sequência do genoma de suis Helicobacter suporta seu papel na sequência pathology

genoma gástrica de Helicobacter suis
suporta seu papel na patologia gástrica da arte abstracta
Helicobacter
(H.
) suis tem sido associada
com gastrite crónica e úlceras da oesophagea pars em porcos, e com gastrite, úlcera péptica e linfoma do tecido linfóide associado à mucosa gástrica em seres humanos. A fim de obter um melhor conhecimento sobre os genes envolvidos na patogenicidade e na adaptação específica ao ambiente gástrico de H. suis
, uma análise do genoma foi realizada de duas estirpes de H. suis
isoladas da mucosa gástrica de suíno . Homólogos de a grande maioria dos genes mostraram ser importantes para a colonização gástrica de a H. pylori
patogénico humano foram detectados no H. suis
genoma. H. suis
codifica várias proteínas da membrana externa putativas, dos quais dois semelhante ao H. pylori
adesinas HpaA e HORB. H. suis
abriga um tipo de sistema de secreção quase completa pente
IV e membros do tipo IV sistema de secreção 3, mas não tem a maioria dos genes presentes na ilha de patogenicidade cag
do H. pylori
. Os homólogos de genes que codificam a proteína
pylori e γ-glutamil transpeptidase de activação de neutrófilos foram identificados em H. H. suis
. H. suis
também possui vários outros genes associados à virulência presumíveis, incluindo homólogos para mviN
, a pylori
Flavodoxina gene H., e um homólogo do H. pylori
vacuolating citotoxina Um gene. Concluiu-se que, apesar de alguns genes que codificam para factores de virulência importantes em H. pylori
, tais como a proteína associada a citotoxina (CagA), não são detectados no H. suis
genoma, homólogos de outros genes associados com colonização e virulência do H. pylori
e outras bactérias estão presentes.
Introdução
Helicobacter
(H.
) suis
é muito exigente, em forma de espiral, Gram-negativas bactéria que requer um meio de cultura a pH 5 bifásico enriquecido com soro fetal de vitela, e uma atmosfera microaeróbia para o crescimento in vitro [1]. H. suis
coloniza o estômago de mais de 60% dos suínos [1, 2]. Embora o papel exacto de H. suis
na doença gástrica em suínos ainda não é claro, que tem sido associada com a gastrite crónica [3, 4] e úlceras da pars oesophagea do estômago [5-7]. Isso pode resultar em significativas perdas econômicas devido à morte súbita, diminuição do consumo de ração e ganho de peso diário reduzida [8]. Observou-se uma redução de cerca de 20 g /dia no ganho de peso em animais infectados experimentalmente com H. suis
, em comparação com os animais de controlo não infectados [9].
distúrbios gástricos bacterianas em seres humanos são causadas principalmente por Helicobacter pylori
[10]. No entanto, não-Helicobacter pylori
helicobacters (NHPh) também têm sido associadas com a doença gástrica humana com uma prevalência variando entre 0,2 e 6% [5]. H. suis
é a espécie NHPh mais frequentes encontrados em seres humanos, onde foi originalmente chamado "H. heilmannii
" tipo 1 [11]. Há fortes indícios de que os porcos podem servir como uma fonte de infecção para os seres humanos [5, 12]. No hospedeiro humano, a H. suis
tem sido associada com a doença úlcera péptica [13], o tecido linfóide associado à mucosa (MALT) gástrica [14] e a gastrite crónica [15]. Em modelos de roedores da doença gástrica humana, a bactéria provoca inflamação grave e lesões linfoma do tipo MALT [16].
Até agora, pouco se sabe sobre a patogênese de infecções
H. suis. Para melhorar a compreensão dos genes que jogam um papel importante na patogenicidade, a colonização gástrica e persistência de H. suis
, foi realizada uma comparação do genoma com o genoma bem investigado H. pylori
. Alguns fatores de virulência pode de fato ser semelhante para ambas as bactérias. Como também pode haver diferenças, ab initio anotações do H. suis
genoma foram realizadas também.
Materiais e métodos
A sequenciação do genoma
A pyrosequencing (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, EUA ensaio) foi aplicada ao genoma da estirpe tipo de H. suis
(HS1 T = LMG 23995 T = DSM 19735 T) e H. suis
estirpe 5 ( HS5), isolado a partir da mucosa gástrica de suíno duas diferentes, de acordo com o método descrito por Baele et ai. [1]. . Sequências filtrados qualidade foram reunidos em contigs usando um Newbler assembler 454 (Roche, Branford, CT, EUA) anotação
Funcional
A fim de maximizar o número de anotações de genes qualidade, duas abordagens diferentes anotando foram seguidos: cruzada mapeamento com três Helicobacter pylori
cepas (26695, Shi470 e G27 com números Acesso NCBI NC_000915, NC_010698 e NC_011333, respectivamente), e ab initio anotação.
Cross-mapeamento anotação
Um BLAST costume [17 ] banco de dados foi criado a partir da HS1 T e HS5 contigs genômicos. O H. pylori
RNAs proteoma e não-codificantes foram alinhadas (programa tblastn da suíte BLAST, e limiar definido para 10 -3) ao H. suis
banco de dados. Para cada BLAST atingiu a seguinte informação adicional foi analisada: 1) (secreção) local de clivagem de péptido de sinal, se presente, tal como avaliado pelo programa SignalP 3.0 [18, 19]; 2) especificações de hélices transmembranares (número, posições inicial e final, topologia presumido no que respeita à membrana citoplasmática), se presente, tal como avaliado pelo programa TMHMM [20]; 3) uma estimativa da força de ligação ao ribossoma de ARNm a região que precede o codão de iniciação mais provável. força de ligação ao ribossoma foi estimada através da aplicação de dois fatos estabelecidos: i) em uma cadeia de mRNA, geralmente dentro de 20 nucleotídeos antes do códon de início real, o complemento reverso de 5 a 7 nucleótidos próximos finais atos do 16S rRNA 3 'como um atrator e posicionador para a pequena subunidade ribossomal; esta região é conhecida como a sequência de Shine-Dalgarno [21, 22]; ii) em bactérias Gram-negativas de uma região rica em AU ARNm de cerca de 16 nucleótidos de comprimento e que precede imediatamente a sequência de Shine-Dalgarno pode também atrair e ribossomas posição para ajudar a iniciar a tradução do produto correcta, biologicamente activa de genes [23, 24]. Para H. suis
, a sequência de Shine-Dalgarno foi determinada como sendo uma subsequência de AGGAGGU (que é o complemento reverso da extremidade 3 'do ARNr 16S), e o mínimo UA-riqueza (equivalente a capacidade de ligação ao ribossoma ) da região anterior foi arbitrariamente definida como 10/16. Para cada ORF teórica uma gama de possíveis códons de início foi marcado; quanto maior for a semelhança com a sequência de Shine-Dalgarno ideal, ou o UA-rico da região anterior, ou melhor uma combinação de ambos, o mais provável é o potencial codão de iniciação deve ser o codão de início real.
Ab initio anotação para
ab initio anotação, grelhas de leitura abertas (ORFs) teóricas foram primeiro determinadas utilizando a ferramenta getorf EMBOSS (com comprimento mínimo ORF definido como 90 nucleótidos, e tendo todos os codões de iniciação alternativos em conta) [25]. Todos os ORFs foram posteriormente traduzido e BLAST (programa BLASTP) foi realizada com um limiar e de 10 -15 contra o banco de dados de proteínas universal UniProt-KB. O algoritmo de generalista getorf rendeu aproximadamente dez vezes uma das ORFs naturais esperados, reduzindo o risco de falsos negativos. A fim de manter a falsa baixa taxa positiva, foram considerados parâmetros extras: 1) alinhamento percentual entre consulta e bateu ORF; 2) porcentagem de similaridade ou de conservação entre as porções alinhadas de consulta e bateu ORF; 3) ribossomo força de ligação (para mais detalhes veja acima). Para determinar a presença de um ou mais domínios conservados uma pesquisa rpsblast (com valores de parâmetros padrão) foi levada a cabo para cada ORF teórico contra o banco de dados de domínio conservado compilado que detém alinhamentos domínio de proteína a partir de várias outras fontes de dados [26].
resultados
características gerais do H. suis
genoma
no HS1 T genoma um total de 1 635 292 pares de base e no genoma HS5 1 669 960 bp foram sequenciados, ambos com uma média teor de GC de 40%. Em contraste com H. pylori
, foi detectada apenas uma cópia de ambos os genes 16S e 23S, mas como H. pylori
, H. suis
tem três cópias do gene 5S rRNA. Foram identificados Trinta e oito RNAs de transferência. No seu conjunto, a partir de 1266 ORFs HS1 1257 T e de HS5 foram detectados, dos quais 194 e 191, respectivamente codificados proteínas hipotéticas. Em 98 e 92 ORFs um local de clivagem de péptido de sinal foi detectado, demonstrando proteínas secretadas previstos de HS1 T e HS5, respectivamente. O programa TMHMM previu 210 e 206 proteínas com pelo menos uma hélice transmembranar para HS1 T e HS5, respectivamente. A fração sequência idêntica para HS1 T e HS5 é doravante descritos juntamente como a "H. suis
genoma".
Genes possivelmente envolvidos na colonização gástrica e persistência
homólogos de H. pylori
genes envolvidos na aclimatação ácido, quimiotaxia, adesão a células epiteliais gástricas, resistência ao estresse oxidativo (Tabela 1), e motilidade foram detectados no H. suis
genoma. Esta última foi identificada como um Biosystem flagelar semelhante ao de H. pylori
[27]. Além disso, H. suis
contém um /proteína de ligação de fibrinogénio fibrinonectin de codificação do gene, mas a proteína correspondente carece de um sítio de clivagem de hélice transmembranar ou péptido de sinal de acordo com as ferramentas da bioinformática mencionados anteriormente. Os homólogos que codificam para sintetase de ácido CMP-N-acetilneuramínico (neua) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), ácido siálico sintase (NeuB) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478), e UDP-N-acetilglucosamina-2-epimerase (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) eram observado como well.Table 1 Genes associados à homeostase pH, quimiotaxia, adesão às células epiteliais, e oxidativa resistência ao estresse no genoma de H. suis
estirpe tipo 1 (HS1T) e H. suis
estirpe 5 (HS5 ).
Grupo
Gene detectado em HS1T
Gene detectado em HS5
Descrição do homólogo
Percentagem de sequência alinhada (dos quais% conservada) com homolog1
pH homeostase
HSUHS1_0708
HSUHS5_0286
alfa subunidade de urease descrito (uréia
) de H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0707
HSUHS5_0285
urease subunidade beta (ureB
) de H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0706
HSUHS5_0284
transportador de urease (Urei
) de H. felis
100 (89)
HSUHS1_0705
HSUHS5_0283
urease proteína acessória (urée
) de H . bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0704
HSUHS5_0282
urease proteína acessória (UREF
) de H. bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0702
HSUHS5_0280
proteína urease acessório (ureH
) de H. bizzozeronnii
96 (84)
HSUHS1_0703
HSUHS5_0281
urease proteína acessória (ureG
) de H. bizzozeronnii
100 (95)
HSUHS1_0133
HSUHS5_0547
expressão Hidrogenase /proteína formação (Hypa
) do H. pylori
98 (83)
HSUHS1_0615
HSUHS5_0817
Hidrogenase expressão /proteína formação (HYPB
) do H. pylori
99 (91)
HSUHS1_0616
HSUHS5_0816
expressão Hidrogenase /proteína de formação (hypC
) do H. pylori
98 (89)
HSUHS1_0617
HSUHS5_0815
Hidrogenase expressão /proteína formação (hypD
) de H. achinonychis

98 (80)
HSUHS1_0081
HSUHS5_1197
L-asparaginase II (ansB
) do H. pylori
98 (64)
HSUHS1_0230
HSUHS5_1130
Arginase (rocF
) do H. pylori
99 (75)
HSUHS1_0888
HSUHS5_0231
acilamida amidohidrolase (Amie
) do H. pylori

100 (93)
HSUHS1_0680
HSUHS5_0265
formamidase (AMIF
) do H. pylori
100 (98)
HSUHS1_0161
HSUHS5_1077
anidrase carbônica α-de H. pylori
92 (69)
HSUHS1_0391
HSUHS5_0874
aspartase (Aspa
) de H. acinonychis
100 (89 )
quimiotaxia
HSUHS1_1004
HSUHS5_0649
Chea-MCP interação modulador da H. pylori
99 (79)
HSUHS1_1003
- bifuncional proteína quimiotaxia ( Chef
) do H. pylori
82 (86)
HSUHS1_1002
HSUHS5_0775
quimiotaxia de ligação purina Portein (mastigar
) do H. pylori

98 (91) proteína
HSUHS1_0538
HSUHS5_0706
Quimiotaxia (Chev
) do H. pylori
100 (92)
HSUHS1_0846
HSUHS5_0081
putativo proteína quimiotaxia de H. pylori
100 (79) proteína
HSUHS1_0299
HSUHS5_0250
quimiotaxia (Chey
) do H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001
HSUHS5_0774
metil-aceitando proteína quimiotaxia (tlpA
) do H. pylori
100 (60)
HSUHS1_0286
HSUHS5_0256
quimiotaxia metil-aceitando proteínas (TLPB
) do H. pylori
98 (63)
HSUHS1_0479
HSUHS5_0476
Metil aceitar proteína quimiotaxia de H. acinonychis
100 (66 )
HSUHS1_0196
HSUHS5_0122
Metil aceitar proteína quimiotaxia de Campylobacter upsaliensis Página 2
99 (53)
HSUHS1_0141
HSUHS5_0641
Metil aceitar proteína quimiotaxia de Campylobacter fetus subsp. proteína
Metil aceitando quimiotaxia de Methylibium petroleiphilum Página 2
83 (52)
HSUHS1_0944 <- feto Página 2
99 (64)
HSUHS1_0763
br> HSUHS5_0990
metil-aceitando quimiotaxia transdutor sensorial Marinomonas sp. Página 2
57 (59)
Adesão
HSUHS1_0666
HSUHS5_1053
proteína da membrana externa (Horb
) do H. pylori
100 (63) hemaglutinina
HSUHS1_0354
HSUHS5_0398
Neuraminyllactose de ligação (HPA)
de H. acinonychis
94 (77)
resistência ao estresse oxidativo
HSUHS1_1147
HSUHS5_0608
catalase (Kata
) de H. acinonychis
95 (82)
HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
incompatibilidade de reparação ATPase (mutS
) de H. hepaticus
99 (60)
HSUHS1_0163
HSUHS5_0495
superóxido dismutase (sodB
) do H. pylori
100 (90)
HSUHS1_1186
HSUHS5_0005
bacterioferritina co-migratória proteína de H. hepaticus
99 (72)
HSUHS1_0683
HSUHS5_0262
NAD (P) H quinona redutase (mdaB
) de Campylobacter fetus subsp. feto
97 (68)
HSUHS1_0689
HSUHS5_0268
Peroxirredoxina de H. pylori Sims 3
100 (92)
1 Resultante de cross-mapeamento baseado em tblastn do proteoma do H. pylori
a H. suis
genomas HS1T e HS5 e ab-initio baseado BLASTP
análises da H. suis traduzido
HS1T e HS5 ORF contra a UniProt-KB universal banco de dados de proteínas. As diferenças entre HS1T e HS5 homólogos ≤ 1%. Página 2 Falta de outros Helicobacter
genomas disponíveis no GenBank. Sims 3 Membro da 2-Cys peroxiredoxin superfamília.
Genes que codificam proteínas putativas da membrana externa (PMEs ) em relação à de H. pylori
OMPs são apresentados na Tabela 1 arquivo adicional S1. Genes que codificam para os membros da grande H. pylori
famílias OMP (Hop, Hor, proteínas Hof, OMPs de ferro regulado e bomba de efluxo) poderia ser alinhado com o genoma H. ​​pylori
. Tanto H. suis
cepas contêm o Hof
genes Hofa
, C
, E
, F
, o hop
genes esperança
, G-2
e H
, e os genes hor
Horb
, C
, D
e J
. Além disso, HS1 T contém homólogos da hopW
precursor proteína e Hore
, enquanto HS5 possui homólogos adicionais da Hora
, horF
e Hörl
. Nenhum membro do Helicobacter
membrana externa (hom
) família foram detectados em H. suis
. Para além dos principais H. pylori
proteínas da família da OMP, a H. suis
genoma contém alguns OMPs predito com base no seu padrão de N-terminal de alternando aminoácidos hidrofóbicos semelhantes a porinas, englobando OMP29
para HS1 T e omp11 Comprar e omp29 Compra de HS5. A 491 aminoácidos homólogo associada à membrana do fator de virulência MviN, alinhadas para 92% com o homólogo MviN de H. acinonychis
(Hac_1250), também esteve presente no H. suis
. Secreção IV
Tipo sistemas em H. suis
do H. pylori
sistemas de secreção do tipo IV (T4SS), foram identificados apenas dois membros da ilha de patogenicidade cag
(cag
PAI) na H . suis
genoma (cag23 /e
e cagX
). A maioria dos membros do aparelho de transporte o pente
estavam presentes. Estes incluem
comB2, B3
, B6
, B8
e um número de genes adicionais não classificados como pente
: recA
, venha
, CoML Comprar e dprA
. H. suis
possui genes que codificam VirB- e VirD do tipo ATPases (virB4
, B8
, B9
, B10
, B11
e VirD2
, D4
), todos os membros designados da H. pylori
tipo IV sistema de secreção 3 (tfs3
). O HS1 T e HS5 T4SS são apresentados na Tabela 2 2.Table H. suis
estirpe 1 (HS1T) e tensão 5 (HS5) homólogos de H. pylori
e outros Helicobacter sp
. genes do sistema de secreção do tipo IV.
homólogo
Gene detectado em HS1T
Gene detectado em HS5

Descrição de proteína
Percentual da fração sequência alinhada (dos quais% conservada) correspondente com Helicobacter homolog1
cag ilha de patogenicidade
cag23
/E
de H. pylori
HSUHS1_0731
HSUHS5_1234
proteína de transferência de DNA
81 (42)
cagX
do H. pylori
HSUHS1_0964
HSUHS5_0688
Conjugal proteína de transferência de plasmídeo
(71)
sistema de pente 92
comB2
de H. acinonychis
HSUHS1_1181
HSUHS5_0010
ComB2 proteína
96 (64)
comB3
de H. acinonychis
HSUHS1_1182
HSUHS5_0009
ComB3 proteína competência
95 (77)
comB6
de H. pylori

HSUHS1_0337
- NADH-ubiquinona oxidorredutase
70 (85)
comB8
do H. pylori
HSUHS1_0747
sobreposição com virB8
proteína competência comB8
93 (66)
PRBL
do H. pylori
HSUHS1_0755
HSUHS5_0054
proteína PRBL
99 (77)
vêm
de H. acinonychis
HSUHS1_0314
HSUHS5_0381
Competence lócus E
94 (55)
CoML
do H. pylori
HSUHS1_0722
HSUHS5_0300
proteína Competence
99 (84)
dprA
de H. acinonychis
HSUHS1_0096
HSUHS5_0824
proteína processamento de DNA
99 (70)
recA
de H. hepaticus
HSUHS1_0672
HSUHS5_1058
recombinase A
97 (84)
virB -homologs
virB4
do H. pylori
HSUHS1_0960
HSUHS5_0692
proteína de transferência de DNA
98 (68)
virB8
do H. pylori
HSUHS1_0963
HSUHS5_0689
transferência de DNA proteína
91 (61)
VirB9
de H. cetorum
HSUHS1_0319
- VirB9 proteína
76 (69)
virB10
de H. cetorum
HSUHS1_0320
- proteína virB10
90 (77)
putativo VirB9
do H. pylori
-
HSUHS5_0372
proteína putativa VirB9
100 (86)
putativo virB10
do H. pylori
-
HSUHS5_0371
putativo virB10 proteína
97 (87)
virB11
do H. pylori
HSUHS1_0750
HSUHS5_0368
proteína virB11
100 (98)
virB11
de H. cetorum
HSUHS1_0965
- proteína virB11
(71)
virB11
-como do H. pylori
(HPSH_04565)
95 -
HSUHS5_0686
virB11-like proteína
98 (72)
virB11
-como do H. pylori
(HPSH_07250)
HSUHS1_0036
HSUHS5_0600
Tipo IV ATPase
100 (75)
virD - homólogos
VirD2
de H. cetorum
HSUHS1_0752
HSUHS5_0414
proteína VirD2 (relaxase)
100 (90)
VirD4
de H. pylori
HSUHS1_0870
HSUHS5_0257
proteína VirD4 (proteína conjugação)
82 (78)
1 resultante de cross-mapeamento baseado em tblastn do H. pylori
proteoma para a H. suis
genomas HS1T e HS5 e ab initio baseado no BLASTP
análises da H. suis traduzido
HS1T e HS5 ORF contra o banco de dados de proteínas universal UniProt-KB. As diferenças entre HS1T e HS5 homólogos ≤ 1%.
Genes eventualmente envolvidos na indução de lesões gástricas
Homólogos de H. pylori
genes envolvidos na indução de lesões gástricas em H. suis
genoma estão resumidos na Tabela 3. as pesquisas de homologia com a H. pylori
vacuolating citotoxina Um gene (vacA
) identificou HSUHS1_0989 em HS1 T. A proteína correspondente, que é excepcional na medida em que é uma das mais longas do mundo de procariontes, possui três pequenas regiões conservadas Vaca (resíduos 490-545, 941-995 e 1043-1351), seguido por uma região Autotransporter (resíduos 2730-2983). A sequência de aminoácidos do homólogo de HS5 (HSUHS5_0761) pode ser alinhado para 22% com a sequência pylori
HPAG1 estirpe H., e possui apenas uma região conservada de VacA (resíduos 242-298), seguido por uma região Autotransporter (1258 -1510). Em ambos os vacA
homólogos, foi determinada nenhuma sequência de sinal. Além disso, uma metiltransferase associada-úlcera específica de ADN-adenina (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) sequência de codificação foi identificado, enquanto que um homólogo molecular da úlcera associada a endonuclease de restrição (iceA
) não poderia ser descoberta em H. suis
. H. suis
contém homólogos de PGBA Comprar e pgbB
proteínas de ligação do plasminogênio de codificação, embora ambos faltando um local de clivagem hélice transmembrana ou peptídeo sinal de acordo com as ferramentas de bioinformática mencionados anteriormente. H. suis
abriga homólogos de genes que codificam para o H. pylori
proteína de activação de neutrófilos (HP-Napa) e transpeptidase γ-glutamil (HP-GGT). Homólogos que codificam o H. pylori
Flavodoxina fldA
e do complexo piruvato-oxidorredutase (POR) membros porA
, porB
, porc
e pord
também foram identificados em H. suis
.table 3 homólogos de H. pylori
genes envolvidos na indução de lesões gástricas no H. suis
estirpe tipo 1 (HS1T) e tensão 5 (HS5) genoma.
Gene detectado em HS1T
Gene detectado em HS5
do gene
Protein anotação /função em H. pylori
Sequence fração HS1T /HS5 alinhado com H. pylori homólogo (%) 1
alinhado HS1T fração sequência /HS5 conservada com H. pylori homólogo (%) 1 |
Referências
HSUHS1_0989
HSUHS5_0761
vacA
vacuolating cytotoxin A: vacuolização célula hospedeira, a apoptose de indução, imunossupressor
63/22
45/72
[46]
HSUHS1_0265
HSUHS5_0449
GGT
γ-glutamil transpeptidase:-indução de apoptose, imunossupressor
99/99
86/86
[ ,,,0],48, 49, 64]
HSUHS1_1177
HSUHS5_0014
Napa
ativador de neutrófilos proteína A: pró-inflamatória
99/99
83/83
[50, 51 ]
HSUHS1_1067
HSUHS5_1177
fldA
receptor de elétrons do complexo enzima oxidoredutase piruvato, associada com linfoma MALT gástrico em humanos
96/98
84/83
[55, 56]
HSUHS1_0403
HSUHS5_0887
PGBA
proteína Plasminog�io de ligação
60/60
72/72
[53, 54]
HSUHS1_1192
HSUHS5_0523
pgbB
Plasminog�io de ligação às proteínas
70/70
72/72
[53, 54]
1Resulting de cross-mapeamento baseado em tblastn do proteoma do H. pylori
a H. suis
HS1T e HS5 genomas.
Discussão
Genes possivelmente envolvidos na colonização gástrica e persistência
os resultados do presente estudo demonstram que vários H . pylori
genes envolvidos em ácido aclimatação, quimiotaxia e motilidade, têm seus pares no H. suis
genoma. Estes genes são conhecidos por serem essenciais para a colonização da mucosa gástrica humana [27-32].
Várias sequências de codificação de OMP foram identificados por análises comparativas com H. pylori outras espécies bacterianas e
. H. suis
contém alguns membros semelhantes das principais famílias OMP descritos em H. pylori
[33]. Alguns destes OMPs têm sido descritas para estar envolvido na adesão de H. pylori
para a mucosa gástrica, a qual é amplamente aceite a desempenhar um papel importante na colonização e persistência a longo prazo inicial no estômago humano. Estes incluem a adesina gástrica células epiteliais Horb [34] ea lipoproteína de superfície, H. pylori
adesina A (HpaA). HpaA, também anotada como hemaglutinina de ligação neuraminyllactose, é encontrado exclusivamente em Helicobacter
e liga-se a macromoléculas rico em ácido siálico presentes no epitélio gástrico [35]. Por outro lado, H. suis
carece de homólogos de vários outros factores de adesão pylori
H., incluindo genes que codificam para o antigénio de grupo sanguíneo de ligação adesinas babA
(lúpulo
) e Babb
(Hopt
), o adesinas sabA
(Hopp
) e SABB
(Hopo
), eo lipoproteínas associadas a adesão Alpa
(hopC
) de ligação de ácido siálico e alpB
(hopB
) [36].
H. suis
contém um gene fibrinonectin /proteína de ligação de fibrinogénio de codificação, o que pode aumentar a sua aderência ao tecido gástrico feridos. Danos em células epiteliais podem acolher fato expor a fibronectina e outros componentes da matriz extracelular. homologia forte foi encontrado com proteínas de ligação de fibronectina de (YP_004072974) H. felis
, H. canadensis
(ZP_048703091) e Wolinella succinogenes
(NP_907753). Para nosso conhecimento, nenhuma função exacta foi dada a estas proteínas nestas espécies. Na Campylobacter jejuni
, no entanto, as proteínas de ligação de fibronectina e CADF FLPA foram mostrados para ser envolvido na adesão e /ou invasão de células epiteliais do intestino do hospedeiro [37, 38]. De acordo com as ferramentas da bioinformática utilizados aqui, a H. suis
proteína de ligação à fibronectina não possui um sítio de clivagem de hélice transmembranar ou peptidase de sinal, que indica que não é secretada ou superfície exposta. Seu real papel na colonização continua, portanto, a ser elucidado.
Três genes envolvidos na biossíntese do ácido siálico (neua
, neuB
e wecB
) foram anotados na H. suis
genoma, indicando que esta bactéria pode decorar sua superfície com ácido siálico. A presença de sialilação superfície tem sido estudado extensivamente em bactérias patogênicas, onde contribui para a evasão do sistema de defesa do complemento de acolhimento [39].
Além disso, H. suis
possui genes que codificam enzimas envolvidas na resistência de estresse oxidativo ( Napa
, sodB
, Kata
, mutS
, mdaB
e peroxiredoxin sequência de codificação). Isso indica que H. suis
pode abrigar um mecanismo de defesa contra a resposta inflamatória do hospedeiro, contribuindo para a capacidade da colonização gástrica crónica por esta bactéria [40].
Tipo sistemas de secreção IV em H. suis

dois T4SS parcial foram previstos no H. suis
genoma, ou seja, o pente
cluster e o sistema tfs3
. O suis pente
sistema H. ​​provavelmente desempenha um papel na transformação genética [41, 42]. Transformação de DNA pode ser responsável pelo elevado grau de diversidade entre H. suis
estirpes como foi recentemente demonstrado pela digitação sequência multilocus de disponíveis H. suis
estirpes [43]. O papel do pylori tfs3
sistema de secreção H. na patogênese não é exatamente conhecido. Sete genes do tfs3
aglomerado são homólogos de genes envolvidos na secreção de tipo IV: virB4
, virB11
, e VirD4
código de ATPases que se movem para substratos e através do poro. Este último é codificada por genes poros transmembranares virB7
, virB8
, VirB9
e virB10
[44]. Todos esses genes, exceto virB7
foram identificados no H. suis
, indicando que a tfs3 H. suis
pode ser importante no transporte transmembranar de substratos em H. suis
.
O H . pylori cag
patogenicidade ilha (CAG
PAI) codifica uma região T4SS permitindo H. pylori
para inserir o associado citotoxina-antigénio a (CagA) na célula hospedeira. Este processo resulta em alteração de estrutura da célula hospedeira, um aumento da resposta inflamatória, e um risco mais elevado para o adenocarcinoma gástrico [45]. Embora H. suis
possui dois membros da H. pylori cag
PAI (cag23 /E
e cagX
), a maioria dos genes, incluindo o gene que codifica para a proteína que causam patologia (CagA ), não foram identificados. Isso indica que HS1 T e HS5 falta um cag funcional
sistema de secreção transportador de proteína.
Genes possivelmente envolvidos na indução de lesões gástricas
comparação do genoma do H. suis
com H. pylori
resultou na identificação de genes adicionais possivelmente associados com a virulência em H. suis
. A H. suis
homólogo do H. pylori vacA
foi detectado. VacA é tanto uma citotoxina da camada celular epitelial gástrica, e uma toxina imunomodulador de H. pylori
[46]. H. pylori
contém um funcional ou não funcional vacA
. A H. suis vacA
exposições homólogos não vacA
sequência de sinal, o que indica que ele pode codificar uma citotoxina não funcional [47]. In vitro e in vivo com um mutante nocaute do H. suis vacA
poderia esclarecer a funcionalidade do vacA
homólogo neste Helicobacter
espécie.
Homologia forte foi encontrado com dois H. pylori
genes associados à virulência ou seja Napa
, que codificam o HP-Napa e GGT
, codificando HP-GGT. A H. pylori
GGT tem sido identificada como uma proteína indutora de apoptose [48, 49]. A proteína HP-NaPA é designado como um pró-inflamatória e imunodominante da proteína, estimulando a produção de radicais de oxigénio e de IL-12 a partir de neutrófilos e recrutamento de leucócitos in vivo [50, 51]. Além disso, a HP-Napa também desempenha um papel na proteção H. pylori
do stress oxidativo através da ligação ferro livre [52]. H. suis
contém homólogos de dois H. pylori
genes que codificam para proteínas de ligação do plasminogênio, PGBA Comprar e pgbB
.

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• papéis integrativos de factor de crescimento transformante-α nos mecanismos de citoprotecção de lesão da mucosa gástrica