sequenza del genoma di Helicobacter suis sostiene il suo ruolo nella gastrica sequenza pathology

genoma di Helicobacter suis
sostiene il suo ruolo nella patologia gastrica
Abstract
Helicobacter
(H.
) suis
è stato associato con gastrite cronica e ulcere dello oesophagea pars nei suini, e con gastrite, ulcera peptica e gastrica linfoide linfoma del tessuto associato alla mucosa negli esseri umani. Al fine di ottenere una migliore comprensione dei geni coinvolti nella patogenicità e nell'adattamento specifico all'ambiente gastrico di H. suis
, una analisi del genoma è stata effettuata su due H. suis
ceppi isolati dalla mucosa gastrica suina . Omologhi della stragrande maggioranza dei geni dimostrato di essere importante per la colonizzazione gastrica del H. pylori patogeno umano
sono stati rilevati nel H. suis
genoma. H. suis
codifica diverse proteine ​​della membrana esterna putative, di cui due simili al H. pylori
adesine HPAA e Horb. H. suis
ospita una quasi totale pettine
tipo di sistema di secrezione IV e membri del tipo IV sistema di secrezione 3, ma manca la maggior parte dei geni presenti nel CAG
patogenicità isola di H. pylori
. Omologhi di geni che codificano per la proteina pylori
e γ-glutamil transpeptidasi neutrofili-attivando H. sono stati identificati in H. suis
. H. suis
possiede anche diversi altri geni di virulenza associata presunti, tra cui omologhi per mviN
, H. pylori
flavodoxin gene, e un omologo del H. pylori
vacuolizzante citotossina Un gene. Si è concluso che, sebbene geni codificanti per alcuni importanti fattori di virulenza in H. pylori
, come la proteina citotossina-associata (CagA), non sono rilevate nel H. suis
genoma, omologhi di altri geni associati colonizzazione e la virulenza di H. pylori
e altri batteri sono presenti
. Introduzione
Helicobacter
(H.
) suis
è molto fastidioso, a forma di spirale, Gram-negativi batterio da un mezzo di coltura bifasica a pH 5 arricchito con siero fetale di vitello, e un'atmosfera microaerobica per la crescita in vitro [1]. H. suis
colonizza lo stomaco di oltre il 60% dei suini da macello [1, 2]. Anche se il ruolo esatto di H. suis
nella malattia gastrica nei suini è ancora chiaro, è stato associato con gastrite cronica [3, 4] e ulcere della pars oesophagea dello stomaco [5-7]. Ciò può comportare notevoli perdite economiche a causa di morte improvvisa, diminuita assunzione di cibo e aumento di peso ridotto quotidiano [8]. Una riduzione di circa 20 g /giorno di peso è stata osservata in animali infettati sperimentalmente con H. suis
, rispetto agli animali di controllo non infetti [9].
Disturbi gastrici batteriche nell'uomo sono principalmente causati da Helicobacter pylori
[10]. Tuttavia, non Helicobacter pylori
helicobacters (NHPH) sono anche stati associati con la malattia gastrica umana con una prevalenza che varia tra lo 0,2 e il 6% [5]. H. suis
è la specie NHPH più frequenti riscontrati nell'uomo, dove è stato originariamente chiamato "H. heilmannii
" tipo 1 [11]. Ci sono forti indicazioni che i maiali possono servire come una fonte di infezione per gli esseri umani [5, 12]. Nel ospite umano, H. suis
è stato associato con ulcera peptica [13], mucosa gastrica-tessuto linfoide associato (MALT) [14] e la gastrite cronica [15]. Nei modelli di roditori di malattie gastriche umane, il batterio provoca gravi infiammazioni e lesioni linfoma MALT-like [16].
Fino ad oggi, poco si sa circa la patogenesi di H. suis
infezioni. Per migliorare la comprensione nei geni che giocano un ruolo nella patogenicità, la colonizzazione gastrica e la persistenza di H. suis
, è stato effettuato un confronto a livello di genoma con H. pylori
genoma ben studiato,. Alcuni fattori di virulenza possono infatti essere simile per entrambi i batteri. Come ci possono essere anche delle differenze, ab initio annotazioni del H. suis
genoma sono state eseguite pure.
Materiali e metodi
Il sequenziamento del genoma
A pyrosequencing (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA) saggio è stata applicata al genoma del ceppo di H. suis
(HS1 T = LMG 23995 T = DSM 19735 T) e H. suis
ceppo 5 ( HS5), isolata dalla mucosa gastrica di due differenti suina, secondo il metodo descritto da Baele et al. [1]. . Qualità sequenze filtrati sono stati assemblati in contigs utilizzando un Newbler assemblatore 454 (Roche, Branford, CT, USA)
funzionale annotazione
Al fine di massimizzare il numero di annotazioni geniche qualità, sono stati seguiti due diversi approcci Annotazione: cross mappatura con tre Helicobacter pylori
ceppi (26695, Shi470, e G27 con i numeri NCBI adesione NC_000915, NC_010698, e NC_011333, rispettivamente), e ab initio annotazioni.
Cross-mapping annotazione
Un BLAST personalizzato [17 ] database è stato creato dal HS1 T e HS5 contigs genomiche. Il H. pylori
RNA proteoma e non codificanti sono stati allineati (programma tblastn della suite BLAST, e la soglia impostata su 10 -3) alla H. suis
database. Per ogni esplosione ha colpito le seguenti informazioni aggiuntive sono state analizzate: 1) (secrezione) peptide segnale sito di scissione, se presente, come valutato dal programma SignalP 3.0 [18, 19]; 2) le specifiche dei eliche transmembrana (numero, aprire posizioni estreme, topologia presunta riguardo alla membrana citoplasmatica) se presente, come valutato dal programma TMHMM [20]; 3) una stima del ribosoma forza vincolante della regione di mRNA che precede il codone di inizio più probabile. Ribosoma forza vincolante è stato stimato applicando due fatti accertati: i) su un filamento di mRNA, di solito entro 20 nucleotidi prima del codone di inizio effettivo, il complemento inverso da 5 a 7 nucleotidi vicino atti finali del 16S rRNA 3 'come un attrattore e posizionatore per la piccola subunità ribosomiale; questa regione è conosciuta come la sequenza Shine-Dalgarno [21, 22]; ii) in batteri Gram-negativi una regione ricca mRNA-AU lungo circa 16 nucleotidi e immediatamente precedente la sequenza Shine-Dalgarno può anche ottenere e ribosomi grado di aiutare avviare traduzione del, prodotto del gene biologicamente attiva corretta [23, 24]. Per H. suis
, la sequenza Shine-Dalgarno è stata determinata da una sottosequenza di AGGAGGU (che è il complemento inverso all'estremità 3 'del 16S rRNA), ed il minimo AU-ricchezza (equivalente al ribosoma capacità di legame ) della regione precedente è stata arbitrariamente impostata 10/16. Per ogni ORF teorico è stato segnato una serie di possibili codoni di inizio; maggiore è la somiglianza con la sequenza Shine-Dalgarno ideale, o AU-ricca regione precedente, o meglio una combinazione di entrambi, più è probabile che il potenziale codone di inizio è di essere il codone di inizio effettivo.
Ab initio annotazione
per ab initio di annotazione, teorici open reading frame (ORF) sono stati i primi determinato utilizzando lo strumento getorf EMBOSS (con lunghezza minima ORF impostato a 90 nucleotidi, e prendendo tutti i codoni di inizio alternativi in ​​considerazione) [25]. Tutti ORF sono stati tradotti in seguito, e BLAST (programma BLASTP) è stata eseguita con una soglia e di 10 -15 a fronte del database proteina universale UniProt-KB. L'algoritmo generalista di getorf ha prodotto circa un dieci volte delle ORF naturali attesi, riducendo il rischio di falsi negativi. Al fine di mantenere la falsa basso tasso positivo, sono stati considerati i parametri aggiuntivi: 1) allineamento percentuale tra query e ha colpito ORF; 2) la percentuale di somiglianza o conservazione tra porzioni allineate di query e colpite ORF; 3) ribosoma forza vincolante (per maggiori dettagli si veda sopra). Per determinare la presenza di uno o più domini conservati una ricerca rpsblast (con i valori dei parametri di default) è stata effettuata per ogni singolo ORF teorica a fronte del database Conserve dominio compilato che detiene allineamenti dominio proteine ​​da diverse altre fonti di database [26].
risultati
caratteristiche generali della H. suis
genoma
nel HS1 T genoma di un totale di 1 635 292 paia di basi e nel genoma HS5 1 669 960 bp sono stati sequenziati, entrambi con una media contenuto di GC del 40%. A differenza di H. pylori
, è stata rilevata una sola copia di entrambi i geni 16S e 23S rRNA, ma come H. pylori
, H. suis
ha tre copie del gene rRNA 5S. Sono stati identificati Trentotto RNA transfer. Complessivamente, sono stati rilevati 1266 ORF da HS1 T e 1257 dalla HS5, di cui 194 e 191 codificati proteine ​​ipotetiche rispettivamente. In 98 e 92 ORF è stato rilevato un sito di taglio peptide segnale, dimostrando T e HS5 rispettivamente proteine ​​secrete previsti di HS1. Il programma prevede TMHMM 210 e 206 proteine ​​con almeno un elica transmembrana per HS1 rispettivamente T e HS5. La frazione sequenza identica per HS1 T e HS5 è d'ora in poi descritto insieme come la "H. suis
genoma".
Geni possibilmente coinvolti nella colonizzazione gastrica e persistenza
omologhi della H. pylori
geni coinvolti nella acclimatazione acido, chemiotassi, adesione alle cellule gastriche epiteliali, resistenza allo stress ossidativo (Tabella 1), e la motilità sono stati rilevati nel H. suis
genoma. Questi ultimi sono stati identificati come un biosistema flagellare simile a quella di H. pylori
[27]. Inoltre, H. suis
contiene un fibrinonectin /fibrinogeno-binding protein gene che codifica, ma la proteina corrispondente manca di un sito di taglio transmembrana elica o peptide segnale secondo gli strumenti bioinformatici menzionati in precedenza. Omologhi che codificano per CMP-N-acetylneuraminic sintetasi acido (Neua) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), sintasi acido sialico (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478), e UDP-N-acetilglucosamina-2-epimerasi (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) erano osservato come well.Table 1 geni associati con pH omeostasi, chemiotassi, adesione alle cellule epiteliali, e la resistenza allo stress ossidativo nel genoma di H. suis
ceppo 1 (HS1T) e H. suis
ceppo 5 (HS5 ).
Gruppo
Gene rilevato in HS1T
Gene rilevato nel HS5
descrizione omologo
Percentuale di successione allineato (di cui conserva%), con descritto homolog1
pH omeostasi
HSUHS1_0708
HSUHS5_0286
ureasi subunità alfa (urea
) di H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0707
HSUHS5_0285
ureasi subunità beta (ureB
) di H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0706
HSUHS5_0284
ureasi trasportatore (UREI
) di H. felis
100 (89)
HSUHS1_0705
HSUHS5_0283
ureasi proteina accessoria (Urée
) di H . bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0704
HSUHS5_0282
ureasi proteina accessoria (UREF
) di H. bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0702
HSUHS5_0280
accessorio ureasi proteine ​​(Ureh
) di H. bizzozeronnii
96 (84)
HSUHS1_0703
HSUHS5_0281
ureasi proteina accessoria (ureG
) di H. bizzozeronnii
100 (95)
HSUHS1_0133
HSUHS5_0547
espressione idrogenasi /proteine ​​formazione (Hypa
) di H. pylori
98 (83)
HSUHS1_0615
HSUHS5_0817
idrogenasi espressione /proteine ​​formazione (HYPB
) di H. pylori
99 (91)
HSUHS1_0616
HSUHS5_0816
espressione idrogenasi /formazione delle proteine ​​(hypC
) di H. pylori
98 (89)
HSUHS1_0617
HSUHS5_0815
idrogenasi espressione /proteine ​​formazione (hypd
) di H. achinonychis

98 (80)
HSUHS1_0081
HSUHS5_1197
L-asparaginasi II (ANSB
) di H. pylori
98 (64)
HSUHS1_0230
HSUHS5_1130
Arginase (rocF
) di H. pylori
99 (75)
HSUHS1_0888
HSUHS5_0231
Acylamide amidoidrolasi (AMIE
) di H. pylori

100 (93)
HSUHS1_0680
HSUHS5_0265
Formamidase (AMIF
) di H. pylori
100 (98)
HSUHS1_0161
HSUHS5_1077
α-anidrasi carbonica di H. pylori
92 (69)
HSUHS1_0391
HSUHS5_0874
aspartasi (ASPA
) di H. acinonychis
100 (89 )
chemiotassi
HSUHS1_1004
HSUHS5_0649
CheA-MCP interazione modulatore di H. pylori
99 (79)
HSUHS1_1003 -
proteina chemiotassi bifunzionale ( CHEF
) di H. pylori
82 (86)
HSUHS1_1002
HSUHS5_0775
purine vincolante chemiotassi Portein (Chew
) di H. pylori

98 (91) di proteine ​​
HSUHS1_0538
HSUHS5_0706
chemiotassi (Chev
) di H. pylori
100 (92)
HSUHS1_0846
HSUHS5_0081
putativo chemiotassi proteine ​​di H. pylori
100 (79) di proteine ​​
HSUHS1_0299
HSUHS5_0250
chemiotassi (Chey
) di H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001
HSUHS5_0774
Metil-accettando proteina chemiotassi (TLPA
) di H. pylori
100 (60)
HSUHS1_0286
HSUHS5_0256
Metil-accettazione chemiotassi proteine ​​(tlpB
) di H. pylori
98 (63)
HSUHS1_0479
HSUHS5_0476
Methyl- accettare chemiotassi proteine ​​di H. acinonychis
100 (66 )
HSUHS1_0196
HSUHS5_0122
Methyl- accettare chemiotassi proteine ​​di Campylobacter Upsaliensis 2
99 (53)
HSUHS1_0141
HSUHS5_0641
Methyl- accettare proteine ​​chemiotassi di Campylobacter feto subsp. feto 2
99 (64)
HSUHS1_0763 -
Methyl- accettare chemiotassi proteine ​​di Methylibium petroleiphilum Pagina 2
83 (52)
HSUHS1_0944
HSUHS5_0990
chemiotassi Metil-accettando trasduttore sensoriale Marinomonas sp. 2
57 (59)
Adesione
HSUHS1_0666
HSUHS5_1053
proteina della membrana esterna (Horb
) di H. pylori
100 (63) emoagglutinina
HSUHS1_0354
HSUHS5_0398
Neuraminyllactose vincolante (HPAA)
di H. acinonychis
94 (77)
resistenza allo stress ossidativo
HSUHS1_1147
HSUHS5_0608
catalasi (kata
) di H. acinonychis
95 (82)
HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
mismatch repair ATPasi (mutS
) di H. hepaticus
99 (60)
HSUHS1_0163
HSUHS5_0495
superossido dismutasi (sodB
) di H. pylori
100 (90)
HSUHS1_1186
HSUHS5_0005
Bacterioferritin co-migratoria proteine ​​di H. hepaticus
99 (72)
HSUHS1_0683
HSUHS5_0262
NAD (P) H chinone reduttasi (mdaB
) di Campylobacter feto subsp. feto
97 (68)
HSUHS1_0689
HSUHS5_0268
perossiredossina di H. pylori 3
100 (92)
1 risultante dalla croce-mapping tblastn-based di H. pylori
proteoma al H. suis
HS1T e HS5 genomi e ab initio BLASTP a base
analisi del H. suis tradotto
HS1T e HS5 ORF contro il UniProt-KB universale database di proteine. Differenze tra HS1T e HS5 omologhi ≤ 1%. Pagina 2 Privo di altre Helicobacter
genomi disponibili presso GenBank.
3 Membro del 2-cis perossiredossina superfamiglia.
Geni che codificano per proteine ​​di membrana esterna putativi (Omps ) in relazione a H. pylori
OMP sono presentati in ulteriori file di 1 Tabella S1. I geni che codificano per i membri di maggiore H. pylori
famiglie OMP (Hop, Hor, proteine ​​Hof, OMP ferro-regolato e pompa di efflusso) potrebbero essere allineati con la pylori
genoma H.. Entrambi H. suis
ceppi contengono Hof
geni HOFA
, C
, E
, F
, il luppolo
geni speranza
, G-2
e H
, e le hor
geni Horb
, C
, D
, e J
. Inoltre, HS1 T contiene omologhi del hopW
proteina precursore e Hore
, mentre HS5 possiede ulteriori omologhi di Hora
, horF
, e Horl
. Nessun membro del Helicobacter
membrana esterna (hom
) famiglia sono stati rilevati in H. suis
. Oltre alle principali pylori
OMP proteine ​​della famiglia H., H. suis
genoma contiene alcuni predetto OMP in base al loro modello N-terminale di alternare amminoacidi idrofobici simili a Porins, che comprende omp29 Compra di HS1 T e omp11
e omp29 Compra di HS5. A 491 aminoacidi omologo associata alla membrana del fattore di virulenza MviN, allineati per il 92% con l'omologo MviN di H. acinonychis
(Hac_1250), era presente anche in H. suis
.
Tipo secrezione IV sistemi a H. suis
del H. pylori
sistemi di secrezione tipo IV (T4SS), solo due membri del cag
patogenicità isola (CAG
PAI) sono stati identificati in H . suis
genoma (cag23 /e
e cagX
). La maggior parte dei membri del pettine
dell'apparato di trasporto erano presenti. Questi includono
comB2, B3
, B6
, B8
e una serie di altri geni che non sono classificati come pettine
: recA
, venire
, CoML
e DPRA
. H. suis
possiede geni che codificano VirB- e VirD ATPasi di tipo (virB4
, B8
, B9
, B10
, B11
, e virD2
, D4
), tutti i membri designati del H. pylori
tipo IV sistema di secrezione 3 (tfs3
). Il HS1 T e HS5 T4SS sono presentati nella Tabella 2 2.Table H. suis
ceppo 1 (HS1T) e la tensione 5 (HS5) omologhi di H. pylori
e altri Helicobacter sp
. Tipo sistema di secrezione IV geni.
Homolog
Gene rilevato in HS1T
Gene rilevato nel HS5

Descrizione di proteine ​​
percentuale della frazione sequenza allineata (di cui conserva%) corrispondente da Helicobacter homolog1
CAG patogenicità isola
cag23
/E
di H. pylori
HSUHS1_0731
HSUHS5_1234
DNA trasferimento proteina
81 (42)
cagX
di H. pylori
HSUHS1_0964
HSUHS5_0688
coniugale plasmide trasferimento proteina
92 (71)
sistema a pettine
comB2
di H. acinonychis
HSUHS1_1181
HSUHS5_0010
comB2 proteine ​​
96 (64)
comB3
di H. acinonychis
HSUHS1_1182
HSUHS5_0009
ComB3 competenza proteine ​​
95 (77)
comB6
di H. pylori

HSUHS1_0337 -
NADH-ubichinone ossidoriduttasi
70 (85)
comB8
di H. pylori
HSUHS1_0747
sovrapposizione con virB8
comB8 competenza proteine ​​
93 (66)
TRBL
di H. pylori
HSUHS1_0755
HSUHS5_0054
TRBL proteine ​​
99 (77)
venire
di H. acinonychis
HSUHS1_0314
HSUHS5_0381
competenza locus E
94 (55)
CoML
di H. pylori
HSUHS1_0722
HSUHS5_0300
competenza proteine ​​
99 (84)
DPRA
di H. acinonychis
HSUHS1_0096
HSUHS5_0824
elaborazione DNA proteine ​​
99 (70)
recA
di H. hepaticus
HSUHS1_0672
HSUHS5_1058
ricombinasi
a 97 (84)
virB -homologs
virB4
di H. pylori
HSUHS1_0960
HSUHS5_0692
DNA trasferimento proteina
98 (68)
virB8
di H. pylori
HSUHS1_0963
HSUHS5_0689
trasferimento di DNA proteine ​​
91 (61)
virB9
di H. cetorum
HSUHS1_0319 -
virB9 proteina
76 (69)
virB10
di H. cetorum
HSUHS1_0320 -
VirB10 proteina
90 (77)
virB9 putativo
di H. pylori - Wooel.com HSUHS5_0372
putativo VirB9 proteine ​​
100 (86)
putativo virB10
di H. pylori - Wooel.com HSUHS5_0371
putativo VirB10 proteine ​​
97 (87)
virB11
di H. pylori
HSUHS1_0750
HSUHS5_0368
proteine ​​virB11
100 (98)
virB11
di H. cetorum
HSUHS1_0965 -
VirB11 proteina
95 (71)
virB11
-come di H. pylori
(HPSH_04565)
- proteina
HSUHS5_0686
VirB11 simile
98 (72)
virB11
-come di H. pylori
(HPSH_07250)
HSUHS1_0036
HSUHS5_0600
Tipo IV ATPasi
100 (75)
virD - omologhi
virD2
di H. cetorum
HSUHS1_0752
HSUHS5_0414
proteine ​​virD2 (relaxase)
100 (90)
virD4
di H. pylori
HSUHS1_0870
HSUHS5_0257
VirD4 proteina (la proteina coniugazione)
82 (78)
1 risultante dalla tblastn a base di cross-mappatura del H. pylori
proteoma a H. suis
HS1T e HS5 genomi e basati BLASTP ab initio
analisi del H. suis tradotto
HS1T e HS5 ORF contro il database proteina universale UniProt-KB. Differenze tra HS1T e HS5 omologhi ≤ 1%.
Geni possibilmente coinvolti nella induzione di lesioni gastriche
omologhi della H. pylori
geni coinvolti nella induzione di lesioni gastriche nel H. suis
genoma sono riassunti in Tabella 3. ricerche omologia con la H. pylori
vacuolizzante citotossina Un gene (vacA
) identificato HSUHS1_0989 in HS1 T. La proteina corrispondente, che è eccezionale in quanto è uno dei più lunghi al mondo di procarioti, possiede tre piccole regioni conservate VacA (residui 490-545, 941-995 e 1043-1351), seguite da una regione autotransporter (residui 2730-2983). La sequenza aminoacidica del omologo HS5 (HSUHS5_0761) potrebbe essere allineato per il 22% con il H. pylori
ceppo sequenza HPAG1, e possiede un solo conservato regione VacA (residui 242-298), seguita da una regione Autotransporter (1258 -1510). In entrambi i Vaca
omologhi, nessuna sequenza segnale è stato determinato. Inoltre, un specifiche adenina DNA metiltransferasi ulcera-associato (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) sequenza codificante è stato identificato, mentre un omologo molecolare delle ulcere associate endonucleasi di restrizione (ICEA
) non potrebbe essere scoperto in H. suis
. H. suis
contiene omologhi di pgbA
e pgbB
codifica proteine ​​plasminogeno vincolante, anche se entrambi manca un sito di taglio transmembrana elica o peptide segnale secondo gli strumenti bioinformatici menzionati in precedenza. H. suis
ospita omologhi di geni che codificano per la H. pylori
neutrofili-attivazione di proteine ​​(HP-Napa) e γ-glutamil transpeptidasi (HP-GGT). Omologhi che codificano il H. pylori
flavodoxin fldA
e complesso della piruvato-ossidoreduttasi (POR) membri PORA
, porB
, porc
, e pord
sono stati anche identificati in H. suis
.table 3 omologhi della H. pylori
geni coinvolti nella induzione di lesioni gastriche nel H. suis
ceppo 1 (HS1T) e la tensione 5 (HS5) genoma.
Gene rilevato in HS1T
Gene rilevato nel HS5
Gene nome
Protein annotazione /funzione in H. pylori
sequenza frazione HS1T /HS5 allineati con H. pylori omologo (%) 1
allineato frazione sequenza HS1T /HS5 conservato da H. pylori omologo (%) 1

Riferimenti
HSUHS1_0989
HSUHS5_0761
vacA
vacuolizzante citotossina A: vacuolizzazione della cellula ospite, che induce l'apoptosi,
immunosoppressiva 63/22
45/72
[46]
HSUHS1_0265
HSUHS5_0449
GGT
γ-glutamil transpeptidasi: induce l'apoptosi,
immunosoppressiva 99/99
86/86
[ ,,,0],48, 49, 64]
HSUHS1_1177
HSUHS5_0014
Napa
neutrofili-attivando proteina A:
proinfiammatoria 99/99
83/83
[50, 51 ]
HSUHS1_1067
HSUHS5_1177
fldA
Electron accettore del piruvato complesso enzimatico ossidoreduttasi, associato con linfoma gastrico MALT nell'uomo
96/98
84/83
[55, 56]
HSUHS1_0403
HSUHS5_0887
pgbA
plasminogeno-binding protein
60/60
72/72
[53, 54]

HSUHS1_1192
HSUHS5_0523
pgbB
plasminogeno-binding protein 70/70
72/72
[53, 54]
1Resulting cross-mapping tblastn-based di H. pylori
proteoma al H. suis
HS1T e HS5 genomi.
Discussione
geni possibilmente coinvolti nella colonizzazione gastrica e persistenza
I risultati di questo studio dimostrano che molti H . pylori
geni coinvolti in acido acclimatazione, chemiotassi e la motilità, hanno controparti nella H. suis
genoma. Questi geni sono noti per essere essenziale per la colonizzazione della mucosa gastrica umana [27-32].
Diverse sequenze codificanti OMP sono stati identificati da analisi comparative con H. pylori Comprare e altre specie batteriche. H. suis
contiene alcuni membri simili delle principali famiglie OMP descritti in H. pylori
[33]. Alcuni di questi OMP sono stati descritti essere coinvolti nella adesione di H. pylori
alla mucosa gastrica, che è ampiamente presume svolgere un ruolo importante nella colonizzazione e persistenza a lungo termine iniziale nello stomaco umano. Questi includono il gastrica adhesin epiteliale delle cellule Horb [34] e la lipoproteina di superficie, H. pylori
adhesin A (HPAA). HPAA, annotato anche come emoagglutinina neuraminyllactose vincolante, si trova esclusivamente in Helicobacter
e si lega alle macromolecole ricche di acido sialico presenti sul dell'epitelio gastrico [35]. D'altra parte, H. suis
manca omologhi di diversi altri pylori
fattori di adesione H., tra cui geni che codificano per il legame adesine BABA
(HOPS
) e Babb
l'antigene del gruppo sanguigno (Hopt
), l'acido sialico adesine saba
(Hopp
) e Sabb
(Hopo
), e l'aderenza lipoproteine ​​associata ALPA
(hopC
) vincolante e ALPB
(hopB
) [36].
H. suis
contiene un gene codificante fibrinonectin /proteina fibrinogeno vincolante, che può migliorare la sua adesione al tessuto gastrico feriti. Danni per ospitare le cellule epiteliali può esporre effettivamente fibronectina e gli altri componenti della matrice extracellulare. Forte di omologia è stata trovata con le proteine ​​fibronectina-binding di H. felis
(YP_004072974), H. canadensis
(ZP_048703091) e Wolinella succinogenes
(NP_907753). A nostra conoscenza, nessuna funzione precisa è stata data a queste proteine ​​in queste specie. In Campylobacter jejuni
, tuttavia, proteine ​​fibronectina-binding CADF e FLPA hanno dimostrato di essere coinvolto in adesione e /o l'invasione delle cellule epiteliali intestinali dell'ospite [37, 38]. Secondo gli strumenti bioinformatici utilizzati qui, la H. suis
proteine ​​fibronectina-binding è priva di un sito di taglio transmembrana elica o peptidasi del segnale, che indica che non è superficie esposta o secreto. Il suo vero ruolo nella colonizzazione Resta quindi da chiarire
. Tre geni coinvolti nella biosintesi dell'acido sialico (Neua
, neuB
, e wecB
) sono stati annotati nel H. suis
genoma, indicando che questo batterio può decorare la superficie con acido sialico. La presenza di sialylation superficie è stata ampiamente studiata nei batteri patogeni, dove contribuisce a eludere il sistema del complemento ospite di difesa [39].
Inoltre, H. suis
possiede geni che codificano per enzimi coinvolti nella resistenza stress ossidativo ( Napa
, sodB
, Kata
, mutS
, mdaB
, e perossiredossina sequenza codificante). Ciò indica che H. suis
possono ospitare un meccanismo di difesa contro la risposta infiammatoria dell'ospite, contribuendo alla capacità di colonizzazione gastrica cronica da questo batterio [40].
Tipo sistemi di secrezione IV a H. suis

Due T4SS parziale sono stati previsti nel H. suis
genoma, cioè il pettine
cluster e il sistema tfs3
. Il suis pettine sistema
H. probabilmente svolge un ruolo nella trasformazione genetica [41, 42]. Trasformazione del DNA può essere responsabile per l'elevato grado di diversità tra H. suis
ceppi come è stato recentemente dimostrato da multilocus sequenza tipizzazione dei disponibili H. suis
ceppi [43]. Il ruolo del pylori tfs3
sistema di secrezione H. nella patogenesi non è esattamente conosciuta. Sette geni del cluster tfs3 Quali sono omologhi di geni coinvolti nella secrezione di tipo IV: virB4
, virB11
, e virD4
codice per ATPasi che si muovono substrati verso e attraverso il poro. Quest'ultimo è codificata da pori geni transmembrana virB7
, virB8
, virB9
, e virB10
[44]. Tutti questi geni, ad eccezione virB7
sono stati identificati in H. suis
, indicando che l'H. suis tfs3
può essere importante nel trasporto transmembrana di substrati a H. suis
.
Il H . pylori cag
patogenicità isola (CAG
PAI) regione codifica un T4SS permettendo H. pylori
per inserire il citotossina associata l'antigene a (CagA) nella cellula ospite. Questo processo provoca struttura alterata cellula ospite, un aumento della risposta infiammatoria, e un più alto rischio di adenocarcinoma gastrico [45]. Anche se H. suis
possiede due membri del H. pylori cag
PAI (cag23 /E
e cagX
), la maggior parte dei geni, tra cui il gene che codifica per la proteina che causano la patologia (CagA ), non sono stati identificati. Ciò indica che HS1 T e HS5 mancano di un cag funzionale
sistema di proteine ​​di secrezione trasportatore
. I geni possibilmente coinvolti nella induzione di lesioni gastriche
confronto genomico di H. suis
da H. pylori
portato all'identificazione di altri geni eventualmente associati a virulenza in H. suis
. Un H. suis
omologo della
H. pylori vacA è stato rilevato. VacA è sia una citotossina dello strato di cellule epiteliali gastriche e una tossina immunomodulatorie di H. pylori
[46]. H. pylori
contiene un funzionale o non funzionale
vacA. Il H. suis Vaca
mostre omologhi non vacA
segnale sequenza, indicando che potrebbe codificare un citotossina non funzionale [47]. In vitro e in vivo con un mutante a eliminazione diretta della H. suis vacA
potrebbe chiarire la funzionalità del vacA
omologo in questo Helicobacter
specie.
Forte omologia è stato trovato con due H. pylori
virulenza-associata geni ovvero Napa
, che codificano per la HP-Napa e GGT
, che codifica per HP-GGT. Il H. pylori
GGT è stato identificato come una proteina che induce l'apoptosi [48, 49]. La proteina HP-NAPA è designato come proinfiammatorie e proteine ​​immunodominante stimolando la produzione di radicali di ossigeno e di IL-12 da neutrofili e reclutamento dei leucociti in vivo [50, 51]. Inoltre, HP-NAPA svolge anche un ruolo nella protezione di H. pylori
dallo stress ossidativo legando ferro libero [52]. H. suis
contiene omologhi di due H. pylori
geni che codificano per le proteine ​​del plasminogeno-binding, pgbA
e pgbB
.

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