Genom Helicobacter suis podržava svoju ulogu u želučanom pathology

genom Helicobacter suis Netlogu podržava svoju ulogu u želučanom patologiji
apstraktne pregled Helicobacter pregled (H. Netlogu) suis pregled bio povezan s kroničnim gastritisom i čira na pars oesophagea kod svinja, a uz gastritis, peptičkog ulkusa i povezanog sa sluznicom limfoma tkiva želuca limfnog kod ljudi. Da bi se dobili bolji uvid u gena koji sudjeluju u patogenosti i u konkretnom adaptacije na želučani okoliš H. suis
, analiza genom je izvedena od dva H. suis
sojeva izoliranih iz želučane sluznice svinja , Homologa veliku većinu gena pokazalo da su važne za želučane kolonizacije ljudskog patogena H. pylori pregled detektirana u H. suis
genoma. H. suis pregled kodira nekoliko navodne proteina vanjske membrane, od kojih su dva slična H. pylori
adhezina HpaA i Horb. H. suis pregled krije gotovo potpunu tipa sustava i članove sustava za izlučivanje tipa IV 3 češljem
IV izlučivanje, ali nema većinu gena prisutnih u CAG
patogenosti otoka H. pylori
, Homolozi genima koji kodiraju H.pylori
neutrofil aktivirajući protein i γ-glutamil transpeptidase identificirani su H. suis
. H. suis pregled posjeduje nekoliko drugih vjerojatne virulencije povezana gena, uključujući homologe za mviN
je H. pylori pregled flavodoxin gena i homologa od H. pylori pregled vakuolirajući citotoksin A gen. Zaključeno je da je, iako gena koji kodiraju za nekih važnih čimbenika virulencije H. pylori
, kao što su citotiksin povezane proteina (CagA), nisu otkrivena u H. suis
genoma, homolozi drugih gena povezana s kolonizacija i virulencije H. pylori
i ostalih bakterija su prisutni. pregled Uvod pregled Helicobacter pregled (H. pregled) suis pregled je vrlo gadljiv, spiralni oblika, gram-negativne bakterija zahtijevaju bifaznog medij kulture pri pH 5 obogaćenom fetalnim telećim serumom, te microaerobic atmosferu za rast in vitro [1]. H. suis pregled kolonizira želudac od više od 60% svinja za klanje [1, 2]. Mada će točne uloge H. suis
u želučanom bolesti svinja još uvijek je nejasno, ona je povezana s kroničnim gastritisom [3, 4] i čira pars oesophagea želuca [5-7]. To može dovesti do značajnih ekonomskih gubitaka zbog iznenadne smrti, smanjen unos hrane i smanjuje dnevni prirast težine. [8] Smanjenje oko 20 g /dan tjelesne težine uočen je u životinja koje su eksperimentalno zaraženi H. suis
, u odnosu na ne-inficiranim kontrolnim životinjama [9].
Bakterijske gastričnih poremećaja u ljudi uglavnom uzrokuje Helicobacter pylori pregled [10]. Međutim, ne-Helicobacter pylori pregled helicobacters (NHPH) također su povezani s ljudske želučane bolesti s prevalencijom u rasponu između 0.2 i 6% [5]. H. suis pregled je najčešći vrsta NHPH pronađena kod ljudi, gdje je prvotno pod nazivom "H. heilmannii pregled" tip 1 [11]. Postoje snažne indicije da svinje mogu poslužiti kao izvor zaraze za ljude [5, 12]. U ljudskom domaćinu, H. suis pregled je povezana s čira želuca [13], želučane sluznice povezano limfnog tkiva (MALT) limfom [14] i kronični gastritis [15]. U glodavaca ljudske želučane bolesti, bakterija uzrokuje tešku upalu i MALT-limfoma, kao što su lezije [16].
Do sada, malo se zna o patogenezi H. suis
infekcija. Da bi se poboljšala razumijevanje u genima imaju ulogu u patogenosti, želuca kolonizacije i upornosti H. suis Netlogu, usporedba genoma širom sa dobro istražena H. pylori pregled genoma je izvršena. Neki čimbenika virulencije doista može biti slična za oba bakterija. Kao što postoji svibanj biti razlike, ab initio bilješke iz H. suis
genoma su izvedeni kao dobro.
Materijali i metode
genoma sekvenciranje pregled A pyrosequencing (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA) test je primijenjen na genom tipa soja H. suis Netlogu (HS1 T = LMG 23995 T = DSM 19735 T) i H. suis
naprezanje 5 ( HS5), odvojeno od sluznice želuca dvaju različitih svinja u skladu s metodom opisanom u Baele et al. [1]. . Kvaliteta filtrirani sekvence su sastavljeni u contigs pomoću 454 Newbler monter (Roche, Branford, CT, USA) pregled Funkcionalna zapažanje pregled Kako bi se povećala broj kvalitetnih gena napomene, nakon čega su dva različita pristupa označavati: cross mapiranje s tri Helicobacter pylori pregled, soja (26.695, Shi470 i G27 sa NCBI pristupnim brojevima NC_000915, NC_010698 i NC_011333, respektivno), i ab initio komentaru. pregled, cross-mapping primjedba
prilagođeni BLAST [17 ] Baza je izrađena od HS1 T i HS5 genomske contigs. H. pylori pregled Proteom i ne-kodiranje RNA su usklađeni (tblastn program BLAST suite, e prag postavljen na 10 -3) na H. suis
baze podataka. Za svaki BLAST pogodio je analiziran sljedeće dodatne informacije: 1) (sekrecije) signalni peptid cijepanja, ako je prisutan, kao što je procijenjeno od strane programa SIGNALP 3.0 [18, 19]; 2) specifikacije transmembralne spirale (broj, datum početka i kraja pozicije, pretpostavlja se topologija s obzirom na citoplazmatske membrane), ako je prisutna, što je procijenjeno na TMHMM programa [20]; 3) procjena čvrstoće vezanja ribosoma mRNA regije, koja prethodi najvjerojatniji start kodon. Snaga vezanje ribosoma procijenjena je primjenom dva utvrđenih činjenica: i) na mRNA cjedilu, obično u roku od 20 nukleotida prije stvarnog start kodona, obrnutim dopuna od 5 do 7 nukleotida u blizini 16S rRNA 3 'kraju djeluje kao atraktor i pozicioner za ribosomske male podjedinice; ovo područje poznato kao Shine-Dalgarno sekvence [21, 22]; ii) u Gram-negativnim bakterijama Au bogatih regija mRNA oko 16 nukleotida, a neposredno ispred Shine-Dalgarno sekvenca može privući i položaj ribosoma pomoći započeti translaciju ispravne, biološki aktivni genskog produkta [23, 24]. Za H. suis Netlogu, Shine-Dalgarno slijed je određen da bude slijed AGGAGGU (što je reverzni komplement 3 'kraju 16S rRNA), a minimalni AU-bogatstvo (ekvivalent za vezanje ribosoma kapaciteta ) iz prethodnog područja je proizvoljno postavljena na 10/16. Za svaku teoretske ORF niz mogućih početnih kodona je zabio; što je veća sličnost s idealnim Shine-Dalgarno sekvence ili AU-bogatiji prethodnog regija, ili bolje kombinacija oba, to je vjerojatnije da je potencijal start kodon je biti stvarni početak kodon.
ab initio napomenu pregled za ab initio zapažanje, teorijski otvorenih okvira čitanja (ORF) bili su prvi odrediti pomoću klesati getorf alat (uz minimalnu duljinu ORF set do 90 nukleotida, a uzimajući sve alternativne start kodona u obzir) [25]. Svi ORF prevedeni su naknadno, a BLAST (BLASTP program) je izvedena s e prag od 10 -15 protiv Uniprot-KB univerzalna proteina baze podataka. Generalist Algoritam getorf dalo otprilike deset puta veći od očekivanih prirodnih ORF, čime se smanjuje rizik od lažnih negativa. Kako bi se zadržala lažno pozitivan niskim razinama, smatra se dodatni parametri: 1) Postotak poravnanje između upita i pogodio ORF; 2) postotak sličnosti ili očuvanje između usklađenih dijelova upita i pogodio ORF; 3) vezanje ribosoma snage (za više detalja vidi gore). Da bi se utvrdilo prisustvo jednog ili više konzerviranih domena za pretraživanje rpsblast (s vrijednostima zadana parametrima) se izvodi za svaku teoretske ORF protiv sastavio konzervirani domene baze podataka u kojoj su pohranjene poravnanje proteina domena iz nekoliko drugih izvora baza podataka [26]. Pregled Rezultati
Opće značajke H. suis pregled genoma Netlogu u HS1 T genoma ukupno 1 635 292 parova baza iu HS5 genoma 1 669 960 bp su poredan, oba s prosjekom GC sadržaj od 40%. Za razliku od H. pylori pregled, samo jedan primjerak oba 16S i 23S rRNA gena je otkriven, ali kao i H. pylori pregled, H. suis pregled ima tri kopije gena 5S rRNA. Trideset i osam transfer RNA su identificirani. U cjelini, otkrivene su 1266 ORF iz HS1 T i 1257 iz HS5, od kojih su 194 i 191 kodiranih hipotetske proteine ​​respektivno. U 98 i 92 ORF cijepa signalni peptid je otkriven, pokazujući predviđenih luče proteine ​​HS1 T i HS5 respektivno. TMHMM programa predvidjeti 210 i 206 proteina s najmanje jednim transmembralne spirale na HS1 T i HS5 respektivno. Slijed dio identičan za HS1 T i HS5 se od sada zajedno opisuje kao "H. suis
genom".
Geni eventualno uključeni u želučanom kolonizacije i upornost
homologa H. pylori
geni uključeni u kiselom aklimatizacije, kemotaksiju, adhezije želuca epitela, oksidacijskog otpornosti na stres (Tablica 1), a motilitet otkrivene su u H. suis
genoma. Potonji su identificirani kao flagelarni biosustava sličan onome H.pylori pregled [27]. Štoviše, H. suis pregled sadrži fibrinonectin /fibrinogena proteina koji veže kodiranja gena, ali odgovarajući protein nema cijepanja transmembranski heliks i peptidni signal prema Bioinformatika alata ranije spomenuto. Homologa kodiraju CMP-N-acetilneuraminska kiseline sintetaze (Neua) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), sialične kiseline sintaze (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478) i UDP-N-acetilglukozamin-2-epimerase (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) bili su opaženo kao well.Table 1 gena koji su povezani sa pH homeostazi, kemotaksiju, adhezije na stanice epitela i oksidativnim otpornosti na stres u genomu H. suis
soj 1 (HS1T) i H. suis
soj 5 (HS5 ). pregled Grupa
Gene otkrivena u HS1T
gena otkrivena u HS5
Opis homologa
Postotak slijed usklađeni (od čega% konzervirani) sa opisanom homolog1
pH homeostazi
HSUHS1_0708
HSUHS5_0286
ureazu alfa (urea pregled) H. heilmannii

100 (94) pregled HSUHS1_0707 pregled HSUHS5_0285 pregled ureazu beta (ureB
) H. heilmannii
100 (94) pregled HSUHS1_0706
HSUHS5_0284 pregled Ureaza transporter (-ureido pregled) H. Felis
100 (89) pregled HSUHS1_0705 pregled HSUHS5_0283 pregled Ureaza dodatak proteina (ureE Netlogu) H . bizzozeronnii
100 (84) pregled HSUHS1_0704 pregled HSUHS5_0282 pregled Ureaza pomoćni protein (ureF pregled) H. bizzozeronnii
100 (84) pregled HSUHS1_0702 pregled HSUHS5_0280 pregled Ureaza pomoćni protein (ureH pregled) od H. bizzozeronnii
96 (84) pregled HSUHS1_0703 pregled HSUHS5_0281 pregled Ureaza pomoćni protein (ureG pregled) H. bizzozeronnii
100 (95) pregled HSUHS1_0133 pregled HSUHS5_0547 pregled Hydrogenase ekspresije /formiranje proteina (hypA Netlogu) H. pylori
98 (83) pregled HSUHS1_0615 pregled HSUHS5_0817 pregled Hydrogenase izraz /formaciji protein (hypB pregled) H. pylori
99 (91) pregled HSUHS1_0616 pregled HSUHS5_0816 pregled Hydrogenase izraz /protein formacija (hypC pregled) od H. pylori
98 (89) pregled HSUHS1_0617 pregled HSUHS5_0815 pregled Hydrogenase izraz /formaciji protein (hypD pregled) H. achinonychis
pregled, 98 (80) pregled HSUHS1_0081 pregled HSUHS5_1197 pregled l-asparaginaza II (ansB pregled) od H. pylori
98 (64) pregled HSUHS1_0230 pregled HSUHS5_1130 pregled arginaze (rocF pregled) od H. pylori
99 (75) pregled HSUHS1_0888 pregled HSUHS5_0231 pregled acilamid amidohydrolase (Amie pregled) H. pylori
pregled, 100 (93) pregled HSUHS1_0680 pregled HSUHS5_0265 pregled Formamidase (amiF pregled) od H. pylori
100 (98) pregled HSUHS1_0161 pregled HSUHS5_1077
α-karboanhidraze od H. pylori
92 (69) pregled HSUHS1_0391 pregled HSUHS5_0874 pregled aspartaze (Aspa
) od H. acinonychis
100 (89 ) pregled kemotaksije pregled HSUHS1_1004 pregled HSUHS5_0649 pregled Chea-MCP interakcija modulator H. pylori
99 (79)
HSUHS1_1003
- bifunkcionalni kemotaksije proteina ( kuhar pregled) H. pylori
82 (86) pregled HSUHS1_1002 pregled HSUHS5_0775
purina vežu kemotaksiju portein (žvakati
) H. pylori pregled
98 (91) pregled HSUHS1_0538 pregled HSUHS5_0706
kemotaksije protein (cheV pregled) od H. pylori
100 (92) pregled HSUHS1_0846 pregled HSUHS5_0081 pregled pretpostavljenim kemotaksiju protein H. pylori
100 (79) pregled HSUHS1_0299 pregled HSUHS5_0250
kemotaksije protein (Chey
) H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001 pregled HSUHS5_0774 pregled metil-prihvaćanje kemotaksije protein (tlpA pregled) H. pylori

100 (60) pregled HSUHS1_0286 pregled HSUHS5_0256
metil-prihvaćajući kemotaksije proteina (tlpB pregled) od H. pylori
98 (63) pregled HSUHS1_0479 pregled HSUHS5_0476 pregled Meti prihvaćanja kemotaksiju protein H. acinonychis
100 (66 ) pregled HSUHS1_0196 pregled HSUHS5_0122 pregled Meti prihvaćanja kemotaksiju protein Campylobacter upsaliensis Netlogu 2 pregled, 99 (53) pregled HSUHS1_0141 pregled HSUHS5_0641 pregled Meti prihvaćanja kemotaksiju protein Campylobacter fetus subsp. Fetus pregled 2 pregled, 99 (64) pregled HSUHS1_0763
- Meti prihvaćanja kemotaksiju protein Methylibium petroleiphilum pregled 2
83 (52) pregled HSUHS1_0944
HSUHS5_0990 pregled metil-prihvaćanje kemotaksije senzorne sonde Marinomonas sp.
2 pregled, 57 (59) pregled adhezije pregled HSUHS1_0666 pregled HSUHS5_1053 pregled, proteina vanjske membrane (Horb pregled) H. pylori
100 (63) pregled HSUHS1_0354 pregled HSUHS5_0398 pregled Neuraminyllactose vežu hemaglutinin (hpaA) pregled, H. acinonychis
94 (77)
otpornost Oksidativni stres pregled HSUHS1_1147 pregled HSUHS5_0608 pregled, katalaze (Kata
) od H. acinonychis
95 (82)
HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
popravak krivo sparenih baza ATPaze (mutS
) od H. hepaticus
99 (60) pregled HSUHS1_0163 pregled HSUHS5_0495 pregled superoksid dismutaza (sodB pregled) od H. pylori
100 (90) pregled HSUHS1_1186 pregled HSUHS5_0005 pregled Bacterioferritin ko-selica protein H. hepaticus
99 (72) pregled HSUHS1_0683 pregled HSUHS5_0262 pregled NAD (P) H kinon reduktaze (mdaB pregled) Campylobacter fetus subsp. Fetus
97 (68) pregled HSUHS1_0689 pregled HSUHS5_0268 pregled Peroxiredoxin H. pylori pregled 3 pregled, 100 (92) pregled, 1 Kao rezultat tblastn-based cross-mapiranje od H. pylori pregled proteome na H. suis pregled HS1T i HS5 genoma i BLASTP bazi ab initio
analize prevedenog H. suis
HS1T i HS5 ORF protiv Uniprot-KB Universal baza podataka proteina. Razlike između HS1T i HS5 homologa ≤ 1%. Pregled 2 nedostatku drugih Helicobacter pregled genoma dostupna na GenBank.
3 Član od 2-Cis peroxiredoxin superobitelji.
Genima za navodne proteini vanjske membrane (OMPs ) u odnosu na H. pylori
OMPs prikazani su u dodatnu datoteku 1. Tablica S1. Geni koji kodiraju za članove glavni H. pylori pregled OMP obitelji (Hop, Hor, Hof proteina, željeza regulirano i pumpom istjecanja OMPs) mogu biti usklađeni s H. pylori pregled genoma. Oba H. suis
sojevi sadržavati Hof pregled gene hofA
, C
, E
, F
je hop pregled geni se nadam pregled, G-2
i H pregled, a hor
geni Horb
, C
, D
i J
. Osim toga, HS1 T sadrži homolozi hopW pregled proteina prethodnika i horE Netlogu dok HS5 posjeduje dodatne homologa Hora pregled, horF
i horL
. Nema članova Helicobacter pregled vanjske membrane (Hom pregled) obitelj su otkrivena u H. suis Netlogu. Osim glavnih H. pylori
obitelji proteina OMP je H. suis pregled genom sadrži neki predviđeni OMPs temelju njihove N-terminalni ciklus izmjene hidrofobne aminokiseline slične porin, obuhvaćajući omp29
za HS1 T i omp11 pregled i omp29 pregled za HS5. A 491 aminokiseline povezane s membranom homologni faktora virulencije MviN, usklađen za 92% s MviN homologa H. acinonychis pregled (Hac_1250), također je bio prisutan u H. suis Netlogu. Pregled, Tip IV sekrecija sustavi u H. suis
od H. pylori pregled izlučivanja tip IV sustavi (T4SS), samo dva člana CAG
patogenosti otoka (CAG pregled PAI) identificirani su u H . suis pregled genom (cag23 /E pregled i cagX pregled). Većina članova češalj pregled aparata transporta bili prisutni. To uključuje comB2
, B3, B6

, B8
i niz dodatnih gena nije klasificirana kao češljem Netlogu: recA Netlogu, dođi pregled, Popis morskog života pregled i dprA pregled. H. suis pregled posjeduje gene koji kodiraju VirB- i VirD tipa ATPases (virB4 pregled, B8 pregled, B9 pregled, B10 pregled, B11 pregled i virD2 pregled, D4
), svi imenovani članovi H. pylori
sustav izlučivanja tip IV 3 (tfs3
). HS1 T i HS5 T4SS prikazani su u tablici 2.Table 2 H. suis
soja 1 (HS1T) i soja 5 (HS5) homologa H. pylori pregled i druge Helicobacter sp Netlogu. Tip geni sustav izlučivanja IV. pregled homologni
Gene otkrivena u HS1T
Gene otkrivena u HS5 pregled
Opis odgovarajućih proteina
Postotak udjela slijed poravnat (od čega% konzervirani) s Helicobacter homolog1
CAG patogenosti otoka
cag23 pregled /E Netlogu H. pylori
HSUHS1_0731 pregled HSUHS5_1234 pregled DNK transfer proteina pregled, 81 (42) pregled cagX pregled H. pylori
HSUHS1_0964 pregled HSUHS5_0688 pregled Bračna plazmid transfer proteina pregled, 92 (71) pregled češljem sustav pregled, comB2 pregled H. acinonychis
HSUHS1_1181 pregled HSUHS5_0010 pregled ComB2 protein pregled 96 (64)
comB3 pregled H. acinonychis
HSUHS1_1182 pregled HSUHS5_0009 pregled ComB3 protein kompetencija pregled 95 (77) pregled comB6 pregled H. pylori pregled
HSUHS1_0337
- NADH-ubiquinone oksidoreduktazna pregled 70 (85) pregled comB8 pregled H. pylori
HSUHS1_0747 pregled preklapaju s virB8
comB8 proteina kompetencija pregled, 93 (66) pregled trbL pregled od H. pylori
HSUHS1_0755 pregled HSUHS5_0054 pregled TrbL protein pregled 99 (77) pregled dolaze
od H. acinonychis
HSUHS1_0314 pregled HSUHS5_0381 pregled Nadležnost locus E pregled, 94 (55) pregled Popis morskog života pregled od H. pylori
HSUHS1_0722 pregled HSUHS5_0300 pregled Nadležnost protein pregled 99 (84) pregled dprA pregled H. acinonychis
HSUHS1_0096 pregled HSUHS5_0824 pregled protein obradu DNK pregled 99 (70)
recA pregled H. hepaticus
HSUHS1_0672 pregled HSUHS5_1058 pregled rekombinaze
97 (84) pregled virB -homologs pregled virB4 pregled H. pylori
pregled HSUHS1_0960 pregled HSUHS5_0692 pregled transfer proteina DNK pregled 98 (68) pregled virB8 pregled H. pylori
HSUHS1_0963 pregled HSUHS5_0689 pregled prijenosa DNA protein pregled 91 (61) pregled virB9 pregled od H. cetorum
HSUHS1_0319
- virB9 protein pregled 76 (69) pregled virB10 pregled od H. cetorum
HSUHS1_0320
- VirB10 proteina pregled, 90 (77)
navodni virB9 Netlogu H. pylori pregled
- HSUHS5_0372
pretpostavljenim VirB9 protein pregled 100 (86) pregled potencijalnog virB10 pregled od H. pylori
- pregled HSUHS5_0371 pregled pretpostavljenim virB10 protein pregled 97 (87)
virB11 pregled H. pylori
HSUHS1_0750 pregled HSUHS5_0368 pregled virB11 proteina pregled 100 (98) pregled virB11 pregled H. cetorum
HSUHS1_0965
- VirB11 proteina pregled, 95 (71) pregled virB11 pregled nalik na H. pylori pregled (HPSH_04565)
- HSUHS5_0686 pregled VirB11 protein sličan pregled, 98 (72) pregled virB11 pregled nalik na H. pylori pregled (HPSH_07250) pregled HSUHS1_0036 pregled HSUHS5_0600 pregled tipa IV ATPaze
100 (75) pregled virD - homologa pregled virD2
od H. cetorum
HSUHS1_0752 pregled HSUHS5_0414 pregled VirD2 protein (relaxase) pregled, 100 (90) pregled virD4 pregled H. pylori
HSUHS1_0870 pregled HSUHS5_0257 pregled VirD4 protein (konjugacija proteina)
82 (78) pregled, 1 Kao rezultat tblastn-based cross-mapiranje H. pylori pregled Proteom se H. suis pregled HS1T i HS5 genoma i BLASTP-based ab initio pregled analize prevedenog H. suis
HS1T i HS5 ORF protiv Uniprot-KB univerzalna proteina baze podataka. Razlike između HS1T i HS5 homologa ≤ 1%. Pregled Geni možda uključen u indukciju oštećenja probavnog
homologa H. pylori
geni uključeni u indukciji želučanih lezija u H. suis
genoma su sažeti u tablici 3. homologije pretraga s H. pylori
vakuolirajući citotiksin gen (Vaca pregled) utvrđen HSUHS1_0989 u HS1 T. Odgovarajuća bjelančevina, što je izuzetna po tome što je jedan od najdužih u svijetu prokariota, posjeduje tri mala očuvanog Vaca regije (ostaci 490-545, 941-995 i 1043-1351), nakon čega je autotransporter regiji (ostaci 2730-2983). Aminokiselinska sekvenca HS5 homologa (HSUHS5_0761) mogu biti sravnjeni za 22% s H. pylori
soja HPAG1 sekvence, i ima samo jedan konzervirani Vaca regije (ostaci 242-298), nakon čega slijedi autotransporter područja (1258 -1510). U oba Vaca pregled, homologa, nema signala sekvencija je određena. Osim toga, ulkusa povezanih s adenin-specifične DNA metiltransferaza (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) odsječka za kodiranje je identificiran, dok je molekularna homologni od čira povezane ograničenje endonukleaze (ICEA Netlogu) nije mogao biti otkriven u H. suis Netlogu. H. suis pregled sadrži homolozi pgbA
i pgbB pregled kodiraju plazminogena proteina koji se vežu, ali i nedostaje cijepanja transmembranski heliks i peptidni signal prema Bioinformatika alata ranije spomenuto. H. suis pregled krije homologa gena koji kodiraju za H. pylori
neutrofila-aktivirajući protein (HP-Napa) i γ-glutamil transpeptidase (HP-GGT). Homologa kodiraju H. pylori pregled flavodoxin fldA
i piruvat-oksidoreduktazna kompleks (POR) Članovi Pora
, porB
, porC
i porD pregled također su identificirani u H. suis pregled .table 3 homologa H. pylori pregled gena koji sudjeluju u indukciji želučanih lezija u H. suis
soj 1 (HS1T) i naprezanje 5 (HS5) genoma. pregled Gene otkrivena u HS1T
Gene otkrivena u HS5
Genea Zove
Protein primjedba /funkcija u H. pylori
slijed frakcija HS1T /HS5 usklađen s H. pylori homologa (%) 1
poravnati slijed frakcija HS1T /HS5 konzerviran s H. pylori homologa (%) 1 pregled pregled Reference
HSUHS1_0989 pregled HSUHS5_0761 pregled Vaca
vakuolirajući citotiksin A: stanica domaćina vakuolizacijom, apoptoza inducira, imunosupresivni pregled 63/22 pregled 45/72 pregled, [46] pregled HSUHS1_0265 pregled HSUHS5_0449 pregled GGT
γ-glutamil transpeptidase: apoptoza inducira, imunosupresivni pregled 99/99 pregled 86/86 pregled [ ,,,0],48, 49, 64] pregled HSUHS1_1177 pregled HSUHS5_0014 pregled Napa
Neutrofil-aktivirajući protein A: proupalnih pregled 99/99 pregled 83/83 pregled [50, 51 ] pregled HSUHS1_1067 pregled HSUHS5_1177 pregled fldA
primatelja elektrona od piruvat oksidoreduktazna enzimskog kompleksa, koji je povezan s želučanim MALT limfom kod ljudi
96/98 pregled 84/83 pregled [55, 56] pregled HSUHS1_0403 pregled HSUHS5_0887 pregled pgbA
plazminogena-binding protein pregled 60/60 pregled 72/72 pregled [53, 54] pregled HSUHS1_1192 pregled HSUHS5_0523 pregled pgbB
plazminogena vežu proteina
70/70 pregled 72/72 pregled [53, 54] pregled 1Resulting od tblastn-based cross-mapiranje od H. pylori pregled proteome na H. suis pregled HS1T i HS5 genoma. pregled Rasprava pregled gena eventualno uključenih u želučanom kolonizacije i upornost
rezultati ovog istraživanja pokazuju da nekoliko H . pylori pregled geni uključeni u kiselom aklimatizacije, kemotaksije i pokretljivost, imaju kolege u H. suis
genoma. Ovi geni su poznati da su bitni za naseljavanje ljudske želučane sluznice [27-32].
Nekoliko OMP kodirajuće sekvence identificirane su usporedne analize s H. pylori pregled i druge bakterijske vrste. H. suis pregled sadrži neke slične članove glavnih OMP obitelji koji su opisani u H. pylori
[33]. Neki od tih OMPs opisano je da se uključe u adhezije H. pylori
na želučanu sluznicu, koja je široko se pretpostavlja da ima važnu ulogu u početnoj kolonizacije i dugotrajne postojanosti u ljudskom želucu. Oni uključuju želučane epitelnih stanica adhezina Horb [34] i lipoproteina površine, H. pylori pregled adhezin A (HpaA). HpaA, također označeni kao neuraminyllactose vežu hemaglutinina, nalazi se isključivo u Helicobacter Netlogu i veže se makromolekula sialične kiseline bogate prisutan na želučanoj epitela [35]. S druge strane, H. suis pregled nema homolozi nekoliko drugih H. pylori
faktora adhezije, uključujući gena koji kodiraju skupinu krvi vezanja antigena adhezina Baba
(hmelja
) i Babb
(hopT pregled) je sialične kiseline vežu adhezin Saba pregled (Hopp
) i sabB
(hopO
), a prianjanje povezane lipoproteina Alpa pregled (hopC
) i alpB pregled (hopB pregled) [36]. pregled, H. suis pregled sadrži gen fibrinonectin /fibrinogena-vezujući protein kodiranje, koje mogu poboljšati svoju pridržavanje oštećenoj želučanog tkiva. Oštećenje domaćin epitelne stanice doista može izložiti fibronektina i druge komponente ekstracelularnog matriksa. Jaka homologija je pronađena fibronektina proteina koji se vežu H. felis Netlogu (YP_004072974), H. canadensis pregled (ZP_048703091) i Wolinella succinogenes pregled (NP_907753). Prema našim saznanjima, nije točna funkcija je dano tih proteina u tim vrstama. U Campylobacter jejuni
Međutim, fibronektin-vezujući proteini CADF i FlpA se pokazalo da su uključene u pridržavanje i /ili invazije epitelnim stanicama crijeva domaćinove [37, 38]. Prema Bioinformatika alata ovdje koriste je H. suis pregled fibronektin-vezujući protein nema cijepanja transmembranski heliks i signalnog peptida, što znači da to nije površinski izložen ili se izlučuje. Njegova stvarna uloga u kolonizaciji, dakle, ostaje da se razjasni. Pregled triju gena uključenih u biosintezu sialičnc kiseline (Neua Netlogu, neuB Netlogu i wecB pregled) su označeni u H. suis
genoma, što znači da ova bakterija može ukrasiti svoju površinu sialična kiselina. Prisutnost površine sialilacije je opsežno studirao u patogenih bakterija, gdje se doprinosi izbjegavanju sustava domaćina dopuna obrane [39].
Osim toga, H. suis pregled posjeduje gene koji kodiraju enzime koji su uključeni u otpor oksidativnog stresa-( Napa pregled, sodB pregled, Kata pregled, mutS pregled, mdaB pregled i peroxiredoxin kodiranje sekvenci). To pokazuje da je H. suis pregled može gajiti obrambeni mehanizam protiv domaćina upalnog odgovora, što pridonosi sposobnosti kroničnog želučanog kolonizacije od strane ove bakterije [40]. Pregled Tip sekrecije IV sustavi u H. suis pregled
Dva djelomična T4SS su predviđeni u H. suis
genoma, odnosno češalj pregled klastera i tfs3
sustava. H. suis češljem pregled sustav vjerojatno igra ulogu u genetskom transformacijom [41, 42]. Transformacija DNK može biti odgovoran za visok stupanj različitosti između H. suis sojeva
što je nedavno pokazao multilocus slijed tipkanje dostupnih H. suis
naprezanja [43]. Uloga pylori tfs3
sustava H. sekreta u patogenezi nije točno poznat. Sedam geni tfs3 pregled klastera su homologa gena uključenih u tipa IV sekrecija: virB4 pregled, virB11 pregled i virD4 pregled kod za ATPases koje se kreću substrata i kroz pore. Potonji je kodiran pomoću transmembranskih geni pora virB7 pregled, virB8 pregled, virB9 pregled i virB10 pregled [44]. Svi ti geni, osim virB7 pregled su identificirani u H. suis Netlogu, što ukazuje da je H. suis tfs3 pregled može biti važno u transmembranski transport supstrata u H. suis Netlogu.
H . pylori cag pregled patogenosti otok (CAG pregled PAI) područje kodira T4SS čime H. pylori pregled umetnuti citotoksin povezan antigen A (CAGA) u stanicu domaćina. Ovaj proces rezultira promijenjenom strukturom stanice domaćina, povećan upalnog odgovora i veći rizik za želučane adenokarcinoma [45]. Iako je H. suis pregled posjeduje dva člana H. pylori CAG
PAI (cag23 /E
i cagX
), većina gena, uključujući gena koji kodira za patologiju uzrokuju proteina (CagA ), nisu identificirani. To pokazuje da HS1 T i HS5 nemaju funkcionalnu CAG
sustav izlučivanja proteina transporter. Pregled gena eventualno uključeni u indukciji želučanih lezija pregled genomske usporedbu H. suis Netlogu s H. pylori
rezultirala identifikaciju dodatnih gena eventualno povezane s virulencije H. suis Netlogu. H. suis pregled homologni od H. pylori Vaca Netlogu bio otkriven. Vaca je i citotoksin želučanog sloja epitelnih stanica, te imunomodulatora toksin H. pylori pregled [46]. H. pylori pregled sadrži bilo funkcionalni ili nefunkcionalni Vaca pregled. H. suis Vaca pregled homologni ne iskazuje Vaca pregled slijed signala, što znači da bi to moglo kodirati nefunkcionalnu citotoksin [47]. In vitro i in vivo studijama s knockout mutanta od H. suis Vaca pregled mogao pojasniti funkcionalnost Vaca pregled homologa u ovom Helicobacter pregled vrsta.
Jaka homologija je pronađena s dva H. pylori
geni virulencije povezane naime Napa
, kodiraju HP-Napa i GGT
kodira HP-GGT. H. pylori pregled GGT je identificiran kao apoptoza inducira proteina [48, 49]. HP-Napa protein je određen kao proupalu i imunodominantnog proteina poticanjem proizvodnje kisikovih radikala i IL-12 iz neutrofila i regrutiranju leukocita in vivo [50, 51]. Osim toga, HP-Napa također igra ulogu u zaštiti H. pylori
od oksidativnog stresa tako što se vežu slobodne željezo [52]. H. suis pregled sadrži homolozi dva H. pylori
gena koji kodiraju plazminogena vezivnog proteina, pgbA
i pgbB
.

• Dokazna rezoniranje temelji model za dijagnosticiranje limfnih čvorova metastaza kod raka želuca
• Integrativni uloge transformirajući faktor-a u citozaštitne mehanizmima želučane ozljede sluznice