PLoS ONE: matrične metaloproteinaze-1 (MMP-1) Promotor polimorfizmi su dobro povezan s donjeg dijela trbuha tumora formacije u istočnoj indijskoj stanovništva

Sažetak pregled

Izražavanje matrice metaloproteinaze-1 (MMP-1), što je intersticijska kolagenaza, igra važnu ulogu u staničnoj invaziji tijekom razvoja karcinoma želuca, vodeći uzrok smrti u svijetu. Polimorfizam jednog nukleotida (SNP) -1607 1G /2G mjesto promotora gena MMP-1 je izvijestila da mijenjaju razinu transkripcije. Dok važnosti je za druge SNP u MMP-1 promotora još nisu studirao kod raka želuca, cilj nam je bio istražiti MMP-1 gena promotora polimorfizma i rak želuca osjetljivost u istočnoj indijskoj populaciji. Ukupno 145 pacijenata s karcinomom želuca i 145 zdravih kontrola su genotipizirani na MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) pomoću PCR-restrikcijskom polimorfizam duljine fragmenta (RFLP), a MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /a (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) i MMP-1 -320 T /C (rs494379) su genotipizirani sekvenciranjem DNA. Pozitivna povezanost nađena s MMP-1 -422 T /A SNP koji su pokazali značajan rizik za regionalni limfni čvor metastaza ( P pregled = 0,021, ak je odnos (OR) = 3,044, Intervali povjerenja (CI) = 1,187 -7,807). Osim toga, pronašli smo značajnu povezanost s nižim želuca nastajanja tumora kod pacijenata s rakom želuca tri susjedne polimorfizama u blizini transkripcijski početak stranice [MMP-1 -422 T /A ( P pregled = 0,043, OR = 2,182 , CI = 1,03 - 4,643), MMP-1 -340 T /C ( P pregled = 0.075, OR = 1,97, CI = 0,94 - 4,158) i MMP-1 -320 T /C ( P pregled = 0,034, OR = 2,224, CI = 1,064-40.731)]. MMP-1 u krvi u serumu bolesnika povezana sa MMP-1 promotora haplotipa prenose ta tri SNP-ova za procjenu funkcionalnog značaja ovih polimorfizama u donji nastajanja tumora želuca i opažena značajna korelacija. Nadalje, MMP-1 -519 A /G polimorfizma prikazuje slabu staničnu diferencijaciju ( P
= 0,024, ili = 3.8, CI = 1.69-8.56) pripisujući veći rizik od progresije raka. U zaključku, MMP-1 proksimalni promotor SNP su povezani s rizikom od donjeg nastajanja tumora želuca i čvor metastaze u istočnoj indijskoj populaciji pregled

Izvor:. Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar s (2014) Matrix Metalloproteinase-1 (MMP-1) Promotor polimorfizmi Pa su povezani s donjeg dijela trbuha tumora formacije u istočnoj indijskoj populaciji. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10,1371 /journal.pone.0088040 pregled

Urednik: Redhwan Ahmed Al Naggar, Stanovništvo Zdravlje i preventivnu medicinu, Malezija pregled

Primljeno: 2. rujna 2013. godine; Prihvaćeno: 3 siječnja 2014; Objavljeno: 5. veljača 2014 pregled

Copyright: © 2014 Dey i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Financiranje:. Sanjib Dey je dobitnik Senior Research Fellowship iz indijskog vijeća za medicinska istraživanja (ICMR), Indija. NG i KK su dobitnik Senior Research Fellowship iz Vijeća znanstveni i industrijska istraživanja (CSIR). Rad je podržan od strane grant IAP001 Vijeća znanstveni i industrijska istraživanja (CSIR), Indija, NBA07 Odjela za biotehnologiju (DBT), Indija. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je jedan od vodećih uzroka raka povezane smrti u [1] svijet. Na globalnoj razini, rak želuca (GC) iznosi oko 800.000 smrtnih slučajeva godišnje. Više od 70% GC slučajeva javlja se u zemljama u razvoju, a pola svijeta ukupno događa u istočnoj [1] Azije. To je jedan od vodećih problema u sjeverno-istočnim i južnim državama Indijskog potkontinenta [2]. Incidencija raka želuca varira od zemlje do zemlje, vjerojatno kao posljedica genetskih, epigenetičkim i okolišnih čimbenika. Helicobacter pylori pregled, infekcija se smatra kao jedan od glavnih faktora rizika u razvoju raka želuca pogotovo raka u donjem dijelu (noncardia) trbuha [3]. Kombinirana analiza 12 studija o H. pylori pregled i rak želuca procjenjuje da je rizik od adenokarcinoma u ne-kardija područja želuca bila je gotovo šest puta veći za H. pylori pregled -infected ljudi nego za nezaraženih ljudi [3]. pregled

Nedavne studije pokazuju da, karcinogeneze je multi-stanični i višefazni proces u kojem uništavanje mikro tkiva je uvjet za obraćenje normalna tkiva tumora [4]. Dakle, molekularna analiza mikro tkiva i njegove deregulacije tijekom neoplazija je ključni korak da zna mehanizme malignosti. Metaloproteinaze matriksa (MMP), koje nastaju tumorskih i normalnih stanica, mijenjaju mikrookoliša degradiraju ekstracelularni matriks i naknadne stanični signali dovode do rane faze nastajanja tumora [5]. Nekoliko MMP imaju jedinstvenu sposobnost da degradiraju u međuprostoru kolagene (na primjer I, II i III), tijelo je najobilniji protein. MMP-1 je najviše prisutno izraženi intersticijski [6] kolagenaze i njena hiperekspresija je povezan s nekoliko patoloških stanja, uključujući i tumorskoj invaziji i metastaziranju [7]. Povećana ekspresija MMP-1 mRNA je pokazano u različitih tumora kao što su rak želuca, rak debelog crijeva i rak jednjaka [8] - [12]. Prekomjerna ekspresija MMP-1 proteina je povezana s lošom prognozom i karcinoma jednjaka i rak debelog crijeva [10], [11]. Ovaj MMP-1 pojačana ekspresija može se pripisati suprotstavljanja transkripcijski faktor vezna mjesta i cooperativity među faktorima koji se vežu na ovim stranicama unutar promotorske regije MMP-1 gena [13]. Pregled

promotorske regije MMP-1 sadrži polimorfizam gvanin umetanje /brisanje (1G /2G polimorfizam) na položaju -1607 koji generira slijed 5'-GGA-3 ', koji ima 2G alela. Prisutnost polimorfizma 2G može povećati transkripcijsku aktivnost endogenog MMP-1 jer gvanin umetanje stvara vezno mjesto za člana ETS faktora transkripcije obitelji. 2G alela može doprinijeti povećanju invazivnosti endometrija karcinoma, na razvoj raka jajnika, rak pluća i rak debelog crijeva [14] -. [21] pregled

Studije u nekoliko drugih gena dali nove paradigme u koji donosi transkripciju gena je više vjerojatno da će biti pod utjecajem više polimorfizama koji se nalaze u području promotora koji djeluju u dogovoru da vrši haplotip efekt [22], [23]. Nekoliko drugih polimorfizama (-519A /G, -422T /A, -340C /T, i -320C /T) na promotor gena MMP-1, nedavno je utvrđeno [24]. Funkcionalni učinci ovih polimorfizama na aktivnost MMP-1 gena promotora su određene u staničnim linijama melanoma (A2058 i A375), karcinom dojke (MCF7 i MDA-MB-231), rak pluća (A549 i H69), i kolorektalni rak ( HT-29, SW-620) usporedbom promotora prednosti 10 najčešćih haplotipova koji su izvedeni iz ovih polimorfizama [24]. Iako je pojačana ekspresija MMP-1 je povezan s lokalnom invazije i lošom prognozom u rakom želuca [25], uloga MMP-1 promotor SNP-ova i njihovih haplotipova u razvoju raka želuca je trenutno nepoznata u bilo ljudske populacije.

u ovom istraživanju, proveli smo case-control studija bolnica-based istražiti povezanost promotora MMP-1 gena SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /a (rs475007) (MMP-1.3), -340C /T (rs514921) (MMP-1.4) i -320C /T (rs494379) (MMP-1.5)] i njihove haplotipovi s rizikom od razvoja karcinoma želuca u istočni indijskog stanovništva. Također smo istražili odnos između polimorfizama i kliničkopatološkim faktora među pacijentima s rakom želuca. Studija je pokazala pretpostavljenu povezanost MMP-1.3, MMP-1.4, i MMP-1,5 polimorfizama s rizikom od donjeg želuca formiranja tumora kod raka želuca. Funkcionalna važnost MMP-1 polimorfizama donjem nastajanja tumora želudac je potvrđeno haplotipu učincima takvih polimorfizama na MMP-1 ekspresijskih razina u serumu. Međutim, bez povezanosti s pojavom raka želuca pronađena je za bilo koji od gore navedenih pet SNP-ova u MMP-1 promotora i njihovih rezultirajućih haplotipova pregled

Materijali i metode

Predmeti studija. Istočna Indian Case-control Skupina pregled

u istočnom indijskom slučaju kontrole kohorta se sastojala od 145 slučajeva raka želuca i 145 kontrolnih pojedinaca. Studija protokola (u razdoblju 2008-2014) su odobreni od strane etičkog nadzora odbora u Saroj Gupta Cancer Center i Research Institute, Kolkata, Odjel za želučani kirurgiju Medicinskog fakulteta i bolnica, Kolkata, IPGMER, Kolkata bolnicama i Etičkog povjerenstva za ljudska od Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, Indija. Svi bolesnici s kliničkom dijagnozom raka želuca nazočili su bolničkim odjelima gastro-onkologije od Saroj Gupta Cancer Center i istraživački institut, Kolkata, Odjel za želučani kirurgiju, Medicinski fakultet i bolnica, Kolkata i IPGMER, Kolkata tijekom lipnja 2008. godine, u svibnja 2013. identificirano je iz bolničkih registara i kontaktirala tijekom praćenja istraživanja. Svi sudionici dali pismeni informirani pristanak za sudjelovanje. Pacijentice su demografija, simptomi i tumora ocjenjivanje zabilježeni su i uzorci krvi prikupljeni nakon uzimanja kliničku povijest i obavljanje kliničke i endoskopske preglede. Histološki tumor tipkanje utvrđena je na temelju biopsije ili reseciranih primjeraka. Kriteriji za isključenje uključeni prethodnu povijest druge metastazirao rak izuzev raka želuca. Mogućnost peptički ulkus, bez bilo kakve lezije karcinoma su isključeni histopatologijom želuca lezije. Dijagnoza raka želuca i TNM se temelji na opće prihvaćenim kliničkim, histoloških radiološke i imunofluorescentna nalaza i da je od Zajedničkog odbora američkog protiv raka (AJCC) i International Union Against Cancer (UICC) kriterij [25]. Pojedinci koji su nekada ili koji trenutno su ovisni o duhanu najmanje 2 godine definirani su kao duhanski ovisnik. Osobe koje posjećuju te bolnice za rutinske pretrage, a koji su bez povijesti ili dijagnozu bilo raka ili genetske bolesti se također tražilo da sudjeluju i dobrovoljno donirati krv za studij. Ovi predmeti su smatrani zdrave kontrole. Sve pacijenata oboljelih od raka i kontrolne skupine bili su nepovezani i indijske nacionalnosti iz Zapadnog Bengala i okolnih istočne indijske države. Ova populacija se smatra zastupnik u istočnoj indijskoj populaciji. Pregled

DNA Vađenje i zbirka serum pregled

Iz svakog predmeta, 5 ml venske krvi su izvučeni u aseptičkim uvjetima u epruvete (Qiagen, USA) koji sadrži EDTA i pohranjeni na 4 ° C prije genomske DNA ekstrakcije. Genomska DNA je ekstrahirana iz 3,5 ml pune krvi unutar dva tjedna nakon uzimanja pomoću QIAamp DNA Blood Midi Kit (Qiagen, USA) prema protokolu proizvođača. Odmah nakon prikupljanja krvi, additional1.5 ml pune krvi je centrifugiran pri 1800 g tijekom 5 minuta da bi se dobio dio seruma. Uzorci seruma su pohranjeni na -80 ° C do analize pregled

Primeri i Umnažanje promotorske regije MMP-1 gena pregled

Klice su dizajnirane s FastPCR softvera (http:. //www. biocenter.helsinki.fi) tako da se pojača promotorske regije gena MMP-1 kako bi se analizirala polimorfizama sekvenciranjem (Tablica 1). PCR je izvršena u PCR SPRINT- Thermal Cycleru (Thermo Electron Corporation, Japan). Ciljna sekvenca amplificiran je u 25 ul volumenu reakcije sadrži 10-20 ng genomske DNA, 0,2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 0.3 uM svakog primera i 1,0 jedinica Taq DNA polimeraze (Fermantas Taq DNA polimeraze, Fermentas, USA). PCR pojačanje obavljeno je s 35 ciklusa denaturacije na 94 ° C tijekom 30 sekundi, žarenja na 58 ° C do 59 ° C 1 min (Tablica 1), a zatim na 72 ° C tijekom 30 sekundi, nakon početnog aktiviranja korak na 94 ° C tijekom 5 minuta. PCR fragmenti su analizirani u usporedbi s 100 bp DNA (Fermentas, USA) na etidij bromida 1,5% agaroznom gelu (Mačka br 014011, Sisco Research Laboratories, Indija) kandidirati za 60 minuta na 100 V. pregled

genotipa pregled

genotipizaciju sekvenciranjem, sve obrtnici dNTPs je defosforilirana i neugrađeni primeri su uklonjene iz PCR produkta kozica alkalne fosfataze (Fermantas, USA) i egzonukleaze-i enzim (Fermantas, USA). PCR produkti su korišteni za sekvencioniranje s BigDye® Terminator v3.1 ciklus Slijed Kit (Applied Biosystems, USA) i sekvenciran korištenjem ABI Prism 3100 genetskog analizatora (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Kalifornija) u skladu s uputama proizvođača. PCR produkt amplifikacije se slijed, u oba smjera sa naprijed i natrag PCR primera eliminira mogućnost kompresije artefakata. Sekvenciranja kromatogrami su analizirani pomoću Slijed Scanner Software v1.0 (Applied Biosystems, USA) za analizu promjena nukleotida, a time i genotipova pregled

polimorfizma MMP-1.1 1G /2G je genotipiziran pomoću PCR -.
polimorfizma duljine restrikcijskih fragmenata (RFLP) metoda pomoću Alui pregled enzima (New England Biolabs, Inc. (NEB), Ipswich, MA)., kao što je prethodno opisano [26] pregled

enzimom povezani Test Immunosorbent (ELISA) pregled

serum MMP-1 razina proteina (pro i aktivno) u bolesnika s gornje raka želuca s ne rizika haplotipova, au donjem raka želuca s rizikom haplotipova (sadrži jedan ili više rizičnih alela) uspoređene su komercijalno dostupne MMP-1 ELISA kita (ab10063, Abcam, USA), u skladu s uputama proizvođača. Uzorci seruma su razrijeđeni (01:05 v /v) u testnom sredstvu za razrjeđivanje su dane u priboru. Ukratko, 100 ul standarda, praznine i razrijeđenom uzorku seruma pipetirane su anti-ljudskog MMP-1, na koju je naneseno 96 jažica pruža u kit i inkubirane 2,5 sata pri 37 ° C. Nakon nekoliko ispiranja, biotinilirano anti-human MMP-1 antitijelo (razrijeđen 1:1000) je dodan u jažice, a ploča je inkubirana tijekom 1 sata na sobnoj temperaturi. Nakon ispiranja nevezanih biotiniliranog protutijela HRP-streptavidin konjugiran pipetirani u jažice. Ploča je ponovno inkubirana tijekom 45 minuta. Nakon opsežnog ispiranja, 100 ul tetramethylbenizidine supstrata bila pipetu u svaku jažicu, a ploča je inkubirana tijekom 30 minuta u mraku na sobnoj temperaturi (25 ° C). Stop otopina se dodaje po završetku. Svaki uzorak ispitan je u duplikatu. Vrijednosti apsorbancija praznine uzoraka, i standarda se očita na čitaču mikroploča na valnoj dužini od 450 nm. Razina MMP-1 proteina u uzorcima je dobiven usporedbom sa standardnom krivuljom, generiran iz standarda isporučenog od proizvođača. Minimalna otkriti razina MMP 1 je 8 pg /ml. Pregled

Statistička analiza pregled

Statistička analiza je provedena pomoću SPSS programa (verzija 16.0J. SPSS Inc., Chicago, IL, USA ). Značajne razlike između života u intervjuu za kontrolama i dob pri dijagnozi za slučajeva raka je procijenjeno korištenjem t-test za usporedbu srednjih vrijednosti upotrebom GraphPad InStat3 softvera (GraphPad Software, Inc, San Diego Kalifornija SAD). Hardy-Weinberg ravnoteže (HWE) Analize su provedene za usporedbu promatrana i očekivane učestalosti alela pomoću hi-kvadrat test za upravljanje kako bi se osiguralo da svaki marker je bio u ravnoteži ( p izvoznici > 0,05). Manjinski alel frekvencija (MAF) ( -model pregled opcija) i HWE ( -hardy pregled opcija) za svaki SNP je procijenjena iz kontrolne skupine pomoću plink v0.99 [27]. Case-control podaci su analizirani pomoću dvostrano 2-po-2 ili 2-po-3 nepredviđene tablice prema genotipu strane Pearsonov Hi-kvadrat test. Omjer izgleda (OR) i 95% interval pouzdanosti (CI) od genotipova izračunate su iz multivarijatne logističke regresije prilagođen dobi (kontinuiranom varijablom), spolu i ovisnosti duhana. U ovom istraživanju, definirali smo da 1G alel od 1G-1607 2G SNP, A alela A-519G SNP, A alela T-422A SNP, T alela T-340C SNP-a i T alel T-320C SNP su referentne alela. Rezultati su uspoređivani s navedenim alela kao referencu pomoću MULTINOMIAL logistička regresija model. U analizi odnosa između SNP-genotipova i bolesti statusu GC, stadiju raka, histološka klasifikacija i dubina invazije tumora su pretvoreni u binarnih podataka (Faza I + II vs. fazi III + IV, dobro diferencirani + umjereno diferencirani vs slabo diferencirana, a T1 + T2 vs. T3 + T4). Odnos između genotipa distribucija i dubini tumora ili fazi također je ispitan pomoću multinomnim logističku regresijski model prilagođen za dob (kontinuirana varijabla), seks i ovisnost o duhanu, a potencijalni zbunjujući faktor. Haplotip analizirane su frekvencije pomoću programa Haploview (ver. 4.1, Broad Institute, Chembridge, SAD) [28]. Svi rezultati su smatrane statistički značajna ako je p pregled vrijednost bila 0,05. Post hoc izračun snage izvršeno je testirati statističku snagu ovog istraživanja u skladu s metodom Schlesselman, JJ [29]. Pregled

Rezultati

Opis Netlogu Studija stanovništva

istraživanje populacija sastojala se od 145 pacijenata s rakom želuca koji imaju 112 (77,2%) muškaraca i 33 (22,8%) žena s dobi rasponu od 42.6-65.8 godina, kao i 145 kontrolnih subjekata koji imaju 81 (55,9%) muškaraca i 64 (44,1%) žena s dobi rasponu od 34.5-62.5 godina. Pacijenti i kontrolnih ispitanika dobivene su iz istog geografskog položaja i predstavnik jedne istočnoj indijskoj populaciji. Tu su statistički značajne razlike u raspodjeli spola ( p izvoznici < 0,001) i dobi ( p izvoznici < 0.0001) između bolesnika i kontrola. Također, značajno više duhanski-ovisni pojedinci (p < 0.0001) bili su prisutni kod bolesnika (68,3%) u usporedbi s kontrolnom skupinom (28,3%). Dakle, u toku procjene rizika, izračunati su prema dobi, spolu i ovisnosti prilagođena omjere. Pregled

Otkrivanje polimorfizama u MMP-1 promotora pregled

Naravno da se javljaju, zajednički slijed varijante gena promotora MMP-1 u slučajevima i kontrola su pretražene izravnim DNA sekvencioniranjem. Usklađivanje slijed kromatograma s gena promotora contig slijed MMP-1 (GENEBANK pristupanja no- AF023338) potvrdila je SNP pozicije na -1607 (1G /2G, tj G umetanje /brisanje) -519 (A /G), -422 (T /a), -340 (T /C) i -320 (T /C) (Slika S1 File S1). MMP-1,1 genotipizacija je PCR-RFLP je nakon toga provedena kod pacijenata oboljelih od raka želuca i kontrole. Slika S1A (File S1) pokazuje tipičnu PCR-RFLP uzorak. meta region 269 bp od promotora gena MMP-1 je PCR uvećan i obrađeno s Alui pregled, koji cijepaju na 1G alel generirati dva fragmenta od 241 bp i 28 bp. 2G alela nije probaviti s Alui Netlogu. Heterozigotna genotip pokazao tri trake 269 bp, 241 bp i 28 bp (slika S1A u File S1). MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4) i MMP-1.5 genotipizirane strane sekvenciranje DNA (Slika S1B u File S1). MMP-1,1 genotip analiza sekvenciranjem DNA je bila ograničena na pilot studiju, kao i za 10% populacije za odabirom opcije. Sve genotipizacija je provedeno među 145 pacijenata i 145 kontrola. Pregled

povezanost pojedinih SNP-MMP-1 promotora i rak želuca rizik pregled

genotipa distribucija MMP-1 polimorfizama bile u skladu sa Hardy- Weinberg ravnoteže (HWE). Studija bi dosegla snagu 80% (Z-alfa = 1.645 za alfa = 0,05) s 145 predmeta, kontrola slučaju omjer od 1,0 i 10% za kontrolu izloženo na rizik alel koji ima ili od 2,31. Pregled

MMP-1.1 polimorfizam nije pokazala značajne razlike u raspodjeli genotipova (1G1G vs 1G2G, 2G2G i 1G2G + 2G2G) između bolesnika i kontrola ( p pregled = 0,430, p pregled = 0,465 i p pregled = 0,411 respektivno). Također, distribucija alela frekvencija (1G vs 2G) nije bilo statistički značajne razlike između bolesnika i kontrola ( p pregled = 1,000), a time i ne daju nikakav rizik za razvoj karcinoma želuca (Tablica 2). To je također napomenuti da je 2G alela bila je glavna alel u ovoj populaciji, a mi ga je uzeo kao alela rizika kao i mnoge druge studije već su je rizik alel [14] smatra, [30], [31]. Pregled

U bolesnika s rakom želuca, frekvencija od MMP-1.2 AG, GG i AG + GG genotipova nije se bitno razlikuju od zdravih ispitanika ( p pregled = 0,603, p pregled = 0.506 i p pregled = 0,510) te su na taj način ne daju nikakav značajan rizik za rak želuca. Također, frekvencije alela (A vs G) u pacijenata oboljelih od raka nisu značajno razlikovali od zdravih ispitanika ( p pregled = 0,337), a ne daju rizik za razvoj raka želuca (tablica 2). Pregled

distribucija genotipova frekvencija, (AA vs TT, TA i TA + TT) polimorfizma MMP-1.3 u populaciji bolesnika nije se značajno razlikuje od zdravih kontrola ( p pregled = 0,626, p pregled = 0,999 i p pregled = 0,806) te su na taj način ne daju nikakav značajan rizik za rak želuca. Također, učestalost alela (T vs A) distribucija u onkoloških bolesnika i kontrolne skupine nisu bile statistički značajne (p pregled = 0,927) (Tablica 2).

Za pacijenta MMP-1.4 polimorfizam, genotipovi (TT vs TC, CC i TC + CC) pokazuju sličnu raspodjelu koja se vidi na kontrole ( p pregled = 0,474, p pregled = 0,424 i p pregled = 0.388 respektivno) ne pokazuje povezanost za rizik od raka želuca. Također, distribucija frekvencije alela (T vs C) u bolesnika i kontrola nije bila statistički razlikuju ( p pregled = 0,357), što dodatno pokazuje odsustvo bilo kakvog udruživanja s rizikom od nastanka karcinoma želuca (Tablica 2).

MMP-1.5 polimorfizma frekvencije genotipova (TT vs TC, CC i TC + CC) u bolesnika koji su na sličan način distribuiraju da kontrola ( p pregled = 0,329, p pregled = 0,358 i p pregled = 0,228 respektivno) ne pokazuje značajan rizik za rak želuca. Također, distribucija frekvencije alela (T vs C) u oba bolesnika i kontrola nije se značajno razlikovala ( p pregled = 0,469) (Tablica 2). Pregled

povezanost pojedinih SNP-MMP -1 te demografski i kliničkopatološkim Značajke u vrijeme dijagnoze raka želuca Netlogu

Udruge su pregledane između svakog polimorfizma i demografskim i kliničkopatološkim obilježja pacijenata rak želuca i kontrola (Tablica 3). MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 i MMP-1,5 polimorfizmi nisu igrali nikakvu ulogu u određivanju želučane rizik od raka za sve dobne skupine, spol ili duhan-ovisnosti status. Pregled

MMP 1.1 i MMP-1.2 polimorfizmi nisu to donosi značajan rizik za lokaciju tumora ili stupanj progresije tumora kod raka želuca (tablica 3). No pacijenti nose kombinaciju AG i GG genotipa MMP-1.2 polimorfizma značajno su distribuirani među histoloških podtipova raka i pokazala znatno veći rizik za slabo diferencirane (PD) karcinoma ( p pregled = 0,001, OR = 3,803, CI = 1,69-8,56) (Tablica 3) pregled

Za MMP-1.3 polimorfizam, pacijenti nose kombinaciju TA i TT genotipova bile na više rizik od donjeg raka želuca (niži &. srednjeg tijela, antruma i piloms želuca ) ( p pregled = 0,043, OR = 2,18, CI = 1,03-4,64). Također, kombinacija TA i TT genotipova pronađeni su češće u bolesnika s rakom želuca sa 10 ili više metastatskih limfnih čvorova ( p pregled = 0,021, OR = 3,044, CI = 1,187-7,807), što ukazuje da je T alel imao štetne učinke na želučanu progresiju raka i početkom metastaza (Tablica 3). pregled

za MMP-1.4 polimorfizam, distribucija TC i CC genotipa kod pacijenata s različitim tumorskim mjesta u želucu bio blizu do donošenja statistički značajna povezanost s rizikom od donjeg raka želuca ( p Netlogu = 0,075, OR = 1.969, CI = 0,94-4,15) (Tablica 3). U suprotnosti s MMP-1.3 polimorfizam, pacijenti nose kombinaciju TC i CC genotipa dala zaštitu od regionalnih limfnih čvorova metastaze ( p pregled = 0,026, OR = 0,34, CI = 0,13 - 0,88) osim udaljenih metastaza ( p pregled = 0,061, OR = 0.49, CI = 0,24-1,03) karcinoma želuca (Tablica 3). pregled

MMP-1,5 polimorfizam kombinacija TC i CC genotipova pokazao značajan povezanost s položaja tumora želuca. Pacijenti koji nose kombinaciju TC i CC genotipova bile na više rizik od donjeg raka želuca ( p pregled = 0,034, OR = 2,22, CI = 1,06-4,07) (Tablica 3). Pregled

stratifikacija analiza za SNP i donjem trbuhu formiranje tumora, studija bi dostigli snagu od 80% (Z-alpha = 1,645, za alfa = 0,05) sa 89 manjih predmeta u trbuhu, donja želuca i uzorak gornji trbuh omjer 0,505 i 35% izloženi pacijenti gornjem želuca do alela rizika koji ima ili 2,5. pregled

genotip Frekvencija na dva povezana loci MMP-1 SNP i rizik za rak želuca Netlogu

da bi se procijenila kombinirane učinke od dva povezana lokusa na rizik od raka, kao individualnih SNP-ova nije prijenosu rizik za razvoj karcinoma želuca, kombinirani frekvencije genotipa su uspoređene u bolesnika i kontrola. Raspodjela uparenih loci frekvencija za susjednim polimorfizama zabilježene s povećanjem redoslijed varijante alela i udruga su ispitani. Tu se ne ovisi udruga doza primijetio, broj varijanti alela je povećan za bilo koju kombinaciju susjedne uparenim lokusa (Tablica 4). Pregled

Povezanost neravnoteže između SNP-MMP-1 promotora i haplotipova frekvencija s osjetljivost na rak želuca pregled

Svi polimorfizmi u promotora gena MMP-1 se testiraju disekvilibriju vezanosti (LD) između polimorfizma i identificirati zajedničke haplotipa prisutna u skupina pacijenata i kontrole. Regija je pokazala niske do značajnog LD između polimorfizama, osim MMP-1.4 i MMP-1.5 koje su bile u potpunoj LD u case-control studija kohorti (Slika 1) (Blok definicije povezanost neravnoteže su se temeljile na metodi Gabriela i sur. pregled) [32]. Šesnaest haplotipa su identificirani s učestalošću veća od 1%, kako u kontroli i populaciji bolesnika, uključujući svih pet markera koji pokrivaju promotor gena MMP-1. Povećane učestalosti haplotip raspodjela MMP-1 polimorfizama nisu statistički značajne razlike između pacijenata s karcinomom želuca i kontrole i niti jedan od ovih haplotipova prenijetim rizik pojave raka želuca (podaci nisu prikazani). Pregled

Funkcionalne haplotip učinke MMP-1 polimorfizama 'na donjem želuca tumora formacije

Šesnaest haplotipa su identificirani s učestalošću većom od 1%, a kategorizirane povećanjem redoslijeda polimorfnih varijanti alela i analiziraju za gensku doze učinak (Tablica S1 u File S1). Razlika u učestalosti haplotipa bila je značajna između niže želuca bolesnika s karcinomom želuca i gornjeg želuca bolesnika s karcinomom želuca jer su povećan broj polimorfnih varijanti alela rezultira povećanjem rizika za manji želudac razvoja raka želuca s najvišom ili od 2.155, 95% CI = 1,317-3,526, p = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 za ​​kombinirane haplotipova koji sadrže 4 rizičnih alela (Tablica 5). pregled}

kako bi istražili utjecaj MMP-1 promotora polimorfizama na funkciju gena uspoređene serumu razine MMP-1 ELISA testom na bolesnike s nižim raka želuca s Spojeni haplotipova rizika (ima barem bilo kojem riziku alela) nasuprot gornje raka želuca s referentni haplotip (1G-AATT). MMP-1 je koncentracija proteina u serumu bila je gotovo 1,5 puta viši u bolesnika s nižom raka želuca (n = 54) (u kombiniranim rizik haplotipa) od bolesnika s gornje raka želuca (n = 15) (s referentni haplotip, p = 0,024), upućuje na funkcionalni značaj ovih SNP-ova u regulaciji ekspresije MMP-1 gena i tamo utjecajem donji želuca karcinogeneze procesa (slika 2). Analiza je ponovio i potvrdio na zapisnik o preoblikovanju podataka (Slika S2 u File S1). Pregled

Rasprava pregled

Iako MMP nisu onkogeni ili mutagene, oni mijenjaju mikroklima i može utjecati na proces karcinogeneze i njegove histologiju i pojaviti će se inducirati na razini transkripcije aktivacije [33]. Kao član obitelji MMP, MMP-1 je objavljeno da igraju važnu ulogu u invaziji raka dolazi prekomjernom ekspresijom, koji je povezan s metastazama i lošom prognozom u raka jednjaka, rak jajnika, kožnog malignog melanoma, raka debelog crijeva i raka želuca [11 ], [15], [16], [25], [34]. Difuzni vrste raka želuca obično karakterizira obilnim taloženjem kolagenih vlakana, koji zahtijeva visoke razine MMP-1 ekspresije za pravilan obnove tkiva mikrookoliša [30]. Genetska pozadina je sugerirao da igraju važnu ulogu u učestalosti i progresiju raka želuca [30]. Osim toga, neki polimorfni geni koji kodiraju metaboličkih enzima i regulatora staničnog ciklusa, kao što su metilentetrahidrofolat reduktaza, NADPH: kinonskim oksidoreduktaza i ciklin D1 dokumentirano da doprinese osjetljivost na želučanu raka [35] - [37]. Dakle, polimorfnih gena, sami, u kombinaciji s drugima ili kroz interakciju s egzogenim čimbenicima rizika, mogu se koristiti kao predikatna parametara za skrining pojedinaca s visokim rizikom od raka želuca. Pregled

Koliko je nama poznato, ova istraživanje u organizaciji MMP-1 varijanata i rizik od želučanog razvoj i progresiju raka u istočni indijskog stanovništva je prvi takve vrste, s naglaskom na polimorfizma jednog -1607 1G /2G (MMP-1.1), a dodatna četiri polimorfizama između ovog SNP-a i početka transkripcije. MMP-1 promotora regija funkcionalni polimorfizam odgovoran za njegovu izražajnih izmjene su u korelaciji s raznim bolesnim procesima. Unatoč tome, u našem istraživanju MMP-1,1 polimorfizma i dodatno četiri drugim SNP-ovima (MMP-1,1, MMP-1,2, MMP-1.3 i MMP-1,4) u području promotora nisu povezani s pojavom raka želuca, što ukazuje da ova promotorske varijante se niski faktori pojavnosti rizika u rak želuca. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLoS ONE: svjetlosna i elektronska mikroskopija Europske dabar (Castor fiber) Želudac otkriti Jedinstvena morfoloških obilježja s Mogući Opće Biološka Significance
• PLoS ONE: Self-Izvijestio prevrnut želuca u Putnike na Cruise-Based i kopna paket Holidays