Sekvencia genómu Helicobacter suis podporuje jej úlohu v žalúdku pathology

sekvencie genómu Helicobacter suis
podporuje jej úlohu v žalúdku patológiu
abstraktné
Helicobacter
(H.
) suis
bolo spojené s chronickej gastritídy a vredy pars oesophagea u ošípaných, a s gastritída, vredovej choroby a žalúdočnej sliznice-spojené lymfatického tkaniva lymfómu u ľudí. Aby sa dosiahlo lepšieho pochopenia génov zapojených v patogenite a v špecifickom adaptácie na prostredie žalúdka H. suis
, analýza genómu bola vykonaná z dvoch H. suis
kmeňov izolovaných z žalúdočnej sliznice ošípaných , Homológy prevažnej väčšiny génov preukázané, že sú dôležité pre žalúdočné kolonizáciu ľudského patogénu H. pylori
boli detekované v H. suis
genómu. H. suis
kóduje niekoľko domnelých vonkajšie membránové proteíny, z ktorých dva podobné H. pylori
Adhesin HPAA a Horb. H. suis
skrýva takmer kompletný komb
typ IV vylučovací systém a členmi typu IV vylučovací systém 3, ale chýba väčšinu génov prítomných v CAG
patogénne ostrove H. pylori
, Homológy génov kódujúcich H. pylori
neutrofily aktivujúci proteín a γ-glutamyltranspeptidasy boli identifikované v H. suis
. H. suis
má tiež niekoľko ďalších predpokladané virulencie spojené s génmi, vrátane homológov pre mviN
je H. pylori
flavodoxin gén a homológnej z H. pylori
vacuolating cytotoxin génu. Dospelo sa k záveru, že aj keď génov kódujúcich niektoré dôležité faktory virulencie v H. pylori
, ako je napríklad cytotoxin spojené s proteínom (ČAGA), sú v H. suis
genómu nebola detekovaná, homológy z iných génov spojených s kolonizácie a virulencie H. pylori stroje a iné baktérie sú prítomné.
Úvod
Helicobacter
(H.
) suis
je veľmi náročné, špirálovitá, Gram-negatívne baktérie vyžadujúce dvojfázový kultivačné médium pri pH 5 obohatené fetálnom teľacím sérom, a mikroaerobní atmosfére na in vitro rast [1]. H. suis
kolonizuje žalúdok viac ako 60% jatočných ošípaných [1, 2]. Aj keď presná úloha H. suis
v žalúdočnej ochorenia u ošípaných je stále nejasná, to bolo spojené s chronickej gastritídy [3, 4] a vredy pars oesophagea žalúdka [5-7]. To môže mať za následok značné ekonomické straty v dôsledku náhleho úmrtia, znížený príjem krmiva a zníži denný prírastok hmotnosti [8]. Zníženie približne 20 g /deň do prírastku hmotnosti bola pozorovaná u zvierat, experimentálne infikovaných H. suis
, v porovnaní s non-infikovaných kontrolných zvierat [9].
Bakteriálne žalúdočných porúch u ľudí sú spôsobené najmä Helicobacter pylori
[10]. Avšak, non-Helicobacter pylori
helicobacters (NHPh) boli tiež spojené s ľudskou chorobou žalúdka s prevahou v rozmedzí medzi 0,2 a 6%, [5]. H. suis
je najčastejšie druhy NHPh nájdené u ľudí, kde bol pôvodne s názvom "H. heilmannii
" typ 1 [11]. Existujú silné náznaky, že ošípané môžu slúžiť ako zdroj infekcie pre človeka [5, 12]. V ľudskom hostiteľovi, H. suis
bola spojená s vredovou chorobou [13], žalúdočnej sliznice, lymfóm asociovaný s lymfoidné tkanív (MALT) lymfómu [14] a chronickej gastritídy [15]. V modeloch na hlodavcoch ľudskej žalúdočné ochorenia, baktérie spôsobuje vážne zápaly a sladu lymfómu-like lézie [16].
Až do teraz, len málo je známe o patogenéze H. suis
infekcií. Pre zlepšenie porozumenia v génoch hrajú úlohu v patogenitu, žalúdočné kolonizácie a vytrvalosti H. suis
bola vykonaná genómu-široký porovnaní s dobre skúmaného H. pylori
genómu. Niektoré faktory virulencie skutočne môže byť u oboch baktérií. Ako tam môže byť tiež rozdiely, od počiatku anotácie H. suis
genómu boli vykonané rovnako.
Materiály a metódy
sekvenovania genómu
Pyrosequencing (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA), test bol aplikovaný na genómu typu kmeňa H. suis
(HS1 T = LMG 23995 T = DSM 19735 T), a H. suis
kmeň 5 ( HS5), izolované z žalúdočnej sliznice dvoch rôznych ošípaných, podľa metódy opísanej Baele et al. [1]. . Kvalitné filtrovanej sekvencie boli zostavené do contigs s použitím 454 Newbler assembler (Roche, Branford, CT, USA)
Funkčné anotácie
S cieľom maximalizovať počet kvalita génových anotácií, boli sledované dva odlišné prístupy Anotácia: cross- mapovanie s tromi Helicobacter pylori
kmeňov (26.695, Shi470 a G27 s NCBI prístupové čísla NC_000915, NC_010698 a NC_011333, v uvedenom poradí) a od počiatku anotácie.
Cross-mapping anotácie
vlastnú BLAST [17 ] databázy bola vytvorená z HS1 T a HS5 genómovej contigs. H. pylori
Proteome a nekódujúca RNA boli vyrovnané (TBLASTN program BLAST, e hranicou stanovenou na 10 -3) až H. suis
databázy. Pri každom výbuchu hit tieto dodatočné údaje boli analyzované: 1) (sekrécia) signálny peptid štiepne miesto, ak sú prítomné, ako bolo stanovené programom SignalP 3.0 [18, 19]; 2) špecifikácia transmembránových skrutkovíc (počet, počiatočné a koncovú polohou, predpokladaný topológia s ohľadom na cytoplazmatickú membránu), ak je prítomný, ako bolo stanovené programom TMHMM [20]; 3) odhad väzbové sily ribozómu regiónu mRNA predošlá najpravdepodobnejší štartovací kodón. Ribozómu sila väzba bola stanovená použitím dvoch zistené skutočnosti: i) na mRNA reťazci, zvyčajne do 20 nukleotidov pred samotným štartom kodóne, reverzné komplement 5 až 7 nukleotidov okolí 16S rRNA 3 'konci pôsobí ako atraktor a polohovadlá pre ribozomálnu malú podjednotku; táto oblasť je známa ako sekvencia Shine-Dalgarnovou [21, 22]; ii) v gram-negatívnych baktérií mRNA oblasť AU-bohaté na asi 16 nukleotidov a bezprostredne predchádzajúci sekvencie Shine-Dalgarno priláka a pozície ribozómy pomôcť iniciovať transláciu správneho, biologicky aktívneho génového produktu [23, 24]. Pre H. suis
, sekvencie Shine-Dalgarno bola stanovená na subsekvence AGGAGGU (čo je reverznej komplement 3 'konca 16S rRNA), a minimálne AU-bohatosť (ekvivalent ribozomálnu väzbové kapacity ) predchádzajúceho regiónu bol ľubovoľne nastaviť na 10/16. Pre každú teoretickú ORF bol hodnotený rozsah možných štart kodónu; Čím vyššia je podobnosť s ideálnou sekvenciou Shine-Dalgarnovou, alebo AU-bohatší predchádzajúci oblasť, alebo lepšie kombinácie oboch, tým väčšia je pravdepodobnosť potenciálny štart kodóne je, že skutočný začiatok Kodona.
Ab initio anotáciu Apartmán v ab initio anotácii, teoretické čítacie rámce otvorené (ORF) boli najprv určiť pomocou nástroja getorf Reliéf (s minimálnou dĺžkou ORF nastavená na 90 nukleotidov a s ohľadom na všetky alternatívne štart kodóne do úvahy) [25]. Všetky ORF boli preložené následne, a BLAST (blastp Program) bola vykonaná s e hranicou 10 -15 proti databáze univerzálny proteín UniProt-KB. Všeobecný algoritmus getorf získa približne desaťkrát očakávaných prírodných ORF, čím sa znižuje riziko falošne negatívnych výsledkov. V záujme zachovania falošne pozitívne nízku mieru, boli považované za ďalšie parametre: 1) percentuálny zarovnanie medzi dotazom a hit ORF; 2) percento podobnosti alebo zachovanie medzi vyrovnanými časťami dotazu a stlačte ORF; 3) ribozómy väzobnú silu (podrobnejšie pozri vyššie). Na stanovenie prítomnosti jedného alebo viacerých konzervovaných domén vyhľadávací rpsblast (s východiskovými hodnotami parametrov) bola vykonaná pre každú teoretickú ORF proti zachovaným zostaveného domény databázu, ktorá obsahuje proteín domény zarovnanie z niekoľkých ďalších databázových zdrojov [26].
výsledky
Všeobecné rysy H. suis
genómu
v HS1 T genómu celkom 1 635 292 párov báz a v HS5 genómu 1 669 960 bp boli sekvenované, a to ako s priemerom GC obsah 40%. Na rozdiel od H. pylori
, bola zistená iba jedna kópia oboch génov 16S a 23S rRNA, ale rovnako ako H. pylori
, H. suis
má tri kópie génu 5S rRNA. Boli identifikované tridsaťosem RNA prenosu. V celku, bolo zistené 1266 ORF z HS1 T a 1257 z HS5, z ktorých 194 191 a kódované hypotetické proteíny, resp. V 98 a 92 otvorených čítacích rámcov bolo miesto štiepenia signálnej peptid zistené, čo ukazuje predpokladané vylučované proteíny HS1 T a HS5, resp. Program TMHMM predpovedal 210 a 206 bielkoviny s aspoň jedným transmembránovými skrutkovicou pre HS1 T a HS5 resp. Frakcia sekvencie zhodné pre HS1 T a HS5 je naďalej popísaný spoločne ako "H. suis
genómu".
Gény prípadne zapojených do žalúdka kolonizáciu a vytrvalosti
homológov H. pylori
gény zapojené do kyseliny aklimatizácia, chemotaxie, adhézie k žalúdočného epitelu, oxidačné odolnosť voči stresu (tabuľka 1), a pohyblivosti boli detekované v H. suis
genómu. Tá bola identifikovaná ako bičíkových Biosystem podobným ako pri H. pylori
[27]. Okrem toho, H. suis
obsahuje fibrinonectin /fibrinogénu viažuci proteín kódujúci gén, ale zodpovedajúce proteín chýba miesto štiepenia transmembránový helix alebo signálneho peptidu v súlade s bioinformatických nástrojov, uvedených vyššie. Homológov kódujúce syntetázy CMP-N-acetylneuraminové kyseliny (Neua) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), kyselina sialovej syntázy (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478) a UDP-N-acetylglukosamin-2-epimeráza (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) boli pozorované well.Table 1 Gény spojené s pH homeostázy, chemotaxie, adhézie k epiteliálnych buniek, a oxidačné odolnosť voči stresu v genóme H. suis
typu kmeňa 1 (HS1T) a H. suis
kmeň 5 (HS5 ).
Skupina
Gene zistený v HS1T
génu detekovaný v HS5
Popis homológy
percento sekvenčné nevysporiadajú (z toho% konzervovaný) s popísanou homolog1
pH homeostázy
HSUHS1_0708
HSUHS5_0286
Ureáza podjednotky alfa (močovina
) H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0707
HSUHS5_0285
Ureáza podjednotku beta (UreB
) H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0706
HSUHS5_0284
Ureáza transporter (UREI
) H. felis
100 (89)
HSUHS1_0705
HSUHS5_0283
Ureáza príslušenstvo proteínu (Definujte
) H . bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0704
HSUHS5_0282
Ureáza vedľajšej proteín (ref
) H. bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0702
HSUHS5_0280
Ureáza vedľajšej proteín (Urehu
) H. bizzozeronnii
96 (84)
HSUHS1_0703
HSUHS5_0281
Ureáza vedľajšej proteín (ureG
) H. bizzozeronnii
100 (95)
HSUHS1_0133
HSUHS5_0547
Hydrogenase expresia /tvorba proteínu (hypA
) H. pylori
98 (83)
HSUHS1_0615
HSUHS5_0817
Hydrogenase expresie /formácie proteín (hypB
) H. pylori
99 (91)
HSUHS1_0616
HSUHS5_0816
Hydrogenase výraz /tvorba proteín (hypC
) H. pylori
98 (89)
HSUHS1_0617
HSUHS5_0815
Hydrogenase expresie /formácie proteín (hypd
) H. achinonychis

98 (80)
HSUHS1_0081
HSUHS5_1197
l-asparagináza II (ansB
) H. pylori
98 (64)
HSUHS1_0230
HSUHS5_1130
arginasa (rocF
) H. pylori
99 (75)
HSUHS1_0888
HSUHS5_0231
acylamid amidohydrolázou (Amie
) H. pylori

100 (93)
HSUHS1_0680
HSUHS5_0265
Formamidase (amiF
) H. pylori
100 (98)
HSUHS1_0161
HSUHS5_1077
α-Karboanhydráza H. pylori
92 (69)
HSUHS1_0391
HSUHS5_0874
Aspartase (ASPA
) H. acinonychis
100 (89 )
chemotaxiu
HSUHS1_1004
HSUHS5_0649
Chea-MCP interakcie modulátor H. pylori
99 (79)
HSUHS1_1003 -
bifunkčné chemotaxie proteínu ( kuchár
) H. pylori
82 (86)
HSUHS1_1002
HSUHS5_0775
purínové viažuci chemotaxie portein (žuť
) H. pylori

98 (91)
HSUHS1_0538
HSUHS5_0706
chemotaxie proteín (Chev
) H. pylori
100 (92)
HSUHS1_0846
HSUHS5_0081
domnelých chemotaxie proteín H. pylori
100 (79)
HSUHS1_0299
HSUHS5_0250
chemotaxie proteín (Chey
) H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001
HSUHS5_0774
metyl-prijímanie chemotaxie proteín (tlpA
) H. pylori
100 (60)
HSUHS1_0286
HSUHS5_0256
metyl-prijímanie chemotaxie proteín (tlpB
) H. pylori
98 (63)
HSUHS1_0479
HSUHS5_0476
metyl- prijímanie chemotaxiu proteín H. acinonychis
100 (66 )
HSUHS1_0196
HSUHS5_0122
metyl- prijímanie chemotaxiu proteín Campylobacter upsaliensis
2
99 (53)
HSUHS1_0141
HSUHS5_0641
metyl- prijímanie chemotaxiu proteínu Campylobacter plodu subsp. plod
2
99 (64)
HSUHS1_0763 -
metyl- prijímanie chemotaxiu proteín Methylibium petroleiphilum
2
83 (52)
HSUHS1_0944
HSUHS5_0990
metyl-prijímanie chemotaxie Senzorové snímača Marinomonas sp.
2
57 (59)
Adhézne
HSUHS1_0666
HSUHS5_1053
vonkajšiu membránový proteín (Horb
) H. pylori
100 (63)
HSUHS1_0354
HSUHS5_0398
Neuraminyllactose viažuci hemaglutinín (HPAA)
H. acinonychis
94 (77)
odolnosť proti Oxidačný stres
HSUHS1_1147
HSUHS5_0608
kataláza (kata)
H. acinonychis
95 (82)
HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
Nezhoda opravu ATPázy (Mutsy
) H. hepaticus
99 (60)
HSUHS1_0163
HSUHS5_0495
superoxiddismutázy (Sodba
) H. pylori
100 (90)
HSUHS1_1186
HSUHS5_0005
Bacterioferritin spolupráce migračná proteín H. hepaticus
99 (72)
HSUHS1_0683
HSUHS5_0262
NAD (P) H Chinon reduktázy (mdaB
) na Campylobacter fetus subsp. plod
97 (68)
HSUHS1_0689
HSUHS5_0268
Peroxiredoxin H. pylori Sims 3
100 (92)
1 vyplývajúce z TBLASTN založené na krížovej mapovanie z H. pylori
proteomu na H. suis
HS1T a HS5 genómov a BLASTP na báze od začiatku
analýzy preloženého H. suis
HS1T a HS5 ORF proti UniProt-KB Universal databázy proteín. Rozdiely medzi HS1T a HS5 homológov ≤ 1%.
2 Chýba v iných Helicobacter
genómov k dispozícii v GenBank. Sims 3 Člen 2-Cys peroxiredoxin superfamily.
Génov kódujúcich predpokladané vonkajšie membránové proteíny (OMPs ) vo vzťahu k H. pylori
OMPs sú prezentované v ďalšej súbor 1 Tabuľka S1. Gény kódujúce členmi hlavnej H. pylori
OMP rodiny (Hop, Hôr, Hof bielkoviny, železo regulované a efluxné pumpy OMPs) by mohlo byť v súlade s H. pylori
genómu. Oba H. suis
kmene obsahujú Hof
gény Hofa
C
E
F
chmeľ
gény dúfať,
, G-2
a H stroje a hôr
gény Horb
, C
, D
, a J
. Navyše HS1 T obsahuje homológy časti hopW
predchodca proteínu a Hore
, zatiaľ čo HS5 má ďalšie homológov Hora
, horF stroje a Horla
. Žiadne členmi Helicobacter
vonkajšiu membránou (Hom
) rodina boli zistené u H. suis
. Vedľa hlavných H. pylori
OMP proteínov rodiny, H. suis
genóm obsahuje predvídané OMPs na základe ich N-terminálny štruktúry striedajúcich sa hydrofóbne aminokyseliny podobné Porin, zahŕňajúce omp29
pre HS1 T a omp11 stroje a omp29
pre HS5. 491 aminokyselín s membránou spojené homolog faktor virulencie MviN, vyrovnané na 92% s MviN homológy H. acinonychis
(Hac_1250), bol tiež prítomný v H. suis
. Sekrécia
Typ IV systémy v H. suis
zo H. pylori
sekrécie typu IV systémy (T4SS), iba dvaja členovia bunda
patogénne ostrove (CAG
PAI), boli identifikované v H . suis
genóm (cag23 /E stroje a cagX
). Väčšina členov hrebeňového
dopravné zariadenia boli prítomné. Patrí medzi ne COMB2
B3, B6
B8 stroje a rad ďalších génov, ktoré nie sú klasifikované ako komb
: Reca
prísť
, comL
a DPRAM
. H. suis
má gény kódujúce VirB- a Virde typu ATPázy (virB4
, B8
, B9
, B10
, B11 stroje a virD2
, D4
), všetci menovaní členovia H. pylori
typ IV vylučovací systém 3 (tfs3
). HS1 T a HS5 T4SS sú uvedené v tabuľke 2.Table 2 H. suis
kmeňom 1 (HS1T) a napätie 5 (HS5) homológy H. pylori stroje a inými Helicobacter sp
. Typ sekrécia IV systémové gény.
homológnej
Gene zistený v HS1T
Gene zistený v HS5

Popis zodpovedajúce proteín
percento sekvenčné frakcie v rovine (z čoho% konzervovanú) Helicobacter homolog1
CAG patogenitu ostrove
cag23
/E
H. pylori
HSUHS1_0731
HSUHS5_1234
DNA transferového proteínu
81 (42)
cagX
H. pylori
HSUHS1_0964
HSUHS5_0688
Manželská plazmid transferového proteínu
92 (71)
komb systém
COMB2
H. acinonychis
HSUHS1_1181
HSUHS5_0010
COMB2 proteín
96 (64)
comB3
H. acinonychis
HSUHS1_1182
HSUHS5_0009
ComB3 kompetencie proteín
95 (77)
comB6
H. pylori

HSUHS1_0337 -
NADH-ubichinon oxidoreduktázy
70 (85)
comB8
H. pylori
HSUHS1_0747
prekrývať s virB8
comB8 kompetencie proteín
93 (66)
TRBL
H. pylori
HSUHS1_0755
HSUHS5_0054
TRBL proteín
99 (77)
prísť
H. acinonychis
HSUHS1_0314
HSUHS5_0381
Competence locus E
94 (55)
comL
H. pylori
HSUHS1_0722
HSUHS5_0300
Competence proteín
99 (84)
DPRAM
H. acinonychis
spoločností HSUHS1_0096
HSUHS5_0824
spracovanie DNA proteín
99 (70)
Reca
H. hepaticus
HSUHS1_0672
HSUHS5_1058
rekombinázy, systémom
97 (84)
virB -homologs
virB4
H. pylori
HSUHS1_0960
HSUHS5_0692
DNA prenos proteín
98 (68)
virB8
H. pylori
spoločností HSUHS1_0963
HSUHS5_0689
prenosu DNA proteín
91 (61)
virB9
H. cetorum
HSUHS1_0319 -
VirB9 proteín
76 (69)
virB10
z H. cetorum
HSUHS1_0320 -
VirB10 proteínu
90 (77)
domnelé virB9
H. pylori -
HSUHS5_0372
Predpokladané VirB9 proteín
100 (86)
domnelý virB10
H. pylori -
HSUHS5_0371
Predpokladané virB10 proteín
97 (87)
virB11
H. pylori
spoločností HSUHS1_0750
HSUHS5_0368
virB11 proteínu
100 (98)
virB11
H. cetorum
HSUHS1_0965 -
VirB11 na proteíny
95 (71)
virB11
-ako H. pylori
(HPSH_04565) -
HSUHS5_0686
VirB11-like proteín
98 (72)
virB11
-ako H. pylori
(HPSH_07250)
HSUHS1_0036
HSUHS5_0600
typ IV ATPázy
100 (75)
Virde - homológy
virD2
H. cetorum
HSUHS1_0752
HSUHS5_0414
VirD2 proteín (relaxase)
100 (90)
virD4
H. pylori
HSUHS1_0870
HSUHS5_0257
VirD4 proteín (konjugácia proteín)
82 (78)
1 vyplývajúce z TBLASTN založené na krížové mapovanie H. pylori
proteomem na H. suis
HS1T a HS5 genómov a blastp na báze ab initio
analýzy preloženého H. suis
HS1T a HS5 ORF proti databáze univerzálny proteín UniProt-KB. Rozdiely medzi HS1T a HS5 homológov ≤ 1%.
Gény pravdepodobne podieľa na indukcii žalúdočných lézií
homológov H. pylori
gény podieľajúce sa na indukciu žalúdočných lézií v H. suis
genómu sú zhrnuté v tabuľke 3. Vyhľadávaním homológov s H. pylori
vacuolating cytotoxin gén (krava)
identifikovaný HSUHS1_0989 v HS1 T. Zodpovedajúce proteín, ktorý je výnimočný tým, že je jednou z najdlhších vo svete prokaryotes, má tri malé konzervované krava oblasti (zvyšky 490-545, 941-995 a 1043-1351), po ktorom nasledovala Autotransporter oblasti (zvyšky 2730-2983). Sekvencia aminokyselín HS5 homológov (HSUHS5_0761), by mohli byť vyrovnané na 22% s H. pylori kmeňa
HPAG1 sekvencií, a má iba jednu konzervatívne oblasti Vaca (zvyšky 242-298), po ktorom nasledovala Autotransporter regiónu (1258 -1510). V oboch krava
homológov, bez signálnej sekvencie bola určená. Navyše bol identifikovaný adenín-špecifické DNA metyltransferázy vred asociované (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) kódujúci sekvencie, zatiaľ čo molekulárnej homolog vredy súvisiace s restrikčné endonukleázou (ICEA
) nemôže byť objavené v H. suis
. H. suis
obsahuje homológov pgbA stroje a pgbB
kódovanie plazminogénu-väzbové proteíny, hoci obaja chýba miesto štiepenia transmembránový helix alebo signálneho peptidu v súlade s bioinformatických nástrojov, uvedených vyššie. H. suis
ukrýva homológov génov kódujúcich H. pylori
neutrofily aktivujúci proteín (HP-NAPA) a γ-glutamyltranspeptidasy (HP-GMT). Homológov kódujúce H. pylori
flavodoxin fldA stroje a pyruvát-oxidoreduktázy komplexu (POR) členovia Pora
, porB
, Porc stroje a Pordy
boli tiež identifikované u H. suis
.Table 3 homológy H. pylori
génov podieľajúcich sa na indukcii žalúdočných lézií H. suis
typu kmeňa 1 (HS1T) a napätie 5 (HS5) genómu.
Gene zistený v HS1T
Gene zistený v HS5
Gene Meno
Protein anotácie /funkcie v H. pylori
Sequence zlomok HS1T /HS5 v súlade s H. pylori homológov (%) 1
zarovnanú sekvencie zlomok HS1T /HS5 konzervované s H. pylori homológov (%) 1

Referencie
HSUHS1_0989
HSUHS5_0761
Vaca
Vacuolating cytotoxin A: hosť vakuolizácia buniek, apoptózu vyvolávajúce, imunosupresívne
šesťdesiat tri dvadsať dvětina
štyridsať päť sedemdesiat dvětina
[46]
HSUHS1_0265
HSUHS5_0449
GMT
γ-glutamyltranspeptidasy: apoptózu vyvolávajúce, imunosupresívne
99/99 86/86
[ ,,,0],48, 49, 64]
HSUHS1_1177
HSUHS5_0014
Napa
neutrofilných aktivujúci proteín A: prozápalový
99/99 83/83
[50, 51 ]
HSUHS1_1067
HSUHS5_1177
fldA
elektrónov z pyruvátu oxidoreduktázy enzýmov komplexu, spojeného s žalúdočné MALT lymfómu u ľudí
96/98 84/83
[55, 56]
HSUHS1_0403
HSUHS5_0887
pgbA
plazminogén proteín viažuci
60/60 72/72
[53, 54]
HSUHS1_1192
HSUHS5_0523
pgbB
plazminogén-viažuci proteín
70/70 72/72
[53, 54]
1Resulting z TBLASTN založené na krížovej mapovanie z H. pylori
proteomu na H. suis
HS1T a HS5 genómov.
Diskusia
génov prípadne zapojených do žalúdka kolonizáciu a vytrvalosti
výsledkov tejto štúdie ukazujú, že niekoľko H . pylori
gény zapojené do kyslého aklimatizácia, chemotaxie a pohyblivosti, majú náprotivky v H. suis
genómu. Tieto gény sú známe, že sú nevyhnutné pre kolonizáciu ľudskej žalúdočnej sliznice [27-32].
Niekoľko kódujúcich sekvencií OMP boli zistené porovnávacie analýzy s H. pylori stroje a iných bakteriálnych druhov. H. suis
obsahuje nejaké podobné členmi hlavných OMP rodín sú opísané v H. pylori
[33]. Niektoré z týchto OMPs boli opísané sa podieľa na adhézii H. pylori
na žalúdočnú sliznicu, čo je všeobecne predpokladá, že hrajú dôležitú úlohu v počiatočnej kolonizácie a dlhodobé pretrvávanie v ľudskom žalúdku. Medzi ne patrí žalúdočné epitelových buniek Adhesin Horb [34] a povrchové lipoproteín, H. pylori
adhezíny A (HPAA). HPAA, tiež poznámka, neuraminyllactose viažuci hemaglutinínu, sa vyskytuje výhradne v Helicobacter stroje a viaže sa na makromolekúl kyseliny bohaté sialovej prítomné na žalúdočné epitel [35]. Na druhej strane, H. suis
chýba homológy niekoľkých ďalších H. pylori
adhéznych faktorov, vrátane génov kódujúcich antigén krvných skupín väzbové Adhesin Baba
(chmeľu
) a Babb
(hopT
), je kyselina sialovej viazanie adhezíny Saba
(Hopp
) a SABB
(HOPO
) a dodržiavanie asociovaných lipoproteínov Alpa
(hopC
) a alpB
(hopB
) [36].
H. suis
obsahuje fibrinonectin /fibrinogén viažuci proteín kódujúci gén, ktorý môže zvýšiť jej účasť na poranené žalúdočnej tkanive. Poškodenie hostiť epitelové bunky skutočne môže vystaviť fibronektín a ďalšie zložky medzibunkovej hmoty. Silná homológie bola nájdená s fibronektínu viažúce proteíny H. felis
(YP_004072974), H. canadensis
(ZP_048703091) a Wolinella succinogenes
(NP_907753). Pokiaľ je nám známe, žiadna presná funkcia bola daná do týchto proteínov v týchto druhov. V Campylobacter jejuni
však fibronektínu viažuci proteíny CadF a FlpA bolo preukázané, že sa podieľajú na dodržiavanie a /alebo invázii buniek črevného epitelu hostiteľa [37, 38]. Podľa bioinformatických nástrojov, tu používané, H. suis
fibronektínu viažuci proteín chýba miesto štiepenia transmembránový helix alebo signálne peptidázy, čo znamená, že nie je povrchovo expozícii alebo secernovaný. Jeho skutočná úloha v kolonizácii preto je potrebné ešte objasniť.
Tri gény zapojené do biosyntézy kyseliny sialovej (Neua
neuB stroje a wecB
) boli komentovaný v H. suis
genómu, čo naznačuje, že táto baktéria môže byť ozdobou jeho povrch s kyselinou sialovej. Prítomnosť povrchových sialylace bol intenzívne študovaný v patogénnych baktérií, kde prispieva k únikom z obranného systému hostiteľa komplement [39].
Navyše, H. suis
má gény kódujúce enzýmy zapojené do odolnosti proti oxidatívny stres- ( napa
, Sodba
Kata
, Mutsu
, mdaB stroje a peroxiredoxin kódujúce sekvencie). To znamená, že H. suis
môžu v sebe mať obranný mechanizmus proti hostiteľovi zápalové odpovede, čo prispieva k schopnosti chronickou žalúdočnej kolonizácie touto baktériou [40].
Typ IV sekrečnú systémy H. suis

Two čiastočné T4SS sa určili v H. suis
genómu, a síce hrebeňom
klastra a tfs3
systému. Suis komb
systém H. pravdepodobne hrá úlohu v genetickej transformácie [41, 42]. Transformácia DNA môžu byť zodpovedné za vysoký stupeň diverzity medzi H. suis
kmene ako bolo v poslednej dobe dokázané, multilokusovou sekvenčné typizácie dostupných H. suis
kmeňov [43]. Úloha H. pylori tfs3
vylučovacieho systému v patogenéze nie je presne známe. Sedem gény tfs3
klastra homológy génov podieľajúcich sa na sekréciu typu IV: virB4
, virB11 stroje a virD4
kód pre ATPázy, ktoré sa pohybujú substrátov do a skrz póry. Ten je kódovaný transmembránových pórov gény virB7
, virB8
, virB9 stroje a virB10
[44]. Všetky tieto gény, s výnimkou virB7
boli identifikované v H. suis
, čo naznačuje, že H. suis tfs3
môže hrať dôležitú úlohu v transmembránového transportu substrátov v H. suis
.
H . pylori bunda
patogenity ostrov (CAG
PAI) región kóduje T4SS umožňujúce H. pylori
vložiť cytotoxinu asociovaných antigénu (ČAGA) do hostiteľskej bunky. Tento proces vedie k pozmenenej štruktúre hostiteľskej bunky, zvýšené zápalové odpovede, a vyššie riziko adenokarcinóme žalúdka [45]. Hoci H. suis
má dvoch členov H. pylori CAG
PAI (cag23 /E stroje a cagX
), väčšina génov, vrátane génu kódujúceho patológie spôsobujúce proteínu (ČAGA ), neboli identifikované. To znamená, že HS1 T a HS5 chýba funkčná CAG
sekrécie bielkoviny prepravník systému.
Gény pravdepodobne podieľajú na indukciu žalúdočných lézií
genómovej porovnaní H. suis
s H. pylori
viedli k identifikácii ďalších génov, prípadne spojených s virulenciou v H. suis
. H. suis
homolog H. pylori Vaca
bola zistená. Vaca je ako cytotoxin žalúdočné epiteliálne bunkové vrstvy, a imunomodulačná toxín H. pylori
[46]. H. pylori
obsahuje buď funkčná alebo nefunkčné krava
. H. suis Vaca
homológnej nevykazuje žiadnu Vaca
signálne sekvencie, čo naznačuje, že by to mohlo kódujú nefunkčný cytotoxin [47]. In vitro a in vivo štúdie s vyraďovacím zmutovaného H. v suis krava
by mohlo objasniť funkčnosť krava
homológy v tomto Helicobacter
druhov.
Silné homológie bol nájdený s dvoma H. ​​pylori
virulencie spojené s génmi konkrétne Napa
, kódujúci HP-Napa a GMT
, kódujúci HP-GMT. H. pylori
GGT bol identifikovaný ako apoptózu indukujúce proteín [48, 49]. HP-Napa proteín sa označuje ako prozápalových a imunodominantní proteínu stimulovať produkciu kyslíkových radikálov a IL-12 z neutrofilov a regrutovanie leukocytov in vivo [50, 51]. Okrem toho, HP-Napa tiež hrá úlohu v ochrane H. pylori predaj z oxidačného stresu väzbou voľného železa [52]. H. suis
obsahuje homológy dvoch H. pylori
génov kódujúcich plazminogénu viažuci proteíny, pgbA stroje a pgbB
.

• Dôkazný model založený úvaha pre diagnostiku lymfatických uzlín u karcinómu žalúdka
• Integračné role transformujúci rastový faktor-alfa v cytoprotekci mechanizmov žalúdočnej sliznice