Nepgen Haaptrei vun Helicobacter sinn ënnerstëtzt seng Roll an gastric pathology

Nepgen Haaptrei vun Helicobacter sinn VerfÜgung ënnerstëtzt seng Roll an gastric wirklech VerfÜgung méiglech VerfÜgung Helicobacter VerfÜgung (H. VerfÜgung) sinn VerfÜgung assoziéiert gouf mat chronescher gastritis an ulcers vun der pars oesophagea zu Schwäin, a mat gastritis, peptic oppent Krankheet an gastric mucosa-verbonne lymphoid Otemschwieregkeeten lymphoma zu Mënsch. Fir besser Asiicht an de Genen an pathogenicity an der konkreter Upassung un d'gastric Ëmwelt vun H. sinn VerfÜgung, engem Nepgen Analyse war Leeschtung vun zwee H. sinn VerfÜgung analyséieren isoléiert vun der gastric mucosa vun dontknow Équipe ze kréien . Homologs vun der Majoriteit vun Genen wichteg fir gastric Kolonisatioun vun der mënschlecher pathogen H. ze ginn dës pylori VerfÜgung am H. sinn VerfÜgung Nepgen fonnt goufen. H. sinn VerfÜgung encodes puer putative baussegt Membran Proteinen, vun deenen zwee ähnlech zu der H. pylori VerfÜgung adhesins HpaA an HorB. H. sinn VerfÜgung eng bal komplett comB VerfÜgung Typ IV secretion System an Memberen vun der Zort IV secretion System Häfe 3, mee Éloquence meescht vun de Genen an der cag VerfÜgung pathogenicity Insel vun H. pylori VerfÜgung . Homologs vun Genen Zeechesaatz vum H. pylori VerfÜgung neutrophil-activating FAQ an γ-glutamyl transpeptidase sech zu H. sinn VerfÜgung identifizéiert. H. sinn VerfÜgung leie och e puer aner kritt virulence-verbonne Genen, dorënner homologs fir mviN VerfÜgung, den H. pylori VerfÜgung flavodoxin Gentherapie, an engem homolog vun den H. pylori VerfÜgung vacuolating A Gentherapie cytotoxin. Et war Sputnik obwuel Genen coding fir e puer wichteg virulence Facteuren zu H. pylori VerfÜgung, wéi d'cytotoxin-verbonne FAQ (CagA), ginn net an den H. sinn VerfÜgung Nepgen fonnt, homologs vun anere Genen verbonne mat Kolonisatioun an virulence vun H. pylori VerfÜgung an aner Nokomme sinn presentéieren. VerfÜgung Erschléisse VerfÜgung Helicobacter VerfÜgung (H. VerfÜgung) sinn zu engem ganz fastidious ass, Spiralgalaxien-formt, Gramm-negativ Bakterie engem biphasic Kultur mëttel- um pH verlanngt 5 mat an et Kallef serum beräichert, an engem microaerobic Atmosphär fir eng kënschtlech Wuesstem [1]. H. sinn VerfÜgung bewunnt de Mo vun méi wéi 60% vun Gemetzel Schwäin [1, 2]. Obwuel déi exakt Roll vum H. sinn VerfÜgung zu gastric Krankheet zu Schwäin nach net kloer ass, huet et mat chronescher gastritis [3, 4] an ulcers vun der pars oesophagea vun de Mo [5-7] assoziéiert gouf. Dëst an däitlech ekonomesch Verloschter Resultat kann wéinst Doud, ofgeholl feed ofgeroden a reduzéiert Dag Gewiicht kréien [8]. Eng Reduktioun vun ongeféier 20 g /Dag zu Gewiicht kréien war vun Déieren experimentally Krankheet mat H. sinn VerfÜgung, am Verglach zu den Net-Krankheet Kontroll Déieren [9]. VerfÜgung bakteriell gastric Entwécklungsstéierungen an Mënsche gi virun allem duerch Helicobacter observéiert pylori VerfÜgung [10]. Allerdéngs, Net-Helicobacter pylori VerfÜgung helicobacters (NHPH) hunn och mam Mënsch gastric Krankheet mat engem prevalence variéieren tëscht 0,2 a 6% [5] assoziéiert gouf. H. sinn VerfÜgung ass den heefegsten NHPH Arten am Mënschen fonnt, wou et am Ufank geheescht huet "H. heilmannii VerfÜgung" Typ 1 [11]. Et sinn staark Zeechen dass Schwäin fir de Mënsch als Quell vun Wonn déngen kann [5, 12]. An der mënschlecher Provider, H. sinn VerfÜgung huet mat peptic oppent Krankheet [13], gastric mucosa-verbonne lymphoid Otemschwieregkeeten (Malz) lymphoma [14] a chronescher gastritis [15] assoziéiert gouf. An Knabberdéieren Modeller vu mënschlechen gastric Krankheet, bewierkt d'Bakterie schwéieren inflammation a Malz lymphoma-wëll lesions [16]. VerfÜgung Up elo un, wéineg iwwert d'pathogenesis vun H. sinn VerfÜgung Aids bekannt ass. Ze verbesseren Verständnis vun de Genen eng wichteg Roll an pathogenicity, gastric Kolonisatioun an Persistenz vun H. sinn VerfÜgung, engem Nepgen-grouss Verglach mat de gutt-propagéieren H. pylori VerfÜgung Nepgen Leeschtung war spillen. Verschidde virulence Faktoren derzou kënnt fir béid Bakterien ähnlech sinn. Well do och Ënnerscheeder kann, ab initio configuréieren vun den H. sinn VerfÜgung Nepgen och gesuergt huet. VerfÜgung spontan a Methoden VerfÜgung Genom sequencing VerfÜgung A pyrosequencing (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA) assay zu der Nepgen vun der Zort Deformatioun vum H. sinn VerfÜgung applizéiert gouf (HS1 T = LMG 23995 T = deem 19735 T) an H. sinn VerfÜgung Deformatioun 5 ( HS5), isoléiert vun der gastric mucosa vun zwou verschiddene dontknow, no der Method vum Baele et al beschriwwen. [1]. . Qualitéit Filter Message un contigs zesummebruecht huet mat enger 454 Newbler AssemblerLanguage (Roche, Branford, CT, USA) VerfÜgung Fonctionnement Annotation VerfÜgung Fir d'Zuel vun Qualitéit Gentherapie configuréieren, zwou verschidde annotating Approche huet duerno e schreift: cross- androën mat dräi Helicobacter pylori VerfÜgung analyséieren (26695, Shi470, an G27 mat NCBI Bäitrëtt Zuelen NC_000915, NC_010698, an NC_011333, bzw.), an ab initio Annotation. VerfÜgung Cross-Kaarten Annotation VerfÜgung E Brauch Héichuewen [17 ] Datebank war vun der HS1 T an HS5 Frankräich contigs geschaf. Den H. pylori VerfÜgung proteome an Net-coding RNAs goufen ageriicht (tblastn Programm vun den Héichiewe suite, E loung Brand zu 10 -3) un de H. sinn VerfÜgung Datebank. Fir all Blast laanscht de folgenden zousätzlech Informatiounen analyséiert war: 1) (secretion) Rëss Site Signal peptide wann presentéieren, déi vun der SignalP 3.0 Programm wéi évaluéieren [18, 19]; 2) Spezifikatioune vu transmembrane helices (Nummer, Start an Enn Positiounen, ugin topology mat Récksiicht op d'cytoplasmic Membran) wann präsent, wéi déi vun der TMHMM Programm évaluéieren [20]; 3) eng Estimatioun vun der Ribosom bindend Stäerkt vun der mRNA Regioun virecht déi probabel Start codon. i) op ​​enger mRNA staarkt, normalerweis bannent 20 nucleotides virun der eigentlecher Start codon, de Géigendeel komplementar vun 5 bis 7 nucleotides bei der 16S rRNA 3 'Enn Akten als attractor an positioner fir: Ribosom bindend Stäerkt war vun der Kandidatur zwou etabléiert Fakten geschate der ribosomal kleng subunit; dëser Regioun ass wéi de Glanz-Dalgarno Haaptrei bekannt [21, 22]; II) zu Gramm-negativ Bakterien eng AU-räiche mRNA Regioun puer 16. nucleotides laang an direkt virecht de Glanz-Dalgarno leien och an Positioun ribosomes lackele kënnen ze hëllefen lancéieren Iwwersetzung vun der richteg, biologically aktiv Gentherapie Produit [23, 24]. Fir H. sinn VerfÜgung, war de Glanz-Dalgarno Haaptreiestären engem subsequence vun AGGAGGU gin alles (wéi de Géigendeel komplementar vun den 3 'Enn vun der 16S rRNA ass), an de Mindestloun AU-Räichtum (Vollzäit bindend Muecht ze Ribosom ) vun der aler Regioun war bis 10/16 mutwëlleg virbereet. Fir all theoretesch ORF war eng Rei vun méiglechen Ufank codons Faarwen; déi méi héich d'Ähnlechkeet mam ideal Glanz-Dalgarno leien, oder den AU-räichen déi virecht Regioun, oder besser eng Kombinatioun vun deenen zwee, déi méi wahrscheinlech d'Potential Start codon ass den eigentleche Start codon gin. VerfÜgung Ab initio Annotation VerfÜgung fir ab initio Annotation, theoretesch oppen liesen Rummen (ORFs) waren déi éischt déi EMBOSS getorf Outil alles benotzen (mat minimum Längt ORF Brand zu 90 nucleotides, an huelen all alternative Start codons Rechnung) [25]. All ORFs sech duerno, an Héichuewen (blastp Programm) war gesuergt mat enger E loung vun 10 -15 géint d'Uniprot-KB universal FAQ Datebank iwwersat. D'generalist sind vun getorf Kriseperiod ähnlech sech vun der erwaart natierlech ORFs, de Risiko vun falschen Negativer reduzéieren. Fir déi falsch positiven Taux niddreg ze halen, sech extra Parameteren considéréiert: 1) Prozentsaz Formatioun tëscht fonktionnéiert a wosst ORFs; 2) Prozentsaz Ähnlechkeet oder Conservatioun tëscht bestëmmen Portiounen fonktionnéiert a wosst ORFs; 3) Ribosom bindend Stäerkt (fir méi Detailer kuckt uewendriwwer). Fir d'Präsenz vun engem oder méi conserved Beräicher engem rpsblast Sich (mat standard Parameter Wäerter) bestëmmen war fir all eenzel theoretesch ORF géint d'iwwerlieft Conserved Domain Datebank déi FAQ duerchgefouert Domain Alignementer aus e puer aner Datebank Quellen Konsul [26]. VerfÜgung Resultater VerfÜgung General Charakteristike vun de H. sinn VerfÜgung Nepgen VerfÜgung an der HS1 T insgesamt 1 635 292 huel Puer Nepgen a vun der HS5 Nepgen 1 669 960 BP Nepgen huet, souwuel mat Moyenne GC Inhalt vun 40%. Am Géigesaz zu H. pylori VerfÜgung, just eng Kopie vun souwuel der 16S an 23S war rRNA Genen fonnt, mee wéi H. pylori VerfÜgung, H. sinn VerfÜgung huet dräi Exemplare vum 5s rRNA Gentherapie. Drësseg-aacht Transfermaart RNAs sech identifizéiert. Op der ganzer, 1266 ORFs aus HS1 T an 1257 aus HS5 goufen erwëscht, vun deenen 194 an 191 respektiv hypothetesch Proteinen encoded. Am 98 an 92 ORFs e Rëss Site Signal peptide ass fonnt, virausgesot secreted Proteinen vun HS1 Musiktherapie- T an HS5 bzw.. D'TMHMM Programm virausgesot 210 an 206 Proteinen mat op d'mannst ee transmembrane Wendel fir HS1 T an HS5 bzw.. D'Haaptrei Ëmwandlung sëlwecht fir HS1 T an HS5 ass henceforward zesummen als "H. sinn VerfÜgung Nepgen" beschriwwen. VerfÜgung Genen méiglecherweis Équipe an gastric Kolonisatioun an Persistenz VerfÜgung Homologs vun H. pylori VerfÜgung Genen vun Seier acclimation Équipe, chemotaxis, Haftung fir gastric epithelial Zellen, oxidative Stress Resistenz (Table 1), an motility waren an der H. sinn VerfÜgung Nepgen fonnt. De Fonds sech als flagellar biosystem gläicht dat vum H. pylori VerfÜgung [27] identifizéiert. Desweideren, enthält H. sinn VerfÜgung engem fibrinonectin /fibrinogen-verbindlech FAQ Gentherapie coding, mä den entspriechende FAQ Éloquence Site enger transmembrane Wendel oder Signal peptide Rëss no der Bioinformatik Handwierksgeschir virdrun ernimmt. Homologs coding fir fiert-N-acetylneuraminic Seier synthetase (NeuA) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), sialic Seier synthase (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478), an UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) sech observéiert als well.Table 1 Genen mat pH homeostasis assoziéiert, chemotaxis, Haftung fir epithelial Zellen, an an der Nepgen vun H. oxidative Stress Resistenz sinn VerfÜgung Typ Deformatioun 1 (HS1T) an H. sinn VerfÜgung Deformatioun 5 (HS5 ). VerfÜgung Group
Gene fonnt an HS1T
Gene zu HS5 fonnt
Beschreiwung vun homolog
Prozentsaz vun Haaptrei bestëmmen (vun deenen% conserved) mat beschriwwen homolog1
pH homeostasis VerfÜgung HSUHS1_0708 VerfÜgung HSUHS5_0286 VerfÜgung Urease subunit Alfa (ureA VerfÜgung) vun H. heilmannii VerfÜgung 100 (94)
HSUHS1_0707 VerfÜgung HSUHS5_0285 VerfÜgung Urease subunit Beta (ureB VerfÜgung) vun H. heilmannii
100 (94) VerfÜgung HSUHS1_0706
HSUHS5_0284 VerfÜgung Urease Fernsehn (ureI VerfÜgung) vun H. felis
100 (89) VerfÜgung HSUHS1_0705 VerfÜgung HSUHS5_0283 VerfÜgung Urease Accessoire FAQ (ureE VerfÜgung) vun H . bizzozeronnii
100 (84) VerfÜgung HSUHS1_0704 VerfÜgung HSUHS5_0282 VerfÜgung Urease Accessoire FAQ (ureF VerfÜgung) vun H. bizzozeronnii
100 (84) VerfÜgung HSUHS1_0702 VerfÜgung HSUHS5_0280 VerfÜgung Urease Accessoire FAQ (ureH VerfÜgung) vun H. bizzozeronnii
96 (84) VerfÜgung HSUHS1_0703 VerfÜgung HSUHS5_0281 VerfÜgung Urease Accessoire FAQ (ureG VerfÜgung) vum H. bizzozeronnii
100 (95) VerfÜgung HSUHS1_0133 VerfÜgung HSUHS5_0547 VerfÜgung Hydrogenase Ausdrock /Opstellung FAQ (hypA VerfÜgung) vun H. pylori
98 (83) VerfÜgung HSUHS1_0615 VerfÜgung HSUHS5_0817 VerfÜgung Hydrogenase Ausdrock /Opstellung FAQ (hypB VerfÜgung) vun H. pylori
99 (91) VerfÜgung HSUHS1_0616 VerfÜgung HSUHS5_0816 VerfÜgung Hydrogenase Ausdrock /Opstellung FAQ (hypC VerfÜgung) vun H. pylori
98 (89) VerfÜgung HSUHS1_0617 VerfÜgung HSUHS5_0815 VerfÜgung Hydrogenase Ausdrock /Opstellung FAQ (hypD VerfÜgung) vun H. achinonychis
zu 98 (80) VerfÜgung HSUHS1_0081 VerfÜgung HSUHS5_1197 VerfÜgung l-Asparaginase II (ansB VerfÜgung) vun H. pylori
98 (64) VerfÜgung HSUHS1_0230 VerfÜgung HSUHS5_1130 VerfÜgung Arginase (rocF VerfÜgung) vun H. pylori
99 (75) VerfÜgung HSUHS1_0888 VerfÜgung HSUHS5_0231 VerfÜgung Acylamide amidohydrolase (amiE VerfÜgung) vun H. pylori
zu 100 (93) VerfÜgung HSUHS1_0680 VerfÜgung HSUHS5_0265 VerfÜgung Formamidase (amiF VerfÜgung) vun H. pylori
100 (98) VerfÜgung HSUHS1_0161 VerfÜgung HSUHS5_1077
α-Carbonic anhydrase vun H. pylori
92 (69) VerfÜgung HSUHS1_0391 VerfÜgung HSUHS5_0874 VerfÜgung Aspartase (aspA VerfÜgung) vun H.
100 (89 acinonychis ) VerfÜgung chemotaxis VerfÜgung HSUHS1_1004 VerfÜgung HSUHS5_0649 VerfÜgung datt mier vill schaffen-MCP Interaktioun modulator vun H. pylori
99 (79) VerfÜgung HSUHS1_1003 VerfÜgung - VerfÜgung Bifunctional chemotaxis FAQ ( CHEF VerfÜgung) vun H. pylori
82 (86) VerfÜgung HSUHS1_1002 VerfÜgung HSUHS5_0775 VerfÜgung Purine-verbindlech chemotaxis portein (knaat VerfÜgung) vun H. pylori VerfÜgung
98 (91) VerfÜgung HSUHS1_0538 VerfÜgung HSUHS5_0706 VerfÜgung Chemotaxis FAQ (cheV VerfÜgung) vun H. pylori
100 (92) VerfÜgung HSUHS1_0846 VerfÜgung HSUHS5_0081 VerfÜgung Putative chemotaxis FAQ vun H. pylori
100 (79) VerfÜgung HSUHS1_0299 VerfÜgung HSUHS5_0250 VerfÜgung Chemotaxis FAQ (cheY VerfÜgung) vun H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001 VerfÜgung HSUHS5_0774 VerfÜgung Duerch-unhuelen chemotaxis FAQ (tlpA VerfÜgung) vun H. pylori
100 (60) VerfÜgung HSUHS1_0286 VerfÜgung HSUHS5_0256 VerfÜgung Duerch-unhuelen chemotaxis FAQ (tlpB VerfÜgung) vun H. pylori
98 (63) VerfÜgung HSUHS1_0479 VerfÜgung HSUHS5_0476 VerfÜgung Methyl- unhuelen chemotaxis FAQ vun H. acinonychis 100
(66 VerfÜgung) HSUHS1_0196 VerfÜgung HSUHS5_0122 VerfÜgung Methyl- unhuelen chemotaxis FAQ vun Campylobacter upsaliensis VerfÜgung 2 VerfÜgung 99 (53) VerfÜgung HSUHS1_0141 VerfÜgung HSUHS5_0641 VerfÜgung Methyl- unhuelen chemotaxis FAQ vun Campylobacter Douanesgewerkschaft subsp. Douanesgewerkschaft VerfÜgung 2 VerfÜgung 99 (64) VerfÜgung HSUHS1_0763 VerfÜgung - VerfÜgung Methyl- unhuelen chemotaxis FAQ vun Methylibium petroleiphilum VerfÜgung 2
83 (52) VerfÜgung HSUHS1_0944
HSUHS5_0990 VerfÜgung Duerch-unhuelen chemotaxis Ophtalmolog Better gëtt reduzéiert Marinomonas sp. VerfÜgung 2 VerfÜgung 57 (59) VerfÜgung Haftung VerfÜgung HSUHS1_0666 VerfÜgung HSUHS5_1053 VerfÜgung Ausland Membran FAQ (horB VerfÜgung) vum H. pylori
100 (63) VerfÜgung HSUHS1_0354 VerfÜgung HSUHS5_0398 VerfÜgung Neuraminyllactose-verbindlech hemagglutinin (hpaA) VerfÜgung vun H. acinonychis
94 (77)
Oxidative Stress Resistenz VerfÜgung HSUHS1_1147 VerfÜgung HSUHS5_0608 VerfÜgung Catalase (Kata VerfÜgung) vun H. acinonychis
95 (82) VerfÜgung HSUHS1_0549 VerfÜgung HSUHS5_1206 VerfÜgung fonnt gefléckt ATPase (mutS VerfÜgung) vun H. hepaticus
99 (60) VerfÜgung HSUHS1_0163 VerfÜgung HSUHS5_0495 VerfÜgung Superoxide dismutase (sodB VerfÜgung) vun H. pylori
100 (90) VerfÜgung HSUHS1_1186 VerfÜgung HSUHS5_0005 VerfÜgung Bacterioferritin Co-Opbau FAQ vun H. hepaticus
99 (72) VerfÜgung HSUHS1_0683 VerfÜgung HSUHS5_0262 VerfÜgung Nad (P) H quinone reductase (mdaB VerfÜgung) vun Campylobacter Douanesgewerkschaft subsp. Douanesgewerkschaft
97 (68) VerfÜgung HSUHS1_0689 VerfÜgung HSUHS5_0268 VerfÜgung Peroxiredoxin vun H. pylori VerfÜgung 3 VerfÜgung 100 (92) VerfÜgung 1 doraus tblastn-baséiert Kräiz-Kaarten vun den H. pylori VerfÜgung proteome fir de H. sinn VerfÜgung HS1T an HS5 genomes an blastp-baséiert ab initio VerfÜgung Analysë vun der iwwersat H. sinn VerfÜgung HS1T an HS5 ORFs géint d'Uniprot-kB universell FAQ Datebank. Ënnerscheeder tëscht HS1T an HS5 homologs ≤ 1%. VerfÜgung 2 op GenBank an aner Helicobacter VerfÜgung genomes sinn subtil. VerfÜgung 3 Member vun der 2-Cys peroxiredoxin superfamily. VerfÜgung Genen Zeechesaatz putative baussegt Membran Proteinen (OMPs ) par rapport zu H. pylori VerfÜgung OMPs sinn zu Weider Fichier 1 Table S1 presentéiert. Genen coding fir Membere vun gréisser H. pylori VerfÜgung OMP Familljen (Hei, Iri, Hof Proteinen, Eisen-reglementéiert an efflux Pompel OMPs) konnt mat dem H. pylori VerfÜgung Nepgen ageriicht ginn. Béid H. sinn VerfÜgung analyséieren der Hof VerfÜgung Genen hofA VerfÜgung enthalen, C VerfÜgung, E VerfÜgung, F VerfÜgung, déi Hop VerfÜgung Genen hoffen VerfÜgung, G-2
an H VerfÜgung, an der Iri VerfÜgung Genen horB VerfÜgung, C VerfÜgung, d VerfÜgung, a J VerfÜgung. Ausserdeem, HS1 T ass homologs vun der hopW VerfÜgung FAQ Virleefer an horE VerfÜgung hierkommen HS5 zousätzlech homologs vun horA VerfÜgung leie, horF VerfÜgung, an horL VerfÜgung. Nee Membere vun der Helicobacter VerfÜgung baussegt Membran (Hom VerfÜgung) Famill goufen am H. sinn VerfÜgung fonnt. Nieft de groussen H. pylori VerfÜgung OMP Famill Proteinen, enthält den H. sinn VerfÜgung Nepgen puer OMPs virausgesot baséiert op hir N-Uschloss Muster vun oofwiesselnd hydrophobic Aminosaier Saieren gläicht porins, fir HS1 omp29 VerfÜgung opmierksam T an omp11 VerfÜgung an omp29 VerfÜgung fir HS5. Eng 491 Aminosaier Saieren Membran-verbonne homolog vun der virulence Faktor MviN, fir 92% mat der MviN bestëmmen homolog vun H. acinonychis VerfÜgung (Hac_1250), war och präsent an H. sinn VerfÜgung. VerfÜgung Type IV secretion Systemer an H. sinn
of der H. pylori VerfÜgung Typ IV secretion Systemer (T4SS), nëmmen zwee Memberen vun der cag VerfÜgung pathogenicity Insel (cag VerfÜgung PAI) an der H identifizéiert sech . sinn VerfÜgung Nepgen (cag23 /E VerfÜgung an cagX VerfÜgung). Déi meescht Membere vun der Transport Staatsapparat VerfÜgung comB ware präsent. Dozou gehéiert comB2 VerfÜgung, B3 VerfÜgung, B6 VerfÜgung, B8 VerfÜgung an enger Rei vun zousätzleche Genen net klassifizéiert als comB VerfÜgung: recA VerfÜgung, kommen VerfÜgung, comL VerfÜgung an dprA VerfÜgung. H. sinn VerfÜgung leie Genen Zeechesaatz VirB- an VirD-Typ ATPases (virB4 VerfÜgung, B8 VerfÜgung, B9 VerfÜgung, B10 VerfÜgung, B11 VerfÜgung, an virD2 VerfÜgung, D4
), all designéierte Memberen vun den H. pylori VerfÜgung Typ IV secretion System 3 (tfs3 VerfÜgung). D'HS1 T an HS5 T4SS sinn an Table 2.Table 2 H. sinn VerfÜgung Deformatioun 1 (HS1T) an Deformatioun 5 (HS5) homologs vun H. pylori VerfÜgung an aner Helicobacter sp VerfÜgung presentéiert. Typ IV secretion System Genen. VerfÜgung Homolog
Gene fonnt an HS1T
Gene zu HS5 fonnt VerfÜgung
Beschreiwung FAQ vun deementspriechende
Prozentsaz vun Haaptrei Ëmwandlung bestëmmen (vun deenen% conserved) mat Helicobacter homolog1
cag pathogenicity Insel VerfÜgung cag23 VerfÜgung /E VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0731 VerfÜgung HSUHS5_1234 VerfÜgung DNA Transfermaart FAQ VerfÜgung 81 (42) VerfÜgung cagX VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0964 VerfÜgung HSUHS5_0688 VerfÜgung Annonce plasmid Transfermaart FAQ VerfÜgung 92 (71) VerfÜgung comB System VerfÜgung comB2 VerfÜgung vun H. acinonychis
HSUHS1_1181 VerfÜgung HSUHS5_0010 VerfÜgung ComB2 FAQ VerfÜgung 96 (64)
comB3 VerfÜgung vun H. acinonychis
HSUHS1_1182 VerfÜgung HSUHS5_0009 VerfÜgung ComB3 95 VerfÜgung Kompetenz FAQ (77) VerfÜgung comB6 VerfÜgung vun H. pylori VerfÜgung
HSUHS1_0337 VerfÜgung - VerfÜgung NADH-ubiquinone oxidoreductase VerfÜgung 70 (85) VerfÜgung comB8 VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0747 VerfÜgung Overlap mat virB8
comB8 Kompetenz FAQ VerfÜgung 93 (66) VerfÜgung trbL VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0755 VerfÜgung HSUHS5_0054 VerfÜgung trbL FAQ VerfÜgung 99 (77) VerfÜgung kommen
vun H. acinonychis
HSUHS1_0314 VerfÜgung HSUHS5_0381 VerfÜgung KOMPETENZ nët E VerfÜgung 94 (55) VerfÜgung comL VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0722 VerfÜgung HSUHS5_0300 VerfÜgung KOMPETENZ FAQ VerfÜgung 99 (84) VerfÜgung dprA VerfÜgung vun H. acinonychis
HSUHS1_0096 VerfÜgung HSUHS5_0824 VerfÜgung DNA Veraarbechtung FAQ VerfÜgung 99 (70)
recA VerfÜgung vun H. hepaticus
HSUHS1_0672 VerfÜgung HSUHS5_1058 VerfÜgung Recombinase A 97 (84)
virB -homologs VerfÜgung virB4 VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0960 VerfÜgung HSUHS5_0692 VerfÜgung DNA Transfermaart FAQ VerfÜgung 98 (68) VerfÜgung virB8 VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0963 VerfÜgung HSUHS5_0689 VerfÜgung DNA Transfert FAQ VerfÜgung 91 (61) VerfÜgung virB9 VerfÜgung vun H. cetorum
HSUHS1_0319 VerfÜgung - VerfÜgung virB9 FAQ VerfÜgung 76 (69) VerfÜgung virB10 VerfÜgung vun H. cetorum
HSUHS1_0320 VerfÜgung - VerfÜgung VirB10 FAQ VerfÜgung 90 (77) VerfÜgung putative virB9 VerfÜgung vun H. pylori
- VerfÜgung HSUHS5_0372
Putative VirB9 FAQ VerfÜgung 100 (86) VerfÜgung putative virB10 VerfÜgung vun H. pylori
- VerfÜgung HSUHS5_0371 VerfÜgung Putative virB10 FAQ VerfÜgung 97 (87)
virB11 VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0750 VerfÜgung HSUHS5_0368 VerfÜgung VirB11 FAQ VerfÜgung 100 (98) VerfÜgung virB11 VerfÜgung vun H. cetorum
HSUHS1_0965 VerfÜgung - VerfÜgung virB11 FAQ VerfÜgung 95 (71) VerfÜgung virB11 VerfÜgung -like vun H. pylori VerfÜgung (HPSH_04565) VerfÜgung - VerfÜgung HSUHS5_0686 VerfÜgung virB11-wëll FAQ VerfÜgung 98 (72) VerfÜgung virB11 VerfÜgung -like vun H. pylori VerfÜgung (HPSH_07250) VerfÜgung HSUHS1_0036 VerfÜgung HSUHS5_0600 VerfÜgung Type IV ATPase VerfÜgung 100 (75) VerfÜgung virD - homologs VerfÜgung virD2 VerfÜgung vun H. cetorum
HSUHS1_0752 VerfÜgung HSUHS5_0414 VerfÜgung VirD2 FAQ (relaxase) VerfÜgung 100 (90) VerfÜgung virD4 VerfÜgung vun H. pylori
HSUHS1_0870 VerfÜgung HSUHS5_0257 VerfÜgung VirD4 FAQ (unhéier FAQ) VerfÜgung 82 (78) VerfÜgung 1 doraus tblastn-baséiert Kräiz-Kaarten vun den H. pylori VerfÜgung proteome ze den H. sinn VerfÜgung HS1T an HS5 genomes an blastp-baséiert ab initio VerfÜgung Analysë vun der iwwersat H. sinn VerfÜgung HS1T an HS5 ORFs géint d'Uniprot-kB universal FAQ Datebank. Ënnerscheeder tëscht HS1T an HS5 homologs ≤ 1%. VerfÜgung Genen méiglecherweis an Aféierungs- vun VerfÜgung gastric lesions Équipe Homologs vun H. pylori VerfÜgung Genen an Aféierungs- vun gastric lesions am H. sinn VerfÜgung Nepgen Équipe Géigemesuren zu Table 3. Homology Recherchen mat den H. pylori VerfÜgung vacuolating a Gentherapie cytotoxin (vacA VerfÜgung) HSUHS1_0989 zu HS1 T identifizéiert. Déi entspriechend FAQ, déi an aussergewéinlech ass, dass et eng vun de längsten vun der Welt vun prokaryotes, leie dräi kleng conserved VacA Regiounen (Reschter 490-545, 941-995, an 1043-1351), gefollegt vun engem autotransporter Regioun (Reschter 2730-2983). D'Aminosaier Haaptrei vun der HS5 homolog (HSUHS5_0761) hätt fir 22% mat der VerfÜgung Deformatioun HPAG1 Haaptrei pylori H. ageriicht ginn, an nëmmen ee conserved VacA Regioun (Reschter 242-298), gefollegt vun engem autotransporter Regioun (1258 -1510). An souwuel vacA VerfÜgung homologs, war kee Signal Haaptrei alles. Ervirgestrach, en oppent-verbonne adenine-spezifesch DNA methyltransferase (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) war coding Haaptrei identifizéiert hierkommen engem molekulare homolog vun der oppent-verbonne Restriktioun endonuclease (iceA VerfÜgung) net zu H. sinn VerfÜgung entdeckt ginn hätt. H. sinn VerfÜgung enthält homologs vun pgbA VerfÜgung an pgbB VerfÜgung Zeechesaatz plasminogen-verbindlech Proteinen, wa béid engem transmembrane Wendel oder Signal peptide Rëss Site subtil no der Bioinformatik Handwierksgeschir virdrun ernimmt. H. sinn VerfÜgung homologs vun Genen Häfe coding fir den H. pylori VerfÜgung neutrophil-activating FAQ (HP-Bak) an γ-glutamyl transpeptidase (HP-GGT). Homologs den H. Zeechesaatz pylori VerfÜgung flavodoxin fldA VerfÜgung an der pyruvate-oxidoreductase komplex (POR) Memberen porA VerfÜgung, porB VerfÜgung, Lyoner VerfÜgung, an porD VerfÜgung och zu H. identifizéiert sech sinn VerfÜgung .Table 3 Homologs vun H. pylori VerfÜgung Genen an Aféierungs- vun gastric lesions am H. Équipe sinn VerfÜgung Typ Deformatioun 1 (HS1T) an Deformatioun 5 (HS5) Nepgen. VerfÜgung Gene zu HS1T fonnt
Gene zu HS5 fonnt
Gene Numm
Protein Annotation /Funktioun zu H. pylori
liichtkraaftarm Ëmwandlung HS1T /HS5 mat H. pylori homolog (%) ongeféier 1
mat H. bestëmmen Haaptrei Ëmwandlung HS1T /HS5 conserved pylori homolog (%) 1 VerfÜgung VerfÜgung Foussballtraineren
HSUHS1_0989 VerfÜgung HSUHS5_0761 VerfÜgung vacA
Vacuolating cytotoxin A: Provider Zell vacuolation, apoptosis-Pinguin, immunosuppresive VerfÜgung 63/22 VerfÜgung 45/72 VerfÜgung [46] zu HSUHS1_0265 VerfÜgung HSUHS5_0449 VerfÜgung ggt
γ-glutamyl transpeptidase: apoptosis-Pinguin, immunosuppresive VerfÜgung 99/99 VerfÜgung 86/86 VerfÜgung [ ,,,0],48, 49, 64] VerfÜgung HSUHS1_1177 VerfÜgung HSUHS5_0014 VerfÜgung Ech wor
Neutrophil-activating FAQ A: proinflammatory VerfÜgung 99/99 VerfÜgung 83/83 VerfÜgung [50, 51 ] VerfÜgung HSUHS1_1067 VerfÜgung HSUHS5_1177 VerfÜgung fldA
Elektronen acceptor vun der oxidoreductase Aktivitéit komplex pyruvate, an Mënschen mat gastric Malz lymphoma verbonne VerfÜgung 96/98 VerfÜgung 84/83 VerfÜgung [55, 56] VerfÜgung HSUHS1_0403 VerfÜgung HSUHS5_0887 VerfÜgung pgbA
Plasminogen-verbindlech FAQ VerfÜgung 60/60 VerfÜgung 72/72 VerfÜgung [53, 54] VerfÜgung HSUHS1_1192 VerfÜgung HSUHS5_0523 VerfÜgung pgbB
Plasminogen-verbindlech FAQ VerfÜgung 70/70 VerfÜgung 72/72 VerfÜgung [53, 54] VerfÜgung 1Resulting aus tblastn-baséiert Kräiz-Kaarten vun den H. pylori VerfÜgung proteome fir de H. sinn VerfÜgung HS1T an HS5 genomes. VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung Genen méiglecherweis zu gastric Kolonisatioun an Persistenz VerfÜgung d'Resultater vun dëser Etude Équipe beweisen dass verschidden H den H. sinn VerfÜgung Nepgen hunn Kollegen an. pylori VerfÜgung Genen vun Seier acclimation, chemotaxis an motility Équipe,. Dës Genen si bekannt fir Kolonisatioun vun der mënschlecher gastric mucosa essentiel gin [27-32]. VerfÜgung puer OMP coding Message sech duerch Komparativ identifizéiert Analysë mat H. pylori VerfÜgung an aner bakteriell Aarten. H. sinn VerfÜgung enthält eng ähnlech Membere vun de groussen OMP Familljen zu H. beschriwwen pylori VerfÜgung [33]. Verschidde vun dëse OMPs hunn beschriwwe ginn an Haftung vun H. pylori zu der gastric mucosa VerfÜgung Équipe ze sinn, déi dicht gemengt ass eng wichteg Roll an der initialen Kolonisatioun an langfristeg Persistenz vun der mënschlecher Mo spillen. Dozou gehéiert och de gastric epithelial Zell adhesin HorB [34] an der Uewerfläch lipoprotein, H. pylori VerfÜgung adhesin A (HpaA). HpaA, och als neuraminyllactose-verbindlech hemagglutinin forcéiert, ass exklusiv zu Helicobacter VerfÜgung a Photo'en ze sialic Seier-räiche macromolecules Moment op der gastric epithelium [35] fonnt. Wéinst dem Éloquence sinn VerfÜgung H. homologs vun e puer aner H. pylori VerfÜgung Haftung Faktoren, dorënner Genen coding fir d'antigen Blutt Grupp adhesins Baba VerfÜgung (Happ VerfÜgung) an babB VerfÜgung verbindlechen (hopT VerfÜgung), de sialic Seier bindend adhesins Saba VerfÜgung (Hopp VerfÜgung) an sabB VerfÜgung (hopO VerfÜgung), an der onvergläichleche-verbonne lipoproteins ALPA VerfÜgung (hopC VerfÜgung) an alpB VerfÜgung (hopB VerfÜgung) [36]. VerfÜgung H. sinn VerfÜgung enthält eng fibrinonectin /fibrinogen-verbindlech FAQ coding Gentherapie, déi hir onvergläichleche zu blesséiert gastric Otemschwieregkeeten verbesseren kann. Schued epithelial Zellen ze Provider kann jo fibronectin an aner extracellular Matrixentgasung Komponente filmen. Staark homology mat fibronectin-verbindlech Proteinen vun H. felis VerfÜgung (YP_004072974), H. canadensis VerfÜgung (ZP_048703091) fonnt huet an Wolinella succinogenes VerfÜgung (NP_907753). Fir eis Wëssen, kee genau Funktioun huet fir dës Proteinen vun dësen Aarte ginn. An Campylobacter jejuni VerfÜgung Ee, fibronectin-verbindlech Proteinen CadF an FlpA goufen zu onvergläichleche bis an /oder Invasioun vum Provider d'intestinal epithelial Zellen [37, 38] gin Équipe gewisen. Laut der Bioinformatik Handwierksgeschir hei benotzt ginn, sinn den H. VerfÜgung fibronectin-verbindlech FAQ engem transmembrane Wendel oder Signal peptidase Rëss Site Éloquence beweist, datt et net Uewerfläch ausgesat ass oder secreted. Seng reell Roll an Kolonisatioun bleift also opgekläert ze ginn. VerfÜgung Dräi sialic Seier biosynthesis Équipe Genen an (neuA VerfÜgung, neuB VerfÜgung, an wecB VerfÜgung) waren an der H. sinn VerfÜgung Nepgen forcéiert, beweist, datt dës Bakterie senger Uewerfläch mat sialic Seier Fiche kann. D'Präsenz vun Uewerfläch sialylation huet extensiv an pathogenic Bakterien studéiert ginn, wou et zu virleien vum Provider komplementar Ofwier System dréit [39]. VerfÜgung ervirgestrach, H. sinn VerfÜgung Genen leie Zeechesaatz Équipe Enzymen zu oxidative-Stress Resistenz ( Ech wor VerfÜgung, sodB VerfÜgung, Kata VerfÜgung, mutS VerfÜgung, mdaB VerfÜgung, an peroxiredoxin coding Haaptrei). Dëst bedeit datt H. sinn VerfÜgung vläicht e Goal Mechanismus géint de Provider demagogesch Äntwert ervirbréngen, déi vun dëser Bakterie op der Fähegkeet vun chronescher gastric Kolonisatioun Contributioun [40]. VerfÜgung Type IV secretion Systemer an H. sinn VerfÜgung
zwee partiell T4SS waren an der H. sinn VerfÜgung Nepgen virausgesot, nämlech d'comB VerfÜgung Stärekoup an der tfs3 VerfÜgung System. Den H. sinn comB VerfÜgung System wahrscheinlech spillt eng Roll am genetesch Transformatioun [41, 42]. Transformatioun vun DNA kann fir den héije Mooss vun Diversitéit ënnert H. sinn VerfÜgung analyséieren responsabel gin wéi huet vun multilocus Haaptrei ennerluecht vun sinn H. sinn VerfÜgung analyséieren [43] kuerzem Gewise ginn. D'Roll vun den H. pylori tfs3 VerfÜgung secretion System vun pathogenesis ass net genee bekannt. Seven Genen vun der tfs3 VerfÜgung Stärekoup sinn homologs vun am Typ IV secretion Équipe Genen: virB4 VerfÜgung, virB11 VerfÜgung, an virD4 VerfÜgung Code fir ATPases dat heescht de Législateur, fir an duerch d'pore plënneren. De Fonds gëtt vun transmembrane pore Genen kodéiert virB7 VerfÜgung, virB8 VerfÜgung, virB9 VerfÜgung, an virB10 VerfÜgung [44]. All dës Genen, ausser virB7 VerfÜgung zu H. sinn VerfÜgung identifizéiert huet, wat beweist, datt den H. sinn tfs3 VerfÜgung kann zu transmembrane Transport vun heescht de Législateur, an H. sinn VerfÜgung wichteg ginn. VerfÜgung Den H . pylori cag VerfÜgung pathogenicity Insel (cag VerfÜgung PAI) Regioun encodes engem T4SS Délaie H. pylori VerfÜgung der cytotoxin-verbonne antigen a (CagA) an de Provider Zell ze setzen. Dëse Prozess Resultater am verännert Provider Zell Struktur, eng fräi demagogesch Äntwert, an eng Gefor fir gastric adenocarcinoma [45]. Obwuel H. sinn VerfÜgung leie zwee Memberen vun der H. pylori cag VerfÜgung PAI (cag23 /E VerfÜgung an cagX VerfÜgung), d'Majoritéit vun de Genen, inklusiv der Gentherapie coding fir wirklech-dauernd FAQ (CagA ), sech net identifizéiert. Dëst bedeit datt HS1 T an HS5 engem funktionell cag VerfÜgung FAQ Fernsehn secretion System feelen. VerfÜgung Genen méiglecherweis an Aféierungs- vun gastric lesions Équipe VerfÜgung Frankräich Verglach vun H. sinn VerfÜgung mat H. pylori
duerchgesat an d'Identifikatioun vun zousätzleche Genen eventuell mat virulence zu H. sinn VerfÜgung assoziéiert. A H. sinn VerfÜgung homolog vun den H. pylori vacA VerfÜgung festgestallt gouf. VacA ass souwuel eng cytotoxin vun der gastric epithelial Zell futti, an eng immunomodulatory toxin vun H. pylori VerfÜgung [46]. H. pylori VerfÜgung enthält entweder eng funktionell oder Net-funktionell vacA VerfÜgung. Den H. sinn vacA VerfÜgung homolog geet keen vacA VerfÜgung Signal Haaptrei, wat beweist, datt et vläicht e non-funktionell cytotoxin [47] gerannt. Kënschtlech an VIVO Studie mat engem Knockout Mann- vun den H. sinn vacA VerfÜgung d'Funktionalitéit vun der homolog VerfÜgung vacA klären konnt an dëser Helicobacter VerfÜgung Aarten. VerfÜgung Strong homology war mat zwee H. pylori fonnt VerfÜgung virulence-verbonne Genen nämlech Ech wor VerfÜgung, Zeechesaatz der HP-Ech wor an ggt VerfÜgung, Zeechesaatz HP-GGT. Den H. pylori VerfÜgung GGT gouf als apoptosis-Pinguin FAQ [48, 49] identifizéiert. Der HP-Bak FAQ ass als proinflammatory an immunodominant FAQ designéierte Produktioun vun Sauerstoff Radikaler Spannend an IL-12 aus neutrophils an zousätzlech leukocytes zu VIVO [50, 51]. Desweideren, spillt HP-Ech wor och eng Roll am Protektioun H. pylori VerfÜgung aus oxidative Stress vun gratis Eisen bindend [52]. H. sinn VerfÜgung enthält homologs vun zwee H. pylori VerfÜgung Genen coding fir plasminogen-verbindlech Proteinen, pgbA VerfÜgung an pgbB VerfÜgung.

• An evidential dofir baséiert Modell fir Node Metastasen Diagnos vun lymph zu gastric Kriibs
• Integrative Rollen vun transforméiert Wuesstem Faktor-α an der cytoprotection Mechanisme vun gastric mucosal blesséiert