Long ei-koodaavat RNA mentymisprofiili ihmisen mahasyövän ja sen kliinisten merkitykset

Long ei-koodaavat RNA mentymisprofiili ihmisen mahasyövän ja sen kliiniset merkitykset
tiivistelmä
tausta
kauan kuin koodaavat RNA: t (lncRNAs) on vallitsevasti transkriptoidaan genomissa vielä niiden mahdollisia rooleja ihmisen syövissä eivät ole hyvin ymmärsi. Tavoitteena Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli määrittää lncRNA ilmaisun profiilin mahasyövän ja sen mahdollinen kliininen arvo. Tool Menetelmät
globaali lncRNA ilmaisun profiili mahasyövässä mitattiin lncRNA mikrosirulla. Tasot kahden edustavan lncRNAs, H19 ja uc001lsz, varmistettiin reaaliaikaisen käänteistranskriptaasi-polymeraasiketjureaktiolla. Suhde niiden tasojen ja kliinis tekijät potilaiden mahalaukun syövän tutkittiin. Vastaanotin toimii (ROC) käyrä rakennettiin erottamiselle mahasyövän hyvänlaatuisesta mahasairauksia.
Tulokset
Yhteensä 135 lncRNAs, joka differentiaalikaavojen tasojen kasvain ja ei-syöpäkudoksissa olivat yli kaksinkertaiseksi, havaittiin ( GEO nro GSE47850). Kaikkein alassäädetty lncRNAs mahasyövän kudokset FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600, ja AK054588; kun taas kaikkein ajan säädellään niitä oli H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978 ja DB077273. H19 havaittiin erittäin ilmaistu vatsassa ja maksasyövän solulinjoja, kun taas alhainen ilmaistuna keuhkosyövän ja eturauhassyövän solulinjoissa. Uc001lsz on lowly ilmaistiin mahalaukun, keuhko- ja maksasyöpä solulinjoissa, kun taas erittäin ilmaistuna eturauhasen syöpä. Alat ROC käyrät olivat jopa 0,613, 0,751 ja 0,761 ja H19, uc001lsz, ja yhdistelmä, vastaavasti.
Johtopäätökset
lncRNA ilmaisun profiili mahasyövän ehdottaa mahdollisia rooleja lncRNAs mahasyövän esiintyminen ja kehittäminen. Yli-ilmentyminen H19 mahasyövän viittaa siihen, että H19 voidaan osallistui mahasyövässä. Pelkistetty ilmaus uc001lsz mahasyövän solulinjoissa ja kudoksissa, sen yhdistysten TNM, ja sen säätelyhäiriö alussa syöpään ja syövän esiasteita mukaan uc001lsz voi olla mahdollinen merkki diagnosoimiseksi varhaisen mahasyöpä.
Avainsanat
Mahasyöpää Long ei-koodaavat RNA: n ilmentäminen profiili H19 uc001lsz Taustaa
hyvin tutkittu komponentteja ihmisen genomin ovat ne proteiinia koodaavan geenejä. Kuitenkin koodaavat eksonit näiden geenien osuus on vain 1,5%: n genomin [1]. Viime vuosina on tullut yhä ilmeisemmäksi, että ei-proteiinia koodaavan osan genomi on ratkaisevan toiminnallinen merkitys sairauden ilmenemisen [2]. Ei-koodaavat RNA: t (ncRNAs) luonnehtivat kuin kolmenlaisia, pitkä ncRNAs, keskikokoisia ncRNAs ja lyhyt ncRNAs [1]. Vaikka useimmat tutkimukset ncRNAs ovat keskittyneet lyhyen ncRNAs, kuten MikroRNA (miRNA), pitkän ei-koodaavat RNA: t (lncRNAs) nopeasti saada näkyvyyttä äskettäin.
LncRNAs ovat suurempia kuin 200 nukleotidiä pituudeltaan [3]. Ne ovat nousseet viime aikoina kuin suuria toimijoita koskevat biologisia perusprosesseja. Poikkeava ekspressio lncRNAs on yhdistetty syöpiin [3]. Esimerkiksi Differential näyttö koodi 3 (DD3 <sup>pCA3), eturauhasspesifinen lncRNA, näyttää olevan merkki varhaisen diagnoosin eturauhassyövän [4]. Tärkeämpää, DD3 pCA3 voidaan havaita virtsasta potilailta, joilla on eturauhasen syöpä [5]. Vaikka Etäpesäke liittyy keuhkojen adenokarsinooma transkriptio 1 (MALAT-1) on ensimmäisen kerran todettu epänormaalia ilmaistu metastasizing kuin pienisoluinen keuhkosyövän [6], se on säädellään ylöspäin maksasyöpä, rintasyöpä, haimasyöpä, kolorektaalisyöpä, ja eturauhassyövän [7]. MALAT-1 ei ole vain mahdollinen diagnostisen markkerin, mutta myös mahdollinen prognostinen markkeri [8]. HOX transkripti antisense-RNA (hotair) liittyy rintasyöpään ja peräsuolen syöpä [9, 10]. H19, toinen kuuluisa lncRNA, on usein mukana lapsi- ja aikuispotilaiden kasvaimissa [11].
Mahalaukun syöpä on edelleen yksi yleisimmistä kuolinsyitä maailmassa [12]. Kuitenkin perinteiset strategiat perustuvat radikaaleja hoitoon mahasyövän eivät vielä ole tyydyttäviä. Siksi paljastaa mekanismien esiintyminen ja mahasyövän on houkutella yhä enemmän huomiota syöpätutkimukseen.
Koska maailmanlaajuinen lncRNA ilmaisun profiili mahasyövässä ei ole täysin ilman kantta esillä olevassa tutkimuksessa, selvitimme lncRNA ilmaisun profiilin mahasyöpä. Sitten suhdetta poikkeavasti ilmaistuna-lncRNAs ja kliinis tekijät potilailla, joilla on mahalaukun syövän tutkittiin. Tuloksemme tarjoaa ehdokas diagnostinen biomarkkerit mahasyövän. Tool Menetelmät
Potilaat ja näytteet
Mahasyöpää potilaiden kudoksiin, mukaan lukien mahasyöpä kudoksiin, precancerous leesio ja vastaavien viereisten ei-syöpäkudoksissa otettiin heti säilytetty RNA järjestelijä ( Bioteke, Peking, Kiina) poistamisen jälkeen kehosta ja säilytetään -80 ° C: ssa käyttöön asti. Kudosnäytteet saatu kirurgiseen tai kudosnäytteistä helmikuun 2011 päivänä kesäkuuta 2012 kolme syöpä keskuksissa, Yinzhou Kansan sairaalassa, Ningbo No. 1 sairaala ja Affiliated sairaala Ningbo University School of Medicine, Kiina. Tietoon perustuva suostumus otettiin kaikissa aineissa. Human Research Ethics komitean Ningbo yliopiston hyväksytty kaikilla tässä tutkimuksessa. Kasvaimet lavastettu mukaan kasvain-solmu-etäpesäke (TNM) lavastus järjestelmä International Union Against Cancer (5 th ed). Histologinen arvosana arvioitiin seuraavien National Kattava Cancer Network (NCCN) kliinisen käytännön ohje onkologian (V.1.2011). Ei-tuumori- kudoksiin oli 5 cm: n päässä reunasta kasvain ja ei ollut selvää kasvainsoluja, kuten arvioitiin patologi. Ei ollut sädehoito, kemoterapia, täsmähoitoihin tai dendritic cell /Sytokiini-indusoidun killer (DC /CIK) hoidon ennen ruoansulatuskanavan yläosan endoskopia tarkastus tai toimintaa.
Yhteensä RNA: n valmistaminen
Kokonais-RNA eristettiin käyttämällä Trizol-reagenssia ( Invitrogen, Karlsruhe, Saksa) valmistajan ohjeiden [13].
LncRNA mikrosirujen määritys
Kolme pariksi koepalanäytteistä saatiin potilailta (55 y ja mies, 76 y ja miehen ja 88 y ja naaras) ja huonosti tai huonosti ja kohtalaisen eriytetty mahasyövän. Ihmisen lncRNA microarray oli valmistettu NimbleGen hybridisaatiosysteemiä (Arraystar, Rockville, MD). Yli 23 000 lncRNAs kerättiin arvovaltainen tietolähteiden, kuten National Center for Biotechnology Information (NCBI) RefSeq, University of California, Santa Cruz (UCSC), lncRNAs peräisin kirjallisuudesta ja Ultra Konservoitavia alueiden (UCRs) [14]. Data uutettiin ja normalisoitiin käyttäen NimbleScan v2.5 ohjelmisto (Roche NimbleGen, Madison, WI). Edelleen Tietojen analysointi suoritettiin käyttäen Agilent GeneSpring GX 11.5 ohjelmisto (Agilent Technologies, Santa Clara, CA).
Soluviljely
Ihmisen mahalaukun epiteelisolujen linja (GES-1), mahasyöpä solulinjoissa (AGS, MGC-803 ja SGC-7901), maksan normaali solulinja (HL-7702), maksan karsinooma solulinjoja (HepG2 ja SMMC-7721), sikiön keuhkoissa fibroblastisolulinja (helf), keuhkokarsinoomasolulinja (A549), eturauhasen epiteeli- solulinjan (RWPE-1), ja eturauhasen sinoomasolulinjoja (Du-145 ja PC-3) saatiin Shanghai Institute Biokemian ja solubiologian, Kiinan tiedeakatemia (Shanghai, Kiina). Soluja viljeltiin viljelypulloissa 37 ° C: ssa kostutetussa ilmakehässä, jossa 5% CO <sub>2 [15].
QRT-PCR havaitseminen H19 ja uc001lsz
Reaaliaikainen kvantitatiivinen käänteistranskriptio-polymeraasiketjureaktio (qRT-PCR) on kultakantaan tietojen todentaminen. Todentaa tulokset lncRNA microarray, cDNA muodostettiin käyttäen GoScript Reverse Transcription (RT) System (Promega, Madison, WI). Kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio (qPCR) saatiin aikaan käyttämällä GoTaq qPCR Master Mix (Promega, Madison, WI) koskevasta Mx3005P reaaliaikainen PCR System (Stratagene, La Jolla, CA). Sekvenssit PCR-alukkeiden H19, uc001lsz, ja β-aktiini olivat seuraavat: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(sense) ja 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (antisense) ja H19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(sense) ja 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (antisense) ja uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(sense) ja 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (antisense) ja β-aktiini. Aineisto analysoitiin ACk
t menetelmällä [16, 17]. Kaikki tulokset ilmaistiin keskiarvoina ± SD kolmesta itsenäisestä kokeesta.
Kloonaus ja sekvensointi qRT-PCR-tuotteiden
qRT-PCR-tuotteiden lncRNA ensin puhdistettiin käyttäen UNIQ-10 PCR Product Purification Kit, ja sitten kloonattiin osaksi pUCm-T vektoriin (Sangon Biotech, Shanghai, Kiina) seuraten valmistajan ohjeita. Sitten DNA: n sekvensointi suoritettiin Sangon Biotech Co., Ltd.
Serologinen tuumorimarkkeri analyysi
seerumi karsinoembryonaalinen antigeeni (CEA) ja hiilihydraattiantigeeniä 19-9 (CA19-9) mitattiin käyttäen Elecsys 2010 kone (Roche Diagnostiikka, Basel, Sveitsi). Cutoff-arvot olivat 5 ng /ml ja 35 U /ml CEA ja CA19-9, vastaavasti.
Tilastollinen analyysi
Kaikki tilastotiedot analysoitiin Statistical Program for Social Sciences (SPSS) 18,0 ohjelmisto (SPSS, Chicago , IL) ja GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). Yksi tapa varianssianalyysi testi, kaksisuuntainen Studentin t
-testin ja rank-sum test suoritettiin tarvittaessa. Vastaanotin toimii (ROC) käyrä perustettiin arvioimaan diagnostista arvoa. P
< 0,05 pidettiin tilastollisesti merkittävänä.
Tulokset
LncRNA ilmentymisen profiilit mahasyövän kudoksissa suhteessa viereisiin ei-tuumori- kudoksiin
lncRNA ekspressiokuvioiden välillä mahasyövän kudosten ja viereisen ei-tuumori- kudoksiin havaittiin olevan merkittävästi erilainen (Kuvio 1). Yhteensä 135 lncRNAs, mikä ilme muutos oli yli kaksinkertaiseksi, havaittiin (GEO liittymisen numerot on 47850; http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /geo /kysely /acc. cgi? acc = GSE47850). Niistä 71 ja 64 olivat ylös ja alas ilmaistu tuumorikudoksissa, vastaavasti. Kaikkein alassäädetty lncRNAs mahasyövän kudokset FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600, ja AK054588. Kaikkein säädelty lncRNAs mahasyövän kudokset H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978 ja DB077273 (taulukko 1). Kuva 1 Muutokset lncRNA ekspressioprofiileja välillä mahakarsinoo- kudosten ja ei-syöpäkudoksissa. Tulos Hierarkkinen klusterointi osoittaa erotettavissa lncRNA ilmaisun profilointi joukossa näytteitä. "Punainen" osoittaa korkea suhteellinen ilmaisu; ja "sininen" osoittaa alhainen suhteellinen ilme.
Taulukko 1 Yli nelinkertainen ilmennetty eri lncRNAs mahasyövän kudoksissa verrattaessa pariksi ei-syöpäkudoksissa
Name
Kromosomi
asetus

kertaluokkamuutos
Sourcea
P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: http: //lncrnadb. com /Default. aspx; lincRNA: http: //genomin. UCSC. edu /cgi-bin /hgGateway; Refnr: http: //genomin. UCSC. edu /cgi-bin /hgTables; http: //www. NCBI. NLM. NIH. gov /RefSeq /; UCSC_knowngene: http: //genomin. UCSC. Edu /cgi-bin /hgTables; mRNA: http: //genomin. UCSC. edu /cgi-bin /hgTables.
ilmentäminen H19 oli säädellään ylöspäin mahakarsinoo- kudoksissa
Koska H19 todettiin parhaiten ajan säännelty lncRNA mahasyövän kudoksen, jopa 8,91-kertainen muutos microarray tunnistus (taulukko 1), vahvistaa tämän tuloksen, havaitsimme ilmentymistason H19 kahdessa syöpätyyppien kudoksiin, koepala kudosten ja kirurgisista näytteistä, jonka qRT-PCR. Ensinnäkin, selvitimme ekspressiotason H19 15 paria mahakarsinooman "koepala kudoksiin. Huomasimme, että sen taso syövän kudoksissa oli merkittävästi suurempi kuin ei-syöpäkudoksissa (kuvio 2A). Sitten havaittiin H19 laajuisesti useita kirurgisista näytteistä. Kuten kuvassa 2B, se oli säädellään ylöspäin 74,0% (57/77) mahasyövän kudosten (P
= 0,029). Sekvensoimalla qRT-PCR-tuote, olemme huomanneet, että sekvenssi H19 (kuvio 2C) oli yhdenmukainen, että tietokannasta (http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /geeni /283120). Kuvio 2 H19 oli säädelty vahvistavasti mahasyövässä kudoksissa, mahasyövän solulinjojen ja muiden yhteisten syöpäsolun linjat. Reaaliaikainen qRT-PCR: ää käytettiin määrittämään ilmentymisen taso H19. ACk
t määritettiin vähentämällä β-aktiini C
t arvon tavoite lncRNA C
t arvo. Pienemmät ACk
t arvo osoittaa korkeamman ilme. Taso H19 mahasyövän koepalan kudoksiin (n
= 15, P
= 0,014, A) ja mahasyövän kudoksissa (n
= 77, P
= 0,029; B). Sekvensointi tuloksena qRT-PCR-tuotteen H19 (C). Taso H19 mahasyövän solulinjoissa (AGS, MGC-803 ja SGC-7901) ja maksasyövän solulinjoja (SMMC-7721 ja HepG2) oli korkeampi kuin ihmisen mahan epiteelisolulinja GES-1 ja ihmisen maksan normaalin solun HL-7702, vastaavasti; kuitenkin, sen taso keuhkosyövän solulinjassa A549 ja eturauhassyövän solulinjoissa (Du-145 ja PC-3), oli pienempi kuin ihmisen sikiön keuhkon fibroblastisolulinjaa helf solut ja ihmisen eturauhasen epiteeli- solulinjan RWPE-1 (D). Kaikki tulokset ilmaistiin keskiarvoina ± SD kolmesta itsenäisestä kokeesta. #P
≪ 0,001.
Ilmentäminen H19 yhteistä syöpäsolulinjoissa
Saadakseen lisätietoja H19 ilmaisun syövissä, tutkimme sen tasoa koskeviin syöpäsolun linjat. Kuten kuviossa 2D on esitetty, verrataan vastaaviin normaalin solulinjan, H19 havaittiin erittäin ilmaistu mahasyöpä solulinjoissa (AGS, MGC-803 ja SGC-7901) ja maksasyövän solulinjoja (SMMC-7721 ja HepG2), kun taas alhainen ilmaistuna keuhkosyövän solulinjassa (A549) ja eturauhassyövän solulinjoissa (Du-145 ja PC-3).
ilmentäminen uc001lsz oli säädellä vähentävästi mahakarsinoo- kudoksissa
uc001lsz on uuden löydetyn lncRNA, joka on transkriboidaan eteenpäinjuoste kromosomissa 11p15.5. Vuodesta microarray tulokset (taulukko 1), voimme nähdä, että uc001lsz oli toiseksi alassäädetty lncRNA mahasyövän kudoksessa. Toinen syy, joka kannusti meitä lisätutkimuksia uc001lsz oli, että se on trans
liittyy MUC2, joka erittyy ja muodostaa liukenemattoman limakalvorsteen suolistossa onteloon. Edelleen vahvistaa ilmentymisen uc001lsz mahasyövän, laajensimme näytteen numero. Tulokset osoittavat, että se oli merkitsevästi säädellä vähentävästi 84,4% (65/77) mahasyövän kudoksiin (kuvio 3A, P
< 0,001). Sekvensoimalla qRT-PCR-tuotteen, huomasimme, että sekvenssi uc001lsz (kuvio 3B) oli yhdenmukainen että tietokannasta (http: //genomin. UCSC. Edu /cgi-bin /hgTables). Kuvio 3 Uc001lsz oli alassäädetty mahasyövän kudoksissa, mahasyövän solulinjojen ja muiden yhteisten syöpäsolun linjat. Reaaliaikainen qRT-PCR: ää käytettiin määrittämään ilmentymisen taso uc001lsz. Kolme itsenäistä koetta suoritettiin. Taso uc001lsz mahasyövän kudoksissa oli merkittävästi pienempi kuin vastaavissa ei-syöpäkudoksissa (n
= 77, P
< 0,001; A). Sekvensointi tuloksena qRT-PCR-tuotteen uc001lsz (B). Taso uc001lsz mahasyövän solulinjoissa (AGS, MGC-803 ja SGC-7901), maksasyövän solulinjoja (SMMC-7721 ja HepG2) ja keuhkosyövän solulinjassa A549 oli pienempi kuin ihmisen mahalaukun epiteeli- solulinjan GES- 1, ihmisen maksan normaalin solulinjan HL-7702 ja ihmisen sikiön keuhkojen fibroblastisolulinjan helf, vastaavasti; kuitenkin, sen taso eturauhassyövän solulinjoissa (Du-145 ja PC-3) oli suurempi kuin ihmisen eturauhasen epiteeli- solulinjan RWPE-1 (C).
ilmentäminen uc001lsz yhteistä syöpäsolulinjoissa
To saada ilmaus tietoa uc001lsz yhteistä syöpiä, havaitsimme sen taso useissa yhteisissä syöpäsolun linjat. Huomasimme, että verrataan vastaaviin normaalin solulinjan, uc001lsz oli nöyrä ilmaistu mahasyövässä (AGS, MGC-803 ja SGC-7901), keuhkosyöpä (A549) ja maksasyövän (SMMC-7721 ja HepG2) solulinjat, kun taas vain hyvin ilmaistuna eturauhassyöpä (Du-145 ja PC-3) solulinjoissa (kuvio 3C).
Mahdolliset diagnostinen arvot H19 ja uc001lsz
Me seuraavaksi suoritetaan analyysi sen selvittämiseksi, H19 tai uc001lsz ilmentyminen liittyy kliinis piirteitä mahasyöpä. Kuten taulukossa 2 on esitetty, taso uc001lsz liittyi TNM vaiheissa (P
= 0,032). Positiivinen detektiomäärät H19 ja uc001lsz ovat 74,0% ja 84,4%, tässä järjestyksessä. Molemmat ovat korkeammat kuin yhteisen mahasyövän biomarkkerit CEA (64,0%) ja CA19-9 (53,3%) (taulukko 2). Alat ROC käyrät olivat jopa 0,613, 0,751 ja 0,761 ja H19, uc001lsz, ja yhdistelmä, vastaavasti (kuva 4). Combinative käyttö H19 ja uc001lsz hieman lisääntynyt diagnostinen value.Table 2 suhde H19 ja uc001lsz ekspressiotasot (Δ C t) syövän kudoksissa kliinis tekijät potilaiden mahalaukun syövän
Ominaisuudet
Ei. potilaista (%)
H19
uc001lsz
keskiarvo ± SD
P arvo
keskiarvo ± SD

P arvo
Ikä (y)
≥ 60
59 (76,6) B 8,74 ± 4,67
0,588
18,85 ± 4,94
0,240
< 60
18 (23,4) B 8,08 ± 3,99
17,28 ± 4,85
Sukupuoli
Mies
57 (74,0) B 8,66 ± 4,81
0,823
18,19 ± 5.01
0,355
Nainen
20 (26,0) b 8,40 ± 3,44
19,37 ± 4,58
Halkaisija (cm) b
≥ 5
39 (52,0)
7,98 ± 4,44
0,282
18,49 ± 5,03
0,682
< 5
36 (48,0) B 9,10 ± 4,53
18,01 ± 5,11
CEAB
Positiivinen
48 (64,0) B 8,45 ± 4,21
0,882
18,28 ± 4.54
0,593
Negatiivinen
27 (36,0) B 8,61 ± 5,01
18,92 ± 5,71
CA19-9b
Positiivinen
40 (53,3) B 8,68 ± 3,87
0,720
18,65 ± 4,64
0,792
Negatiivinen
35 (46,7) B 8,31 ± 5,14
18,35 ± 5,37
Differentiationc
Well
3 (4.9) B 8,28 ± 1,92
0,635
15,34 ± 5,40
0,371
Kohtalainen
33 (54,1) B 9,05 ± 4,40
19,37 ± 4,85
Huono
25 (41,0) B 7,84 ± 5,47
19,54 ± 4,91
Lymphatic metastasisc
N0
20 (32,8) B 8,95 ± 3,17
0,926
18,55 ± 6.01
0,472
N1 & N2 & N3
41 (67,2) B 9,07 ± 5,25
19,53 ± 4,39
Distal metastasisc
M0
58 (95,1)
8,87 ± 4,70
0,258
19,13 ± 5,02
0,617
M1
3 (4,9) B 12,00 ± 1,30
20,62 ± 3,74
Invasionc
Tis & T1-T3
20 (32,8) B 10,04 ± 3,86
0,237
17,73 ± 4,72
0,105
T4
41 (67,2) B 8,53 ± 4,95
19.93 ± 4.95
TNM stagec
0 & I &II
24 (39,3)
9,40 ± 3,86
0.620
17,81 ± 5,52
0,032
III & IV
37 (60,7) B 8,79 ± 5,14
20.49 ± 3,98
kKaikki näytteet koostuvat 16 endoskooppinen biopsia näytteet ja 61 leikkaus näytteitä potilailta, joilla mahalaukun syövän.
bNot havaita 2 potilasta, jotka olivat suoritetaan tähystys tutkimus.
cOnly sisältää 61 leikkauspotilas.
Kuva 4 ROC-käyrä.
ilmentäminen uc001lsz oli poikkeavien alussa syöpään ja syövän esiasteita
Vihdoinkin tarkkailla mahdollisia varhaisdiagnostiikan arvot lncRNA, mittasimme taso uc001lsz alussa syöpään ja syövän esiasteita. Olemme havainneet, että sen taso oli huomattava pienempi näiden leesioiden verrattiin vastaavan viereisen ei-tuumori- kudoksiin (kuvio 5A). Taso uc001lsz normaaleissa kudoksissa oli huomattavasti korkeampi kuin syövän esiasteita ja varhaisen syövän kudoksissa. Sitä paitsi, sen taso syövän esiasteita oli näkyvästi suurempi kuin alussa syöpä kudoksiin (kuvio 5B). Kuva 5 ilmentäminen uc001lsz alussa syöpään ja syövän esiasteita. Taso uc001lsz alussa patologinen muutos kudos on alhaisempi kuin pariksi normaalia kudosta (n
= 14, P
= 0,0016; A). Taso uc001lsz normaalissa kudoksessa on huomattavasti korkeampi kuin syövän esiasteita ja varhaisen syöpiä (B). #P
≪ 0,001; * P
< 0,05.
Keskustelu
Tutkimukset ovat osoittaneet, että ~ 18%: n proteiinia koodaavan geenejä, jotka tuottavat lncRNAs jotka liittyvät syöpään, kun taas vain 9% kaikista ihmisen proteiinin koodaavan geenit liittyvät syöpään [18]. Suhde lncRNAs ja kasvainten on nykyisin tullut yksi painopisteistä syövän tutkimuksiin.
On yhä enemmän todisteita siitä, että lncRNAs ovat suhteessa ruoansulatuskanavan kasvaimet [19]. Kolme lncRNAs, H19, hotair ja lncRNA erittäin yläreguloituja maksasyöpä (HULC), havaittiin yli-ilmentyminen ihmisen maksasolukarsinoomat (HCC) [20-22]. Lisäksi HULC ilme ei ole vain rajoitu HCC, mutta on myös ilmaistu peräsuolen karsinoomat, että etäispesäkkeitä maksaan [23].
Tutkimukset noin lncRNAs liittyvät vatsa ovat rajalliset. Sun et ai.
Havaittu, että ilmentymistaso mahalaukun syöpään liittyvän transkriptin 1 (GACAT1), tai AC096655.1-002, korreloi merkitsevästi imusolmuke etäpesäke, etäpesäkkeiden, TNM vaiheissa, ja erilaistumista [17]. Mei et ai.
Raportoitu, että ubikitiini-like modifiointiaine (SUMO) 1 pseudogeenin 3, SUMO1P3, saattaa olla mahdollinen biomarkkerin diagnoosissa mahasyövän [16]. Niinuma ym.
Havaittu, että yli-ilmentyminen hotair oli merkittävästi liittyy suuri riski ruuansulatuskanavan tukikudosten kasvaimiin [24]. RNA, 7SK pieni ydin- (RN7SK) voidaan epäsuorasti säädellä mahalaukun tumorigeneesin kautta positiivinen transkriptio elongaatiotekijä-b (p-TEFb) [25]. H19 voi olla tärkeä rooli mahasyövässä menetys painamista ja muiden mekanismien [26, 27]. Viimeaikaiset, Cao et al
. käytetyt bioinformatiikan menetelmiä seuloa lncRNA ekspressioprofiileja liittyy mahasyövän [28]. Ensinnäkin, kaksi yleisesti saatavilla ihmisen eksoni paneelit mahasyövän ja datan vastaavassa normaalissa kudoksessa ladattiin GEO. Sitten koettimet ihmisen eksonin taulukot valittiin uudelleen merkinnät. Lopuksi koettimet ainutlaatuisen kartoitus lncRNAs geeni- tasolla olivat säilyneet. Yhteensä 88 lncRNAs, jotka ilmentyvät differentiaalisesti mahasyövän havaittu [28].
Tässä lähestymistapoja seulontaan mahalaukun syöpään liittyvien lncRNAs olivat erilaisia ​​kuin Cao et al
. [28]. Tunnistaa huomattavan alassäädetty tai säädelty lncRNAs mahasyövän, ensin kerätään mahasyövän ja viereisen ei-tuumori- kudosnäytteitä ruoansulatuskanavan yläosan tähystykseen tutkimus. Vuodesta lncRNA ilmentymisen profiilit on saatu lncRNA microarray-analyysi (kuvio 1), havaitsimme, että joukossa merkitsevästi erilainen ilmaistaan ​​lncRNAs (taulukko 1), vain H19 on todettu muiden syöpien [11, 20, 26, 27]. Tämän seurauksena on tärkeää selventää edelleen kliinistä allekirjoitukset lncRNAs diagnosointiin ja hoitoon mahasyövän.
Kasvava tutkimukset toiminnallisesti tunnettu lncRNAs paljastaa, että nämä transkriptit ovat tärkeitä eri fysiologisten prosessien, kuten alkion kantasolujen erilaistumiseen [29], T-solun erilaistumista [30], keratinosyyttien erilaistumista [31], erityisesti muuttuneen ilmentymisen lncRNAs voi johtaa syöpään [32].
Tässä tutkimuksessa olemme keskittyneet kahteen lncRNAs, H19 ja uc001lsz . Ilmentymisen taso H19 mahasyövän kudoksissa havaittiin olevan selvästi korkeampia kuin ei-tuumorikudoksissa (kuvio 2A ja B). Yhdessä lisääntyneen ilmentymisen H19 mahasyövän solulinjoissa (kuvio 2D), ehdotamme, että H19 voi olla tärkeä rooli mahasyövän synnyssä. Mielenkiintoista, H19 ilmaisua ei lisääntynyt kaikissa tyyppisiä kasvain. Kuten kävi ilmi, kuviossa 2D, H19 ilmentyminen on vähentynyt maksasyöpä ja eturauhas- syöpä. Nämä tulokset todistaa lisäksi, että H19 toimii paitsi onkogeenin vaan myös tuumorisuppressorina [20, 27, 33]. Matouk ym
. havaitsi, että nakutuksen-alas H19 RNA johti lähes täydellinen vaimennus P57 kip2 induktio vastauksena hypoksinen stressiin [20]. Lisäksi ne havaitsivat, että H19 liittyi angiopoietiini (ANG) ja fibroblastikasvutekijä-18 (FGF-18), joiden toiminnot ovat mukana kasvaimen kasvun ja lisääntymisen [20]. Ymmärtää molekyylitason mekanismin, jonka H19 lisää mahalaukun syöpäsolujen kasvua, Yang et ai
. tutki, H19 vaikuttaa toiminto kasvaimen p53 [27]. He havaitsivat, että H19 liittyi p53, ja että tämä yhdistys johti osittaiseen p53 inaktivaatioon [27].
Toisin H19, uc001lsz ekspressiotaso mahasyövän kudoksissa havaittiin olevan selvästi pienempi (kuvio 3A). Kuten osoitti kuvassa 3C, ilmaus uc001lsz mahasyövän solulinjoissa (AGS ja MGC-803) on pienempi kuin mahalaukun epiteelin solujen (GES-1), mutta ei ollut merkittävää eroa SGC-7901 ja GES-1 . Ehkä huono laatu pahanlaatuisuuden SGC-7901 johtaa tähän tulokseen. Vielä tärkeämpää on, enemmän yhdistyksen välillä uc001lsz ilmaisun ja TNM-luokitus havaittiin (taulukko 2). Nämä tulokset vahvistivat uc001lsz tärkeänä toimijana kehittymisen estämiseksi mahasyövän. Kuten tiedetään, monet lncRNAs kopioidaan lähellä tai sisällä proteiinia koodaavan lokusten, mikä vahvisti hypoteesin, että lncRNAs voi olla cis
LINJASÄÄTÖVENTTIILIT vaikutuksia näissä loci. Mutta uc001lsz saattaa olla trans
LINJASÄÄTÖVENTTIILIT vaikutus sen viereisen proteiinia koodaavan loci. MUC2
, jäsen limakalvon proteiinin geenien perhe, sijaitsee vieressä UC001LSZ
. MUC2 erittyy limakalvon pinnalle, jossa se eritetään pikarisoluja epiteelisolujen osaksi mahalaukun [34]. Kuten on raportoitu, MUC2 oli korkea ekspressio mahasyövän [35]. Vaikka uc001lsz näyttää pelissä kuin tuumorisuppressorigeeniä mahasyövän ja monia muita kasvaimia, se voi olla erilainen rooli eturauhassyövän jossa uc001lsz oli ilmentyy voimakkaasti (kuvio 3C).
Molecular kasvain biomarkkerit ovat elintärkeitä ja ennustavia välineitä. Meidän tiedot osoittavat, että ekspressio uc001lsz oli poikkeavan alussa mahasyövän sekä mahalaukun syövän esiasteita (kuvio 5A). Ja ylimääräinen muutokset ehkä näy syövän esiasteita (kuvio 5B). Tämä tutkimus osoittaa, että uc001lsz voi olla ehdokkaana biomarkkeri mahasyövässä.
Päätelmät
Yhteenvetona esittävät sellaista lncRNA ilmaisu profiili, joka liittyy syöpään. Yli-ilmentyminen H19 mahasyövän solulinjoissa ja kudoksissa viittaa siihen, että H19 voidaan osallistui mahasyövässä. Pelkistetty ilmaus uc001lsz mahasyövän solulinjoissa ja kudoksissa, sen yhdistysten TNM, ja sen säätelyhäiriö alussa syöpään ja syövän esiasteita mukaan uc001lsz voi olla tärkeä rooli mahasyövässä esiintyminen ja olla mahdollinen biomarkkeri diagnosointiin varhaisessa mahasyöpä.
lyhenteet
ANG:
angiopoietiini
CA19-9:
hiilihydraattiantigeeniä 19-9

CEA:
Karsinoembryonaalinen antigeeni
Ct:
Threshold sykli
DC /CIK:
dendriittisolujen /Sytokiini aiheuttama tappaja
FGF-18:
fibroblastikasvutekijä-18
GACAT1:
Mahasyöpää -associated transcript 1
H19:
vastavuoroisesti painettu kumppani IGF2
HCC:
maksasolukarsinoomat


hotair:
HOX transkriptin antisense-RNA
HOX:
Homeobox
HULC:
Erittäin yläreguloituja maksasyövän
IGF2:
Insuliinin kaltaisen kasvutekijä 2
IGF2-AS:
IGF -IR ja IGF-IIR antisense
IGF-IR:
Insuliinin kaltaisen kasvutekijä tyyppi I-
IGF-IIR:
Insuliinin kaltaisen kasvutekijä tyyppi II reseptori
lncRNA:
Long ei-koodaavat RNA
MALAT-1:
etäpesäke liittyy keuhkoadenokarsinooma transkriptio 1
miRNA:
microRNA
MUC2:
Mucin 2</sub></sup>