Genomo sekos Helicobacter suis palaiko savo vaidmenį skrandžio pathology

genomo seka Helicobacter suis
palaiko savo vaidmenį skrandžio patologijos pervežimas Anotacija
Helicobacter
(H.
) suis
buvo susijęs su lėtiniu gastritu ir opalige iš pars oesophagea kiaulių, ir su gastritas, pepsinė opa ir skrandžio gleivinės susijusių limfinio audinio limfoma žmonėms. Norint gauti geresnę įžvalgą genų, dalyvaujančių patogeniškumo ir konkretaus pritaikymo prie skrandžio aplinkos, H. suis
, genomo analizė buvo atlikta dviejų H. suis
padermių, išskirtų iš skrandžio gleivinės kiaulių , Homologai iš daugumos genų įrodyta, kad būti svarbus skrandžio kolonizacijos žmogaus patogeno H. pylori
buvo aptikta H. suis pervežimas genomą. H. suis
koduoja keletas tariamą išorinės membranos baltymų, iš kurių du panašus į H. pylori
adhezinų HpaA ir Horb. H. suis
uostų beveik visą šukos
IV tipo sekrecijos sistemą ir narius IV tipo sekrecijos sistema 3, bet trūksta dauguma genų, esančių CAG pervežimas patogeniškumo saloje H. pylori pervežimas , Homologai genų, koduojančių H. pylori
neutrofilų įsijungiantis baltymų ir γ-glutamiltranspeptidazė buvo nustatyta, H. suis
. H. suis
taip pat turi keletą kitų numanomų virulentiškumo susijusių genų, įskaitant homologų už mviN
, H. pylori
flavodoxin genas, ir iš H. pylori
vacuolating citotoksinas geną homologas. Padaryta išvada, kad nors genų, koduojančių kai kurių svarbių virulentiškumo veiksnių H. pylori
, pavyzdžiui, citotoksinas-susijęs baltymo (CagA), yra ne nustatyti per H. suis
genomo, homologai, kitų genų susijęs su kolonizacija ir virulentiškumo H. pylori parsisiųsti ir kitų bakterijų yra.
Įvadas
Helicobacter
(H.
) suis
yra labai išrankus, spiralės formos, gramneigiamų bakterija reikia dvifazę kultūrinėje terpėje, kurio pH 5 praturtintas serumas iš veršiuko embriono, ir microaerobic atmosfera augimą in vitro [1]. H. suis
kolonizuoja daugiau nei 60% skerdžiamų kiaulių skrandį [1, 2]. Nors tiksli vaidmuo H. suis
skrandžio ligos kiaulėms vis dar neaišku, tai buvo susijęs su lėtiniu gastritu [3, 4] ir opos pars oesophagea skrandžio [5-7]. Tai gali sukelti didelių ekonominių nuostolių dėl staigios mirties, sumažėjo pašarų suvartojimą ir sumažinti paros priesvoris [8]. Maždaug 20 g /dieną sumažinti svorio buvo pastebėtas eksperimentiškai užsikrėtę H. suis
gyvūnų, palyginti su neužkrečiama kontrolinių gyvūnų [9].
Bakterinės skrandžio sutrikimų žmonėms dažniausiai sukelia Helicobacter pylori
[10]. Tačiau, ne Helicobacter pylori
helicobacters (NHPH) taip pat buvo susijęs su žmogaus skrandžio ligos paplitimą svyruoja tarp 0,2 ir 6% [5]. H. suis
yra dažniausios rasti žmonių, kur jis iš pradžių buvo pavadintas "H. heilmannii UAB" 1 tipo [11] NHPH rūšis. Yra aiškių požymių, kad kiaulės gali būti naudojami kaip infekcijos šaltinis žmonėms [5, 12]. Žmogaus priimančiosios H. suis
buvo susijęs su pepsinė opa [13], skrandžio gleivinės limfoidinis audinys (SALYKLAS) limfomos [14] ir lėtiniu gastritu [15]. Graužikų modelių žmogaus skrandžio ligos, bakterijos sukelia stiprų uždegimą ir salyklo limfomą kaip pakitimų [16].
Iki šiol mažai žinoma apie H. suis
infekcijos patogenezę. Norėdami geriau suprasti genuose vaidina vaidmenį patogeniškumo, skrandžio kolonizacijos ir atkaklumo, H. suis
, buvo atliktas genomo palyginimus su gerai ištirti H. pylori
genomą. Kai virulentiškumo veiksniai iš tiesų gali būti panašus tiek bakterijų. Kadangi taip pat gali būti skirtumai, ab initio anotacijos H. suis pervežimas genomo buvo atlikta taip pat.
Medžiagos ir metodai
genomo iššifravimas
A pyrosequencing (454 Gyvosios gamtos mokslai Corporation Branford, KT, JAV) tyrimas buvo taikomas suteikiant tipo padermės, H. suis
genomo (HS1 , T = LMG 23.995 , T = DSM 19735 , T) ir H. suis
įtampą 5 ( HS5), izoliuota nuo skrandžio gleivinės iš dviejų skirtingų kiaulių, pagal aprašytą metodą Baele et al. [1]. . Kokybės filtruojamos sekos buvo surinkti į contigs naudojant 454 Newbler montuotojo (Roche Branford, CT, JAV)
Funkcinis anotacija
Siekiant maksimaliai padidinti kokybės genų anotacijos skaičių, du skirtingi požiūriai anotuoti buvo laikomasi: kryžminis kartografavimo su trimis Helicobacter pylori
padermių (26.695, Shi470 ir G27 su ncbi priėjimo numerius NC_000915, NC_010698 ir NC_011333, atitinkamai), ir ab initio anotacija.
Kryžminis kartografavimo anotacija
pasirinktinį BLAST [17 ] bazė buvo sukurta iš HS1 T ir HS5 genomikos contigs. H. pylori
Proteome ir ne kodavimo RNR buvo suderinta (tblastn programą sprogimo Suite ", e slenkstį, nustatytą 10 -3) į H. suis
duomenų bazę. Už kiekvieną BLAST nukentėjo išanalizuota ši papildoma informacija: 1) (sekrecijos) signalinis peptidas skėlimo vieta jei yra, kaip vertina SignalP 3.0 programos [18, 19]; 2) specifikacijos transmembranines spiralės (skaičius, pradžios ir pabaigos vietų, laikomam topologija, susijusių su citoplazmos membrana), jei yra, kaip vertina TMHMM programą [20]; 3) iš ribosomų privalomu stiprumo iRNR regione praėjusį labiausiai tikėtiną pradžios kodoną įvertis. Ribosomos privalomas stiprumas buvo įvertintas taikant du nustatytais faktais: i) ant mRNR kryptis, paprastai per 20 nukleotidų iki faktinio paleidimo kodono, atvirkštine papildo nuo 5 iki 7 nukleotidų netoli 16S rRNR 3 'galo veikia kaip Atraktorius ir padėties už ribosomos subvieneto mažas; Šis regionas yra žinomas kaip Shine-Dalgarno seką [21, 22]; ii) gramneigiamų bakterijų au-turtingas iRNR regionas maždaug 16 nukleotidų ilgio ir iš karto prieš blizgesį-Dalgarno seka taip pat gali pritraukti ir padetis ribosomų padėti inicijuoti vertimą teisinga, biologiškai aktyvaus geno produkto [23, 24]. Už H. suis
, Shine-Dalgarno seka buvo nustatyta, kad iš AGGAGGU (kuris yra atvirkštinės papildo iš 3 'galo 16S rRNR) pasekmė, ir minimalus AU-turtingumas (atitinka ribosomos surišimo gebą ) nuo praėjusių regione buvo savavališkai nustatytas 10/16. Už kiekvieną teorinį ORF pelnytas galimų starto kodonams asortimentas; tuo didesnis panašumas į idealaus Shine-Dalgarno seka, ar AU-turtingesnė praėjusių regionas, ar geriau iš abiejų derinys, tuo labiau tikėtina, kad potencialus pradžia kodono turi būti tikrasis startas kodono.
ab initio anotaciją
Dėl ab initio anotacija, teoriniai atviri skaitymo rėmeliai (ORF), pirmą kartą buvo nustatytas naudojant įspausti getorf įrankį (su minimaliu ORF ilgis nustatytas 90 nukleotidų, ir atsižvelgiant į visus alternatyvius pradžios codons į sąskaitą) [25]. Visi ORF buvo išverstos vėliau, ir sprogimo (blastp programa) buvo atliktas su e riba 10 -15 prieš Uniprot-KB universalus baltymų duomenų bazę. Universaliais algoritmas getorf maždaug davė tikėtinų fizinių ORF dešimteriopai, sumažinti klaidingų neigiamų rezultatų riziką. Siekiant išlaikyti klaidingą teigiamą normos žemiausią buvo laikoma, kad extra parametrai: 1) procentas suderinimas tarp užklausą ir paspauskite ORFS; 2) procentas panašumas ar išsaugojimo tarp suderintų dalių užklausą ir paspauskite ORF; 3) ribosomos Atsparumas lenkimui (daugiau informacijos žiūrėti aukščiau). Norėdami nustatyti vieną ar daugiau užkonservuotas sričių rpsblast paieškos (su nutylėjimą parametrų vertes) buvo atliktas kiekvieno teorinio ORF prieš surinkta užkonservuotas Domenų duomenų bazę, kuri turi baltymų domenų suderinimai iš kelių kitų duomenų bazių šaltinių [26] buvimą.
rezultatai
bendrus bruožus į H. suis
genomo
į HS1 , T genomo yra 1 635 292 bazių porų ir į HS5 genomo 1 669 960 bp viso sekos, tiek su vidurkiu GC kiekis 40%. Skirtingai H. pylori
, buvo aptiktas tik vienas egzempliorius tiek 16S ir 23S rRNR genų, bet kaip H. pylori
H. suis
turi tris kopijas 5S rRNR geno. buvo nustatyti trisdešimt aštuoni perdavimo RNR. Apskritai, buvo aptikta 1266 ORF iš HS1 T ir 1257 nuo HS5, iš kurių 194 ir 191 užkoduota hipotetinius baltymus atitinkamai. 98 ir 92 ORF signalas peptidas skėlimo vieta buvo aptikta, o tai rodo prognozuojamas išskiriami baltymus HS1 T ir HS5 atitinkamai. TMHMM programa prognozavo 210 ir 206 baltymus su bent vienu transmembraniniu spiralės už HS1 atitinkamai T ir HS5. Seka frakcija vienodi HS1 T ir HS5 yra nuo šiol aprašyta kartu kaip "H. suis pervežimas genomo".
Genai galėjo būti susijusios su skrandžio kolonizacijos ir atkaklumo pervežimas homologai H. pylori pervežimas genus rūgšties grūdinimosi, chemotaksio, sukibimo skrandžio epitelinių ląstelių, oksidacinio streso atsparumo (1 lentelė) ir judrumas buvo aptikta H. suis pervežimas genomą. Pastarasis buvo identifikuoti kaip flagellar Biosistem panaši į tą, H. pylori
[27]. Be to, H. suis
yra fibrinonectin /fibrinogeno surišančio baltymo kodavimo geną, bet atitinkamu baltymu trūksta transmembraninis helix arba signalas peptido skilimo vietą pagal anksčiau minėtų bioinformatikos įrankiai. Homologai kodavimo už CMP-N-acetylneuraminic rūgšties sin- (Neua) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481) Seilių rūgštis synthase (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478), ir UDP-N-acetilglukozaminu 2-epimerazę (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) buvo pasireiškia kaip well.Table 1 genai, susiję su pH homeostazės, chemotaksio, sukibimo su epitelio ląstelių, ir oksidacinio streso atsparumui į H. genomo suis
tipo padermės 1 (HS1T) ir H. suis
įtampą 5 (HS5 ).
grupė
Genų aptikta HS1T pervežimas pervežimas Gene aptikta HS5
aprašymas homologas
procentas seka suderintos (iš jų% užkonservuoti), aprašytą homolog1 pervežimas pervežimas pH Homeostazė pervežimas HSUHS1_0708 pervežimas HSUHS5_0286 pervežimas ureaz subvieneto alfa (karbamido
) H. heilmannii

100 (94)
HSUHS1_0707
HSUHS5_0285
ureaz subvieneto beta (ureB
) H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0706
HSUHS5_0284
ureaz transporteris (UREI
) H. felis pervežimas pervežimas 100 (89)
HSUHS1_0705
HSUHS5_0283
ureaz aksesuaras baltymų (ureE
) H . bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0704
HSUHS5_0282
ureaz aksesuaras baltymų (ureF
) H. bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0702
HSUHS5_0280
ureaz aksesuaras baltymų (ureH
) H. bizzozeronnii
96 (84)
HSUHS1_0703
HSUHS5_0281
ureaz aksesuaras baltymų (ureG
) H. bizzozeronnii
100 (95)
HSUHS1_0133
HSUHS5_0547
Hydrogenase išraiška /formavimas baltymų (hypA
) H. pylori
98 (83)
HSUHS1_0615
HSUHS5_0817
Hydrogenase išraiška /formavimas baltymų (hypB
) H. pylori
99 (91)
HSUHS1_0616
HSUHS5_0816
Hydrogenase išraiška /formavimas baltymų (hypC
) H. pylori
98 (89)
HSUHS1_0617
HSUHS5_0815
Hydrogenase išraiška /formavimas baltymų (hypD
) H. achinonychis

98 (80)
HSUHS1_0081
HSUHS5_1197
L-Asparaginazė II (ansB
) H. pylori
98
HSUHS1_0230
(64) HSUHS5_1130
Arginase (rocF
) H. pylori
99 (75)
HSUHS1_0888
HSUHS5_0231
Acylamide amidohidrolazei (Amie
) H. pylori

100 (93)
HSUHS1_0680
HSUHS5_0265
Formamidase (amiF
) H. pylori
100 (98)
HSUHS1_0161
HSUHS5_1077
α-Karboanhidrazė H. pylori
92 (69)
HSUHS1_0391
HSUHS5_0874
Aspartase (ASPA pervežimas) H. acinonychis

100 (89 )
chemotaksi
HSUHS1_1004
HSUHS5_0649
kieno-MCP sąveika moduliatorius H. pylori pervežimas pervežimas 99 (79) pervežimas HSUHS1_1003 -
dvifunkcinius chemotaksi baltymo ( Šefo
) H. pylori
82 (86)
HSUHS1_1002
HSUHS5_0775
Purino privalomos chemotaksi portein (Chew
) H. pylori

98 (91)
HSUHS1_0538
HSUHS5_0706
chemotaksi baltymų (Chev
) H. pylori
100 (92)
HSUHS1_0846
HSUHS5_0081
spėjamas chemotaksi baltymas H. pylori
100 (79)
HSUHS1_0299
HSUHS5_0250
chemotaksi baltymų (Chey pervežimas) H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001
HSUHS5_0774
metil-priėmimo chemotaksi baltymų (tlpA
) H. pylori

100 (60)
HSUHS1_0286
HSUHS5_0256
metil-priėmimą chemotaksio baltymas (tlpB
) H. pylori
98 (63)
HSUHS1_0479
HSUHS5_0476
metil- priimti chemotaksi baltymas H. acinonychis

100 (66 )
HSUHS1_0196
HSUHS5_0122
metil- priimti chemotaksi baltymas Campylobacter upsaliensis
2
99 (53)
HSUHS1_0141
HSUHS5_0641
metil- priimti chemotaksi baltymas Campylobacter vaisiui subsp. vaisius
2
99 (64)
HSUHS1_0763 -
metil- priimti chemotaksi baltymas Methylibium petroleiphilum
2
83 (52)
HSUHS1_0944
HSUHS5_0990
metil-priėmimo chemotaksi sensorinis daviklis Marinomonas Sp.
2
57 (59)
sukibimas
HSUHS1_0666
HSUHS5_1053
išorinės membranos baltymo (Horb
) H. pylori
100 (63)
HSUHS1_0354
HSUHS5_0398
Neuraminyllactose privalomos hemagliutinino (hpaA)
H. acinonychis
94 (77)
oksidacinis stresas atsparumas
HSUHS1_1147
HSUHS5_0608
Katalazė (kata pervežimas) H. acinonychis

95 (82)
HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
nesutapimus remontas ATPazės (Muts
) H. hepaticus
99 (60)
HSUHS1_0163
HSUHS5_0495
Superoksido dismutazė (sodB
) H. pylori
100 (90)
HSUHS1_1186
HSUHS5_0005
Bacterioferritin bendro migracijos baltymas H. hepaticus pervežimas pervežimas 99 (72)
HSUHS1_0683
HSUHS5_0262
NAD (P) H chinono reduktazės (mdaB
) Campylobacter vaisiaus subsp. vaisius
97 (68)
HSUHS1_0689
HSUHS5_0268
Peroxiredoxin H. pylori
3
100 (92)
1 atsirandančių tblastn pagrindu kryžminio žemėlapių į H. pylori
proteomos į H. suis
HS1T ir HS5 genomų ir blastp pagrindu ab initio
analizė išverstame H. suis pervežimas HS1T ir HS5 ORF prieš Uniprot-KB Universal baltymų duomenų bazę. Skirtumai tarp HS1T ir HS5 homologai ≤ 1%.
2 Neturėdami kitų Helicobacter
genomų prieinama GenBank.
3 Narys 2-Cys peroxiredoxin superfamily.
Genų, koduojančių tariamą išorinės membranos baltymų (OMPs ), palyginti su H. pylori pervežimas OMPs pateikiami Papildoma failą 1 lentelė S1. Koduojančių genų nariams pagrindinis H. pylori
OMP šeimos (hop, Horo, Hof baltymų, geležies-reguliuojama ir ištekėjimo siurblio OMPs) gali būti suderintas su H. pylori
genomą. Abu H. suis
padermės yra Hof
genus HOFA
C
E
F
, apynių
genai viltį
G-2
ir H
, o hor
genai Horb
C
D
, ir J
. Be to, HS1 , T yra homologai iš hopW
baltymų pirmtakas ir hore
, o HS5 turi papildomų homologai apie Hora
, horF
ir HÖRL
. Nėra Helicobacter
išorinės membranos prisijungę (Hom
) šeimos buvo aptikta H. suis
. Be pagrindinių H. pylori
OMP šeimos baltymų, H. suis
genomas yra keletas prognozuojama OMPs remiantis jų N-terminalo modelio kintamosios hidrofobinių amino rūgščių, panašių į Porins, apimanti omp29
už HS1 T ir omp11 parsisiųsti ir omp29
už HS5. 491 amino rūgštys membrana susijusių homologas iš virulentiškumo faktorius MviN, suderinta 92% su MviN homologas H. acinonychis
(Hac_1250), taip pat dalyvavo H. suis
IV.
Tipas sekrecija sistemos H. suis
į H. pylori
IV tipo sekrecijos sistemos (T4SS), tik du nariai CAG pervežimas patogeniškumo salos (PVG
PAI) buvo nustatyta H . suis
genomas (cag23 /El parsisiųsti ir cagX
). Dauguma nariai šukas
transporto aparato atstovai. Tai apima comB2
, B3, B6

, B8 parsisiųsti ir papildomų genų, kurie nėra klasifikuojami kaip šukos
numeris: recA
, ateik
, comL parsisiųsti ir dprA
. H. suis
turi genus koduojandias VirB- ir VirD tipo ATPases (virB4
, B8
, B9
, B10
, B11
ir virD2
, D4
), visos paskirtosios nariai H. pylori
IV tipo sekrecijos sistema 3 (tfs3
). HS1 T ir HS5 T4SS pateikti lentelėje 2.Table 2 H. suis pervežimas padermės 1 (HS1T) ir deformacijų 5 (HS5) homologai H. pylori parsisiųsti ir kitų Helicobacter sp
. IV tipo sekrecijos sistemos genai.
homologą
Genų aptikta HS1T
Genų aptikta HS5

Aprašymas atitinkamų baltymų
procentas sekos frakcija suderinti (iš kurių% apsaugotą) su Helicobacter homolog1 pervežimas pervežimas CAG patogeniškumo salos pervežimas cag23
/E
H. pylori
HSUHS1_0731
HSUHS5_1234
DNR pernešimo baltymo
81 (42)
cagX
H. pylori
HSUHS1_0964
HSUHS5_0688
Santuokinė plazmidės, pernešimo baltymo
92 (71)
šukos sistema
comB2
H. acinonychis
HSUHS1_1181
HSUHS5_0010
ComB2 baltymų
96 (64)
comB3
H. acinonychis
HSUHS1_1182
HSUHS5_0009
ComB3 kompetencija baltymų
95 (77)
comB6
H. pylori

HSUHS1_0337 -
NADH-ubichinonas oksidoreduktazė
comB8
H. pylori
HSUHS1_0747
Perdangos su virB8
70 (85) comB8 kompetencija baltymų
93 (66)
TRBL
H. pylori
HSUHS1_0755
HSUHS5_0054
TRBL baltymų
99 (77)
ateiti
H. acinonychis
HSUHS1_0314
HSUHS5_0381
kompetencija lokusas El
(55)
comL
H. pylori
HSUHS1_0722
94 HSUHS5_0300
kompetencija baltymų
99 (84)
dprA
H. acinonychis
HSUHS1_0096
HSUHS5_0824
DNR apdorojimas baltymų
99 (70)
Reca
H. hepaticus
HSUHS1_0672
HSUHS5_1058
rekombinazės
97 (84)
virB -homologs
virB4
H. pylori

HSUHS1_0960
HSUHS5_0692
DNR pernešimo baltymo
98 (68)
virB8
H. pylori
HSUHS1_0963
HSUHS5_0689
DNR pavedimu baltymų
91 (61)
virB9
H. cetorum
HSUHS1_0319 -
virB9 baltymų
76 (69)
virB10
iš H. cetorum
HSUHS1_0320 -
VirB10 baltymų
spėjamą virB9
H. pylori
90 (77) - CR.LT HSUHS5_0372
spėjamas VirB9 baltymų
100 (86)
spėjamas virB10
H. pylori
- CR.LT HSUHS5_0371
spėjamas virB10 baltymų
97 (87)
virB11
H. pylori
HSUHS1_0750
HSUHS5_0368
VirB11 baltymų
100 (98)
virB11
H. cetorum pervežimas pervežimas HSUHS1_0965 -
VirB11 baltymo
95 (71)
virB11
-kaip H. pylori
(HPSH_04565) -
HSUHS5_0686
VirB11 panašus baltymas
98 (72)
virB11
-kaip IV H.pylori
(HPSH_07250)
HSUHS1_0036
HSUHS5_0600
tipas ATPazės
100
(75) virD - homologai
virD2
H. cetorum
HSUHS1_0752
HSUHS5_0414
virD2 baltymų (relaxase)
100 (90)
virD4
H. pylori
HSUHS1_0870
HSUHS5_0257
VirD4 baltymų (konjugacija baltymo)
82 (78)
1 atsirandančių tblastn pagrindu kryžminio kartografavimas H. pylori
proteomos į H. suis
HS1T ir HS5 genomų ir blastp įsikūrusio ab initio
analizė išverstame H. suis pervežimas HS1T ir HS5 ORF prieš Uniprot-KB universalus baltymų duomenų bazę. Skirtumai tarp HS1T ir HS5 homologai ≤ 1%.
Genai galbūt dalyvauja indukcijos skrandžio pažeidimai
homologai H. pylori
genus indukcijos skrandžio pakitimus, H. suis pervežimas genomo yra sutraukta 3 lentelėje homologijos paieškų su H. pylori
vacuolating citotoksinas geną (Vaca
), nustatomas HSUHS1_0989 į HS1 , T. Atitinkamas baltymas, kuris yra išskirtinis tuo, kad jis yra vienas iš ilgiausiai iš prokariotų pasaulyje, turinti tris mažus užkonservuotas Vaca regionus (Likučiai 490-545, 941-995 ir 1043-1351), po kurio Autovežis regione (likučiai 2730-2983). Aminorūgščių seka HS5 homologas (HSUHS5_0761) galėtų būti suderinta 22% su H. pylori pervežimas padermės HPAG1 seka, ir turi tik vieną užkonservuoti Vaca regionas (likučiai 242-298), po kurio Autovežis regione (1258 -1510). Abiem Vaca
homologų, nėra signalo seka buvo nustatyta. Be to, opa susijęs adenino-specifinis DNR metiltransferazė (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) kodavimo sekos buvo nustatytos, o molekulinis homologo Opa susijęs restrikcinių (ICEA
) negali būti rastas, H. suis
. H. suis
yra homologai iš pgbA
ir pgbB
kodavimo plazminogeno surišančių baltymų, nors tiek trūksta transmembraninis helix arba signalas peptido skilimo vietą pagal anksčiau minėtų bioinformatikos įrankiai. H. suis
uostų homologai genų, koduojančių H. pylori pervežimas neutrofilų aktyvinti baltymų (AG-Napa) ir γ-glutamiltranspeptidazė (HP-GGT). Homologai koduojandias H. pylori
flavodoxin fldA
ir piruvato-oksidoreduktazė kompleksą (POR) prisijungę pora
, porB
, porc
ir porD
taip pat buvo nustatyta H. suis
.table 3 homologai H. pylori
genų, dalyvaujančių indukcijos skrandžio pakitimus H. suis
tipo padermės 1 (HS1T) ir deformacijų 5 (HS5) genomą.
Genų aptikta HS1T
Genų aptikta HS5
Gene vardas
Baltymai anotacija /funkcija į H. pylori
seka frakcija HS1T /HS5 suderinta su H. pylori homologas (%) 1
suderinta seka frakcija HS1T /HS5 užkonservuotas su H. pylori homologą (%) 1

Nuorodos
HSUHS1_0989
HSUHS5_0761
Vaca
Vacuolating citotoksinas A: ląstelė šeimininkė, vakuolizacija, apoptozė skatinančius, immunosuppresive
63/22
45/72
[46]
HSUHS1_0265
HSUHS5_0449
GGT
γ-glutamiltranspeptidazė: apoptozė skatinančius, immunosuppresive
99/99
86/86
[ ,,,0],48, 49, 64]
HSUHS1_1177
HSUHS5_0014
Napa
neutrofilų įsijungiantis A baltymas: prouždegiminių
99/99
83/83
[50, 51 ]
HSUHS1_1067
HSUHS5_1177
fldA
elektronų akceptorius iš piruvato oksidoreduktazė fermentų kompleksas, susijęs su skrandžio salyklo limfoma žmonėms
96/98
84/83
[55, 56]
HSUHS1_0403
HSUHS5_0887
pgbA
plazminogeną surišančio baltymo
60/60
72/72
[53, 54]
HSUHS1_1192
HSUHS5_0523
pgbB
plazminogeną surišančio baltymo
70/70
72/72
[53, 54]
1Resulting iš tblastn pagrindu kryžminio žemėlapių į H. pylori
proteomos į H. suis
HS1T ir HS5 genomų.
Diskusijos
genų galbūt susijusių skrandžio kolonizacijos ir atkaklumo pervežimas šio tyrimo rezultatai rodo, kad keliose H . pylori
genus rūgšties aklimatizacijos, chemotaksio ir judrumo, yra kolegomis, H. suis pervežimas genomą. Šie genai yra žinoma, kad labai svarbu kolonizacijos žmogaus skrandžio gleivinės [27-32].
Keletas OMP kodavimo sekos buvo nustatytas lyginamąsias analizes H. pylori parsisiųsti ir kitų bakterijų rūšių. H. suis
yra keletas panašius narius pagrindinių OMP šeimų aprašytų H. pylori pervežimas [33]. Kai kurie iš šių OMPs buvo aprašyta dalyvauti sukibimo H. pylori
į skrandžio gleivinę, kuri yra plačiai manoma, vaidina svarbų vaidmenį pradiniame kolonizacijos ir ilgalaikį patvarumą žmogaus skrandį. Tai apima skrandžio epitelio ląstelių adhezinus Horb [34] ir paviršiaus lipoproteinų H. pylori
adhezinas A (HpaA). HpaA, taip pat komentuojami kaip neuraminyllactose privalomos hemagliutinino, randamas tik Helicobacter parsisiųsti ir jungiasi prie Seilių rūgščių turtingas makromolekulių esančių skrandžio epitelio [35]. Kita vertus, H. suis
trūksta homologai kelių kitų H. pylori
sukibimo veiksnių, įskaitant genų, koduojančių kraujo grupės antigenų jungimosi adhezinų Baba
(apynių
) ir Babb
(hopT
), The Seilių rūgštis privalomas adhezinų Saba
(HOPP
) ir SABB
(hopO
) bei jų atitikimą susijęs lipoproteinų Alpa
(hopC
) ir alpB
(hopB
) [36].
H. suis
yra fibrinonectin /fibrinogeno surišantis baltymas kodavimo geną, kuris gali pagerinti savo ištikimybę nukentėjusiajai skrandžio audinio. Žala surengti epitelio ląstelių iš tiesų gali atskleisti fibronektiną ir kitų tarpląsteliniame komponentus. Stiprus homologija buvo rasta fibronektino surišančių baltymų H. felis
(YP_004072974) H. canadensis
(ZP_048703091) ir Wolinella succinogenes
(NP_907753). Mūsų žiniomis, ne tiksli funkcija buvo skiriamas šių baltymų šių rūšių. Be Campylobacter jejuni
Tačiau fibronektiną privalomas baltymai CadF ir FlpA buvo įrodyta, kad būti įtraukti į laikymusi ir /ar invazijos į šeimininko žarnyno epitelio ląstelių [37, 38]. Pagal bioinformatikos įrankiai čia naudojami, H. suis
fibronektino surišančio baltymo trūksta transmembraninis helix arba signalas peptidazės skilimo vieta, nurodant, kad jis yra neapdorotu paviršiumi sąlyčiui arba išsiskiria. Todėl tikrasis jo vaidmuo kolonizacija dar reikia išsiaiškinti.
Trys genus sialo rūgšties biosintezė (Neua
, neuB
ir wecB
) buvo komentuojami į H. suis pervežimas genomo rodo, kad ši bakterija gali papuošti savo paviršių sialo rūgšties. Antžeminį sialylation buvimas buvo tiriamas plačiai patogeninių bakterijų, kur prisideda prie slėpimo priimančiosios papildo gynybos sistemą [39].
Be to, H. suis
turi genus koduojandias dalyvaujančių fermentų atsparumo oksidacinio streso ( Napa
, sodB
, Kata
, Muts
, mdaB
ir peroxiredoxin kodavimo sekos). Tai rodo, kad H. suis
gali išlikti gynybos mechanizmą nuo priimančiosios uždegimine reakcija, prisidedant prie lėtinio skrandžio kolonizacijos gebėjimą Ši bakterija [40].
IV tipo sekrecijos sistemos H. suis

Du dalinis T4SS buvo prognozuojama H. ​​suis pervežimas genomo, ty šukas
klasterio ir tfs3 pervežimas sistema. H. suis šukos
sistema tikriausiai vaidina svarbų vaidmenį genetinio transformacijos [41, 42]. Transformacija DNR gali būti atsakingi už aukšto lygio skirtumus tarp H. suis
padermių kaip neseniai buvo įrodyta multilocus sekos rašyti turima H. ​​suis
padermių [43]. Iš H. pylori tfs3 pervežimas sekrecijos sistemos vaidmuo patogenezei nėra tiksliai žinoma. Septyni genai tfs3
klasterį yra homologai genų, dalyvaujančių IV tipo sekrecijos: virB4
, virB11
ir virD4
kodą ATPases kurios juda substratai ir per porų. Pastarasis koduojamas transmembranines porų genų virB7
, virB8
, virB9
ir virB10
[44]. Visi šie genai, išskyrus virB7
buvo nustatytos H. suis
, nurodydama, kad H. suis tfs3
gali būti svarbus transmembraniniu transporto substratų H. suis
. Viesbutis The H . pylori CAG
patogeniškumo sala (CAG
PAI) regionas koduoja T4SS leidžianti H.pylori
įstatyti citotoksinas susijusio antigeno A (CagA) į ląstelę šeimininkę,. Šio proceso rezultatas yra pakitusiu priimančiosios ląstelių struktūrą, padidintą uždegimine reakcija, ir didesnė rizika skrandžio adenokarcinoma [45]. Nors H. suis
turi du narius H. pylori CAG pervežimas PAI (cag23 /El parsisiųsti ir cagX pervežimas), genų dauguma, įskaitant genų kodavimo patologijos sukeliančių baltymų (CagA ), nebuvo nustatytas. Tai rodo, kad HS1 T ir HS5 trūksta funkcinį CAG
baltymų transporteris sekrecijos sistema.
Genai galbūt dalyvauja indukcijos skrandžio pakitimų
Genomo palyginimą H. suis
su H. pylori
lėmė papildomus genus, galbūt susijusių su virulentiškumo H. suis
identifikuoti. H. suis
homologas į H. pylori Vaca
buvo aptikta. Vaca yra tiek daug skrandžio epitelio ląstelių sluoksniu citotoksinas ir imunomoduliacinio toksinas H. pylori
[46]. H.pylori
yra arba funkcinis arba nefunkciniai Vaca
. H. suis Vaca
homologą eksponatų nė Vaca
signalų seka rodo, kad ji gali koduoti nefunkciniai citotoksinas [47]. In vitro ir in vivo tyrimų su nokautas mutantas į H. ir suis Vaca
gali paaiškinti Vaca
homologas funkcionalumą šio Helicobacter
rūšių.
Stiprus homologiją buvo rastas su dviem H. pylori
virulentiškumo susijusių genų būtent Napa
, kodavimo HP-Napa ir GGT
, kodavimas HP-GGT. H. pylori
GGT buvo identifikuota kaip apoptozę sukeliančių baltymų [48, 49]. HP-Napa baltymai yra paskirta priešuždegiminiais ir imunodominantiniai baltymų stimuliuodamas deguonies radikalų ir IL-12 iš neutrofilų ir leukocitų įdarbinti in vivo [50, 51]. Be to, HP Napa taip pat vaidina svarbų vaidmenį apsaugant H. pylori
iš oksidacinio streso, prisijungdamas nemokamą geležies [52]. H. suis
yra homologai dviejų H. pylori
koduojančių genų plazminogeno surišančių baltymų, pgbA parsisiųsti ir pgbB
.

• Įrodymų vertinimo motyvai grindžiamas modelis diagnozuoti limfmazgių metastazių skrandžio vėžio
• Integruotos vaidmenys transformuojantis augimo faktorius-alfa į ląstelių apsaugą mechanizmų skrandžio gleivinės traumos