PLoS ONE: matriksimetalloproteinaasi-1 (MMP-1) Promoottori polymorfismit Hyvin Liittyy Ala Maha kasvainmuodostusta Itä Intian Population

tiivistelmä

Expression matriksimetalloproteinaasi-1 (MMP-1), välimainos kollagenaasi, on tärkeä rooli solujen invaasiota kehityksen aikana mahalaukun syövän, johtava kuolinsyy maailmassa. Yhden nukleotidin polymorfismi (SNP) -1607 1G /2G sivusto MMP-1-geenin promoottori on raportoitu muuttavan transkription tasolla. Vaikka tärkeää n muiden SNP MMP-1: n promoottori ei ole vielä tutkittu mahasyövän, tavoitteenamme oli tutkia MMP-1-geenin promoottori polymorfismien ja mahasyövän alttius Itä Intian väestöstä. Yhteensä 145 mahasyöpäpotilaista ja 145 terveillä verrokeilla genotyypitettiin MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) PCR-restriktiofragmentin pituuden (RFLP), kun taas MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) ja MMP-1 -320 T /C (rs494379) genotyypitettiin DNA-sekvensoinnilla. Positiivinen yhdistys löydettiin MMP-1 -422 T /A SNP, joka osoitti merkittävää riskiä alueellisen imusolmuke etäpesäke ( P
= 0,021, Odd n suhde (OR) = 3,044, luottamusväli (CI) = 1,187 -7,807). Lisäksi löysimme merkittävää yhteyttä alavatsan kasvainmuodostusta joukossa mahasyöpäpotilaista kolme vierekkäistä polymorfismien lähellä transkription aloituspaikat on [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2,182 , CI = 1,03-4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, CI = 0,94-4,158) ja MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, CI = 1,064-40731)]. MMP-1 tason potilaiden seerumissa korreloi MMP-1: n promoottori haplotyyppien annetaan näiden kolmen SNP arvioida toiminnallista merkitystä näiden polymorfismien alavatsan kasvainten muodostumista ja merkittävää korrelaatiota ei havaittu. Lisäksi MMP-1 -519 A /G-polymorfismi näkyy heikko solujen erilaistumiseen ( P
= 0,024, OR = 3,8, CI = 1,69-8,56) liittämällä suurempi riski syövän etenemisen. Lopuksi MMP-1 proksimaalisen promoottorin SNP liittyy riski alavatsan kasvaimen muodostumisen ja etäpesäke Itä Intian väestöstä.

Citation: Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K Gupta A, Swarnakar S (2014) matriksimetalloproteinaasi-1 (MMP-1) Promoottori polymorfismit Hyvin Liittyy Ala Maha kasvainmuodostusta Itä Intian väestöstä. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10,1371 /journal.pone.0088040

Editor: Redhwan Ahmed Al Naggar, Population Health and Preventive Medicine, Malesia

vastaanotettu: 02 syyskuu 2013; Hyväksytty: 03 tammikuu 2014; Julkaistu: 05 helmikuu 2014

Copyright: © 2014 Dey et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Sanjib Dey oli vastaanottaja Senior Research Fellowship Intian neuvoston Medical Research (ICMR), Intia. NG ja KK ovat vastaanottajan Senior Research Fellowship neuvoston tieteellisen ja teollisen tutkimuksen (CSIR). Työtä tukivat myöntäminen IAP001 on neuvoston tieteellisen ja teollisen tutkimuksen (CSIR), Intia, NBA07 of Department of Biotechnology (DBT), Intia. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahalaukun syöpä on yksi johtavista syistä syövän liittyvät kuolemat maailmassa [1]. Maailmanlaajuisesti, mahasyövän (GC) kattaa noin 800000 kuolemantapausta vuosittain. Yli 70% GC tapauksista tapahtuu kehitysmaissa ja puolet koko maailman esiintyy Itä-Aasia [1]. Se on johtava ongelma koillisessa ja etelävaltioista Intian niemimaalla [2]. Ilmaantuvuus mahalaukun syövän vaihtelee maittain, luultavasti seurauksena geneettisen, epigeneettiset ja ympäristötekijät. Helicobacter pylori
infektiota pidetään merkittävänä riskitekijänä kehittämisessä mahasyövän erityisesti syövän alaosaan (noncardia) mahan [3]. Yhdistetty analyysi 12 tutkimuksissa H. pylori
ja mahasyövän arvioi, että riski adenokarsinoomaa ei-cardia alueilla vatsa oli lähes kuusi kertaa suurempi H. pylori
infektoiduista ihmisiä kuin infektoimattomat ihmistä [3].

Viimeaikaiset tutkimukset osoittavat, että syövän synty on monisoluisten ja monivaiheinen prosessi, jossa tuhoutuu kudos microenvironment on edellytys muuntaminen normaalin kudoksen kasvaimen [4]. Siksi molekyylitason analyysi kudoksen microenvironment ja sen purkamista aikana neoplasia on tärkeä askel tietää mekanismit maligniteetti. Matriksin metalloproteinaasien (MMP: t), jotka on tuotettu sekä kasvaimen ja normaaleissa soluissa, muuttaa mikroympäristöä hajottamalla soluväliaineen, ja sen jälkeen solun signaaleja johtaa siihen, että alkuvaiheessa kasvaimen muodostumisen [5]. Useat MMP on ainutlaatuinen kyky hajottaa interstitiaalinen kollageenien (esim. I, II ja III), kehon runsain proteiineja. MMP-1 on kaikkein ekspressoituvat interstitiaalinen kollagenaasi [6] ja sen yli-ilmentyminen liittyy useita patologisia tiloja, mukaan lukien kasvaimen invaasion ja metastaasin [7]. Yli-ilmentyminen MMP-1-mRNA: n on osoitettu useissa eri syöpien, kuten mahasyövän, peräsuolen syöpä ja ruokatorven syöpä [8] - [12]. Yliekspressio MMP-1-proteiinin on yhteydessä huonoon ennusteeseen ruokatorven syöpä ja paksusuolen ja peräsuolen syövän [10], [11]. Tämä MMP-1 yliekspressio voidaan katsoa, ​​ettei vierekkäisten transkriptiotekijän sitoutumiskohtien ja yhteistoiminnalla tekijöitä, jotka sitoutuvat näihin promoottorissa alueella MMP-1-geeni [13].

promoottorialue MMP-1 sisältää guaniini insertio /deleetio polymorfismi (1G /2G polymorphism) asemassa -1607, joka tuottaa 5'-GGA-3 ', joka on 2G-alleelin. Läsnäolo 2G polymorfismin voisi lisätä transkriptionaalisen aktiivisuuden endogeenisen MMP-1, koska guaniini lisäys luo sitoutumiskohta jäsen Ets transkriptiotekijän perhe. 2G-alleeli voi osaltaan lisätä invasiivisuus kohdun limakalvon karsinoomat, kehitystä munasarjasyöpä, keuhkosyöpä, paksusuolen ja peräsuolen syöpä [14] - [21].

Tutkimukset useilla muita geenejä ovat antaneet uuden paradigman jossa geenin transkriptio on todennäköisesti vaikuttaa useita polymorfismit sijaitsee promoottorialueen, joka toimia yhdessä kohdistamaan haplotyypin vaikutusta [22], [23]. Useat muut yhden emäksen monimuotoisuus (-519A /G, -422T /A, -340C /T, ja -320C /T) MMP-1-geenin promoottori on äskettäin tunnistettu [24]. Funktionaalisia vaikutuksia näiden polymorfismien on MMP-1-geenin promoottorin aktiivisuutta arvioitiin solulinjoissa melanooman (A2058 ja A375), rintasyöpä (MCF7 ja MDA-MB-231), keuhkosyöpä (A549 ja H69), ja peräsuolen syöpä ( HT-29, SW-620) vertaamalla promoottori vahvuudet 10 yleisimmistä haplotypes johdettu näistä polymorfismien [24]. Vaikka tehostettu MMP-1 liittyi paikallisten hyökkäyksen ja huonon ennusteen mahasyövässä [25], roolia MMP-1: n promoottori SNP ja niiden haplotypes kehittämisessä mahasyövän Toistaiseksi ei tiedetä missä tahansa ihmisen väestöstä.

Tässä tutkimuksessa, teimme sairaalan johdolla tapauskontrollitutkimuksessa tutkia yhdistys MMP-1-geenin promoottori SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /A (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1.4), ja -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] ja niiden haplotypes kanssa mahalaukun syövän riski kehitystä itäisen Intian väestöstä. Olemme myös tutkineet suhdetta polymorfismien ja kliinis tekijöiden joukossa mahasyöpäpotilaista. Tutkimus osoitti oletetun yhdistys MMP-1,3, MMP-1.4, ja MMP-1,5 polymorfismien kanssa riskiä alavatsan kasvainten muodostumista mahasyövän. Toiminnallinen merkitys MMP-1 polymorfismien alavatsan kasvainmuodostusta vahvistettiin haplotyypin vaikutuksia näillä polymorfismien on MMP-1 ilmentymisen seerumissa. Ei kuitenkaan yhdessä esiintymisen mahasyövän havaittiin tahansa edellä viisi SNP MMP-1-promoottori ja niiden tuloksena haplotyyppien.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkimus Oppiaineet: Itä Indian asia-ohjaus kohortti

Itä Intian tapaus-verrokki kohortti koostui 145 mahasyövän tapaukset ja 145 verrokkiyksilöitä. Tutkimuksessa protokollat ​​(2008-2014) oli hyväksynyt eettinen Review Boards on Saroj Gupta Cancer Center ja tutkimuslaitos, Kolkata, Department of Mahalaukun Kirurgian Medical College ja sairaala, Kolkata, IPGMER, Kolkata sairaaloiden ja Human eettisen komitean Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, Intia. Kaikki potilaat, joilla on kliinisesti diagnosoitu mahasyövän hoitavan sairaalan osastot Gastro-onkologian ja Saroj Gupta Cancer Center ja tutkimuslaitos, Kolkata, Department of Mahalaukun Kirurgian Medical College ja sairaala, Kolkata ja IPGMER, Kolkata kesäkuussa 2008 toukokuu 2013 tunnistettiin sairaalasta rekistereistä ja yhteyttä aikana seurata tutkimuksissa. Kaikki osallistujat antoivat kirjallisen tietoon perustuva suostumus osallistumiseen. Potilaiden demografiset, oireet ja kasvainten luokittelua tallennettiin ja verinäytteet kerättiin otettuaan kliinisen historian ja suorittamalla kliiniset ja endoskooppinen tutkimukset. Histologinen kasvain kirjoittamalla määritettiin perusteella koepaloja tai resekoitu yksilöitä. Poissulkukriteerit mukana aiempi muiden metastasized syöpä paitsi mahasyövän. Mahdollisuus mahahaava ilman mitään syöpää vaurio oli jätetty histopatologisella vatsaan vaurion. Diagnoosi mahasyöpä ja TNM lavastus perustui yleisesti hyväksytyissä kliinisissä histologinen, säteily- ja immunofluoresenssilla havaintoja ja että American sekakomitean syövän (AJCC) ja Kansainvälisen syöpää vastaan ​​(UICC) kriteeri [25]. Yksilöt, jotka olivat aiemmin tai jotka tällä hetkellä ovat riippuvaisia ​​tupakan vähintään 2 vuotta määriteltiin tupakka koukkuun. Henkilöt, jotka käyvät sairaaloita rutiini lääkärintarkastus ja jotka olivat ilman historiaa tai diagnoosi syöpä tai geneettisiä sairauksia pyydettiin myös osallistumaan ja vapaaehtoisesti luovuttaa verta tutkimukseen. Nämä aiheet katsottiin tervettä verrokkia. Kaikki syöpäpotilaiden ja verrokkien eivät liittyneet ja Intian kansalaisuuden West Bengal tai ympäröivään Itä Intian osavaltiossa. Tämä populaatio katsottiin edustavan itäisen Intian väestöstä.

DNA Extraction ja Serum Collection

Kustakin aihe, 5 ml laskimoverta vedettiin aseptisesti vacutainer putkiin (Qiagen, USA), joka sisältää EDTA ja säilytettiin 4 ° C: ssa ennen genomisen DNA: n uuttaminen. Genominen DNA uutettiin 3,5 ml kokoveriarvot kahden viikon kuluessa näytteenotto käyttäen QIAamp DNA Veri Midi Kit (Qiagen, USA) valmistajan protokollan. Välittömästi verinäytteen, additional1.5 ml kokoverta sentrifugoitiin 1800 g: ssa 5 minuutin ajan, jolloin saatiin seerumin fraktiosta. Seeruminäytteet varastoitiin -80 ° C: ssa analyysiin asti.

Alukkeet ja PCR-monistaminen promoottorialueen MMP-1 Genes

Alukkeet suunniteltiin FastPCR ohjelmisto (http: //www. biocenter.helsinki.fi), jotta monistamiseksi promoottorialueiden MMP-1-geenin, jotta voidaan analysoida polymorfismien sekvensoimalla (taulukko 1). PCR suoritettiin PCR SPRINT PCR-laite (Thermo Electron Corporation, Japani). Kohdesekvenssi monistettiin 25 ul: n reaktiotilavuudessa, joka sisälsi 10-20 ng genomista DNA: ta, 0,2 mM dNTP: tä, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM KCI, 2 mM MgCI2: ta, 0,3 uM kutakin aluketta, ja 1,0 yksikköä Taq-DNA-polymeraasia (Fermentas Taq DNA-polymeraasia, Fermentas, USA). PCR-monistus suoritettiin 35 sykliä denaturointi 94 ° C: ssa 30 s, pariutuminen 58 ° C-59 ° C: ssa 1 min (taulukko 1) ja sitä seurasi pidennys 72 ° C: ssa 30 s jälkeen ensimmäisen aktivoinnin vaihe 94 ° C: ssa 5 min. PCR-fragmentit analysoitiin vertaamalla 100 emäsparin DNA-ladder (Fermentas, USA) etidiumbromidilla värjätyn 1,5% agaroosigeelillä (Cat No. 014011, Sisco Research Laboratories, Intia) kestää 60 minuuttia 100 V:

genotyypin

genotyypitys sekvensoinnin, mikä tahansa rekisteröimätön dNTP: defosforyloitiin ja rekisteröimätön alukkeet poistettiin PCR-tuote, jonka katkaravun alkalisella fosfataasilla (Fermentas, USA) ja eksonukleaasi I entsyymi (Fermentas, USA). PCR-tuotteita käytettiin sekvensointia BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA) ja sekvensoitiin käyttäen ABI PRISM 3100 geneettinen analysaattori (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.), Mukaisesti valmistajan protokollaa. PCR-amplikonin sekvensoitiin molempiin suuntiin eteenpäin ja reverse-PCR-alukkeet elimoiden puristus esineitä. Sekvensointi kromatogrammit analysoitiin Sequence skanneriohjelmisto v1.0 (Applied Biosystems, USA) analysoida korjauksilla nukleotidien ja näin genotyyppien.

MMP-1,1 1G /2G polymorfismi genotyyppi PCR -
restriktiofragmenttipituuspolymorfismin (RFLP) menetelmä, jossa käytetään AluI
entsyymiä (New England BioLabs, Inc. (NEB); Ipswich, MA), kuten aiemmin on kuvattu [26].

entsyymejä immunologinen määritys (ELISA) B

Serum MMP-1-proteiinin tason (pro ja aktiivinen) potilailla, joilla on ylempi mahasyöpä ulkopuolisten riskien haplotypes, ja alemman mahasyövän riskien haplotypes (sisältää yhden tai useamman riskin alleelit) verrattiin käyttäen kaupallisesti saatavilla olevaa MMP-1 ELISA-kitillä (ab10063, Abcam, USA), mukaisesti valmistajan ohjeiden. Seeruminäytteet laimennettiin (1:05 ​​v /v) määrityspuskurissa laimennusaineen annetaan kit. Lyhyesti, 100 ui standardeja, aihioita ja laimennettiin seeruminäytettä pipetoitiin anti-ihmis-MMP-1 esipäällystetty 96-kuoppalevylle joka on järjestetty sarja, ja inkuboitiin 2,5 tuntia 37 ° C: ssa. Usean pesun jälkeen, biotinyloitu anti-ihmis-MMP-1-vasta-ainetta (laimennettu 1:1000) lisättiin kuoppiin ja levyä inkuboitiin 1 tunti huoneen lämpötilassa. Pesun jälkeen pois sitoutumaton biotinyloitu vasta-aine, HRP-konjugoitu streptavidiini pipetoitiin kuoppiin. Levyä inkuboitiin jälleen 45 minuutin ajan. Perusteellisen pesemisen jälkeen 100 ui substraattia tetramethylbenizidine oli pipetin kuhunkin kuoppaan, ja levyä inkuboitiin 30 minuuttia pimeässä huoneen lämpötilassa (25 ° C). Stop lisättiin päätyttyä. Kukin näyte testattiin kahtena kappaleena. Absorbanssiarvot aihioiden, näytteet, ja standardeja luettiin mikrolevylukijalla aallonpituudella 450 nm. Taso MMP-1-proteiinin näytteitä saatiin vertaamalla standardikäyrään, joka on luotu standardi toimittaa valmistukseen. Pienin havaittavissa oleva pitoisuus MMP 1 oli 8 pg /ml.

Tilastollinen analyysi

Tilastollinen analyysi suoritettiin SPSS (versio 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, USA ). Merkittävät erot ikä haastattelussa valvontaa ja ikä diagnoosin syövän tapauksista arvioitiin käyttäen Studentin t-testiä varten vertailun avulla käyttäen GraphPad InStat3 ohjelmistoa (GraphPad Software, Inc., San Diego Kalifornia USA). Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) analyysit suoritettiin vertaamaan havaittujen ja odotettujen alleeli taajuuksilla käyttäen chi-neliö testi tarkastuksia varmistaakseen, että jokainen merkki oli tasapainossa ( p
> 0,05). Vähäinen alleelin taajuus (MAF) ( -mallin
vaihtoehto) ja HWE ( -hardy
vaihtoehto) kunkin SNP arvioitiin vertailupopulaatiossa käyttäen Plink v0.99 [27]. Asia-ohjaus tiedot analysoitiin käyttämällä kaksipuolinen 2-by-2 tai 2-by-3 virhematriiseja mukaan genotyyppi jonka Pearson chi-neliö testi. Kertoimet suhde (OR) ja 95%: n luottamusväli (CI) on genotyyppien laskettiin Monimuuttuja logistisen regressiomallin ikä- (jatkuva muuttuja), sukupuoli ja tupakoinnin. Tässä tutkimuksessa olemme määritelty, että 1G-alleelin 1G-1607 2G SNP, A-alleelin A-519G SNP, A-alleelin T-422A SNP, T-alleelin T-340C SNP ja T alleelin T-320C SNP oli viittaus alleeleja. Tuloksia arvioitiin edellä alleelien referenssinä käyttämällä multinomial logistiikkaregressiomallin. Analysoitaessa suhde SNP genotyyppien ja tautitilanteesta GC, vaiheessa syöpä, histologisia luokittelu ja syvyys kasvaimen invaasio muunnettiin Binaaridatan (vaihe I + II vs. vaiheen III + IV, hyvin erilaistunut + kohtalaisen eriytetty vs. Huonosti erilaistunut, ja T1 + T2 vs. T3 + T4). Suhde genotyypin jakaumat ja kasvaimen syvyyttä tai vaiheessa tutkittiin myös käyttämällä multinomiaalinen logistinen regressiomalli ikä- (jatkuva muuttuja), sukupuoli ja tupakoinnin mahdollisena sekoittavia tekijä. Haplotyyppifrekvenssit analysoitiin käyttämällä ohjelmaa Haploview (ver. 4.1, Broad Institute, Chembridge, USA) [28]. Kaikki tulokset katsottiin tilastollisesti merkittäviksi, jos p
arvo oli < 0,05. Post hoc teho laskenta on tehty testata tilastollinen voima Tämän tutkimuksen mukaan menetelmän Schlesselman, JJ [29].

Tulokset

kuvaus tutkimusperusjoukon

tutkimus koostui 145 mahasyöpäpotilaista ottaa 112 (77,2%) miehistä ja 33 (22,8%) naisilla, joiden ikäryhmä +42,6-65,8vuotta sekä 145 verrokeilla ottaa 81 (55,9%) miehillä ja 64 (44,1%) naisilla, joiden ikäryhmä +34,5-62,5vuotta. Potilaat ja verrokeilla olivat peräisin samasta maantieteellisestä sijainnista ja edustavat itäisen Intian väestöstä. Siellä olivat tilastollisesti merkitseviä eroja jakelussa sukupuoli ( p
< 0,001) ja ikä ( p
< 0,0001) välillä potilaiden ja verrokkien. Myös merkitsevästi enemmän tupakkaa-riippuvaisiksi yksilöiden (p < 0,0001) olivat läsnä potilaiden keskuudessa (68,3%) kuin verrokeilla (28,3%). Joten aikana riskinarvioinnin, ikä, sukupuoli ja riippuvuus vakioitu Kertoimet suhde laskettiin.

havaitseminen yhden emäksen monimuotoisuus on MMP-1 promoottori

Luonnossa esiintyvät, yhteinen sekvenssi variantteja MMP-1-geenin promoottori tapauksissa ja valvonta etsittiin suoralla DNA-sekvensoinnilla. Linjaus sekvenssin kromatogrammin kanssa MMP-1-geenin promoottori jatkumosekvenssi (Genebankin liittymisen no- AF023338) vahvisti SNP tehtävissä -1607 (1G /2G, eli G lisäys /poisto), -519 (A /G), -422 (T /A), -340 (T /C) ja -320 (T /C) (Kuva S1 File S1). MMP-1.1 genotyypitys PCR-RFLP Sitten suoritettiin joukossa mahasyövän potilaiden ja verrokkien. Kuva S1A (File S1) näyttää tyypillisen PCR-RFLP kuvio. 269 ​​bp: n kohdealueella MMP-1-geenin promoottori monistettiin PCR: n ja pilkottiin AluI
, joka pilkkoutuu 1G-alleelin tuottaa kaksi fragmenttia, 241 bp ja 28 bp. 2G-alleelin ei sulattaa kanssa AluI
. Heterotsygoottinen genotyyppi osoitti kolme bändeistä 269 emäsparin, 241 emäsparin ja 28 emäsparin (Kuva S1A File S1). MMP-1.2, MMP-1,3, MMP-1.4) ja MMP-1,5 genotyypattiin DNA-sekvensoinnilla (kuvio S1B File S1). MMP-1.1 genotyypin analyysi DNA: n sekvensoinnilla rajattiin pilottitutkimus sekä 10% väestöstä varten uudelleentarkistuksia. Kaikki tehtiin genotyypin joukossa 145 potilasta ja 145 valvontaa.

Association between Yksittäiset SNP MMP-1 promoottori ja mahalaukun syöpäriski

genotyyppi jakaumia MMP-1 polymorfismien olivat yhdenmukaisia ​​Hardy- Weinberg tasapaino (HWE). Tutkimuksessa olisi saavuttanut teho 80% (Z-alfa = 1,645, alfa = 0,05) kanssa 145 tapauksessa kyseessä ohjaus suhde 1,0 ja 10% altistuu ohjaimen Riskimuodon ottaa OR 2.31.

MMP-1.1 polymorfismi ei esiintynyt merkittävää eroa jakelussa genotyyppien (1G1G vs. 1G2G, 2G2G ja 1G2G + 2G2G) välillä potilaiden ja verrokkien ( p
= 0.430, p
= 0,465 ja p
= 0,411 vastaavasti). Myös alleelin taajuus jakelu (1G vs. 2G) ei ollut merkittävää välillä potilaiden ja verrokkien ( p
= 1,000), ja näin ollen ei anneta mitään riskiä mahasyövän kehittämiseen (taulukko 2). On myös huomionarvoista, että 2G-alleeli oli pääalleelille tässä potilasryhmässä, ja otimme sen riskin alleeli kuin monet muut tutkimukset ovat aiemmin pitäneet riski alleeli [14], [30], [31].

mahasyöpäpotilaista, taajuus MMP-1,2 AG, GG ja AG + GG genotyypit eivät olleet merkittävästi erilaisia ​​kuin terveiden verrokkien ( p
= 0,603, p
= 0,506 ja p
= 0,510 vastaavasti), joten se ei anna merkittävää riskiä mahasyövän. Myös alleelin taajuus (A vs. G) syöpäpotilailla ei merkitsevästi poikkesi terveiden verrokkien ( p
= 0,337) eikä anneta riskiä mahasyövän kehittämiseen (taulukko 2).

genotyyppi frekvenssijakauma, (AA vs. TT, TA ja TA + TT) ja MMP-1.3 polymorfismi potilasryhmässä ei ollut merkittävästi erilainen kuin terveiden verrokkien ( p
= 0,626, p
= 0,999 ja p
= 0,806 vastaavasti), joten se ei anna merkittävää riskiä mahasyövän. Myös alleelin taajuus (T vs. A) jakelu syöpäpotilailla ja valvonta eivät olleet merkittäviä ( p
= 0,927) (taulukko 2).

Potilaan MMP-1.4 polymorfismi, genotyypit (TT vs. TC, CC ja TC + CC) oli samanlainen jakeluun, joka nähdään valvonta ( p
= 0,474, p
= 0,424 ja p
= 0,388 vastaavasti) ei näy yhtään yhdistys mahasyövän riskiä. Myös jakauma alleelin taajuus (T vs. C) potilaiden ja verrokkien ei ollut tilastollisesti erilainen ( p
= 0,357), joka osoittaa edelleen puuttuminen yhdessä mahalaukun syövän riski (taulukko 2).

MMP-1,5 polymorfismi genotyyppi taajuuksilla (TT vs. TC, CC ja TC + CC) potilailla oli niinikään jaettu että valvonnan ( p
= 0,329, p
= 0,358 ja p
= 0,228 vastaavasti) ei ilmene merkittävää riskiä mahasyövän. Myös jakauma alleelin taajuus (T vs. C) sekä potilaiden ja verrokkien ei ollut merkitsevää eroa ( p
= 0,469) (taulukko 2).

Association between Yksittäiset SNP MMP -1 sekä demografiset ja kliinis-ajankohtana mahasyövän Diagnoosi

Associations tutkittiin jokaisen polymorfismin ja demografiset ja kliinis-mahasyövän potilaiden ja verrokkien (taulukko 3). MMP-1.1, MMP-1,2, MMP-1,3, MMP-1.4 ja MMP-1,5 polymorfismien ei mitään merkitystä määritettäessä mahasyövän riski kaikenikäisille, sukupuolen tai tupakkatuotteiden riippuvuutta tila.

MMP- 1.1 ja MMP-1.2 polymorfismien ei anneta mitään merkittävää riskiä kasvaimen sijainti tai aste syövän etenemisen mahasyövän (taulukko 3). Kuitenkin potilaat kuljettaa yhdistelmää AG ja GG-genotyyppi MMP-1,2 polymorfismi merkittävästi jaetaan histologisia alatyyppejä syövän ja verrokkeja suurempi riski huonosti eriytetty (PD) karsinoomat ( p
= 0,001, OR = 3,803, CI = 1,69-8,56) (taulukko 3).

MMP-1,3 polymorfismi, potilaat kuljettaa yhdistelmää TA ja TT genotyypit olivat alttiimpia alemman mahasyöpä (alempi & keskivartalon, antrum ja pylorus mahalaukun ) ( p
= 0,043, OR = 2,18, CI = 1,03-4,64). Myös yhdistelmä TA ja TT-genotyyppien havaittiin useammin mahasyövän potilailla, joilla on 10 tai enemmän metastaattinen imusolmukkeiden ( p
= 0,021, OR = 3,044, CI = 1,187-7,807), mikä viittaa siihen, että T alleeli oli haitallisia vaikutuksia mahalaukun syövän etenemisessä ja varhainen etäpesäkkeiden (taulukko 3).

MMP-1.4 polymorfismi, jakelu TC ja CC genotyypit potilailla, joilla on eri kasvain paikoissa vatsassa oli saavuttamassa tilastollinen merkittävää yhteyttä riskiä alemman mahasyöpä ( p
= 0,075, OR = 1,969, CI = 0,94-4,15) (taulukko 3). Ristiriidassa MMP-1,3 polymorfismi, potilaat kuljettaa yhdistelmää TC ja CC genotyyppien antoi suojan alueellisen imusolmuke etäpesäke ( p
= 0,026, OR = 0,34, CI = 0,13-0,88) lisäksi etäpesäkkeiden ( p
= 0,061, OR = 0,49, CI = 0,24-1,03) mahalaukun syöpä (taulukko 3).

MMP-1,5 polymorfismi, yhdistelmä TC ja CC genotyyppien osoittivat merkittävää yhdessä sijainti mahan kasvain. Potilaat kuljettaa yhdistelmää TC ja CC genotyypit olivat alttiimpia alemman mahasyöpä ( p
= 0,034, OR = 2,22, CI = 1,06-4,07) (taulukko 3).

kerrostuminen analyysi SNP ja alavatsan kasvaimen muodostumisen, tutkimus olisi saavuttanut teho 80% (Z-alfa = 1,645, alfa = 0,05) 89 alavatsan tapauksissa alavatsan ja ylemmän vatsan näytteen suhde 0,505 ja 35% alttiina ylempi vatsa potilaita Riskimuodon ottaa OR 2,5.

genotyyppi Taajuus kaksi liittyy loci MMP-1 SNP ja riski syöpään

arvioida yhdistetyt vaikutukset kaksi liittyy loci on syöpäriski, yksittäisinä SNP ei anneta riskiä mahalaukun syövän kehittymisen, yhdistetyt genotyyppi taajuudet verrattiin potilaiden ja verrokkien. Jakamiin pariksi loci taajuuksien vieressä polymorfismien havaittiin nousevaan järjestykseen variantin alleelin ja yhdistysten tutkittiin. Ei ollut annoksesta riippuvainen yhdistys havaittu, määrä variantin alleelin nostettiin yhdistämiseksi vierekkäisten pariksi loci (taulukko 4).

kytkentäepätasapaino- välillä SNP MMP-1 promoottori ja haplotyyppifrekvenssejä kanssa Alttius mahalaukun syöpä

Kaikki polymorfismien MMP-1-geenin promoottori arvioitiin kytkentäepätasapaino- (LD) välillä polymorfismien ja tunnistaa yhteisiä haplotypes läsnä potilaan ja valvontaa ikäryhmät. Alueella oli pieni huomattavia LD välillä polymorfismien, paitsi MMP-1.4 ja MMP-1,5, jotka olivat täysin LD siinä tapauskontrollitutkimuksessa kohortti (kuva 1) (Sen kytkentäepätasapaino- lohkomääritysten perustuivat menetelmä Gabriel et ai.
) [32]. Kuusitoista haplotypes tunnistettiin taajuudella suurempi kuin 1% sekä hallita ja potilasryhmässä mukaan lukien kaikki viisi markkereita, jotka kattavat MMP-1-geenin promoottori. Pidennetty haplotyypin frekvenssijakaumat MMP-1 polymorfismien eivät olleet merkittäviä välillä mahasyövässä potilaiden ja verrokkien ja mikään näistä haplotyyppien siirrettävä riski mahasyövän esiintymisen (tuloksia ei ole esitetty).

toiminnallinen Haplotyyppifrekvenssianalyysi Effects of MMP-1 polymorfismit "Lower mahatuumori Formation

kuusitoista haplotypes tunnistettiin taajuudella suurempi kuin 1% ja luokiteltuna nousevaan järjestykseen polymorfisen variantin alleelien ja analysoitiin geeni-annoksen vaikutus (taulukko S1 File S1). Ero haplotyyppi taajuus oli merkittävä välillä alavatsan mahasyöpäpotilaista ja ylemmän vatsa mahasyövän potilaiden lukumäärä polymorfisen variantin alleelien korotettiin jolloin kasvu riski alavatsan mahasyövän kehityksen korkein OR 2,155, 95% CI = 1,317-3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9.52 yhdistettyjen haplotypes sisältää 4 riski alleelit (taulukko 5).}

tutkiakseen vaikutusta MMP-1: n promoottori polymorfismien geenissä toiminto vertasimme seerumin MMP-1 tason seerumin ELISA potilailla, joilla on alhaisempi mahasyöpä kanssa yhdistetyn riskin haplotypes (jossa on ainakin jokin riski alleeli) vs. ylempi mahasyöpä viitteellä haplotyyppi (1G-AATT). Seerumin MMP-1-proteiinin pitoisuus oli lähes 1,5 kertaa suurempi potilailla, joilla oli alempi mahasyöpä (n = 54) (jossa yhdistetty riski haplotypes) kuin potilailla, joilla on ylempi mahasyöpä (n = 15) (viitaten haplotyyppi; p = 0,024), viittaa toiminnallinen merkitys näiden SNP säätelyssä MMP-1-geenin ilmentymisen ja siellä vaikuttamalla alavatsan syövän synnyn prosessi (kuva 2). Analyysi on toistettu ja vahvistettu päälle lokin mittaustulosten muuntamista (Kuva S2 File S1).

Keskustelu

Vaikka MMP eivät ole onkogeenisiä tai mutageenisiä, ne muuttavat microenvironment ja voivat vaikuttaa prosessiin syövän synnyn ja sen histologian, ja näyttävät indusoitua tasolla transkription aktivaation [33]. Koska jäsen MMP perhe, MMP-1: n on raportoitu olevan tärkeä rooli syövän invaasio kautta yli-ilmentyminen, joka liittyy etäpesäkkeitä ja huonon ennusteen ruokatorven syöpä, munasarjasyöpä, ihon pahanlaatuisen melanooman, peräsuolen syöpä ja mahasyöpä [11 ], [15], [16], [25], [34]. Diffuusi tyyppisiä mahasyöpä yleensä tunnusomaista runsas kerrostuminen kollageenisäikeiden, jotka mahdollisesti vaativat korkeampaa MMP-1-ilmentymisen asianmukainen kudoksen uudelleen ja mikroympäristön [30]. Geneettisen taustan on ehdotettu olevan tärkeä rooli ilmaantuvuutta ja etenemistä mahasyövän [30]. Lisäksi jotkut polymorfisia geenejä, jotka koodaavat metabolisia entsyymejä, ja solusyklin säätölaitteet, kuten metyleeni tetrahydrofolaatti reduktaasin, NADPH: kinoni oksidoreduktaasi ja sykliini D1 on dokumentoitu antaa alttiuden mahasyövän [35] - [37]. Siksi polymorfisia geenejä, yksin, yhdessä muiden kanssa tai vuorovaikutuksessa eksogeeniset riskitekijöitä, voidaan käyttää predicative parametrit seulonta yksilöiden on suuri riski mahasyövän.

Parhaan tietämyksemme mukaan tämä tutkimus yhdistyksen MMP-1 variantteja ja mahalaukun syövän riski kehityksen ja etenemisen itäisen Intian väestö on ensimmäinen laatuaan, jossa on keskittyminen -1607 1G /2G polymorfismi (MMP-1.1), ja lisäksi neljä polymorfismien välillä tämän SNP ja transkription aloituskohdasta. MMP-1-promoottorialueen toiminnallista polymorfismien vastaa sen ilmaisullisella muutoksia on korreloitu erilaisiin tautiprosesseihin. Tästä huolimatta meidän tutkimuksessa MMP-1,1 polymorfismi ja lisäksi neljä muuta SNP: t (MMP-1,1: n, MMP-1,2: n, MMP-1,3: n ja MMP-1,4) promoottorialueella eivät korreloi mahalaukun syövän esiintymistä, mikä viittaa siihen, nämä promoottori variantteja olla alhaisen penetraation riskitekijät mahasyövän. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLoS ONE: valo- ja elektronimikroskopialla Euroopan Beaver (Castor fiber) Vatsa Paljasta Ainutlaatuiset Morfologiset ominaisuudet kanssa Mahdollinen General biologista merkitystä
• PLoS ONE: Self-Raportoitu vatsavaivoja vuonna matkustavilla Cruise-pohjainen ja maalta Package Holidays