Forskargruppen undersökte 33 friska vuxna deltagare i sin studie. En grupp på 22 volontärer studerades under influensasäsongen 2014-2015, och den andra gruppen med 11 volontärer studerades under influensasäsongen 2015-2016. Gruppen på 22 volontärer hade hög redan existerande immunitet mot influensavirusstammarna i säsongsinfluensavaccinet 2014–2015. Gruppen på 11 volontärer hade låg immunitet mot säsongsinfluensavaccinens virusstammar 2015-2016.
Alla studiedeltagare fick ett säsongsbetonat influensavaccin. Hälften av deltagarna i varje grupp fick också en fem dagars kurs med ett brett spektrum av antibiotika (bestående av neomycin, vankomycin, och metronidazol) i munnen innan vaccinet tas emot. Genom att analysera avförings- och blodserumprov vid olika tidpunkter upp till ett år efter vaccination, forskarna spårade deltagarnas immunsvar mot influensavaccinerna, liksom mångfalden och överflödet av organismerna i deras tarmmikrobiomer.
Som förväntat, de flesta deltagare som fick antibiotika upplevde minskade nivåer av tarmbakterier. Dessutom, bland deltagarna 2015-2016 som hade liten immunitet mot vaccineringar mot säsongens influensavirus, en antibiotikakur hindrade deras immunsvar mot en av de tre influensavirusstammarna i vaccinet, ett H1N1 A/Kalifornien-specifikt virus. Detta indikerar sannolikt att om de skulle utsättas för detta H1N1 -virus efter vaccination, dessa deltagare skulle vara mindre skyddade mot infektion med den stammen än personer som inte hade fått antibiotika, enligt författarna. Detta fynd stöder tidigare forskningsresultat hos möss.
Forskarna fann också att personer som tog antibiotika upplevde förändringar i deras immunsystem som främjade ett proinflammatoriskt tillstånd, liknande ett tillstånd som ses hos äldre vuxna som har fått influensavaccin. Utredarna tror att detta proinflammatoriska tillstånd är relaterat till processen genom vilken mikrobiomet reglerar metabolismen av gallsyra-med färre mikroorganismer, denna process störs. Människors mikrobiom förändras naturligt när de åldras, och forskarna föreslår att ytterligare forskning om dessa vägar kan ge insikter om varför äldre vuxna reagerar annorlunda på influensavaccination och varför de har ett svagare immunsystem totalt sett.