Plos ONE: Matrix metalo-1 (MMP-1) polimorfizmi promoterskih so dobro povezano s Spodnje tumorja na želodcu formacije v vzhodni indijski Population

Povzetek

Izražanje MMP-1 (MMP-1), drugam kolagenaze, ima pomembno vlogo pri celični invaziji v razvoj raka želodca, vodilni vzrok smrti po svetu. En-nukleotidov polimorfizem (SNP) -1607 1G /2G mesto na MMP-1 promotor gena, so poročali, da spremeni stopnjo prepisu. Medtem, pomen je v drugi SNP v promotorja MMP-1 še niso preučevali pri raku želodca, naš cilj je bil raziskati MMP-1 genski polimorfizmi promoterskih in občutljivost želodca raka v vzhodni indijskega prebivalstva. Skupno 145 želodca bolnikov z rakom in 145 zdravih kontrolah so genotipizacijo za MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) s PCR-polimorfizmom dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP), medtem ko so MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) in MMP-1 -320 T /C (rs494379) smo genotip sekvenciranje DNA. Pozitiven združenje je bilo z MMP-1 -422 T /A SNP, ki so pokazali veliko tveganje za regionalni bezgavkah metastaze ( P
= 0,021, Odd je razmerje (OR) = 3,044, intervali zaupanja (CI) = 1.187 -7,807). Poleg tega smo ugotovili pomembno povezavo z nižjo želodcu nastanka tumorjev med bolniki z rakom želodca tri sosednje polimorfizmov v bližini transkripcijski start straneh [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2,182 , CI = 1,03-4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, CI = ,94-4,158) in MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, CI = 1,064-40731)]. raven MMP-1 v serumu pacientov je bila povezana z MMP-1 promotor haplotipov podeljuje te tri SNP oceniti funkcionalno pomen teh polimorfizmov v spodnjem nastanek tumorja na želodcu in opazili značilno korelacijo. Poleg tega, MMP-1 -519 A /G polimorfizem prikazana slabo celično diferenciacijo ( P
= 0,024, ali = 3,8, IZ = 1.69-8.56) pripisovanje večje tveganje za napredovanje raka. Skratka, MMP-1 proksimalni promotor SNP so povezane s tveganjem nižje nastanek tumorja na želodcu in vozlišča metastaz v vzhodni indijski populaciji

Navedba. Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar s (2014) Matrix metalo--1 (MMP-1) polimorfizmi promoterskih so dobro povezano s Spodnje tumorja na želodcu formacije v vzhodni indijski prebivalstva. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10,1371 /journal.pone.0088040

Urednik: Redhwan Ahmed Al Naggar, Prebivalstvo zdravje in preventivno medicino, Malezija

Prejeto: 2. september 2013; Sprejeto: 3. januar 2014; Objavljeno: 5. februar 2014

Copyright: © 2014 Dey et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Sanjib Dey je prejemnik Senior Research Fellowship iz indijskega sveta za medicinske raziskave (ICMR), Indija. NG in KK sta prejemnik Senior Research Fellowship iz sveta znanstvene in industrijske raziskave (CSIR). Delo je podprta z donacijo IAP001 Sveta za znanstveno in industrijsko raziskovanje (CSIR), Indija, NBA07 Oddelka za biotehnologijo (DBT), Indija. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je eden od glavnih vzrokov za raka povezanih smrti na svetu [1]. Na svetovnem merilu, raka želodca (GC) znaša približno 800.000 smrti letno. Več kot 70% primerov GC pojavljajo v državah v razvoju in pol sveta skupni nastopi v vzhodni Aziji [1]. To je vodilni problem v severno-vzhodnih in južnih državah indijski podcelini [2]. Incidenca raka želodca se razlikuje od države do države, kar je verjetno posledica genetskih, epigenetskih in okoljskih dejavnikov. Helicobacter pylori
okužba se šteje kot pomemben dejavnik tveganja pri razvoju raka želodca, zlasti raka v spodnjem delu (noncardia) trebuha [3]. Skupna analiza 12 študij H. pylori
rak in rak želodca ocenili, da je tveganje adenokarcinoma v non-Cardia regijah želodcu skoraj šestkrat več možnosti za H. pylori
okuženimi ljudi kot pri neokuženih ljudi [3].

Nedavne študije kažejo, da karcinogeneza je multi-celični in večstopenjski proces, pri katerem je uničenje mikrookolja tkivo pogoj za pretvorbo normalno tkivo tumorja [4]. Zato, molekularna analiza mikrookolja tkiva in njegovo deregulacijo med novotvorb je ključni korak k poznajo mehanizme malignosti. Matrične metaloproteinaze (MMP-jev), ki jih tako tumorja in normalnih celic, spremeni mikrookolje z razgradnjo ekstracelularno matrico, in poznejše celični signali vodijo do zgodnjih fazah nastanka tumorjev [5]. Več od MMP ima edinstveno sposobnost, da se razgradijo v vmesnih kolagena (npr I, II in III), najbolj bogate beljakovine v telesu. MMP-1 je najbolj povsod izraženi intersticijsko kolagenazo [6] in njene prekomerno je povezana s številnimi patološkimi stanji, vključno tumorske invazije in metastaz [7]. Prevelike količine MMP-1 mRNA so dokazali v različnih rakavih obolenj, kot so rak želodca, kolorektalnega raka in raka požiralnika [8] - [12]. Čezmernim MMP-1 proteina je povezano s slabo prognozo požiralnika raka in raka debelega [10], [11]. Ta MMP-1 čezmernim mogoče pripisati soočenja transkripcijski faktor vezavnih mest in cooperativity med dejavniki, ki se vežejo na teh mestih v promotorski regiji gena MMP-1 [13].

Nosilec regija MMP-1 vsebuje vstavljanje gvanin /brisanje polimorfizem (1G /2G polimorfizma) v položaju -1607, ki ustvarja zaporedje 5'-GGA-3 ", ki ima alela 2G. Prisotnost 2G polimorfizem lahko povečajo prepisovalno aktivnost endogenega MMP-1, ker vstavljanja gvanin ustvarja vezavno mesto za člana ETS transkripcijskega faktorja družino. Alel 2G lahko prispeva k večji invazivnosti za endometrija karcinomov, za razvoj raka na jajčnikih, pljučnega raka in kolorektalnega raka [14] - [21].

Raziskave na številnih drugih genov so zagotovili novo paradigmo katerih prepis gena, je bolj verjetno, da bo vplivala več polimorfizmov, ki se nahajajo v promotorski regiji, ki delujejo usklajeno, da izvaja haplotip učinek [22], [23]. Številni drugi single nukleotidnih polimorfizmov (-519A /G, -422T /A, -340C /T in -320C /T) Pred nedavnim so bili opredeljeni v MMP-1 promotor gena [24]. Funkcionalni učinki teh polimorfizmov na MMP-1 gena aktivnost promotorja so ocenili v celičnih linijah melanoma (A2058 in A375), raka dojke (MCF7 in MDA-MB-231), rak pljuč (A549 in H69), in kolorektalnega raka ( HT-29, SW-620), s primerjavo promotorja prednosti 10 najpogostejših haplotipov, ki izhajajo iz teh polimorfizmov [24]. Čeprav je bila povečana ekspresija MMP-1 povezan z lokalnim invazije in slabo prognozo raka želodca [25], vloga MMP-1 promotor SNP-ji in njihove haplotipov pri razvoju raka želodca trenutno ni znan kateremkoli človeški populaciji.

V tej študiji smo iz študije primera za nadzor, ki temelji na bolnišnico raziskati združenje promotor MMP-1 gena SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1.2), -422T /A (rs475007) (MMP-1.3), -340C /T (rs514921) (MMP-1.4), in -320C /T (rs494379) (MMP-1.5)] in njihovi haplotipov s tveganjem za razvoj raka želodca v vzhodni indijskega prebivalstva. Prav tako smo raziskali odnos med polimorfizmi in clinicopathological dejavnikov, med bolniki z rakom želodca. Študija je pokazala, da domnevnega združenje MMP-1.3, MMP-1.4, in MMP-1.5 polimorfizmov s tveganjem nižje nastanek tumorja na želodcu raka želodca. Funkcionalna pomen MMP-1 polimorfizmov v spodnjem postavitev želodcu tumorja je bila potrjena s haplotip učinki teh polimorfizmov na MMP-1 nivojih izražanja v serumu. Vendar pa je bilo mogoče najti nobene povezave z nastankom raka želodca za katerega koli od zgoraj navedenih petih SNP promotorja MMP-1 in njihovi posledični haplotipov

Materiali in metode

Študijski predmeti. Eastern Indian Case-kontrolno skupino

vzhodni indijski primerov in kontrol skupini z sestavljalo 145 želodca primerov raka in 145 kontrolnih posameznikov. Študijski protokoli (2008-2014) so ​​bili potrjeni s strani etične presoje odborih Saroj Gupta Cancer Center in Research Institute, Kolkata, Oddelek za želodca kirurgijo, medicinske fakultete in bolnišnice, Kolkata, IPGMER, Kolkata bolnišnicah in Odbora za humano etiko od Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, Indija. Pri vseh bolnikih s klinično diagnozo raka želodca obiskujejo oddelkih bolnišnic gastrointestinalnega onkologije od Saroj Gupta Cancer Center in Research Institute, Kolkata, Oddelek za želodca kirurgijo, Medical College in Hospital, Kolkata in IPGMER, Kolkata v obdobju med junijem 2008 maj 2013, so bile ugotovljene bolnišničnih registrov in stik med nadaljnjim preiskavah. Vsi udeleženci dali pisno privolitev za sodelovanje. Bolnikov demografija, simptomi in tumor razvrščanje zabeležili in odvzeti vzorce krvi po zaužitju klinični zgodovino in izvajanje kliničnih in endoskopske preiskave. Histološki tumor tipkanje je bila določena na podlagi biopsije ali odstranjenimi osebkov. Merila za izključitev vključena anamnezo druge metastaziral raka, razen raka želodca. Možnost peptične razjede brez kakršnih koli rakavo lezije bila izključena histopatologijo želodčne poškodbe. Diagnozo raka želodca in TNM uprizoritev je temeljila na splošno sprejetih klinično, histološkega, radioloških in imunofluorescenčni ugotovitve in da Skupnega odbora ameriškega o raku (AJCC) in merila Mednarodna zveza proti raku (UICC) [25]. Posamezniki, ki so bili prej ali so trenutno so zasvojeni s tobakom za vsaj 2 leti so bili opredeljeni kot tobak zasvojen. Osebe, ki obiskujejo te bolnišnice za rutinsko ček in ki so bili brez anamnezo ali diagnozo katerega koli raka ali genetskih bolezni so bile pozvane k sodelovanju in prostovoljno darujejo kri za študijo. Te teme so bile obravnavane zdravih kontrol. Vsi bolniki z rakom in kontrolnih osebah ni bilo povezano in indijskega državljanstva iz Zahodne Bengalije in okoliških vzhodnih indijskih državah. Ta populacija je zdelo predstavnik vzhodni indijskega prebivalstva.

DNK Pridobivanje in Serum Collection

Iz vsakega predmeta, 5 ml venske krvi so bili pripravljeni aseptično v vacutainer cevi (Qiagen, ZDA), ki vsebuje EDTA in shranili pri 4 ° C pred ekstrakcijo genomskih DNA. Genomsko DNA je bila vzeta iz 3,5 ml polne krvi v dveh tednih po vzorčenju uporabo QIAamp DNA Blood Midi Kit (Qiagen, ZDA) po protokolu proizvajalca. Takoj po zbiranju krvi, je additional1.5 ml polne krvi centrifugiramo pri 1800 g pri 5 minut, da dobimo frakcijo v serumu. Vzorce seruma so shranjeni pri -80 ° C do analize

premazi in pomnoževanje promotorja regije MMP-1 genov

premazi so izdelani z FastPCR programske opreme (http: //. www. biocenter.helsinki.fi), tako da pomnožimo promotor regije gena MMP-1, da bi analizirali polimorfizmov s sekvenciranjem (tabela 1). PCR smo izvedli v PCR SPRINT Thermal ciklerja (Thermo Electron Corporation, Japonska). Ciljno zaporedje smo pomnožili v 25-ul reakcijski volumen, ki vsebuje 10-20 ng genomske DNK, 0,2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), 50 mM KCI, 2 mM MgCl2, 0,3 um vsakega sesalno in 1,0 enote polimeraza Taq DNA (Fermentas Taq DNA polimerazo, Fermentas, ZDA). PCR pomnoževanje smo izvedli v 35. ciklih denaturacijo pri 94 ° C 30 sekund, žarjenje pri ° C 58 ° C-59 za 1 minuto (tabela 1), čemur sledi razširitev pri 72 ° C 30 sekund po začetnem aktiviranju korak 94 ° C za 5 min. PCR fragmentov smo analizirali primerjavo s 100 bp lestvice DNA (Fermentas, ZDA) na etidijevim bromidom obarvanih 1,5% agaroznem gelu (kat št 014011, Sisco Research Laboratories, Indija) teči 60 minut pri 100 V.

genotipizacija

za genotipizacijo sekvenciranje, so bili vsi nekorporativnih dNTP-jev defosforilirane in nekorporativnih primerji so bile odstranjene iz izdelka PCR ga kozice alkalne fosfataze (Fermentas, ZDA) in eksonukleaza-I encimov (Fermentas, ZDA). PCR produkti so bili uporabljeni za sekvenciranje z BigDye® Terminator V3.1 Cycle sekvenciranje (Applied Biosystems, ZDA) in zaporedje z uporabo ABI Prism 3100 genetski analizator (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Kalifornija.) v skladu s protokolom proizvajalca. PCR pomnožkov je zaporedje v obeh smereh, naprej in nazaj, PCR, odpravljanje možnost kompresijskih artefaktov. Zaporedja kromatogrami smo analizirali s Sequence Scanner Software v1.0 (Applied Biosystems, ZDA) analiza spremembe od nukleotidov in s tem genotipov

MMP-1.1 1G /2G polimorfizem je genotipizacijo s PCR -.
dolžine restrikcijskih fragmentov polimorfizma (RFLP) metoda z uporabo AluI
encim (New England BioLabs, Inc. (NEB), Ipswich, MA)., kot je opisano zgoraj [26]

encime povezane imunskim testom (ELISA)

Serum MMP-1 raven beljakovin (pro in aktivno) pri bolnikih z zgornjo raka na želodcu z brez haplotipov tveganja, in v spodnjem želodčni rak z haplotipov tveganj (vsebuje eno ali več alelov tveganja) smo primerjali z uporabo komercialno dostopnega MMP-1 ELISA kit (ab10063, Abcam, ZDA), v skladu z navodili proizvajalca. Vzorce seruma smo razredčili (1:05 ​​v /v) v testno razredčilo, ki v kompletu. Na kratko smo 100 xl standardov, prazne in razredčenega seruma odpipetiramo anti-humanega MMP-1 predhodno prevlečenega 96 vdolbinicami, ki v kompletu in inkubirali 2,5 ure pri 37 ° C. Po več izpiranjih, je biotinilirano anti-humana MMP-1 protitelesa (razredčen 1:1000) dodamo k vodnjakov in plošča je bila inkubirana 1 uro pri sobni temperaturi. Po odplavljanje nevezan biotinilirano protitelesa, ki se HRP-konjugiranimi streptavidina pipetiramo v poglobitve. Plošča je ponovno inkubiramo 45 minut. Po obsežnem spiranju 100 ul v tetramethylbenizidine substrata je odpipetiramo v vsako vdolbino in Ploščo smo inkubirali 30 min v temi pri sobni temperaturi (25 ° C). Rešitev Postanek je bil dodan ob zaključku. Vsak vzorec smo testirali v dveh izvodih. Vrednosti absorbance za prazne, vzorcev in standardov bilo brati na mikroploščnem čitalniku pri valovni dolžini 450 nm. Raven MMP-1 proteina v vzorcih je bila pridobljena s primerjavo s standardno krivuljo, proizvedene iz standarda, ki so jih proizvodnji. Najmanjša vrednost zaznavanja MMP 1 je bil 8 pg /ml.

Statistična analiza

Statistična analiza je bila narejena s pomočjo programa SPSS (različica 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, ZDA ). Pomembne razlike med starostjo v intervjuju za nadzor in starost ob diagnozi za primerov raka so bili ocenjeni s pomočjo t-test za primerjavo obliki z GraphPad InStat3 programsko opremo (GraphPad Software, Inc., San Diego Kalifornija ZDA). Hardy-Weinberg ravnovesje (HWE) analize so bile izvedene za primerjavo ugotovljenih in pričakovanih alel frekvence z uporabo hi-kvadrat preizkus za nadzor, da se zagotovi, da je vsaka dvojno podajo v ravnovesju ( p
> 0,05). minor alel frekvenca (MAF) ( -Model
opcija) in HWE ( -hardy
opcija) za vsak SNP je bil ocenjen iz kontrolne populacije uporablja Plink v0.99 [27]. Case-kontrolni podatki so bili analizirani s pomočjo dvostranskega 2-by-2 ali 2-by-3 nepredvidljivih mize glede na genotip, ki ga je hi-kvadrat testa Pearson. Razmerje obetov (OR) in 95% interval zaupanja (CI) genotipa so bili izračunani iz multivariatne logistične regresije modela prilagojena za starost (neprekinjeno spremenljivke), spol in zasvojenosti s tobakom. V tej raziskavi smo določili, da je alel 1G od 1G-1607 2G SNP, A alel za A-519G SNP, A alela T-422a SNP, alel T v T-340C SNP in T alel od T-320C SNP so referenčne alelov. Rezultate smo ovrednotili z zgoraj alelov kot referenca uporabo MULTINOMIAL logistični regresijski model. Pri analizi odnosa med genotipi in bolezni statusa SNP GC, faze raka, histološko razvrščanje in globine tumorske invazije so se spremenile do binarnih podatkov (faza I + II vs. faze III + IV, dobro diferenciranih + zmerno razlikuje vs Slabo diferencirane in T1 + T2 v primerjavi z T3 + T4). Razmerje med genotipom distribucije in globino tumorja ali fazi je tudi pregleda s MULTINOMIAL logistični regresijski model, prilagojen za starost (neprekinjeno spremenljivke), spol in odvisnosti od tobaka kot potencialno moteč dejavnik. Haplotiski frekvence smo analizirali s pomočjo programa Haploview (ver. 4.1, Broad Institute, Chembridge, ZDA) [28]. Vsi rezultati so bile upoštevane statistično pomembna, če je p
vrednost < 0,05. Post hoc izračun moči je bila izvedena za testiranje statistično moč te študije po metodi Schlesselman, JJ [29].

Rezultati

Opis Študija prebivalstva

populacija študije je sestavljalo 145 želodčnih bolnikih z rakom, ki imajo 112 (77,2%) moškega spola in 33 (22,8%), ženske s starostno območju 42.6-65.8 let, kot tudi 145 kontrolnih subjektov, ki imajo 81 (55,9%) samcev in 64 (44,1%), ženske, ki imajo starostni razpon od 34.5-62.5 let. Bolniki in kontrolne predmeti izvirajo iz istega geografskega položaja in predstavljajo vzhodni indijskega prebivalstva. Tam so bile statistično značilne razlike v porazdelitvi spola ( p
< 0,001) in starost ( p
< 0,0001) med bolniki in nadzora. Prav tako statistično značilno več tobaka zasvojeni posamezniki (p < 0,0001) so bili prisotni pri bolnikih (68,3%) v primerjavi s kontrolno skupino (28,3%). Torej, v okviru ocene tveganja, smo izračunali razmerja an starost, spol in zasvojenost prilagojena Kvota.

Odkrivanje polimorfizmov enega samega nukleotida v MMP-1 promotor

Seveda se zgodi, skupno zaporedje variante MMP-1 promotor gena v primerih in kontrolah so iskali z neposrednimi zaporedja DNK. Uskladitev zaporedja kromatograma z genskim promotor contig zaporedju MMP-1 (genske banke pristopnega Ne- AF023338) potrdili SNP položaj na -1607 (1G /2G, to je vstavljanje G /črtano), -519 (A /G), -422 (T /A) -340 (T /C) in -320 (T /C) (Slika S1 v S1 datotek). MMP-1.1 genotipizacija s PCR-RFLP smo nato izvedli med želodca bolnikov in kontrol z rakom. Slika S1A (File S1) prikazuje tipično PCR-RFLP vzorec. 269 ​​bp ciljna regija MMP-1 promotor gena je PCR pomnožili in razgradili z AluI
, ki cepimo alel 1G ustvariti dva fragmente 241 bp in 28 bp. Alel 2G ne prebavljajo z AluI
. Heterozigotno genotip je pokazala tri pasove 269 bp, 241 bp in 28 bp (slika S1A v S1 datotek). MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4) in MMP-1.5 so genotipizacijo jih DNA sekvenciranja (slika S1B v Datoteka S1). Analiza MMP-1,1 genotip sekvenciranje DNA je bila omejena na pilotno študijo, kakor tudi za 10% populacije za ponovno kontrolo. Vse genotipizacije je bila izvedena med 145 bolnikov in 145 kontrol.

zveza med posameznimi SNP-MMP-1 Promotor in želodca raka tveganje

Razporejenost genotip MMP-1 polimorfizmov so bili v skladu s Hardy- Weinberg ravnovesje (HWE). Študija bi dosegel moč 80% (Z-alfa = 1.645, za alfa = 0,05) s 145 primeri, razmerje nadzor primer 1,0 in 10% izpostavljenih nadzor na alel tveganja, ki imajo ali 2.31.

MMP-1.1 polimorfizem ni pokazala pomembne razlike v distribuciji genotipov (1G1G primerjavi 1G2G, 2G2G in 1G2G + 2G2G) med bolniki in kontrole ( p
= 0,430, p
= 0,465 in p
= 0,411 zaporedju). Tudi porazdelitev alel frekvenca (1G vs. 2G) ni bilo veliko med bolniki in kontrol ( p
= 1,000), in tako ne predstavlja nobene nevarnosti za razvoj raka želodca (tabela 2). Prav tako je treba omeniti, da je bil alel 2G glavna alel v tej populaciji in jo je kot alel tveganja, kot mnoge druge študije so prej ga alel tveganja [14] šteje, [30], [31].

Pri bolnikih z rakom želodca, pogostost MMP-1.2 AG, GG in AG + GG genotipi niso bistveno razlikovali od zdravih kontrol ( p
= 0,603, p
= 0,506 in p
= 0,510), in po tem ni podeljuje znatno tveganje za raka želodca. Tudi pogostost alel (A vs. G) pri bolnikih z rakom so se bistveno ne razlikuje od zdravih kontrol ( p
= 0,337) in ne predstavlja tveganja za razvoj želodčnega raka (tabela 2).

porazdelitev genotip frekvenca (AA vs TT, TA in TA + TT) za MMP-1.3 polimorfizma v populaciji bolnikov ni bila bistveno drugačna od zdravih kontrol ( p
= 0,626, p
= 0,999 in p
= 0,806 oz) in s tem ne dajejo nobene znatno tveganje za raka želodca. Prav tako alel frekvenca (T vs. A) distribucija pri bolnikih in nadzor rakom niso bile statistično značilne ( p
= 0.927) (tabela 2).

Za bolnika MMP-1,4 polimorfizma, genotipi (TT vs. TC, CC in TC + CC) je pokazala podobno porazdelitev ga je mogoče opaziti pri nadzoru ( p
= 0,474, p
= 0,424 in p
= 0,388 zaporedju) ne kaže združenje za tveganje za nastanek raka želodca. Tudi porazdelitev frekvence alelov (T vs. C) pri bolnikih in nadzor nista bila statistično različna ( p
= 0,357), nadalje kaže na odsotnost kakršne koli povezave s tveganjem za nastanek raka želodca (tabela 2).

MMP-1.5 polimorfizma genotipov (TT vs. TC, CC in TC + CC) pri bolnikih, ki se je prav tako razdeljen, da kontrol ( p
= 0,329, p
= 0,358 in p
= 0,228 oz), ki ne kaže znatno tveganje za raka želodca. Tudi porazdelitev frekvence alelov (T vs. C) v interesu bolnikov in kontrol ni bila bistveno drugačna ( p
= 0,469) (tabela 2).

zveza med posameznimi SNP MMP -1, pa tudi demografski in clinicopathological funkcije v času želodca raka Diagnoza

Združenja so bili pregledani med vsakim polimorfizem in demografskih in clinicopathological značilnosti bolnikov in kontrol (tabela 3) želodca z rakom. MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 in MMP-1.5 polimorfizmi ni igral nobene vloge pri določanju tveganja za raka želodca za vsako stanje starostna skupina, spol ali tobaka zasvojenosti.

MMP- 1.1 in MMP-1.2 polimorfizmi ne daje nobenega pomembnega tveganja za lokacijo tumorja ali stopnjo napredovanja tumorja pri raku želodca (tabela 3). Vendar pa so bolniki, ki izvajajo kombinacijo AG in GG genotipa MMP-1,2 polimorfizma bistveno porazdeli med histoloških podtipov raka in je pokazala bistveno večjo nevarnost za slabo diferenciranih (PD) karcinomov ( p
= 0,001, OR = 3,803, CI = 1,69-8,56) (tabela 3)

Za MMP-1,3 polimorfizma, so bili bolniki, ki opravljajo kombinacija TA in TT genotipa na več tveganja zmanjšanja želodca raka (nižji &. srednjega telesa, antruma in pilorus želodca ) ( p
= 0,043, OR = 2,18, IZ = 1,03-4,64). Prav tako je bilo kombinacija TA in TT genotipov pri bolnikih z rakom želodca pogosteje pojavljata z 10 ali več metastatskih bezgavk ( p
= 0,021, OR = 3,044, CI = 1,187-7,807), kar kaže, da je T alel imel škodljive učinke na želodčno napredovanja raka in zgodnje metastaz (tabela 3).

za MMP-1.4 polimorfizma, je bila razdelitev TC in CC genotipov pri bolnikih z različnimi lokacijami tumorja v želodcu blizu je dosegel statistično pomembna povezava s tveganjem nižje raka na želodcu ( p
= 0,075, ALI = 1,969, CI = 0,94-4,15) (tabela 3). V nasprotju z MMP-1,3 polimorfizma, bolniki, ki izvajajo kombinacijo TC in CC genotipov dal zaščito pred regionalni bezgavkah metastaze ( p
= 0,026, OR = 0,34, IZ = 0,13-0,88), poleg oddaljenih metastaz ( p
= 0,061, OR = 0,49, iZ = 0,24-1,03), raka želodca (tabela 3).

Za MMP-1.5 polimorfizma, kombinacija TC in CC genotipov pokazala pomembno povezava z lokacijo tumorja na želodcu. Bolniki, ki predstavljajo kombinacijo TC in CC genotipi so bili v več tveganja zmanjšanja raka na želodcu ( p
= 0,034, OR = 2,22, CI = 1,06-4,07) (tabela 3).

analiza stratifikacije za SNP in nižjo nastanek tumorja na želodcu, analiza bi dosegli moč 80% (z-alfa = 1,645, za alfa = 0,05), z 89 malimi črkami v želodcu, spodnji del trebuha in v zgornjem delu trebuha vzorec razmerje med 0,505 in 35% izpostavljeni bolniki v zgornjem delu trebuha na alel tveganja, ki ima ali 2,5.

Genotip Frequency na dveh medsebojno povezanih loci MMP 1-SNP in tveganje, da želodca raka

za oceno skupnih posledic dveh povezane lokusov na tveganje za raka, saj posamezni SNP ni podelila tveganje za razvoj raka želodca, združene frekvence genotipov primerjali pri bolnikih in nadzor. Razdelitev seznanjenih loci frekvenc za sosednje polimorfizmov Opazili so bili pregledani povečuje red alel varianto in združenj. Tam ni bila odvisna združenje odmerka opazili, je število alel varianta povečala za kakršno koli kombinacijo sosednjem paru lokusov (preglednica 4).

vezavno neravnotežje med SNP-MMP-1 Promotor in haplotip frekvenc s Dovzetnost za želodčni rak

Vse polimorfizmi v MMP-1 promotor gena so ocenili za genetsko neravnostežje (LD) med polimorfizmi in opredelitev skupnih haplotipov prisotne v kohorte pacienta in nadzora. V regiji je pokazala nizko do znatnega LD med polimorfizmi, razen MMP-1,4 in MMP-1.5, ki so bile v popolnem LD v študiji primerov in kontrol kohorte s (slika 1) (opredelitve Blok vezavno neravnotežje temeljijo na metodi Gabriel sod.
) [32]. Šestnajst haplotipi so bile ugotovljene s frekvenco, višjo od 1%, tako pri nadzoru in populaciji bolnikov, vključno z vsemi petimi označevalcev, ki pokrivajo MMP-1 genski promotor. Razširjenih haplotip frekvenčne porazdelitve MMP-1 polimorfizmov niso bile statistično značilne med bolniki in nadzora želodca z rakom in nobena od teh haplotipov podeljenih tveganje za želodčne nastanka raka (podatki niso prikazani).

Funkcionalne haplotip Učinki MMP-1 polimorfizmov "na spodnji tumorja na želodcu formacije

Šestnajst haplotipi so bile ugotovljene s frekvenco, višjo od 1%, kategorizirani s naraščajočem vrstnem redu polimorfnih variante alelov in analizirali genske-doza učinek (tabela S1 v S1 datotek). Razlika v frekvenci haplotip je bila pomembna med manj želodčnih bolnikov z rakom želodca in zgornji del želodca bolnikov z rakom želodca, kot so povečano število polimorfnih variantnih alelov za posledico povečanje tveganja za nižjo želodcu razvoj raka želodca z najvišjo ali 2.155, 95% CI = 1,317-3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 za ​​kombinirane haplotipov, ki vsebujejo 4 alelov tveganja (tabela 5).}

da bi raziskali vpliv MMP-1 predlagatelj polimorfizmov na delovanje genov smo primerjali serumsko raven MMP-1, ki ga v serumu ELISA pri bolnikih, ki imajo nižjo raka želodca z kombinirani haplotipov tveganja (ki ima najmanj koli alel tveganja), v primerjavi z zgornjo raka na želodcu z referenčno haplotipom (1G-AATT). serum MMP-1 je koncentracija beljakovin je bila skoraj 1,5-krat večja pri bolnikih z nižjo raka na želodcu (n = 54) (pri kombiniranih haplotipov tveganja) kot pri bolnikih z zgornjim raka na želodcu (n = 15) (z referenčnim haplotipom; p = 0,024), kar kaže na funkcionalno pomen teh SNP pri regulaciji MMP-1 izražanju genov in tam z vplivanjem na spodnji želodčne procesu karcinogeneze (slika 2). Analiza je ponovil in potrdil na dnevniku preoblikovanje podatkov (Slika S2 v S1 datotek).

Pogovor

Čeprav MMP niso onkogeni ali mutagene, se spremeni mikrookolje in lahko vplivajo na proces karcinogeneze in njene histologijo in se zdi, da povzroča na ravni transkripcijske aktivacije [33]. Biti član MMP družine, je bil MMP-1 poroča, da igrajo pomembno vlogo pri raka invazijo s prekomerno ekspresijo, ki je povezana z metastazami in slabo prognozo na požiralniku raka, raka jajčnikov, kožnega malignega melanoma, kolorektalnega raka in raka želodca [11 ], [15] [16] [25] [34]. Razpršeni vrste raka želodca so običajno značilno obilno odlaganjem kolagenskih vlaken, po možnosti zahtevajo višjo raven MMP-1 izraz za pravilno tkiva preoblikovanja v mikrookolja [30]. Genetski ozadje je bilo predlagano, da igrajo pomembno vlogo pri pojavnosti in napredovanje raka želodca [30]. Poleg tega so nekateri polimorfni geni, ki kodirajo presnovne encime in regulatorji celico cikla, kot je metilen tetrahidrofolat reduktaze, NADPH: so kinonskega oksidoreduktazo in ciklin D1 dokumentirano, da prinaša dovzetnost za rakom želodca [35] - [37]. Zato polimorfnih genov, sam, v kombinaciji z drugimi ali prek interakcije z zunanjih dejavnikov tveganja, se lahko uporablja kot prisojevalnega parametrov za pregledovanje posameznikov na veliko tveganje za raka želodca.

Kolikor nam je znano to, študija združenja MMP-1 variant in tveganje za razvoj želodčnega raka in napredovanje v vzhodni indijski populaciji je prvi svoje vrste s poudarkom na -1607 1G /2G polimorfizma (MMP-1.1), poleg tega pa štiri polimorfizem med tem SNP in začetnim mestom transkripcije. MMP-1 promotor regija funkcionalni polimorfizmi, ki so odgovorni za svoje izraznih spremembe so povezana z različnimi bolezenskih procesov. Kljub temu v naši raziskavi MMP-1,1 polimorfizem in dodatno štiri druga ang SNP (MMP-1.1, MMP-1,2, MMP-1,3 in MMP-1,4) v promotorski regiji niso povezana z želodčno pojava raka, kar kaže na to promotor variante biti dejavniki nizke penetrantnih tveganja pri raku želodca. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• Plos ONE: Svetloba in elektronska mikroskopija Evropske Beaver (Castor fiber) želodca razkrivajo Unique morfoloških lastnosti z možno splošno biološki Pomen
• Plos ONE: Self-Poročali želodec v potujočih na Cruise-Based in kopnem paket Holidays