Dugo nekodirajuće izraz RNK profil u ljudskom raka želuca i njegove kliničke significances

Long nekodirajuće izraz RNK profil u ljudskoj raka želuca i njenih kliničkih značajki,
apstraktne pregled pozadine
Dugi kodiranja RNA (lncRNAs) su pretežno prepisana u genomu, ali njihove potencijalne uloge u ljudskim karcinoma nisu dobro razumjeli. Cilj ovog istraživanja bio je utvrditi profil lncRNA izraz u rak želuca i njegovu potencijalnu kliničku vrijednost.
Metode
Globalna lncRNA izraz profil kod raka želuca mjerena je lncRNA microarray. Razine dvaju reprezentativnih lncRNAs, H19 i uc001lsz, potvrđeni su u realnom vremenu reverzne transkriptaze-lančane reakcije polimeraze. Odnos između svojih razina i kliničkopatološkim čimbenika u bolesnika s karcinomom želuca bila istražena. Prijemnik operativni karakteristične (ROC) krivulja je konstruirana za razlikovanje raka želuca od benignih želučanih bolesti. | Rezultati
ukupno 135 lncRNAs koje diferencijal razine ekspresije između tumora i ne-tumorskog tkiva bili su više nego dvostruko, pronađeni su ( GEO br GSE47850). Najviše dolje regulirana lncRNAs u želučanog tkiva raka su FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 i AK054588; a najviše up-regulirana one bile H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978 i DB077273. H19 pronađen visoko izražen u želucu i rak jetre staničnim linijama, a skromno izraženi za rak pluća i rak prostate staničnih linija. Uc001lsz je skromno izražen u želuca, pluća i rak jetre staničnim linijama, dok je vrlo izražena u karcinom prostate. Područja pod ROC krivulje su do 0,613, 0,751 i 0,761 za H19, uc001lsz, a kombinacija, respektivno. Pregled Zaključci
lncRNA ekspresije profil na rak želuca ukazuje na potencijalne uloge lncRNAs u nastanku raka želuca i razvoj. Unosom H19 kod raka želuca sugerira da H19 mogu sudjelovao u raka želuca. Smanjena ekspresija uc001lsz u želučanih staničnim linijama karcinoma i tkiva, njegova povezanost s TNM stadiju, a njegova deregulacija u ranom stadiju raka i prekanceroznih lezija sugeriraju da uc001lsz može biti potencijalni marker za dijagnozu ranog karcinoma želuca. Pregled riječima
rak želuca Long nekodirajuće RNA Expression profila H19 uc001lsz Pozadina pregled dobro proučavana komponente u ljudskom genomu su oni gena za kodiranje proteina. Međutim, kodiranja egzoni ovih gena čine samo 1,5% genoma [1]. U posljednjih nekoliko godina, postalo je sve jasnije da je dio non-protein kodiranje genoma od presudne funkcionalnog značaja za pojavu bolesti [2]. Ne-kodiranja RNA (ncRNAs) okarakterizirati kao tri tipa, duge ncRNAs, Mid-size ncRNAs i kratke ncRNAs [1]. Iako se većina istraživanja o ncRNAs usmjerena na kratko ncRNAs, kao što mikroRNA (miRNAs), Dugi kodiranja RNA (lncRNAs) brzo dobivanjem neravnina u posljednje vrijeme.
LncRNAs su veći od 200 nukleotida [3]. Oni su se pojavili u posljednje vrijeme kao glavnih igrača u uređuje temeljne biološke procese. Aberantna ekspresija lncRNAs je povezana s karcinomima [3]. Na primjer, Diferencijalna prikaz broj 3 (DD3 PCA3), A lncRNA prostata-specifični, čini se da je marker za rano otkrivanje raka prostate [4]. Što je još važnije, DD3 PCA3 može se otkriti u urinu bolesnika s rakom prostate [5]. Iako metastaza povezanih adenokarcinoma pluća transkript 1 (MALAT-1) Prvo je abnormalno izražena u metastazira ne-malih stanica karcinoma pluća [6], to je viša u hepatocarcinoma, rak dojke, rak gušterače, rak debelog crijeva, te rak prostate [7]. MALAT-1 nije samo potencijalni dijagnostički marker, ali i potencijalni prognostički marker [8]. HOX Transkript RNA (HOTAIR) je povezan s rakom dojke i raka debelog crijeva [9, 10]. H19, još jedan poznati lncRNA, često je uključen u pedijatrijskih i odraslih tumorima [11].
Rak želuca je i dalje jedan od najčešćih uzroka smrtnosti u svijetu [12]. Međutim, tradicionalni strategije temeljene na radikalnu operaciju za liječenje karcinoma želuca još nisu zadovoljavajuća. Stoga se otkrilo od mehanizama nastanka i razvoja karcinoma želuca privlači veću pozornost u istraživanju raka.
S obzirom da je globalna lncRNA izraz profil kod raka želuca nije u potpunosti otkrio, u ovom istraživanju, istraživali smo lncRNA izraz profila u rak želuca. Tada je odnos između neuobičajeno izražene-lncRNAs i kliničkopatološkim čimbenika u bolesnika s karcinomom želuca bila istražena. Naši podaci pruža kandidatima za dijagnostiku biomarkera raka želuca.
Metode pregled Pacijenti i primjerci pregled pacijenata s rakom želuca "tkiva, uključujući želučanog tkiva raka, pretkarcinomsku lezija i odgovarajućih susjednih ne-tumorskih tkiva odmah su sačuvane u RNK fixer ( Bioteke, Peking, Kina) nakon odstranjivanja iz tijela i pohranjeni na -80 ° C do upotrebe. Uzorci tkiva dobiveni su iz kirurških ili uzoraka biopsije od veljače 2011. do lipnja 2012. godine, na tri središta raka, Yinzhou narodne bolnice, Ningbo br.1 bolnice i njenih povezanih bolnice Ningbo University School of Medicine, Kina. Informirani pristanak je preuzet iz svih predmeta. Istraživanje Etičko povjerenstvo Ljudska Sveučilišta Ningbo odobrio sve aspekte ovog istraživanja. Tumori su stupili u skladu s tumorom-čvor-metastaza (TNM) uprizorenje sustava Međunarodne unije protiv raka (5 izd). Histološki stupanj je ocijenjen prema National Comprehensive Cancer Network (NCCN) kliničkoj praksi smjernica za onkologiju (V.1.2011). Ne-tumorskih tkiva su 5 cm od ruba tumora i nije bilo očitih tumorske stanice, kao što je evaluirano strane patologa. Nema radioterapija, kemoterapija, ciljano liječenje ili dendritičke stanice /ubojica citokinom (DC /CIK) terapije prije gornje ispitivanju gastrointestinalnog endoskopiju ili rad. Pregled ukupne RNA priređivanje pregled Ukupna RNA izolirana je pomoću Trizol reagensa ( Invitrogen, Karlsruhe, Njemačka) slijedeći upute proizvođača [13]. pregled LncRNA test mikropostrojima pregled tri uparena uzorak biopsije dobivene su od bolesnika (55 y i muškarac, 76 y i muškarac, a 88 y i žensko) s slabo ili loše-i-umjereno diferencirani karcinom želuca. Ljudski lncRNA mikropostrojima je proizveden u NimbleGen Hybridization System (Arraystar, Rockville, MD). Više od 23 000 lncRNAs sakupljen od autoritativni izvori podataka, uključujući Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) RefSeq, University of California, Santa Cruz (UCSC), lncRNAs iz književnosti i ultra konzervirane regije (UCRs) [14]. Podaci su izvađeni i normalizirane pomoću NimbleScan V2.5 softver (Roche NimbleGen, Madison, WI). daljnju analizu podataka provedena je pomoću Agilent GeneSpring GX 11,5 softvera (Agilent Technologies, Santa Clara, CA). pregled, kulturi stanica pregled ljudskog želuca epitelnih stanica (GES-1), želučani stanične linije raka (AGS, MGC-803 i SGC-7901), jetre normalna linija stanica (HL-7702), jetre stanične linije karcinoma (HepG2 i SMMC-7721), fetalna pluća stanična linija fibroblasta (HELF), pluća linijske stanice karcinoma (549), prostata epitelnih stanica linija (RWPE-1), a stanice karcinoma prostate linije (Du-145 i PC-3) dobivene su iz Šangaja Instituta za biokemiju i staničnu biologiju, kineske akademije znanosti (Shanghai, Kina). Stanice su kultivirane u tikvicama za kulture pri 37 ° C u vlažnoj atmosferi 5% CO 2 [15].
QRT-PCR otkrivanje H19 i uc001lsz
stvarnom vremenu kvantitativno reverzne transkripcije-lančanom reakcijom polimeraze (QRT-PCR) je zlatni standard za provjeru podataka. Kako bi se potvrdilo rezultate lncRNA microarray, cDNA je generirana pomoću GoScript reverznom transkripcijom (RT) sustav (Promega, Madison, WI). Kvantitativna lančana reakcija polimeraze (qPCR) postignuta je korištenjem GoTaq qPCR Master Mix (Promega, Madison, WI) na Mx3005P realnom vremenu PCR System (Stratagene, La Jolla, CA). Sekvence PCR prajmera za H19, uc001lsz i p-aktin su sljedeći: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(sense) i 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (antisense) u H19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(smislena) i 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (antisense) za uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(smislena) i 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (antisense) u p-aktin. Podaci su analizirani ΔC Netlogu T metoda [16, 17]. Svi rezultati su izraženi kao prosjek ± SD tri neovisna eksperimenta. Pregled Kloniranje i sekvenciranje QRT-PCR proizvoda pregled QRT-PCR produkti lncRNA su najprije pročišćene rabeći uniq-10 PCR Purification Kit proizvoda, a zatim klonirani u pUCm-T vektor (Sangon Biotech, Shanghai, Kina) u skladu s uputama proizvođača. Zatim je DNA sekvenciranje obavlja Sangon Biotech Co., Ltd. pregled serološke analize markera tumora
serum karcinoembrijski antigen (CEA) i ugljikohidratni antigen 19-9 (CA19-9) mjeri se upotrebom Elecsys 2010 stroj (Roche Dijagnostika, Basel, Švicarska). Gušeći vrijednosti bile su 5 ng /ml i 35 U /mL za CEA i CA19-9, respektivno.
Statistička analiza pregled su Svi statistički podaci obrađeni statističkim programom za društvene znanosti (SPSS) 18,0 softvera (SPSS, Chicago , IL) i GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). Jednosmjerna analiza varijance, dvosmjerni Studentov t-test pregled i rang-zbroj test je korišten na odgovarajući način. Prijemnik operativni karakteristika (ROC) krivulja osnovana je procijeniti dijagnostičku vrijednost. P izvoznici < 0,05 smatrana je statistički značajna. Pregled Rezultati
LncRNA ekspresije profila u želučanog tkiva raka u odnosu na susjedne ne-tumorskog tkiva
The lncRNA izraz uzoraka između želučanog tkiva raka i susjednih ne-tumorskog tkiva Utvrđeno je da su značajno različiti (Slika 1). Ukupno 135 lncRNAs, koji izraz promjena bila više nego dvostruko, pronađeni su (GEO pristupnim brojevima je 47.850; http:.... //Www NCBI NLM NIH gov /geo /upit /acc. cGI? acc = GSE47850). Među njima, 71 i 64 gore i dolje su izraženi u tumorskim tkivima, respektivno. Najviše dolje regulirana lncRNAs u želučanog tkiva raka su FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 i AK054588. Najviše up-regulirana lncRNAs u želučanog tkiva raka su H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978 i DB077273 (Tablica 1). Slika 1 Promjene u lncRNA ekspresije profila između želučanog tkiva karcinoma i ne-tumorskih tkiva. Rezultat hijerarhije Grupiranje pokazuje razlikovati lncRNA izraz profiliranje među uzorcima. "Crveni" ukazuje na relativno visoku ekspresiju; i "plavi" ukazuje na nisku relativnu izraz. pregled Tablica 1 više od četverostruko različito izražene lncRNAs u želučanog tkiva raka usporedbi s uparenim non-tumorskog tkiva pregled Ime
kromosomu
Uredbu

Fold promjenu
Sourcea
P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: http:.. //lncrnadb hr /Default aspx; lincRNA: http:.. //genom UCSC edu /cgi-bin /hgGateway; .. RefNR: http: //genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables; .... Http: //www NCBI NLM NIH gov /RefSeq /; .. UCSC_knowngene: http: //genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables; mRNA: http:... //genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables pregled Izražavanje H19 bila viša u želučanom tkivu karcinoma
Od H19 pronađen najviše up-regulirana lncRNA u želučanom tkivu karcinoma do 8,91 puta promjene detekcije mikropolja (Tablica 1), kako bi se potvrditi taj rezultat, otkrili smo razinu ekspresije H19 u dvije vrste tkiva raka, biopsije tkiva i kirurških uzoraka, po QRT-PCR. Prvo istraživali smo razinu ekspresije H19 u 15 parova karcinom želuca »biopsije tkiva. Pronašli smo da je njegova razina u tkivu raka bila je značajno viša nego u ne-tumorskih tkiva (Slika 2). Onda smo otkrili razinu H19 u velikom broju kirurških uzoraka. Kao što je prikazano na Slici 2B, je bio doreguliran u 74.0% (57/77) želučanog tkiva raka (P
= 0,029). Do sekvenciranja QRT-PCR proizvod, otkrili smo da je slijed H19 (Slika 2C) bio je u skladu s onim iz baze podataka (http:.... //Www NCBI NLM NIH gov /gen /283.120). Slika 2 H19 je doreguliran u želučanom tkivu karcinoma, želuca staničnih linija raka i druge stanične linije zajednički raka. Realnom vremenu QRT-PCR je korištena za određivanje razine ekspresije H19. U ΔC pregled t vrijednost je određena oduzimanjem p-aktin C
t vrijednost iz ciljne lncRNA C pregled t vrijednosti. Manji ΔC pregled t vrijednost označava veću izraz. Razina H19 u želučanom biopsijom rak tkiva (n pregled = 15, P pregled = 0,014 A) i želučanih tkiva raka (n pregled = 77, P pregled = 0,029; B). Sekvencioniranje rezultat QRT-PCR produkta H19 (C). Razina H19 u želučanim tumorskih staničnih linija (AGS, MGC-803 i SGC-7901) i rak jetre staničnih linija (SMMC-7721 i HepG2) bila je veća od one u ljudskoj stanična linija epitelnih stanica želučane GES-1 i ljudske jetre normalan stanični linije HL-7702, respektivno; Međutim, njegova razina u rak pluća stanične linije A549 i rak prostate staničnih linija (Du-145 i PC-3) bila je niža nego u ljudska fetusa pluća staničnoj liniji fibroblasta HELF stanica i ljudska prostate epitelnih stanica linije RWPE-1 (d). Svi rezultati su izraženi kao prosjek ± SD tri neovisna pokusa. #P Izvoznici < 0.001. Pregled Izražavanje H19 u zajedničkom staničnim linijama karcinoma
Za više informacija o izrazu H19 u karcinomima, istražili smo njegovu razinu u nekim zajedničkim staničnim linijama karcinoma. Kao što je prikazano na Slici 2D, u usporedbi s odgovarajućim normalne stanične linije, H19 pronađen visoko izražen u staničnim linijama raka želuca (AGS, MGC-803 i SGC-7901) i staničnih linija hepatocelularnog karcinoma (SMMC-7721 i HepG2), a skromno izražava u pluća rak staničnoj liniji (549) i rak prostate staničnih linija (Du-145 i PC-3). pregled Ekspresija uc001lsz je dolje regulirano u želučanim tkivu karcinoma pregled uc001lsz je novo-pronađeni lncRNA, što je prepisana od prednjeg cjedilu u kromosoma 11p15.5. Iz rezultata microarray (Tablica 1), možemo vidjeti da uc001lsz bio drugi najveći dolje regulira lncRNA u želučanom tkivu karcinoma. Još jedan razlog da nas potiču na daljnji studij uc001lsz je da je trans pregled povezana s MUC2, koji se izlučuje i čini nerješiv sluznice barijera u crijevima lumen. Kako bi se dodatno potvrditi ekspresiju uc001lsz kod raka želuca, proširili smo broj uzorka. Podaci pokazuju da je značajno podregulirani u 84,4% (65/77) želučanog tkiva raka (Slika 3A, P
i 0,001). Do sekvenciranja QRT-PCR proizvod, otkrili smo da je slijed uc001lsz (slika 3B) bio je u skladu s onim iz baze podataka (http:. //Genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables.). Slika 3 je Uc001lsz podregulirani u želučanim tkiva raka, želuca staničnih linija raka i druge stanične linije zajednički raka. Realnom vremenu QRT-PCR je korištena za određivanje razine ekspresije uc001lsz. Tri neovisna eksperimenta. Razina uc001lsz u želučanom tkivu raka bio značajno niži nego u odgovarajuće ne-tumorskih tkiva (n = 77 pregled, P pregled i 0,001; A). Sekvencioniranje rezultat QRT-PCR produkta uc001lsz (B). Razina uc001lsz u želučanom tumorskih staničnih linija (AGS, MGC-803 i SGC-7901), karcinom jetre staničnih linija (SMMC-7721 i HepG2) i karcinoma pluća stanične linije A549 bio niži nego onaj kod ljudske epitelne stanične linije želučanog GES- 1, ljudske jetre normalna linija stanica HL-7702 i ljudska fetusa pluća stanična linija fibroblasta HELF, odnosno; Međutim, razina u staničnim linijama raka prostate (DU-145 i PC-3) bila je veća od one na ljudske prostate epitelne stanične linije RWPE-1 (C). pregled ekspresiju uc001lsz u staničnim linijama karcinoma zajednički
To dobiti informacije ekspresije o uc001lsz u najčešćim oblicima raka, otkrili smo njegovu razinu u nekoliko staničnih linija zajednička raka. otkrili smo da u usporedbi s odgovarajućim normalne stanične linije, uc001lsz skromno je izražen u raka želuca (AGS, MGC-803 i SGC-7901), rak pluća (549) i rak jetre (SMMC-7721 i HepG2) stanične linije, a samo vrlo izraženo kod raka prostate (Du-145 i PC-3) staničnih linija (Slika 3c).
potencijalni dijagnostički vrijednosti H19 i uc001lsz pregled sljedeći smo obavili analizu utvrditi da li H19 ili uc001lsz ekspresija je povezana s kliničkopatološkim obilježja karcinoma želuca. Kao što je prikazano u tablici 2, razina uc001lsz povezana je sa TNM faze (P pregled = 0,032). Pozitivne stope detekcije H19 i uc001lsz su 74,0%, odnosno 84,4%, respektivno. Oboje su veće od onih od zajedničkog želučanog raka marker CEA (64,0%) i CA19-9 (53,3%) (Tablica 2). Područja pod ROC krivulje su do 0,613, 0,751 i 0,761 za H19, uc001lsz i kombinacija, odnosno (Slika 4). Kombinativan korištenje H19 i uc001lsz blago povećao dijagnostički value.Table 2 Odnos H19 i uc001lsz razinama ekspresije (Δ C t) u oboljelih od raka tkiva s kliničkopatološkim čimbenika u bolesnika s karcinomom želuca a
Karakteristike
Ne. bolesnika (%)
H19
uc001lsz
srednja vrijednost ± SD
P vrijednost
srednja vrijednost ± SD
pregled, P vrijednost
Dob (y)
≥ 60 pregled, 59 (76,6) pregled, 8,74 ± 4,67 pregled 0,588 pregled 18.85 ± 4.94 pregled 0.240
< 60 pregled, 18 (23,4) pregled, 8,08 ± 3,99 pregled 17.28 ± 4.85 pregled Spol pregled Muški pregled 57 (74,0) pregled, 8.66 ± 4.81 pregled 0,823 pregled 18.19 ± 5.01 pregled 0,355 pregled Ženski pregled 20 (26,0) pregled, 8,40 ± 3,44 pregled 19.37 ± 4.58 pregled Promjer (cm) b pregled ≥ 5 pregled 39 (52,0)
7,98 ± 4,44 pregled 0.282 pregled 18.49 ± 5.03 pregled 0,682 Netlogu < 5. pregled 36 (48,0) pregled, 9,10 ± 4,53 pregled 18.01 ± 5.11 pregled CEAb
Pozitivna pregled 48 (64,0) pregled, 8,45 ± 4,21
0.882
18.28 ± 4.54 pregled 0,593 pregled Negativna pregled 27 (36,0) pregled, 8,61 ± 5,01 pregled 18.92 ± 5.71 pregled CA19-9b pregled Pozitivan pregled 40 (53,3) pregled, 8.68 ± 3.87 pregled 0.720 pregled 18.65 ± 4.64 pregled 0,792 pregled Negativna pregled 35 (46,7) pregled, 8,31 ± 5,14 pregled 18.35 ± 5.37 pregled Differentiationc pregled Pa pregled 3 (4.9) pregled, 8,28 ± 1,92 pregled 0,635 pregled 15.34 ± 5.40 pregled 0.371
Umjereno pregled 33 (54,1) pregled, 9,05 ± 4,40 pregled 19.37 ± 4.85 pregled Loše pregled, 25 (41,0) pregled, 7,84 ± 5,47 pregled 19.54 ± 4.91 pregled limfna metastasisc pregled N0 pregled 20 (32,8) pregled, 8,95 ± 3,17 pregled 0,926 pregled 18.55 ± 6.01 pregled 0,472 pregled N1 & N2 & N3 pregled, 41 (67,2) pregled, 9,07 ± 5,25 pregled 19.53 ± 4.39 pregled distalni metastasisc pregled M0
58 (95,1)
8,87 ± 4,70 pregled 0,258 pregled 19.13 ± 5.02 pregled 0,617 pregled M1
3 (4.9)
12.00 ± 1.30 pregled 20.62 ± 3.74 pregled Invasionc pregled TIS & T1-T3 pregled 20 (32,8) pregled, 10,04 ± 3,86 pregled 0,237 pregled 17.73 ± 4.72 pregled 0,105 pregled T4 pregled, 41 (67,2) pregled, 8,53 ± 4,95 Netlogu 19.93 ± 4.95 pregled TNM stagec pregled 0 & i &II
24 (39,3)
9,40 ± 3,86 pregled 0,620 pregled 17.81 ± 5.52 pregled 0,032
III & IV
37 (60,7)
8,79 ± 5,14 pregled 20.49 ± 3.98 pregled aAll uzorci sastoje od 16 Endoskopska biopsija uzoraka i 61 operacije uzoraka od pacijenata s rakom želuca.
bNot otkriven za 2 pacijenta koji su bili obavlja Endoskopija ispit. pregled cOnly uključuje 61 kirurgije pacijenata.
Slika 4 ROC krivulje. pregled Izražavanje uc001lsz je netipična u ranom stadiju raka i prekancerozne lezije
Na kraju, promatrati eventualne rane dijagnostike vrijednosti lncRNA, mjerili smo razinu uc001lsz početkom raka i prekanceroznih lezija. Pronašli smo da je njegova aktivnost je bila izvanredna niža u tim lezijama u usporedbi s onima od odgovarajućih susjednih non-tumorskog tkiva (Slika 5A). Razina uc001lsz u normalnim tkivima bio je značajno veći nego u predkanceroznih lezija i rane tkiva raka. Osim toga, njegova razina u prekanceroznih lezija bio je primjetan veći nego u ranim tkiva raka (Slika 5b). Slika 5 Iskazivanje uc001lsz početkom raka i prekanceroznih lezija. Razina uc001lsz početkom patološke promjene tkiva niža nego u normalnom tkivu paru (n = 14 pregled, P pregled = 0,0016 A). Razina uc001lsz u normalnom tkivu je znatno veći nego u prekanceroznih lezija i ranih karcinoma (b). #P Izvoznici < 0.001; * P izvoznici < 0,05. Pregled Rasprava pregled studije su pokazale da ~ 18% proteina kodiranja gene koji proizvode lncRNAs su povezane s rakom, a samo 9% svih ljudskih kodiraju protein gena povezanih s rakom [18]. Odnos između lncRNAs i tumora trenutno je postao jedan od fokusa istraživanja raka. Pregled, Sve je više dokaza da lncRNAs su odnos s probavnim tumora sustava [19]. Tri lncRNAs, H19, HOTAIR i lncRNA visoko reguliran u rak jetre (HULC), pronađeni su prekomjerna ekspresija u ljudskog hepatocelularnog karcinoma (HCC) [20-22]. Osim toga, HULC izraz nije samo ograničena na HCC, ali je također izražena u kolorektalnim karcinomima koji metastaziraju u jetri [23]. Pregled istraživanja o lncRNAs odnose na želucu su ograničene. Sun i sur. Pregled je utvrdio da je razina ekspresije želučane povezane s rakom transkript 1 (GACAT1), ili AC096655.1-002, bilo značajno povezano sa limfnih čvorova metastaza, udaljenim metastazama, TNM stadija i diferencijaciju [17]. Mei i sur. Pregled, a izvijestili su da ubiquitin nalik modifikator (sumo) 1 pseudogen 3, SUMO1P3, mogla biti potencijalni biomarker u dijagnostici raka želuca [16]. Niinuma sur. Pregled je utvrdio da prekomjerna ekspresija HOTAIR izrazito je povezana s visokim rizikom tumora gastrointestinalnog strome [24]. RNA, 7SK mali nuklearni (RN7SK) može neizravno reguliraju želučanu tumorigenezi putem pozitivnog transkripcija elongacije faktora-b (p-TEFb) [25]. H19 može igrati važnu ulogu u raka želuca gubitkom otisak i drugih mehanizama [26, 27]. Nedavna Cao i sur pregled. Korištene metode bioinformatičkih na zaslonu lncRNA profile ekspresije povezane s rakom želuca [28]. Prvo, dvije javno dostupnih ljudskih ekson polja za rak želuca i podataka za odgovarajući normalnog tkiva su skinuti s GEO. Zatim, sonde za ljudske eksona polja su ponovno označeni. Konačno, zadržane su sonde jedinstveno mapiranje lncRNAs na razini gena. Ukupno 88 lncRNAs koji su različito izraženi u raka želuca su identificirani [28].
Evo, pristupi za prikazivanje želučanog karcinoma povezanih s lncRNAs bili drugačiji od onih koje koriste Cao i sur pregled. [28]. Identificirati izuzetno dolje propisane ili gore propisane lncRNAs kod raka želuca, prvo smo prikupili od raka želuca i susjednih uzoraka ne-tumorskog tkiva iz gornjeg pregleda probavnog endoskopiju. Od lncRNA ekspresije profila dobivenih iz lncRNA analize microarray (slika 1), otkrili smo da je među bitno različitim izraženih lncRNAs (Tablica 1), samo H19 je pronađen u druge vrste raka [11, 20, 26, 27]. Kao rezultat toga, vrlo je važno da se dodatno pojasniti kliničke potpise lncRNAs u dijagnostici i liječenju raka želuca.
Rastuću studije funkcionalno karakterizirani lncRNAs otkriva da su ti transkripti su važni u različitim fiziološkim procesima, uključujući embrionalni diferencijaciju matičnih stanica [29], T-stanična diferencijacija [30], keratinocita diferencijacija [31], a posebno je promijenjena ekspresija lncRNAs može dovesti do raka [32].
u ovom istraživanju, usredotočili smo se na dva lncRNAs, H19 i uc001lsz , Razina ekspresije H19 u želučanim tkivima raka nađeno je da je očito veći nego u ne-tumorskih tkiva (slika 2a i B). Zajedno s povećanom ekspresijom H19 u želučanom tumorskih staničnih linija (Slika 2D), predlažemo H19 može igrati važnu ulogu u patogenezi želuca raka. Zanimljivo, ekspresija H19 ne povećava u svakom tipova tumora. Kao što je pokazao na slici 2D, H19 izraz je smanjen u hepatocarcinoma i raka prostate. Ovi rezultati potvrđujem da H19 ne djeluje samo kao onkogena, ali i kao supresor tumora [20, 27, 33]. Matouk sur pregled. utvrdio da je kucati-dolje H19 RNA rezultiralo gotovo kompletno smanjenje p57 indukcije kip2 u odgovoru na stres uslijed nedostatka kisika [20]. Nadalje otkrili da H19 bio povezan sa angiopoietina (ANG) i rast fibroblasta faktora-18 (FGF-18), čije funkcije su uključeni u rast tumora i proliferacijom [20]. Da bismo razumjeli molekularni mehanizam kojim H19 povećava rast raka želuca stanica, Yang i sur
. ispituje da li H19 utječe na funkciju Tumor supresor p53 [27]. Otkrili su da je H19 bila povezana s p53, te da je ova udruga je rezultiralo djelomičnim p53 inaktivacije [27].
Suprotno H19, uc001lsz razine ekspresije u želučanog tkiva raka je utvrđeno da je značajno manja (slika 3A). Kao što je prikazano na slici 3C, izražavanje uc001lsz u želučanih staničnim linijama karcinoma (AGS i MGC-803) je niža od one u želučanom epitelnih stanica (GES-1), ali nije bilo značajne različite između SGC-7901 i Ges-1 , Možda niskog stupnja malignosti SGC-7901 dovodi do ovog rezultata. Što je još važnije, veći povezanost između uc001lsz izražavanja i TNM stadiju pronađen (tablica 2). Ovi rezultati potvrđuju uc001lsz kao važan igrač na sprječavanje razvoja raka želuca. Kao što znamo, mnogi lncRNAs prepisuju u neposrednoj blizini ili unutar lokusa koji kodira protein koji je ojačao hipotezu da lncRNAs može imati cis
-acting učinke unutar tih lokusa. Ali uc001lsz mogu imati trans
-acting učinak u susjedne lokusa za kodiranje proteina. MUC2 pregled, član mucin obitelji proteina gena, nalazi se pokraj UC001LSZ pregled. MUC2 izlučuju na mukoznim površinama, gdje je izlučen iz vrčastih stanica u epitelnim u lumen želuca [34]. Kako je izvijestila, MUC2 bila visoka ekspresija u rakom želuca [35]. Iako uc001lsz čini igranje kao tumor supresorski gen kod raka želuca i mnoge druge vrste tumora, može igrati drugačiju ulogu u raka prostate, gdje uc001lsz je vrlo izražen (Slika 3C).
Molekularna tumorskih biljega su vitalni dijagnostički i prognostički alat. Naši podaci pokazuju da je izraz uc001lsz je netipična početkom karcinoma želuca i prekancerozne lezije želuca (Slika 5a). A izvanredne promjene možda pojaviti u prekancerozne lezije (Slika 5b). Ovo istraživanje pokazuje da uc001lsz može biti kandidat biomarkera raka želuca.
Zaključci pregled Ukratko, mi prikazuju se lncRNA izraz profil koji je povezan s rakom želuca. Hiperekspresija H19 u želučanim staničnih linija raka i tkiva sugerira da H19 mogu sudjelovao u raka želuca. Smanjena ekspresija uc001lsz u želučanih staničnim linijama karcinoma i tkiva, njegova povezanost s TNM stadiju, a njegova deregulacija u ranom stadiju raka i prekanceroznih lezija ukazuju na to da uc001lsz može imati važnu ulogu u nastanku raka želuca i biti potencijalni biomarker za dijagnozu rano karcinom želuca pregled Kratice pregled HRV.
Angiopoetin
CA19-9: pregled ugljikohidratni antigen 19-9

HUP: pregled karcinoembrijski antigen
CT: pregled Prag ciklusa
DC /CIK: pregled dendritičke stanice /ubojica citokina inducirana
FGF-18: pregled rasta fibroblasta faktor 18
GACAT1: pregled, rak želuca -associated transkript 1
H19: pregled The uzajamno utisnuti partner IGF2
HCC: pregled hepatocelularnog karcinoma pregled
pregled HOTAIR: pregled HOX transkript RNA
HOX: pregled Homeobox
HULC:
Visoko reguliran u rak jetre
IGF2: pregled inzulinu sličan faktor rasta 2
IGF2-AS: pregled IGF -IR i IGF-IIR negativna
IGF-IR: pregled inzulinu sličan tip receptora faktora rasta i
IGF-IIR: pregled inzulinu sličnog faktora rasta tipa II receptora
lncRNA: pregled Long nekodirajuće RNA
MALAT-1: <

• Otkrivanje čuvara i ne-sentinel limfnih čvorova mikrometastaza potpunim serijski podjelom i imunohistokemijska analiza za rak želuca
• EBNA1 obvezujuća i epigenetičko regulacija gastrokine tumor supresor gena u stanicama karcinoma želuca