Forskerteamet undersøkte 33 friske voksne deltakere i studien. En gruppe på 22 frivillige ble studert i influensasesongen 2014-2015, og den andre gruppen med 11 frivillige ble studert i influensasesongen 2015-2016. Gruppen på 22 frivillige hadde høy eksisterende immunitet mot influensavirusstammene i sesonginfluensavaksinen 2014-2015. Gruppen på 11 frivillige hadde lav immunitet mot sesonginfluensavaksinens virusstammer 2015-2016.
Alle studiedeltakerne fikk en sesonginfluensavaksine. Halvparten av deltakerne i hver gruppe mottok også et fem-dagers kurs med et bredspektret antibiotikakur (bestående av neomycin, vankomycin, og metronidazol) gjennom munnen før du mottar vaksinen. Ved å analysere avføring og blodserumprøver tatt på forskjellige tidspunkter opptil ett år etter vaksinasjon, forskerne sporet deltakernes immunrespons mot influensavaksinene, så vel som mangfoldet og overflod av organismer i tarmmikrobiomene.
Som forventet, de fleste deltakerne som fikk antibiotika opplevde reduserte nivåer av tarmbakterier. I tillegg, blant deltakerne 2015-2016 som hadde liten immunitet mot sesongens influensavirus-vaksinstammer, et antibiotikakur hindret deres immunrespons mot en av de tre influensavirusstammene i vaksinen, et H1N1 A/California-spesifikt virus. Dette indikerer sannsynligvis at hvis de skulle bli utsatt for dette H1N1 -viruset etter vaksinasjon, disse deltakerne ville være mindre beskyttet mot infeksjon med den stammen enn mennesker som ikke hadde fått antibiotika, ifølge forfatterne. Dette funnet støtter tidligere forskningsresultater hos mus.
Forskerne fant også at personer som tok antibiotika opplevde endringer i immunsystemet som fremmer en proinflammatorisk tilstand, ligner en tilstand sett hos eldre voksne som har mottatt influensavaksine. Etterforskerne mener denne proinflammatoriske tilstanden er relatert til prosessen der mikrobiomet regulerer metabolismen av gallsyre-med færre mikroorganismer, denne prosessen er forstyrret. Menneskenes mikrobiomer endres naturlig når de blir eldre, og forskerne foreslår at videre forskning på disse veiene kan gi innsikt i hvorfor eldre voksne reagerer annerledes på influensavaksinasjon og hvorfor de generelt har et svakere immunsystem.