PLOS NËMMEN: MATRIX Metalloproteinase-1 (MMP-1) Promoter schiefgang sinn Ma mat niddreg Mo. entholl Formatioun an Osteuropa indesch Population

Wat VerfÜgung Inhalt

Expression vun Matrixentgasung metalloproteinase-1 (MMP-1), eng interstitial collagenase, spillt eng wichteg Roll am bewosst Invasioun während Entwécklung vun gastric Kriibs, e féierende Doudesursaach weltwäit. A Single-Nukleotid polymorphism (SNP) -1607 1G /2G Site vun der MMP-1 Gentherapie Promoteur huet gemellt ginn Transkriptiouns Niveau ze vergréisseren. Während der vun anere SNPs d'Wichtegkeet vun der MMP-1 Promoteur hun nach net am gastric Kriibs studéiert gouf, war eist Zil MMP-1 Gentherapie Promoteur schiefgang an gastric Kriibs waat am Nordoste indesch Populatioun ze ermëttelen. Eng total vun 145 gastric Kriibs Patienten an 145 gesond Kontrollen waren fir MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) vun Hinnen alleguer-Restriktioun ofgesprengt Längt polymorphism (RFLP), während MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP genotyped -1 -422 T /a (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) an MMP-1 -320 T /C (rs494379) sech duerch DNA sequencing genotyped. Eng positiv Veräin huet mat MMP-1 -422 T /A SNP datt zougedréckt groussen Risiko fir regional lymph Node Metastasen ( P VerfÜgung = 0,021, Odd d'Verhältnis (ODER) = 3.044, Selbstvertrauen Intervalle (CI) = 1.187 fonnt -7.807). Zousätzlech, hunn mir e groussen Veräin mat manner Opstellung Mo. entholl ënnert gastric Kriibs Patienten fir dräi bascht schiefgang bei der transcriptional Start Siten vun [MMP-1 -422 T /A ( P VerfÜgung = 0,043, ODER = 2,182 , CI = 1.03-4.643), MMP-1 -340 T /C ( P VerfÜgung = 0,075, oDER = 1,97, CI = 0.94-4.158) an MMP-1 -320 T /C ( P VerfÜgung = 0,034, ODER = 2,224, CI = 1.064-40731)]. MMP-1 Niveau vun Patienten serum war soll mat MMP-1 Promoteur haplotypes dës dräi SNPs Laureaten der funktionell Wichtegkeet vun dësen schiefgang am ënneschten Mo. entholl Équipe an bedeitend Korrelatioun observéiert gouf diskutéieren. Ausserdeem, ugewisen MMP-1 -519 A /G polymorphism aarmséileg bewosst dat ( P VerfÜgung = 0,024, ODER = 3,8, CI = 1.69-8.56) en héicht Risiko vu Kriibs Werdegang attributing. Zu der Konklusioun, sinn MMP-1 proximal Promoteur SNPs mat de Risiko vun ënnen Mo. entholl Équipe an Node Metastasen am Nordoste indesch Bevëlkerung verbonnen VerfÜgung

Fro:. Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar S (2014) MATRIX Metalloproteinase-1 (MMP-1) Promoter schiefgang sinn Ma mat niddreg Mo. entholl Formatioun an Osteuropa indesch Bevëlkerung vum Inhalt. PLoS NËMMEN 9 (2): e88040. Doi: 10.1371 /journal.pone.0088040 VerfÜgung

Redakter: Redhwan Ahmed Al Naggar, Bevëlkerung Gesondheet a präventiv Medezin, Malaysia VerfÜgung

Arnaque: 2 September 2013; Akzeptéiert: 3 Januar 2014; Publizéiert: Februar 5, 2014 VerfÜgung

Copyright: © 2014 Dey et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Sanjib Dey Destinataire vun Senior Research ënnerteneen war vum indesche Conseil Medical Fuerschung (ICMR), Indien. NG an KK sinn Destinataire vun Senior Research ënnerteneen aus Conseil vu Wëssenschaft an Industrie Fuerschung (CSIR). Déi Aarbecht war vun Subventiounen IAP001 vum Conseil vun Wëssenschaftlech an industriell Fuerschung (CSIR), Indien, NBA07 vun Chiffer vun Déi (DBT), Indien ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass eng vun den Haaptfiguren Ursaachen vun Kriibs Zesummenhang Doud an d'Welt [1]. Op enger globaler Skala, Konte gastric Kriibs (GC) fir all Joer ronn 800.000 Doudesfäll. Méi wéi 70% vun GC Fäll virkommen an den Entwécklungslänner an der Halschent Welt total existeiert an Osteuropa Asien [1]. Et ass eng Virreiderroll Problem am Nord-Oste a südleche Länner vun der indescher subcontinent [2]. D'Heefegkeet vun gastric Kriibs schwankt vu Land zu Land, wahrscheinlech als Resultat vun genetesch, epigenetic an Ëmwelt Facteuren. Helicobacter pylori VerfÜgung Wonn ass wéi e grousse Risiko Facteur an der Entwécklung vun gastric Kriibs besonnesch Kriibs am ënneschten Deel (noncardia) vun de Mo [3] considéréiert. A kombinéiert Analyse vun 12 Studie vun H. pylori VerfÜgung an gastric Kriibs geschat datt de Risiko vun adenocarcinoma an Net-Cardia Regioune vun de Mo. war bal sechs Mol méi héich fir H. pylori VerfÜgung -infected Leit wéi fir uninfected Leit [3]. VerfÜgung

rezenten Etuden weisen, datt, carcinogenesis ass eng Multi-bewosst a Multi-Etapp Prozess an déi Zerstéierung vun der Otemschwieregkeeten microenvironment ass eng requisite fir Konversioun vun normal Otemschwieregkeeten ze entholl [4]. Dofir, molekulare Analyse vun der Otemschwieregkeeten microenvironment a seng Dereguléierung während neoplasia ass e wichtege Schrëtt de Mechanisme vun malignancy wëssen. MATRIX metalloproteinases (MMPs), déi souwuel entholl an normalen Zellen produzéiert, ofzeänneren der microenvironment vun extracellular Matrixentgasung onwiirdeg, an duerno bewosst Signaler Virsprong op de Grondsteen vun entholl Équipe [5]. E puer vun de MMPs hunn d'eenzegaarteg Fähegkeet der interstitial collagens (e.g. I, II an III) op dauert, déi räich Proteinen de Kierper. MMP-1 ass déi ubiquitously ausgedréckt interstitial collagenase [6] a seng overexpression ass mat e puer agebousst Konditioune verbonnen, dorënner entholl Invasioun an Metastasen [7]. [12] - déi overexpression vun MMP-1 mRNA gouf zu enger Rei vu Cancers wéi gastric Kriibs, colorectal Kriibs an esophageal Kriibs [8] bewisen. Overexpression vun MMP-1 FAQ ass mat aarmséileg hätt vun esophageal Kriibs an colorectal Kriibs verbonne [10], [11]. Dëst MMP-1 overexpression vläicht zu der juxtaposition vun Transkriptiouns Faktor zougeschriwwen ginn Siten an cooperativity ënnert d'Facteuren bindend datt dës Siten bannent de Promoteur Regioun vun der MMP-1 Gentherapie kruet [13]. VerfÜgung

De Promoteur Regioun vun MMP-1 enthält eng guanine Enregistréiere /Läschen polymorphism (1G /2G polymorphism) um Positioun -1607 déi der Haaptrei 5'-GGA-3 "generéiert, deen e 2G allele huet. D'Präsenz vun engem 2G polymorphism konnt transcriptional Aktivitéit vun endogenous MMP-1 Erhéijung well d'guanine Enregistréiere e verbindlechen Site fir e Member vun der Famill Transkriptiouns Faktor Ets fabrizéiert. D'2G allele kënnen ze iwwerdribblen fir invasiveness vun endometrial carcinomas, fir d'Entwécklung vun spillt Kriibs, haett Kriibs, an colorectal Kriibs [14] bäidroen -. [21] VerfÜgung

Ënnersich vun e puer aner Genen hunn eng nei Pitti gëtt an déi d'Reunioun vun engem Gene ass méi wahrscheinlech duerch multiple schiefgang an de Promoteur Regioun läit beaflosst gin déi am Concert Akt engem haplotype Effekt [22], [23] ze huele. Puer aner eenzel Nukleotid schiefgang (-519A /G, -422T /A, -340C /T, an -320C /T) an der MMP-1 Gentherapie Promoteur hun kuerzem identifizéiert ginn [24]. Funktionell Auswierkunge vun dëse schiefgang op der MMP-1 Gentherapie Promoteur Aktivitéit sech zu Zell Linnen vun melanoma (A2058 a A375) évaluéieren, Broscht Kriibs (MCF7 an MDA-MB-231), haett Kriibs (A549 an H69), an colorectal Kriibs ( HT-29, stellare-620) duerch de Promoteur Stäerkten vun den 10 meescht gemeinsam haplotypes aus dëse schiefgang [24] ofgeleet vergläichen. Obwuel de coopération Ausdrock vun MMP-1 mat lokal Invasioun an aarme hätt an gastric Kriibs [25] verbonne war, ass d'Roll vun der MMP-1 Promoteur SNPs an hir haplotypes zu der Entwécklung vun gastric Kriibs Moment onbekannt vun all Mënsch Populatioun.

am Moment studéieren, mir gehaal engem Spidol-baséiert case-Kontroll Etude der Associatioun vun den MMP-1 Gentherapie Promoteur SNPs [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1) ze entdecken, -519A /G (rs1144393) (MMP-1.2), -422T /a (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1,4), an -320C /T (rs494379) (MMP-1.5)] an hir haplotypes mat de Risiko vun gastric Kriibs Entwécklung an eng ëstlech indesch Populatioun. Mir lant och d'Bezéiung tëscht der schiefgang an der clinicopathological Facteuren ënnert gastric Kriibs Patienten. D'Etude bewisen putative Associatioun vun MMP-1,3, MMP-1.4, an MMP-1,5 schiefgang mam Risiko vun ënnen Opstellung Mo. entholl zu gastric Kriibs. Déi funktionell Wichtegkeet vun MMP-1 schiefgang am ënneschten Mo. entholl Équipe gouf vum haplotype Auswierkunge vun dëse schiefgang op MMP-1 Ausdrock Niveauen am serum confirméiert. Allerdéngs war kee Veräin mat der Optriede vun gastric Kriibs fir all vun den uewe fënnef SNPs vun der MMP-1 Promoteur an hir entstoent haplotypes fonnt VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Sécuritéit Themen:. Osteuropa indesch Fall-Kontroll Kohort VerfÜgung

Den ëstlechen indesche Fall-Kontroll Kohort bestoung vun 145 gastric Kriibs Fäll an 145 Kontroll Persounen. D'Etude Ëmwelt- (2008-2014) waren déi ethneschen Kritik Vizepresident vun der Saroj Gupta Cancer Center a Fuerschung Institut, Kolkata, Chiffer vun Gastric befënnt, Medical College an Klinik, Kolkata, IPGMER, Kolkata Spideeler an d'Mënscherechter IFLA- Comité vun der guttgeheescht indesche Institut vu chemesche Biologie, Kolkata, Indien. All Patienten mat engem Medeziner Diagnos vun gastric Kriibs d'Spidol Beräicher vun Gastro-Zukunft vun der Saroj Gupta Cancer Center a Fuerschung Institut, Kolkata, de Chiffer vun Gastric befënnt, Medical College an Klinik, Kolkata Première an der IPGMER, Kolkata am Juni 2008 zu Mee 2013 huet sech aus Klinik registries identifizéiert a während Suivi Ënnersich kontaktéiert. All Mataarbechter huet fir Participatioun Awëllegung geschriwwen. Patienten DEMOGRAPHIQUES, Symptomer a entholl senger Analyse sech opgeholl a Blutt Echantillon gesammelt no engem Medeziner Geschicht huelen an de Medeziner an Bild Examen besser. Histological entholl ennerluecht huet op der Basis vun biopsies oder resected uplanzen alles. Der Exklusioun Kritären agebaut virdrun Geschicht vun anere metastasized Kriibs ausser gastric Kriibs. Méiglechkeet vun peptic oppent ouni kriibserreegend lesion mussen déi vun histopathology vun Mo. lesion ausgeschloss ginn. D'Diagnos vun gastric Kriibs an TNM Stadium war allgemeng akzeptéiert Medeziner baséiert op, histological, radiological an immunofluorescence bruet an dat vun der amerikanescher Gemeinsam Comité op Kriibs (AJCC) an der International Union Géint Cancer (UICC) Critère [25]. Persounen, déi sech fréier oder deen Ament gewiescht fir Tubak nikotin fir op d'mannst 2 Joer sech definéiert als Tubak ofhängeg. Persounen dës Spideeler fir eng Iddi checkup Besuch an deen huet ouni Geschicht oder Diagnos vun all Kriibs oder genetesch Krankheeten sech och fir d'Etude fir matzemaachen a fräiwëlleg spende Blutt gefrot. Dës Sujete waren gesond Kontrollen considéréiert. All vum Kriibs Patienten a Kontroll Sujete waren allerdéngs net a vum indesche Nationalitéit aus West Bengal oder d'Ëmfeld ëstlech indesch Staaten. Dëst Bevëlkerung war Vertrieder vun enger ëstlech indesch Populatioun considéréiert. VerfÜgung

DNA erauszéien a Serum Collection VerfÜgung

Vun all Thema, 5 ml vu Schwächt Blutt waren aseptically an vacutainer Krunn zréckgräifen (QIAGEN, USA) mat héich an bei 4 ° C virum Frankräich DNA Extraktioun gespäichert. Frankräich DNA war vun 3,5 ml vun ganzt-Blutt bannent zwou Wochen folgenden probéieren mat engem QIAamp DNA Blood Midi Kit (QIAGEN, USA) laut den Hiersteller d'Protokoll ofgebaut. Direkt Blutt Kollektioun folgenden, additional1.5 ml vun ganzt Blutt war bei 1800 g centrifuged fir 5 min der serum Ëmwandlung ze kréien. Serum Echantillon waren op -80 ° C bis Analyse gespäichert VerfÜgung

Primers an Hinnen alleguer Amplification vun de Promoteur Regioun vun MMP-1 Genen VerfÜgung

Primers mat FastPCR Software (http entworf huet:. //Www. biocenter.helsinki.fi) esou wéi Promoteur Regioune vun der MMP-1 Gentherapie fir Meenungsfreiheet nennt ze schiefgang Analys vum sequencing (Table 1). Hinnen alleguer gouf zu engem Hinnen alleguer Sprint sideresch LS (Thermo Elektronen Corporation, Japan) gesuergt. D'Zil Haaptrei gouf zu engem 25-μl Reaktioun Volumen mat 10-20 NG vu Frankräich DNA, 0,2 mm dNTP, 10 mm Tris-HCl (pH 8.3), 50 mm KCl, 2 mm MgCl2, Implikatioune 0.3 μM vun all primer, an 1.0 Ënnerdeelunge vun Taq DNA polymerase (Fermentas Taq DNA polymerase, Fermentas, USA). D'Hinnen alleguer amplification war fir 30 ass mat 35 Zykle vun denaturation bei 94 ° C duerchgefouert, annealing bei 58 ° C-59 ° C fir 1 min (Table 1) a fir 30 ass no der éischter Aktivéierung um 72 ° C duerch Extensioun duerno Schrëtt vun 94 ° C an 5 min. Hinnen alleguer Fragmenter waren vergläichen mat 100 BP DNA Leeder analyséiert (Fermentas, USA) op engem ethidium bromide Kierchefënster 1,5% agarose gelies (Cat Nr 014011, Sisco Research Laboratoiren, Indien) fir 60 min Course um 100 V. VerfÜgung

VerfÜgung

Fir genotyping vun sequencing genotyping, all unincorporated dNTPs sech dephosphorylated an unincorporated primers sech aus der Hinnen alleguer Produit vun statspaye alkaline phosphatase (Fermentas, USA) erausgeholl a exonuclease-ech Aktivitéit (Fermentas, USA). Hinnen alleguer Produiten sech fir sequencing mat BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Obwuel Biosystems, USA) benotzt an Nepgen engem Abi PRISM 3100 genetesch Organer benotzt (Perkin-Elmer Abi, Foster City, ersetze kéint.) No de Protokoll d'Hiersteller. D'Hinnen alleguer amplicon war a béid Richtungen mat vir Nepgen a Hinnen alleguer primers ëmgedréint d'Méiglechkeet vun Kompressor artifacts eliminéiert. Sequencing chromatograms benotzt liichtkraaftarm Scanner Software v1.0 (Obwuel Biosystems, USA) analyséiert hire Restaurant vun der nucleotides ze analyséieren, an domat genotypes VerfÜgung

D'MMP-1.1 1G /2G polymorphism vun Hinnen alleguer genotyped war -.
Restriktioun ofgesprengt Längt polymorphism (RFLP) Method benotzt AluI VerfÜgung Aktivitéit (New England BioLabs Galaxy (NEB); Ipswich, MA)., wéi virdru beschriwwen [26] VerfÜgung

Enzyme- Hausnummeren Immunosorbent Assay (Elisa) VerfÜgung

Serum MMP-1 FAQ Niveau (pro an aktiv) an Patienten mat ieweschte Mo. Kriibs mat Net Risiko haplotypes, an am ënneschten Mo. Kriibs mat Risiko haplotypes (enthält eng oder méi Risiko alleles) mat enger kommerziell sinn MMP-1 Elisa Kit (ab10063, Abcam, USA) sech Verglach, laut der Uweisunge d'Hiersteller. Serum Echantillon waren verdënntem (1:5 v /v) an assay der Mindeststeier zu de Kit gëtt. Kuerz, bei 37 ° C am Kit an incubated fir 2,5 Stonnen gëtt 100 μl vun de Standarden, Coordonnéeën an verdënntem serum Prouf huet an der anti-Mënsch MMP-1 precoated 96-gutt zappen pipetted. No puer Mëtten, war biotinylated anti-Mënsch MMP-1 antibody (verdënntem 1:1000) un de Wells derbäi an huet d'Plack fir 1 Stonn bei Raumtemperatur incubated. Nom Wäschen unbound biotinylated antibody, HRP-conjugated streptavidin ewech ass fir d'Wells pipetted. Déi Plack war nees fir 45 min incubated. No extensiv wäschen, war 100 μl vun de Realitéiten tetramethylbenizidine an all Pipette gutt, an der Schossel war fir 30 min an der donkel bei Raumtemperatur (25 ° C) incubated. A stoppen Léisung oblige Réalisatioun notéiert. All Prouf war am zweete getest. D'absorbance Wäerter vun der Coordonnéeën Echantillon, an Standarden sech bei enger Wellelängt vun 450 nm op engem microplate Lieser liesen. Den Niveau vun MMP-1 FAQ am Echantillon war vun Verglach mat der Norm rop kritt, aus Norm vun der Fabrikatioun Pleséier entsteet. De Minimum Magnéitfeld Niveau vun MMP 1 war 8 PG /ml. VerfÜgung

statistique Analys VerfÜgung

statistique Analyse Leeschtung war mat der SPSS Software (Versioun 16.0J. SPSS Galaxy, Chicago, IL, USA ). Grouss Ënnerscheeder tëscht Alter am Interview fir Kontrollen a Alter bei Diagnos fir Kriibs Fäll goufen andeems d'T-Test d'Student fir Verglach vun heescht mat GraphPad InStat3 Software (GraphPad Software, Inc., San Diego Kalifornien USA) évaluéieren. Hardy-Weinberg Gläichgewiicht (HWE) analyséiert goufen standing observéiert ze vergläichen an erwaart allele Ofstänn enger Chi-Feld Test benotzt fir Kontrollen, déi all Bewaacher geflitzt an Gläichgewiicht war ze garantéieren ( p VerfÜgung > 0,05). Déi kleng allele Frequenz (MAF) ( -model VerfÜgung Optioun) an HWE ( -hardy VerfÜgung Optioun) fir all SNP war vun der Kontroll Bevëlkerung mat Plink v0.99 [27] geschat. Fall-Kontroll Date goufen donieft mat zwee-eesäitegen 2-vun-2 oder 2-vun-3 weider Dëscher no der genotype vun der Pearson Chi-Feld Test. D'Chance Verhältnis (ODER) an 95% Vertraue nolauschterer (CI) vun der genotypes sech aus engem multivariate Logistikzenter Réckgang Modell fir Alter (kontinuéierlech Variabel), Sex an Tubak Sucht seng berechent. An dëser Etude, definéiert mir, datt d'1G allele vun der 1G-1607 2G SNP, d'A allele vun der A-519G SNP, d'A allele vun den T-422A SNP, den T allele vun den T-340C SNP an der T allele vun den T-320C SNP sech Referenzmaterial alleles. D'Resultater goufen mat uewendriwwer alleles als Referenz Uschléi multinomial Logistikzenter Réckgang Modell benotzt. An analyséiert d'Relatioun tëscht der SNP genotypes a Krankheet Status vun GC, d'Etapp vu Kriibs, goufen histological Klassifikatioun an Déift vun entholl Invasioun zu Duebelstäresystem Donnéeën (Etapp ech + II vs. Etapp + III IV transforméiert, gutt-ënnerscheet + mëttelméisseg-ënnerscheet vs. LINN-ënnerscheet, a T1 + T2 vs. T3 + T4). Der Relatioun tëscht genotype distributions an entholl Déift oder Bühn war och e multinomial Logistikzenter Réckgang Modell fir Alter (kontinuéierlech Variabel) ugepasst iwwerpréift benotzt, Sex an Tubak Sucht als potentiell confounding Faktor. Haplotype Ofstänn sech mat de Programm Haploview analyséiert (Haaptbanalitéite. 4,1, genau Institut, Chembridge, USA) [28]. All Resultater goufen statistesch relevant als wann d' p VerfÜgung Wäert war &Si besteet; 0,05. A Post hoc Kraaft berechent gouf d'Statistik Muecht vun der presentéieren Etude no der Method vun Schlesselman, JJ [29] zu Test gesuergt. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Beschreiwung vun der Sécuritéit Bevëlkerung VerfÜgung

D'Etude Bevëlkerung vu 145 Patienten gastric Kriibs 112 (77.2%) Männercher an 33 (22.8%) Weibercher mat engem Alter Gamme vun 42.6-65.8 Joer mussen, grad wéi 145 Kontroll Sujete mussen 81 (55.9%) Männercher an 64 (44.1%) Weibercher mat engem Alter Gamme vun 34.5-62.5 Joer. Patienten a Kontroll Sujete waren aus der selwechter geographescher Lag ofgeleet a sinn Vertrieder vun enger ëstlech indesch Populatioun. Et waren statistesch Differenze vun der Verdeelung vun de Geschlechter ( p VerfÜgung &Si besteet; 0.001) an Alter ( p VerfÜgung &Si besteet; 0.0001) tëscht Patienten a kontrolléiert. Och, vill méi Tubak-ofhängeg Persounen (p &Si besteet; 0.0001) ware präsent Patienten (68.3%) am Verglach mat Kontrollen (28.3%). Also, am Laf vun Risiko Estimatioun, en Alter, Geschlecht an Sucht-seng Chance nennen sech berechent. VerfÜgung

Detektioun vun Single Nukleotid schiefgang an der MMP-1 Promoter VerfÜgung

Natierlech geschitt, gemeinsam Haaptrei Varianten vun der MMP-1 Gentherapie Promoteur am Fäll a Kontrollen goufen duerch direkt DNA sequencing gesichte. Formatioun vun der Haaptrei chromatogram mat der contig Promoteur Gentherapie MMP-1 Haaptrei (Genebank Bäitrëtt en Update AF023338) confirméiert d'SNP Positiounen um -1607 (1G /2G, dh, G Enregistréiere /Läschen), -519 (A /G), -422 (T /a), -340 (T /C) an -320 (T /C) (Dorënner S1 am Fichier S1). MMP-1.1 genotyping vun Hinnen alleguer-RFLP war dann ënner der gastric Kriibs Patienten a Kontrollen gesuergt. Figur S1A (Datei S1) weist eng typesch Hinnen alleguer-RFLP Muster. Den 269 BP Zil- Regioun vun der MMP-1 Gentherapie Promoteur war Hinnen alleguer-Kick an verdaut mat AluI VerfÜgung, déi d'1G allele eenalecn zwéi Fragmenter vun 241 BP ze generéieren an 28 BP. D'2G allele hutt erbléckt net mat AluI VerfÜgung. Heterozygous genotype zougedréckt dräi Bands vun 269 BP, 241 BP an 28 BP (Dorënner S1A am Fichier S1). MMP-1.2, MMP-1,3, MMP-1,4) an MMP-1,5 sech duerch DNA sequencing (Dorënner S1B am Fichier S1) genotyped. D'MMP-1.1 genotype Analyse vun DNA sequencing gouf zu engem Pilot Etude limitéiert wéi och fir 10% vun der Populatioun fir rechecking. All genotyping war ënner 145 Patienten an 145 Kontrollen gemaach. VerfÜgung

Association tëscht Individuell SNPs vun MMP-1 Promoteur an Gastric Cancer Risk VerfÜgung

D'genotype distributions vun MMP-1 schiefgang sech konsequent mat der Hardy- Weinberg Gläichgewiicht (HWE). D'Etude hätt eng Muecht vun 80% erreecht (Z-alpha = 1,645, fir alpha = 0,05) mat 145 Fäll, Fall Kontroll Verhältnis vun 1.0 an 10% ausgesat Kontroll op de Risiko allele ODER vun 2,31 mussen. VerfÜgung

MMP-1.1 polymorphism kee groussen Ënnerscheed zu Verdeelung vun genotypes (1G1G vs. 1G2G, 2G2G an 1G2G + 2G2G) tëscht Patienten a Kontrollen zougedréckt ( p VerfÜgung = 0,430, p VerfÜgung = 0,465 an p VerfÜgung = 0,411 bzw.). Och, war den allele Frequenz Verdeelung (1G vs. 2G) net relevant tëscht Patienten a Kontrollen ( p VerfÜgung = 1000), an domat keng Gefor fir gastric Kriibs Entwécklung (Table 2) eegens gemaach. Et ass och wichteg, datt d'2G allele déi grouss allele an dëser Bevëlkerung war a mir hunn et als eng Gefor allele wéi vill aner Studien hu virdrun et e Risiko allele [14] geduecht, [30], [31]. VerfÜgung

an gastric Kriibs Patienten, d'Heefegkeet vun der MMP-1.2 AG, GG an AG + GG genotypes sech net vill anescht wéi gesond Kontrollen ( p VerfÜgung = 0,603, p VerfÜgung = 0,506 an p VerfÜgung = 0,510 bzw.) an also net iergendeen groussen Risiko fir gastric Kriibs eegens. Och, déi allele Frequenz (A vs. G) zu Kriibs Patienten sech net vill aus gesond Kontrollen ënnerscheet ( p VerfÜgung = 0.337) an net Risiko fir gastric Kriibs Entwécklung eegens (Table 2). VerfÜgung

d'genotype Frequenz Distributioun, (AA vs. TT, TA an TA + TT) vun der MMP-1,3 polymorphism an de Patient Bevëlkerung war net vill anescht wéi gesond Kontrollen ( p VerfÜgung = 0,626, p VerfÜgung = 0,999 an p VerfÜgung = 0,806 bzw.) an domat hutt eegens keng bedeitend Risiko fir gastric Kriibs. Och, déi allele Frequenz (T vs. A) Verdeelung vun Kriibs Patienten a Kontrollen waren net wichteg ( p VerfÜgung = 0.927) (Table 2). VerfÜgung

Fir Patient MMP-1,4 polymorphism, genotypes (TT vs. TC, CC an TC + CC) zougedréckt engem ähnleche Verdeelung bis dass an Kontrollen gesinn ( p VerfÜgung = 0,474, p VerfÜgung = 0,424 an p VerfÜgung = 0,388 bzw.) weist kee Veräin fir gastric Kriibs Risiko. Och, d'Verdeelung vun allele Frequenz (T vs. C) an Patienten a Kontrollen war net statistesch verschidden ( p VerfÜgung = 0.357), weider d'Feele vun enger Associatioun mat gastric Kriibs Risiko (Table 2) weist.

MMP-1,5 polymorphism genotype Ofstänn (TT vs. TC, CC an TC + CC) an Patienten war bis dass vun Kontrollen ähnlech verdeelt ( p VerfÜgung = 0,329, p VerfÜgung = 0,358 an p VerfÜgung = 0,228 bzw.) kee groussen Risiko fir gastric Kriibs weist. der Verdeelung vun allele Frequenz (T vs. C) och, souwuel bei Patienten an Kontrollen war net vill anescht ( p VerfÜgung = 0.469) (Table 2). VerfÜgung

Association tëscht Individuell SNPs vun MMP -1 grad demographesch a Clinicopathological Zon am Time vun gastric Cancer alt VerfÜgung

Associations sech tëscht all polymorphism an der demographescher an clinicopathological Charakteristike vun gastric Kriibs Patienten a Kontrollen (Table 3) iwwerpréift. MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1,3, MMP-1,4 an MMP-1,5 schiefgang Leeschtung hutt keng Roll gastric Kriibs Risiko fir all Alter, Geschlecht oder Tubak-Sucht Status vun bestëmmend. VerfÜgung

MMP- 1,1 an MMP-1.2 schiefgang all bedeitend Risiko fir entholl Standuert oder Ofschloss vun entholl Werdegang vun gastric Kriibs net eegens huet (Table 3). Ee Patienten Droen Kombinatioun vun AG an GG genotype vun MMP-1.2 polymorphism mein ënnert histological bestemmt vu Kriibs verdeelt an huet vill méi grouss Gefor fir schlecht ënnerscheet (Haaptleit) carcinomas ( p VerfÜgung = 0,001, ODER = 3,803, CI = 1.69-8.56) (Table 3) VerfÜgung

fir MMP-1,3 polymorphism Droen Patienten Kombinatioun vun TA an TT genotypes bei méi Risiko vun ënnen Mo. Kriibs huet (ënneschten &. Mëtt Kierper, antrum an pylorus vun Mo. ) ( p VerfÜgung = 0,043, ODER = 2,18, CI = 1.03-4.64). Och, waren d'Kombinatioun vun TA an TT genotypes méi dacks zu gastric Kriibs Patienten mat 10 oder méi metastatic lymph Wirbelen ( p VerfÜgung = 0,021, ODER = 3,044, CI = 1.187-7.807) fonnt, suggeréiert, dass d'T allele haten eng demokratesch gefouert Auswierkungen op gastric Kriibs Werdegang a fréi Metastasen (Table 3). VerfÜgung

fir MMP-1,4 polymorphism, d'Verdeelung vun TC a CC genotypes Patienten mat verschiddene entholl Plazen am Mo. war no Erréchen engem statistesch relevant Associatioun mat de Risiko vun ënnen Mo. Kriibs ( p VerfÜgung = 0,075, ODER = 1,969, CI = 0.94-4.15) (Table 3). Widderspréchlech zu MMP-1,3 polymorphism, Patienten eng Kombinatioun vun TC a CC genotypes den Schutz géint regional lymph Node Metastasen Droen ( p VerfÜgung = 0,026, ODER = 0,34, CI = 0.13-0.88) nieft wäit Metastasen ( p VerfÜgung = 0,061, oDER = 0,49, CI = 0.24-1.03) vun gastric Kriibs (Table 3). VerfÜgung

fir MMP-1,5 polymorphism, eng Kombinatioun vun TC a CC genotypes zougedréckt e wesentleche association mat Lag vun Mo. entholl. Patienten eng Kombinatioun vun TC a CC genotypes Droen sech bei méi Risiko vun ënnen Mo. Kriibs ( p VerfÜgung = 0,034, ODER = 2,22, CI = 1.06-4.07) (Table 3). VerfÜgung

An stratification Analyse fir SNPs a manner Mo. entholl Opstellung, hätt der Etude eng Muecht vun 80% erreecht (Z-alpha = 1,645, fir alpha = 0,05) mat 89 manner Mo. Fäll, manner Mo an ieweschter Mo. Prouf Verhältnis vun 0,505 an 35% ausgesat ieweschte Mo. Patienten un de Risiko allele mussen oDER vun 2,5. VerfÜgung

Genotype Heefegkeet um zwee Inhalt Loci vun MMP-1 SNPs a Risk fir Gastric Cancer VerfÜgung

den Auswierkunge vun zwee Hausnummeren loci ze diskutéieren op de Risiko vun Kriibs, als Privatpersoun SNPs keng Gefor fir gastric Kriibs Entwécklung eegens huet, waren d'kombinéiert genotype Ofstänn zu Patienten an Kontrollen Verglach. Distributions vun vläit loci Ofstänn fir bascht schiefgang sech mat waarden Uerdnung vun Variant allele an Associatiounen observéiert goufen iwwerpréift. Et war keen dodrunner hänkt association observéiert, war d'Zuel vun Variant allele fir all Kombinatioun vun bascht vläit loci (Table 4) fräi. VerfÜgung

Linkage Disequilibrium tëscht der SNPs vun MMP-1 Promoteur an Haplotype Ofstänn mat dem waat bis Gastric Cancer VerfÜgung

All d'schiefgang an der MMP-1 Gentherapie Promoteur sech fir linkage disequilibrium (LD) tëscht der schiefgang évaluéieren a gemeinsam haplotypes cohorts präsent an de Patient a Kontroll ze identifizéieren. Der Regioun zougedréckt niddreg ze substantiell LD tëscht schiefgang, ausser MMP-1,4 an MMP-1,5 déi am Fall-Kontroll Studium Kohort (Dorënner 1) (de linkage disequilibrium Spär Definitiounen sech zu komplett LD sech baséiert op der Method vum Gabriel et al. VerfÜgung) [32]. Aachtelsfinalë haplotypes huet mat enger Frequenz méi héich wéi 1% souwuel zu Kontroll an Patient Populatioun identifizéiert, dorënner all fënnef lues Eechenholz der MMP-1 Gentherapie Promoteur. Déi verlängert haplotype Frequenz distributions vun MMP-1 schiefgang sech net relevant tëscht gastric Kriibs Patienten an Kontrollen an keent vun deenen haplotypes conferred Risiko fir gastric Kriibs Optriede (Donnéeën net gewisen). VerfÜgung

Fonctionnement Haplotype Effects vun MMP-1 schiefgang "op niddreg Mo. entholl Formatioun VerfÜgung

Aachtelsfinalë haplotypes mat enger Frequenz méi héich wéi 1% identifizéiert huet an kategoriséiert Uerder vum polymorphic Variant alleles waarden a fir Gentherapie-Doséierung Effet (Table S1 am Fichier S1) analyséieren. Den Ënnerscheed zu de haplotype Frequenz huet bedeitend tëscht ënneschten Mo. gastric Kriibs Patienten an ieweschter Mo. gastric Kriibs Patiente wéi d'Zuel vun polymorphic Variant alleles fräi waren an d'Erhéijung vun de Risiko fir manner Mo. gastric Kriibs Entwécklung doraus mat héchsten ODER vun 2,155, 95% CI = 1.317-3.526, P = 0,0028, χ 2 = 9.52 fir kombinéiert haplotypes mat 4 Risiko alleles (Table 5). VerfÜgung

fir den Impakt vun MMP-1 Promoteur schiefgang op der Gentherapie Funktioun ze ermëttelen , am Verglach mir serum MMP-1 Niveau vun serum Elisa zu Patienten manner Mo. Kriibs haplotypes mat kombinéiert riskéiere vs. ieweschte Mo. Kriibs mat der Referenz haplotype (1G-AATT) (op mannst een Risiko allele mussen). D'serum MMP-1 FAQ Konzentratioun war bal 1,5 fantastesch héich an Patienten mat manner Mo. Kriibs (n = 54) (mat kombinéiert Risiko haplotypes) wéi Patienten mat ieweschte Mo. Kriibs (n = 15) (mat Referenz haplotype; p = 0.024), proposéiert de funktionell Wichtegkeet vun dësen SNPs zu der Regelung vun MMP-1 Gentherapie Ausdrock an do vun den ënneschte Mo. carcinogenesis Prozess (Dorënner 2) ze beaflossen. D'Analyse gouf op Logbuch transforméiert d'Donnéeën (Dorënner S2 am Fichier S1) widderholl a confirméiert. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Obwuel MMPs net oncogenic oder mutagenic sinn, ofzeänneren se der microenvironment a kann de Prozess Afloss vun carcinogenesis a seng Histologie, a schéngen um Niveau vun transcriptional Aktivéierung [33] entschlof ginn. Well e Member vun MMP Famill, MMP-1 gouf gemellt eng wichteg Roll an Kriibs Invasioun duerch overexpression ze spillen, déi mat Metastasen an aarme hätt an esophageal Kriibs, spillt Kriibs, cutaneous malignant melanoma, colorectal Kriibs an gastric Kriibs assoziéiert ass [11 ], [15], [16], [25], [34]. Diffusen Zorte vun gastric Kriibs ginn normalerweis duerch eng räich Oflagerung vun collagen Faseren charakteriséiert, méiglecherweis verlanngt héichen Niveau vun MMP-1 Ausdrock fir adäquate Otemschwieregkeeten Remodeling vun der microenvironment [30]. D'genetesch Hannergrond gouf virgeschlo eng wichteg Roll an der Heefegkeet an Werdegang vun gastric Kriibs ze spillen [30]. Zousätzlech, e puer polymorphic Genen metabolic Enzymen an Zell Zyklus Legislateuren Zeechesaatz, wéi methylene tetrahydrofolate reductase, NADPH: hun quinone oxidoreductase an Cyclin D1 dokumentéiert gouf e waat fir gastric Kriibs [35] zu eegens - [37]. Dofir, polymorphic Genen, eleng, a Kombinatioun mat anere oder duerch dÉxistenz exogenous Risiko Faktoren, kann op engem héije Risiko vun gastric Kriibs fir Duerchmusterung Persounen als predicative Parameter benotzt ginn. VerfÜgung

Fir de beschte vun eisem Wëssen, dat Etude vun der Associatioun vun MMP-1 Varianten an de Risiko vun gastric Kriibs Entwécklung an Werdegang vun engem ëstlech indesch Populatioun ass déi éischt vun hirer Aart mat engem Schwéierpunkt op engem -1607 1G /2G polymorphism (MMP-1,1), an eng zousätzlech véier schiefgang tëschent dëser SNP an der Transkriptiouns Start Site. MMP-1 Promoteur Regioun funktionell schiefgang responsabel fir seng expressional hire Restaurant gi mat verschiddenen Krankheet Prozesser soll. Trotz dëser, an eiser Etude MMP-1.1 polymorphism an zousätzlech véier aner SNPs (MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1,3 an MMP-1,4) an de Promoteur Regioun sinn net mat gastric Kriibs Optriede, proposéiert dëse Promoteur Varianten soll ginn niddereg penetrance Risiko Facteuren zu gastric Kriibs. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLOS NËMMEN: Light an Elektronen Microscopy vun der Europäescher Beaver (Castor Léngen) Mo definitiven eenzegaarteg Morphological BIG mat Méiglech General biologesch Grousses
• PLOS NËMMEN: Self-Rapport Mo. opgeregt zu reesend op Cruise-Basis an Land-Opgrond Package Vakanz