Dlhá nekódujúca RNA profil expresie v ľudskom žalúdku rakoviny a jej klinické významov

Long nekódujúca RNA profil expresie v ľudskom žalúdku rakoviny a jej klinické významov
abstraktné
pozadia
dlhé nekódujúca RNA (lncRNAs) sú prevažne prepisovaná do genómu napriek tomu ich potenciálnej role v ľudskej rakoviny nie sú dobre rozumel. Cieľom tejto štúdie bolo určiť profil lncRNA výraz v karcinómu žalúdka a jeho potenciálne klinickú hodnotu.
Metódy
Globálne profil lncRNA expresie u karcinómu žalúdka bola meraná lncRNA mikročipu. Hladiny dvoch reprezentatívnych lncRNAs, H19 a uc001lsz, boli potvrdené v reálnom čase reverznej transkriptázy-PCR. Vzťah medzi ich úrovňami a klinicko-faktorov u pacientov s karcinómom žalúdka bol preskúmaný. Prijímač prevádzkové charakteristiky (ROC) krivky bola postavená pre rozlišovanie rakovinu žalúdka od benígnych žalúdočných chorôb.
Výsledky
Celkom 135 lncRNAs, ktoré diferenčné expresné hladiny medzi nádorovými a non-nádorových tkanív boli viac ako dvojnásobne, boli nájdené ( GEO č GSE47850). Najviac down-regulované lncRNAs v žalúdočnej rakovinové tkanive boli FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 a AK054588; zatiaľ čo tie najviac up-regulované boli H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978 a DB077273. H19 bola nájdená vysoko exprimovaný v žalúdku a rakovina pečene bunkových línií, zatiaľ čo chudobný vyjadrený v rakoviny pľúc a nádorových bunkových línií prostaty. Uc001lsz bol chudobný vyjadrená v žalúdku, pľúc a rakovina pečene bunkových línií, zatiaľ čo vysoko exprimovaný pri karcinóme prostaty. Plochy pod ROC krivky boli až 0,613, 0,751 a 0,761 pre H19, uc001lsz a kombinácie, resp.
Závery
lncRNA profilom expresie v karcinómu žalúdka naznačuje potenciálny role lncRNAs vo výskyte rakoviny žalúdka a rozvoj. Zvýšená expresia H19 v karcinómu žalúdka naznačuje, že môžu byť H19 sa zúčastnilo karcinómu žalúdka. Znížená expresia uc001lsz v žalúdočnej rakovinové bunkové línie a tkanív, jeho asociácie s TNM štádiu, a jej regulačné poruchy na začiatku rakoviny a prekanceróznych lézií naznačujú, že uc001lsz môže byť potenciálnym markerom pre diagnostiku skoré rakoviny žalúdka.
Kľúčové slová
karcinóm žalúdka Long nekódujúca RNA profil expresie H19 uc001lsz pozadí
oblasti dobre študovanej zložky v ľudskom genóme, sú tie z génov kódujúcich proteíny. Avšak, kódujúce exóny týchto génov tvoria iba 1,5% genómu [1]. V posledných rokoch je čoraz viac zrejmé, že časť non-proteín-kódujúci genómu má zásadný význam pre funkčnú výskytu choroby [2]. Nekódujúca RNA (ncRNAs) charakterizovať ako troch typov, dlhé ncRNAs, mid-size ncRNAs a krátke ncRNAs [1]. Hoci väčšina štúdií o ncRNAs sú zamerané na krátkom ncRNAs, ako je napríklad mikroRNA (miRNA), dlhé nekódujúca RNA (lncRNAs) sa rýchlo dostáva do popredia v poslednej dobe.
LncRNAs sú väčšie ako 200 nukleotidov [3]. Majú v poslednej dobe objavili ako hlavné hráči v riadi základné biologické procesy. Aberantne expresia lncRNAs bolo spojené s nádormi [3]. Napríklad diferenciálnej displej kód 3 (DD3 <sup>PCA3), čo je prostatický špecifický lncRNA, sa javí ako marker na včasnú diagnostiku karcinómu prostaty [4]. Ešte dôležitejšie je, DD3 PCA3 môžu byť detekované v moči od pacientov s karcinómom prostaty [5]. Keď metastázy spojené adenokarcinóm pľúc prepis 1 (malát-1) je najprv zistené abnormálne vyjadrená v metastázujúci non-small-cell lung karcinómy [6], je up-regulovaný v karcinómu pečene, rakoviny prsníka, rakoviny pankreasu, rakoviny hrubého čreva a rakoviny prostaty [7]. Malát-1 nie je len potenciálny diagnostickým markerom, ale tiež potenciálne prognostický marker [8]. HOx prepis antisencie RNA (hotair) je spojená s rakovinou prsníka a hrubého čreva a konečníka [9, 10]. H19, ďalší slávny lncRNA, sa často podieľa na detských a dospelých nádorov [11].
Žalúdočné rakovina je stále jednou z najčastejších príčin úmrtnosti vo svete [12]. Avšak, tradičné stratégií založených na radikálne chirurgii pre liečbu rakoviny žalúdka, nie sú dosiaľ uspokojivé. Z tohto dôvodu, odhaliť o mechanizme vzniku a rozvoju rakoviny žalúdka priťahuje zvýšenú pozornosť vo výskume rakoviny.
Vzhľadom k tomu, globálne lncRNA profil expresie v karcinómu žalúdka, nie je úplne odkrytý, v tejto štúdii sme skúmali lncRNA profil expresie v rakovina žalúdka. Potom bol skúmaný vzťah medzi aberantne vyjadrený-lncRNAs a klinicko-faktorov u pacientov s karcinómom žalúdka. Naše dáta poskytujú kandidátske diagnostických biomarkerov rakoviny žalúdka.
Metódy
Pacienti a vzorky tkaniva
žalúdočnej pacientov s rakovinou, vrátane rakoviny žalúdka tkanív, prekancerózne lézie a zodpovedajúce priľahlé non-nádorového tkaniva boli okamžite konzervovaná v RNA ustaľovača ( Biotek, Beijing, Čína), po vybratí z tela a skladované pri -80 ° C až do použitia. Vzorky tkaniva boli získané z chirurgických alebo biopsiou od februára 2011 do júna 2012 v troch onkologických centier, Yinzhou ľudovej nemocnice, Ningbo č.1 nemocnice a pridruženého nemocnice Ningbo University School of Medicine, Čína. Informovaný súhlas odfotil zo všetkých predmetov. Etická komisia Ľudská Výskum Ningbo univerzity schválené všetky aspekty tejto štúdii. Nádory boli predstavené v závislosti na nádoru-Node-metastázy (TNM) predstavovať systém Medzinárodnej únie proti rakovine (5 st ed). Histologický grade bol vyhodnotený podľa National Comprehensive Network rakoviny (NCCN) Predpísaná klinickej praxi onkológie (V.1.2011). Non-nádorového tkaniva bolo 5 cm od okraja nádoru a neboli zistené žiadne zjavné nádorové bunky, ako je hodnotený patológom. Nebolo rádioterapia, chemoterapia, cielená liečba alebo dendritických buniek /killer cytokíny indukované (DC /CIK) liečba pred hornej časti gastrointestinálneho vyšetrenie alebo operáciu endoskopii.
Celková RNA pre prípravu
Celková RNA bola izolovaná pomocou TRIzolu činidla ( Invitrogen, Karlsruhe, Nemecko) podľa pokynov výrobcu [13].
LncRNA microarray test
Three spárovať biopsie boli získané od pacientov (55 y a muž, 76 y a mužskej a 88 y a samica) s chabo alebo zle-and-stredne diferencovaný rakovinu žalúdka. Ľudský lncRNA microarray bol vyrobený v NimbleGen hybridizácie systéme (Arraystar, Rockville, MD). Viac ako 23 000 lncRNAs boli zhromaždené z autoritatívnych zdrojov dát, vrátane National Center for Biotechnology Information (NCBI) RefSeq, University of California, Santa Cruz (UCSC), lncRNAs z literatúry a ultra regiónov konzervovaná (UCRs) [14]. Dáta bola extrahovaná a normalizovať pomocou NimbleScan v2.5 software (Roche NimbleGen, Madison, WI). ďalšiu analýzu dát bola vykonaná s použitím softvéru Agilent GeneSpring GX 11,5 (Agilent Technologies, Santa Clara, CA).
bunkovej kultúre
ľudský žalúdočné epiteliálne bunková línia (GES-1), žalúdočné rakovina bunkové línie (AGS, MGC-803 a SGC-7901), pečeňové normálne bunkové línie (HL-7702), pečeňové karcinóm bunkové línie (HepG2 a SMMC-7721), fetálne pľúcne fibroblastové bunkové línie (Helf), pľúcna bunková línia karcinómu (A549), prostaty epiteliálne bunková línia (RWPE-1) a karcinómu prostaty bunkové línie (Du-145 a PC-3) boli získané z Šanghaja ústavu biochémie a bunkovej biológie, čínskej akadémie vied (Shanghai, Čína). Bunky boli kultivované v kultivačných bankách pri 37 ° C vo zvlhčenej atmosfére 5% CO <sub>2 [15].
Detekciu QRT-PCR H19 a uc001lsz
Real-time kvantitatívne reverznej transkripcie-polymerázovej reťazovej reakcie (QRT-PCR), je zlatý štandard pre overenie dát. Ak chcete overiť výsledky lncRNA mikročipu, cDNA bola generovaná pomocou GoScript reverznej transkripcie (RT) System (Promega, Madison, WI). Kvantitatívne polymerázová reťazová reakcia (qPCR) bola dosiahnutá s použitím GoTaq qPCR Master Mix (Promega, Madison, WI) na Mx3005P real-time PCR systému (Stratagene, La Jolla, CA). Sekvencia PCR primérov pre H19, uc001lsz, a beta-aktínu, boli nasledujúce: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(sense) a 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (antisencie) pre H19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(sense) a 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (antisencie) pre uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(sense) a 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (antisencie) pre beta-aktínu. Dáta boli analyzované pomocou ΔC
t metódy [16, 17]. Všetky výsledky boli vyjadrené ako priemer ± SD z troch nezávislých experimentov.
Klonovanie a sekvenovanie QRT-PCR produktov
QRT-PCR produkty boli najprv lncRNA purifikované s použitím UNIQA-10 PCR Purification Kit výrobku a potom klonovaných do vektora pUCm-T (Sangon Biotech, Shanghai, Čína) podľa pokynov výrobcu. Potom, sekvenovania DNA bola vykonaná Sangon Biotech Co., Ltd.
Sérologické analýzy nádorových markerov
Serum karcinoembryonálneho antigénu (CEA) a antigén uhľohydráty 19-9 (CA19-9) boli merané pomocou prístroja Elecsys 2010 (Roche diagnostika, Bazilej, Švajčiarsko). Hodnoty cut-off bola 5 ng /ml a 35 IU /ml pre CEA a CA19-9, resp.
Štatistická analýza
Všetky štatistické údaje boli analyzované pomocou štatistického programu v oblasti spoločenských vied (SPSS) 18,0 softvér (SPSS, Chicago , IL) a GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). Jedným zo spôsobov, analýza rozptylu testu dvojchvostý Studentov-test
a rank súčtom testu boli použité ako vhodné. Prijímač prevádzková charakteristika (ROC) krivka bola založená s cieľom vyhodnotiť diagnostickú hodnotu. P Hotel < 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú.
Výsledky
LncRNA profilov expresie v žalúdočnej rakovinové tkanive v porovnaní s non-priľahlých nádorových tkanivách
lncRNA expresné vzorca medzi rakovinou žalúdka a priľahlých tkanív bez nádorových tkanív bolo zistené, že sú významne odlišné (Postava 1). Celkom 135 lncRNAs, čo výraz zmena bola viac ako dvojnásobne, boli nájdené (prístupové čísla GEO je 47850; http: .... //Www NCBI NLM NIH gov /GEO /dotaz /ACC. cgi? acc = GSE47850). Medzi nimi, 71 a 64 sa hore a dole, vyjadrené v nádorových tkanivách, v danom poradí. Najviac down-regulované lncRNAs v žalúdočnej rakovinové tkanive boli FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 a AK054588. Najviac up-regulované lncRNAs v žalúdočnej rakovinové tkanive boli H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978 a DB077273 (tabuľka 1). Obrázok 1 Zmeny v lncRNA profilov expresie medzi karcinómu žalúdka tkanív a non-nádorových tkanivách. Výsledok z hierarchického zhlukovania ukazuje rozoznateľný lncRNA expresie profilovanie medzi vzorkami. "Red" znamená vysokú relatívnu expresiu; a "modrej" naznačuje nízkou relatívnou výraz.
Tabuľka 1 Viac ako štvornásobne rozdielne vyjadrené lncRNAs v žalúdku rakovinových tkanív porovnaní s párovými non-nádorových tkanivách Fotogaléria Meno
chromozómu
nariadenia
Preložte zmenu
Sourcea
P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: http: .. //lncrnadb com /Predvolené aspx; lincRNA: http: .. //genóm UCSC edu /cgi-bin /hgGateway; .. RefNR: http: //genóm UCSC edu /cgi-bin /hgTables; .... Http: //www NCBI NLM NIH gov /RefSeq /; .. UCSC_knowngene: http: //genóm UCSC edu /cgi-bin /hgTables; mRNA: http: ... //genóm UCSC edu /cgi-bin /hgTables
Vyjadrenia H19 bola up-regulovaná v karcinómu žalúdka tkanivách
Pretože bolo zistené, H19 najviac up-regulované lncRNA v žalúdočnej tkanive rakoviny, a to až na 8,91-násobné zmeny v detekcii microarray (tabuľka 1), pre overenie tohto výsledku sme zistili hladinu expresie H19 v dvoch typov rakovinových tkanív, biopsia tkanív a chirurgických vzoriek, pomocou QRT-PCR. Najprv sme skúmali hladiny expresie H19 v 15 párov karcinómu žalúdka "biopsia tkanív. Zistili sme, že jej hladina v nádorových tkanivách bola významne vyššia ako v iných ako nádorových tkanív (Obrázok 2A). Potom sme zistili hladinu H19 vo veľkom množstve chirurgických vzoriek. Ako je znázornené na obrázku 2B, bola up-regulovaný v 74,0% (57/77) žalúdočných rakovinové tkanive (P
= 0,029). Sekvencovanie produktu QRT-PCR sme zistili, že sekvencie H19 (obrázok 2C) bolo v súlade s tým, z databázy (http: .... //Www NCBI NLM NIH gov /génu /283120). Obrázok 2 H19 bola up-regulované v žalúdočných rakovinových tkanív, karcinómu žalúdka bunkových línií a ďalších bunkových línií spoločné s rakovinou. V reálnom čase QRT-PCR bola použitá pre stanovenie hladiny expresie H19. V ΔC
t hodnota bola stanovená odpočítaním C
t hodnotu beta-aktínu z cieľového lncRNA C
t hodnoty. Menšie ΔC
t hodnota indikuje vyššiu expresiu. Úroveň H19 v žalúdočných biopsiou karcinómu tkaniva (n
= 15, P = 0,014
; A) a rakovinou žalúdka tkaniva (n
= 77, P = 0,029
, B). Sekvenovania výsledkom QRT-PCR produkt H19 (C). Hladina H19 v žalúdočných rakovinové bunkové línie (AGS, MGC-803 a SGC-7901) a rakovina pečene bunkových líniách (SMMC-7721 a HepG2) bola vyššia ako v ľudskej žalúdočnej epiteliálne bunkové línie GES-1 a ľudských pečene normálne bunky línia HL-7702, v danom poradí; však, jeho hladina v línii A549 pľúcnych nádorových buniek a buniek rakoviny prostaty línií (DU-145 a PC-3) bola nižšia ako v ľudskej fetálnej pľúcnej fibroblasty bunkové línie Helf bunky a ľudskej prostaty epiteliálne bunkové línie RWPE-1 (D). Všetky výsledky boli vyjadrené ako priemer ± SD z troch nezávislých experimentov. #P Hotel < 0.001.
Vyjadrenie H19 v bežných nádorových bunkových línií
Ak chcete získať viac informácií o H19 expresie v nádorových ochorení, sme skúmali jeho úrovne v niektorých bežných nádorových bunkových línií. Ako je znázornené na obrázku 2D, v porovnaní s príslušnou bežnou bunkovou líniou, H19 bola nájdená vysoko exprimovaný v rakovinových žalúdku bunkových líniách (AGS, MGC-803 a SGC-7901) a hepatocelulárneho karcinómu bunkových líniách (SMMC-7721 a HepG2), zatiaľ čo nízko vyjadrené v prípade rakoviny pľúc bunkové línie (A549) a rakovina prostaty bunkových líniách (DU-145 a PC-3).
Vyjadrenie uc001lsz bol down-regulovaná v karcinómu žalúdka tkanivách
uc001lsz je nový-našiel lncRNA, čo je prepisuje z predného prameňa v chromozóme 11p15.5. Z výsledkov microarray (tabuľka 1), môžeme vidieť, že uc001lsz bol druhým najviac down-regulované lncRNA v žalúdočnej rakoviny tkaniva. Ďalším dôvodom, ktorý nás povzbudil k ďalšiemu štúdiu uc001lsz bolo, že je trans
spojená s MUC2, ktorý je vylučovaný a tvorí nerozpustnú slizničnej bariéry v lumen čreva. Pre ďalšie overenie expresie uc001lsz rakoviny žalúdka, sme rozšírili počet vzoriek. Dáta ukazujú, že to bolo významne down-regulované v 84,4% (65/77) na žalúdočné rakovinu tkanív (Obrázok 3A, P Hotel &0,001). Sekvencovanie produktu QRT-PCR sme zistili, že sekvencie uc001lsz (obrázok 3B) je v súlade s tým, z databázy (http: //. Genóm UCSC edu /cgi-bin /hgTables.). Obrázok 3 Uc001lsz bola down-regulované v žalúdočných rakovinových tkanív, karcinómu žalúdka bunkových línií a ďalších bunkových línií spoločné s rakovinou. V reálnom čase QRT-PCR bola použitá pre stanovenie hladiny expresie uc001lsz. Tri nezávislé experimenty boli vykonané. Úroveň uc001lsz v žalúdočnej rakovinové tkanive bola významne nižšia ako v zodpovedajúcom non-nádorového tkaniva (n
= 77, P Hotel &0,001, A). Sekvenovania výsledkom QRT-PCR produkt uc001lsz (B). Hladina uc001lsz v žalúdočnej rakovinové bunkové línie (AGS, MGC-803 a SGC-7901), rakovina pečene bunkových líniách (SMMC-7721 a HepG2) a rakovinu pľúc bunkové línie A549 bola nižšia ako v ľudskej žalúdočnej epiteliálne bunkové línie GES- 1, ľudská pečeň normálne bunkové línie HL-7702 a ľudskej fetálnej pľúcnej bunková línia fibroblastov Helf, v uvedenom poradí; však, jeho hladina v prostatických nádorových bunkových línií (DU-145 a PC-3) bola vyššia ako v ľudskej prostaty epiteliálne bunkové línie RWPE-1 (C).
Expresia uc001lsz v rakovinových bunkových línií spoločnej
Pre získať informácie o expresné uc001lsz v bežných rakovín, sme zistili, jeho úrovne v niekoľkých bunkových líniách spoločné s rakovinou. Zistili sme, že v porovnaní s príslušnou bežnou bunkovou líniou, uc001lsz bol chudobný vyjadrená v karcinómu žalúdka (AGS, MGC-803 a SGC-7901), rakovina pľúc (A549) a karcinóm pečene (SMMC-7721 a HepG2) bunkové línie, zatiaľ čo len vysoko vyjadrený v rakoviny prostaty (Du-145 a PC-3) bunkových línií (obr 3C).
potenciálne diagnostické hodnoty H19 a uc001lsz
Ďalej sme vykonali analýzu na určenie, či H19 alebo uc001lsz expresie bola spojená s klinicko rysy rakoviny žalúdka. Ako je uvedené v tabuľke 2, je úroveň uc001lsz bolo spojené s TNM fázach (P
= 0,032). Pozitívne sadzby detekcie v H19 a uc001lsz sú 74,0% a 84,4%, v uvedenom poradí. Obe z nich sú vyššie ako u bežnej žalúdočné rakovina biomarkerov CEA (64,0%) a CA19-9 (53,3%) (tabuľka 2). Plochy pod ROC krivky boli až do 0,613, 0,751 a 0,761 pre H19, uc001lsz, a kombinácie, v danom poradí (obrázok 4). Kombinačné použitie H19 a uc001lsz mierne zvýšila diagnostické value.Table 2 Vzťah medzi H19 a uc001lsz expresných hladín (Δ C t) v rakovinových tkanív s klinicko-faktory pacientov s rakovinou žalúdka len
Charakteristika
nie. pacientov (%)
H19
uc001lsz
Stredná ± SD
hodnota P
Stredná ± SD

P hodnota
Age (y)
≥ 60
59 (76,6)
8,74 ± 4,67
0,588
18,85 ± 4,94
0,240
< 60
18 (23,4)
8,08 ± 3,99
17,28 ± 4,85
rodovej rovnosti
Muž
57 (74,0)
8,66 ± 4,81
0,823
18,19 ± 5,01
0,355
Žena
20 (26,0)
8,40 ± 3,44
19,37 ± 4,58
Priemer (cm) b
≥ 5
39 (52,0)
7,98 ± 4,44
0,282
18,49 ± 5,03
0,682 Hotel < 5
36 (48,0)
9,10 ± 4,53
18,01 ± 5,11
CEAb
Pozitívne
48 (64,0)
8,45 ± 4,21
0,882
18,28 ± 4,54
0,593
Negatívne
27 (36,0)
8,61 ± 5,01
18,92 ± 5,71
CA19-9b
Pozitívne
40 (53,3)
8,68 ± 3,87
0,720
18,65 ± 4,64
0,792
Negatívne
35 (46,7)
8,31 ± 5,14
18,35 ± 5,37
Differentiationc
No Sims 3 (4.9)
8,28 ± 1,92
0,635
15,34 ± 5,40
0,371
Stredná
33 (54,1)
9,05 ± 4,40
19,37 ± 4,85
Poor
25 (41,0)
7,84 ± 5,47
19,54 ± 4,91
lymfatického metastasisc
N0
20 (32,8)
8,95 ± 3,17
0,926
18,55 ± 6,01
0,472
N1 & N2 & N3
41 (67,2)
9,07 ± 5,25
19,53 ± 4,39
distálnej metastasisc
M0
58 (95,1)
8,87 ± 4,70
0,258
19,13 ± 5,02
0,617
M1 Sims 3 (4.9)
12,00 ± 1,30
20,62 ± 3,74
Invasionc
Tis & T1-T3
20 (32,8)
10,04 ± 3,86
0,237
17,73 ± 4,72
0,105
T4
41 (67,2)
8,53 ± 4,95
19,93 ± 4,95
TNM stagec
0 & I & II
24 (39,3)
9.40 ± 3.86
0,620
17,81 ± 5,52
0,032
III & IV
37 (60,7)
8,79 ± 5,14
20,49 ± 3,98
Aall vzorky sú tvorené zo 16 endoskopických bioptických vzoriek a 61 vzoriek chirurgia od pacientov s karcinómom žalúdka.
zistený bNot 2 pacientov, ktorí boli vykonávané endoskopia vyšetrenie.
cOnly zahŕňa 61 pacientov operáciu.
Obrázok 4 ROC krivky.
Expresia uc001lsz bol úchylné na začiatku rakoviny a prekanceróznych lézií
Konečne, pozorovať prípadného predčasného diagnostickej hodnoty lncRNA sme merali hladinu uc001lsz na začiatku rakoviny a prekancerózne lézie. Zistili sme, že jej hladina bola významná nižšia u týchto lézií v porovnaní s tými, zodpovedajúcich priľahlé non-nádorových tkanív (Obrázok 5A). Hladina uc001lsz v normálnych tkanivách bola významne vyššia ako v prekanceróznych lézií a na začiatku rakovinových tkanív. Okrem toho, jeho hladina v prekanceróznych lézií bol viditeľný vyššia ako na začiatku tkanivách s rakovinou (Obrázok 5B). Obrázok 5 Vyjadrenie uc001lsz na začiatku rakoviny a prekancerózne lézie. Hladina uc001lsz na začiatku patologické zmeny tkaniva, je nižšia ako v párové normálne tkanive (n
= 14, P = 0,0016
, A). Hladina uc001lsz v normálnej tkanive je podstatne vyššia ako v prekanceróznych lézií a na začiatku rakoviny (B). #P Hotel < 0,001; * P Hotel < 0,05.
Diskusia
štúdie ukázali, že ~ 18% proteínu kódujúce gény, ktoré produkujú lncRNAs sú spojené s rakovinou, zatiaľ čo iba 9% všetkej ľudskej gény kódujúce proteín sú spojené s rakovinou [18]. Vzťah medzi lncRNAs a nádorov sa v súčasnej dobe stal jedným z ohnísk štúdií s rakovinou.
Pribúdajú dôkazy o tom, že lncRNAs sú vzťah k zažívacieho ústrojenstva nádorov [19]. Tri lncRNAs, H19, hotair a lncRNA vysoko up-regulované u rakoviny pečene (prútiku), sa zistilo, že nadmerná expresia v ľudských hepatocelulárny karcinóm (HCC) [20-22]. Okrem toho, prútiku expresia nie je iba obmedzený na HCC, ale je tiež exprimovaný v kolorektálnych karcinómov, ktoré metastázujú do pečene [23].
Výskumy o lncRNAs týkajúcich sa žalúdku sú obmedzené. Sun et al.
Zistené, že hladina expresie rakoviny žalúdka súvisiace s transkriptov 1 (GACAT1), alebo AC096655.1-002, významne koreluje s lymfatických uzlín, vzdialené metastázy, fázach TNM a diferenciácie [17]. Mei a kol.
Hlásených, že ubiquitin-like modifikátor (SUMO) 1 pseudogen 3, SUMO1P3, môže byť potenciálny biomarker v diagnóze rakoviny žalúdka [16]. Niinuma et al.
Zistené, že zvýšená expresia hotair sa výrazne spojené s vysokým rizikom gastrointestinálnym strómovými tumorom [24]. RNA, 7SK malé nukleárna (RN7SK) je nepriamo regulovať žalúdočné tumorigenezi cez pozitívne transkripčný elongační faktor-b (p-TEFb) [25]. H19, môže zohrávať dôležitú úlohu v rakovine žalúdka stratou imprinting a iných mechanizmov, [26, 27]. Nedávne, Cao et al
. Použité bioinformatiky metódy pre skríning lncRNA profilov expresie spojené s rakovinou žalúdka [28]. Po prvé, dve verejne dostupných ľudských exónu čipy pre rakovinou žalúdka a dát pre zodpovedajúce normálne tkanivá boli stiahnuté z GEO. Potom sa sondy ľudského exónu matice boli znovu poznámkami. Napokon, sondy jedinečne mapovanie lncRNAs na úrovni génu boli zachované. bolo identifikovaných celkovo 88 lncRNAs, ktoré boli odlišne exprimované u karcinómu žalúdka [28].
Tu prístupy pre skríning žalúdočných lncRNAs s rakovinou spojené boli odlišné od tých, ktoré používajú Cao et al
. [28]. K identifikácii pozoruhodne down-regulované alebo up-regulované lncRNAs v rakoviny žalúdka, sme sa prvýkrát zhromaždené rakovinou žalúdka a priľahlých vzorky non-nádorového tkaniva z hornej časti tráviaceho vyšetrenie endoskopia. Z lncRNA expresných profilov získaných z lncRNA microarray analýzy (obrázok 1), sme zistili, že medzi rôznymi významne vyjadrené lncRNAs (tabuľka 1), iba H19 bola nájdená v rakoviny [11, 20, 26, 27]. V dôsledku toho je nevyhnutné ďalej objasniť klinické podpisy lncRNAs v diagnóze a liečbe rakoviny žalúdka.
Rastúce štúdium funkčne charakterizovaný lncRNAs ukazuje, že tieto prepisy sú dôležité v rôznych fyziologických procesov, vrátane embryonálnych kmeňových buniek diferenciácia [29], diferenciácie T-buniek [30], diferenciácie keratinocytov [31], a to najmä, zmenené expresie lncRNAs môže viesť k rakovine [32].
v tejto štúdii sme sa zamerali na dve lncRNAs, H19 a uc001lsz , bolo zistené, že je zreteľne vyššia ako u nenádorových tkanív (Obrázok 2A a B) úroveň expresie H19 v žalúdočných rakovinových tkanivách. Spolu so zvýšenou expresiou H19 v žalúdku nádorových bunkových línií (obr 2D), navrhujeme, aby H19 môže hrať dôležitú úlohu v patogenéze rakoviny žalúdka. Zaujímavé, H19 expresie je v každom typoch nádoru nezvyšuje. Ako je vidieť na obrázku 2D, H19 expresia znížená karcinómu pečene a prostaty. Tieto výsledky ďalej potvrdzujem, že H19 pôsobí nielen ako onkogén, ale aj ako nádorový supresor [20, 27, 33]. Matouk et al
. zistené, že klepanie dole z H19 RNA za následok takmer kompletné útlm p57 kip2 indukcie v reakcii na hypoxii stresu [20]. Ďalej zistili, že H19 bolo spojené s angiopoietin (ANG) a fibroblastový rastový faktor-18 (FGF-18), ktorého funkcia sa podieľajú na raste nádoru a proliferáciou [20]. Aby sme pochopili molekulárnej mechanizmus, ktorým H19 zvyšuje rakovina žalúdka rast buniek, Yang et al
. skúmalo, či H19 ovplyvňuje funkcie nádorového supresor p53 [27]. Zistili, že H19 bolo spojené s p53, a že toto spojenie malo za následok čiastočnú inaktiváciu p53 [27]. Na rozdiel od
H19, uc001lsz úrovne expresie v karcinómu žalúdka tkanivách bolo zistené, že je výrazne nižšia (obrázok 3A). Ako je vidieť na obrázku 3C, expresiu uc001lsz v žalúdku nádorových bunkových línií (AGS a MGC-803) je nižší ako v žalúdočnej epiteliálne bunky (GES-1), ale nebol zistený žiadny významný rozdiel medzi SGC-7901 a GES-1 , Možno, že stupeň zhubný nádor nízky SGC-7901 vedie k tomuto výsledku. A čo je dôležitejšie, bola nájdená väčšia súvislosť medzi expresiou uc001lsz a TNM fáze (tabuľka 2). Tieto výsledky potvrdili uc001lsz ako dôležitý hráč v inhibícia rozvoja rakoviny žalúdka. Ako sme známe, mnoho lncRNAs sú prepísané v blízkosti alebo vnútri loci kódujúci proteín, ktorý posilnil hypotézu, ktorá môže mať lncRNAs cis
-acting účinky v rámci týchto loci. Ale uc001lsz môžu mať trans
-acting vplyv v rámci jeho priľahlých loci kódujúcich proteíny. MUC2
, člen rodiny proteínov mucínu génov, sa nachádza hneď vedľa UC001LSZ
. MUC2 sa vylučuje na slizniciach, kde je secernovaný pohárikových buniek v epiteliálnej výstelky do lumen žalúdka [34]. Ako už bolo popísané, MUC2 bola vysoká expresia v karcinómu žalúdka [35]. Aj keď sa zdá uc001lsz hrať ako tumor supresorového génu v žalúdku rakoviny a mnohých iných typov nádorov, môže hrať úlohu v inej rakoviny prostaty, kde uc001lsz bol vysoko exprimovaný (obrázok 3C).
Molekulárne nádorové biomarkery sú životne dôležité diagnostické a prognostické nástroje. Naše údaje ukazujú, že expresia uc001lsz bol aberantne na začiatku rakovinou žalúdka a žalúdočných prekanceróznych lézií (Obrázok 5A). A mimoriadnej zmeny možno objaví v prekanceróznych lézií (obrázok 5B). Toto vyšetrovanie naznačuje, že uc001lsz môže byť kandidát biomarkerov rakoviny žalúdka.
Závery
V súhrne sme líčiť lncRNA expresný profil, ktorý spojené s rakovinou žalúdka. Zvýšená expresia H19 v žalúdočných nádorových bunkových línií a tkanív ukazuje, že môžu byť H19 sa zúčastnilo karcinómu žalúdka. Znížená expresia uc001lsz v žalúdočnej rakovinové bunkové línie a tkanív, jeho asociácie s TNM štádiu, a jej regulačné poruchy na začiatku rakoviny a prekanceróznych lézií naznačujú, že uc001lsz môže mať dôležitú úlohu pri vzniku rakoviny žalúdka a musí byť potenciálny biomarker pre diagnostiku čoskoro rakovina žalúdka
Skratky
ANG :.
Angiopoietin
CA19-9:
Sacharidy antigén 19-9

CEA:
Karcinoembryonální antigén
Ct:
Threshold cyklus
DC /CIK:
dendritických buniek /cytokíny indukovaná vrah
FGF-18:
rastový faktor fibroblastov-18
GACAT1:
karcinóm žalúdka -associated prepis 1
H19:
recipročne potlačou partner IGF2
HCC:
hepatocelulárny karcinóm

hotair:
HOx prepis nezmyselné RNA
HOx:
homeoboxový
prútiku:
Vysoko up-regulované v rakovinu pečene
IGF2:
inzulínu podobný rastový faktor 2
IGF2-AS:
IGF -ir a IGF-IIR antisencie
IGF-IR:
inzulínu podobný rastový faktor typu aj receptoru
IGF-IIR:
inzulínu podobný typ receptor rastového faktoru II
lncRNA:
Long nekódujúca RNA
malát-1
metastázy spojená adenokarcinóm pľúc prepis 1
miRNA:
microRNA
MUC2:
mucínu 2</sub></sup>