L'équipe de recherche a examiné 33 participants adultes en bonne santé dans leur étude. Un groupe de 22 volontaires a été étudié pendant la saison grippale 2014-2015, et le deuxième groupe avec 11 volontaires a été étudié pendant la saison grippale 2015-2016. Le groupe de 22 volontaires avait une immunité préexistante élevée contre les souches du virus de la grippe contenues dans le vaccin contre la grippe saisonnière 2014-2015. Le groupe de 11 volontaires avait une faible immunité contre les souches virales du vaccin contre la grippe saisonnière 2015-2016.
Tous les participants à l'étude ont reçu un vaccin contre la grippe saisonnière. La moitié des participants de chaque groupe ont également reçu une cure de cinq jours d'un traitement antibiotique à large spectre (composé de néomycine, vancomycine, et métronidazole) par voie orale avant de recevoir le vaccin. En analysant des échantillons de selles et de sérum sanguin prélevés à divers moments jusqu'à un an après la vaccination, les chercheurs ont suivi la réponse immunitaire des participants aux vaccins contre la grippe, ainsi que la diversité et l'abondance des organismes dans leurs microbiomes intestinaux.
Comme prévu, la plupart des participants qui ont reçu des antibiotiques ont présenté des niveaux réduits de bactéries intestinales. En outre, parmi les participants 2015-2016 qui avaient peu d'immunité antérieure contre les souches vaccinales du virus de la grippe saisonnière, une cure d'antibiotiques a entravé leurs réponses immunitaires à l'une des trois souches de virus de la grippe dans le vaccin, un virus H1N1 A/Californie spécifique. Cela indique probablement que s'ils étaient exposés à ce virus H1N1 après la vaccination, ces participants seraient moins protégés contre l'infection par cette souche que les personnes n'ayant pas reçu d'antibiotiques, selon les auteurs. Cette découverte corrobore les résultats de recherches antérieures chez la souris.
Les chercheurs ont également découvert que les personnes qui prenaient des antibiotiques présentaient des changements dans leur système immunitaire qui favorisaient un état pro-inflammatoire, semblable à une condition observée chez les personnes âgées qui ont reçu des vaccins contre la grippe. Les chercheurs pensent que cet état pro-inflammatoire est lié au processus par lequel le microbiome régule le métabolisme de l'acide biliaire - avec moins de micro-organismes, ce processus est perturbé. Les microbiomes humains changent naturellement avec l'âge, et les chercheurs suggèrent que d'autres recherches sur ces voies pourraient fournir des informations sur les raisons pour lesquelles les personnes âgées réagissent différemment à la vaccination contre la grippe et pourquoi leur système immunitaire est globalement plus faible.