Långa icke-kodande RNA uttrycksprofilen i human magcancer och dess kliniska betydelser

Långa icke-kodande RNA uttrycksprofilen i human magcancer och dess kliniska betydelser Bild Sammanfattning
Bakgrund sälja långa icke-kodande RNA (lncRNAs) är prevalently transkriberas i genomet men deras potentiella roller i humana cancrar är inte bra förstått. Syftet med denna studie var att bestämma lncRNA uttrycksprofilen i magcancer och dess potentiella kliniska värde.
Metoder
globala lncRNA uttrycksprofilen i magcancer mättes genom lncRNA microarray. Nivåer två representativa lncRNAs, H19 och uc001lsz, bekräftades genom realtids-omvänt transkriptas-polymeraskedjereaktion. Förhållandet mellan deras nivåer och kliniskt patologiska faktorer hos patienter med magsäckscancer undersöktes. En Receiver Operating Characteristic (ROC) kurva konstruerades för att differentiera magcancer från godartade gastric sjukdomar.
Resultat
Totalt 135 lncRNAs, vilka differentiella uttrycksnivåer mellan tumör och icke-tumörvävnad var mer än dubbelt, konstaterades ( GEO No. GSE47850). De flesta nedregleras lncRNAs i magcancer vävnader var FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 och AK054588; medan de mest reglerade som var H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978 och DB077273. H19 befanns kraftigt uttryckt i magen och levercancercellinjer, medan lågt uttryck i lungcancer och prostatacancercellinjer. Uc001lsz var lågt uttryck i gastric, lung- och levercancercellinjer, medan starkt uttryckt i prostatacancer. De områden under ROC kurvor upp till 0,613, 0,751, och 0,761 för H19, uc001lsz, och kombinationen, respektive.
Slutsatser
lncRNA uttrycksprofilen i magcancer föreslår potentiella roller lncRNAs i magcancer förekomst och utveckling. Överuttryck av H19 i magcancer tyder på att H19 kan deltagit i magcancer. Den reducerade uttryck av uc001lsz i magcancer cellinjer och vävnader, dess associationer med TNM stadium, och dess dysreglering i början av cancer och precancerous lesions tyder på att uc001lsz kan vara en potentiell markör för diagnos av magcancer tidig.
Nyckelord
Magcancer långa icke-kodande RNA Expression profil H19 uc001lsz bakgrund sälja The väl studerade komponenter i det mänskliga genomet är de proteinkodande generna. Emellertid de kodande exonerna av dessa gener utgör endast 1,5% av genomet [1]. Under de senaste åren har det blivit alltmer uppenbart att den icke-protein-kodande del av genomet är av avgörande funktionell betydelse för sjukdomsförekomst [2]. De icke-kodande RNA (ncRNAs) karakterisera som tre typer, med långa ncRNAs, medelstora ncRNAs och kort ncRNAs [1]. Även om de flesta studier på ncRNAs är inriktade på kort ncRNAs, såsom mikroRNA (miRNA) är långa icke-kodande RNA (lncRNAs) snabbt få en framträdande plats nyligen.
LncRNAs är större än 200 nukleotider i längd [3]. De har dykt upp nyligen som viktiga aktörer i styr grundläggande biologiska processer. Onormalt uttryck av lncRNAs har associerats med cancer [3]. Till exempel, Differential återgivningskod 3 (DD3 <sup>PCA3), en prostataspecifik lncRNA, förefaller vara en markör för tidig diagnos av prostatacancer [4]. Ännu viktigare, kan DD3 PCA3 detekteras i urin från patienter med prostatacancer [5]. Även Metastas tillhörande lungadenokarcinom transkript 1 (målat-1) är först hittade onormal uttryckt i metastaserande icke-småcellig lungcancer [6], är det upp-regleras i hepatokarcinom, bröstcancer, pankreascancer, kolorektal cancer och prostatacancer [7]. Målat-1 är inte bara en potentiell diagnostisk markör, men också en potentiell prognostisk markör [8]. HOX avskrift antisens-RNA (Hotair) är associerad med bröstcancer och tjocktarmscancer [9, 10]. H19, en annan berömd lncRNA är ofta inblandade i barn och vuxna tumörer [11].
Gastric cancer är fortfarande en av de vanligaste dödsorsakerna i världen [12]. Men traditionella strategier som bygger på radikal kirurgi för behandling av magsäckscancer är ännu inte tillfredsställande. Därför avslöjar av mekanismerna i förekomst och utveckling av magcancer är att locka ökad uppmärksamhet inom cancerforskningen.
Eftersom den globala lncRNA expressionsprofil i magcancer inte är helt avtäckt, i föreliggande studie, vi utforskade lncRNA uttrycksprofilen i magcancer. Då förhållandet mellan avvikande uttryckt-lncRNAs och kliniskt patologiska faktorer hos patienter med magsäckscancer undersöktes. Våra data ger kandidat diagnostiska biomarkörer för magcancer.
Metoder
Patienter och prover sälja cancer patienter Gastric "vävnader, inklusive magcancer vävnader, precancerösa lesioner och motsvarande angränsande icke-tumörvävnad omedelbart bevarade i RNA fixer ( Bioteke, Beijing, Kina) efter avlägsnande från kroppen och lagrades vid -80 ° C fram till användning. Vävnadsprover erhölls från kirurgiska eller biopsiprover från februari 2011 till juni 2012 kl tre cancercentra, Yinzhou folksjukhus, Ningbo nr 1 sjukhus och Anslutna sjukhuset i Ningbo University School of Medicine, Kina. Informerat samtycke togs från alla patienter. Den mänskliga forsknings etiska kommittén i Ningbo University godkänt alla aspekter av denna studie. Tumörer iscensatt enligt tumör nod-metastas (TNM) stadieindelning systemet av den internationella unionen mot cancer (5 : e upplagan). Histologisk kvalitet bedömdes efter National Comprehensive Cancer Network (NCCN) klinisk praxis riktlinje för onkologi (V.1.2011). De icke-tumörvävnader var 5 cm från kanten av tumören och det fanns inga uppenbara tumörceller, som utvärderas av en patolog. Det fanns ingen radioterapi, kemoterapi, målinriktad terapi eller dendritisk cell /Cytokine-induced killer (DC /CIK) terapi före den övre gastrointestinala endoskopi undersökning eller operation.
Total RNA preparatet
Totalt RNA isolerades med användning av Trizol-reagens ( Invitrogen, Karlsruhe, Tyskland) enligt tillverkarens instruktioner [13].
LncRNA microarray analys
Tre parade biopsiprover erhölls från patienter (55 y och manliga, 76 y och manliga, och 88 y och kvinnliga) med dåligt eller dåligt och måttligt differentierad magcancer. Human lncRNA mikromatris tillverkades i NimbleGen Hybridisering System (Arraystar, Rockville, MD). Mer än 23 000 lncRNAs samlades in från de auktoritativa datakällor, inklusive National Center for Biotechnology Information (NCBI) RefSeq, University of California, Santa Cruz (UCSC), lncRNAs från litteraturen och Ultra bevarade regioner (UCRS) [14]. Data extraherades och normaliserades med användning av NimbleScan v2.5 programvara (Roche NimbleGen, Madison, WI). Ytterligare Dataanalys utfördes med hjälp av Agilent GeneSpring GX 11,5 programvara (Agilent Technologies, Santa Clara, CA).
Cellodlings
Human gastrisk epitelceller linje (GES-1), magsäckscancer cellinjer (AGS, MGC-803 och SGC-7901), lever normal cellinje (HL-7702), levercancer cellinjer (HepG2 och SMMC-7721), fetal lunga fibroblastcellinjen (HELF), lungcancer-cellinje (A549), prostata epitelceller linje (RWPE-1) och prostata cancercellinjer (Du-145 och PC-3) erhölls från Shanghai Institute of biokemi och cellbiologi, Chinese Academy of Sciences (Shanghai, Kina). Celler odlades i odlingsflaskor vid 37 ° C i en fuktad atmosfär av 5% CO <sub>2 [15].
QRT-PCR-detektion av H19 och uc001lsz
realtid kvantitativ omvänd transkription-polymeraskedjereaktion (QRT-PCR) är den gyllene standarden för dataverifiering. Att kontrollera resultaten av lncRNA microarray, cDNA genereras med hjälp av GoScript omvänd transkription (RT) System (Promega, Madison, WI). Kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR) uppnåddes genom att använda GoTaq qPCR Master Mix (Promega, Madison, WI) på en Mx3005P realtids-PCR System (Stratagene, La Jolla, CA). Sekvenserna för de PCR-primrar för H19, uc001lsz, och β-aktin var följande: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(sens) och 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (antisens) för H19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(sens) och 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (antisens) för uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(sens) och 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (antisens) för β-aktin. Data analyserades med AC
t metod [16, 17]. Alla resultat uttrycktes som medelvärden ± SD för tre oberoende experiment.
Kloning och sekvensering av QRT-PCR-produkter sälja The QRT-PCR-produkter av lncRNA först renats med användning av en UNIQ-10 PCR-produkten Purification Kit och sedan klenade in i PUCM-T-vektor (Sangon Biotech, Shanghai, Kina) genom att följa tillverkarens instruktioner. Därefter tillsattes DNA-sekvensering utfördes genom Sangon Biotech Co., Ltd.
Serologisk tumörmarköranalys
Serum karcinoembryonalt antigen (CEA) och kolhydratantigen 19-9 (CA19-9) mättes med användning av en Elecsys 2010 maskin (Roche diagnos~~POS=TRUNC, Basel, Schweiz). Cutoff-värdena var 5 ng /ml och 35 U /ml för CEA och CA19-9, respektive.
Statistisk analys
Alla statistiska data analyserades av statistikprogram för samhällsvetenskap (SPSS) 18,0 programvara (SPSS, Chicago , IL) och GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). Envägs variansanalys test tvåsidigt Students t
-test och rangsummetest användes när så är lämpligt. En Receiver Operating Characteristic (ROC) kurvan inrättades för att utvärdera diagnostiska värdet. P Hotel < 0,05 ansågs statistiskt signifikant.
Resultat
LncRNA uttrycksprofiler i gastric cancervävnader i förhållande till angränsande icke-tumörvävnad sälja The lncRNA uttrycksmönster mellan magcancer vävnader och angränsande icke-tumörvävnad befanns vara signifikant (Figur 1). Totalt 135 lncRNAs, vilket uttryck förändring var mer än dubbelt, konstaterades (GEO anslutningsnummer är 47850; http:.... //Www NCBI NLM NIH gov /geo /query /enl. cgi? acc = GSE47850). Bland dem, 71 och 64 var upp och ner uttrycks i tumörvävnad, respektive. De nedregleras lncRNAs i magcancer vävnader var FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 och AK054588. De mest reglerade lncRNAs i magcancer vävnader var H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978 och DB077273 (tabell 1). Figur 1 Förändringar i lncRNA uttryck profiler mellan magcancer vävnader och icke-tumörvävnad. Resultatet från hierarkiska Kluster visar urskiljbara lncRNA uttryck profilering bland prover. "Röd" indikerar hög relativ uttryck; och "blå" indikerar låg relativ uttryck.
Tabell 1 Mer än fyrdubblats differentiellt uttryckta lncRNAs i magcancer vävnader jämföra med parade icke-tumörvävnad
namn
kromosom
förordning

Vik förändring
Sourcea
P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: http:.. //lncrnadb com /Standard aspx; lincRNA: http:.. //genom ucsc edu /cgi-bin /hgGateway; .. Refnr: http: //genom ucsc edu /cgi-bin /hgTables; ... Http: //www. NCBI NLM NIH gov /RefSeq /; .. UCSC_knowngene: http: //genom ucsc edu /cgi-bin /hgTables; mRNA: http:... //genom ucsc edu /cgi-bin /hgTables
Expression av H19 var uppreglerad i magcancer vävnader
Eftersom H19 fann mest uppreglerad lncRNA i magcancer vävnad, upp till 8,91-faldig förändring av microarray detektion (tabell 1), för att validera detta resultat, upptäckte vi uttrycksnivån för H19 i två typer av cancervävnader, biopsi vävnader och kirurgiska exemplar, av QRT-PCR. Först undersökte vi uttrycksnivån för H19 i 15 par magcancer "biopsi vävnader. Vi fann att nivån i cancervävnader var betydligt högre än i icke-tumörvävnad (Figur 2A). Sedan upptäckte vi H19 nivå i stort antal kirurgiska prover. Såsom visas i fig 2B, det var uppreglerad i 74,0% (57/77) av den gastriska cancervävnader (P
= 0,029). Genom att sekvensera QRT-PCR-produkten, fann vi att sekvensen av H19 (figur 2C) överensstämde med det från databasen (http:.... //Www NCBI NLM NIH gov /gen /283120). Figur 2 H19 var uppreglerat i magcancer vävnader, gastric cancercellinjer och andra vanliga cancercellinjer. Realtid QRT-PCR användes för att bestämma expressionsnivån av H19. Den AC
t-värdet bestämdes genom att subtrahera β-aktin C
t-värdet från målet lncRNA C
t-värdet. Mindre AC
t-värdet indikerar högre uttryck. Nivå av H19 i magcancer biopsivävnader (n
= 15, P
= 0,014; A) och magcancer vävnader (n
= 77, P
= 0,029; B). Sekvense resultat av QRT-PCR-produkt på H19 (C). Nivån på H19 i gastric cancercellinjer (AGS, MGC-803 och SGC-7901) och levercancercellinjer (SMMC-7721 och HepG2) var högre än i human gastrisk epitelceller linje GES-1 och human lever normal cell linje HL-7702, respektive; emellertid, eftersom dess halt i lungcancercellinje A549 och prostatacancercellinjer (DU-145 och PC-3) var lägre än den i human fetal lunga fibroblastcellinjen HELF celler och human prostata epitelcellinje RWPE-1 (D). Alla resultat uttrycktes som medelvärden ± SD för tre oberoende experiment. #P Hotel < 0,001.
Expression av H19 gemensamt cancercellinjer
att få mer information om H19 uttryck i cancer, undersökte vi dess nivå i några vanliga cancercellinjer. Såsom visas i figur 2D, en jämförelse med respektive normal cellinje, H19 befanns kraftigt uttryckt i magen cancercellinjer (AGS, MGC-803 och SGC-7901) och hepatocellulär karcinom-cellinjer (SMMC-7721 och HepG2), medan lågt uttryckt i lungcancer cellinje (A549) och prostatacancercellinjer (Du-145 och PC-3) Expression av uc001lsz.
var nedregleras i magcancer vävnader
Uc001lsz är en nyfunnen lncRNA, som är transkriberas från den främre strängen i kromosom 11p15.5. Från microarray resultat (tabell 1), kan vi se att uc001lsz var den näst mest nedregleras lncRNA i magsäckscancer vävnad. Ett annat skäl som uppmuntrade oss att vidare studier uc001lsz var att det är trans
associerad med Muc2, vilket utsöndras och bildar en olöslig slemhinnor barriär i tarmlumen. För att ytterligare bekräfta uttrycket av uc001lsz i magcancer, expanderade vi antalet stickprov. Uppgifterna tyder på att det var betydligt nedregleras i 84,4% (65/77) av magcancer vävnader (Figur 3A, P Hotel < 0,001). Genom sekvensering av QRT-PCR-produkten, fann vi att sekvensen för uc001lsz (figur 3B) överensstämde med det från databasen (http:. //Genomet ucsc edu /cgi-bin /hgTables.). Figur 3 Uc001lsz var nedregleras i magcancer vävnader, gastric cancercellinjer och andra vanliga cancercellinjer. Realtid QRT-PCR användes för att bestämma expressionsnivån av uc001lsz. Tre oberoende experiment genomfördes. Nivå uc001lsz i magcancer vävnader var betydligt lägre än i motsvarande icke-tumörvävnad (n
= 77, P Hotel < 0,001; A). Sekvense resultat av QRT-PCR-produkt på uc001lsz (B). Nivån på uc001lsz i gastric cancercellinjer (AGS, MGC-803 och SGC-7901), levercancercellinjer (SMMC-7721 och HepG2) och lungcancer-cellinje A549 var lägre än i human gastrisk epitelceller linje GES- 1, human lever normal cellinje HL-7702 och human fetal lunga fibroblastcellinjen HELF respektive; emellertid, eftersom dess halt i prostatacancercellinjer (DU-145 och PC-3) var högre än den i humant prostata epitelcellinje RWPE-1 (C) Expression av uc001lsz gemensamt cancercellinjer.
Till erhålla uttrycket information om uc001lsz i vanliga cancerformer, upptäckte vi dess nivå i flera vanliga cancercellinjer. Vi fann att jämföra med respektive normal cellinje var uc001lsz lågt uttryck i magcancer (AGS, MGC-803 och SGC-7901), lungcancer (A549) och levercancer (SMMC-7721 och HepG2) cellinjer, medan endast mycket uttryckt i prostatacancer (Du-145 och PC-3) cellinjer (Figur 3C).
Potentiella diagnostiska värden för H19 och uc001lsz
vi nästa utfört en analys för att fastställa om H19 eller uc001lsz uttryck i samband med klinisk-patologisk funktionerna i magcancer. Som framgår av tabell 2, var nivån på uc001lsz samband med TNM steg (P
= 0,032). De positiva upptäckten hastigheten i H19 och uc001lsz är 74,0% och 84,4%, respektive. Båda av dem är högre än för vanlig magcancer biomarkör CEA (64,0%) och CA19-9 (53,3%) (tabell 2). De områden under ROC kurvor var upp till 0,613, 0,751, och 0,761 för H19, uc001lsz, och kombinationen, respektive (Figur 4). Den KOMBINATIV användning av H19 och uc001lsz ökade något diagnostik value.Table 2 Förhållandet mellan H19 och uc001lsz expressionsnivåer (Δ Ct) i cancervävnader med kliniskt patologiska faktorer hos patienter med magcancer en
egenskaper
Nej. av patienterna (%)
H19
uc001lsz
Medelvärde ± SD
P-värde
Medelvärde ± SD
vid P-värde
Ålder (y) katalog ≥ 60
59 (76,6) Review 8,74 ± 4,67
0,588
18,85 ± 4,94
0.240
< 60
18 (23,4) Review 8,08 ± 3,99
17,28 ± 4,85
Kön
Man
57 (74,0) Review 8,66 ± 4,81
0,823
18,19 ±
5,01 0,355
Kvinna
20 (26,0) Review 8,40 ± 3,44
19,37 ± 4,58
Diameter (cm) b
≥ 5
39 (52,0)
7,98 ± 4,44
0,282
18,49 ± 5,03
0,682
< 5
36 (48,0) Review 9,10 ± 4,53
18,01 ± 5,11
CEAB
Positiv
48 (64,0) Review 8,45 ± 4,21
0,882
18,28 ± 4,54
0,593
Negativ
27 (36,0) Review 8,61 ± 5,01
18,92 ± 5,71
CA19-9b
Positiv
40 (53,3) Review 8,68 ± 3,87
0.720
18,65 ± 4,64
0,792
Negativ
35 (46,7) Review 8,31 ± 5,14
18,35 ± 5,37
Differentiationc
Tja
3 (4,9) Review 8,28 ± 1,92
0,635
15,34 ± 5,40
0,371
Måttlig
33 (54,1) Review 9,05 ± 4,40
19,37 ± 4,85
Dålig
25 (41,0) Review 7,84 ± 5,47
19,54 ± 4,91
lymfatiska metastasisc
N0
20 (32,8) Review 8,95 ± 3,17
0,926
18,55 ±
6,01 0,472
N1 & N2 & N3
41 (67,2) Review 9,07 ± 5,25
19,53 ± 4,39
Distal metastasisc
M0
58 (95,1)
8,87 ± 4,70
0,258
19,13 ± 5,02
0,617
M1
3 (4,9) Review 12,00 ± 1,30
20,62 ± 3,74
Invasionc
Tis & T1-T3
20 (32,8) Review 10,04 ± 3,86
0,237
17,73 ± 4,72
0,105
T4
41 (67,2) Review 8,53 ± 4,95
19,93 ± 4,95
TNM stagec
0 & I & II
24 (39,3) Review 9,40 ± 3,86
0.620
17,81 ± 5,52
0,032
III & IV
37 (60,7) Review 8,79 ± 5,14
20,49 ± 3,98
Aall prover består av 16 endoskopiska biopsiprover och 61 kirurgi prover från patienter med magcancer.
bNot upptäckt för 2 patienter som var utförde endoskopi undersökning.
cOnly innehåller 61 kirurgpatienter.
Figur 4 ROC-kurvan.
Expression av uc001lsz var avvikande i början av cancer och precancerous lesions
Äntligen att iaktta eventuella tidiga diagnostiska värden för lncRNA mätte vi nivån uc001lsz i tidig cancer och precancerous lesions. Vi fann att nivån var anmärkningsvärt lägre i dessa lesioner jämfört med de motsvarande intilliggande icke-tumörvävnad (Figur 5A). Nivån av uc001lsz i normala vävnader var signifikant högre än den i precancerösa lesioner och tidiga cancervävnader. Dessutom var dess nivå i precancerous lesions iögonfallande högre än den i tidiga cancervävnader (figur 5B). Figur 5 Expression av uc001lsz i början av cancer och precancerösa lesioner. Nivån av uc001lsz i början av patologisk förändring vävnad är lägre än det i parade normal vävnad (n
= 14, P
= 0,0016; A). Nivån av uc001lsz i normal vävnad är signifikant högre än den i precancerous lesions och tidiga cancrar (B). #P Hotel < 0,001; * P Hotel < 0,05.
Diskussion
Studier har visat att ~ 18% av det proteinkodande gener som producerar lncRNAs är associerade med cancer, under det att endast 9% av all mänsklig proteinkodande gener är associerade med cancer [18]. Förhållandet mellan lncRNAs och tumörer har för närvarande blivit en av tyngdpunkterna i cancerstudier. Review Det finns bevis för att lncRNAs är förhållande till matsmältningssystemet tumörer [19]. Tre lncRNAs, H19, hotair och lncRNA mycket uppregleras i levercancer (HULC), konstaterades överuttryck i humana hepatocellulära karcinom (HCC) [20-22]. Dessutom är HULC uttryck inte bara begränsad till HCC, men uttrycks också i kolorektala karcinom som metastaserar till levern [23].
Undersökningar om lncRNAs relaterade till magen är begränsade. Sön et al.
Fann att expressionsnivån av gastric cancer-associerad transkript 1 (GACAT1) eller AC096655.1-002, var signifikant korrelerad med lymfkörtel metastas, fjärrmetastaser, TNM stadier, och differentiering [17]. Mei et al.
Rapporterade att ubikitin-liknande modifierare (SUMO) en pseudogen 3, SUMO1P3, skulle kunna vara en potentiell biomarkör vid diagnos av magcancer [16]. Niinuma et al.
Fann att överuttryck av Hotair märkbart i samband med högrisk gastrointestinala stromacellstumörer [24]. RNA kan 7SK små kärnvapen (RN7SK) indirekt reglera gastric tumörbildning via positiv transkriptionsförlängningsfaktor-b (p-TEFb) [25]. H19 kan spela en viktig roll i magcancer av förlust av prägling och andra mekanismer [26, 27]. Senaste Cao et al
. begagnade bioinformatiska metoder för att screena lncRNA uttrycksprofiler i samband med magcancer [28]. Först var två allmänt tillgängliga mänskliga exon arrayer för magcancer och data för motsvarande normal vävnad som hämtats från GEO. Då, proberna av de humana exon arrayer var re-kommenterad. Slutligen har proberna unikt mappning till lncRNAs på gennivå kvarhålles. Totalt 88 lncRNAs som differentiellt uttryckta i magcancer identifierades [28].
Här är metoder för screening av magcancer associerade lncRNAs skilde sig från dem som används av Cao et al
. [28]. För att identifiera de anmärkningsvärt nedregleras eller upp-reglerade lncRNAs i magcancer, först vi samlat magcancer och angränsande icke-tumörvävnadsprover från övre mag-endoskopi undersökning. Från lncRNA uttryck profiler som erhållits från lncRNA microarray analys (Figur 1), fann vi att bland de väsentligt olika uttryckta lncRNAs (tabell 1), endast H19 har påträffats i andra cancer [11, 20, 26, 27]. Som ett resultat, är det viktigt att ytterligare förtydliga de kliniska underskrifter lncRNAs vid diagnos och behandling av magcancer. Sälja The växande studier av funktionellt karaktäriserade lncRNAs avslöjar att dessa transkript är viktiga i olika fysiologiska processer, inklusive embryonala stamceller differentiering [29], T-celldifferentiering [30], keratinocytdifferentieringen [31], särskilt den ändrade uttrycket av lncRNAs kan leda till cancer [32].
i den aktuella studien har vi fokuserat på två lncRNAs, H19 och uc001lsz . Uttrycksnivån för H19 i gastriska cancervävnader befanns vara tydligen högre än i icke-tumörvävnader (Figur 2A och B). Tillsammans med ökat uttryck av H19 i gastric cancercellinjer (Figur 2D), föreslår vi att H19 kan spela en viktig roll i magsäckscancer patogenes. Intressant, H19 uttryck inte ökat i alla typer av tumörer. Som visade i figur 2D, är H19 uttryck minskat i hepatokarcinom och prostatacancer. Dessa resultat Vidare intygar H19 inte bara fungerar som en onkogen men också som en tumörsuppressor [20, 27, 33]. Matouk et al
. fann att knacknings-ner av H19-RNA resulterade i nästan fullständig dämpning av p57 kip2 induktion som svar på hypoxiska påfrestning [20]. De fann vidare att H19 var associerad med angiopoietin (ANG) och fibroblasttillväxtfaktor-18 (FGF-18), vars funktioner är involverade i tumörtillväxt och spridning [20]. För att förstå den molekylära mekanismen genom vilken H19 ökar cancer gastric celltillväxt, Yang et al
. undersökte om H19 påverkar funktionen av tumören suppressor p53 [27]. De fann att H19 var associerad med p53, och att denna förening resulterade i partiell p53 inaktive [27].
Motsats till H19, uc001lsz expressionsnivån i magcancer vävnader befanns vara betydligt lägre (figur 3A). Som visade i figur 3C, ett uttryck för uc001lsz i gastric cancercellinjer (AGS och MGC-803) är lägre än i gastrisk epitelceller (GES-1), men det fanns ingen signifikant skillnad mellan SGC-7901 och GES-1 . Kanske låg grad malignitet av SGC-7901 leder till detta resultat. Ännu viktigare, var en större samband mellan uc001lsz uttryck och TNM stadium fann (tabell 2). Dessa resultat bekräftade uc001lsz som en viktig aktör i att hämma utvecklingen av magcancer. Som vi vetat, många lncRNAs transkriberas nära eller inom proteinkodande loci, vilket har stärkt hypotesen att lncRNAs kan ha cis
verkande effekter inom dessa loci. Men uc001lsz kan ha trans
verkande effekt inom dess angränsande proteinkodande loci. Muc2
, en medlem av mucin proteinfamiljen av gener, ligger intill UC001LSZ
. Muc2 utsöndras på slemhinneytor, där det utsöndras från bägarceller i epitelbeklädnaden in i lumen av magsäcken [34]. Som rapporterats, Muc2 var högt uttryck i magcancer [35]. Även uc001lsz verkar spela som tumörsuppressorgen i magcancer och många andra typer av tumörer, kan det spela olika roll i prostatacancer där uc001lsz var mycket uttrycktes (Figur 3C).
Molecular tumör biomarkörer är viktiga diagnostiska och prognostiska verktyg. Våra data visar att uttrycket av uc001lsz var avvikande i början av magsäckscancer och gastriska precancerous lesions (Figur 5A). Och de extraordinära förändringar visas kanske i precancerous lesions (Figur 5B). Denna undersökning visar att uc001lsz kan vara en kandidat biomarkör av magcancer.
Slutsatser
Sammanfattningsvis vi skildra en lncRNA expressionsprofil som förknippas med magcancer. Överuttryck av H19 i magcancer cellinjer och vävnader tyder på att H19 kan deltagit i magcancer. Den reducerade uttryck av uc001lsz i magcancer cellinjer och vävnader, dess associationer med TNM stadium, och dess dysreglering i början av cancer och precancerous lesions tyder på att uc001lsz kan ha en viktig roll i magcancer förekomst och vara en potentiell biomarkör för diagnos av tidig magcancer
Förkortningar
ANG.
angiopoietin
CA19-9:
kolhydratantigen 19-9

CEA:
karcinoembryonalt antigen
Ct:
Threshold cykel
DC /CIK:
dendritiska celler /cytokininducerade mördare
FGF-18:
fibroblasttillväxtfaktor-18
GACAT1:
Magcancer -associated avskrift en
H19:
ömsesidigt präglade partner IGF2
HCC:
levercellscarcinom


hotair:
HOX avskrift antisens-RNA
HOX
homeobox
HULC:
Mycket uppregleras i levercancer
IGF2:
insulinliknande tillväxtfaktor 2
IGF2-AS:
IGF -IR och IGF-IIR antisense
IGF-IR:
insulinliknande tillväxtfaktor typ I-receptor
IGF-IIR:
Insulinliknande liknande~~POS=HEADCOMP tillväxtfaktor typ Il-receptor
lncRNA:
Long icke-kodande RNA
målat-1:
Metastas samband lungadenokarcinom transkript en
miRNA:
mikroRNA
Muc2
mucin 2 Review</sub></sup>