Длинные некодирующих профиль экспрессии РНК при раке желудка человека и его клиническая significances

Длинные некодирующих экспрессии РНК профиль при раке желудка человека и его клинических значимостей
Аннотация
Справочная информация
Длинные Некодирующих РНК (lncRNAs) являются превалирующе расшифрованы в геноме пока их потенциальные роли в злокачественных опухолях человека недостаточно хорошо изучены. Цель настоящего исследования состояла в том, чтобы определить профиль экспрессии lncRNA при раке желудка и его потенциальное клиническое значение.
Методы
глобальный профиль экспрессии lncRNA при раке желудка измеряли с помощью lncRNA микрочипов. Уровни двух репрезентативных lncRNAs, Н19 и uc001lsz, были подтверждены в режиме реального времени обратной транскриптазы-полимеразной цепной реакции. Соотношение между их уровнями и клинико-патологическими факторами больных раком желудка была изучена. Приемник работает характеристической кривой (ROC) была построена для дифференциации рака желудка от доброкачественных заболеваний желудка.

Результаты Всего 135 lncRNAs, что дифференциальные уровни экспрессии между опухолевыми и неопухолевых тканей были более чем в два раза, были найдены ( GEO No. GSE47850). Наиболее понижающей регуляции lncRNAs в желудочных тканях рака были FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 и AK054588; в то время как самые современные регулируемые из них были H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978 и DB077273. Н19 был найден весьма выраженный в желудке и клеток рака печени линии, в то время как смирен выражены при раке легкого и клеточные линии рака предстательной железы. Uc001lsz был смирен выражается в желудочных, легочных и раковых клеток печени линий, в то время как высокий уровень экспрессии при раке простаты. Площади под кривыми ROC были до 0,613, 0,751 и 0,761 для H19, uc001lsz и комбинацию соответственно.
Выводы
профиле экспрессии lncRNA при раке желудка предполагает потенциальную роль lncRNAs в возникновении рака желудка и развитие. Избыточная экспрессия H19 при раке желудка позволяет предположить, что H19 может быть участие в рак желудка. Пониженная экспрессия uc001lsz в желудочном линиях раковых клеток и тканей, ее ассоциации со стадией TNM, и его дисрегуляция в ранних стадиях рака и предраковых поражений позволяют предположить, что uc001lsz может быть потенциальным маркером для диагностики ранних стадий рака желудка.
Ключевые слова <бр> рак желудка Длинные некодирующих РНК профиля экспрессии H19 uc001lsz Справочная информация
хорошо изученной компоненты в геноме человека являются те, белок-кодирующих генов. Тем не менее, кодирующих экзонов этих генов составляют лишь 1,5% генома [1]. В последние годы она становится все более очевидным, что небелковой кодирования часть генома имеет решающее значение для функционального возникновения заболевания [2]. Некодирующей РНК (нкРНК) характеризуют, как три типа, длинные нкРНК, среднего размера нкРНК и короткой нкРНК [1]. Несмотря на то, что большинство исследований по нкРНК сосредоточены на коротких нкРНК, таких как микроРНК (миРНК), длинные некодирующие РНК (lncRNAs) быстро приобретает известность в последнее время.
LncRNAs больше, чем 200 нуклеотидов в длину [3]. Они появились в последнее время в качестве основных игроков в управлении фундаментальных биологических процессов. Аберрантная экспрессия lncRNAs ассоциируется с раком [3]. Например, Дифференциальная отображение кода 3 (DD3 PCA3), простата-специфический lncRNA, по-видимому, маркер для ранней диагностики рака предстательной железы [4]. Что более важно, DD3 PCA3 могут быть обнаружены в моче у пациентов с раком простаты [5]. Хотя метастазирование ассоциируется легких аденокарциномы транскрипт 1 (Малаты-1) впервые встречается ненормальная выраженная в метастазирует карцином немелкоклеточного клеток легкого [6], то вверх регулируется в гепатокарциномой, рак молочной железы, рак поджелудочной железы, колоректальный рак и рак простаты [7]. Малат-1 является не только потенциальным диагностическим маркером, но и потенциальный прогностический маркер [8]. HOX транскрипт антисмысловой РНК (HOTAIR) связан с раком молочной железы и колоректального рака [9, 10]. H19, другой известный lncRNA, часто участвует в педиатрических и взрослых опухолей [11].
Рак желудка по-прежнему одна из самых частых причин смертности в мире [12]. Тем не менее, традиционные стратегии, основанные на радикальной хирургии для лечения рака желудка еще не удовлетворительны. Таким образом, выявление механизмов возникновения и развития рака желудка привлекает повышенное внимание в исследовании рака.
Поскольку глобальный профиль экспрессии lncRNA при раке желудка не полностью раскрытый, в настоящем исследовании, мы исследовали профиль экспрессии lncRNA в рак желудка. Затем была изучена взаимосвязь между аберрантно выраженной-lncRNAs и клинико-патологическими факторами больных раком желудка. Наши данные предоставляет кандидатов диагностические биомаркеры рака желудка.
Методы
Пациенты и образцы тканей
больных раком желудка, в том числе желудка тканей рака, предраковых поражений и соответствующими смежными неопухолевой ткани сразу же сохранились в РНК (закрепитель Bioteke, Пекин, Китай) после удаления из организма и хранили при -80 ° с до использования. Образцы тканей были получены из хирургических или биопсии с февраля 2011 года по июнь 2012 года в трех онкологических центрах, Yinzhou Народной больницы, Ningbo No. 1 больница и филиал больницы Нинбо школы медицины университета, Китай. Информированное согласие было принято у всех испытуемых. Исследования Комитет по этике Человеческий Нинбо университета одобрил все аспекты данного исследования. Опухоли были поставлены в соответствии с опухолевой-узла-метастаз (TNM) постановка системы Международного союза против рака (5 е изд). Гистологическое класс был оценен Национальной Comprehensive Cancer Network (NCCN) клиническую практику рекомендаций по онкологии (V.1.2011). В неопухолевой ткани в 5 см от края опухоли, и не было никаких видимых опухолевых клеток, оцениваемое по патологоанатомом. Там не было ни лучевая терапия, химиотерапия, целевая терапия или дендритных клеток /цитокин-индуцированной убийца (DC /CIK) терапии до верхних отделов желудочно-эндоскопического обследования или операции.
Тотальной РНК подготовки
Общую РНК выделяли с использованием реагента тризола ( Invitrogen, Карлсруэ, Германия) в соответствии с инструкциями изготовителя [13].
LncRNA микрочипов анализ
Три парные биопсии были получены у пациентов (55 лет и мужчина, 76 лет, и мужчины, и 88 лет и женского пола) с плохо или плохо и-умеренно дифференцированный рак желудка. Человек микрочипов lncRNA был изготовлен в системе NimbleGen Гибридизация (Arraystar, Rockville, MD). Более 23 000 lncRNAs были собраны из авторитетных источников данных, включая Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) RefSeq, Университет Калифорнии, Санта-Круз (УСК), lncRNAs из литератур и ультра Консервативные области (UCRs) [14]. Данные были извлечены и нормализуется с помощью NimbleScan программного обеспечения V2.5 (Roche NimbleGen, Madison, WI). Кроме того, анализ данных проводили с использованием Agilent GeneSpring GX 11.5 программного обеспечения (Agilent Technologies, Санта-Клара, Калифорния).
клеточной культуре
желудка человека эпителиальной клеточной линии (GES-1), желудочные клеточные линии рака (AGS, MGC-803 и SGC-7901), печени нормальная клеточная линия (HL-7702), карциному печени клеточные линии (HepG2 и ДУМК-7721), легких плода фибробласты клеточная линия (Helf), легких клеточная линия карциномы (А549), линия эпителиальных клеток простаты (RWPE-1), и линии клеток карциномы предстательной железы (Ду-145 и PC-3) были получены из Шанхайского института биохимии и клеточной биологии китайской академии наук (Шанхай, Китай). Клетки культивировали в колбах с культурой при 37 ° C в увлажненной атмосфере, содержащей 5% CO <суб> 2 [15].
Обнаружение QRT-ПЦР-Н19 и uc001lsz
в реальном времени количественного обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции (QRT-PCR) является золотым стандартом для верификации данных. Для того, чтобы проверить результаты lncRNA микрочипов, кДНК генерируется с использованием GoScript обратной транскрипцией (RT) Система (Promega, Madison, WI). Количественный полимеразной цепной реакции (КПЦР) был достигнут при использовании GoTaq КПЦР Master Mix (Promega, Madison, WI), на Mx3005P ПЦР в реальном времени системы (Stratagene, La Jolla, CA). Последовательности праймеров ПЦР для Н19, uc001lsz и бета-актина, представлены следующим образом: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(смысловой) и 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (антисмысловой) для Н19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(смысловой) и 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (антисмысловой) для uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(смысловой) и 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (антисмысловой) для бета-актина. Данные были проанализированы с помощью метода
δ C <суб> T [16, 17]. Все результаты выражали в виде средних ± стандартное отклонение трех независимых экспериментов.
Клонирование и секвенирование продуктов QRT-PCR
Продукты QRT-ПЦР lncRNA впервые были очищены с использованием набора для очистки продукта UNIQ-10 ПЦР и затем клонированы в вектор pUCm-T (Sangon Biotech, Шанхай, Китай), следуя инструкциям изготовителя. Затем, секвенирования ДНК проводили Sangon Biotech Co., Ltd.
Серологический анализ опухолевый маркер
Serum карциноэмбриональному антигена (CEA) и углеводного антигена 19-9 (CA19-9) измеряли с помощью машины Elecsys 2010 (Roche Диагностика, Базель, Швейцария). Значения среза были 5 нг /мл и 35 Ед /мл для CEA и CA19-9 соответственно.
Статистический анализ
Все статистические данные были проанализированы с помощью статистической программы для социальных наук (SPSS) 18.0 программного обеспечения (SPSS, Чикаго , IL), и GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). Один из способов анализа теста дисперсии, Стьюдента Стьюдента
-test и тест суммы рангов были использованы в зависимости от обстоятельств. Кривая приемник рабочая характеристика (ROC) была создана для оценки диагностической ценности. P
&л; 0,05 считали статистически значимыми.

Результаты профилей экспрессии LncRNA в желудочном раковых тканей по отношению к соседним неопухолевых тканей
паттерны экспрессии lncRNA между желудочных раковых тканей и прилегающих к ним неопухолевых тканей оказались существенно отличаются (Рисунок 1). Всего 135 lncRNAs, что выражение изменение было более чем в два раза, были найдены (инвентарные номера GEO является 47850; HTTP:.... //WWW NCBI NLM NIH гов /гео /запрос /соотв. CGI? акк = GSE47850). Среди них, 71 и 64 были вверх и вниз, выраженное в опухолевых тканях, соответственно. Наиболее понижающей регуляции lncRNAs в желудочных тканях рака были FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 и AK054588. Самую регулируемые lncRNAs в желудочных тканях рака были H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978 и DB077273 (таблица 1). Рисунок 1 Изменения в профилях экспрессии lncRNA между желудочных тканей карциномы и неопухолевых тканей. Результат от Иерархическая кластеризация показывает различимый выражение lncRNA профилирующего среди образцов. "Красный" указывает на высокую относительную экспрессию; и "синий" указывает на низкую относительную экспрессию.
Таблица 1 Более чем в четыре раза дифференцированно выраженных lncRNAs в желудочном раковых тканей по сравнению с парными неопухолевых тканей
Имя

Chromosome

Положение

Fold изменение

SourceA

P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: HTTP:.. //lncrnadb ком /По умолчанию ASPX; lincRNA: HTTP:.. //УСК генома Edu /CGI-BIN /hgGateway; .. RefNR: HTTP: //УСК генома Edu /CGI-BIN /hgTables; .... HTTP: //WWW NCBI NLM NIH гов /RefSeq /; .. UCSC_knowngene: HTTP: //УСК генома Edu /CGI-BIN /hgTables; мРНК: HTTP:... //УСК генома Edu /CGI-BIN /hgTables
Выражение H19 была повышающей регуляции в тканях желудка карциномы
Так как Н19 был найден наиболее повышающей регуляции lncRNA в желудочном раковой ткани, вплоть до 8,91-кратного изменения обнаружения микрочипов (таблица 1), чтобы подтвердить этот результат, мы обнаружили уровень экспрессии Н19 в двух типах раковых тканей, биопсия тканей и хирургических образцов, с помощью QRT-PCR. Во-первых, мы исследовали уровень экспрессии Н19 в 15 пар тканей карциномы желудка 'биопсии. Мы обнаружили, что его уровень в тканях рака был значительно выше, чем в неопухолевых тканях (рис 2А). Затем мы обнаружили уровень H19 в большом количестве хирургических образцов. Как показано на рисунке 2B, это было до регулируемых в 74,0% (57/77) желудка тканей рака (P = 0,029
). Путем секвенирования продукта QRT-PCR, мы обнаружили, что последовательность Н19 (рис 2C) согласуется с этим из базы данных (HTTP:.... //WWW NCBI NLM NIH GOV /ген /283120). Рисунок 2 Н19 был повышающей регуляции в желудочном раковых тканей, желудочный линий раковых клеток и других линий клеток рака общего. В режиме реального времени QRT-ПЦР использовали для определения уровня экспрессии H19. В δ C
T величина была определена путем вычитания -актина C
значение Т из целевого lncRNA C значения
т. Меньший
т δ C значение указывает на более высокую экспрессию. Уровень H19 в тканях биопсии рака желудка (п
= 15, P = 0,014
; A) и желудочные раковые ткани (п
= 77, P = 0,029
; B). Секвенирование результатом QRT-PCR-продукт Н19 (C). Уровень Н19 в желудочном линий раковых клеток (AGS, MGC-803 и СГК-7901) и клеток рака печени линии (ДУМК-7721 и HepG2) был выше, чем в желудочном линии эпителиальных клеток человека ГЭС-1 и человеческой печени нормальной клетки линии HL-7702, соответственно; Тем не менее, ее уровень в легких клеток рака A549 линии и линии клеток рака простаты (DU-145 и PC-3) была ниже, чем в эмбриональный фибробласт легких линии клеток человеческой Helf клетки и простаты эпителиальные клетки линии человеческой RWPE-1 (D). Все результаты выражены как среднее значение ± SD трех независимых экспериментов. #P
&Л; 0.001.
Выражение H19 в общей линии клеток рака
Для получения более подробной информации о экспрессии Н19 в раковых заболеваний, мы исследовали его уровень в некоторых общих линий раковых клеток. Как показано на рисунке 2D, по сравнению с соответствующей нормальной клеточной линии, Н19 был обнаружен высокий уровень экспрессии в линии рака желудка клеток (AGS, MGC-803 и СГК-7901) и клеточных линий гепатоцеллюлярной карциномы (ДУМК-7721 и HepG2), в то время как смирен выражено в линии клеток рака легкого (А549) и клеточных линий рака простаты (DU-145 и PC-3).
Выражение uc001lsz подавлялась в желудочных тканях карциномы
uc001lsz является новоявленная lncRNA, который расшифрованы с передней нити в хромосоме 11p15.5. Из результатов микрочипов (таблица 1), мы видим, что uc001lsz был вторым самым понижающей регуляции lncRNA в желудочном ткани рака. Еще одна причина того, что побудило нас провести дальнейшее изучение uc001lsz было то, что это транс
связано с MUC2, который секретируется и образует нерастворимый слизистого барьера в просвет кишечника. Для дальнейшей проверки экспрессии uc001lsz при раке желудка, мы расширили количество образца. Эти данные указывают на то, что она была значительно понижающей регуляции в 84,4% (65/77) желудочных раковых тканей (фиг.3А, P
&ЛТ; 0,001). Секвенированием продукта QRT-PCR, мы обнаружили, что последовательность uc001lsz (рис 3B) согласуется с этим из базы данных (HTTP:. //Геном УСК Edu /CGI-BIN /hgTables.). Рисунок 3 Uc001lsz подавлялась в желудочных тканях рака, желудка линий раковых клеток и других линий общих клеток рака. В режиме реального времени QRT-ПЦР использовали для определения уровня экспрессии uc001lsz. были проведены три независимых эксперимента. Уровень uc001lsz в желудочном раковых тканей была значительно ниже, чем в соответствующих неопухолевой ткани (п
= 77, P
≪ 0,001; А). Секвенирование результатом QRT-PCR-продукт uc001lsz (B). Уровень uc001lsz в желудочном линий раковых клеток (AGS, MGC-803 и СГК-7901), клеток рака печени линии (ДУМК-7721 и HepG2) и рак легких клеток линии А549 была ниже, чем в желудочном эпителиальной клеточной линии человека GES- 1, печени нормальная клеточная линия человеческого HL-7702 и линии плода фибробластов легких клеток человека Helf, соответственно; Тем не менее, ее уровень в линиях клеток рака простаты (DU-145 и PC-3) был выше, чем в простаты эпителиальной клеточной линии человеческого RWPE-1 (C).
Выражение uc001lsz в линиях раковых клеток общего
на получить информацию выражение о uc001lsz в наиболее распространенных видов рака, мы обнаружили его уровень в несколько строк общих клеток рака. Мы обнаружили, что по сравнению с соответствующей нормальной клеточной линии, uc001lsz был смирен выражено при раке желудка (AGS, MGC-803 и SGC-7901), рак легкого (А549) и рак печени (ДУМК-7721 и HepG2) клеточные линии, в то время как только высоко выраженное в раке простаты (DU-145 и PC-3) клеточных линий (рис 3C).
Потенциальные диагностические значения H19 и uc001lsz
Затем мы провели анализ, чтобы определить, является ли H19 или uc001lsz выражение было связано с клинико-патологическими особенности рака желудка. Как показано в таблице 2, уровень uc001lsz был связан со стадиями TNM (Р = 0,032
). Положительные темпы детектирования H19 и uc001lsz являются 74,0% и 84,4%, соответственно. Оба из них выше, чем у общего желудка биомаркеров рака CEA (64,0%) и CA19-9 (53,3%) (таблица 2). Площади под кривыми ROC были до 0,613, 0,751 и 0,761 для H19, uc001lsz, и комбинация, соответственно (Рисунок 4). Комбинированное использование H19 и uc001lsz незначительно увеличила диагностическую value.Table 2 Взаимоотношение H19 и uc001lsz уровней экспрессии (Δ C Т) в раковых тканях с клинико-патологическими факторами больных раком желудка управлением
Характеристики

Нет. пациентов (%)

H19

uc001lsz


Среднее ± SD

P Значение

Среднее ± SD <Ьг>
P значение

Возраст (лет)
≥ 60
59 (76,6)
8,74 ± 4,67
0,588
18,85 ± 4,94
0,240 <бр> &л; 60
18 (23,4)
8,08 ± 3,99
17,28 ± 4,85
Гендер
Мужской
57 (74,0)
8,66 ± 4,81
0,823
18,19 ± 5,01
0,355
Женский
20 (26,0)
8,40 ± 3,44
19,37 ± 4,58
Диаметр (см) б
≥ 5
39 (52,0) <бр> 7,98 ± 4,44
0,282
18,49 ± 5,03
0,682
&ЛТ; 5
36 (48,0)
9,10 ± 4,53
18,01 ± 5,11
CEAB
положительный результат
48 (64,0)
8,45 ± 4,21
0,882
18,28 ± 4,54
0,593
Отрицательный
27 (36,0)
8,61 ± 5,01
18,92 ± 5,71
CA19-9b
Положительный
40 (53,3)
8,68 ± 3,87
0,720
18,65 ± 4,64
0,792
Отрицательный
35 (46,7)
8,31 ± 5,14
18,35 ± 5,37
Differentiationc
Ну
3 (4.9)
8,28 ± 1,92
0,635
15,34 ± 5,40
0,371
Умеренный
33 (54,1)
9,05 ± 4,40
19,37 ± 4,85
Плохо
25 (41,0)
7,84 ± 5,47
19,54 ± 4,91
лимфатической metastasisc

20 N0 (32,8)
8,95 ± 3,17
0,926
18,55 ± 6,01
0,472
N1 &Amp; N2 &Amp; N3
41 (67,2)
9,07 ± 5,25
19,53 ± 4,39
Дистальный metastasisc
M0
58 (95,1) <бр> 8,87 ± 4,70
0,258
19,13 ± 5,02
0,617
M1
3 (4.9)
12.00 ± 1.30
20,62 ± 3,74
Invasionc
Tis &Amp; T1-T3
20 (32,8)
10,04 ± 3,86
0,237
17,73 ± 4,72
0,105
T4
41 (67,2)
8,53 ± 4,95
19,93 ± 4,95
TNM stagec
0 &Amp; I &Amp; II
24 (39,3)
9.40 ± 3.86
0,620
17,81 ± 5,52
0,032
III &Amp; IV
37 (60,7)
8.79 ± 5.14
20,49 ± 3,98
Aall образцы состоят из 16 образцов биопсии эндоскопических и 61 образцов хирургии у пациентов с раком желудка.
BNOT обнаружено 2 пациентов, которые были проводили эндоскопии обследование.
COnly включает 61 пациентов хирургии.
Рисунок 4 кривой ROC.
Выражение uc001lsz был аберрантное в ранних стадиях рака и предраковых поражений
наконец, соблюдать возможные ранние диагностические значения lncRNA, мы измерили уровень uc001lsz в ранних стадиях рака и предраковых поражений. Мы обнаружили, что его уровень был примечателен ниже в этих поражений по сравнению с таковыми соответствующими смежными неопухолевой ткани (рис 5А). Уровень uc001lsz в нормальных тканях была значительно выше, чем в предраковых состояний и ранних раковых тканей. Кроме того, ее уровень в предраковых поражений было заметно выше, чем в ранних раковых тканей (рис 5б). Рисунок 5 Выражение uc001lsz в ранних стадиях рака и предраковых поражений. Уровень uc001lsz в ранней патологической ткани, изменение ниже, чем в парном нормальной ткани (п
= 14, P = 0,0016
; А). Уровень uc001lsz в нормальной ткани, значительно выше, чем в предраковых состояний и ранних форм рака (В). #P
&Л; 0,001; * P &
л; 0.05.
Обсуждение
Исследования показали, что ~ 18% белка кодирующих генов, которые производят lncRNAs связаны с раком, в то время как лишь 9% от всего человеческого белка кодирующих генов связаны с раком [18]. Отношения между lncRNAs и опухолей в настоящее время стал одним из основных направлений исследований рака.
Существует свидетельств того, что lncRNAs являются отношение к пищеварительной системы опухолей [19]. Три lncRNAs, H19, HOTAIR и lncRNA высоко усиливается в раке печени (HULC), были найдены в суперэкспрессия гепатоцеллюлярной карциномы человека (HCC) [20-22]. Кроме того, HULC выражение не ограничивается только НСС, но также выражается в колоректальных карцином, которые метастазируют в печень [23].
Исследования о lncRNAs, связанных с желудка ограничены. ВС и др.
Обнаружили, что уровень экспрессии рака желудка ассоциированного транскрипта 1 (GACAT1) или AC096655.1-002, достоверно коррелировал с метастазов в лимфатических узлах, отдаленными метастазами, TNM стадий и дифференцировки [17]. Мэй и др.
Сообщил, что убиквитин-подобный модификатор (SUMO) 1 псевдогеном 3, SUMO1P3, может быть потенциальным биомаркером в диагностике рака желудка [16]. Niinuma и др.
Установлено, что избыточная экспрессия HOTAIR была заметно связана с высоким риском желудочно-кишечных стромальных опухолей [24]. РНК, 7SK небольшой ядерный (RN7SK) может косвенно регулировать желудка туморогенез с помощью положительного транскрипции фактора элонгации-б (п-TEFb) [25]. H19 может играть важную роль в развитии рака желудка потерей импринтинга и других механизмов [26, 27]. Последние, Цао и др
. используемые методы биоинформатики для скрининга профили экспрессии lncRNA, связанных с раком желудка [28]. Во-первых, два общедоступных массивов экзонов человека для рака желудка и данных для соответствующей нормальной ткани были загружены с GEO. Затем зонды массивов экзонов человека были вновь примеч. Наконец, зонды однозначно отображающие к lncRNAs на генном уровне были сохранены. Были определены Всего 88 lncRNAs, которые были дифференцированно выражены в раке желудка [28].
Здесь подходы для скрининга рака желудка ассоциированных с lncRNAs отличались от тех, которые используются Цао и др
. [28]. Для того, чтобы определить замечательно вниз регулируется или вверх-регулируемых lncRNAs при раке желудка, мы сначала собирали рак желудка и смежных образцов неопухолевой ткани из верхних отделов желудочно-эндоскопическом обследовании. Из профилей экспрессии lncRNA, полученных из lncRNA микрочипов анализа (рисунок 1), мы обнаружили, что среди существенно различных выраженных lncRNAs (таблица 1), только H19 был обнаружен в других раковых заболеваний [11, 20, 26, 27]. В результате, это имеет решающее значение для дальнейшего уточнения клинических подписей lncRNAs в диагностике и лечении рака желудка.
Растущие исследования функционально характеризуемого lncRNAs показывает, что эти транскрипты играют важную роль в различных физиологических процессах, в том числе эмбриональной дифференцировки стволовых клеток [29], Т-клеточной дифференцировки [30], дифференциация кератиноцитов [31], в частности, измененное выражение lncRNAs может привести к раку [32].
в настоящем исследовании мы сосредоточились на двух lncRNAs, H19 и uc001lsz , Было обнаружено, что уровень экспрессии Н19 в желудочном раковых тканей, чтобы быть, очевидно, выше, чем в неопухолевых тканях (рис 2А и В). Вместе с увеличением экспрессии Н19 в желудочном линий раковых клеток (рис 2D), мы полагаем, что H19 может играть важную роль в патогенезе рака желудка. Интересно, экспрессия H19 не увеличивается в каждом типах опухоли. Как показано на рисунке 2D, экспрессия H19 уменьшается в гепатокарциномой и рака простаты. Эти результаты дополнительно подтвердить, что Н19 не только действует как онкоген, но также в качестве супрессора опухоли [20, 27, 33]. Matouk и др
. Установлено, что стучит вниз по H19 РНК привело почти полное ослабление p57 индукции kip2 в ответ на гипоксию [20]. Кроме того, они обнаружили, что Н19 был связан с ангиопоэтина (ANG) и фактора роста фибробластов-18 (FGF-18), функции которого участвуют в росте опухоли и пролиферации [20]. Для того, чтобы понять молекулярный механизм, с помощью которого H19 увеличивает рост клеток рака желудка, Ян и др
. исследовали, влияет ли Н19 функцию опухолевого супрессора р53 [27]. Они обнаружили, что Н19 был связан с р53, и что это объединение привело к частичной инактивации р53 [27].
В отличие от Н19, uc001lsz уровень экспрессии в желудочном раковых тканей было обнаружено, что заметно ниже (Фиг.3А). Как показано на рисунке 3C, экспрессии uc001lsz в желудочном линиях раковых клеток (AGS и MGC-803) ниже, чем в желудочном эпителиальной клетки (GES-1), но не было никакого существенного отличается от SGC-7901 и ГЭС-1 , Может быть, низкосортных злокачественной SGC-7901 приводит к такому результату. Что еще более важно, большая связь между uc001lsz экспрессии и TNM стадии были найдены (таблица 2). Эти результаты подтвердили uc001lsz в качестве важного игрока в ингибирование развития рака желудка. Как известно, многие lncRNAs транскрибируются вблизи или внутри кодирующей белок локусов, который укрепил гипотезу о том, что lncRNAs может иметь цис
-Актерское эффекты в пределах этих локусов. Но uc001lsz может иметь транс
-Актерское эффект в пределах прилегающих к нему белок-кодирующих локусов. MUC2
, член семейства белков муцина генов, находится рядом с UC001LSZ
. MUC2 секретируется на поверхности слизистой оболочки, где она секретируется из бокаловидных клеток в эпителиальной выстилки в просвет желудка [34]. Как сообщалось, MUC2 был высокий уровень экспрессии при раке желудка [35]. Хотя uc001lsz кажется играет, как ген-супрессор опухолей при раке желудка и многих других типов опухолей, он может играть различную роль в развитии рака простаты, где uc001lsz была высоко выраженной (рис 3C).
Молекулярные опухолевые биомаркеры являются жизненно важными диагностические и прогностические инструменты. Наши данные показывают, что экспрессия uc001lsz была аберрантное в раннем раке желудка и желудочных предраковых поражений (рис 5А). И чрезвычайные изменения, возможно, появляются в предраковых состояний (рис 5б). Это исследование указывает на то, что uc001lsz может быть кандидатом биомаркером рака желудка.
Выводы
В целом, мы изображают профиль экспрессии lncRNA, что связано с раком желудка. Сверхэкспрессия Н19 в желудочном линиях раковых клеток и тканей, позволяет предположить, что Н19 может быть участие в рак желудка. Пониженная экспрессия uc001lsz в желудочном линиях раковых клеток и тканей, ее ассоциации со стадией TNM, и его дисрегуляция в ранних стадиях рака и предраковых поражений позволяют предположить, что uc001lsz может играть важную роль в возникновении рака желудка и стать потенциальным биомаркером для диагностики ранних рак желудка
Сокращения
ANG:.
Ангиопоэтинподобный


CA19-9:
углеводный антиген 19-9


CEA:
Карциноэмбриональный антиген


Ct:
Пороговый цикл


DC /CIK:
дендритных клеток /цитокин-индуцированной убийца


FGF-18:
фактор роста фибробластов-18


GACAT1:
рак желудка -associated транскрипт 1


H19:
The совмещенных импринтинга партнер Igf2


HCC:
гепатоцеллюлярной карциномой


HOTAIR:
HOX транскрипт РНК антисмысловой


HOX:
гомеобоксных


HULC:
Высоко в повышающей регуляции рака печени


IGF2:
инсулиноподобный фактор роста 2


IGF2-AS:
ИФР -ИК и ИФР-IIR антисмысловой


ИФР-IR:
инсулиноподобный фактор роста типа I рецептор


ИФР-IIR:
инсулиноподобный фактор роста типа рецептора II


lncRNA:
Длинные некодирующих РНК


Малаты-1: <

• Обнаружение дозорных и недозорных лимфатических узлов микрометастаз полным серийным секционирования и имму…
• EBNA1 связывания и эпигенетической регуляции генов-супрессоров опухолей gastrokine в желудочных клетках карциномы