PLoS ONE: Matrica metaloproteinazės-1 (MMP-1) Rėmėjas Polimorfizmais Na Susijęs su apatinėje pilvo naviko formavimasis Rytų Indijos Population

Anotacija

išraiška matricos metaloproteinazės-1 (MMP-1), į skyrių kolagenazės, vaidina svarbų vaidmenį ląstelių invaziją plėtros skrandžio vėžio, pirmaujanti mirties priežastis pasaulinio metu. Vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) -1607 1G /2G svetainė su MMP-1 geno promotoriaus buvo pranešta pakeisti transkripcijos lygio. Nors svarbą anketa iš kitų SNP į MMP-1 promotoriaus dar nebuvo ištirtas skrandžio vėžio, mūsų tikslas buvo ištirti MMP-1 geno promotoriaus polimorfizmas ir skrandžio vėžio jautrumą rytų Indijos gyventojų. A 145 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams ir 145 sveikų viso genotipą už MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) PGR-restrikcijos fragmentų ilgio polimorfizmo (RFLP), o MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /(rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) ir MMP-1 -320 T /C (rs494379) buvo nustatytas genotipas DNR sekos. Teigiamas asociacija buvo nustatyta su MMP-1 -422 T /A SNP, kad parodė didelį pavojų regioninio limfmazgių metastazių ( P
= 0,021, keista anketa santykis (ARBA) = 3,044, pasikliautinieji intervalai (PI) = 1.187 -7,807). Be to, mes nustatėme reikšmingą asociacijos apatinėje skrandžio navikų susidarymo tarp skrandžio vėžiu sergančių pacientų trijų gretimų polimorfizmas šalia transkripcijos starto vietų [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, arba = 2,182 CI = 1,03-4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, arba = 1.97, PI = 0,94-4,158) ir MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, arba = 2,224, PI = 1,064-40.731)]. MMP-1 lygis pacientų serume koreliavo su MMP-1 promotoriaus haplotipas suteikti šias tris SNP įvertinti funkcinę svarbą šių polimorfizmas apatinėje pilvo navikų susidarymo ir buvo pastebėta koreliacija. Be to, MMP-1 -519 A /G polimorfizmo rodomas prastas ląstelių diferenciaciją ( P
= 0,024, arba = 3,8, PI = 1.69-8.56) priskiriant didesnę riziką vėžio progresavimą. Taigi, MMP-1 proksimalinio rengėjas SNP yra susijęs su mažesne skrandžio navikų susidarymo ir mazgų metastazės rizikos rytų Indijos gyventojų

nurodomoji dalis:. Dey S Ghosh N Saha D podėlį K Gupta A Swarnakar S (2014) Matrica metaloproteinazės-1 (MMP-1) Rėmėjas Polimorfizmais Na Susijęs su apatinėje pilvo naviko formavimasis Rytų Indijos gyventojų. PLoS ONE 9 (2): e88040. Doi: 10,1371 /journal.pone.0088040

redaktorius: Redhwan Ahmedas al Naggar, gyventojų sveikata ir profilaktinė medicina, Malaizija

Įstojo rugsėjo 2, 2013 m Priėmė 3 January 2014 m Paskelbta: Vasario 5, 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Dey et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Sanjib Dey buvo gavėjas vyresniojo mokslo stipendija iš Indijos tarybos medicininių tyrimų (ICMR), Indija. GD ir KK yra gavėjas Vyresniojo mokslo stipendija iš tarybos mokslinių ir pramoninių tyrimų (CSIR). Darbas parėmė dotacijos IAP001 Tarybos mokslo ir pramonės tyrimų (CSIR), Indija, NBA07 departamento biotechnologijos (DBT), Indija. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra viena iš pagrindinių priežasčių, vėžio susiję mirties [1] visame pasaulyje. Pasauliniu mastu, skrandžio vėžys (GC) sudaro maždaug 800.000 mirčių per metus. Daugiau nei 70% GC atvejais įvyksta besivystančiose šalyse ir pusė pasaulio viso vyksta Rytų Azijos [1]. Ji yra viena iš pirmaujančių problema šiaurės rytų ir pietų valstybių Indijos subkontinento [2]. Skrandžio vėžio atvejų skiriasi nuo šalies, tikriausiai dėl genetinių, epigenetinių ir aplinkos veiksnių. Helicobacter pylori
infekcija laikoma didele rizikos veiksnys skrandžio vėžiui ypač vėžio apatinė dalis (noncardia) iš [3] skrandžio vystymąsi. Kombinuotas analizė 12 tyrimų, H. pylori parsisiųsti ir skrandžio vėžys Apskaičiuota, kad adenokarcinoma in ne CARDIA regionuose skrandžio rizika buvo beveik šešis kartus didesnė H. pylori
-infected žmonių nei sveikų žmonių [3].

Neseniai atlikti tyrimai rodo, kad, Kancerogeninis yra multi-ląstelių ir kelių pakopų procesas, kurio sunaikinimas audinių mikroaplinkos yra būtinas perskaičiavimo normalių audinių į naviko [4]. Taigi, molekulinė analizė audinių mikroaplinkos ir jos dereguliavimo navikų metu yra esminis žingsnis žinoti piktybinių mechanizmus. Matrica metaloproteinazių (MMPs), gautas tiek naviko ir normalios ląstelės, pakeisti mikroaplinka žeminantis tarpląsteliniame ir vėlesni mobilieji signalai sukelti ankstyvosiose stadijose navikų susidarymo [5]. Keletas MMP turi unikalią galimybę pabloginti intersticinio kolagenai (pvz I, II, ir III) organizmo gausiausių baltymus. MMP-1 yra labiausiai ubiquitously išreikštas intersticinio kolagenazės [6] ir jos raiška yra susijęs su keliais patologinių būklių, įskaitant naviko invazija ir metastazių [7]. Iš MMP-1 mRNR ekspresija buvo įrodytas daugelyje vėžio, pavyzdžiui, dėl skrandžio vėžio, gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio ir stemplės vėžio [8] - [12]. Raiškos MMP-1 baltymo yra susijęs su blogos prognozės stemplės vėžio ir gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio [10], [11]. Tai MMP-1 raiška gali būti priskirta transkripcijos veiksnio sugretinimas jungimosi vietų ir kooperavimosi tarp veiksnių, kurie jungiasi prie šių svetainių per promotoriaus regione MMP-1 geno [13].

rengėjas regionas MMP-1 yra guaninas įterpimo /delete polimorfizmas (1G /2G polimorfizmas) esant -1607 padėtį, kuri generuoja seką 5'-GGA-3 ", kuri turi 2G alelio. Iš 2G polimorfizmo buvimas gali padidinti transkripcijos aktyvumą endogeninio MMP-1, nes Guaninas įterpimas sukuria jungimosi vietos yra ETS transkripcijos faktorius šeimos narys. 2G alelių, gali prisidėti prie didesnio invazijos endometriumo karcinomos, prie kiaušidžių vėžio, plaučių vėžio ir storosios žarnos vėžio [14] plėtra - [21].

Studijos keletą kitų genų pateikė naują paradigmą kurio geno transkripcija yra labiau linkę turėti įtakos kelių polimorfizmas esančių promotoriaus regione, kuris veikia išvien, kad daryti haplotipas poveikį [22], [23]. Keletas kitų vieno nukleotido polimorfizmas (-519A /G -422T /A -340C /T ir -320C /T) ir MMP-1 geno promotoriaus neseniai buvo nustatyta [24]. Poveikis funkcijoms yra šių polimorfizmų dėl MMP-1 geno promotoriaus veiklos buvo įvertintas ląstelių linijų, melanomos (A2058 ir A375), krūties vėžio (MCF7 ir MDA-MB-231), plaučių vėžys (A549 ir ​​H69), ir gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžys ( HT-29, SW-620), lyginant rengėjas stipriąsias 10 labiausiai paplitusių haplotipų, gautų iš šių polimorfizmas [24]. Nors sustiprintas išraiška MMP-1 buvo susijęs su vietos invazija ir blogos prognozės skrandžio vėžio [25], iš MMP-1 promotoriaus SNP ir jų haplotipų į skrandžio vėžio vystymosi vaidmuo kol kas nežinoma bet žmonių populiacijoje.

Šiame tyrime mes atlikome ligoninės pagrindu atvejo-kontrolės tyrimą, kuriuo siekiama ištirti ir MMP-1 geno promotoriaus asociaciją SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /A (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1,4), ir -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] ir jų haplotipas su skrandžio vėžio išsivystymo riziką rytų Indijos gyventojų. Mes taip pat tyrinėjo tarp polimorfizmas ir klinikos veiksnių, tarp skrandžio vėžiu sergančių pacientų santykius. Tyrimas parodė, kad tariamų asociaciją MMP-1.3, MMP-1,4, ir MMP-1,5 polimorfizmas, kuriame mažiau skrandžio navikų susidarymo rizikos skrandžio vėžio. Funkcinė svarba MMP-1 polimorfizmai apatinėje pilvo navikų susidarymo buvo patvirtinta haplotipas poveikio šių polimorfizmų apie MMP-1 ekspresijos lygių serume. Tačiau ne asociacija su skrandžio vėžio atsiradimo dėl bet kurios iš minėtų penkių VNP-ai iš MMP-1 promotoriaus ir jų gautų haplotipų buvo nustatyta

Medžiagos ir metodai

Studijų dalykai:. Rytų Indijos Byla-kontroline grupe

Rytų Indijos atvejo-kontrolės kohortos sudarė 145 skrandžio vėžio atvejų ir 145 kontrolės asmenims. Tyrimo protokolai (2008-2014) buvo patvirtintas etinės peržiūros tarybų ir Saroj Gupta Cancer Center ir mokslinių tyrimų instituto, Kolkata, departamento skrandžio operacijos, medicinos koledžo ir ligoninė, Kolkata, IPGMER, Kolkata ligoninėse ir žmogaus etikos komiteto Indijos institutas chemijos biologijos, Kolkata, Indija. Visi pacientai su klinikine diagnoze skrandžio vėžio lankančių ligoninių skyriams virškinimo onkologijos iš Saroj Gupta Vėžys centras ir tyrimų institutas, Kolkata, skrandžio chirurgijos skyrius, Medicinos kolegija ir ligoninė, Kalkuta ir IPGMER, Kolkata metu 2008 birželio gegužės 2013 buvo nustatyta iš ligoninės registrų ir susisiekė tolimesniems tyrimams metu. Visi dalyviai davė parašyta informuoto sutikimo dėl dalyvavimo. Pacientų demografiniai, simptomai ir naviko rūšiavimas buvo registruojami ir renkami kraujo mėginiai pavartojus klinikinę istoriją ir atlikti klinikinius ir endoskopinius egzaminus. Histologinis naviko rašyti buvo nustatomas remiantis biopsijos ar rezekcijos egzempliorių pagrindu. Atmetimo kriterijai įtraukti ankstesnę istoriją Kita Metastazė vėžio, išskyrus skrandžio vėžio. Galimybė pepsinė opa be jokio vėžio pažeidimas buvo neįtraukiamos histopatalogiją skrandžio pažeidimo. Skrandžio vėžio ir TNM sustojimo diagnozė buvo pagrįsta visuotinai pripažintais klinikinį histologinis, radiologinio ir imunofluorescencijos išvadas, ir kad Amerikos jungtinio komiteto vėžiu (AJCC) ir Tarptautinė sąjunga prieš Vėžys (UICC) kriterijus [25]. Asmenys, kurie buvo anksčiau arba kuriems šiuo metu jau priklausomi nuo tabako mažiausiai 2 metus buvo apibrėžiamas kaip tabako priklausomi. Lankantiems asmenims šias ligonines eiliniam inspekcijos ir kurie buvo be istorijos ar diagnozuojant bet vėžio ar genetinių ligų, taip pat buvo paprašyta dalyvauti ir savanoriškai paaukoti kraujo tyrimą. Šie dalykai buvo laikomi sveikų. Visi vėžiu sergantiems pacientams ir kontrolinės grupės tiriamųjų buvo nesusiję ir Indijos pilietybę iš Vakarų Bengalijos ar aplinkinių rytų Indijos valstijų. Ši populiacija buvo laikoma atstovas rytų Indijos gyventojų.

DNR išskyrimo ir Serumas kolekcija

Iš kiekvieno dalyko, 5 ml veninio kraujo buvo parengtos steriliai į Vacutainer vamzdžių (Qiagen, JAV), kuriuose yra EDTA ir saugomi 4 ° C temperatūroje prieš genominės DNR išskyrimo. Genomo DNR buvo išskirta iš 3,5 ml neapdoroto kraujo per dvi savaites nuo mėginių ėmimo naudojant QIAamp DNR kraujo Midi rinkinį (QIAGEN, JAV) pagal gamintojo protokolą. Iš karto po kraujo surinkimą, additional1.5 ml visame kraujyje buvo centrifuguojamas esant 1800 g, 5 min iki gauti serume frakcija. Serumo mėginiai buvo laikomi -80 ° C iki analizės

Gruntai ir PGR rengėjo regiono MMP-1 genų

Gruntai buvo sukurta su FastPCR Programinė įranga (http:. //Www. biocenter.helsinki.fi) taip, kad sustiprinti promotorių regionus MMP-1 geno kad būtų galima analizuoti polimorfizmus pagal sekos (1 lentelė). PGR buvo atliekama PGR SPRINT termocikleriu ( "Thermo Electron Corporation, Japonija). Tikslinė seka buvo amplifikuotos 25-mikrol, reakcijos tūrio, kurių sudėtyje yra 10-20 ng genominės DNR, 0,2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl, (pH 8.3), 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 0,3 mkm kiekvieno gruntas, ir 1,0 vieneto Taq DNR polimerazės (Fermentas "Taq DNR polimerazės, Fermentas, JAV). PGR amplifikacija buvo atliktas su 35 ciklų denatūruojant 94 ° C temperatūroje 30 S, atkaitinimo ir sudaro 58 ° C-59 ° C temperatūroje 1 min (1 lentelė) ir po to, pratęsiant 72 ° C temperatūroje 30 s po pirminio aktyvavimo žingsnis 94 ° C temperatūroje 5 min. PGR fragmentai buvo analizuojami lyginant su 100 bp DNR kopėčių (Fermentas, JAV) ant etidžio bromido tamsintas 1,5% agarozės gelį (Kat Nr 014.011, SISCO tyrimų laboratorijas, Indija) paleisti 60 min 100 V

genotipo

genotipo pagal sekos, bet neįregistruotos dNTP buvo defosforilinama ir neįregistruotos pradmenys buvo pašalintas iš PGR produkto kiekis krevečių šarminės fosfatazės (Fermentas, JAV) ir egzonukleazės-aš fermento (Fermentas, JAV). PGR produktai buvo naudojami sekos su BigDye® Terminatorius v3.1 ciklas eilės nustatymas Kit (Applied Biosystems, JAV) ir sekos naudojant ABI PRISM 3100 genetinę analizatoriumi (Perkin-Elmer ABI Foster City, Kalifornija.) Pagal gamintojo protokolą. PGR amplifikacijos buvo sekos į abi puses su priekine ir atbuline eiga PGR pradmenis pašalinant suspaudimo artefaktai galimybę. Sekos chromatogramos buvo analizuojami naudojant seka skaitytuvo programinė įranga v1.0 (Applied Biosystems, JAV) analizuoti pasikeitimai, nukleotidų ir taip genotipų

MMP-1,1 1G /2G polimorfizmas buvo genotipą PGR -.
apribojimas fragmentas ilgio polimorfizmo (RFLP) metodas, naudojant AluI
fermento (New England BioLabs, Inc (NVUI); Ipswich MA)., kaip aprašyta anksčiau [26]

Enzyme- imunofermentinė analize (ELISA)

Serumas MMP-1 baltymo lygis (Pro ir aktyvus) pacientams, sergantiems viršutinių skrandžio vėžio su ne rizikos haplotipų ir apatinės skrandžio vėžio su rizikos haplotipų (turi vieną ar daugiau rizikos alelių) buvo lyginami naudojant komerciškai prieinamą MMP-1 ELISA rinkinys (ab10063, Abcam, JAV), pagal gamintojo nurodymus. Serumo mėginiai buvo praskiesti (01:05 v /v) tiriamo pavyzdžio skiedikliu rinkinyje tiekiamą. Trumpai, 100 pL standartų, ruošiniai ir praskiestų serumo mėginys buvo pipete į anti-žmogaus MMP-1 precoated 96-šulinėlių plokštelės numatyta per rinkinio ir inkubuota 2,5 valandos, esant 37 ° C temperatūroje. Po kelių plauna, biotinilinto anti-žmogaus MMP-1 antikūnas (praskiestas 1:1000) buvo įtraukta į šulinėlius ir plokštelės buvo inkubuojami 1 valandą kambario temperatūroje. Po Nuplauna nesusiję biotinilintą antikūnus, HRP konjuguoto avidino įpilama į šulinėlius. Plokštelė vėl buvo inkubuojami 45 min. Po intensyvių plovimo, 100 pL substrato tetramethylbenizidine buvo pipete į kiekvieną šulinėlį, ir plokštelės buvo inkubuojamos 30 min kambario temperatūroje (25 ° C) tamsoje. Stabdymo tirpalas buvo įtraukta baigus. Kiekvienas mėginys buvo tiriamas dviem egzemplioriais. Absorbcijos vertės ruošiniai, pavyzdžius ir standartus buvo perskaityti mikroplokštelių skaitytojui esant 450 nm bangos ilgiui. Iš MMP-1 baltymo mėginių lygis buvo gautas lyginant su standartine kreive, kurios susidaro standarto, kurį gamintojoje. Minimalus aptinkamas lygis MMP 1 buvo 8 pg /ml.

Statistinė analizė

Statistinė analizė atlikta naudojant SPSS programinę įrangą (versija 16.0J. SPSS Inc., Chicago, IL, USA ). Reikšmingų skirtumų tarp amžiaus interviu kontrolės ir amžius diagnozės vėžio atvejų buvo vertinami naudojant Stjudento t-testas palyginimui priemonėmis, naudojant GraphPad InStat3 Programinė įranga (GraphPad Software, Inc., San Diegas Kalifornijos JAV). Hardy-Weinberg pusiausvyra (HWE) analizė buvo atlikta palyginti stebėto ir tikimasi alelių dažnius, naudojant chi kvadrato testas kontrolės priemonės, skirtos užtikrinti, kad kiekvienas žymeklis buvo pusiausvyroje ( P
> 0,05). Nepilnametis alelio dažnis (MAF) ( -modelį
variantas), HWE ( -hardy
variantas) kiekvienam SNP buvo įvertintas pagal kontrolinėje populiacijoje naudojant Šaudyti v0.99 [27]. Byla-kontroliniai duomenys buvo analizuojami naudojant dviejų pusių 2-iki-2 arba 2-by-3 nenumatytų stalai pagal kurį Pearson chi-square testą genotipą. Šansai santykis (ARBA) ir 95% pasikliautinasis intervalas (PI) genotipų buvo apskaičiuotos iš daugiamatės logistinės regresijos modelį, pritaikytu amžiaus (tolydžiai kintamu), lytį ir tabako priklausomybės. Šiame tyrime mes apibrėžta, kad 1G alelis 1G-1607 2G SNP, A A-519G SNP, su A T-422A SNP, T alelis T-340c SNP ir T alelio alelio alelis T-320C SNP buvo pagalbos aleliai. Rezultatai buvo vertinami aukščiau alelių kaip nuoroda, naudojant Polinominė logistinės regresijos modelį. Analizuojant ryšį tarp SNP genotipas ir ligos statuso GC, vėžio histologinis klasifikavimo ir gylio naviko invazijos etapu santykius buvo pertvarkyta į dvejetainius duomenis (I etapas ir II vs III + IV etape, gerai diferencijuotas + saikingai diferencijuoti vs blogai diferencijuoti ir T1 + T2 vs T3 + T4). Tarp genotipo paskirstymo ir naviko gylio ar stadijoje santykiai taip pat buvo tiriama naudojant Polinominė logistinės regresijos modelį, pakoreguotą dėl amžiaus (tolydžiai kintamu), lytis ir tabako priklausomybės, kaip galimą trukdantis veiksnys. Haplotipas dažniai buvo analizuojami naudojant programą Haploview (4.1, platus institutas, Chembridge, JAV Ver.) [28]. Visi rezultatai buvo laikomi statistiškai reikšmingais, jei P
vertė buvo < 0,05. Post hoc galios skaičiavimas buvo atliktas išbandyti statistinę galią šioje studijoje pagal Schlesselman, JJ metodas [29].

Rezultatai

Aprašymas tyrimo populiacijos

tyrime dalyvavo 145 skrandžio vėžiu sergančių pacientų, turinčių 112 (77,2%) vyrai ir 33 (22,8%) moterys su amžiaus nuo 42.6-65.8 metų, taip pat 145 kontrolinės grupės tiriamųjų, turinčių 81 (55,9%) vyrai ir 64 (44,1%) moterys, kurių amžius nuo 34.5-62.5 metų. Pacientai ir kontrolinės grupės tiriamųjų buvo kilęs iš tos pačios geografinės padėties ir yra atstovas rytų Indijos gyventojų. Buvo statistiškai reikšmingi skirtumai lyčių pasiskirstymo ( P
< 0,001) ir amžius ( P
< 0,0001) tarp pacientų ir kontrolės. Be to, žymiai daugiau tabako priklausomiems asmenims (p < 0,0001) dalyvavo tarp pacientų (68,3%), palyginti su kontroline grupe (28,3%). Taigi, atsižvelgiant į rizikos vertinimo žinoma, amžių, lytį ir priklausomybės pakoreguotas Kursai rodikliai buvo apskaičiuoti.

aptikimas vieno nukleotido polimorfizmas į MMP-1 promotoriaus

NATŪRALIŲ, bendros sekos variantai MMP-1 geno promotoriaus atvejais ir kontrolės buvo ieškoma tiesioginio DNR sekos. Sureguliavimas sekos chromatogramos su MMP-1 geno promotoriaus contig seka (GeneBank narystei NO- AF023338) patvirtino, SNP pozicijas -1607 (1G /2G, ty G įterpimo /išbraukta) -519 (A /G), -422 (T /A), -340 (T /C) ir -320 (T /C) (S1 pav failo S1). MMP-1,1 genotipo PGR-RFIP tada buvo atliktas tarp skrandžio vėžiu sergančių pacientų ir kontrolės. S1A pav (Failų S1) rodo tipišką PGR aleliai modelis. Tikslinė 269 BP regionas MMP-1 geno promotoriaus buvo PGR sustiprina ir suardomas, AluI
, kuris prilipdavo prie 1G alelio generuoti du fragmentus 241 bp ir 28 bp. 2G alelis nebuvo virškinti su AluI
. Heterozigotinės genotipas parodė tris juostas 269 bp, 241 bp ir 28 bp (S1A pav Failų S1). MMP-1,2, MMP-1.3, MMP-1,4) ir MMP-1,5 buvo nustatytas genotipas DNR sekos (pav S1B Failų S1). MMP-1,1 genotipas analizė DNR sekos buvo apribota bandomojo tyrimo, taip pat kaip ir 10%, pakartotiniam analizatoriaus tikrinimui populiacijos. Visi genotipo buvo atliktas tarp 145 pacientų ir 145 kontrolės.

asociacija tarp atskirų VNP-ai MMP-1 promotoriaus ir skrandžio vėžio rizika

genotipas pasiskirstymai MMP-1 polimorfizmas atitiko Hardy- Weinberg pusiausvyra (HWE). Tyrimas būtų pasiektas 80% galios (Z-alfa = 1.645, už alfa = 0,05) su 145 atvejų, teismų kontrolė santykis 1.0 ir 10% veikiami kontrolė ir rizikos alelių turintys ar iš 2.31.

MMP-1,1 polimorfizmas neparodė reikšmingo skirtumo paskirstymo genotipų (1G1G vs 1G2G, 2G2G ir 1G2G + 2G2G) tarp pacientų ir kontrolės ( p
= 0,430 p
= 0,465 ir p
= 0,411, atitinkamai). Be to, alelio dažnis platinimas (1G vs 2G) nebuvo reikšmingas tarp pacientų ir kontrolės ( P
= 1,000), ir tokiu būdu nesuteikė jokios rizikos skrandžio vėžio vystymąsi (2 lentelė). Taip pat pažymėtina, kad 2G alelis buvo pagrindinis alelis šioje populiacijoje ir mes jį paėmė kaip rizikos alelių kaip ir daugelis kitų tyrimų anksčiau nutarė rizika alelis [14], [30], [31].

skrandžio vėžiu sergančių pacientų, iš MMP-1,2 AG, VS ir AG + GG genotipų dažnis reikšmingai nesiskyrė nuo sveikų ( p
= 0,603 p
= 0,506 ir p
= 0,510, atitinkamai), todėl nesuteikė jokio didesnio pavojaus dėl skrandžio vėžio. Be to, alelio dažnis (A vs G), vėžiu sergantiems pacientams buvo reikšmingai skyrėsi nuo sveikų ( P
= 0,337) ir nesuteikė riziką skrandžio vėžio išsivystymo (2 lentelė).

genotipas dažnių pasiskirstymas, (AA vs TT, TA ir TA + TT) iš MMP-1,3 polimorfizmo į pacientų populiacijos reikšmingai nesiskyrė nuo sveikų ( p
= 0,626 p
= 0,999 ir p
= 0,806, atitinkamai), todėl nesuteikė jokio didesnio pavojaus dėl skrandžio vėžio. Be to, alelio dažnis (t vs) paskirstymo vėžiu sergantiems pacientams ir kontrolės nebuvo reikšmingas ( P
= 0.927) (2 lentelė).

paciento MMP-1,4 polimorfizmo genotipų, (TT vs TC, CC ir TC + CC) parodė panašų paskirstymą, kad matyti kontrolę ( p
= 0,474 p
= 0,424 ir p
= 0,388 atitinkamai), kuriame nebuvo susijęs skrandžio vėžio riziką. Be to, iš alelio dažnio pasiskirstymas (t vs C) pacientams ir kontrolės statistiškai nesiskyrė ( P
= 0,357), taip pat rodo, kad bet kartu su skrandžio vėžio rizika nebuvimą (2 lentelė).

MMP-1,5 polimorfizmas genotipas dažniai (TT vs TC, CK ir TC + CC) pacientams buvo panašiai platinami kad kontrolės ( p
= 0,329 p
= 0,358 ir p
= 0,228, atitinkamai), kuriame jokio reikšmingo pavojaus skrandžio vėžio. Be to, iš alelio dažnio pasiskirstymas (t vs C) ir pacientams, ir kontrolės reikšmingai nesiskyrė ( P
= 0,469) (2 lentelė).

asociacija tarp atskirų VNP-ai MMP -1, taip pat Demografinė ir klinikos Savybės skrandžio vėžio diagnozę
Laikas

Asociacijos buvo išnagrinėti tarp kiekvieno polimorfizmo ir demografinių ir klinikos ypatybių skrandžio vėžiu sergančių pacientų ir kontrolės (3 lentelė). MMP-1.1, MMP-1,2, MMP-1.3, MMP-1,4 ir MMP-1,5 polimorfizmas nevaidino jokio vaidmens nustatant skrandžio vėžio riziką dėl bet kokios amžiaus grupės, lyties ar tabako priklausomybės statusą.

MMP- 1.1 ir MMP-1.2 polimorfizmas nesuteikė jokio didesnio pavojaus dėl naviko vietą arba laipsnį naviko progresavimo skrandžio vėžiu (3 lentelė). Tačiau pacientai, vežantys derinys AG ir GG genotipą MMP-1.2 polimorfizmo buvo žymiai paskirstomos histologinių potipių vėžio ir parodė žymiai didesnę riziką blogai diferencijuotų (PD) karcinoma ( P
= 0,001, arba = 3,803, PI = 1,69-8,56) (3 lentelė)

MMP-1,3 polimorfizmo, pacientai, vežantys derinys TA ir TT genotipų buvo daugiau rizikos žemesnės skrandžio vėžiu (mažesnės &. viduryje kūno, antralinėje dalyje ir fazė prievartyje skrandžio ) ( p
= 0,043, arba = 2.18, PI = 1,03-4,64). Be to, VR ir TT genotipų kombinacija buvo rasta dažniau skrandžio vėžiu sergantiems pacientams su 10 ar daugiau metastazių limfmazgiuose ( P
= 0,021, arba = 3,044, PI = 1,187-7,807), o tai rodo, kad T alelis turėjo neigiamą poveikį skrandžio vėžio progresavimo ir ankstyvą metastazių (3 lentelė).

MMP-1,4 polimorfizmo, TC ir CC genotipų pasiskirstymas tarp pacientų, sergančių įvairių vėžinių vietose skrandyje buvo artimas pasiekus Statistiniai reikšmingas ryšys su žemesnės skrandžio vėžio rizika ( p
= 0,075, arba = 1.969, PI = 0,94-4,15) (3 lentelė). Prieštaringa MMP-1,3 polimorfizmo, pacientai, turintys TC ir CC genotipų derinys suteikė apsaugą nuo regiono limfmazgių metastazių ( P
= 0,026, arba = 0,34, PI = 0,13-0,88) be tolimoje metastazių ( p
= 0,061, arba = 0,49, PI = 0,24-1,03) skrandžio vėžys (3 lentelė).

MMP-1.5 polimorfizmo, iš TC ir CC genotipų kombinacija parodė reikšmingas asociacija su vietos skrandžio naviko. Pacientai, turintys TC ir CC genotipų derinys buvo daugiau rizikos žemesnės skrandžio vėžiu ( P
= 0,034, arba = 2.22, PI = 1,06-4,07) (3 lentelė).

stratifikacija analizė VNP-ai ir apatinės pilvo navikų susidarymo, tyrimas būtų pasiektas 80% galios (Z alfa = 1,645, už alfa = 0,05) su 89 apatinėje pilvo atvejais, apatinėje pilvo ir viršutinės pilvo pavyzdys santykis 0.505 ir 35% veikiami viršutinės pilvo pacientams rizikos alelių turintys ar 2.5.

genotipas dažnumas dviejose susijusiose loci MMP-1 VNP-ai ir rizikos skrandžio vėžio

Jei įvertinti bendrą poveikį dviejose susijusiose lokusų nuo vėžio rizikos, kaip individualios VNP-ai, nesuteikė riziką skrandžio vėžio išsivystymo, kombinuoti genotipas dažniai buvo palyginti pacientų ir kontrolės. Skirstiniai suporuotų loci dažnių gretimų polimorfizmas buvo pastebėtas su išnagrinėjo didėjimo tvarka variantas alelio ir asociacijų. Nebuvo dozė priklauso asociacija pastebėjo, kad variantas alelio skaičius buvo padidintas už bet kokį gretimą suporuotas lokusų (4 lentelė) derinys.

Ryšys disbalansui tarp MMP-1 promotoriaus ir haplotipas dažnių VNP-ai su jautrumą skrandžio vėžys

Visi į MMP-1 geno promotoriaus polimorfizmas buvo vertinamas šarnyro pusiausvyros pažeidimo (LD) tarp polimorfizmas, ir nustatyti bendrus haplotipų esančių pacientų ir kontrolės kohortos. Regionas parodė mažai nemažai LD tarp polimorfizmas, išskyrus MMP-1,4 ir MMP-1.5, kuri buvo visiškai LD į atvejo-kontrolės tyrimo kohortos (1 paveikslas) (trauklė disbalansui blokas apibrėžimai buvo grindžiami Gabrielio metodą > ir kt.) [32]. Šešiolika haplotipas buvo tapatinamas su dažniu didesnis kaip 1% tiek kontrolės ir pacientų, įskaitant visus penkis žymekliai apimantis MMP-1 geno promotoriaus. Išplėstinės haplotipas dažnio pasiskirstymas MMP-1 polimorfizmas nebuvo reikšmingas tarp skrandžio vėžio pacientų ir kontrolės ir nė vienas iš suteiktų riziką skrandžio vėžio atsiradimo šių haplotipų (duomenys neparodyti).

Funkciniai haplotipas poveikis MMP-1 polimorfizmas "ant apatinėje pilvo navikų susidarymo pervežimas

Šešiolika haplotipas buvo tapatinamas su dažniu didesnis nei 1% ir suskirstytos pagal didėjimo tvarka polimorfines variantas alelių ir analizuojami genų dozėmis poveikis (lentelė S1 Failų S1). Į haplotipas dažnio skirtumas buvo reikšmingas tarp žemesnės skrandžio skrandžio vėžiu sergantiems pacientams ir viršutinės pilvo skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, nes Polimorfinių variantas alelių skaičius padidėjo todėl rizikos padidėjimo mažesnis skrandžio skrandžio vėžio išsivystymo su aukščiausia ARBA nuo 2.155, 95% PI = 1,317-3,526, p = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 kombinuotiems haplotipų yra 4 rizikos alelių (5 lentelė).}

siekiant ištirti MMP-1 promotoriaus polimorfizmas poveikį genų funkcijai mes palyginti serumo MMP-1 lygį pagal serumo ELISA pacientams, turintys mažesnį skrandį vėžio kombinuotas rizikos haplotipas (turintis bent vienu rizikos alelių), palyginti su viršutine skrandžio vėžio su atskaitos haplotipas (1G-AATT). Serumą MMP-1 baltymo koncentracija buvo beveik 1,5 karto didesnė ligonių, sergančių apatinių skrandžio vėžio (n = 54) (su kombinuotų rizikos haplotipų), nei pacientams, sergantiems viršutinių skrandžio vėžio (n = 15) (su atskaitos haplotipas; p = 0,024), rodo funkcinę svarbą šių VNP-ai į MMP-1 geno ekspresijos reguliavimo ir ten darant įtaką apatinėje pilvo Kancerogeninis procesą (2 paveikslas). Analizė buvo pakartotas ir patvirtintas ant žurnalo transformuojant duomenis (S2 figūra Failų S1).

Diskusijos

Nors MMPs nėra onkogeninė arba mutageninių, jie keičia mikroaplinka ir gali paveikti procesą kancerogenezės ir jos histologiją, ir atrodo, kad būti sukeltas ne iš transkripcijos aktyvavimo [33] lygiu. Kadangi ji yra vienos MMP šeimos nario, MMP-1 buvo pranešė, vaidina svarbų vaidmenį vėžio invazijos per raiškos, kuri yra susijusi su metastazių ir blogos prognozės į stemplės vėžio, kiaušidžių vėžio, odos piktybinės melanomos, gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio ir skrandžio vėžio [11 ], [15], [16], [25], [34]. Pasklidosios tipų skrandžio vėžiu paprastai būdingas gausiai nusėdimą kolageno skaidulų, galbūt reikia aukštesnio lygio MMP-1 saviraiškos tinkamo audinio neįvertino mikroaplinkos [30]. Genetinė fonas buvo pasiūlyta vaidinti svarbų vaidmenį, dažnumo bei progresavimo skrandžio vėžio [30]. Be to, kai polimorfinės genai, koduojantys medžiagų apykaitos fermentų ir ląstelės ciklo reguliatoriai, pavyzdžiui, metileno tetrahidrofolatas reduktazės, NADPH: quinone oksidoreduktazė ir nuo ciklino D1 nebuvo užfiksuota suteikti, kurie yra jautrūs skrandžio vėžio [35] - [37]. Todėl, polimorfinės genai, vienas, kartu su kitais arba per sąveikos su išorės rizikos faktorių, gali būti naudojamas kaip predikatines tikrinimo parametrus individai, o didelės rizikos skrandžio vėžio.

Jei geriausias mūsų žinių, ši tyrimas MMP-1 variantų asociacijos ir skrandžio vėžio išsivystymo ir progresavimo riziką rytų Indijos gyventojų yra pirmas tokio pobūdžio, daugiausia dėmesio skiriant tam -1607 1G /2G polimorfizmo (MMP-1.1), ir papildomas keturių polimorfizmas tarp šio SNP ir transkripcijos starto svetainėje. MMP-1 rengėjas regionas funkciniai polimorfizmas, atsakingą už jos Išsiskiriantis pakeitimų buvo susijęs su įvairių ligų procesus. Nepaisant to, mūsų tyrime MMP-1,1 polimorfizmas, ir papildomai kitos keturios SNP (MMP-1.1, MMP-1,2, MMP-1,3 ir MMP-1,4), esantys promotoriaus regione yra ne koreliuoja su skrandžio vėžio atsiradimo, tai rodo šios promotorių variantus būti mažas Pralaidumą rizikos veiksniai skrandžio vėžio. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLoS ONE: Šviesa ir elektronų mikroskopija Europos Beaver (Castor fiber) Skrandžio Atskleisti Unikalus morfologiniai požymiai su galimais General biologinė reikšmė
• PLoS ONE: Savęs Pranešė skrandžio sutrikimų ir klajoklių kruiziniuose pagrindu ir sausumos kelionių paketų