Hosszú nem-kódoló RNS-expressziós profil humán gyomorrák és klinikai significances

Hosszú nem-kódoló RNS-expressziós profil humán gyomorrák és klinikai significances katalógusa Abstract katalógusa Háttér
hosszú, nem kódoló RNS-ek (lncRNAs) a túlnyomórészt átírt genomjában még lehetséges szerepét a humán daganatokban nem jól érteni. A célja az volt, hogy meghatározzák a lncRNA expressziós profil a gyomorrák és a benne rejlő klinikai értéke. Katalógusa Módszerek
A globális lncRNA expressziós profil gyomorrákban mértük lncRNA microarray. Szintek két reprezentatív lncRNAs, H19 és uc001lsz, megerősítette valós idejű reverz transzkriptáz polimeráz-láncreakció. A kapcsolat a saját szintjén és klinikopatológiai faktorok betegek gyomorrák feltártuk. A receiver operating characteristic (ROC) görbét elkülönítésére gyomorrák származó jóindulatú gyomorfekély betegségek.
Eredménye
összesen 135 lncRNAs, amely differenciális expressziós szintek között a tumor és a nem daganatos szövetek voltak több mint kétszeresére, talált ( GEO No. GSE47850). A leginkább lefelé szabályozni lncRNAs gyomorrákban szöveteket FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 és AK054588; míg a leginkább up-szabályozott azok voltak H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978 és DB077273. H19 találták erősen expresszálódik a gyomor és a máj rákos sejtvonalakban, míg a szerény kifejezve tüdőrák és a prosztatarák sejtvonalak. Uc001lsz ben szerény kifejezve gyomor, a tüdő és a máj rákos sejtvonalakban, míg erősen expresszálódik a prosztatarák. A területek ROC görbék maximum 0,613, 0,751 és 0,761 a H19, uc001lsz, és a kombináció, ill. Katalógusa Következtetések
lncRNA expressziós profil gyomorrákban sugallja potenciális szerepét lncRNAs a gyomorrák előfordulása, fejlődés. A túltermelése H19 gyomorrákban azt sugallja, hogy H19 lehet részt gyomorrák. A csökkentett expresszióját uc001lsz gyomorkarcinómában sejtvonalakban és szövetekben, a asszociációk TNM, és annak diszreguláció korai rák és a rákot megelőző elváltozások azt sugallják, hogy uc001lsz lehet egy potenciális marker diagnosztizálására korai gyomorrák.
Kulcsszavak
Gyomorrák hosszú nem-kódoló RNS-expressziós profil H19 uc001lsz alapon
a jól tanulmányozott komponensek a humán genomban azok a fehérje-kódoló géneket. Azonban a kódoló exonját ezen gének aránya mindössze 1,5% -a a genom [1]. Az utóbbi években, hogy egyre nyilvánvaló, hogy a nem-fehérje-kódoló részének a genom döntő funkcionális jelentőségű betegség előfordulása [2]. A nem kódoló RNS-ek (ncRNAs) jellemzik, mint három típusú, hosszú ncRNAs, közepes méretű ncRNAs és rövid ncRNAs [1]. Bár a legtöbb tanulmány a ncRNAs összpontosítanak rövid ncRNAs, mint például a mikroRNS (miRNS-ek), a hosszú nem-kódoló RNS-ek (lncRNAs) gyorsan egyre előtérbe a közelmúltban.
LncRNAs nagyobb, mint 200 nukleotid hosszúságú [3]. Úgy alakultak az utóbbi időben jelentős szereplői szabályozó alapvető biológiai folyamatokat. Aberráns expresszióját lncRNAs kapcsolatba hozták a rák [3]. Például differenciális display kód 3 (DD3 PCA3), prosztata-specifikus lncRNA, úgy tűnik, hogy a marker a korai diagnózis a prosztatarák [4]. Még fontosabb, DD3 PCA3 mutatható ki a vizeletben a prosztatarákban szenvedő betegek [5]. Bár Metastasis kapcsolódó tüdő adenokarcinóma transcript 1 (MALAT-1) első talált kóros kifejezve metasztatizáló nem-kissejtes tüdőkarcinóma [6], ez up-szabályozott májkarcinóma, mellrák, hasnyálmirigyrák, a colorectalis rák, és a prosztatarák [7]. MALAT-1 nem csak egy potenciális diagnosztikai markerként, hanem a potenciális prognosztikai marker [8]. HOX átirat antiszensz RNS (Hotair) társul mellrák és a vastagbélrák [9, 10]. H19, egy másik híres lncRNA, gyakran érintett gyermek és felnőtt daganatok [11].
Gyomorrák még mindig az egyik leggyakoribb halálozási ok a világon [12]. Azonban a hagyományos stratégiák alapján radikális sebészeti kezelésére gyomorrák még nem kielégítőek. Ezért felfedi a mechanizmusok előfordulásának és a gyomorrák kialakulásával is fokozott figyelem a rákkutatás.
Mivel a globális lncRNA expressziós profil gyomorrákban nem teljesen fedetlen, a jelen tanulmányban azt vizsgáltuk az lncRNA expressziós profilja gyomorrák. Ezután a kapcsolat a abnormálisan expresszált-lncRNAs és klinikopatológiai faktorok betegek gyomorrák feltártuk. Adataink biztosít jelölt diagnosztikai biomarkerek gyomorrák. Katalógusa Módszerek katalógusa Betegek és minták
gyomorrákos betegek szöveteiből, beleértve gyomorrák szöveteket, rákmegelőző elváltozás és a megfelelő szomszédos, nem daganatos szövetek azonnal fennmaradt RNS fixáló ( Bioteke, Peking, Kína) eltávolítása után a szervezetből, és -80 ° C-on a felhasználásig. A szövettani mintákat nyert sebészi biopszia példányok 2011. február 2012. június Három daganatos központok, Yinzhou Népi Kórház, Ningbo No. 1 Klinikák és kapcsolt Kórház Ningbo University School of Medicine, Kína. Tájékozott beleegyezés vettünk minden témában. A Human Kutatásetikai Bizottsága Ningbo Egyetem jóváhagyott minden szempontból a tanulmány. A tumorokat rendeztek szerint a tumor-node-metasztázis (TNM) stádium rendszerben a Nemzetközi Rákellenes Unió (5 th ed). A szövettani grade-ben megvizsgálták a National Comprehensive Cancer Network (NCCN) klinikai gyakorlat iránymutatása onkológia (V.1.2011). A nem daganatos szövetek voltak 5 cm-re a széle a daganat és nem voltak nyilvánvaló tumorsejtek által értékelt patológus. Nem volt sugárterápia, kemoterápia, a célzott terápia vagy Dendritikus sejt /citokin által indukált killer (DC /CIK) terápia előtt a felső gasztrointesztinális endoszkópia vizsgálat, vagy működését.
Teljes RNS elkészítése
Az összes RNS-t izoláltunk Trizol reagens ( Invitrogen, Karlsruhe, Németország), a gyártó utasításai [13].
LncRNA mikroarray vizsgálat
Három párosított biopsziás mintákat vettünk beteg (55 Y és Male, 76 Y és a férfi, és 88 Y és nő) gyengén vagy rosszul, és közepesen differenciált gyomorrákban. Emberi lncRNA microarray gyártották NimbleGen A hibridizáció Rendszer (Arraystar, Rockville, MD). Több mint 23 000 lncRNAs gyűjtöttünk a mérvadó adatforrásokat ideértve National Center for Biotechnology Information (NCBI) RefSeq, University of California, Santa Cruz (UCSC), lncRNAs származó irodalmak és Ultra konzervált régió (UCRs) [14]. Adatok extraháljuk és a normalizált segítségével NimbleScan v2.5 szoftverrel (Roche NimbleGen, Madison, WI). További adatok analízist Agiient GeneSpring GX 11.5 szoftver (Agilent Technologies, Santa Clara, CA).
Sejttenyészet
humán gyomornyálkahártya sejtvonalat (GES-1), a gyomorrák sejtvonalak (AGS, MGC-803 és SGC-7901), a máj normális sejtvonal (HL-7702), a máj karcinóma sejtvonalon (HepG2 és ÁAK-7721), a magzati tüdő fibroblaszt sejtvonalat (HELF), tüdőkarcinóma sejtvonal (A549), prosztata epithelialis sejtvonal (RWPE-1), és a prosztata karcinóma sejtvonalat (Du-145 és PC-3) kaptuk a Shanghai Intézet Biokémiai és Sejtbiológiai, a kínai Tudományos Akadémia (Sanghaj, Kína). A sejteket tenyésztő palackokban, 37 ° C-on nedvesített atmoszférában, 5% CO 2 [15].
QRT-PCR kimutatása H19 és uc001lsz
Valós idejű kvantitatív reverz transzkripciós polimeráz-láncreakció (qRT-PCR) az arany standard adatok ellenőrzése. Annak ellenőrzésére, az eredmények a lncRNA microarray, cDNS-t hoztunk létre a GoScript reverz transzkripció (RT) System (Promega, Madison, WI). Kvantitatív polimeráz láncreakció (qPCR) értük el a GoTaq qPCR Master Mix (Promega, Madison, WI) egy Mx3005P valós idejű PCR-rendszer (Stratagene, La Jolla, CA). A szekvenciákat a PCR-iáncindítók H19, uc001lsz, és β-aktin a következők voltak: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(szensz), és 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (antiszensz) a H19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(szensz), és 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (antiszensz) a uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(szensz), és 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (antiszensz) a β-aktin. Az adatokat elemeztük a ΔC
T módszer [16, 17]. Minden eredményt fejeztük ki átlag ± SD három független kísérlet során.
Klónozása és szekvenálása A QRT-PCR termékek katalógusa A QRT-PCR termékeit lncRNA először alkalmazásával tisztítottuk UNIQ-10 PCR-terméket Purification Kit, majd klónoztuk a pUCm-T vektor (Sangon Biotech, Shanghai, Kína) a gyártó utasításait. Ezt követően a DNS-szekvenálást végeztünk által Sangon Biotech Co., Ltd.
Szerológiai tumormarker elemzés
szérum karcinoembrionális antigén (CEA) és a szénhidrát antigén 19-9 (CA19-9) mértük egy Elecsys 2010 gép (Roche diagnosztika, Basel, Svájc). A cutoff értékek 5 ng /ml és 35 U /ml CEA és CA19-9, ill.
Statisztikai analízis Tanuld az összes statisztikai adatokat elemeztük Statisztikai Program for Social Sciences (SPSS) 18,0 szoftver (SPSS, Chicago , IL), és a GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). Egy varianciaanalízissel teszt, két mintás Student t katalógusa -teszt és rank-sum tesztet alkalmaztak. A vevő működési karakterisztika (ROC) görbe jött létre, hogy értékelje a diagnosztikus értékű. P katalógusa < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Katalógusa Eredmények katalógusa LncRNA expressziós profilok gyomorrákban szövetekben képest szomszédos, nem daganatos szövetek
lncRNA expressziós mintázatok között gyomorrák szövetek és a szomszédos, nem daganatos szöveteket szignifikánsan eltérő (1.ábra). Összesen 135 lncRNAs, amely kifejezés a változás több mint kétszeresére, talált (GEO csatlakozás számok 47850; http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /geo /lekérdezés /acc. cgi? acc = GSE47850). Ezek közül a 71 és 64 voltak felfelé és lefelé kifejezett tumor szövetekben, ill. A leginkább lefelé szabályozni lncRNAs gyomorrákban szöveteket FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 és AK054588. A leginkább up-szabályozott lncRNAs gyomorrákban szöveteket H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978 és DB077273 (1. táblázat). 1. ábra megváltozása lncRNA expressziós profilok között gyomorrák szövetek és nem daganatos szövetekben. Az eredményt a hierarchikus klaszterezést mutatja megkülönböztethető lncRNA expressziós profil minták közötti. "Red" jelzi a magas relatív expresszióját; és a "kék" jelzi az alacsony relatív expresszióját. katalógusa 1. táblázat több mint négyszeresére differenciáltan expresszálódó lncRNAs gyomorrákban szövetekben összehasonlítva páros nem daganatos szövetek katalógusa Név
kromoszóma
rendelet
Hajtás változás Matton Sourcea Matton P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: http: //lncrnadb. com /Default. aspx; lincRNA: http: //genomban. UCSC. edu /cgi-bin /hgGateway; refNR: http: //genomban. UCSC. edu /cgi-bin /hgTables; http: //www. NCBI. NLM. NIH. gov /RefSeq /; UCSC_knowngene: http: //genomban. UCSC. Edu /cgi-bin /hgTables; mRNS: http: //genomban. UCSC. edu /cgi-bin /hgTables. katalógusa kifejezése H19 volt, akár szabályozott a gyomor karcinómaszövetek
Mivel H19 találták a leginkább up-szabályozott lncRNA a gyomor rákos szövetekben, akár 8,91-szoros változást microarray detektálás (1. táblázat), hogy érvényesítse ezt az eredményt, mi észlelt expressziós szintjének H19 kétféle rákos szövet, biopszia szövetek és sebészeti mintákban, által qRT-PCR. Először is, feltártuk expressziós szintjének H19 15 pár gyomor karcinóma "biopsziás szövetekben. Azt találtuk, hogy annak szintje a rákos szövetekben jelentősen magasabb volt, mint a nem-tumoros szövetekben (2A ábra). Aztán észlelt H19 szinten számos sebészeti mintákban. Amint azt a 2B ábra, ez volt up-szabályozott 74,0% (57/77) gyomorrák szövetekben (p
= 0,029). Szekvenálásával QRT-PCR termék, azt találtuk, hogy a szekvencia H19 (2C ábra) konzisztens volt, hogy az adatbázis (http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /gén /283120). 2. ábra H19-ben fel-szabályozott gyomorrák szövetekben, gyomorrák sejtvonalak és más közös rákos sejtvonalak. Real-time QRT-PCR-t használták, hogy meghatározzák az expressziós szintjének H19. A ΔC
T értéket úgy határoztuk meg, kivonva a β-aktin C
t érték a cél lncRNA C
t érték. Kisebb ΔC katalógusa t érték azt jelzi, magasabb kifejezést. Szintű H19 gyomorrákban biopsziás szövetekben (n = 15 katalógusa, P katalógusa = 0,014; A) és a gyomorrák szövetek (n = 77 katalógusa, P katalógusa = 0,029; B). Szekvenálása eredményeként QRT-PCR terméket H19 (C). A szint H19 a gyomor rákos sejtvonalak (AGS, MGC-803, SGC-7901) és a máj rákos sejtvonalat (ÁAK-7721 és HepG2) magasabb volt, mint a humán gyomornyálkahártya sejtvonal GES-1 és a humán máj normális sejt HL-7702, illetve; Azonban a szint tüdőrák sejtvonal A549 és prosztatarák sejtvonalat (DU-145 és a PC-3) alacsonyabb volt, mint a humán magzati tüdő fibroblaszt sejtvonalat HELF sejtek és humán prosztata epithelialis sejtvonal RWPE-1 (D). Minden eredményt fejeztük ki átlag ± SD három független kísérlet során. #P Katalógusa < 0.001.
Kifejezése H19 közös rákos sejtvonalak
Ahhoz, hogy több információt H19 kifejezést rákok, megvizsgáltuk a szintje néhány gyakori rákos sejtvonalak. Ábrán látható a 2D, összehasonlítva a megfelelő normális sejtvonal, a H19 találták erősen expresszálódik gyomor rákos sejtvonalak (AGS, MGC-803, SGC-7901), és hepatocelluláris karcinóma sejtvonalon (ÁAK-7721 és HepG2), míg szerény kifejezve a tüdőrák sejtvonal (A549) és a prosztata rákos sejtvonalat (DU-145 és a PC-3).
expressziója uc001lsz volt alulszabályozott a gyomor karcinóma szövetekben
Uc001lsz egy új megtalált lncRNA, ami átíródik a határidős szálat kromoszóma 11p15.5. A microarray eredmények (1. táblázat), azt látjuk, hogy uc001lsz volt a második legnagyobb lefelé szabályozni lncRNA gyomorrákban szövetben. A másik ok, hogy arra ösztönzött bennünket, hogy további vizsgálat uc001lsz az volt, hogy a transz katalógusa kapcsolódó MUC2, ami kiválasztódik képez oldhatatlan nyálkahártya barrier a bélben lumen. Hogy még inkább megerősítik a kifejezés uc001lsz gyomorrákban, bővítettük a minta számát. Az adatok azt jelzik, hogy szignifikánsan down-szabályozott 84,4% (65/77) gyomorrák szövetek (3A, p
< 0,001). Szekvenálásával QRT-PCR termék, azt találtuk, hogy a szekvencia uc001lsz (3B ábra) konzisztens volt, hogy az adatbázis (http: //genomban. UCSC. Edu /cgi-bin /hgTables). 3. ábra Uc001lsz volt alulszabályozott a gyomorrák szövetekben, gyomorrák sejtvonalak és más közös rákos sejtvonalak. Real-time QRT-PCR-t használták, hogy meghatározzák az expressziós szintjének uc001lsz. Három független kísérletet végeztünk. Szintű uc001lsz gyomorrákban szövetekben jelentősen alacsonyabb volt, mint a megfelelő nem-daganatos szövetek (n = 77 katalógusa, P katalógusa < 0,001 A). Szekvenálása eredményeként QRT-PCR terméket uc001lsz (B). A szint uc001lsz a gyomor rákos sejtvonalak (AGS, MGC-803, SGC-7901), a máj rákos sejtvonalat (ÁAK-7721 és HepG2), valamint tüdőrák sejtvonal A549 alacsonyabb volt, mint a humán gyomornyálkahártya sejtvonal GES- 1, emberi máj normális sejtvonal HL-7702 és a humán magzati tüdő fibroblaszt sejtvonalat HELF rendre; Azonban a szint a prosztatarák sejtvonalat (DU-145 és a PC-3) magasabb volt, mint a humán prosztata epithelialis sejtvonal RWPE-1 (C).
expressziója uc001lsz közös rákos sejtvonalakban
beszerzése kifejezés információt uc001lsz közös rákok, észrevettük a szintje több közös rákos sejtvonalak. Azt találtuk, hogy összehasonlítva a megfelelő normál sejtvonal uc001lsz volt alázatos kifejezve gyomorrák (AGS, MGC-803, SGC-7901), a tüdőrák (A549) és a májrák (ÁAK-7721 és HepG2) sejtvonalak, miközben csak nagyon kifejezett prosztatarák (Du-145 és PC-3) sejtvonalak (3C, ábra). katalógusa potenciális diagnosztikus értékét H19 és uc001lsz katalógusa Mi mellett végzett elemzést annak felmérésére, hogy H19 vagy uc001lsz kifejezés járt a klinikopatológiai jellemzői a gyomorrák. Amint a 2. táblázatban látható, a szint a uc001lsz társult TNM szakaszokban (p
= 0,032). A pozitív kimutatás aránya H19 és uc001lsz vannak 74,0%, illetve 84,4% volt. Mindkettő nagyobb, mint a közönséges gyomorrák biomarker CEA (64,0%) és a CA19-9 (53,3%) (2. táblázat). A területeket alatt ROC görbék legfeljebb 0,613, 0,751, és 0,761 a H19, uc001lsz, és a kombináció, illetve (4. ábra). A kombinatív alkalmazása H19 és uc001lsz kissé emelkedett a diagnosztikai value.Table 2 kapcsolata H19 és uc001lsz expressziós szintek (Δ C t) a rákos szövetekben klinikopatológiai faktorok betegek gyomorrák egy fiatal Jellemzők Matton Nem. A betegek (%) Matton H19 Matton uc001lsz
átlag ± SD Matton P érték Matton átlag ± SD
katalógusa P érték Matton Életkor (y) hotelben ≥ 60 katalógusa 59 (76,6) hotelben 8,74 ± 4,67 katalógusa 0,588 katalógusa 18,85 ± 4,94 katalógusa 0.240
< 60 katalógusa 18 (23,4) hotelben 8,08 ± 3,99 katalógusa 17,28 ± 4,85 katalógusa Gender katalógusa Férfi katalógusa 57 (74,0) hotelben 8,66 ± 4,81 katalógusa 0.823 katalógusa 18,19 ± 5,01 katalógusa 0.355 fiatal női katalógusa 20 (26,0) hotelben 8,40 ± 3,44 katalógusa 19,37 ± 4,58 katalógusa Átmérő (cm) b katalógusa ≥ 5 katalógusa 39 (52,0)
7,98 ± 4,44 katalógusa 0.282 katalógusa 18,49 ± 5,03 katalógusa 0.682 katalógusa < 5 katalógusa 36 (48,0) hotelben 9,10 ± 4,53 katalógusa 18,01 ± 5,11 katalógusa CEAb
Pozitív katalógusa 48 (64,0) hotelben 8,45 ± 4,21 katalógusa 0,882 katalógusa 18,28 ± 4,54 katalógusa 0.593 katalógusa Negatív katalógusa 27 (36,0) hotelben 8,61 ± 5,01 katalógusa 18,92 ± 5,71 katalógusa CA19-9b katalógusa Pozitív katalógusa 40 (53,3) hotelben 8,68 ± 3,87 katalógusa 0.720 katalógusa 18,65 ± 4,64 katalógusa 0.792 katalógusa Negatív katalógusa 35 (46,7) hotelben 8,31 ± 5,14 katalógusa 18,35 ± 5,37 katalógusa Differentiationc katalógusa Nos katalógusa 3 (4.9) hotelben 8,28 ± 1,92 katalógusa 0,635 katalógusa 15,34 ± 5,40 katalógusa 0,371 katalógusa Mérsékelt katalógusa 33 (54,1) hotelben 9,05 ± 4,40 katalógusa 19,37 ± 4,85 katalógusa Gyenge katalógusa 25 (41,0) hotelben 7,84 ± 5,47 katalógusa 19,54 ± 4,91 katalógusa nyirokrendszer metastasisc katalógusa N0 katalógusa 20 (32,8) hotelben 8,95 ± 3,17 katalógusa 0.926 katalógusa 18.55 ± 6,01 katalógusa 0,472 katalógusa N1 & N2 & N3 katalógusa 41 (67,2) hotelben 9,07 ± 5,25 katalógusa 19,53 ± 4,39 katalógusa distalis metastasisc katalógusa M0
58 (95,1)
8,87 ± 4,70 katalógusa 0,258 katalógusa 19,13 ± 5,02 katalógusa 0,617 katalógusa M1
3 (4.9) hotelben 12,00 ± 1,30 katalógusa 20,62 ± 3,74 katalógusa Invasionc katalógusa Tis & T1-T3 katalógusa 20 (32,8) hotelben 10,04 ± 3,86 katalógusa 0.237 katalógusa 17,73 ± 4,72 katalógusa 0,105 katalógusa T4 katalógusa 41 (67,2) hotelben 8,53 ± 4,95 katalógusa 19.93 ± 4.95 katalógusa TNM stagec katalógusa 0 & I & II
24 (39,3) hotelben 9,40 ± 3,86 katalógusa 0.620 katalógusa 17,81 ± 5,52 katalógusa 0.032 katalógusa III & IV
37 (60,7) hotelben 8,79 ± 5,14 katalógusa 20,49 ± 3,98 katalógusa mMinden minta áll 16 endoszkópos biopsziás mintákat és 61 sebészeti mintákban gyomorrákos betegeknél.
bNot észlel 2 beteg, akik elvégzett endoszkópia vizsgálat. katalógusa Conly tartalmaz 61 átesett betegeknél.
4. ábra A ROC görbe.
kifejezése uc001lsz volt aberrált a korai rák és rákmegelőző elváltozások
Végre, hogy tartsa be a lehetséges korai diagnosztikai értékek lncRNA mértük szintjét uc001lsz korai rák és a rákmegelőző elváltozások. Azt találtuk, hogy annak szintje volt figyelemreméltó alacsonyabb ezen elváltozások összehasonlítottuk a megfelelő szomszédos, nem-daganatos szövetekben (5A ábra). A szint uc001lsz a normál szövetekben jelentősen magasabb volt, mint amit a rákmegelőző elváltozások és a korai rák szövetekben. Emellett, annak szintje prekancerózus volt szembetűnő magasabb, mint a korai rák szövetekben (5B, ábra). 5. ábra kifejezése uc001lsz korai rák és a rákmegelőző elváltozások. A szint uc001lsz korai patológiás változás szövet alacsonyabb, mint a páros normális szövetben (n
= 14, p
= 0,0016; A). A szint uc001lsz a normális szövetekben jelentősen magasabb, mint a rákmegelőző elváltozások és a korai rákok (B). #P Katalógusa < 0,001; * P katalógusa < 0.05.
Megbeszélés
Tanulmányok kimutatták, hogy ~ 18% -a a fehérjét kódoló géneket termelnek lncRNAs társított rák, míg mindössze 9% valamennyi emberi fehérjét kódoló gének rákkal [18]. A kapcsolat a lncRNAs és daganat jelenleg vált az egyik középpontjában a rák vizsgálatokban.
Egyre több bizonyíték arra, hogy lncRNAs vannak kapcsolatban emésztőrendszer daganatok [19]. Három lncRNAs, H19, Hotair és lncRNA nagyon fokozódik a májrák (HULC), találtak túltermelése humán hepatocelluláris karcinóma (HCC) [20-22]. Ezen túlmenően, HULC kifejezés nem csak korlátozódik a HCC, de is expresszálódik a kolorektális karcinómák, hogy áttétet a májba [23].
Kutatások körülbelül lncRNAs kapcsolatos gyomor korlátozottak. Sun et al.
Találták, hogy az expressziós szintet a gyomor rákhoz kapcsolódó transcript 1 (GACAT1) vagy AC096655.1-002, szignifikáns korrelációt mutatott a nyirokcsomó-metasztázis, távoli áttétek, TNM szakaszában, és differenciálódását [17]. Mei et al.
Számolt be, hogy az ubiquitin-szerű módosító (SUMO) 1 pszeudogén 3, SUMO1P3, lehet egy potenciális biomarker a diagnózis gyomorrák [16]. Niinuma et al.
Találták, hogy overexpressziója Hotair volt jelentősen kapcsolódó magas kockázatú gasztrointesztinális stromalis tumorok [24]. RNS, 7SK kis nukleáris (RN7SK) a közvetett módon szabályozzák a gyomor tumorigenezis keresztül pozitív transzkripciós elongációs faktor-B (p-TEFb) [25]. H19 lehet fontos szerepet játszanak a gyomorrák elvesztése által imprinting és egyéb mechanizmusok [26, 27]. Friss, Cao és munkatársai katalógusa. használt bioinformatikai módszerekkel szűrésére lncRNA expressziós profilok kapcsolódó gyomorrák [28]. Először két nyilvánosan rendelkezésre álló emberi exon tömbök gyomorrák és adatokat a megfelelő normális szövetet letölthető a GEO. Ezután a próbákat a humán exon tömbök újból annotált. Végül a próbák egyedülállóan feltérképezése, hogy lncRNAs a gének szintjén is megmarad. Összesen 88 lncRNAs, amelyek eltérően expresszált gyomorkarcinómában azonosítottak [28].
Itt a megközelítések a szűrés a gyomorrák-asszociált lncRNAs eltérnek által használt Cao et al katalógusa. [28]. Azonosítani a rendkívül leszabályozott vagy akár szabályozott lncRNAs gyomorrákban, először összegyűjtjük a gyomorrák és a szomszédos, nem daganatos szövetminta felső gasztrointesztinális endoszkópia vizsgálat. A lncRNA expressziós profilok nyert lncRNA mikroarray elemzéssel (1. ábra), azt találtuk, hogy körében a jelentősen eltérő kifejezett lncRNAs (1. táblázat), csak H19 találtak más rákos megbetegedések [11, 20, 26, 27]. Ennek eredményeként, nagyon fontos, hogy tovább pontosítsa a klinikai aláírásával lncRNAs a diagnózis és a kezelés a gyomorrák.
A növekvő tanulmányok funkcionálisan jellemzett lncRNAs kiderül, hogy ezeket átiratok fontosak a különböző élettani folyamatokban, beleértve az embrionális őssejt-differenciálódást [29], a T-sejt-differenciálódás [30], a keratinocita differenciálódás [31], különösen, a megváltozott expressziója lncRNAs vezethet rák [32].
a jelen tanulmányban középpontjában két lncRNAs, H19 és uc001lsz . Az expressziós szintjének H19 gyomorkarcinómában szövetekben találták nyilvánvalóan nagyobb, mint a nem tumoros szövetekben (2A ábra és B). Együtt a fokozott expressziója H19 a gyomor rákos sejtvonalat (2D, ábra), azt javasoljuk, hogy H19 lehet fontos szerepet játszanak a gyomorrák patogenezisében. Érdekes, H19 kifejezés nem nőtt minden típusú daganat. Amint azt mutatta, ábra a 2D, H19 expresszió csökkent májkarcinóma és a prosztatarák. Ezek az eredmények tovább igazolják, hogy H19 nemcsak mint egy onkogént, hanem úgy is, mint egy tumorszuppresszor [20, 27, 33]. Matouk munkatársai katalógusa. megállapították, hogy a kopogás-le a H19 RNS eredményezett csaknem teljes csillapítása P57 kip2 indukció válaszul hipoxiás stressz [20]. Azt találtuk továbbá, hogy H19 társult angiopoietin (ANG) és a fibroblaszt növekedési faktor-18 (FGF-18), amelynek feladatai játszanak a daganat növekedését és szaporodását [20]. Ahhoz, hogy megértsük a molekuláris mechanizmust, amellyel H19 növeli a gyomor rákos sejtek növekedését, Yang és munkatársai katalógusa. megvizsgálták, hogy H19 érinti a funkcióját a p53 tumor szuppresszor [27]. Azt találták, hogy H19 társult p53, és hogy ez a társulás eredményezett részleges p53 inaktiválás [27].
Ellentétben H19, uc001lsz expressziós szintje a gyomorrák szövetekben találták jelentősen alacsonyabb (3A ábra). Amint azt mutatta, ábrán a 3C, a kifejezés a uc001lsz a gyomor rákos sejtvonalat (AGS és MGC-803) alacsonyabb, mint a gyomor epithelialis sejtek (GES-1), de nem volt szignifikáns különbség a két SGC-7901 és GES-1 . Lehet, hogy a gyenge minőségű rosszindulatúság SGC-7901 vezet ez az eredmény. Ennél is fontosabb, nagyobb összefüggés a uc001lsz kifejezés és TNM találtak (2. táblázat). Ezek az eredmények megerősítették uc001lsz fontos játékos fejlődésének gátlására gyomorrák. Ahogy ismeretes, sok lncRNAs íródnak közel vagy azon belül fehérjét kódoló loci, amely megerősítette a feltételezést, hogy lncRNAs lehet cisz katalógusa -SZABÁLYOZÓ hatását ezekben loci. De uc001lsz lehetnek transz- katalógusa -SZABÁLYOZÓ hatás belül a szomszédos fehérjét kódoló loci. MUC2 katalógusa, tagja a mucin fehérje gének családját, mellett található UC001LSZ katalógusa. A MUC2 szekretálódik ra nyálkahártya-felületekről, ahol szekretálódik kehelysejtet az epiteliális bélés lumenébe a gyomor [34]. Amint arról, MUC2 volt magas expressziót gyomorrákban [35]. Bár uc001lsz tűnik játszik, mint a tumor szuppresszor gén gyomorrák és sok más típusú daganatok, előfordulhat, hogy más szerepet játszanak a prosztatarák, ahol a uc001lsz ben erősen expresszálódik (3C, ábra).
Molecular tumor biomarkerek létfontosságúak diagnosztikus és prognosztikus eszközöket. Adataink azt mutatják, hogy ez a kifejezés uc001lsz volt aberráns korai gyomorrák és a gyomor rákmegelőző elváltozások (5A ábra). És a rendkívüli változásokat talán megjelenik a rákmegelőző elváltozások (5B). Ezt a vizsgálatot arra utal, hogy uc001lsz alkalmas lehet a biomarker gyomorrák.
Következtetések katalógusa Összefoglalóan azt ábrázolja az lncRNA kifejezés profil társított gyomorrákban. A túlzott mértékű expressziója H19 gyomorkarcinómában sejtvonalakban és szövetekben arra utal, hogy H19 lehet részt gyomorrák. A csökkentett expresszióját uc001lsz gyomorkarcinómában sejtvonalakban és szövetekben, a asszociációk TNM, és annak diszreguláció korai rák és a rákot megelőző elváltozások arra utalnak, hogy uc001lsz lehet fontos szerepe a gyomorrák előfordulása, és egy potenciális biomarker diagnosztizálására korai gyomorrákban. katalógusa rövidítések katalógusa ANG: katalógusa Angiopoietin
CA19-9: katalógusa szénhidrát antigén 19-9 Matton
CEA: katalógusa karcinoembrionális antigén
Ct: katalógusa Threshold ciklus
DC /CIK: katalógusa dendritikus sejt /citokin indukálta gyilkos
FGF-18: katalógusa fibroblaszt növekedési faktor-18
GACAT1: katalógusa Gyomorrák -asszociált átirat 1
H19: A katalógusa kölcsönösen nyomott partnere IGF2
HCC: katalógusa hepatocellularis carcinoma katalógusa
Hotair: katalógusa HOX átirat antiszensz RNS
HOX: katalógusa Homeobox
HULC:
Erősen fokozódik a májrák
IGF2: katalógusa inzulinszerű növekedési faktor 2
IGF2-AS: katalógusa IGF -IR és az IGF-IIR antiszensz
IGF-IR: katalógusa inzulin-szerű növekedési faktor I. típusú receptor
IGF-IIR:
inzulin-szerű növekedési faktor receptor II típusú
lncRNA: katalógusa hosszú, nem kódoló RNS-
MALAT-1: <

• Kimutatása sentinel és nem sentinel nyirokcsomó mikrometasztázi- által teljes sorozatszámot szakaszoló és immunhisztokémiai vizsgálatok gyomor cancer
• EBNA1 kötő és epigenetikai szabályozása gastrokine tumorszuppresszor gének gyomor karcinóma cells