Long nekodiran RNA izraz profil v človeškega raka želodca in njenih kliničnih pomenov

Long nekodiran RNA izraz profil v človeškega raka želodca in njenih kliničnih pomenov
Abstract
Ozadje
Dolgi RNA nekodiran (lncRNAs) so pretežno prepisane v genomu še njihove morebitne vloge v človeških rakavih obolenj ni dobro razume. Namen raziskave je bil ugotoviti profil lncRNA izraz na raka želodca in njeno morebitno klinično vrednost.
Metode
Svetovna lncRNA izraz profil z rakom želodca je bila merjena z lncRNA mikromrež. Ravni dveh reprezentativnih lncRNAs, H19 in uc001lsz, so potrdili v realnem času reverzne transkriptaze-verižne reakcije s polimerazo. Razmerje med njihovimi ravnmi in clinicopathological dejavnikov pri bolnikih z rakom želodca je bila raziskana. Sprejemnik deluje značilno (ROC) krivulja je bila zgrajena za razlikovanje raka želodca od benignih želodčnih bolezni.
Rezultati
Skupaj 135 lncRNAs, ki je razlika raven izražanja med tumorja in ne-tumorskih tkivih, je bilo več kot dvakrat, je bilo ugotovljeno ( GEO št GSE47850). Največ down-regulirane lncRNAs v želodcu tkivih rakom so FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 in AK054588; medtem ko so bili najbolj up-regulirane tisti, H19, HMlincRNA717, BM709340, BQ213083, AK054978 in DB077273. H19 je bilo zelo izražena v želodcu in rak jeter celičnih linij, medtem ko ponižnega izražena v pljučni rak in rak prostate celičnih linijah. Uc001lsz bil ponižen izražena v želodca, pljuč in rak jeter celičnih linij, pri čemer močno izražen pri raku prostate. Površine, posejane ROC krivulj so bile do 0.613, 0.751 in 0,761 za H19, uc001lsz, in kombinacijo, v tem zaporedju.
Sklepi
lncRNA izražanja profil na raka želodca predlaga morebitne vloge lncRNAs želodčnega nastanku raka in razvoj. Prevelike količine H19 raka želodca kaže, da se H19 lahko sodeloval pri raku želodca. Znižana izraz uc001lsz v želodcu raka celic in tkiv, njegove zveze s stopnjo TNM in njegovo disregulacijo v začetku raka in predrakavih sprememb
kažejo, da uc001lsz lahko potencialni marker za diagnozo zgodnjega raka želodca. Ključne besede
rak želodca Long nekodiran RNA Expression profil H19 uc001lsz Ozadje
so se dobro raziskano komponente v človeškem genomu tistih, ki kodirajo proteine ​​genov. Vendar pa kodiranje eksonov teh genov predstavljajo le 1,5% genoma [1]. V zadnjih letih je postalo bolj jasno, da je del non-protein kodira genoma bistvenega pomena za funkcionalne pojava bolezni [2]. V RNA nekodiran (ncRNAs) označujejo kot tri vrste, dolge ncRNAs, mid-size ncRNAs in kratek ncRNAs [1]. Čeprav večina študij o ncRNAs osredotočila na kratko ncRNAs, kot microRNAs (miRNAs), dolgi nekodiranih RNA (lncRNAs) so hitro pridobiva pomen v zadnjem času.
LncRNAs so večji od 200 nukleotidov [3]. Nedavno so se pojavile kot glavnih akterjev, ki ureja temeljne biološke procese. Abnormalnih od lncRNAs je bila povezana s raka [3]. Na primer, diferenciala zaslon številka 3 (DD3 <sup>PCA3), ki je prostata specifični lncRNA, se zdi, da je marker za zgodnje odkrivanje raka na prostati [4]. Bolj pomembno, lahko DD3 PCA3 se v urinu pri bolnikih z rakom prostate [5]. Čeprav Metastasis povezani pljučni adenokarcinom transkript 1 (MALAT-1) najprej ugotovljeno nenormalno izražen v metastazirajočih ne-drobnocelični pljučni karcinom [6], je navzgor reguliranim v najetrih, raka dojke, raka trebušne slinavke, kolorektalnega raka in raka na prostati [7]. MALAT-1 ni samo potencialno diagnostično marker, temveč tudi potencialni prognostični dvojno podajo [8]. HOX transkript antisense RNA (HotAir) povezan z rakom dojk in rakom debelega črevesa [9, 10]. H19, en slavni lncRNA, pogosto sodeluje pri otrocih in odraslih tumorjev [11].
Raka želodca, je še vedno eden izmed najpogostejših vzrokov za smrtnost v svetu [12]. Vendar tradicionalne strategije osnovi radikalno operacijo za zdravljenje raka želodca še niso zadovoljivi. Zato je razkrila od mehanizmov nastanka in razvoja raka želodca je pritegniti več pozornosti na področju raziskav raka.
Ker globalna lncRNA izraz profil na raka želodca ni povsem nepokrit, v tej študiji smo raziskali izraz profila lncRNA v rak želodca. Potem je bil odnos med odklonsko izraženo-lncRNAs in clinicopathological dejavnikov pri bolnikih z rakom želodca raziskati. Naša podatkov zagotavlja kandidatke diagnostične biomarkerjev raka želodca.
Metode
Bolniki in osebki Poslovni
tkiv bolnikov z želodčnim rakom, vključno želodčnih tkiv rak, predrakave lezije in ustrezne sosednje non-tumorske tkiva so bili takoj ohranjene v RNA fiksirne ( Bioteke, Peking, Kitajska), po odstranitvi iz telesa in hranili pri -80 ° C do uporabe. Vzorce tkiva so bili pridobljeni iz kirurškega ali biopsijo od februarja 2011 do junija 2012 na treh onkoloških centrih, Yinzhou Ljudska bolnišnica, Ningbo št 1 bolnišnico in bolnišnico odvisnimi Ningbo University School of Medicine, Kitajska. Privolitev je bil vzet iz vseh predmetov. Odbor za etiko Human Research Univerze Ningbo odobril vse vidike te študije. Tumorji so potekali v skladu s tumorsko-node-metastaz (TNM) uprizoritev sistema Mednarodne unije proti raku (5 th ed). Histološka ocena je bila ocenjena po National celoviti Cancer omrežje (NCCN) smernice klinične prakse v onkologiji (V.1.2011). Ne-tumorskih tkiv bilo 5 cm od roba tumorja in ni bilo nobenih očitnih tumorskih celic, kot je ocenila patolog. Ni bilo obsevanje, kemoterapija, usmerjena terapija ali dendritičnih celic /-citokinov povzroča morilec (DC /CIK) terapija pred zgornjega dela prebavil pregledu endoskopijo ali delovanja je celotno RNA pripravo
.
Total RNA izoliramo na TRIzola reagenta ( Invitrogen, Karlsruhe, Nemčija) naslednja navodila proizvajalca [13].
LncRNA mikromrež test
tri paru biopsije so bili osebki pridobljeni od bolnikov (55 y in moški, 76 y in moški, in 88 y in žensko) z slabo ali slabo in zmerno diferencirane rak želodca. Human lncRNA mikromrež je bil izdelan v NimbleGen hibridizacije sistema (Arraystar, Rockville, MD). Več kot 23 000 lncRNAs so bili zbrani iz verodostojnih virov podatkov, vključno z Nacionalnega centra za biotehnologijo informacije (NCBI) RefSeq, University of California, Santa Cruz (UCSC), lncRNAs iz literature in Ultra ohranjenim (UCRs) [14]. Podatki so bili pridobljeni in normalizirani z uporabo NimbleScan v2.5 programske opreme (Roche NimbleGen, Madison, WI). Analiza nadaljnjih podatkov je bila opravljena s pomočjo Agilent GeneSpring GX 11,5 programske opreme (Agilent Technologies, Santa Clara, CA).
celični kulturi
Human želodca epitelijskih celic linije (GES-1), želodčne rakave celične linije (AGS, MGC-803 in SGC-7901), celična linija jetra normalno (HL-7702), jetrni karcinom celične linije (HepG2 in SMMC-7721), pljučnega fibroblastov celična linija ploda (HELF), pljučni karcinom linija (A549), prostate epitelijskih celic linija (RWPE-1), in prostate karcinom celične linije (Du-145 in PC-3) so bili pridobljeni iz Shanghai Institute za biokemijo in biologijo celice, kitajske akademije znanosti (Shanghai, Kitajska). Celice smo kultivirali v kulturi bučah pri 37 ° C v navlaženi atmosferi 5% CO <sub>2 [15].
Odkrivanje QRT-PCR z H19 in uc001lsz
realnem času kvantitativno reverzno transkripcijo verižne reakcije s polimerazo- (QRT-PCR) je zlati standard za preverjanje podatkov. Da preverijo rezultate lncRNA mikromrež smo cDNA ustvarila z GoScript Reverse Transcription (RT) System (Promega, Madison, WI). Kvantitativna verižne reakcije s polimerazo (qPCR) je bil dosežen s pomočjo GoTaq qPCR Master Mix (Promega, Madison, WI) na Mx3005P realnem času PCR sistema (Stratagene, La Jolla, CA). Sekvence na PCR za H19, uc001lsz in P-aktina so bile, kot sledi: 5'-ACCAGCCACCACATCATC-3 '(smisel) in 5'-TCAGAAACAAAGAGACAGAAGG-3' (antisense) za H19; 5'-GACGGCACCTACTACACCTT-3 '(čut) in 5'-GCTGACCACCTTGTTGTTGAA-3' (antisense) za uc001lsz; 5'-AAGCCACCCCACTTCTCTCTAA-3 '(čut) in 5'-AATGCTATCACCTCCCCTGTGT-3' (antisense) za p-aktin. Podatke smo analizirali z ΔC
t metode [16, 17]. Vsi rezultati so bili izraženi kot sredstva ± SD treh neodvisnih eksperimentov.
Kloniranje in sekvenciranje izdelkov QRT-PCR
smo Proizvodi QRT-PCR z lncRNA najprej očistimo s pomočjo unikatnega-10 PCR Purification vozila Kit in nato kloniranih v vektor pUCm-T (Sangon Biotech, Šanghaj, Kitajska) po navodilih proizvajalca. Nato se je DNA zaporedja izvaja Sangon Biotech Co Ltd
serološke analize tumor marker
Serum karcinoembrionski antigen (CEA) in antigenom ogljikovih hidratov 19-9 (CA19-9) so bile izmerjene z uporabo Elecsys 2010 stroj za (Roche diagnostika, Basel, Švica). Vrednosti cutoff bilo 5 ng /ml in 35 U /ml za CEA in CA19-9 oz.
Statistična analiza
so bili vsi statistični podatki analizirani statistični program za družbene vede (SPSS) 18,0 programske opreme (SPSS, Chicago , IL) in GraphPad Prism 6.0 (GraphPad Software, La Jolla, CA). Eden od načinov analiza testa variance, dvo-tailed Studentov t
so -test in rang test, znesek, ki se uporablja po potrebi. Sprejemnik deluje lastnost (ROC) krivulja je bila ustanovljena za oceno diagnostične vrednosti. P
< 0.05 zdela statistično značilne.
Rezultati
LncRNA izraznih profilov v želodcu rakavih tkivih glede na sosednje ne-tumorskih tkivih
lncRNA izrazne vzorce med želodca tkiv rakom in sosednjih non-tumorskih tkivih, je bilo ugotovljeno, da je bistveno drugačna (slika 1). Skupaj 135 lncRNAs, ki je izraz sprememba je bila za več kot dvakrat, je bilo ugotovljeno (GEO pristopna številka je 47.850; http:.... //Www NCBI NLM nih gov /geo /izraz /acc. cgi? acc = GSE47850). Med njimi, 71 in 64 so bili gor in dol, izraženo v tumorskih tkivih oz. Najbolj down-regulirane lncRNAs v želodcu tkivih rakom so FER1L4, uc001lsz, BG491697, AF131784, uc009ycs, BG981369, AF147447, HMlincRNA1600 in AK054588. Najbolj up-regulirane lncRNAs v želodcu tkivih rakom bili H19, HMlincRNA717, AI769947, BQ213083, AK054978 in DB077273 (tabela 1). Slika 1 Spremembe v lncRNA izraznih profilov želodca karcinomom tkiv in ne-tumorskih tkivih. Rezultat iz Hierarhična Povezovanje kaže mogoče razlikovati lncRNA izraz profiliranje med vzorci. "Red" označuje visoko relativno izražanje; in "blue" označuje nizko relativno izražanje.
Tabela 1 več kot štirikrat različno izraženih lncRNAs v želodcu tkivih rakom primerjali s seznanjenimi ne-tumorskih tkivih GALERIJA Ime
kromosomu
pravilnik

Zložite spremembo
Sourcea
P value

H19
11
up
8.91
lncRNAdb
0.020
HMlincRNA717
18
up
5.96
lincRNA
0.013
AI769947
7
up
5.51
lincRNA
0.026
BQ213083
2
up
5.45
lincRNA
0.040
AK054978
X
up
4.59
lincRNA
0.006
DB077273
2
up
4.11
lincRNA
0.008
FER1L4
20
down
9.17
refNR
0.047
uc0 01lsz
11
down
8.36
UCSC_knowngene
0.020
BG491697
20
down
6.50
lincRNA
0.035
AF131784
18
down
6.25
mRNA
0.019
uc009ycs
11
down
5.82
UCSC_knowngene
0.009
BG981369
1
down
5.20
lincRNA
0.048
AF147447
16
down
4.76
mRNA
0.038
HMlincRNA1600
X
down
4.12
lincRNA
0.013
AK054588
1
down
4.04
lincRNA
0.045
alncRNAdb: http:.. //lncrnadb com /default aspx; lincRNA: http:.. //genom UCSC edu /cgi-bin /hgGateway; .. RefNR: http: //genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables; .... Http: //www NCBI NLM nih gov /RefSeq /; .. UCSC_knowngene: http: //genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables; mRNA: http:... //genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables
Izražanje H19 je reguliran v želodčnih karcinomom tkivih
Ker je H19 našel najbolj up-urejena lncRNA želodčnega tkiva raka, do 8,91-kratno spremembo odkrivanje mikromrež (tabela 1), za potrditev tega rezultata smo zaznali nivoja izražanja H19 v dveh vrstah rakavih tkiv, biopsije tkiv in kirurške osebkov, s QRT-PCR. Najprej smo raziskali nivoja izražanja H19 v 15 parov želodčnega karcinoma "biopsije tkiva. Ugotovili smo, da je bila njena raven v tumorskih tkivih bistveno višja kot pri ne-tumorskih tkivih (slika 2A). Potem smo ugotovili stopnjo H19 v številnih kirurških osebkov. Kot je prikazano na sliki 2B, je bila višja, urejena v 74,0% (57/77) v želodcu tkiv raka (P
= 0,029). Z zaporedja izdelek QRT-PCR, smo ugotovili, da je zaporedje H19 (slika 2C), skladne s tistimi iz baze podatkov (http:.... //Www NCBI NLM nih gov /gena /283.120). Slika 2 H19 smo navzgor regulirana v želodčnih tkivih raka, raka želodca celičnih linij in drugih celičnih linij pogosti rakom. Realnem času QRT-PCR smo uporabili za določanje nivoja izražanja H19. V ΔC
t vrednost je bila določena tako, da se beta-aktin C
t vrednost iz ciljne lncRNA C
t vrednosti. Manjše ΔC
t vrednost pomeni večjo izraz. Stopnja H19 v želodcu raka biopsijo tkiva (n
= 15, P
= 0,014; A) in želodčni rak tkiva (n
= 77, P
= 0,029; B). Zaporedja rezultat QRT-PCR produkt H19 (C). Stopnja H19 v želodcu raka celičnih linijah (AGS, MGC-803 in SGC-7901) in rak jeter celičnih linijah (SMMC-7721 in HepG2) je bila višja kot v človeške želodčne epitelijskih celic skladu GES-1 in človeška jetra normalno celično linije HL-7702, v tem zaporedju; Vendar pa je njegova raven v liniji A549 pljučni rak celic in prostate rak celičnih linijah (Du-145 in PC-3) nižja od tiste pri ljudeh fetalnega pljučnega fibroblastni celični liniji HELF celic in prostati epitelijskih celične linije humanega RWPE-1 (D). Vsi rezultati so bili izraženi kot sredstvo ± SD treh neodvisnih eksperimentov. #P
≪ 0,001.
Izražanje H19 v skupnem raka celične linije
Za več informacij o H19 izražanja v raka, smo raziskovali svojo raven nekatere skupne raka celičnih linijah. Kot je prikazano na sliki 2D, primerja z ustrezno normalno celično linijo, H19 je bilo zelo izražene v celičnih linijah raka želodca (AGS, MGC-803 in SGC-7901) in celičnih linij karcinomom jetrnih celic (SMMC-7721 in HepG2), medtem ko ljudje z izraženo pljučnega raka celični liniji (A549) in prostate rak celičnih linijah (Du-145 in PC-3).
Izražanje uc001lsz je navzdol reguliran v želodčnih karcinomom tkiv
uc001lsz je novo odkrite lncRNA, ki je prepisane od sprednjega sklopa kromosomskih 11p15.5. Iz rezultatov mikromrež (tabela 1), vidimo, da uc001lsz je bila druga najbolj navzdol urejeno lncRNA želodčnega tkiva raka. Drug razlog, ki nas spodbuja, da nadaljnje študije uc001lsz je bilo, da je trans
povezana z MUC2, ki se izloča in tvori netopno sluznice oviro v črevesno svetlino. Da bi še dodatno potrditev izražanje uc001lsz raka želodca, smo razširili število vzorcev. Podatki kažejo, da se je močno zmanjšalo, urejena v 84,4% (65/77) v želodcu tkiv raka (slika 3A, P
< 0,001). Z zaporedja izdelek QRT-PCR, smo ugotovili, da je zaporedje uc001lsz (slika 3B), skladne s tistimi iz baze podatkov (http: //. Genom UCSC edu /cgi-bin /hgTables.). Slika 3 Uc001lsz je navzdol urejeno v želodčnih tkiva raka, želodčnega raka celičnih linij in drugih celičnih linijah skupno raka. Realnem času QRT-PCR smo uporabili za določanje nivoja izražanja uc001lsz. Tri neodvisne poskuse smo izvedli. Stopnja uc001lsz v želodcu tkivih z rakom je bila precej nižja kot v ustrezni non-tumorske tkiva (n
= 77, P
< 0,001; A). Zaporedja rezultat QRT-PCR produkt uc001lsz (B). Raven uc001lsz v želodcu raka celičnih linijah (AGS, MGC-803 in SGC-7901), rak jeter celičnih linij (SMMC-7721 in HepG2) in pljučnega raka celične linije A549 je bila nižja kot v človeške želodčne celične linije epitela GES- 1, jetra normalno humana celična linija HL-7702 in fetalni pljučnega fibroblastov humana celična linija HELF, oziroma; Vendar pa je njegova raven v prostati raka celičnih linijah (Du-145 in PC-3), višji kot pri prostate epitelijskih celične linije človeških RWPE-1 (c).
izražanje uc001lsz v celičnih linijah skupno raka
Da dobimo izraz informacije o uc001lsz v skupnih raka, smo odkrili svojo raven v več celičnih linijah skupno raka. Ugotovili smo, da se primerjajo z ustrezno normalno celično linijo, je uc001lsz ponižnega izražena v raku želodca (AGS, MGC-803 in SGC-7901), rak pljuč (A549) in rak jeter (SMMC-7721 in HepG2) celične linije, medtem ko le visoko izraženo v raka prostate (Du-145 in PC-3) celičnih linij (slika 3c).
potencialne diagnostične vrednosti H19 in uc001lsz
smo zraven izvajali analizo, da bi ugotovili, ali je H19 ali uc001lsz izraz, povezan z clinicopathological značilnosti raka želodca. Kot je prikazano v tabeli 2, je bila stopnja uc001lsz povezana z TNM stopnjah (P
= 0,032). Stopnje odkrivanja pozitivne za H19 in uc001lsz so 74,0% in 84,4%, v tem zaporedju. Oba so višje od tistih v skupnem želodčnega raka biomarkerjev CEA (64,0%) in CA19-9 (53,3%) (tabela 2). Površine, posejane ROC krivulj so bile do 0.613, 0.751 in 0,761 za H19, uc001lsz, in kombinacija oziroma (slika 4). Kombinacijske Uporaba H19 in uc001lsz nekoliko povečal diagnostično value.Table 2 odnosu H19 in uc001lsz stopnjah izražanja (Δ C t) v rakavih tkivih clinicopathological dejavnikov pri bolnikih z rakom želodca a
Značilnosti
No. bolnikov (%)
H19
uc001lsz
povprečje ± SD
P vrednost
povprečje ± SD

P vrednost
Age (y)
≥ 60
59 (76,6)
8,74 ± 4,67
0,588
18,85 ± 4,94
0,240
< 60
18 (23,4)
8,08 ± 3,99
17,28 ± 4,85
Spol
Moški
57 (74,0)
8,66 ± 4,81
0,823
18,19 ± 5.01
0,355
Moški
20 (26,0)
8,40 ± 3,44
19,37 ± 4,58
Premer (cm) b
≥ 5
39 (52,0)
7,98 ± 4,44
0,282
18,49 ± 5,03
0,682
< 5
36 (48,0)
9,10 ± 4,53
18,01 ± 5,11
CEAb
Pozitivna
48 (64,0)
8,45 ± 4.21
0,882
18,28 ± 4.54
0,593
Negativni
27 (36,0)
8,61 ± 5,01
18,92 ± 5,71
CA19-9b
Positive
40 (53,3)
8,68 ± 3.87
0,720
18,65 ± 4,64
0.792
Negativni
35 (46,7)
8,31 ± 5,14
18,35 ± 5,37
Differentiationc
No
3 (4.9)
8,28 ± 1,92
0,635
15,34 ± 5,40
0,371
Zmerna
33 (54,1)
9,05 ± 4,40
19,37 ± 4,85
Poor
25 (41,0)
7,84 ± 5,47
19,54 ± 4,91
limfna metastasisc
N0
20 (32,8)
8,95 ± 3,17
0,926
18,55 ± 6.01
0,472
N1 & N2 & N3
41 (67,2)
9,07 ± 5,25
19,53 ± 4,39
Distalno metastasisc
M0
58 (95,1)
8,87 ± 4,70
0,258
19,13 ± 5,02
0,617
M1
3 (4.9)
12.00 ± 1.30
20,62 ± 3,74
Invasionc
tis & T1-T3
20 (32,8)
10,04 ± 3,86
0,237
17,73 ± 4,72
0,105
T4
41 (67,2)
8,53 ± 4,95
19,93 ± 4,95
TNM stagec
0 & I & II
24 (39,3)
9,40 ± 3,86
0,620
17,81 ± 5,52
0.032
III & IV
37 (60,7)
8.79 ± 5.14
20,49 ± 3,98
Vvsi vzorci so sestavljeni iz 16 endoskopske biopsije vzorcev in 61 vzorcev kirurgije iz bolnikov z rakom želodca.
bNot zaznan 2 bolnikih, ki so bili opraviti izpit endoskopija.
cOnly vključuje 61 bolnikov kirurgije.
Slika 4 ROC krivuljo.
Izražanje uc001lsz je zmotna v začetku raka in predrakavih sprememb
Končno, upoštevati morebitne predčasne diagnostične vrednosti lncRNA smo merili raven uc001lsz v začetku raka in predrakavih sprememb. Ugotovili smo, da je bila njena stopnja izjemen nižji teh lezij v primerjavi s tistimi, ki ustrezajo sosednjih non-tumorskega tkiva (slika 5A). Raven uc001lsz v normalnih tkivih je bila bistveno višja kot v predrakavih sprememb in zgodnjih tkiv rakom. Poleg tega je njegova raven v predrakavih sprememb opazna višja kot v začetku tkivih rakom (slika 5b). Slika 5 Podajanje uc001lsz v začetku raka in predrakavih sprememb. Stopnja uc001lsz v začetku patološkem tkivu sprememb je nižja od tiste v paru normalnem tkivu (n
= 14, P
= 0,0016; A). Raven uc001lsz v normalnega tkiva je bistveno višja kot v predrakavih sprememb in zgodnjega raka (B). #P
≪ 0,001; * P
< 0,05.
Razprava
Študije so pokazale, da ~ 18% proteina, ki kodira genov, ki proizvajajo lncRNAs so povezane z rakom, ker je samo 9% vseh humanega proteina kodira genov so povezane z rakom [18]. Razmerje med lncRNAs in tumorjev je zdaj postal eden od poudarkov raziskav raka.
Vse več je dokazov, da so lncRNAs odnos do prebavnih tumorjev sistema [19]. Tri lncRNAs, H19, HotAir in lncRNA zelo povečana pri raku na jetrih (HULC), je bilo ugotovljeno, čezmernim človeških hepatocelularnega karcinoma (HCC) [20-22]. Poleg tega se HULC izraz ni omejen samo na HCC, ampak se izraža tudi v kolorektalnih karcinomov, da metastaze na jetrih. [23]
raziskav o lncRNAs povezane z želodcem so omejene. Ned sod.
Ugotovljeno, da je stopnja izražanje želodčnega raka povezana transkript 1 (GACAT1) ali AC096655.1-002 je značilno povezana z bezgavkah metastazo daljni metastaze, TNM fazah in diferenciacijo [17]. Mei et al.
Poročala, da ubikvitina podobnih modifikator (sumo) 1 pseudogene 3, SUMO1P3, lahko potencialni biomarkerjev pri diagnozi raka želodca [16]. Niinuma et al.
Ugotovljeno, da je čezmernim HotAir izrazito povezana z visokim tveganjem gastrointestinalni stromalni tumorji [24]. RNA lahko 7SK majhna jedrska (RN7SK) posredno urejanje želodčne tumorigeneze prek pozitivnega prepis raztezanja faktor-b (p-TEFb) [25]. H19 lahko igrajo pomembno vlogo pri raku želodca z izgubo odtis in drugih mehanizmov [26, 27]. Pred kratkim, Cao et al
. Rabljeni metode bioinformatika za pregled lncRNA profile izražanja, povezanih z rakom želodca [28]. Prva dva javno dostopnih človeških EXON nizi za rakom želodca in podatkov za odgovarjajoče normalnega tkiva so prenesli iz GSO. Potem, sonde iz EXON nizi človekovih bili ponovno označi,. Na koncu so bili zadržani sonde enolično preslikavo lncRNAs na ravni genov. so bile ugotovljene skupno 88 lncRNAs, ki so različno izražena z rakom želodca [28].
tu, so bili pristopi za pregledovanje želodca, povezanimi z rakom lncRNAs razlikujejo od tistih, ki jih Cao et al
uporablja. [28]. Ugotoviti presenetljivo navzdol regulirane ali up-urejena lncRNAs na raka želodca, smo se najprej zbrali raka želodca in sosednjih ne-tumorske vzorcev tkiva iz zgornjega dela prebavil pregledu endoskopijo. Od izraz profilov lncRNA pridobljenih iz lncRNA analize mikromrež (slika 1), smo ugotovili, da med veliko različnimi izražene lncRNAs (tabela 1), samo, da je bilo ugotovljeno, H19 v druge oblike raka [11, 20, 26, 27]. Kot rezultat, je ključnega pomena, da se dodatno pojasniti klinične podpise lncRNAs v diagnostiki in zdravljenju raka želodca.
Naraščajočo študij funkcionalno značilna lncRNAs razkriva, da so ti prepisi pomembna v različnih fizioloških procesov, vključno z zarodka diferenciacije matičnih celic [29], T-celično diferenciacijo [30], keratinocitni diferenciacija [31], še posebej, spremenjeni izraz lncRNAs lahko povzroči raka [32].
v tej študiji smo se osredotočili na dve lncRNAs, H19 in uc001lsz . Nivo izražanja H19 v želodčnih tkivih rakavih bilo ugotovljeno, da je očitno višja kot pri zunaj tumorskih tkiv (slika 2A in B). Skupaj s povečano ekspresijo H19 v želodcu raka celičnih linijah (slika 2D), priporočamo, da se H19 igrajo pomembno vlogo pri želodčnem patogenezi raka. Zanimivo, H19 izraz se v vseh vrstah tumorja ni povečala. Kot je pokazala na sliki 2D, je H19 izraz zmanjšal najetrih in rak prostate. Ti rezultati nadalje potrjuje, da H19 ne deluje samo kot onkogen, ampak tudi kot tumorski supresorski [20, 27, 33]. Matouk et al
. ugotovila, da je potrkala navzdol od H19 RNA povzročila skoraj popolno dušenje p57 indukcijo kip2 odziv na hipoksično stres [20]. Nadalje so ugotovili, da je bil H19 povezan z Ang (SLO) in fibroblastni rastni faktor-18 (FGF-18), katere naloge so vpleteni v rast tumorja in proliferacijo [20]. Da bi razumeli molekularni mehanizem, s katerim H19 povečuje rast celic raka želodca, Yang et al
. preučila, ali H19 vpliva na delovanje zaviralnih p53 v [27]. Ugotovili so, da je bil H19 povezan s p53, in da je to združenje za posledico delno p53 inaktivacijo [27].
Nasprotju s H19, uc001lsz nivo ekspresije v želodcu tkivih rakavih bilo ugotovljeno, da so znatno nižje (slika 3A). Kot je razvidno iz Slika 3C, izražanje uc001lsz v želodcu raka celičnih linijah (AGS in MGC-803) je nižja kot v želodčni epitelijske celice (GES-1), vendar pa ni bilo značilno razlikovali med SGC-7901 in ges-1 . Mogoče nizko stopnjo malignosti iz SGC-7901 vodi do tega rezultata. Še pomembneje je, je bila večja povezava med uc001lsz izražanja in stopnji TNM je pokazala (tabela 2). Ti rezultati so potrdili uc001lsz kot pomemben igralec na preprečevanje razvoja raka želodca. Kot vemo, je veliko lncRNAs prepisana v bližini ali znotraj kodiranja beljakovin lokusov, ki se je okrepila hipotezo, da lahko imajo lncRNAs cis
-acting učinkov v teh lokusov. Toda uc001lsz imajo lahko trans
-acting učinkom v sosednjih, ki kodirajo proteine ​​lokusov. MUC2
, član beljakovin družine mucin genov, ki se nahaja tik ob UC001LSZ
. MUC2 se izloča na sluzničnih površinah, kjer se izločajo iz čaše celic v epitelno oblogo v lumnu želodca [34]. Kot poročajo, je bil MUC2 visoka izraz v rakom želodca [35]. Čeprav uc001lsz zdi igranje kot zaviralnih genov pri raku želodca in mnoge druge vrste tumorjev, lahko igrajo drugačno vlogo pri raku prostate, kjer je uc001lsz močno izražena (slika 3C).
Molekularne tumor biomarkerjev so ključni diagnostični in prognostični orodja. Naši podatki kažejo, da je bil izraz uc001lsz zmotno v začetku raka želodca in želodčne predrakavih sprememb (slika 5A). In izredne spremembe morda pojavljajo v predrakavih sprememb (slika 5b). Ta preiskava kaže, da uc001lsz lahko biomarker kandidat za raka želodca.
Sklepe
Skratka, smo prikazujejo tudi lncRNA profil izraz, ki je povezan z rakom želodca. Prevelike količine H19 v želodcu raka celic in tkiv, kažejo, da se H19 lahko sodeloval pri raku želodca. Znižana izraz uc001lsz v želodcu raka celic in tkiv, njegove zveze s stopnjo TNM in njegovo disregulacijo v začetku raka in predrakavih sprememb kažejo, da uc001lsz lahko imajo pomembno vlogo v želodcu pojava raka in potencialni biomarkerjev za diagnozo zgodaj rak želodca
Kratice
ANG:.
Ang
CA19-9:
ogljikovih hidratov antigen 19-9

CEA:
karcinoembrionalen antigen
Ct:
Threshold cikel
DC /CIK:
dendritičnih celic /-citokinov povzroča morilec
FGF-18:
fibroblastni rastni faktor-18
GACAT1:
rak želodca -associated prepis 1
H19:
vzajemno napisom partner IGF2
HCC:
hepatoceličnih karcinomov


HotAir:
HOX prepis protismiselna RNA
HOX:
Homeobox
HULC:
Zelo povečana pri raku na jetrih
IGF2:
inzulinu podobnega rastnega faktorja 2
IGF2-AS:
IGF -IR in IGF-IIR protismiselna
IGF-IR:
insulinu podobnega tipa rastnega faktorja I receptor
IGF-IIR:
inzulinu podoben tip receptorja rastnega faktorja II
lncRNA:
Long nekodiran RNA
MALAT-1:
metastaze, povezane pljučni adenokarcinom prepis 1
miRNA:
microRNA
MUC2:
mucin 2</sub></sup>