo stomaco più basso ( p
= 0,075, OR = 1.969, CI = 0,94-4,15) (tabella 3). In contraddizione con MMP-1.3 polimorfismo, pazienti portatori di una combinazione di TC e CC genotipi dato protezione contro regionale metastasi linfonodali ( p = 0.026
, OR = 0,34, CI = 0,13-0,88), oltre a metastasi a distanza ( p
= 0,061, OR = 0,49, CI = 0,24-1,03) di cancro gastrico (Tabella 3).

Per MMP-1.5 polimorfismo, una combinazione di TC e CC genotipi hanno mostrato un significativo associazione con la posizione del tumore allo stomaco. I pazienti che trasportano una combinazione di TC e CC genotipi erano più a rischio di cancro allo stomaco più basso ( p
= 0,034, OR = 2.22, CI = 1,06-4,07) (tabella 3).

analisi stratificazione per SNP e minore formazione del tumore allo stomaco, lo studio avrebbe raggiunto una potenza di 80% (Z-alpha = 1.645, per alpha = 0.05), con 89 casi inferiore dello stomaco, inferiore dello stomaco e del campione parte superiore dello stomaco rapporto tra 0,505 e il 35% esposto pazienti superiore dello stomaco per l'allele rischio di avere o 2.5.

il genotipo di frequenza a due collegato loci di MMP-1 SNP e il rischio di cancro gastrico

per valutare gli effetti combinati di due loci collegato sul rischio di cancro, come singoli SNP non conferisce di rischio per lo sviluppo del cancro gastrico, le frequenze genotipiche combinati sono stati confrontati nei pazienti e controlli. Distribuzioni di frequenze accoppiate loci per polimorfismi adiacenti sono stati osservati con ordine crescente di variante allelica e associazioni sono stati esaminati. Non c'era dose di associazione dipendente osservato, il numero di variante allelica è stato aumentato per qualsiasi combinazione di loci accoppiato adiacente (Tabella 4).

Linkage squilibrio fra l'SNP di MMP-1 Promotore e Haplotype frequenze con la suscettibilità a cancro gastrico

Tutti i polimorfismi nel gene promotore MMP-1 sono stati valutati per linkage disequilibrium (LD) tra i polimorfismi e per identificare aplotipi comuni presenti nelle coorti di pazienti e di controllo. La regione ha mostrato bassa per LD sostanziale tra i polimorfismi, ad eccezione di MMP-1.4 e MMP-1.5 che erano in completa LD nello studio caso-controllo di coorte (Figura 1) (Le definizioni di blocco linkage disequilibrium erano basate sul metodo di Gabriel et al.
) [32]. Sedici aplotipi sono stati identificati con una frequenza superiore all'1% sia nel controllo e popolazione di pazienti, compresi tutti i cinque marcatori coprono promotore del gene MMP-1. Le distribuzioni di frequenza degli aplotipi estesi di MMP-1 polimorfismi non erano significative tra i pazienti affetti da cancro gastrico e controlli e nessuno di questi aplotipi rischio per il cancro gastrico insorgenza conferiti (dati non riportati).

Haplotype Effetti funzionali di MMP-1 Polimorfismi 'sul basso ventre Tumore Formazione

Sedici aplotipi sono stati identificati con una frequenza superiore all'1% e classificati per ordine di varianti alleliche polimorfiche crescente e analizzati per effetto del gene-dose (Tabella S1 in S1 File). La differenza nella frequenza aplotipo è stata significativa tra inferiore dello stomaco pazienti affetti da cancro gastrico e la parte superiore dello stomaco pazienti affetti da cancro gastrico, come il numero di varianti alleliche polimorfici sono stati aumentati con conseguente aumento del rischio di basso ventre lo sviluppo del cancro gastrico con la massima OR di 2.155, 95% CI = 1,317-3,526, p = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 per aplotipi combinati contenenti 4 alleli di rischio (Tabella 5).}

al fine di studiare l'impatto di MMP-1 polimorfismi del promotore sulla funzione del gene , abbiamo confrontato il siero MMP-1 livello sierico ELISA nei pazienti con cancro allo stomaco inferiore con aplotipi di rischio combinati (con almeno un allele qualsiasi rischio) contro il cancro dello stomaco superiore con l'aplotipo di riferimento (1G-AATT). La concentrazione di proteina MMP-1 siero era quasi 1,5 volte più alta nei pazienti con cancro allo stomaco inferiore (n = 54) (con aplotipi rischio combinato) rispetto ai pazienti con cancro allo stomaco superiore (n = 15) (con aplotipo di riferimento; p = 0.024), suggerendo l'importanza funzionale di questi SNP nella regolazione della MMP-1 espressione genica e là influenzando minore processo di carcinogenesi stomaco (Figura 2). L'analisi è stata ripetuta e confermata previo log trasformazione dei dati (Figura S2 a S1 File).

Discussione

Anche se non sono MMP oncogeno o mutageno, si altera il microambiente e può influenzare il processo della carcinogenesi e la sua istologia, e sembrano essere indotto a livello di attivazione trascrizionale [33]. Essere un membro della famiglia MMP, MMP-1 è stato segnalato per svolgere un ruolo importante nella invasione del cancro attraverso la sovraespressione, che è associato con metastasi e prognosi infausta nel cancro esofageo, cancro ovarico, melanoma maligno cutaneo, il cancro del colon-retto e cancro gastrico [11 ], [15], [16], [25], [34]. Diffuse tipi di cancro gastrico sono generalmente caratterizzati da un deposito abbondante di fibre di collagene, possibilmente che richiedono elevati livelli di MMP-1 per il corretto rimodellamento tissutale del microambiente [30]. Lo sfondo genetico è stato suggerito di svolgere un ruolo importante nella incidenza e la progressione del cancro gastrico [30]. Inoltre, alcuni geni polimorfici che codificano enzimi metabolici e regolatori del ciclo cellulare, come ad esempio metilenetetraidrofolato reduttasi, NADPH: chinone ossidoriduttasi e ciclina D1 sono stati documentati per conferire una suscettibilità al cancro gastrico [35] - [37]. Pertanto, i geni polimorfici, da solo, in combinazione con gli altri o attraverso l'interazione con i fattori di rischio esogeni, possono essere utilizzati come parametri predicativi per lo screening gli individui ad alto rischio di cancro gastrico.

Per quanto a nostra conoscenza, questo studio dell'associazione di MMP-1 varianti e il rischio di sviluppo di cancro gastrico e la progressione in una popolazione indiana orientale è il primo del suo genere, con un focus su un polimorfismo -1607 1G /2G (MMP-1.1), e un ulteriore quattro polimorfismi tra questo SNP e il sito di inizio della trascrizione. MMP-1 regione del promotore polimorfismi funzionali responsabili delle sue alterazioni espressive sono stati correlati con i vari processi di malattia. Nonostante questo, nel nostro studio MMP-1.1 polimorfismo e inoltre altri quattro SNP (MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3 e MMP-1.4) nella regione del promotore non correlati con gastrica insorgenza del cancro, suggerendo queste varianti promotore di essere fattori di basso rischio penetranza in cancro gastrico. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLoS ONE: Luce e la microscopia elettronica del castoro europeo (Castor fiber) Stomaco Rivela unico morfologica Caratteristiche con possibile significato generale biologica
• PLoS ONE: auto-riferito disturbi di stomaco a viaggiatori in crociera-Based e terrestri pacchetto Holidays