Genoomsequentie van Helicobacter suis ondersteunt haar rol in de maag pathologie

Genoomsequentie van Helicobacter suis
ondersteunt haar rol in de maag-pathologie
De abstracte Helicobacter
(H.
) suis
is in verband gebracht met chronische gastritis en zweren van de pars oesophagea bij varkens en met gastritis, maagzweren en gastrische mucosa-geassocieerde lymfeweefsel lymfoom bij mensen. Om beter inzicht te krijgen in de bij pathogeniteit en in de specifieke aanpassing aan de maag omgeving van H. suis
genen te verkrijgen, werd een genoom analyse uitgevoerd van twee H. suis
stammen geïsoleerd van het maagslijmvlies van varkens . Homologen van de overgrote meerderheid van genen aangetoond belangrijk gastrische kolonisatie van het menselijk pathogeen H. pylori
werden de H. suis
genoom gedetecteerd. H. suis
codeert verscheidene vermoedelijke buitenste membraaneiwitten, waarvan twee vergelijkbaar met de H. pylori
adhesinen HPAA en Horb. H. suis
herbergt een bijna volledige kam
type IV secretie systeem en leden van het type IV secretie systeem 3, maar mist de meeste van de in het CAG
pathogeniteit eiland H. pylori
genen . Homologen van genen die coderen voor de H. pylori
neutrofiel-activerend eiwit en γ-glutamyl transpeptidase identiteit uit H. suis
. H. suis
bezit ook een aantal andere vermoedelijke virulentie-geassocieerde genen, waaronder homologen voor mviN
, de H. pylori
flavodoxine-gen, en een homoloog van de H. pylori
vacuolating cytotoxine A-gen. Werd geconcludeerd dat hoewel genen die coderen voor een aantal belangrijke virulentiefactoren in H. pylori
, zoals cytotoxine-geassocieerd eiwit (CagA), worden niet gedetecteerd in de H. suis
genoom, homologen van andere genen geassocieerd met kolonisatie en virulentie van H. pylori en overig bacteriën aanwezig zijn.
Introductie
Helicobacter
(H.
) suis
is een zeer veeleisend, spiraalvormige, Gram-negatieve bacterie die een bifasische kweekmedium bij pH 5 verrijkt met foetaal kalfsserum en een microaerobic atmosfeer in vitro groei [1]. H. suis
koloniseert de maag van meer dan 60% van slachtvarkens [1, 2]. Hoewel de precieze rol van H. suis
van maagklachten bij varkens is nog onduidelijk is in verband gebracht met chronische gastritis [3, 4] en zweren van de pars oesophagea van de maag [5-7]. Dit kan leiden tot aanzienlijke economische verliezen als gevolg van plotselinge dood, verminderde voeropname en verkorte dagelijkse gewichtstoename [8]. Een reductie van ongeveer 20 g /dag gewichtstoename waargenomen bij dieren die experimenteel geïnfecteerd met H. suis
, vergeleken met de niet-geïnfecteerde controledieren [9].
Bacteriële gastrische aandoeningen bij mensen worden vooral veroorzaakt door Helicobacter pylori
[10]. Niet van Helicobacter pylori
helicobacters (NHPh) zijn ook geassocieerd met humane maagpathologie met een prevalentie varieert tussen 0,2 en 6% [5]. H. suis
is de meest voorkomende NHPh soorten gevonden bij de mens, waar het oorspronkelijk werd genoemd type "H. heilmannii
" 1 [11]. Er zijn sterke aanwijzingen dat de varkens als besmettingsbron voor de mens [5, 12] kan dienen. In de humane gastheer, is H. suis
geassocieerd met maagzweer [13], gastrische mucosa-geassocieerde lymfeweefsel (MALT) lymfomen [14] en chronische gastritis [15]. In knaagdieren modellen van menselijke maag-en vaatziekten, de bacterie veroorzaakt ernstige ontsteking en MALT lymfoom-achtige laesies [16].
Tot nu toe is er weinig bekend over de pathogenese van H. suis
infecties. Om inzicht in de genen die een rol spelen in de pathogeniteit, maag kolonisatie en persistentie van H. suis
te verbeteren, een genoom-brede vergelijking met de goed onderzochte H. pylori
genoom werd uitgevoerd. Sommige virulentiefactoren inderdaad gelijk voor beide bacteriën. Omdat er ook kunnen verschillen, ab initio aantekeningen van de H. suis
genoom werden ook uitgevoerd.
Materialen en methoden
Genome sequencing Hotels A pyrosequencing (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA) test werd op het genoom van het type stam van H. suis
(HS1 T = LMG 23995 T = DSM 19735 T) en H. suis stam
5 ( HS5), geïsoleerd uit het maagslijmvlies van twee varkens, volgens de werkwijze beschreven door Baele et al methode. [1]. . Kwaliteit gefiltreerd sequenties werden geassembleerd in contigs met een 454 Newbler assembler (Roche, Branford, CT, USA)
Functionele annotatie
Om het aantal kwaliteit gen annotaties maximaliseren twee verschillende benaderingen gevolgd annoteren: cross- mapping met drie Helicobacter pylori
stammen (26.695, Shi470 en G27 met NCBI toetreding nummers NC_000915, NC_010698 en NC_011333, respectievelijk) en ab initio annotatie.
Cross-mapping annotatie
Een aangepaste BLAST [17 ] database is gemaakt op basis van de HS1 T en HS5 genomische contigs. De H. pylori
proteoom en niet-coderende RNA's werden afgestemd (tblastn programma van de BLAST suite, e drempel tot 10 -3) aan de H. suis
database. Voor elke BLAST hit de volgende extra informatie werd geanalyseerd: 1) (uitscheiding) signaalpeptide splitsingsplaats indien aanwezig, zoals vastgesteld door het programma SignalP 3.0 [18, 19]; 2) specificaties van transmembraan helices (en start- en eindposities, veronderstelde topologie wat de cytoplasmatische membraan) indien aanwezig, het oordeel van de TMHMM programma [20]; 3) een schatting van het ribosoom bindende kracht van de regio mRNA voorafgaand aan het meest waarschijnlijke startcodon. Ribosoom bindende kracht werd geschat door de toepassing van twee vaststaande feiten: i) op ​​een mRNA-streng, meestal binnen 20 nucleotiden voor de eigenlijke start codon, het omgekeerde complement van 5-7 nucleotiden in de buurt van de 16S rRNA 3'-einde fungeert als een attractor en positioner voor de ribosomale kleine subeenheid; Dit gebied staat bekend als de Shine-Dalgarno sequentie [21, 22]; ii) in Gram-negatieve bacteriën een AU-rijk gebied mRNA ongeveer 16 nucleotiden lang en onmiddellijk voorafgaand aan de Shine-Dalgarno sequentie kan ook aantrekken en positie ribosomen om te leiden vertaling van de juiste, biologisch actieve genproduct [23, 24]. H. suis
werd de Shine-Dalgarno sequentie bepaald om een ​​subsequentie van AGGAGGU (het omgekeerde complement van het 3'-uiteinde van het 16S rRNA), en de minimale AU-rijke (equivalent aan bindingscapaciteit ribosoom ) uiteengezette gebied werd arbitrair ingesteld op 10/16. Voor elke theoretische ORF een reeks van mogelijke start codons werd gescoord; hoe hoger de overeenkomst met het ideale Shine-Dalgarno sequentie of het AU-rijke voorgaande gebied, of beter een combinatie van beide, hoe waarschijnlijker het potentiële startcodon is de werkelijke startcodon.
Ab initio annotatie
voor ab initio annotatie theoretische open leesramen (ORFs) werden eerst bepaald volgens de EMBOSS getorf gereedschap (met minimale ORF-lengte tot 90 nucleotiden, en met de alternatieve startcodons rekening) [25]. Alle ORF's werden vervolgens vertaald, en BLAST (BLASTP-programma) werd uitgevoerd met een e drempel van 10 -15 tegen de Uniprot-KB universele eiwit database. De generalist algoritme van getorf leverde ongeveer een tienvoudige van de verwachte natuurlijke ORF's, waardoor het risico van valse negatieven. Met het oog op de valse positieve tarief laag te houden, werden extra parameters beschouwd: 1) percentage afstemming tussen vraag en druk op ORF's; 2) percentage overeenkomst of de instandhouding tussen uitgelijnde delen van query en sloeg ORF's; 3) ribosoom bindende kracht (voor meer informatie zie hierboven). Om de aanwezigheid van één of meer geconserveerde domeinen een rpsblast zoeken (met standaardparameterwaarden) werd uitgevoerd voor elk theoretisch ORF uitgevoerd tegen de gecompileerde Behouden Domain Database die eiwitdomein rooilijnen bezit van diverse andere database-bronnen [26] te bepalen.
resultaten
Algemene kenmerken van de H. suis
genoom
in de HS1 T genoom in totaal 1 635 292 basenparen en in de HS5 genoom 1 669 960 bp werden gesequenced, beide met een gemiddelde GC-gehalte van 40%. In tegenstelling tot de H. pylori
, slechts één exemplaar van zowel de 16S en 23S genen werd waargenomen, maar net als H. pylori
, H. suis
heeft drie exemplaren van de 5S rRNA gen. Achtendertig overdracht RNA's werden geïdentificeerd. Over het geheel 1266 ORFs van HS1 T en 1257 van HS5 werden gedetecteerd, respectievelijk waarvan 194 en 191 gecodeerde hypothetische eiwitten. In 98 en 92 ORF's werd een signaalpeptide splitsingsplaats gedetecteerd, waaruit blijkt voorspelde uitgescheiden eiwitten van HS1 respectievelijk T en HS5. Het TMHMM programma voorspelde 210 en 206 eiwitten met ten minste één transmembraan helix voor HS1 respectievelijk T en HS5. De volgorde fractie identiek voor HS1 T en HS5 is voortaan samen omschreven als de "H. suis
genoom".
Genen een rol spelen in de maag kolonisatie en persistentie
Homologen van H. pylori
genen betrokken bij acclimatisering zuur, chemotaxis, adhesie aan maagepitheelcellen, oxidatieve stress resistentie (tabel 1) en motiliteit werden gedetecteerd in de H. suis
genoom. Deze laatste werden geïdentificeerd als flagellaire biosysteem gelijk aan die van H. pylori
[27]. Bovendien H. suis
bevat fibrinonectin /fibrinogeen bindend eiwit coderende gen, maar het corresponderende eiwit mist een transmembraan helix of signaalpeptide splitsingsplaats volgens de eerder genoemde bioinformatica. Homologen coderen voor CMP-N-acetylneuraminezuur synthetase (NEUA) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), siaalzuur synthase (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478) en UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) waren waargenomen als well.Table 1 genen geassocieerd met pH homeostase, chemotaxis, adhesie aan epitheliale cellen en oxidatieve stress resistentie in het genoom van H. suis
type stam 1 (HS1T) en H. suis stam
5 (HS5 ).
Group
Gen ontdekt in HS1T
Gen ontdekt in HS5
Beschrijving van homologe
percentage van sequentie-lijn (waarvan% geconserveerd) met beschreven homolog1
pH homeostase
HSUHS1_0708
HSUHS5_0286
urease subunit alfa (ureum
) van H. heilmannii Gids 100 (94)
HSUHS1_0707
HSUHS5_0285
urease subunit beta (ureB
) van H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0706
HSUHS5_0284
urease transporter (urei
) van H. felis
100 (89)
HSUHS1_0705
HSUHS5_0283
urease accessoire eiwit (ureE
) van H . bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0704
HSUHS5_0282
urease accessoire eiwit (uref
) van H. bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0702
HSUHS5_0280
urease accessoire eiwit (ureH
) van H. bizzozeronnii
96 (84)
HSUHS1_0703
HSUHS5_0281
urease accessoire eiwit (UReg
) van H. bizzozeronnii
100 (95)
HSUHS1_0133
HSUHS5_0547
hydrogenase expressie /vorming van eiwit (Hypa
) van H. pylori
98 (83)
HSUHS1_0615
HSUHS5_0817
hydrogenase expressie /vorming van eiwit (hypB
) van H. pylori
99 (91)
HSUHS1_0616
HSUHS5_0816
hydrogenase expressie /de vorming van eiwitten (hypC
) van H. pylori
98 (89)
HSUHS1_0617
HSUHS5_0815
hydrogenase expressie /vorming van eiwit (hypd
) van H. achinonychis

98 (80)
HSUHS1_0081
HSUHS5_1197
l-asparaginase II (ansB
) van H. pylori
98 (64)
HSUHS1_0230
HSUHS5_1130
Arginase (rocF
) van H. pylori
99 (75)
HSUHS1_0888
HSUHS5_0231
acylamide amidohydrolase (AMIE
) van H. pylori

100 (93)
HSUHS1_0680
HSUHS5_0265
Formamidase (AMIF
) van H. pylori
100 (98)
HSUHS1_0161
HSUHS5_1077
α-Koolzuuranhydrase van H. pylori
92 (69)
HSUHS1_0391
HSUHS5_0874
aspartase (aspA
) van H. acinonychis
100 (89 )
chemotaxis
HSUHS1_1004
HSUHS5_0649
Chea-MCP interactie modulator van H. pylori
99 (79)
HSUHS1_1003
- bifunctionele chemotaxis eiwit ( Chef-kok
) van H. pylori
82 (86)
HSUHS1_1002
HSUHS5_0775
-purine binding chemotaxis Portein (Chew
) van H. pylori

98 (91)
HSUHS1_0538
HSUHS5_0706
Chemotaxis eiwit (chev
) van H. pylori
100 (92)
HSUHS1_0846
HSUHS5_0081
Vermeende chemotaxis eiwit van H. pylori
100 (79)
HSUHS1_0299
HSUHS5_0250
chemotaxis eiwit (Chey
) van H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001
HSUHS5_0774
Methyl-aanvaarding van chemotaxis eiwit (tlpA
) van H. pylori
100 (60)
HSUHS1_0286
HSUHS5_0256
Methyl-aanvaarding van chemotaxis eiwit (tlpB
) van H. pylori
98 (63)
HSUHS1_0479
HSUHS5_0476
Methyl- aanvaarden van chemotaxis eiwit van H. acinonychis
100 (66 )
HSUHS1_0196
HSUHS5_0122
Methyl- aanvaarden van chemotaxis eiwit van Campylobacter Upsaliensis 2
99 (53)
HSUHS1_0141
HSUHS5_0641
Methyl- aanvaarden van chemotaxis eiwit van Campylobacter foetus subsp. foetus 2
99 (64)
HSUHS1_0763
- Methyl- aanvaarden van chemotaxis eiwit van Methylibium petroleiphilum verhuur 2
83 (52)
HSUHS1_0944
HSUHS5_0990
Methyl-aanvaarding van chemotaxis zintuiglijke transducer Marinomonas sp. 2
57 (59)
Adhesie
HSUHS1_0666
HSUHS5_1053
Outer membraaneiwit (Horb
) van H. pylori
100 (63)
HSUHS1_0354
HSUHS5_0398
Neuraminyllactose-bindend hemagglutinine (HPAA)
van H. acinonychis
94 (77)
oxidatieve stress weerstand
HSUHS1_1147
HSUHS5_0608
Catalase (kata
) van H. acinonychis
95 (82)
HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
mismatch repair ATPase (mutS
) van H. hepaticus
99 (60)
HSUHS1_0163
HSUHS5_0495
superoxide dismutase (sodB
) van H. pylori
100 (90)
HSUHS1_1186
HSUHS5_0005
Bacterioferritin co-trekkende eiwit van H. hepaticus
99 (72)
HSUHS1_0683
HSUHS5_0262
NAD (P) H chinon reductase (mdaB
) van Campylobacter fetus subsp. foetus
97 (68)
HSUHS1_0689
HSUHS5_0268
Peroxiredoxin van H. pylori
3
100 (92)
1 Voortvloeiend uit-tblastn gebaseerde cross-mapping van de H. pylori
proteoom aan de H. suis
HS1T en HS5 genomen en-blastp gebaseerde ab initio
analyses van de vertaalde H. suis
HS1T en HS5 ORF tegen de Uniprot-KB universele eiwitdatabase. Verschillen tussen HS1T en HS5 homologen ≤ 1%.
2 Ontbreekt aan andere Helicobacter
genomen verkrijgbaar bij GenBank.
3 leden van de 2-Cys peroxiredoxin superfamilie.
Genen die coderen voor vermoedelijke buitenste membraaneiwitten (OMP ) ten opzichte van H. pylori
OMP's worden gepresenteerd in Tabel 1 Aanvullende bestandsinformatie S1. Genen die coderen voor de leden van de grote H. pylori
OMP gezinnen (Hop, Hor, Hof eiwitten, ijzer gereguleerd en effluxpomp OMP) kan worden gebracht met de H. pylori
genoom. Beide H. suis
stammen bevatten het hof
genen Hofa
, C
, E
, F
, de hop
genen Hope
, G-2
en H
, en de hor
genen Horb
, C
, D
en J
. Daarnaast HS1 T bevat homologen van de hopW
eiwit precursor en Hore
, terwijl HS5 bezit extra homologen van Hora
, Horf
en Hörl
. Geen leden van de Helicobacter
buitenste membraan (hom
) familie werden ontdekt in H. suis
. Naast de grote H. pylori
OMP familie eiwitten, de H. suis
genoom bevat een aantal voorspelde OMP op basis van hun N-terminale patroon van afwisselende hydrofobe aminozuren vergelijkbaar met Porins, omvat omp29
voor HS1 T en omp11
en omp29
voor HS5. Een 491 aminozuren-membraan geassocieerde homoloog van de virulentie factor MviN, in lijn voor 92% met de MviN homoloog van H. acinonychis
(Hac_1250), was ook aanwezig in H. suis
.
Type IV secretie systemen in H. suis
van de H. pylori
type IV secretie systemen (T4SS), slechts twee leden van de CAG
pathogeniteit eiland (CAG
PAI) werden geïdentificeerd in de H . suis
genoom (cag23 /E Kopen en cagX
). De meeste leden van de kam
transport apparaten waren aanwezig. Deze omvatten comB2
, B3
, B6
, B8 Kopen en een aantal extra genen niet zo kam
ingedeeld: recA
, komen
, Coml
dpra
. H. suis
bezit genen die coderen voor VirB- en virD-type ATPasen (virB4
, B8
, B9
, B10
, B11
en VirD2
, D4
), alle aangewezen leden van de H. pylori
type IV secretie systeem 3 (tfs3
). De HS1 T en HS5 T4SS zijn weergegeven in tabel 2 2.Table H. suis
stam 1 (HS1T) en stam 5 (HS5) homologen van H. pylori en overig Helicobacter sp
. type IV secretie systeem genen.
Homoloog
Gen ontdekt in HS1T
Gen ontdekt in HS5

Beschrijving van corresponderende eiwit
percentage van sequentie-fractie in lijn (waarvan% geconserveerd) met Helicobacter homolog1
CAG pathogeniteit eiland
cag23 Twitter /E
van H. pylori
HSUHS1_0731
HSUHS5_1234
DNA transfer protein
81 (42)
cagX
van H. pylori
HSUHS1_0964
HSUHS5_0688
Echtelijke plasmide transfer protein
92 (71)
kam systeem
comB2
van H. acinonychis
HSUHS1_1181
HSUHS5_0010
comB2 eiwit
96 (64)
comB3
van H. acinonychis
HSUHS1_1182
HSUHS5_0009
ComB3 competentie eiwit
95 (77)
comB6
van H. pylori

HSUHS1_0337
- NADH-ubiquinone oxidoreductase
70 (85)
comB8
van H. pylori
HSUHS1_0747
Overlap met virB8
comB8 competentie eiwit
93 (66)
STORING
van H. pylori
HSUHS1_0755
HSUHS5_0054
TRBL eiwit
99 (77)
komen
van H. acinonychis
HSUHS1_0314
HSUHS5_0381
Competence locus E
94 (55)
Coml
van H. pylori
HSUHS1_0722
HSUHS5_0300
Competence eiwit
99 (84)
dpra
van H. acinonychis
HSUHS1_0096
HSUHS5_0824
DNA processing eiwit
99 (70)
recA
van H. hepaticus
HSUHS1_0672
HSUHS5_1058
Recombinase A
97 (84)
Virb -homologs
virB4
van H. pylori

HSUHS1_0960
HSUHS5_0692
DNA transfer protein
98 (68)
virB8
van H. pylori
HSUHS1_0963
HSUHS5_0689
DNA-transfer eiwit
91 (61)
virB9
van H. cetorum
HSUHS1_0319
- VirB9 eiwit
76 (69)
virB10
H. cetorum
HSUHS1_0320
- VirB10 eiwit
90 (77)
vermeende virB9
van H. pylori
-
HSUHS5_0372
vermeende VirB9 eiwit
100 (86)
vermeende virB10
van H. pylori
-
HSUHS5_0371
vermeende VirB10 eiwit
97 (87)
virB11
van H. pylori
HSUHS1_0750
HSUHS5_0368
virB11 eiwit
100 (98)
virB11
van H. cetorum
HSUHS1_0965
- VirB11 eiwit
95 (71)
virB11
-achtige van H. pylori
(HPSH_04565) -
HSUHS5_0686
VirB11-achtig eiwit
98 (72)
virB11
-achtige van H. pylori
(HPSH_07250)
HSUHS1_0036
HSUHS5_0600
Type IV ATPase
100 (75)
virD - homologen
VirD2
van H. cetorum
HSUHS1_0752
HSUHS5_0414
VirD2 eiwit (relaxase)
100 (90)
virD4
van H. pylori
HSUHS1_0870
HSUHS5_0257
VirD4 eiwit (vervoeging eiwit)
82 (78)
1 Voortvloeiend uit-tblastn gebaseerde cross-mapping van de H. pylori
proteoom aan de H. suis
HS1T en HS5 genomen en blastp-gebaseerde ab initio
analyses van de vertaalde H. suis
HS1T en HS5 ORF tegen de Uniprot-KB universele eiwit database. Verschillen tussen HS1T en HS5 homologen ≤ 1%.
Genen mogelijk betrokken zijn bij de inductie van maaglesies
Homologen van H. pylori
genen die betrokken zijn bij de inductie van de maag laesies in de H. suis
genoom samengevat in Tabel 3. homologie zoekopdrachten met de H. pylori
vacuolating cytotoxine A gen (Vaca
) geïdentificeerd HSUHS1_0989 in HS1 T. Het overeenkomstige eiwit, wat uitzonderlijk doordat het een van de langste in de wereld van prokaryoten, bezit drie kleine geconserveerde gebieden VacA (residuen 490-545, 941-995 en 1043-1351), gevolgd door een autotransporter gebied (residuen 2730-2983). De aminozuursequentie van de HS5 homoloog (HSUHS5_0761) worden aangepast voor 22% met de H. pylori stam
HPAG1 sequentie en heeft slechts één geconserveerde gebied VacA (residuen 242-298), gevolgd door een autotransporter gebied (1258 -1510). In beide VACA
homologen, werd geen signaal sequentie bepaald. Daarnaast werd een maagzweren geassocieerd adenine-specifieke DNA methyltransferase (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) coderende sequentie werd geïdentificeerd, terwijl een moleculaire homoloog van de zweer bijbehorende restrictie endonuclease (ICEA
) niet kon worden ontdekt in H. suis
. H. suis
bevat homologen van pgbA Kopen en pgbB
encoding-plasminogeen bindende eiwitten, hoewel beide ontbreekt een transmembraan helix of signaalpeptide splitsingsplaats volgens de eerder genoemde bioinformatica. H. suis
herbergt homologen van de genen die coderen voor de H. pylori
-neutrofiel activerend eiwit (HP-NAPA) en γ-glutamyltranspeptidase (HP-GGT). Homologen die coderen voor de H. pylori
flavodoxine fldA Kopen en het pyruvaat-oxidoreductase complex (POR) leden porA
, porB
, Porc
en Pord
werden ook geïdentificeerd in H. suis
.table 3 Homologen van H. pylori
genen die betrokken zijn bij de inductie van de maag laesies in de H. suis
type stam 1 (HS1T) en stam 5 (HS5) genoom.
Gen ontdekt in HS1T
Gene in HS5 gedetecteerd
Gene naam
Protein annotatie /functie in H. pylori
Sequence fractie HS1T /HS5 uitgelijnd met H. pylori homoloog (%) 1
Aligned volgorde fractie HS1T /HS5 geconserveerd met H. pylori homoloog (%) 1

Referenties
HSUHS1_0989
HSUHS5_0761
Vaca
vacuolating cytotoxine A: gastheercel vacuolatie, apoptose-inducerende, immunosuppressieve
63/22
45/72
[46]
HSUHS1_0265
HSUHS5_0449
GGT
γ-glutamyltranspeptidase: apoptose-inducerende, immunosuppressieve
99/99
86/86
[ ,,,0],48, 49, 64]
HSUHS1_1177
HSUHS5_0014
NAPA
neutrofiel activerend eiwit A: pro-inflammatoire
99/99
83/83
[50, 51 ]
HSUHS1_1067
HSUHS5_1177
fldA
Electron acceptor van het pyruvaat oxidoreductase enzym complex, in verband met de maag MALT lymfoom bij mensen
96/98
84/83
[55, 56]
HSUHS1_0403
HSUHS5_0887
pgbA
plasminogeen-bindend eiwit
60/60
72/72
[53, 54]
HSUHS1_1192
HSUHS5_0523
pgbB
plasminogeen-bindend eiwit
70/70
72/72
[53, 54]
1Resulting uit-tblastn gebaseerde cross-mapping van de H. pylori
proteoom aan de H. suis
HS1T en HS5 genomen.
Discussie
Genen die mogelijk betrokken in de maag kolonisatie en doorzettingsvermogen
de resultaten van dit onderzoek tonen aan dat een aantal H . pylori
genen die betrokken zijn in zure acclimatisering, chemotaxis en beweeglijkheid, hebben tegenhangers in de H. suis
genoom. Deze genen zijn absoluut noodzakelijk voor kolonisatie van het menselijke maagslijmvlies [27-32] is.
Verschillende OMP coderende sequenties werden geïdentificeerd door vergelijkende analyse met H. pylori en overig bacteriesoorten. H. suis
bevat een aantal soortgelijke leden van de belangrijkste OMP families in H. pylori
[33] beschreven. Sommige van deze OMP's werden beschreven als zijnde betrokken bij adhesie van H. pylori
aan het maagslijmvlies, die algemeen wordt aangenomen dat een belangrijke rol in de eerste kolonisatie en langdurige persistentie spelen in de menselijke maag. Deze omvatten de maag epitheelcel adhesine HORB [34] en de oppervlakte lipoproteïne, H. pylori
adhesine A (HPAA). HPAA, ook geannoteerd als neuraminyllactose-bindende hemagglutinine, wordt uitsluitend in Helicobacter Kopen en bindt aan siaalzuur-rijke macromoleculen aanwezig op de maag epitheel [35]. Aan de andere kant, H. suis
ontbreekt homologen van verschillende andere H. pylori
adhesie factoren, waaronder genen die coderen voor de bloedgroep antigeen-bindende adhesinen Baba
(Hop
) en Babb
(hopT
), de siaalzuur bindende adhesinen Saba
(Hopp
) en SABB
(Hopo
), en het naleven geassocieerde lipoproteïnen Alpa
(hopC
) en Alpb
(hopB
) [36].
H. suis
bevat een fibrinonectin /fibrinogeen-bindend eiwit-coderende gen, dat zijn deelname aan gewonde maag weefsel kan verbeteren. Schade aan epitheelcellen te hosten kan inderdaad fibronectine en andere extracellulaire matrix componenten bloot te leggen. Sterke homologie werd gevonden met fibronectine-bindende eiwitten van H. felis
(YP_004072974), H. canadensis
(ZP_048703091) en Wolinella succinogenes
(NP_907753). Voor zover wij weten, is er geen precieze functie gegeven aan deze eiwitten in deze soorten. In Campylobacter jejuni
echter fibronectine-bindende eiwitten en CadF FlpA is aangetoond dat betrokken is bij hechting aan en /of invasie van darmepitheelcellen gastheer [37, 38]. Volgens de bioinformatica instrumenten die hier gebruikt, de H. suis
-fibronectine bindend eiwit mist een transmembraan helix of signaalpeptidase splitsingsplaats, wat aangeeft dat het niet aan het oppervlak blootgestelde of uitgescheiden. Zijn echte rol in de kolonisatie blijft daarom worden opgehelderd.
Drie genen die betrokken zijn bij siaalzuur biosynthese (Neua
, neuB
en wecB
) werden geannoteerd in de H. suis
genoom, aangeeft dat deze bacterie het oppervlak kan versieren met siaalzuur. De aanwezigheid van oppervlakte- sialylering is uitgebreid bestudeerd in pathogene bacteriën, waar zij een bijdrage te vermijden dat het complement gastheer afweersysteem [39].
Bovendien H. suis
bezit genen die coderen voor enzymen betrokken bij oxidatieve stress resistentie ( NAPA
, sodB
, Kata
, mutS
, mdaB
en peroxiredoxin coderende sequentie). Dit geeft aan dat H. suis
kan een afweermechanisme tegen de gastheer ontstekingsrespons haven, voor het vermogen van chronische gastrische kolonisatie door deze bacterie [40].
Type IV secretie systemen H. suis

Twee gedeeltelijke T4SS werden voorspeld in de H. suis
genoom, namelijk de kam
cluster en het tfs3
systeem. De H. suis kam
systeem waarschijnlijk een rol bij genetische transformatie speelt [41, 42]. Transformatie van DNA kan verantwoordelijk zijn voor de hoge mate van diversiteit van H. suis
stammen zijn bijvoorbeeld recentelijk aangetoond door multilocus sequentie typen beschikbare H. suis
stammen [43]. De rol van de H. pylori tfs3
secretie systeem pathogenese is niet precies bekend. Zeven genen van de tfs3
cluster zijn homologen van de genen die betrokken zijn bij type IV secretie: virB4
, virB11
en virD4
code voor ATPasen welke substraten te verplaatsen naar en door de porie. Dit laatste wordt gecodeerd door transmembraan porie genen virB7
, virB8
, virB9
en virB10
[44]. Al deze genen, behalve virB7
werden geïdentificeerd in H. suis
, wat aangeeft dat de H. suis tfs3
belangrijk in transmembraan transport van substraten in H. suis
kan zijn. Ondernemingen De H . pylori cag
pathogeniteit eiland (CAG
PAI) regio codeert voor een T4SS waardoor H. pylori
de-cytotoxine geassocieerde antigeen a (CagA) in te voegen in de gastheercel. Dit leidt tot gewijzigde gastheercel structuur, een verhoogde ontstekingsreactie en een hoger risico op maagdarmkanker [45]. Hoewel H. suis
bezit twee leden van de H. pylori cag
PAI (cag23 /E Kopen en cagX
), de meerderheid van genen, waaronder het gen dat codeert voor pathologie veroorzaken eiwit (CagA ) werden niet geïdentificeerd. Dit geeft aan dat HS1 T en HS5 mist een functioneel CAG
eiwit transporter secretie systeem.
Genen mogelijk betrokken zijn bij de inductie van maaglesies
Genomic vergelijking van H. suis hotels met H. pylori
resulteerde in de identificatie van extra genen die mogelijk in verband met virulentie in H. suis
. Een H. suis
homoloog van de H. pylori Vaca
werd ontdekt. VacA is zowel een cytotoxine van de maag-epitheliale cellaag, en een immunomodulerende toxine van H. pylori
[46]. H. pylori
bevat ofwel een functionele of niet-functionele VACA
. De H. suis Vaca
homoloog vertoont geen Vaca
signaalsequentie, wat aangeeft dat het een niet-functionele cytotoxine [47] zou kunnen coderen. In vitro en in vivo studies met een knockout mutant van H. suis VacA
kan de functionaliteit van het VacA
homoloog verduidelijken deze Helicobacter
soort.
Sterke homologie werd gevonden met twee H. pylori
-virulentie-geassocieerde genen namelijk NAPA
, dat codeert voor het HP-NAPA en GGT
, dat codeert voor HP-GGT. De H. pylori
GGT is geïdentificeerd als apoptose inducerende eiwitten [48, 49]. De HP-NAPA eiwit wordt aangeduid als een pro-inflammatoire en immunodominante eiwitten door het stimuleren van de productie van zuurstofradicalen en IL-12 van neutrofielen en het werven van leukocyten in vivo [50, 51]. Bovendien, HP-Napa speelt ook een rol bij de bescherming van H. pylori
van oxidatieve stress door binding vrij ijzer [52]. H. suis
bevat homologen van twee H. pylori
genen die coderen voor plasminogeen bindende eiwitten, pgbA
pgbB
.

• Een bewijskracht redenering gebaseerd model voor de diagnose van lymfekliermetastasen in de maag cancer
• Integratieve rol van transformerende groeifactor-α in de celbescherming mechanismen van maagslijmvlies