PLoS ONE: Матрица металлопротеиназы-1 (ММР-1) Promoter Полиморфизм слабо связаны с Нижней опухолевого Формирование Желудок в восточной части Индийского Population

Абстрактный
<р> Выражение матричных металлопротеиназ-1 (MMP-1), межстраничное коллагеназы, играет важную роль в клеточном вторжения во время развития рака желудка, ведущей причиной смерти во всем мире. Одиночная-нуклеотидного полиморфизма (SNP), сайт -1607 1G /2G промотора гена ММР-1, как сообщается, изменять уровень транскрипции. В то время как из других ОНП важности находится в промотором ММР-1 до сих пор не изучены при раке желудка, наша цель состояла в том, чтобы исследовать ММР-1 промотор гена полиморфизма и желудка, предрасположенность к раку в восточной части индийского населения. В общей сложности 145 больных раком желудка и 145 здоровых для генотипирования MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) с помощью ПЦР-длины рестрикционных фрагментов полиморфизм (ПДРФ), в то время как ММР-1 -519 A /G (rs1144393), ММР -1 -422 T /A (rs475007), ММР-1 -340 T /C (rs514921) и ММР-1 -320 T /C (rs494379) генотипирования путем секвенирования ДНК. Положительная связь была обнаружена с ММР-1 -422 T /A SNP, которые показали значительный риск для регионального метастазирования лимфатических узлов ( P
= 0,021, коэффициент нечетного (или) = 3,044, доверительные интервалы (CI) = 1.187 -7,807). Кроме того, мы обнаружили значительную связь с образованием опухоли нижней желудка среди больных раком желудка в течение трех соседних полиморфизмов вблизи начала транскрипции участков [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2,182 , CI = 1.03-4.643), ММР-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, CI = 0.94-4.158) и ММР-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, CI = 1.064-40731)]. ММР-1 в сыворотке пациентов коррелирует с ММР-1 промотор гаплотипы присвоении этим трем ОНП оценить функциональное значение этих полиморфизмов в формировании нижней опухоли желудка и наблюдалась значимая корреляция. Кроме того, ММР-1 -519 A /G полиморфизма отображается плохой дифференциации клеток ( P
= 0,024, OR = 3,8, CI = 1.69-8.56) отнесение более высокий риск прогрессирования рака. В заключение, MMP-1 Проксимальный промотор ОНП связаны с риском формирования нижней опухоли желудка и узла метастаза в восточной части индийского населения
<р> Цитирование:. Дей S, N Гош, Саа D, Кеш K, Гупта А, Swarnakar S (2014) Матрица металлопротеиназы-1 (ММР-1) Promoter Полиморфизм слабо связаны с Нижней опухолевого Формирование Желудок в восточной части индийского населения. PLoS ONE 9 (2): e88040. DOI: 10.1371 /journal.pone.0088040
<р> Редактор: Redhwan Ахмед Аль-Наггар, здоровье населения и профилактической медицины, Малайзии
<р> Поступила: 2 сентября 2013 года; Принято: 3 января 2014 года; Опубликовано: 5 февраля 2014
<р> Copyright: © 2014 Дей и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются
<р> Финансирование:. Sanjib Дей был удостоен старший научный стипендий из индийского совета по медицинским исследованиям (ICMR), Индия. NG и KK являются получателем старший научный стипендий от Совета по научным и промышленным исследованиям (CSIR). Работа выполнена при финансовой поддержке гранта IAP001 Совета по научным и промышленным исследованиям (CSIR), Индия, NBA07 Департамента биотехнологии (DBT), Индия. Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> рак желудка является одной из основных причин рака, связанных смерти в [1] мире. В глобальном масштабе, рак желудка (GC) составляет около 800 000 смертей в год. Более 70% случаев GC происходят в развивающихся странах и половина мирового объема происходит в Восточной Азии [1]. Это является основной проблемой в северо-восточных и южных штатах Индийском субконтиненте [2]. Заболеваемость раком желудка варьируется от страны к стране, вероятно, в результате генетических, эпигенетических и экологических факторов. хеликобактерной
инфекция рассматривается как главный фактор риска в развитии рака желудка особенно рака в нижней части (некардиальной) желудка [3]. Совместный анализ 12 исследований H. пилори
и рак желудка подсчитали, что риск развития аденокарциномы в непромышленной кардии областях желудка было почти в шесть раз выше, H. Pylori
-infected людей, чем для неинфицированных людей [3].
<р> Последние исследования показывают, что, канцерогенез является многоклеточным и многоступенчатый процесс, в котором разрушение микроокружения ткани является необходимым условием для превращения нормальная ткань опухоли [4]. Следовательно, молекулярный анализ микросреды ткани и ее дерегулирования во время неоплазии является ключевым шагом, чтобы знать механизмы злокачественной опухоли. Матричные металлопротеиназы (ММР), производимые как опухолевых и нормальных клеток, изменяют микросреду путем разрушения внеклеточного матрикса, и последующие клеточные сигналы приводят к ранней стадии формирования опухоли [5]. Некоторые из ММР обладают уникальной способностью разлагать интерстициальные коллагены (например, I, II, и III), наиболее обильные белки организма. ММР-1 является наиболее выраженный интерстициальный Повсеместно коллагеназы [6] и его избыточная экспрессия связана с несколькими патологическими состояниями, в том числе опухолевой инвазии и метастазирования [7]. Сверхэкспрессия ММР-1 мРНК была продемонстрирована в различных видов рака, таких как рак желудка, колоректальный рак и рак пищевода [8] - [12]. Избыточная экспрессия ММР-1 белка ассоциируется с плохим прогнозом рака пищевода и колоректального рака [10], [11]. Это ММР-1 избыточная экспрессия может быть связано с сопоставлением сайтов связывания транскрипционных факторов и кооперативности среди факторов, которые связываются с этих сайтов в промоторной области гена MMP-1 [13].
<Р> промоторной области ММР-1 содержит вставку гуанин /удаление полиморфизм (1G /2G полиморфизм) в положении -1607, который генерирует последовательность 5'-GGA-3 ', который имеет аллель 2G. Наличие полиморфизма 2G может увеличить транскрипционной активности эндогенных ММР-1, так как введение гуанина создает сайт связывания для члена фактора транскрипции семейства Ets. Аллель 2G может способствовать увеличению инвазивности эндометриальных карцином, к развитию рака яичников, рака легкого и рака толстой кишки [14] - [21].
<Р> Исследования, проведенные в ряде других генов предусмотрели новую парадигму которую транскрипции гена, более вероятно, под влиянием нескольких полиморфизмов, расположенных в области промотора, которые действуют согласованно, чтобы оказывать влияние гаплотип [22], [23]. Несколько других одного нуклеотидных полиморфизмов (-519A /G, -422T /A, -340C /T, и -320C /T) в промотор гена MMP-1 недавно были идентифицированы [24]. Функциональное действие этих полиморфизмов на активность промотора гена ММР-1, были оценены в клеточных линиях меланомы (А2058 и А375), рак молочной железы (MCF7 и MDA-MB-231), рак легкого (А549 и H69), и колоректального рака ( HT-29, SW-620) путем сравнения промотора преимущества 10 наиболее распространенных гаплотипов, полученных из этих полиморфизмов [24]. Несмотря на то, усиленную экспрессию ММР-1 был связан с локальной инвазии и плохим прогнозом при раке желудка [25], роль ММР-1 промотора полиморфизмов и их гаплотипов в развитии рака желудка в настоящее время неизвестно, в какой-либо человеческой популяции.

в настоящем исследовании мы провели исследование случай-контроль на базе больниц, чтобы изучить ассоциацию промотора ММР-1 гена ОНП [-1607 1G /2G (rs1799750) (ММР-1,1), -519A /G (rs1144393) (ММР-1.2), -422T /A (rs475007) (ММР-1,3), -340C /T (rs514921) (ММР-1,4) и -320C /T (rs494379) (ММР-1,5)] и их гаплотипы с риском развития рака желудка в восточной индийского населения. Мы также исследовали связь между полиморфизмом и клинико-патологическими факторами, среди больных раком желудка. Исследование показало, предполагаемую ассоциацию ММР-1.3, MMP-1,4, и ММР-1,5 полиморфизмы с риском образования опухолей нижней желудка при раке желудка. Функциональное значение ММР-1 полиморфизмов в формировании нижней опухоли желудка было подтверждено гаплотипов эффекты этих полиморфизмов на уровни экспрессии ММР-1 в сыворотке крови. Тем не менее, ни одна ассоциация с возникновением рака желудка не было найдено для любого из вышеуказанных пяти полиморфизмов промотора ММР-1 и их результирующих гаплотипов

Материалы и методы

Учебные предметы.: Восточная Индийская случай-контроль когорта
<р> восточный индийский когорты случай-контроль состоял из 145 случаев рака желудка и 145 лиц управления. Протоколы исследований (2008-2014) были одобрены этической экспертизы советов по рака Центра Сародж Гупта и научно-исследовательский институт, Калькутте, отделение желудочной хирургии, медицинского колледжа и больницы, Калькутте, IPGMER, Калькутте больницы и Комитета по этике человека из Индийский институт химической биологии, Калькутта, Индия. У всех пациентов с клиническим диагнозом рака желудка, посещающих отделения больницы гастроэзофагеальной онкологии Сародж Гупта онкологического центра и научно-исследовательский институт, Калькутта, Департамент желудочной хирургии, медицинского колледжа и больницы, Калькутте и IPGMER, Калькутта в июне 2008 года по Май 2013 были идентифицированы из больничных реестров и связался во время последующих исследований. Все участники дали письменное информированное согласие на участие. Пациентов демографические данные, симптомы и опухоль классификации были записаны и образцы крови собирали после взятия истории болезни и проведения клинических и эндоскопические исследования. Гистологическое типирование опухоли определяли на основании биопсии или резекции образцов. Критерии исключения включали предыдущую историю другой метастазы рака, кроме рака желудка. Возможность язвенной болезни без каких-либо раковой поражения были исключены гистопатологией поражения желудка. Диагноз рака желудка и TNM постановка была основана на общепринятых клинических, гистологических, радиологических и иммунофлуоресцентных выводы и что американского Объединенного комитета по вопросам рака (AJCC) и критерия Международного союза по борьбе с раком (UICC) [25]. Лица, которые раньше были или которые в настоящее время уже пристрастившихся к табаку в течение по крайней мере 2-х лет были определены как табак увлекаются. Лица, посещающие эти больницы для рутинной проверки и которые были без истории или диагностики любого рака или генетических заболеваний, также было предложено принять участие и добровольно сдать кровь для исследования. Эти вопросы были рассмотрены здоровых лиц. Все больные раком и контрольной группой не были связаны и индийской национальности из Западной Бенгалии или окружающих восточных штатах Индии. Это население считается представителем восточного индийского населения.

ДНК Добыча и сыворотка Коллекция
<р> Из каждого субъекта, 5 мл венозной крови были нарисованы асептически в вакуумные пробирки (Qiagen, США), содержащей ЭДТА и хранят при температуре 4 ° с до экстракции геномной ДНК. Геномную ДНК экстрагировали из 3,5 мл цельной крови в течение двух недель после взятия проб с использованием набора QIAamp ДНК крови Midi (Qiagen, USA) в соответствии с протоколом производителя. Сразу же после сбора крови, additional1.5 мл цельной крови центрифугировали при 1800 г в течение 5 мин, чтобы получить сыворотку фракции. Образцы сыворотки хранили при -80 ° С до анализа

Грунты и ПЦР-амплификации промоторной области ММР-1 Гены
<р> Праймеры были разработаны с программным обеспечением FastPCR (HTTP:. //WWW. biocenter.helsinki.fi) с тем, чтобы усилить промоторные области гена ММР-1 с целью анализа полиморфизма с помощью секвенирования (таблица 1). ПЦР проводили в ПЦР СПРИНТА термоциклеру (Thermo Electron Corporation, Japan). Последовательность-мишень амплифицировали в 25-мкл реакционного объема, содержащего 10-20 нг геномной ДНК, 0,2 мМ дНТФ, 10 мМ Трис-HCl (рН 8,3), 50 мМ KCl, 2 мМ MgCl2, 0,3 мкМ каждого праймера, и 1.0 единиц Taq-ДНК-полимеразы (Ферментас Taq-ДНК-полимеразы, Fermentas, США). ПЦР-амплификацию проводили с 35 циклов денатурации при 94 ° С в течение 30 с, отжиг при 58 ° С-59 ° С в течение 1 мин (таблица 1), а также с последующим удлинением при 72 ° С в течение 30 с после начала активации шаг 94 ° С в течение 5 мин. ПЦР-фрагменты анализировали по сравнению с 100 трапа п.н. ДНК (Fermentas, США) по отношению к бромистым этидием 1,5% окрашенных агарозном геле (№ по кат 014011, Сиско Research Laboratories, Индия) в течение 60 мин при 100 В.

генотипирование
<р> Для генотипирования с помощью секвенирования, любые некорпорированные дНТФ были дефосфорилируется и некорпорированные праймеры были удалены из продукта ПЦР с помощью щелочной фосфатазы креветки (Fermentas, США) и экзонуклеазы-I фермента (Ферментас, США). ПЦР-продукты были использованы для секвенирования с BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, США) и секвенировали с использованием ABI PRISM 3100 генетический анализатор (Perkin-Elmer ABI, Foster City, CA.) в соответствии с протоколом производителя. PCR ампликона секвенировали в обоих направлениях с прямой и обратной линий ПЦР-праймеров, исключающий возможность артефактов сжатия. Секвенирование хроматограммы были проанализированы с помощью сканера Sequence Software v1.0 (Applied Biosystems, США), чтобы проанализировать изменения нуклеотидов и, следовательно, генотипы
<р> Полиморфизм ММР-1,1 1G /2G был генотипирование с помощью ПЦР -.
полиморфизма длин рестрикционных фрагментов метод (ПДРФ) с помощью AluI
фермент (New England Biolabs, Inc. (NEB); Ипсвич, штат Массачусетс)., как описано ранее [26]

энзимов иммуноферментный анализ (ИФА)
<р> Сыворотка ММР-1 уровень белка (про и активный) у пациентов с раком желудка верхней с не гаплотипов риска, а в нижней рака желудка с гаплотипов риска (содержит один или более аллели риска) сравнивали с использованием коммерчески доступного ММР-1 ELISA набор (ab10063, Abcam, США), в соответствии с инструкцией завода-изготовителя. Образцы сыворотки разводили (1:05 ​​v /v) в аналитическом разбавителе, представленной в наборе. Вкратце, 100 мкл стандартов, пробелов и разбавленного образца сыворотки вносили пипеткой в ​​античеловеческой ММР-1, предварительно покрытый 96-луночный планшет, предусмотренный внутри комплекта и выдерживают в течение 2,5 ч при температуре 37 ° С. После нескольких промываний, биотинилированным анти-человеческого ММР-1 антитела (разбавленный 1:1000) добавляли в лунки и планшет инкубировали в течение 1 ч при комнатной температуре. После вымывания несвязанного биотинилированного антитела, конъюгированные с пероксидазой хрена стрептавидин пипеткой в ​​лунки. Планшет снова инкубировали в течение 45 мин. После тщательного промывания, 100 мкл субстрата tetramethylbenizidine был Налить в каждую лунку, и планшет инкубировали в течение 30 мин в темноте при комнатной температуре (25 ° C). Стоп раствор добавляли по завершении. Каждый образец был испытан в двух экземплярах. Значения оптической плотности заготовок, образцов и стандартов считывали на планшет-ридере при длине волны 450 нм. Уровень ММР-1 белка в образцах был получен путем сравнения со стандартной кривой, полученные от стандарта, поставляемого производства. Минимальный определяемый уровень ММР 1 был 8 пг /мл.

Статистический анализ
<р> Статистический анализ был проведен с использованием программного обеспечения SPSS (версия 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, USA ). Значительные различия между возрастом интервью для контроля и возраста на момент постановки диагноза для случаев рака были оценены с использованием т-теста Стьюдента для сравнения средств с использованием программного обеспечения GraphPad InStat3 (GraphPad Software, Inc., San Diego, California США). Харди-Вайнберга (HWE) проводились анализы для сравнения наблюдаемых и ожидаемых частот аллели с использованием теста хи-квадрат для управления, чтобы гарантировать, что каждый маркер находился в равновесии ( р
> 0,05). Незначительная частота аллеля (МАФ) ( -модели
опция) и HWE ( -hardy
опция) для каждого SNP была оценена с контрольной группой с использованием Plink v0.99 [27]. Данные случай-контроль были проанализированы с помощью двустороннего 2-на-2 или 2-на-3 таблицы сопряженности в соответствии с генотипом по хи-квадрат тест Пирсона. Отношение шансов (OR) и 95% доверительный интервал (ДИ) генотипов были рассчитаны на основе многовариантного модели логистической регрессии с учетом возраста (непрерывная переменная), полу и табачной зависимости. В данном исследовании мы определили, что 1G аллеля 1G-1607 2G SNP, аллель А-519G SNP, аллель Т-422А SNP, Т аллеля SNP T-340C и Т аллель Т-320С SNP были эталонные аллели. Результаты оценивались с выше аллели в качестве эталона с использованием полиномиальной модели логистической регрессии. При анализе взаимосвязи между SNP генотипов и болезни статуса GC, стадии рака, гистологической классификации и глубины инвазии опухоли были преобразованы в двоичные данные (этап I + II + по сравнению с IV стадии III, хорошо дифференцированной + умеренно дифференцированной по сравнению с слабо дифференцированной, и T1 + T2 по сравнению с T3 + T4). Взаимосвязь между распределениями генотипа и глубины опухоли или стадии также оценивали с использованием полиномиальной модели логистической регрессии с поправкой на возраст (непрерывной переменной), полу и табачной зависимости в качестве потенциального сбивающий фактор. Частоты гаплотипов были проанализированы с помощью программы Haploview (вер. 4.1, Broad Institute, ChemBridge, США) [28]. Все результаты считались статистически значимыми, если значение р
было &л; 0,05. Расчет энергии Для постфактум было проведено для проверки статистической мощности данного исследования в соответствии с методом Schlesselman, JJ [29].

Результаты

Описание
Исследование населения <р> Исследуемая популяция состояла из 145 больных раком желудка, имеющих 112 (77,2%) мужчин и 33 (22,8%) женщин с возрастом диапазоне 42.6-65.8 лет, а также 145 субъектов управления, имеющих 81 (55,9%) мужчин и 64 (44,1%) женщин с возрастом диапазоне 34.5-62.5 лет. Пациенты и контрольные субъекты были получены из того же географического положения и представитель восточного индийского населения. Были статистически значимые различия в распределении по полу ( р
&л; 0,001) и возраст ( р
&л; 0,0001) между пациентами и контрольной группы. Кроме того, значительно больше табака увлекаются лиц (р &л; 0,0001) присутствовали среди пациентов (68,3%) по сравнению с контрольной группой (28,3%). Так, в ходе оценки риска, были рассчитали отношения возраст, пол и наркомания скорректированные шансы.

Обнаружение одиночных нуклеотидных полиморфизмов в ММР-1 Организатора

встречающиеся в природе, общей последовательности варианты промотора гена ММР-1 в исследуемой и контрольной поиск путем прямого секвенирования ДНК. Выравнивание последовательности хроматограмме с геном последовательности промотора Contig ММР-1 (Genebank присоединения no- AF023338) подтвердил SNP позиции на -1607 (1G /2G, то есть, G вставки /удаления), -519 (A /G), -422 (Т /а), -340 (T /C) и -320 (T /C) (рис S1 в File S1). ММР-1,1 генотипирование с помощью ПЦР-ПДРФ Затем проводили среди больных раком желудка и контрольной группы. Рисунок S1A (Файл S1) показан типичный образец ПЦР-ПДРФ. 269 ​​п.н. целевой областью промотора гена ММР-1 подвергали ПЦР-амплифицировали и переваривают <ЕМ> AluI
, которая расщепляется аллеля 1G, чтобы генерировать два фрагмента 241 п.н. и 28 пар оснований. Аллеля 2G не переваривают с AluI
. Гетерозиготного генотипа показал три полосы 269 б.п., 241 б.п. и 28 б.п. (Рисунок S1a в файле S1). ММР-1,2, ММР-1,3, ММР-1,4) и ММР-1,5 генотипирования путем секвенирования ДНК (рис s1b в File S1). Анализ генотип ММР-1,1 путем секвенирования ДНК была ограничена пилотном исследовании, а также на 10% населения для перепроверки. Все генотипирование проводили среди 145 пациентов и 145 управления.

Ассоциация между отдельными ОНП ММР-1 Promoter и рака желудка Риск
<р> Распределение генотип ММР-1 полиморфизмов были совместимы с Hardy- Вайнберга (HWE). Исследование достигло бы мощность 80% (Z-альфа = 1,645, для альфа = 0,05) с 145 случаев, коэффициент управления случаем 1,0 и 10% подвергается управление к аллеля риска, имеющих OR 2,31.
<Р> MMP-1,1 полиморфизм не показали существенных различий в распределении генотипов (1G1G против 1G2G, 2G2G и 1G2G + 2G2G) между пациентами и контрольной группой ( р
= 0,430, р
= 0,465 и р
= 0,411 соответственно). Кроме того, распределение частот аллеля (1G против 2G) не было статистически значимым между пациентами и контрольной группой ( P
= 1,000), и, таким образом, не дает никакого риска для развития рака желудка (таблица 2). Следует также отметить, что аллель 2G был главным аллель в этой группе населения, и мы взяли его в качестве аллеля риска, как и многие другие исследования ранее считали его аллель риска [14], [30], [31].
<р> В больных раком желудка, частота ММР-1,2 AG, GG и AG + GG генотипов существенно не отличались от здоровых лиц ( р
= 0,603, р
= 0,506 и р
= 0,510 соответственно), и, таким образом, не дает никакого существенного риска для рака желудка. Кроме того, частота аллеля (А против G) у больных раком были существенно не отличались от здоровых лиц ( р
= 0,337) и не наделять риск развития рака желудка (таблица 2).
<р> распределение частот генотипов (АА по сравнению с ТТ, ТА и ТА + ТТ) полиморфизма ММР-1.3 в популяции пациентов существенно не отличались от здоровых лиц ( р
= 0,626, р = 0,999
и р
= 0,806 соответственно), и, таким образом, не дает никакого существенного риска для рака желудка. Кроме того, частота аллеля (T vs. A) Распределение у онкологических больных и контроля не были значимыми ( р
= 0,927) (таблица 2).

Для пациентов ММР-1,4 полиморфизм, генотипы (ТТ по сравнению с TC, CC и TC + CC) показал аналогичное распределение, которое наблюдалось в контрольной группе ( р
= 0,474, р
= 0,424 и р
= 0,388 соответственно) не показывая никакой связи для желудка риск развития рака. Кроме того, распределение частоты аллеля (T против C) у пациентов контрольной группы статистически не различалось ( р
= 0,357), далее показывает отсутствие какой-либо связи с риском развития рака желудка (таблица 2).
<р> MMP-1,5 полиморфизм частот генотипов (ТТ по сравнению с TC, CC и TC + CC) у пациентов был так же распространен, что контроля ( р
= 0,329, р
= 0,358 и р
= 0,228 соответственно) не показывает значительного риска развития рака желудка. Кроме того, распределение частоты аллеля (T против C) в обоих пациентов контрольной группы достоверно не отличалась ( р
= 0,469) (таблица 2).

Ассоциация между отдельными ОНП ММР -1, а также демографические и клинико-патологическими Особенности во время рака желудка Диагноз
<р> ассоциации были рассмотрены между каждым полиморфизма и демографических и клинико-патологическими особенностями больных раком желудка и контрольной группы (таблица 3). ММР-1,1, ММР-1,2, ММР-1,3, ММР-1,4 и ММР-1,5 полиморфизмы не играет никакой роли в определении риска развития рака желудка для любой возрастной группы, пола или табака наркомании статуса.
<Р> MMP- 1.1 и ММР-1,2 полиморфизмы не предоставляет какого-либо существенного риска для локализации опухоли или степень опухолевой прогрессии в рак желудка (таблица 3). Однако пациенты, несущие сочетание АГ и GG генотип ММР-1.2 полиморфизма были значительно распространены среди гистологических подтипов рака и показали значительно больший риск для слабо дифференцированных (PD) карцином ( р
= 0,001, OR = 3,803, CI = 1.69-8.56) (таблица 3)
<р> Для ММР-1,3 полиморфизма, пациенты, несущие сочетание ТП и ТТ генотипы были подвержены большему риску нижнего рака желудка (нижняя &Amp;. среднего тела, антрального и привратника желудка ) ( р
= 0,043, OR = 2,18, CI = 1.03-4.64). Кроме того, сочетание ТП и ТТ генотипы были обнаружены чаще у больных раком желудка с 10 или более метастатических лимфатических узлов ( р
= 0,021, OR = 3,044, CI = 1.187-7.807), предполагая, что Т аллель оказывает отрицательное воздействие на прогрессирование рака желудка и раннего метастазирования (таблица 3).
<р> для ММР-1.4 полиморфизма, распределение ТС и CC генотипов среди пациентов с разных местах опухоли в желудке был близок к достижению статистическая значимая связь с риском развития рака желудка нижней ( р = 0,075
, OR = 1,969, CI = 0.94-4.15) (таблица 3). Противоречивые к ММР-1.3 полиморфизма, пациенты, несущие комбинацию ТС и СС генотипы дали защиту от регионального метастазирования лимфатических узлов ( р
= 0,026, OR = 0,34, CI = 0.13-0.88) в дополнение к отдаленными метастазами ( р
= 0,061, OR = 0,49, CI = 0.24-1.03) желудочного рака (таблица 3).
<р> Для ММР-1,5 полиморфизма, сочетание ТС и CC генотипов показал значительное ассоциации с расположением опухоли желудка. Пациенты, несущие сочетание ТС и CC генотипов были подвержены большему риску нижнего рака желудка ( р
= 0,034, OR = 2,22, CI = 1.06-4.07) (таблица 3)
. <Р> В анализ стратификации для ОНП и образования опухолей нижней желудка, исследование достигло бы мощность 80% (Z-альфа = 1,645, для альфа = 0,05) с 89-строчных желудка, ниже живота и верхней части образца желудка соотношение 0,505 и 35% подвергаются пациенты верхней желудка к аллеля риска, имеющего или 2.5.

Генотип Частота на двух сцепленных локусов из ММР-1 полиморфизмов и риска для рака желудка
<р> для оценки комбинированных эффектов двух сцепленных локусов на риск развития рака, как индивидуальный ОНП не наделяют риск развития рака желудка, объединенные частоты генотипов сравнивали у пациентов контрольной группы. Распределения парных локусов частот для соседних полиморфизмов наблюдались Обследовано порядке возрастания варианта аллеля и ассоциаций. Там не было никакой зависимости от дозы ассоциации наблюдалось, число вариантов аллеля был увеличен для любой комбинации соседнего парного локусов (таблица 4).

неравновесном сцеплении между ОНП ММР-1 Обр и гаплотипов с восприимчивостью к Рак желудка
<р> Все полиморфизмы промотора гена MMP-1 оценивали неравновесия по сцеплению (LD) между полиморфизмом и для выявления общих гаплотипов, присутствующих в когорт пациентов и контроля. Область показала низкий к существенному LD между полиморфизмом, за исключением MMP-1,4 и ММР-1,5, которые были в полном LD в исследование случай-контроль когорте (Рисунок 1) (Определения блоков неравновесия по сцеплению были основаны на методе Гавриила <эм> и др.
) [32]. Шестнадцать гаплотипы были идентифицированы с частотой выше, чем 1% в контроле и в популяции пациентов, в том числе все пять маркеров, охватывающих промотор гена ММР-1. Расширенные распределение частот гаплотип ММР-1 полиморфизмов не достоверны между больных раком желудка и управления и ни один из этих гаплотипов риск возложенных возникновения рака желудка (данные не показаны).

Функциональные гаплотипов Эффекты ММР-1 полиморфизмов 'на Нижней Желудок опухоли Формирование
<р> Шестнадцать гаплотипы были идентифицированы с частотой выше, чем на 1%, а за счет увеличения классифицированных порядка полиморфных вариантов аллелей и анализировали на ген-дозировка эффекта (таблица S1 в S1 File). Разница в частоте гаплотипа была значительной между нижней желудка больных раком желудка и верхней желудка больных раком желудка, как количество полиморфных вариантов аллелей были увеличены приводит к увеличению риска развития рака желудка ниже желудка с самым высоким ИЛИ 2.155, 95% ДИ = 1.317-3.526, P = 0,0028, χ 2 = 9,52 для комбинированных гаплотипов, содержащих 4 аллели риска (таблица 5).
<р> для того чтобы исследовать влияние ММР-1 промотора полиморфизмов на функции гена мы сравнили уровень сыворотки ММР-1 сывороткой ELISA у пациентов, имеющих более низкий рак желудка с комбинированными гаплотипы риска (имеющий, по меньшей мере, любой один аллель риска) по сравнению с верхней раком желудка с референсным гаплотипа (1G-AATT). Сыворотка ММР-1 концентрация белка была почти в 1,5 раза выше у пациентов с более низким раком желудка (n = 54) (с комбинированным гаплотипов риска), чем у пациентов с верхним раком желудка (n = 15) (с эталонным гаплотипа; р = 0,024), предполагая функциональное значение этих полиморфизмов в регуляции экспрессии генов ММР-1 и там, оказывая влияние на нижний процесс канцерогенеза желудка (рисунок 2). Анализ был повторен и подтверждено при журнале преобразующей данные (рис S2 в File S1).

Обсуждение
<р> Хотя ММР не онкогенными или мутагенными свойствами, они изменяют микросреду и может повлиять на процесс канцерогенеза и его гистологии и по всей видимости, индуцированный на уровне активации транскрипции [33]. Будучи членом семейства MMP, MMP-1, как сообщается, играют важную роль в инвазии рака через сверхэкспрессией, что связано с метастазированием и плохим прогнозом при раке пищевода, рак яичника, кожную злокачественную меланому, колоректальный рак и рак желудка [11 ], [15], [16], [25], [34]. Диффузные типы рака желудка, как правило, характеризуются обильным отложением коллагеновых волокон, возможно, требует более высоких уровней ММР-1 выражение для надлежащего ремоделирование тканей микроокружения [30]. Генетический фон было предложено играть важную роль в заболеваемости и прогрессирования рака желудка [30]. Кроме того, некоторые полиморфные гены, кодирующие метаболические ферменты и регуляторы клеточного цикла, такие как метилентетрагидрофолатредуктаза, NADPH: хинон оксидоредуктазы и циклин D1 были зарегистрированы, чтобы придать восприимчивость к раку желудка [35] - [37]. Таким образом, полиморфные гены, отдельно, в сочетании с другими или через взаимодействие с экзогенными факторами риска, могут быть использованы в качестве предикатных параметров для скрининга лиц с высоким риском развития рака желудка.
<Р> Насколько нам известно, это изучение ассоциации ММР-1 вариантов и риск развития рака желудка и прогрессирования в восточной индийского населения является первым в своем роде, с акцентом на полиморфизмом -1607 1G /2G (ММР-1,1), и еще четыре полиморфизм между этим SNP и сайта инициации транскрипции. функциональные полиморфизмы ММР-1 промоторной области, ответственные за его экспрессивных изменения были соотнесены с различными патологическими процессами. Несмотря на это, в нашем исследовании ММР-1.1 полиморфизма и дополнительно четыре других полиморфизмов (ММР-1,1, MMP-1,2, MMP-1,3 и MMP-1,4) в области промотора не коррелируют с возникновением рака желудка, предлагая эти варианты промотора, чтобы быть низкие факторы пенетрантности риска развития рака желудка. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLoS ONE: Свет и электронная микроскопия европейского Бивер (Castor волокна) Желудок Reveal Уникальный Морфологические…
• PLoS ONE: самоотчетам в расстройству желудка путешественников на круиз-Based и наземных праздников пакет