PLoS ONE: Matrix metalloproteïnase-1 (MMP-1) Promoter polymorfismen zijn goed verbonden met onderbuik tumorvorming in Oost-Indische Bevolking

Samenvatting

Expressie van matrix metalloproteïnase-1 (MMP-1), een interstitieel collagenase, speelt een belangrijke rol in de cellulaire invasie tijdens de ontwikkeling van maagkanker, een belangrijke doodsoorzaak. Een enkel nucleotide polymorfisme (SNP) -1607 1G /2G plaats van de MMP-1 gen promotor is gerapporteerd transcriptieniveau veranderen. Terwijl andere SNPs het belang in de MMP-1 promoter zijn nog niet onderzocht bij maagkanker, was ons doel om MMP-1 gen promoter polymorfismen en maagkanker gevoeligheid in Oost indianen onderzoeken. Een totaal van 145 patiënten met maagkanker en 145 gezonde controles werden gegenotypeerd voor MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) door PCR-restrictiefragment (RFLP), en MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) en MMP-1 -320 T /C (rs494379) werden gegenotypeerd door DNA sequentiebepaling. Een positieve associatie werd gevonden met MMP-1 -422 T /A SNP die aanzienlijk risico voor de regionale lymfeklier metastase ( P
= 0,021, verhouding Odd's (OR) = 3,044, Betrouwbaarheidsintervallen (CI) = 1,187 toonden -7,807). Daarnaast vonden we een significante associatie met onderbuik tumorvorming bij maagkanker patiënten gedurende drie aangrenzende polymorfismen in de buurt van de transcriptie startplaatsen van [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2,182 CI = 1,03-4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, CI = ,94-4,158) en MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, BI = 1,064-40.731)]. MMP-1 niveau in serum van patiënten werd gecorreleerd met MMP-1 promoter haplotypen verleent deze drie SNPs het functionele belang van deze polymorfismen in onderbuik tumorvorming geëvalueerd en significante correlatie waargenomen. Bovendien, MMP-1 -519 A /G polymorfisme weergegeven slechte celdifferentiatie ( P
= 0.024, OR = 3.8, BI = 1,69-8,56) toeschrijven van een hoger risico op kanker progressie. Tot slot worden MMP-1 proximale promotor SNPs geassocieerd met het risico van een lagere formatie maag tumor en metastase in het oosten van de Indiase bevolking

Visum:. Dey S, N Ghosh, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar S (2014) Matrix metalloproteïnase-1 (MMP-1) Promoter polymorfismen zijn goed verbonden met onderbuik tumorvorming in Oost-Indiase bevolking. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10.1371 /journal.pone.0088040

Editor: Redhwan Ahmed Al Naggar, Population Health en Preventive Medicine, Maleisië

Ontvangen: 2 september 2013; Aanvaard: 3 januari 2014; Gepubliceerd: 5 februari 2014

Copyright: © 2014 Dey et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Financiering:. Sanjib Dey was ontvanger van Senior Research Fellowship uit de Indiase Raad voor medisch Onderzoek (ICMR), India. NG en KK zijn ontvanger van Senior Research Fellowship van de Raad voor Wetenschappelijk en Industrieel Onderzoek (CSIR). Het werk werd ondersteund door subsidie ​​IAP001 van de Raad voor Wetenschappelijk en Industrieel Onderzoek (CSIR), India, NBA07 van de afdeling Biotechnologie (DBT), India. De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Maagkanker is een van de belangrijkste oorzaken van kanker gerelateerde dood in de wereld [1]. Op een wereldwijde schaal, maagkanker (GC) is goed voor ongeveer 800.000 sterfgevallen per jaar. Meer dan 70% van GC gevallen doen zich voor in ontwikkelingslanden en de helft van het wereldtotaal voorkomt in Oost-Azië [1]. Het is een toonaangevende probleem in noord-oostelijke en zuidelijke staten van het Indiase subcontinent [2]. De incidentie van maagkanker varieert van land tot land, waarschijnlijk als gevolg van genetische, epigenetische en omgevingsfactoren. Helicobacter pylori
infectie worden beschouwd als een belangrijke risicofactor in de ontwikkeling van maagkanker name kanker in het onderste deel (noncardia) van de maag [3]. Een gecombineerde analyse van 12 studies van H. pylori Kopen en maagkanker geschat dat het risico van adenocarcinoom in niet-cardia gebieden van het maag bijna zes keer hoger voor H.
pylori geïnfecteerde mensen dan voor niet-geïnfecteerde personen [3].

Recente studies tonen aan dat, carcinogenese een meercellig en meertraps proces waarbij vernietiging van het weefsel micro is een voorwaarde voor omzetting van normaal weefsel tumor [4]. Derhalve moleculaire analyse van het weefsel micro en deregulering tijdens neoplasie is een belangrijke stap om de mechanismen van maligniteit kennen. Matrix metalloproteïnasen (MMPs), geproduceerd door zowel tumorcellen en normale cellen, verandert de micro door afbrekende extracellulaire matrix en daaropvolgende cellulaire signalen leiden tot de vroege stadia van tumorvorming [5]. Verscheidene van de MMP's hebben het unieke vermogen om de interstitiële collagenen (bijvoorbeeld I, II en III), meest overvloedige eiwitten in het lichaam afgebroken. MMP-1 is de meest alom tot expressie interstitieel collagenase [6] en de overexpressie ervan is geassocieerd met verschillende pathologische aandoeningen, met inbegrip van tumorinvasie en metastase [7]. De overexpressie van MMP-1 mRNA is aangetoond in een verscheidenheid van kankers zoals maagkanker, darmkanker en slokdarmkanker [8] - [12]. Overexpressie van MMP-1 eiwit is geassocieerd met een slechte prognose voor slokdarmkanker en colorectale kanker [10], [11]. Dit MMP-1 overexpressie kan worden toegeschreven aan de juxtapositie van transcriptiefactor bindingsplaatsen en coöperativiteit van de factoren die binden aan deze plaatsen in het promotorgebied van MMP-1 gen [13].

De promoter regio MMP-1 bevat een guanine insertie /deletie polymorfisme (1G /2G polymorfisme) op positie -1607 dat de sequentie 5'-GGA-3 ', die een 2G allel genereert. De aanwezigheid van een 2G polymorfisme kan transcriptionele activiteit van endogene MMP-1 te verhogen, omdat de guanine inbrengen creëert een bindingsplaats voor een lid van de Ets transcriptiefactor familie. 2G allel kan bijdragen aan verhoogde invasiviteit van endometriale carcinomen, om de ontwikkeling van eierstokkanker, longkanker en darmkanker [14] -. [21]

Studies in verscheidene andere genen hebben een nieuw paradigma ontvangen die de transcriptie van een gen eerder zal worden beïnvloed door meerdere polymorfismen in het promotorgebied die werken in samenhang met een haplotype effect [22] uitoefenen [23]. Verscheidene andere single nucleotide polymorphisms (-519A /G, -422T /A, -340C /T en -320C /T) in de MMP-1 gen promoter zijn recent geïdentificeerd [24]. Functionele effecten van deze polymorfismen op MMP-1-gen promotoractiviteit werden beoordeeld cellijnen van melanoom (A2058 en A375), borstkanker (MCF7 en MDA-MB-231), longkanker (A549 en H69) en darmkanker ( HT-29, SW-620), door de sterke promoter van de 10 meest voorkomende haplotypen uit deze polymorfismen [24]. Hoewel de verhoogde expressie van MMP-1 werd geassocieerd met lokale invasie en slechte prognose bij maagkanker [25], de rol van MMP-1 promotor SNPs en hun haplotypes in de ontwikkeling van maagkanker is momenteel niet bekend in welke menselijke populatie.

In de huidige studie, voerden we een ziekenhuis op basis van case-control studie naar de associatie van de MMP-1 gen promoter verkennen SNPs [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /A (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1,4) en -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] en hun haplotypes met het risico op maag- ontwikkeling van kanker in een oostelijke Indiase bevolking. We onderzochten ook de relatie tussen de polymorfismen en de klinische en factoren bij maagkankerpatiënten. De studie toonde de mogelijke associatie van MMP-1,3, 1,4-MMP en MMP-1,5 polymorfismen met het risico onderbuik tumorvorming bij maagkanker. Het functionele belang van MMP-1 polymorfismen in onderbuik tumorvorming werd bevestigd door haplotype effecten van deze polymorfismen op MMP-1 expressieniveaus in serum. Echter geen verband met het optreden van maagkanker gevonden voor elk van de bovengenoemde vijf SNPs van de MMP-1 promoter en de verkregen haplotypes

Materialen en Werkwijzen

proefpersonen. Eastern Indian Case-control cohort

De oostelijke Indiase case-control cohort bestond uit 145 maagkanker gevallen en 145 controle individuen. De studie protocols (2008-2014) werden goedgekeurd door de Ethische Review Boards van de Saroj Gupta Cancer Center and Research Institute, Kolkata, afdeling Maag Chirurgie, Medical College en Ziekenhuis, Kolkata, IPGMER, Kolkata ziekenhuizen en de Human ethische commissie van de Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, India. Alle patiënten met een klinische diagnose van maagkanker het bijwonen van het ziekenhuis afdelingen van Gastro-oncologie van het Saroj Gupta Cancer Center and Research Institute, Kolkata, de afdeling Maag Chirurgie, Medical College en Ziekenhuis, Kolkata en de IPGMER, Kolkata in juni 2008 mei 2013 werden geïdentificeerd uit het ziekenhuis registers en nam contact op tijdens de follow-up onderzoek. Alle deelnemers gaven schriftelijk toestemming voor deelname. Patiënten 'demografie, symptomen en tumor sortering werden geregistreerd en bloedmonsters verzameld na het nemen van een klinische geschiedenis en het uitvoeren van klinische en endoscopische onderzoeken. Histologische tumor typen werd bepaald op basis van biopten of resectiepreparaten. De uitsluitingscriteria opgenomen voorgeschiedenis van andere uitgezaaide kanker met uitzondering van maagkanker. Mogelijkheid van maagzweer zonder enige kankerachtige laesie was uitgesloten door histopathologie van de maag laesie. De diagnose van maagkanker en TNM enscenering is gebaseerd op algemeen aanvaarde klinische, histologische, radiologische en immunofluorescentie bevindingen en die van de American Joint Committee on Cancer (AJCC) en de International Union Against Cancer (UICC) criterium [25]. Personen die voorheen waren of die op dit moment zijn verslaafd aan tabak voor ten minste 2 jaar werden gedefinieerd als tabak verslaafd. Personen die een bezoek aan deze ziekenhuizen voor een routinecontrole en die waren zonder geschiedenis of diagnose van elke kanker of genetische aandoeningen werden ook gevraagd om deel te nemen en vrijwillig bloed te doneren voor de studie. Deze onderwerpen werden beschouwd als gezonde controles. Alle van de kankerpatiënten en controle onderwerpen waren niet gerelateerd en van de Indiase nationaliteit van West-Bengalen of de omliggende oostelijke Indiase deelstaten. Deze populatie werd beschouwd als vertegenwoordiger van een oostelijke Indiase bevolking.

DNA-extractie en Serum Collection

Van elk onderwerp, 5 ml van veneuze bloed werden aseptisch in vacutainer buizen (Qiagen, USA) met EDTA getrokken en bewaard bij 4 ° C voorafgaand aan genomisch DNA extractie. Genomisch DNA werd geëxtraheerd uit 3,5 ml volbloed binnen twee weken na bemonstering met een QIAamp DNA Blood Midi Kit (Qiagen, USA) volgens het protocol van de fabrikant. Onmiddellijk na bloedafname, additional1.5 ml volbloed gecentrifugeerd bij 1800 g gedurende 5 minuten om de serum fractie te verkrijgen. Serummonsters werden opgeslagen bij -80 ° C tot analyse

Primers en PCR amplificatie van het promotorgebied van MMP-1 genen

Primers werden ontworpen met FastPCR software (http: //www.. biocenter.helsinki.fi) om promotergebieden van de MMP-1-gen te amplificeren om polymorfismen te analyseren door sequentie (tabel 1). PCR werd uitgevoerd in een PCR SPRINT Thermal Cycler (Thermo Electron Corporation, Japan). De doelsequentie werd geamplificeerd in een 25 pl reactievolume bevattende 10-20 ng genomisch DNA, 0,2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 0,3 pM van elke primer, en 1,0 eenheden van Taq DNA polymerase (Fermentas Taq DNA polymerase, Fermentas, USA). De PCR amplificatie werd uitgevoerd met 35 cycli van denaturatie bij 94 ° C gedurende 30 seconden, annealen bij uitbreiding bij 72 ° C gedurende 30 s uitgevoerd bij 58 ° C-59 ° C gedurende 1 min (Tabel 1) en vervolgens na de eerste activering stap van 94 ° C gedurende 5 minuten. PCR-fragmenten werden geanalyseerd vergelijking met 100 bp DNA ladder (Fermentas, USA) op een ethidiumbromide gekleurde 1,5% agarosegel (Cat No. 014.011, Sisco Research Laboratories, India) looptijd van 60 minuten bij 100 V.

genotypering

Voor genotypering door sequentiebepaling, werden alle niet opgenomen dNTPs gedefosforyleerd en niet opgenomen primers werden uit het PCR product met garnaal alkalisch fosfatase (Fermentas, USA) en verwijderd exonuclease-I enzym (Fermentas, USA). PCR-producten werden voor sequentiebepaling met BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA) en gesequenced met behulp van een ABI PRISM 3100 genetische analysator (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.) Volgens het protocol van de fabrikant. De PCR amplicon werd gesequenst in beide richtingen met voorwaartse en achterwaartse PCR-primers waardoor voorkomen wordt dat compressie-artefacten. Sequencing chromatogrammen werden geanalyseerd met behulp Sequence Scanner v1.0 software (Applied Biosystems, USA) wijzigingen van de nucleotiden en dus genotypen te analyseren

De MMP-1,1 1G /2G polymorfisme werd gegenotypeerd door PCR -.
restrictiefragment (RFLP) onder toepassing AluI
enzym (New England Biolabs, Inc. (NEB); Ipswich, MA)., zoals eerder is beschreven [26]

enzym- linked immunosorbent assay (ELISA)

Serum MMP-1 eiwitniveau (pro en actief) bij patiënten met maagkanker bovenste niet-risico haplotypen en lagere maagkanker met risico haplotypen (één of meer risico allelen) vergeleken met een algemeen verkrijgbare MMP-1 ELISA kit (ab10063, Abcam, USA) volgens instructies van de fabrikant. Serummonsters werden verdund (v /v 01:05) in test verdunningsmiddel verschaft in de kit. Kort samengevat, 100 ul van de standaarden, spaties en verdund serum monster werden gepipetteerd in het anti-humaan MMP-1 voorgelakt 96 putjes voorziene plaat in de kit en gedurende 2,5 uur bij 37 ° C. Na verscheidene wassingen werd gebiotinyleerd anti-humaan MMP-1 antilichaam (verdund 1:1000) aan de putjes toegevoegd en de plaat werd gedurende 1 uur bij kamertemperatuur geroerd. Na het wegwassen van ongebonden gebiotinyleerd antilichaam wordt HRP-geconjugeerd streptavidine gepipetteerd in de putjes. De plaat werd opnieuw geïncubeerd gedurende 45 min. Na uitgebreid wassen werd 100 ui van het substraat tetramethylbenizidine was pipet in elk putje en de plaat werd gedurende 30 minuten in het donker bij kamertemperatuur (25 ° C). Een stop oplossing werd na afloop toegevoegd. Elk monster werd in duplo getest. De extinctie van de blanco monsters en standaarden werden afgelezen op een microplaat reader bij een golflengte van 450 nm. Het niveau van MMP-1 eiwit in de monsters werd verkregen door vergelijking met de standaardcurve, gegenereerd uit standaard door de fabrikant geleverd. De minimale detecteerbare hoeveelheid MMP 1 was 8 pg /ml.

Statistische analyse

Statistische analyse werd uitgevoerd met het SPSS software (versie 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, USA ). Significante verschillen tussen leeftijd bij interview voor controles en leeftijd bij diagnose van kanker gevallen werden beoordeeld met behulp van t-test van de Student's voor de vergelijking van de middelen met behulp van GraphPad InStat3 software (GraphPad Software, Inc., San Diego Californië USA). Hardy-Weinberg evenwicht (HWE) analyses werden uitgevoerd om te vergelijken waargenomen en verwachte allel frequenties met behulp van een chi-kwadraat test voor de controles om ervoor te zorgen dat elke marker was in evenwicht ( p Restaurant > 0,05). De minor allel frequentie (MAF) ( -model
optie) en HWE ( -hardy
optie) voor elke SNP werd geschat uit de controlegroep bevolking met behulp van Plink v0.99 [27]. Case-control data werden geanalyseerd met tweezijdige 2 per 2 of 2 per 3 contingentietabellen volgens de genotype van de Pearson chi-square test. De odds ratio (OR) en 95% betrouwbaarheidsinterval (BI) van de genotypen werden berekend uit een multivariate logistisch regressiemodel gecorrigeerd voor leeftijd (continue variabele), geslacht en tabaksverslaving. In deze studie hebben we vastgesteld dat de 1G allel van 1G-1607 2G SNP, het allel van de A-519G SNP, het allel van de T-422A SNP, het T allel van het T-340C SNP en de T allel van het T-320C SNP allelen waren verwijzing. De resultaten werden geëvalueerd met daarboven allelen als referentie met behulp van de multinomiale logistische regressie model. Analyse van de relatie tussen de SNP genotypen en ziektestatus van GC, het stadium van kanker, histologische classificatie en diepte van tumorinvasie werden getransformeerd tot binaire data (fase I + II versus graad III + IV, goed gedifferentieerd + matig gedifferentieerd vs. slecht gedifferentieerde en T1 + T2 versus T3 + T4). De relatie tussen genotype distributies en tumor diepte of stadium werd ook onderzocht met behulp van een multinomiale logistische regressie gecorrigeerd voor leeftijd (continue variabele), het geslacht en tabaksverslaving als een potentiële verstorende factor. Haplotypefrequenties werden geanalyseerd met het programma Haploview (ver. 4.1, globale Instituut, Chembridge, USA) [28]. Alle resultaten werden beschouwd als statistisch significant als de p
waarde was < 0,05. Een post hoc vermogen berekening is uitgevoerd om de statistische power van deze studie te testen volgens de methode van Schlesselman, JJ [29].

Resultaten

Beschrijving van de studiepopulatie

De onderzoekspopulatie bestond uit 145 maagkanker patiënten met 112 (77,2%) mannen en 33 (22,8%) vrouwen met een leeftijd van 42,6-65,8 jaar, evenals 145 controlepersonen met 81 (55,9%) mannen en 64 (44,1%) vrouwen met een leeftijd van 34,5-62,5 jaar. Patiënten en controlepersonen werden afgeleid van dezelfde geografische locatie en zijn representatief voor een oostelijke Indiase bevolking. Er waren statistisch significante verschillen in de verdeling van mannen en vrouwen ( p Restaurant < 0,001) en de leeftijd ( p Restaurant < 0,0001) tussen patiënten en controles. Ook, aanzienlijk meer tabak-verslaafde individuen (p < 0,0001) waren aanwezig bij de patiënten (68,3%) in vergelijking met de controlegroep (28,3%). Dus, in de loop van de risico-inschatting, werden een leeftijd, geslacht en-verslaving gecorrigeerde odds ratio's berekend.

Detectie van single nucleotide polymorphisms in de MMP-1 Promoter

In de natuur voorkomende, gemeenschappelijke opeenvolging varianten van de MMP-1 genpromotor in gevallen en controles werden doorzocht door directe DNA-sequentiebepaling. Aanpassing van de sequentie chromatogram met de MMP-1 gen promoter contig sequentie (Genebank toetreding no AF023338) bevestigde de SNP posities bij -1607 (1G /2G, dat wil zeggen, G invoegen /verwijderen), -519 (A /G), -422 (T /A), -340 (T /C) en -320 (T /C) (Figuur S1 S1 File). MMP-1,1 genotypering door PCR-RFLP werd vervolgens uitgevoerd onder maagkanker patiënten en controles. Figuur S1A (File S1) toont een typische PCR-RFLP patroon. Het 269 bp doelwit gebied van de MMP-1 gen promoter werd met PCR geamplificeerd en gedigesteerd met AluI
, waarbij de 1G allel gesplitst tot twee fragmenten van 241 bp en 28 bp te genereren. De 2G-allel niet verteren met AluI
. Heterozygoot genotype vertoonden drie banden van 269 bp, 241 bp en 28 bp (figuur S1A in S1 File). MMP-1,2, 1,3-MMP, MMP-1,4) en MMP-1,5 werden gegenotypeerd door DNA sequentie (Figuur S1B in File S1). De MMP-1,1 genotype analyse van DNA sequentiebepaling werd beperkt tot een pilotstudie en voor 10% van de bevolking hercontrole. Alle genotypering werd uitgevoerd onder 145 patiënten en 145 controles.

Associatie tussen individuele SNPs van MMP-1 promotor en maagkanker Risk

Het genotype verdelingen van MMP-1 polymorfismen waren in overeenstemming met de Hardy- Weinberg-evenwicht (HWE). De studie zou een vermogen van 80% hebben bereikt (Z-alpha = 1,645, voor alpha = 0,05) met 145 gevallen, case-control-ratio van 1,0 en 10% blootgesteld controle om het risico-allel met OR van 2.31.

MMP-1.1 polymorfisme toonde geen significant verschil in de distributie van genotypen (1G1G vs. 1G2G, 2G2G en 1G2G + 2G2G) tussen patiënten en controles ( p
= 0.430, p
= 0,465 en p
= 0,411 respectievelijk). Ook het allel frequentieverdeling (1G vs 2G) was niet significant tussen patiënten en controles ( p
= 1,000), en dus geen risico op gastrische kanker ontwikkeling (Tabel 2) verlenen. Het is ook opmerkelijk dat de 2G-allel was de belangrijkste allel in deze populatie en namen we het als een risico-allel als vele andere studies hebben eerder beschouwden het als een risico-allel [14], [30], [31].

maagkankerpatiënten, de frequentie van de MMP-1,2 AG, O en AG + GG genotypen niet significant verschilden van gezonde controles ( p
= 0,603, p = 0,506 en
p
= 0.510 respectievelijk) en dus geen significant risico op maagkanker te verlenen. Ook werden de allelfrequentie (A tegen G) bij kankerpatiënten niet significant van gezonde controles ( p
= 0,337) en niet toekende risico op kankerontwikkeling maag (tabel 2).

het genotype frequentieverdeling (AA vs. TT, TA en TT + TA) van de MMP-1,3 polymorfisme in de patiëntengroep was niet significant verschillend van gezonde controles ( p
= 0,626, p
= 0,999 en p
respectievelijk = 0,806) en dus niet verleent geen significant risico op maagkanker. Ook de allelfrequentie (T vs. A) verdeling bij kankerpatiënten en controles waren niet significant ( p
= 0,927) (Tabel 2).

Voor patiënten MMP-1,4 polymorfisme genotypes (TT vs. TC, CC en TC + CC) vertoonde een soortgelijke verdeling met die in de controlegroep ( p
= 0,474, p
= 0,424 en p
= 0,388 respectievelijk) toont geen vereniging voor de maag risico op kanker. Ook de verdeling van allelfrequentie (T vs. C) bij alle deelnemers was niet statistisch verschillend ( p
= 0,357), toont verder de afwezigheid van associatie met maag kankerrisico (tabel 2).

MMP-1.5 polymorfisme genotype frequenties (TT vs. TC, CC en TC + CC) bij patiënten werd op dezelfde wijze verdeeld onder die van de controles ( p
= 0,329, p
= 0,358 en p
= 0,228 respectievelijk) toont geen significant risico op maagkanker. Ook de verdeling van allelfrequentie (T vs. C) bij patiënten en controles was niet significant verschillend ( p
= 0,469) (Tabel 2).

associatie tussen individuele SNPs MMP -1 evenals demografische en klinisch-pathologische kenmerken op het moment van maagkanker Diagnose

Verenigingen werden onderzocht tussen elk polymorfisme en de demografische en klinisch-pathologische kenmerken van maagkanker patiënten en controles (tabel 3). MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 en MMP-1.5 polymorfismen leverde geen rol spelen bij het bepalen van de maag risico op kanker voor elke leeftijdsgroep, geslacht of tabak-verslaving-status.

MMP 1,1 en 1,2 MMP-polymorfismen geen betekenisvolle risico tumorlocatie of mate van tumorprogressie bij maagkanker (tabel 3) is verbonden. Maar patiënten dragen combinatie van AG en GG genotype van MMP-1.2 polymorfisme significant werden verdeeld onder histologische subtypes van kanker en toonde significant groter risico voor slecht gedifferentieerde (PD) carcinomen ( p
= 0,001, OR = 3,803, CI = 1,69-8,56) (tabel 3)

Voor MMP-1.3 polymorfisme, patiënten dragen combinatie van TA en TT genotypen waren een groter risico van lagere maagkanker (lagere &. middelste lichaam, antrum en pylorus van de maag ) ( p
= 0,043, OR = 2,18, CI = 1,03-4,64). Ook waren de combinatie van TA en TT genotypen voorkomen bij patiënten met maagkanker 10 of meer metastatische lymfeknopen ( p
= 0,021, OR = 3,044, Cl = 1,187-7,807), wat suggereert dat T allel had nadelige gevolgen maagkanker progressie en metastase vroege (tabel 3).

voor MMP-1,4 polymorfisme, de verdeling van TC en CC genotypes bij patiënten met tumor verschillende locaties in de maag dicht bij het bereiken van een statistisch significant verband met het risico van lagere maagkanker ( p
= 0,075, OR = 1,969, BI = 0,94-4,15) (tabel 3). In tegenstelling tot MMP-1.3 polymorfisme, patiënten die een combinatie van TC en CC genotypes gaf bescherming tegen regionale lymfeklier metastase ( p
= 0,026, OR = 0,34, CI = 0,13-0,88) in aanvulling op metastasen op afstand ( p
= 0,061, OR = 0,49, CI = 0,24-1,03) maagkanker (tabel 3).

Voor MMP-1,5 polymorfisme, een combinatie van TC en CC genotypen toonden een significante associatie met de locatie van de maag tumor. Patiënten die een combinatie van TC en CC genotypen waren een groter risico van lagere maagkanker ( p
= 0,034, OR = 2,22, CI = 1,06-4,07) (tabel 3).

In stratificatie analyse van SNPs en onderbuik tumorvorming, zou de studie een vermogen van 80% hebben bereikt (Z-alpha = 1,645, voor alpha = 0,05) met 89 onderbuik gevallen, onderbuik en bovenbuik monster verhouding van 0,505 en 35% blootgesteld bovenbuik patiënten om het risico-allel met OR van 2,5.

Genotype Frequentie twee Linked loci van MMP-1 SNPs en risico voor maagkanker

om de gecombineerde effecten van twee gekoppelde loci evalueren over het risico van kanker, als individuele SNPs geen risico verlenen voor gastrische ontwikkeling van kanker, de verenigde genotype frequenties dan bij alle deelnemers. Uitkeringen van gepaarde loci frequenties voor aangrenzende polymorfismen werden waargenomen met oplopende volgorde van variant allel en verenigingen werden onderzocht. Er werd geen dosis-afhankelijke associatie waargenomen, het aantal variant allel werd verhoogd voor een combinatie van aangrenzende gekoppelde loci (tabel 4).

verbindingsevenwichtsafwijking tussen de SNPs van MMP-1 promotor en haplotypefrequenties met de gevoeligheid voor maagkanker

Alle polymorfismen in MMP-1-genpromotor werden onderzocht om allelische associatiestudies (LD) tussen de polymorfismen en gemeenschappelijke haplotypen aanwezig in de patiënt en controle cohorten identificeren. De regio toonde laag tot aanzienlijke LD tussen de polymorfismen, met uitzondering van MMP-1.4 en MMP-1.5, die in volledige LD in de case-control studie cohort waren (figuur 1) (De koppeling onevenwichtigheid blokdefinities waren gebaseerd op de methode van Gabriel et al.
) [32]. Zestien haplotypes werden geïdentificeerd met een frequentie hoger dan 1% in zowel de controle en patiëntenpopulatie, waaronder alle vijf markeringen die de MMP-1 genpromotor. De uitgebreide haplotype frequentieverdeling van MMP-1 polymorfismen waren niet significant tussen maagkanker patiënten en controles die geen van verleende risico op maagkanker haplotypen voorkomen (gegevens niet getoond).

haplotype Functionele Effecten van MMP-1 polymorfismen 'op onderbuik tumorvorming

Zestien haplotypes werden geïdentificeerd met een frequentie groter dan 1% en ingedeeld naar oplopende polymorfe variant allelen en geanalyseerd op gen-doseringseffect (Tabel S1 S1 File). Het verschil in het haplotype frequentie was significant tussen onderbuik maagkankerpatienten en bovenbuik maagkanker patiënten het aantal polymorfe variant allelen verhoogd wat resulteert in de toename van het risico voor onderbuik maagkanker ontwikkeling met de hoogste OR van 2,155, 95% CI = 1,317-3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 voor gecombineerde haplotypes met 4 risico-allelen (tabel 5).}

om de impact van MMP-1 promotor polymorfismen op het gen functie te onderzoeken , vergeleken we serum MMP-1 niveau van serum ELISA bij patiënten met lagere maagkanker met gecombineerde risico haplotypen (met ten minste één risico-allel) vs. bovenste maagkanker met de referentie-haplotype (1G-AATT). Het serum MMP-1 eiwitconcentratie was bijna 1,5 maal hoger bij patiënten met verminderde maagkanker (n = 54) (gecombineerde risico haplotypen) dan patiënten met bovenste maagkanker (n = 15) (onder verwijzing haplotype; p = 0,024), suggereert het functionele belang van deze SNPs in de regulatie van MMP-1 genexpressie en er door beïnvloeding van de onderbuik carcinogeneseproces (figuur 2). De analyse is herhaald en bevestigd na log transformatie van de data (Figuur S2 in S1 File).

Discussie

Hoewel MMP's zijn niet oncogene of mutagene, ze veranderen de micro-omgeving en kunnen het proces beïnvloeden van carcinogenese en de histologie en lijken te geïnduceerd op het niveau van transcriptionele activatie [33]. Als lid van MMP familie heeft MMP-1 is gerapporteerd dat een belangrijke rol kankerinvasie afspelen via overexpressie, die wordt geassocieerd met metastase en slechte prognose bij slokdarmkanker, ovariale kanker, cutane maligne melanoom, colorectale kanker en maagkanker [11 ], [15], [16], [25], [34]. Diffuse types maagkanker worden gewoonlijk gekenmerkt door een overvloed depositie van collageen vezels, mogelijk die hogere niveaus van MMP-1 expressie voor de juiste weefsel remodellering van de micro [30]. De genetische achtergrond is gesuggereerd dat een belangrijke rol in de incidentie en progressie van maagkanker [30] spelen. Bovendien hebben sommige polymorfe genen die coderen voor metabole enzymen en celcyclus regulatoren, zoals methyleen tetrahydrofolaat reductase NADPH: hebben chinon oxidoreductase en Cycline D1 werden gedocumenteerd om een ​​gevoeligheid verlenen tegen maagkanker [35] - [37]. Daarom polymorfe genen, alleen, in combinatie met anderen of door interactie met exogene risicofactoren kunnen worden gebruikt als voorspellende parameters voor het screenen van individuen met een hoog risico op maagkanker.

Naar ons beste weten is deze, studie van de vereniging van MMP-1-varianten en de kans op maag- ontwikkeling en progressie van kanker in een oostelijke Indiase bevolking is de eerste in zijn soort met een focus op een -1607 1G /2G polymorfisme (MMP-1.1), en nog eens vier polymorfismen tussen deze SNP en de transcriptie start site. MMP-1 promotorgebied functioneel polymorfismen belast zijn expressional veranderingen gecorreleerd met diverse ziekteprocessen. Desondanks, in onze studie MMP-1,1 polymorfisme en daarnaast vier SNP's (MMP-1,1, MMP-1,2, MMP-1,3 en MMP-1,4) in het promotorgebied zijn niet gecorreleerd met maagkanker voorkomen, suggereert deze promotor varianten zijn lage factoren penetrantie risico op maagkanker. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLoS ONE: Licht en elektronenmicroscopie van de Europese bever (Castor fiber) Maag Reveal Unieke morfologische kenmerken met eventuele algemene biologische Significance
• PLoS ONE: Self-Reported maagklachten in Reizigers on-Cruise Based en land-based Package Holidays