não codificante perfil de expressão RNA longa no câncer gástrico humano e seus significados clínicos

Longa não-codificante perfil de expressão do RNA no câncer gástrico humano e seus significados clínicos da arte abstracta
Fundo Quanto tempo RNAs não-codificantes (lncRNAs) são predominantemente transcrita no genoma ainda seus papéis potenciais em cancros humanos não são bem Entendido. O objetivo do presente estudo foi determinar o perfil de expressão lncRNA no câncer gástrico e seu valor clínico potencial.
Métodos
O perfil de expressão lncRNA global em câncer gástrico foi medido por lncRNA microarray. Níveis de dois lncRNAs representativos, H19 e uc001lsz, foram confirmadas por reacção em cadeia com transcriptase inversa-polimerase em tempo real. A relação entre os seus níveis e fatores clínico-patológicos de pacientes com câncer gástrico foi explorada. A curva receiver operating characteristic (ROC) foi construído para diferenciar câncer gástrico de doenças gástricas benignas.
Resultados
total de 135 lncRNAs, que diferenciais níveis de expressão entre os tecidos tumorais e não tumorais foram mais do que o dobro, foram encontrados ( GEO No. GSE47850). Maioria lncRNAs regulada para baixo em tecidos com câncer gástrico foram FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 e AK054588; enquanto os mais up-regulamentados foram H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978, e DB077273. H19 foi encontrado altamente expresso no estômago e celulares de cancro de fígado linhas, enquanto o humilde expressos em câncer de pulmão e linhas celulares de cancro da próstata. Uc001lsz foi modesto expresso em linhas gástrico, de pulmão e de células de cancro do fígado, enquanto altamente expresso no cancro da próstata. As áreas sob as curvas ROC foram até 0,613, 0,751 e 0,761 para H19, uc001lsz, ea combinação, respectivamente.
Conclusões
O perfil de expressão lncRNA no câncer gástrico sugere as possíveis papéis de lncRNAs na ocorrência de câncer gástrico e desenvolvimento. A sobre-expressão de H19 em cancro gástrico sugere que a H19 pode ser participado no cancro gástrico. A expressão reduzida de uc001lsz em linhas celulares de cancro gástrico e tecidos, suas associações com estágio TNM, e sua desregulação em câncer precoce e lesões pré-cancerosas sugerem que uc001lsz pode ser um potencial marcador para o diagnóstico de câncer gástrico precoce.
Palavras-chave
o cancro gástrico comprida não codificante perfil ARN Expressão fundo H19 uc001lsz
os componentes bem estudado no genoma humano são aqueles de genes codificadores de proteínas. No entanto, os exões codificantes destes genes responsáveis ​​por apenas 1,5% do genoma [1]. Nos últimos anos, tornou-se cada vez mais evidente que a porção não codificadora de proteínas do genoma é de importância funcional fundamental da ocorrência de doenças [2]. Os RNAs não-codificantes (ncRNAs) caracterizam como três tipos, ncRNAs longos, mid-size ncRNAs e de curto ncRNAs [1]. Embora a maioria dos estudos sobre ncRNAs estão focados em curto ncRNAs, tais como microRNAs (miRNAs), longos RNAs não-codificantes (lncRNAs) estão rapidamente ganhando destaque recentemente.
LncRNAs são maiores que 200 nucleotídeos de comprimento [3]. Eles emergiram recentemente como principais intervenientes no rege os processos biológicos fundamentais. expressão aberrante de lncRNAs tem sido associada com os cancros [3]. Por exemplo, o código Diferencial visor 3 (DD3 PCA3), um lncRNA específico da próstata, parece ser um marcador para o diagnóstico precoce do cancro da próstata [4]. Mais importante, DD3 PCA3 pode ser detectado na urina de pacientes com cancro da próstata [5]. Apesar de metástase pulmonar associada adenocarcinoma transcrição 1 (malat-1) em primeiro lugar é encontrado anormal expressa em metástases carcinomas pulmonares pequenas células não-[6], é regulado para cima em hepatocarcinoma, cancro da mama, cancro do pâncreas, cancro colorectal, e cancro da próstata [7]. Malat-1 não é apenas um marcador de diagnóstico potencial, mas também um potencial marcador de prognóstico [8]. HOX RNA transcrito antisense (HOTAIR) está associada com cancro da mama e cancro colorectal [9, 10]. H19, outro lncRNA famoso, está frequentemente envolvido em tumores pediátricos e adultos [11].
O câncer gástrico ainda é uma das mais frequentes causas de mortalidade em todo o mundo [12]. No entanto, as estratégias tradicionais com base em cirurgia radical para o tratamento do cancro gástrico ainda não são satisfatórios. Portanto, revelam os mecanismos de ocorrência e desenvolvimento de câncer gástrico está atraindo cada vez mais atenção na pesquisa do câncer.
Desde o perfil de expressão lncRNA global em câncer gástrico não é totalmente descoberto, no presente estudo, nós exploramos o perfil de expressão lncRNA em câncer de intestino. Então, a relação entre a expressão aberrante-lncRNAs e factores clínico-patológicos de pacientes com cancro gástrico foi explorada. Nossos dados fornece biomarcadores candidatos para o diagnóstico de câncer gástrico.
Métodos
Pacientes e espécimes
tecidos dos pacientes com câncer gástrico, incluindo tecidos de câncer gástrico, lesão pré-cancerosa e correspondente tecidos não tumorais adjacentes foram imediatamente preservados em fixador de RNA ( Bioteke, Pequim, China), após remoção a partir do corpo e armazenado a -80 ° C até à sua utilização. As amostras de tecidos foram obtidos de espécimes cirúrgicos ou de biópsia a partir de fevereiro de 2011 a junho de 2012, três centros de câncer, o hospital de Yinzhou Pessoas, Ningbo No. 1 Hospital e do Hospital Filiado de Ningbo University School of Medicine, na China. O consentimento informado foi retirado de todas as disciplinas. A Comissão de Ética Pesquisa com Seres Humanos da Universidade de Ningbo aprovado todos os aspectos deste estudo. Os tumores foram classificados de acordo com o tumor-nódulo-metástase (TNM) sistema de estadiamento da União Internacional Contra o Câncer (5 th ed). grau histológico foi avaliado de acordo com a Rede Nacional Comprehensive Cancer (NCCN) diretriz de prática clínica de oncologia (V.1.2011). Os tecidos não tumorais foram de 5 cm a partir do bordo do tumor e não foram evidentes células tumorais, tal como avaliadas por um patologista. Não houve radioterapia, quimioterapia, terapia-alvo ou célula assassina /induzida por citocinas terapia dendríticas (DC /CIK) antes do exame endoscopia gastrointestinal superior ou operação.
Preparação de ARN total
O ARN total foi isolado utilizando o reagente Trizol ( Invitrogen, Karlsruhe, Alemanha) seguindo as instruções do fabricante [13].
lncRNA ensaio de microarray
Três emparelhado biópsias foram obtidas a partir de pacientes (55 y e do sexo masculino, 76 y e do sexo masculino, e 88 y e feminino) com mal ou mal-and-moderadamente diferenciado câncer gástrico. microarray lncRNA humana foi fabricado em NimbleGen Hibridização System (Arraystar, Rockville, MD). Mais de 23 000 lncRNAs foram coletados de fontes de dados de autoridade, incluindo National Center for Biotechnology Information (NCBI) RefSeq, Universidade da Califórnia, Santa Cruz (UCSC), lncRNAs de literaturas e Regiões Ultra conservada (UCRs) [14]. Os dados foram extraídos e normalizados utilizando software v2.5 NimbleScan (Roche NimbleGen, Madison, WI). análise de novos dados foi realizada usando Agilent GeneSpring GX 11,5 software (Agilent Technologies, Santa Clara, CA). linha celular epitelial gástrica humana
celular cultura
(GES-1), linhas celulares de cancro gástrico (AGS, MGC-803 e linha de células epiteliais da próstata SGC-7901), a linha normal do fígado celular (HL-7702), linhas de células de carcinoma hepático (HepG2 e SMMC-7721), linha de células de fibroblastos de pulmão fetal (HELF), linha de células de carcinoma de pulmão (A549), linhas celulares de carcinoma da próstata (RWPE-1), e (DU-145 e PC-3) foram obtidos a partir da Shanghai Institute of Biochemistry and Cell Biology, Academia chinesa de Ciências (Xangai, China). As células foram cultivadas em frascos de cultura a 37 ° C numa atmosfera humidificada de 5% de CO 2 [15].
Detecção de qRT-PCR de H19 e uc001lsz
em tempo real reacção em cadeia reversa quantitativa de polimerase (qRT-PCR) é o padrão ouro para verificação de dados. Para verificar os resultados de microarray lncRNA, cDNA foi gerado usando o sistema GoScript Transcrição Reversa (RT) (Promega, Madison, WI). Quantitativa da reacção em cadeia da polimerase (qPCR) foi obtida utilizando o GoTaq qPCR Mistura de PCR (Promega, Madison, WI) num Sistema de PCR (Stratagene, La Jolla, CA) Mx3005P em tempo real. As sequências dos iniciadores de PCR para H19, uc001lsz, e β-actina foram como se segue: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(sentido) e 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (anti-sentido) para H19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(sentido) e 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (anti-sentido) para uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(sentido) e 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (anti-sentido) para β-actina. Os dados foram analisados ​​pelo método ôc
T [16, 17]. Todos os resultados foram expressos como a média ± DP de três experiências independentes.
Clonagem e sequenciação de produtos de qRT-PCR
Os produtos qRT-PCR de lncRNA foram purificados utilizando um primeiro UNIQ-10 por PCR Purification Kit de produto e, em seguida, clonadas no vector pUCm-T (Sangon Biotech, Xangai, China) seguindo as instruções do fabricante. Em seguida, a sequenciação de ADN foi realizada por Sangon Biotech Co., Ltd.
análise marcador tumoral sorológica
séricos de antígeno carcinoembrionário (CEA) e antígeno de carboidrato 19-9 (CA19-9) foram medidos usando uma máquina Elecsys 2010 (Roche Diagnostics, Basileia, Suíça). Os valores de corte foram de 5 ng /mL e 35 U /mL para o CEA e CA19-9, respectivamente.
Análise estatística
Todos os dados estatísticos foram analisados ​​pelo programa estatístico para Ciências Sociais (SPSS) 18.0 (SPSS, Chicago , IL) e GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). análise de uma forma de teste de variância, bicaudal t de Student
-teste e teste rank-sum foram utilizados como apropriado. Uma curva receiver operating characteristic (ROC) foi criado para avaliar o valor diagnóstico. P Art < 0,05 foi considerado estatisticamente significativo.
Resultados
perfis de expressão lncRNA em tecidos de câncer gástrico em relação aos tecidos não tumorais adjacentes Tours A padrões de expressão lncRNA entre tecidos com câncer gástrico e tecidos não tumorais adjacentes foram encontrados para ser significativamente diferente (Figura 1). Total de 135 lncRNAs, que mudam expressão era mais do dobro, foram encontrados (números de acesso GEO é 47850; http:.... //Www NCBI NLM nih gov /geo /query /acc. cgi? acc = GSE47850). Entre eles, 71 e 64 foram para cima e para baixo expressa em tecidos tumorais, respectivamente. Os lncRNAs mais baixo-reguladas em tecidos com câncer gástrico foram FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 e AK054588. Os lncRNAs mais up-regulamentados em tecidos com câncer gástrico foram H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978, e DB077273 (Tabela 1). A Figura 1 Alterações em perfis de expressão lncRNA entre os tecidos do carcinoma gástrico e tecidos não tumorais. O resultado de agrupamento hierárquico mostra a expressão lncRNA distinguíveis de perfil entre as amostras. "Vermelho" indica uma alta expressão relativa; e "azul" indica baixa expressão relativa.
Tabela 1 mais de quatro vezes lncRNAs diferencialmente expressos em tecidos de câncer gástrico, comparando com os tecidos não-tumorais emparelhados
Nome
Chromosome
regulamento
Dobre mudança
SourceA
P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: http:.. //lncrnadb com /Default aspx; lincRNA: http:.. //genoma UCSC edu /cgi-bin /hgGateway; .. RefNR: http: //genoma UCSC edu /cgi-bin /hgTables; .... Http: //www NCBI NLM nih gov /RefSeq /; .. UCSC_knowngene: http: //genoma UCSC edu /cgi-bin /hgTables; mRNA: http:... //genoma UCSC edu /Tablet cgi-bin /hgTables Expressão de H19 foi regulada em tecidos de carcinoma gástrico
Desde H19 foi encontrado o mais up-regulada lncRNA em tecido de cancro gástrico, até 8,91 vezes a mudança na detecção de microarray (Tabela 1), para validar este resultado, foram detectados a nível de expressão de H19 em dois tipos de tecidos cancerosos, tecidos de biopsia e amostras cirúrgicas, por qRT-PCR. Em primeiro lugar, nós explorada o nível de expressão de H19 em 15 pares de carcinoma 'tecidos de biópsias gástricas. Descobrimos que o seu nível, em tecidos de cancro foi significativamente maior do que em tecidos não tumorais (Figura 2A). Então nós detectado nível H19 em grande número de espécimes cirúrgicos. Tal como mostrado na Figura 2B, foi regulado para cima em 74,0% (57/77) de tecidos de cancro gástrico (P = 0,029)
. Ao sequenciar o produto de qRT-PCR, verificou-se que a sequência de H19 (Figura 2C) foi consistente com o da base de dados (http:.... //Www NCBI NLM NIH gov /gene /283120). Figura 2 H19 foi regulado para cima em tecidos de cancro gástrico, linhas celulares de cancro gástrico e outras linhas celulares de cancro comum. Em tempo real qRT-PCR foi utilizada para determinar o nível de expressão de H19. O Sc
valor t foi determinado subtraindo o C
valor t β-actina do lncRNA C valor-alvo
t. Menor Sc valor
t indica maior expressão. Nível de H19 em tecidos de biópsia de câncer gástrico (n
= 15, P
= 0,014; A) e tecidos de câncer gástrico (n
= 77, P
= 0,029; B). A sequenciação do produto resultado qRT-PCR de H19 (C). O nível de H19 em linhas gástricas celulares de cancro (AGS, MGC-803 e SGC-7901) e linhas de células do cancro do fígado (SMMC-7721 e HepG2) foi mais elevado do que numa linha celular epitelial gástrica humana GES-1 e de células normais do fígado humano linha HL-7702, respectivamente; No entanto, o seu nível na A549 A linha celular de cancro do pulmão e linhas celulares de cancro da próstata (DU-145 e PC-3) foi mais baixa do que em células HELF linha celular de fibroblastos de pulmão fetal humano e a linha celular epitelial de próstata humana RWPE-1 (D). Todos os resultados foram expressos como a média ± DP de três experiências independentes. #P Art < 0,001.
Expressão de H19 em câncer comum linhas celulares
Para obter mais informações sobre a expressão H19 em cancros, investigamos o seu nível em algumas linhas celulares de cancro comuns. Como se mostra na Figura 2D, comparando com a respectiva linha de células normais, H19 foi encontrado altamente expressa em linhas de cancro de estômago de células (AGS, MGC-803 e SGC-7901) e linhas celulares de carcinoma hepatocelular (SMMC-7721 e HepG2), enquanto modesto expresso na linha celular de cancro do pulmão (A549) e linhas de células de cancro da próstata (Du-145 e PC-3). a expressão de
uc001lsz foi regulada para baixo em tecidos do carcinoma gástrico
uc001lsz é um novo encontrado lncRNA, que é transcrito a partir da fita para a frente em 11p15.5 cromossomo. A partir dos resultados de microarray (Tabela 1), podemos ver que uc001lsz foi o segundo lncRNA mais regulada para baixo no tecido câncer gástrico. Outra razão que nos encorajou a mais uc001lsz estudo foi que é
trans associado com MUC2, que é secretado e forma uma barreira mucosa insolúvel no lúmen intestinal. Para validar ainda mais a expressão de uc001lsz no câncer gástrico, ampliamos o número da amostra. Os dados indicam que foi significativamente regulada para baixo em 84,4% (65/77) de tecidos de cancro gástrico (Figura 3A, P
< 0,001). Ao sequenciar o produto de qRT-PCR, verificou-se que a sequência de uc001lsz (Figura 3B) foi consistente com o da base de dados (http: //. Genoma UCSC edu /cgi-bin /hgTables.). Figura 3 Uc001lsz foi regulada para baixo em tecidos com câncer gástrico, linhas celulares de cancro gástrico e outras linhas celulares de cancro comum. Em tempo real qRT-PCR foi utilizada para determinar o nível de expressão uc001lsz. Foram realizados três experimentos independentes. Nível de uc001lsz em tecidos de cancro gástrico foi significativamente menor do que a correspondente em tecidos não tumorais (n = 77
, P
< 0,001; A). A sequenciação do produto resultado qRT-PCR de uc001lsz (B). O nível de uc001lsz em linhas celulares de cancro gástrico (AGS, MGC-803 e SGC-7901), linhas celulares do cancro do fígado (SMMC-7721 e HepG2) e cancro do pulmão A549 linha celular foi menor do que na linha celular epitelial gástrica humana GES- 1, linha de células normais fígado humano HL-7702 e uma linha de células de fibroblastos de pulmão fetal humano HELF, respectivamente; No entanto, o seu nível, em linhas celulares de cancro da próstata (Du-145 e PC-3) foi mais elevada do que na linha de células epiteliais da próstata humana RWPE-1 (C). A expressão de
uc001lsz em linhas celulares de cancro comum
Para obter as informações sobre a expressão uc001lsz em cancros comuns, detectamos o seu nível em várias linhas celulares de cancro comum. Descobrimos que comparando com a respectiva linha de células normal, uc001lsz foi humilde expressos em câncer gástrico (AGS, MGC-803 e SGC-7901), cancro do pulmão (A549) e câncer de fígado (SMMC-7721 e HepG2) linhas celulares, enquanto apenas altamente expresso no cancro da próstata (Du-145 e PC-3) linhas de células (Figura 3C). os valores
potencial diagnóstico de H19 e uc001lsz
Nós próxima realizados uma análise para identificar se H19 ou expressão uc001lsz foi associada com o clínico-patológico características do câncer gástrico. Como mostrado na Tabela 2, o nível de uc001lsz foi associada com as fases TNM (P = 0,032
). As taxas de detecção positivos de H19 e uc001lsz são 74,0% e 84,4%, respectivamente. Ambos são mais elevados do que aqueles de CEA comum gástrica biomarcador cancro (64,0%) e CA19-9 (53,3%) (Tabela 2). As áreas sob as curvas ROC foram até 0,613, 0,751 e 0,761 para H19, uc001lsz, ea combinação, respectivamente (Figura 4). O uso de combinação de H19 e uc001lsz aumentou ligeiramente a value.Table de diagnóstico 2 A relação de H19 e os níveis de expressão uc001lsz (Δ C t) em tecidos de câncer com fatores clínico-patológicos de pacientes com câncer gástrico of a Características
Não. dos pacientes (%)
H19
uc001lsz
Média ± SD
P valor
Média ± SD

valor P
Idade (y)
≥ 60
59 (76,6)
8,74 ± 4,67
0,588
18,85 ± 4,94
0,240
< 60
18 (23,4)
8,08 ± 3,99
17,28 ± 4,85
Sexo Masculino

57 (74,0)
8,66 ± 4,81
0,823
18,19 ± 5.01
0,355
Feminino
20 (26,0)
8,40 ± 3,44
19,37 ± 4,58
Diâmetro (cm) b
≥ 5
39 (52,0)
7,98 ± 4,44
0,282
18,49 ± 5,03
0,682 Art < 5
36 (48,0)
9,10 ± 4,53
18,01 ± 5,11
CEAB
positiva
48 (64,0)
8,45 ± 4,21
0,882
18,28 ± 4,54
0,593
negativo
27 (36,0)
8,61 ± 5,01
18,92 ± 5,71
CA19-9b
positiva
40 (53,3)
8,68 ± 3,87
0,720
18,65 ± 4,64
0,792
negativo
35 (46,7)
8,31 ± 5,14
18,35 ± 5,37
Differentiationc
Bem Sims 3 (4.9)
8,28 ± 1,92
0,635
15,34 ± 5,40
0,371
Moderado
33 (54,1)
9,05 ± 4,40
19,37 ± 4,85
Pobre
25 (41,0)
7,84 ± 5,47
19,54 ± 4,91
linfática metastasisc
N0
20 (32,8)
8,95 ± 3,17
0,926
18,55 ± 6,01
0,472
N1 & N2 & N3
41 (67,2)
9,07 ± 5,25
19,53 ± 4,39
metastasisc distal
M0
58 (95,1)
8,87 ± 4,70
0,258
19,13 ± 5,02
0,617
M1 Sims 3 (4.9)
12,00 ± 1,30
20,62 ± 3,74
Invasionc
Tis & T1-T3
20 (32,8)
10,04 ± 3,86
0,237
17,73 ± 4,72
0,105
T4
41 (67,2)
8,53 ± 4,95
19,93 ± 4,95
TNM stagec
0 & I & II
24 (39,3)
9,40 ± 3,86
0.620
17,81 ± 5,52
0,032
III & IV
37 (60,7)
8,79 amostras ± 5,14
20,49 ± 3,98
Aall são constituídas de 16 amostras de biópsia endoscópicos e 61 amostras de cirurgia de pacientes com câncer gástrico.
BNOT detectado por 2 pacientes que estavam realizado exame de endoscopia.
Conly inclui 61 pacientes de cirurgia.
Figura 4 A curva ROC.
Expressão da uc001lsz foi aberrante em câncer precoce e lesões pré-cancerosas
Por fim, para observar os possíveis valores de diagnóstico precoce de lncRNA, medimos o nível de uc001lsz no câncer precoce e lesões pré-cancerosas. Descobrimos que o seu nível mais baixo era notável nestes lesões em comparação com as do correspondente tecidos não tumorais adjacentes (Figura 5A). O nível de uc001lsz em tecidos normais foi significativamente mais elevada do que nas lesões pré-cancerosas e tecidos de cancro do início. Além disso, o seu nível de lesões pré-cancerosas era visível mais elevada do que em tecidos de cancro do início (Figura 5B). Figura 5 Expressão de uc001lsz no câncer precoce e lesões pré-cancerosas. O nível de uc001lsz no tecido alteração patológica precoce é menor do que no tecido normal emparelhado (N
= 14, P = 0,0016
; A). O nível de uc001lsz em tecido normal é significativamente maior do que nas lesões pré-cancerosas e cancros iniciais (B). #P Art < 0,001; * P Art < 0,05.

Discussão Estudos têm mostrado que ~ 18% da codificação de genes que produzem lncRNAs estão associados com o cancro da proteína, enquanto que apenas 9% de toda a proteína humana que codifica os genes estão associados com o cancro [18]. A relação entre lncRNAs e tumores tem se tornado um dos focos de estudos de câncer.
Há evidências crescentes de que lncRNAs estão relação aos tumores do aparelho digestivo [19]. superexpressão três lncRNAs, H19, HOTAIR e lncRNA altamente regulada no cancro do fígado (HULC), foram encontrados em carcinoma hepatocelular humano (HCC) [20-22]. Além disso, a expressão HULC não se limita apenas ao HCC, mas também se expressa no carcinoma colorretal que metástase para o fígado [23].
Pesquisas sobre lncRNAs relacionadas com estômago são limitadas. Sun et al., Achou que o nível de transcrição gástrica associada ao cancro 1 (GACAT1), ou AC096655.1-002 expressão, foi significativamente correlacionada com metástases em linfonodos, metástases à distância, estágios TNM, e diferenciação [17]. Mei et ai.
Relatado que a ubiquitina-modificador como (Sumo) um pseudogene 3, SUMO1P3, pode ser um biomarcador potencial no diagnóstico de cancro gástrico [16]. Niinuma et al., Achou que a sobre-expressão de HOTAIR foi marcadamente associada com alto risco de tumores do estroma gastrointestinal [24]. RNA, 7SK pequena nuclear (RN7SK) pode indiretamente regular tumorigênese gástrica via alongamento fator de transcrição-b positivo (p-TEFb) [25]. H19 pode desempenhar um papel importante no cancro gástrico por perda de impressão e de outros mecanismos [26, 27]. Recente, Cao et al
. métodos de bioinformática utilizado para rastrear perfis de expressão lncRNA associados com câncer gástrico [28]. Em primeiro lugar, duas matrizes de exão humanos disponíveis publicamente para o câncer gástrico e dados para o tecido normal correspondente foram baixados da GEO. Em seguida, as sondas de exões as matrizes humanos foram re-anotada. Finalmente, as sondas que traçam exclusivamente para lncRNAs ao nível do gene foram retidos. Total de 88 lncRNAs que foram diferencialmente expressos em cancro gástrico foram identificadas [28].
Aqui, as abordagens para o rastreio de lncRNAs associados ao cancro gástrico foram diferentes daqueles usados ​​por Cao et ai
. [28]. Para identificar os lncRNAs notavelmente baixo-regulados ou regulados positivamente em cancro gástrico, primeiro recolhidos câncer gástrico e amostras de tecidos não-tumorais adjacentes de exame superior endoscopia gastrointestinal. A partir dos perfis de expressão lncRNA obtidos por análise de microarray lncRNA (Figura 1), verificou-se que entre os significativamente diferentes lncRNAs expressos (Tabela 1), apenas H19 tem sido encontrado em outros tipos de câncer [11, 20, 26, 27]. Como resultado, é fundamental a fim de esclarecer as assinaturas clínicos de lncRNAs no diagnóstico e tratamento do câncer gástrico.
Os estudos crescentes de lncRNAs funcionalmente caracterizada revela que essas transcrições são importantes em diferentes processos fisiológicos, incluindo a diferenciação de células-tronco embrionárias [29], a diferenciação de células T [30], de queratinócitos diferenciação [31], em especial, a expressão alterada de lncRNAs poderia resultar em câncer [32].
no presente estudo, nós nos concentramos em dois lncRNAs, H19 e uc001lsz . O nível de expressão de H19 em tecidos de cancro gástrico foi encontrado para ser, evidentemente, mais elevada do que nos tecidos não tumorais (Figura 2A e B). Juntamente com o aumento da expressão de H19 em linhas celulares de cancro gástrico (Figura 2D), sugerimos que a H19 podem desempenhar um papel importante na patogénese do cancro gástrico. Interessante, a expressão de H19 não é aumentado em cada tipo de tumor. Como mostrado na Figura 2D, expressão H19 é diminuída em câncer hepatocarcinoma e próstata. Estes resultados certifica ainda que H19 actua não só como um oncogene, mas também como um supressor de tumores [20, 27, 33]. Matouk et al
. descobriram que o bater para baixo de H19 ARN resultou na atenuação quase completa de p57 kip2 indução em resposta ao stress hipóxico [20]. Eles verificaram ainda que H19 foi associada com angiopoietina (ANG) e factor de crescimento de fibroblastos-18 (FGF-18), cujas funções estão envolvidos na proliferação e o crescimento do tumor [20]. Para compreender o mecanismo molecular pelo qual H19 aumenta o crescimento de células do cancro gástrico, Yang et ai
. examinaram se H19 afecta a função do gene supressor tumoral p53 [27]. Eles descobriram que o H19 foi associada com a p53, e que essa associação resultou na inactivação parcial p53 [27].
Contrariamente ao H19, uc001lsz nível de expressão em tecidos de cancro gástrico foi encontrado para ser significativamente menor (Figura 3A). Como mostrado na Figura 3C, a expressão de uc001lsz em linhas celulares de cancro gástrico (AGS e MGC-803) é mais baixa do que em células epiteliais gástricas (GES-1), mas não houve diferença significativa entre a SGC-7901 e GES-1 . Talvez o tumor maligno de baixo grau de SGC-7901 leva a este resultado. Mais importante ainda, uma maior associação entre a expressão e uc001lsz fase TNM foi encontrado (Tabela 2). Estes resultados confirmaram uc001lsz como um jogador importante na inibição do desenvolvimento de câncer gástrico. Como sabemos, muitos lncRNAs são transcritos perto ou dentro de loci codificadores de proteínas, o que reforçou a hipótese de que lncRNAs pode ter cis
efeitos actuando dentro desses loci. Mas uc001lsz pode ter
actuando efeito trans dentro de seus loci codificadores de proteínas adjacentes. MUC2
, um membro da família de proteínas de mucina de genes, está localizado ao lado UC001LSZ
. O MUC2 é segregada nas superfícies das mucosas, em que é secretada a partir de células caliciformes no epitélio de revestimento para dentro do lúmen do estômago [34]. Como relatado, MUC2 foi elevada expressão em cancro gástrico [35]. Embora uc001lsz parece jogar como gene supressor de tumor no cancro gástrico e muitos outros tipos de tumores, que podem desempenhar um papel diferente no cancro da próstata, onde uc001lsz foi altamente expresso (Figura 3C).
Biomarcadores tumorais moleculares são ferramentas de diagnóstico e de prognóstico vitais. Os nossos dados mostram que a expressão de uc001lsz foi aberrante em cancro gástrico precoce e lesões pré-cancerosas gástricas (Figura 5A). E as mudanças extraordinárias talvez aparecem nas lesões pré-cancerosas (Figura 5B). Esta investigação indica que uc001lsz pode ser um biomarcador candidato de câncer gástrico.
Conclusões
Em resumo, nós retratam um perfil de expressão lncRNA que associado com câncer gástrico. A sobre-expressão de H19 em linhas celulares de cancro gástrico e tecidos sugere que a H19 pode ser participado no cancro gástrico. A expressão reduzida de uc001lsz em linhas celulares de cancro gástrico e tecidos, as suas associações com fase TNM, e a sua desregulação em precocemente o cancro e lesões pré-cancerosas sugerem que uc001lsz pode ter um papel importante na ocorrência de cancro gástrico e ser um biomarcador potencial para o diagnóstico de início câncer gástrico
abreviações
ANG:.
Angiopoietina
CA19-9:
Carboidratos antigénio 19-9

CEA:
antígeno carcinoembrionário
Ct:
ciclo Threshold
DC /CIK:
/assassino induzida por citocinas de células dendríticas
FGF-18:
de crescimento de fibroblastos fator-18
GACAT1:
O câncer gástrico -associated transcrição 1
H19:
O parceiro reciprocamente impressa de Igf2
HCC:
carcinoma hepatocelular

HOTAIR:
HOX RNA transcrito antisense
HOX:
homeobox
HULC:
altamente regulada no cancro do fígado
IGF2:
fator de crescimento semelhante à insulina 2
IGF2-AS:
IGF -IR e IGF-IIR antisense
IGF-IR:
Insulin-like tipo de fator de crescimento I receptor
IGF-IIR:
Insulin-like tipo de fator de crescimento receptor II
lncRNA: Quanto tempo RNA não-codificante
malat-1: <

• Detecção de sentinela e não-sentinela micrometástases em linfonodos por cortes seriados completa e análise de imuno-histoquímica para detecção de cancer
• vinculativo EBNA1 e regulação epigenética de genes supressores tumorais gastrokine em gástrica carcinoma cells