Genomsekvensen av Helicobacter suis stöder sin roll i gastric patologi

Genomsekvensen av Helicobacter suis
stöder sin roll i gastric patologi Bild Sammanfattning
Helicobacter
(H.
) suis
har associerats med kronisk gastrit och sår i pars oesophagea hos grisar och med gastrit, magsår och magslemhinnan-lymfoid vävnad lymfom hos människor. För att få bättre insikt i de som är involverade i patogenicitet och i den specifika anpassningen till den gastriska miljön H. suis
gener, var en genomanalys utförs av två H. suis
stammar som isolerats från magslemhinnan hos svin . Homologer av den stora majoriteten av gener visat sig vara viktiga för gastric kolonisering av human patogen H. pylori
detekterades i H. suis
genomet. H. suis
kodar flera förmodade yttre membranproteiner, varav två liknar H. pylori
adhesiner HPAA och Horb. H. suis
härbärgerar en nästan fullständig kam
typ IV sekretionssystem och medlemmar av typ IV-sekretionssystemet 3, men saknar de flesta av de gener som är närvarande i cag
patogenicitet ö av H. pylori
. Homologer av gener som kodar för H. pylori
neutrofilaktiverande protein och γ-glutamyltranspeptidas identifierades i H. suis
. H. suis
äger också flera andra presumtiva virulens associerade gener, inklusive homologer för mviN
, H. pylori
flavodoxin gen, och en homolog av H. pylori
vakuoliserande cytotoxin A-genen. Man drog slutsatsen att trots att gener som kodar för en del viktiga virulensfaktorer i H. pylori
, såsom cytotoxinet-associerat protein (CagA), inte detekteras i H. suis
genomet, homologer av andra gener associerade med kolonisering och virulens hos H. pylori Mössor och andra bakterier är närvarande.
Introduktion
Helicobacter
(H.
) suis
är en mycket kräsen, spiralformad, gramnegativ bakterie som kräver en bifasisk odlingsmedium vid pH 5 berikat med fetalt kalvserum, och en mikroaerob atmosfär för tillväxt in vitro [1]. H. suis
koloniserar magen på mer än 60% av slaktsvin [1, 2]. Även om den exakta roll H. suis
i gastric sjukdom hos svin är fortfarande oklart, har det i samband med kronisk gastrit [3, 4] och sår i pars oesophagea i magen [5-7]. Detta kan resultera i betydande ekonomiska förluster på grund av plötslig död, minskad foderintag och minskad daglig viktökning [8]. En minskning på cirka 20 g /dag i viktökning observerades i djur experimentellt infekterade med H. suis
, jämfört med de icke-infekterade kontrolldjur [9].
Bakteriemagsjukdomar i människor orsakas huvudsakligen av Helicobacter pylori
[10]. Emellertid har icke-Helicobacter pylori
helicobacters (NHPh) också förknippats med gastrisk sjukdom människa med en prevalens på mellan 0,2 och 6% [5]. H. suis
är de vanligaste NHPh arter som finns i människor, där det hette ursprungligen "H. heilmannii Review," typ 1 [11]. Det finns starka indikationer på att grisar kan fungera som en smittkälla för människor [5, 12]. I den mänskliga värden, har H. suis
förknippats med magsår sjukdom [13], magslemhinnan associerad lymfoid vävnad (MALT) lymfom [14] och kronisk gastrit [15]. I djurmodeller av gastric sjukdom människa, orsakar bakterien allvarlig inflammation och malt lymfom liknande lesioner [16].
Hittills är lite känt om patogenesen av H. suis
infektioner. För att förbättra förståelsen i generna spelar en roll i sjukdomsframkallande förmåga, gastrisk kolonisering och ihållande H. suis
gjordes en jämförelse genomet hela med den väl undersökta H. pylori
genomet utförs. Vissa virulensfaktorer kan visserligen vara lika för både bakterier. Eftersom det även kan finnas skillnader, från början anteckningar av H. suis
genomet utfördes också.
Material och metoder
Genome sekvense Review, en Pyrosequencing (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA) -analys applicerades på genomet av den typ stam av H. suis
(HS1 T = LMG 23995 T = DSM 19735 T) och H. suis
stam 5 ( HS5), isolerad från magslemhinnan av två olika svin, i enlighet med metoden beskriven av Baele et al. [1]. . Kvalitet filtrerade sekvenserna samlades i contigs med hjälp av en 454 Newbler assembler (Roche, Branford, CT, USA) Review Funktionell anteckning
För att maximera antalet kvalitets gen anteckningar, två olika Beskriva metoder följdes: cross- kartläggning med tre Helicobacter pylori
stammar (26695, Shi470 och G27 med NCBI accessionsnummer NC_000915, NC_010698 och NC_011333, respektive), och ab initio anteckning.
Cross-mapping anteckning Review, en anpassad BLAST [17 ] databas skapades från HS1 T och HS5 genom contigs. H. pylori
proteom och icke-kodande RNA linje (TBLASTN program BLAST suite, e tröskelvärdet till 10 -3) till H. suis
databas. För varje BLAST slog följande information analyserades: 1) (utsöndring) signalklyvningsställe i förekommande fall, enligt bedömning av SignalP 3,0-programmet [18, 19]; 2) specifikationer för trans spiraler (nummer, start- och ändlägena, förmodade topologi med avseende på cytoplasmamembranet) i förekommande fall, enligt bedömning av TMHMM programmet [20]; 3) en uppskattning av den ribosombindande styrkan av mRNA-regionen som föregår det mest sannolika startkodonet. Ribosombindande styrka uppskattades genom att applicera två etablerade fakta: i) på en mRNA-sträng, vanligtvis inom 20 nukleotider före den egentliga startkoden, det omvända komplementet av 5 till 7 nukleotider nära 16S rRNA 3 'end fungerar som en attraktor och läges för ribosomalt lilla subenheten; denna region är känd som Shine-Dalgarno-sekvensen [21, 22]; ii) i gramnegativa bakterier en AU-rik mRNA region vissa 16 nukleotider lång och som omedelbart föregår den Shine-Dalgarno-sekvensen kan också attrahera och positions ribosomer för att hjälpa initiera translation av den korrekta, biologiskt aktiva genprodukten [23, 24]. För H. suis
ades Shine-Dalgarno-sekvensen bestämdes till att vara en undersekvens av AGGAGGU (som är det omvända komplementet av 3'-änden av 16S rRNA), och den minsta AU-klarhet (ekvivalent med ribosombindande kapacitet ) av föregående regionen godtyckligt satt till 10/16. För varje teoretisk ORF en rad möjliga startkodoner bedömdes; desto högre likhet med den ideala Shine-Dalgarno-sekvensen, eller AU-rikare föregående regionen, eller bättre en kombination av båda, är det mer sannolikt den potentiella startkodonet att vara den faktiska startkodonet.
Ab initio anteckning Hus till ab initio anteckning teoretiska öppna läsramar (ORF) var först bestämmas med hjälp av EMBOSS getorf verktyg (med minimal ORF längd satt till 90 nukleotider, och att alla alternativa startkodon hänsyn) [25]. Alla ORF sattes därefter och BLAST (BLASTP-programmet) genomfördes med en e tröskel på 10 -15 mot UniProt-KB universell proteindatabasen. Generalist algoritmen enligt getorf gav ungefär en tiofaldig av de förväntade naturliga ORF, vilket minskar risken för falskt negativa resultat. För att hålla den falska positiva hastigheten låg, var extra parametrar beaktas: 1) procent inriktning mellan fråga och träffa ORF; 2) procent likhet eller bevarande mellan inriktade delar av frågan och drabbats ORF; 3) ribosombindande styrka (för mer information se ovan). För att bestämma närvaron av en eller flera konserverade domäner en rpsblast sökning (med standardparametervärden) genomfördes för varje enskild teoretisk ORF mot den kompilerade konserverade domändatabasen som håller proteindomän väglinjer från flera andra källor databas [26].
resultat
Allmänna egenskaper hos H. suis
genomet
i HS1 T genomet totalt 1 635 292 baspar och i HS5 genomet en 669 960 bp sekvenserades, båda med en genomsnittlig GC-innehåll av 40%. I motsats till H. pylori
, endast en kopia av både 16S och 23S rRNA gener detekterades, men i likhet med H. pylori
, har H. suis
tre kopior av 5S rRNA-genen. Trettioåtta transfer-RNA identifierades. På det hela taget var 1266 ORF från VS1 T och 1257 från HS5 upptäckts, varav 194 och 191 kodade hypotetiska proteiner respektive. I 98 och 92 ORF en signalpeptid-klyvningsstället detekterades, vilket visar förutsagda utsöndrade proteiner av VS1 T och HS5 respektive. Den TMHMM Programmet förutspådde 210 och 206 proteiner med åtminstone en trans spiral för HS1 T och HS5 respektive. Sekvensen fraktionen identisk för HS1 T och HS5 är hädanefter beskrivs tillsammans som "H. suis
genomet".
Gener möjligen inblandade i gastric kolonisering och uthållighet
Homologer av H. pylori
gener som är involverade i sur acklimatisering, kemotaxi, vidhäftning till gastriska epitelceller, oxidativ beständighet stress (Tabell 1), och motilitet detekterades i H. suis
genomet. De senare identifierades som en flagellar biosystem liknande den av H. pylori
[27]. Dessutom H. suis
innehåller en fibrinonectin /fibrinogen bindande proteinkodande gen, men motsvarande protein saknar en trans helix eller signalpeptidklyvningsstället i enlighet med bioinformatiska verktyg som nämnts tidigare. Homologer som kodar för CMP-N-acetylneuraminsyra-syntetas (Neua) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), sialinsyra-syntas (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478) och UDP-N-acetylglukosamin-2-epimeras (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) var observerad som well.Table 1 Gener associerade med pH-homeostas, kemotaxi, vidhäftning till epitelceller, och oxidativ stressresistens i genomet hos H. suis
typstam 1 (HS1T) och H. suis
stam 5 (HS5 ).
Group
Gene upptäckt i HS1T
Gene upptäckt i HS5
Beskrivning av homolog
Andel sekvens linje (varav% konserverad) med beskrivs homolog1
pH homeostas
HSUHS1_0708
HSUHS5_0286
Ureas subenhet alfa (urea
) H. heilmannii
100 (94) katalog HSUHS1_0707
HSUHS5_0285
Ureas subenhet beta (ureB
) H. heilmannii
100 (94) Review HSUHS1_0706
HSUHS5_0284
Ureas transportör (urel
) av H. felis
100 (89) katalog HSUHS1_0705
HSUHS5_0283
Ureas tillbehörsprotein (ureE
) H . bizzozeronnii
100 (84) katalog HSUHS1_0704
HSUHS5_0282
Ureas tillbehörsprotein (Uref
) H. bizzozeronnii
100 (84) Review HSUHS1_0702
HSUHS5_0280
Ureas accessoriskt protein (ureH
) av H. bizzozeronnii
96 (84) Review HSUHS1_0703
HSUHS5_0281
Ureas accessoriskt protein (ureG
) H. bizzozeronnii
100 (95) katalog HSUHS1_0133
HSUHS5_0547
hydrogenase uttryck /bildande protein (hypa
) av H. pylori
98 (83)
HSUHS1_0615
HSUHS5_0817
hydrogenase uttryck /bildande protein (HYPB
) av H. pylori
99 (91) katalog HSUHS1_0616
HSUHS5_0816
hydrogenase uttryck /bildande protein (hypC
) av H. pylori
98 (89) katalog HSUHS1_0617
HSUHS5_0815
hydrogenase uttryck /bildande protein (hypD
) H. achinonychis
vid 98 (80) katalog HSUHS1_0081
HSUHS5_1197
l-asparaginas II (ansB
) av H. pylori
98 (64) katalog HSUHS1_0230
HSUHS5_1130
arginas (rocF
) av H. pylori
99 (75) katalog HSUHS1_0888
HSUHS5_0231
acylamid amidohydrolas (Amie
) av H. pylori
vid 100 (93) katalog HSUHS1_0680
HSUHS5_0265
Formamidase (amiF
) av H. pylori
100 (98) Review HSUHS1_0161
HSUHS5_1077
α-Karbanhydras av H. pylori
92 (69) katalog HSUHS1_0391
HSUHS5_0874
aspartas (ASPA
) H. acinonychis
100 (89 ) Review kemotaxi
HSUHS1_1004
HSUHS5_0649
Chea-MCP interaktion modulator av H. pylori
99 (79) katalog HSUHS1_1003 -
bifunktionella kemotaxi protein ( Chef
) av H. pylori
82 (86) katalog HSUHS1_1002
HSUHS5_0775
purin bindande kemotaxi portein (tugg
) av H. pylori

98 (91) Review HSUHS1_0538
HSUHS5_0706
Kemotaxi protein (CHEV
) av H. pylori
100 (92) Review HSUHS1_0846
HSUHS5_0081
Förmodade kemotaxi protein av H. pylori
100 (79) katalog HSUHS1_0299
HSUHS5_0250
kemotaxi protein (cheY
) av H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001
HSUHS5_0774
metyl-accepterande kemotaxi protein (tlpA
) av H. pylori
100 (60) katalog HSUHS1_0286
HSUHS5_0256
metyl-acceptera kemotaxi protein (tlpB
) av H. pylori
98 (63) katalog HSUHS1_0479
HSUHS5_0476
metyl- acceptera kemotaxi protein H. acinonychis
100 (66 ) katalog HSUHS1_0196
HSUHS5_0122
metyl- acceptera kemotaxi protein av Campylobacter Upsaliensis 2
99 (53) katalog HSUHS1_0141
HSUHS5_0641
metyl- acceptera kemotaxi protein av Campylobacter fetus subsp. foster 2
99 (64) katalog HSUHS1_0763 -
metyl- acceptera kemotaxi protein av Methylibium petroleiphilum
2
83 (52) Review HSUHS1_0944
HSUHS5_0990
metyl-acceptera kemotaxi sensoriska givare Marinomonas sp. 2
57 (59) Review Adhesion
HSUHS1_0666
HSUHS5_1053
yttre membranprotein (Horb
) av H. pylori
100 (63) katalog HSUHS1_0354
HSUHS5_0398
Neuraminyllactose bindande hemagglutinin (HPAA) Review H. acinonychis
94 (77)
Oxidativ stress motstånd
HSUHS1_1147
HSUHS5_0608
Katalas (kata
) H. acinonychis
95 (82) katalog HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
felpamingsreparation ATPas (mutS
) H. hepaticus
99 (60) katalog HSUHS1_0163
HSUHS5_0495
superoxiddismutas (sodB
) av H. pylori
100 (90) katalog HSUHS1_1186
HSUHS5_0005
Bacterioferritin sam-migratory proteinet av H. hepaticus
99 (72) Review HSUHS1_0683
HSUHS5_0262
NAD (P) H kinon reduktas (mdaB
) av Campylobacter fetus subsp. foster
97 (68) katalog HSUHS1_0689
HSUHS5_0268
peroxiredoxin av H. pylori
3
100 (92) Review 1 Till följd av TBLASTN baserade tvär kartläggning av H. pylori
proteomet till H. suis
HS1T och HS5 genom och BLASTP-baserade ab initio
analyser av översatta H. suis
HS1T och HS5 ORF mot UniProt-KB universal proteindatabasen. Skillnader mellan HS1T och HS5 homologer ≤ 1%.
2 Saknas i andra Helicobacter
genomen finns på GenBank.
3 Medlem i 2-Cys peroxiredoxin super.
Gener som kodar förmodade yttre membranproteiner (OMP ) i förhållande till H. pylori
OMP presenteras i kompletterande fil en tabell S1. Gener som kodar för medlemmar av större H. pylori
OMP familjer (Hop, Hor, Hof proteiner, järnreglerade och utflödespump OMP) skulle ligga i linje med H. pylori
genomet. Både H. suis
stammar innehåller HOF
gener Hofa
, C
, E
, F
, hopp
gener hoppas
, G-2
och H
, och hor
generna Horb
, C
, D
och J
. Dessutom HS1 T innehåller homologer av hopW
proteinföregångare och Hore
, medan HS5 besitter ytterligare homologer Hora
, horF
och Hörl
. Inga medlemmar i Helicobacter
yttre membran (hom
) familj upptäcktes i H. suis
. Förutom de stora H. pylori
OMP familjen proteiner, innehåller H. suis
genom några förutspådde OMP baserat på deras N-terminal mönster av alternerande hydrofoba aminosyror som liknar poriner, som omfattar omp29
för HS1 T och omp11 Mössor och omp29 Idéer för HS5. En 491 aminosyror membranassocierade homolog av virulens faktor MviN, i linje för 92% med MviN homolog av H. acinonychis
(Hac_1250), var också närvarande i H. suis
.
Typ IV sekre system i H. suis
av H. pylori
typ IV sekretionssystem (T4SS), endast två medlemmar av CAG
patogenicitet ö (CAG
PAI) identifierades i H . suis
genomet (cag23 /E Mössor och cagX
). De flesta medlemmar av kammen
transportanordningen var närvarande. Dessa inkluderar comB2
, B3
, B6
, B8 Köpa och ett antal ytterligare gener som inte klassificerats som kam
: recA
Kom
, CoML Mössor och dprA
. H. suis
besitter gener som kodar VirB- och VirD-typ ATPaser (virB4
, B8
, B9
, B10
, B11
och virD2
, D4
), samtliga utsedda medlemmar av H. pylori
typ IV sekretionssystem 3 (tfs3
). HS1 T och HS5 T4SS presenteras i tabell 2.Table 2 H. suis
stam 1 (HS1T) och stam 5 (HS5) homologer av H. pylori Mössor och andra Helicobacter sp
. Typ IV sekretionssystemet gener.
Homolog
Gene upptäckt i HS1T
Gene upptäckt i HS5

Beskrivning av motsvarande protein
Procent av sekvens fraktion linje (varav% konserverad) med Helicobacter homolog1
CAG patogenicitet ö
cag23
/E
av H. pylori
HSUHS1_0731
HSUHS5_1234
DNA transferprotein
81 (42) katalog cagX
av H. pylori
HSUHS1_0964
HSUHS5_0688
Conjugal plasmid transferprotein
92 (71) Review kam systemet
comB2
av H. acinonychis
HSUHS1_1181
HSUHS5_0010
comB2 protein
96 (64)
comB3
av H. acinonychis
HSUHS1_1182
HSUHS5_0009
ComB3 kompetens protein
95 (77) katalog comB6
av H. pylori

HSUHS1_0337 -
NADH-ubikinon oxidoreduktas
70 (85) katalog comB8
av H. pylori
HSUHS1_0747
överlappning med virB8
comB8 kompetens protein
93 (66) katalog FEL
av H. pylori
HSUHS1_0755
HSUHS5_0054
TRBL protein
99 (77) Review komma
H. acinonychis
HSUHS1_0314
HSUHS5_0381
Kompetens locus E
94 (55) katalog CoML
av H. pylori
HSUHS1_0722
HSUHS5_0300
Kompetens protein
99 (84) katalog dprA
av H. acinonychis
HSUHS1_0096
HSUHS5_0824
DNA bearbetning protein
99 (70)
recA
av H. hepaticus
HSUHS1_0672
HSUHS5_1058
Recombinase A
97 (84) katalog VirB -homologs
virB4
av H. pylori

HSUHS1_0960
HSUHS5_0692
DNA transferprotein
98 (68) katalog virB8
av H. pylori
HSUHS1_0963
HSUHS5_0689
DNA-överföring protein
91 (61) katalog virB9
av H. cetorum
HSUHS1_0319 -
virB9 protein
76 (69) katalog virB10
av H. cetorum
HSUHS1_0320 -
VirB10 protein
90 (77) katalog förmodade virB9
av H. pylori
-
HSUHS5_0372
förmodade VirB9 protein
100 (86) katalog förmodade virB10
av H. pylori
-
HSUHS5_0371
förmodade VirB10 protein
97 (87)
virB11
av H. pylori
HSUHS1_0750
HSUHS5_0368
virB11 protein
100 (98) katalog virB11
av H. cetorum
HSUHS1_0965 -
VirB11 protein
95 (71) katalog virB11
-liknande av H. pylori
(HPSH_04565) -
HSUHS5_0686
VirB11-liknande protein
98 (72) katalog virB11
-liknande av H. pylori
(HPSH_07250) katalog HSUHS1_0036
HSUHS5_0600
typ IV ATPas
100 (75) Review VirD - homologer
virD2
H. cetorum
HSUHS1_0752
HSUHS5_0414
VirD2-protein (relaxase) Review 100 (90) katalog virD4
av H. pylori
HSUHS1_0870
HSUHS5_0257
VirD4 protein (konjugering protein) Review 82 (78) Review 1 till följd av TBLASTN baserade tvär kartläggning av H. pylori
proteomet till H. suis
HS1T och HS5 genom och BLASTP-baserade ab initio
analyser av översatta H. suis
HS1T och HS5 ORF mot UniProt-KB universell proteindatabasen. Skillnader mellan HS1T och HS5 homologer ≤ 1%.
Gener möjligen inblandade i induktion av magsår
Homologer av H. pylori
gener som är involverade i induktion av magsår i H. suis
genomet sammanfattas i tabell 3. Homologisökningar ökningar~~POS=HEADCOMP med H. pylori
vakuoliserande cytotoxin A-genen (vacA
) identifierade HSUHS1_0989 i VS1 T. Motsvarande protein, vilket är exceptionellt i att det är en av de längsta i världen av prokaryoter, besitter tre små bevarade Vaca regioner (resterna 490-545, 941-995 och 1043-1351), följt av en Auto region (rester 2730-2983). Aminosyrasekvensen av HS5-homologen (HSUHS5_0761) skulle kunna anpassas för 22% med H. pylori
stam HPAG1 sekvens, och besitter endast en konserverad VacA region (resterna 242-298), följt av en autotransporter region (1258 -1510). I båda VacA
homologer ades ingen signalsekvens bestämdes. Dessutom var ett sår-associerad adenin-specifik DNA-metyltransferas (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) kodande sekvensen identifieras, medan en molekyl homolog av den ulcus-associerade restriktionsendonukleas (ICEA
) inte skulle kunna upptäckas i H. suis
. H. suis
innehåller homologer av pgbA Mössor och pgbB
kodar plasminogen-bindande proteiner, även om båda saknar en trans helix eller signalpeptidklyvningsstället i enlighet med bioinformatiska verktyg som nämnts tidigare. H. suis
hyser homologer av gener som kodar för H. pylori
neutrofilaktiverande protein (HP-NAPA) och γ-glutamyltranspeptidas (HP-GGT). Homologer som kodar för H. och pyruvat-oxidoreduktas komplex (POR) ledamöter porA
, PorB
, porc
och PORD
identifierades också i H. pylori
flavodoxin fldA
suis
.table 3 homologer av H. pylori
gener som är involverade i induktion av magsår i H. suis
stammen 1 (HS1T) och stam 5 (HS5) genomet.
Gene upptäckt i HS1T
Gene upptäckt i HS5
Gene namn
Protein anteckning /funktion i H. pylori
sekvens~~POS=TRUNC fraktion HS1T /HS5 linje med H. pylori homolog (%) 1
Aligned sekvens fraktion HS1T /HS5 bevarad med H. pylori homolog (%) 1

Referenser
HSUHS1_0989
HSUHS5_0761
vacA
vakuoliserande cytotoxin A: värdcell vakuolisering, apoptosinducerande, immunosuppressiva
63/22
45/72
[46]
HSUHS1_0265
HSUHS5_0449
GGT
γ-glutamyltranspeptidas: apoptosinducerande, immunosuppressiva
99/99
86/86
[ ,,,0],48, 49, 64]
HSUHS1_1177
HSUHS5_0014
NaPA
Neutrofil-aktiverande protein A: proinflammatorisk
99/99 83/83
[50, 51 ]
HSUHS1_1067
HSUHS5_1177
fldA
elektronacceptor av pyruvat oxidoreduktasenzymet komplex, associerad med gastrisk MALT-lymfom hos människor
96/98
84/83
[55, 56]
HSUHS1_0403
HSUHS5_0887
pgbA
plasminogen-bindande protein
60/60 72/72
[53, 54]

HSUHS1_1192
HSUHS5_0523
pgbB
plasminogen-bindande protein 70/70
72/72
[53, 54]
1Resulting från TBLASTN-baserade tvär mapping av H. pylori
proteomet till H. suis
HS1T och HS5 genom.
Diskussion
Gener möjligen inblandade i gastrisk kolonisering och persistens
resultaten av föreliggande studie visar att flera H . pylori
gener som är involverade i syra acklimatisering, kemotaxi och rörlighet, har motsvarigheter i H. suis
genomet. Dessa gener är kända för att vara avgörande för kolonisering av den mänskliga magslemhinnan [27-32].
Flera OMP kodande sekvenser identifierades genom jämförande analyser med H. pylori Mössor och andra bakteriearter. H. suis
innehåller några liknande medlemmar av de stora OMP familjer som beskrivs i H. pylori
[33]. Vissa av dessa OMP har beskrivits vara inblandade i vidhäftning av H. pylori
till magslemhinnan, som allmänt antas spela en viktig roll i den inledande kolonisering och långvarigt kvarstående i den mänskliga magsäcken. Dessa inkluderar den gastriska epitelceller adhesin Horb [34] och ytan lipoprotein, H. pylori
adhesin A (HPAA). HPAA, även kommenterad som neuraminyllactose bindande hemagglutinin, finns endast i Helicobacter Mössor och binder till sialinsyra rika makromolekyler som finns på den gastriska epitel [35]. Å andra sidan, H. suis
saknar homologer av flera andra H. pylori
adhesionsfaktorer, inklusive gener som kodar för blodgruppsantigen bindande adhesiner babA
(HOPS
) och babB
(hopT
), sialinsyran bindande adhesiner SABA
(Hopp
) och SABB
(HOPO
), och vidhäftningen associerade lipoproteiner ALPA
(hopC
) och alpB
(hopB
) [36].
H. suis
innehåller en fibrinonectin /fibrinogen bindande proteinkodande gen, som kan öka dess vidhäftning till skadad gastric vävnad. Skador på värd epitelceller kan faktiskt utsätta fibronektin och andra extracellulära matrixkomponenter. Stark homologi konstaterades med fibronektin-bindande proteiner i H. felis
(YP_004072974), H. canadensis
(ZP_048703091) och Wolinella succinogenes
(NP_907753). Såvitt vi vet, har ingen exakt funktion givits till dessa proteiner i dessa arter. I Campylobacter jejuni
emellertid fibronektin-bindande proteiner CADF och FlpA har visat sig vara involverade i vidhäftning till och /eller invasion av värdens intestinala epiteliala celler [37, 38]. Enligt de bioinformatikverktyg som används här, H. suis
fibronektin-bindande protein saknar en transmembranhelix eller signalpeptidas-klyvningsstället, vilket indikerar att det inte är ytexponerade eller utsöndras. Dess verkliga roll i koloniseringen återstår därför att belysas.
Involverade i biosyntesen sialinsyra tre gener (Neua
, neuB
och wecB
) var kommenterade i H. suis
genomet, vilket tyder på att denna bakterie kan dekorera sin yta med sialinsyra. Närvaron av ytan sialylering har studerats ingående i patogena bakterier, där det bidrar till kringgående av värdkomplementförsvarssystemet [39].
Dessutom H. suis
besitter gener som kodar för enzymer som är involverade i oxidativ stress motstånd ( NaPa
, sodB
, kata
, mutS
, mdaB
och peroxiredoxin kodande sekvens). Detta tyder på att H. suis
kan hysa en försvarsmekanism mot värdens inflammatoriska svar, vilket bidrar till möjligheten av kronisk gastric kolonisering av denna bakterie [40].
Typ IV sekretionssystem i H. suis

Två partiell T4SS förutsågs i H. suis
genomet, nämligen kammen
klustret och tfs3
systemet. H. suis kam
systemet spelar troligen en roll i genetisk transformation [41, 42]. Transformation av DNA kan vara ansvarig för den höga graden av mångfald bland H. suis
stammar som har nyligen påvisats genom multilocus sekvens typning av tillgängliga H. suis
stammar [43]. Den roll som H. pylori tfs3
sekretionssystem i patogenes är inte känd. Sju gener i tfs3
klustret är homologer av gener involverade i typ IV sekre: virB4
, virB11
och virD4
kod för ATPaser som rör sig substraten till och genom poren. Den senare är kodad genom transmembrana pore gener virB7
, virB8
, virB9
och virB10
[44]. Alla dessa gener, utom virB7
identifierades i H. suis
, vilket indikerar att H. suis tfs3
kan vara viktigt i trans transport av substrat i H. suis
.
H . pylori cag
patogenicitet ö (cag
PAI) regionen kodar ett T4SS tillåter H. pylori
att infoga cytotoxinet associerat antigen A (CagA) in i värdcellen. Denna process resulterar i förändrad värdcellstruktur, en ökad inflammatorisk reaktion, och en högre risk för gastrisk adenokarcinom [45]. Även H. suis
har två medlemmar av H. pylori CAG
PAI (cag23 /E Mössor och cagX
), de flesta av gener, inklusive den gen som kodar för patologi framkallande protein (CagA ), inte identifierades. Detta tyder på att VS1 T och HS5 saknar ett fungerande cag
protein transportör sekretionssystemet.
Gener möjligen inblandade i induktion av magsår sälja Genomic jämförelse av H. suis hotell med H. pylori
resulterade i identifiering av ytterligare gener eventuellt samband med virulens i H. suis
. En H. suis
homolog av H. pylori vacA
upptäcktes. VacA är både ett cytotoxin av mag epitelial cellskiktet, och en immunmodulerande toxin av H. pylori
[46]. H. pylori
innehåller antingen en funktionell eller icke-funktionell vacA
. H. suis VacA
homologa uppvisar ingen vacA
signalsekvens, vilket tyder på att det kan koda för ett icke-funktionellt cytotoxin [47]. In vitro och in vivo-studier med en knockout mutant av H. suis vacA
kunde klargöra funktionalitet Vaca
homologen i denna Helicobacter
art.
Stark homologi påträffades med två H. pylori
virulens associerade gener nämligen NAPA
, som kodar för HP-Napa och GGT
kodar HP-GGT. H. pylori
GGT har identifierats som en apoptosframkallande protein [48, 49]. HP-NAPA proteinet betecknas som en proinflammatoriska och immun protein genom att stimulera produktionen av syreradikaler och IL-12 från neutrofiler och rekrytera leukocyter in vivo [50, 51]. Dessutom HP-NAPA spelar också en roll för att skydda H. pylori
oxidativ stress genom att binda fritt järn [52]. H. suis
innehåller homologer av två H. pylori
gener som kodar för plasminogen-bindande proteiner, pgbA Köpa och pgbB
.

• En bevisande resonemang baserad modell för diagnos av lymfkörteln metastasering i magcancer
• Integrativa roller transformerande tillväxtfaktor-α i cytoprotektion mekanismer av gastrisk mukosal injury